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转录介导的扩增技术与real-time RT-PCR在人类免疫缺陷病毒检测中的应用
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作者 吴大先 陶淑慧 +3 位作者 刘水平 周杰斌 谭德明 侯周华 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期776-782,共7页
目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚... 目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚合酶及PCR底物等建立TMA扩增体系。通过扩增一组10倍梯度稀释的HIV RNA转录标准品,评价TMA体系的灵敏性。收集60例HIV感染患者的血浆,同时采用TMA试剂与Cobas Amplicor HIV-1 Monitor 1.5版试剂进行检测,比较两种方法的阳性检出率,并利用线性回归和Bland-Altman法分析两种技术的相关性和一致性。结果:成功建立了TMA扩增体系,这种技术可以检测低至10 copies/m L的HIV转录标准品。60份HIV感染者血浆样本中,TMA及Cobas均检测到阳性46份,均阴性12份,TMA检测阴性而Cobas检测阳性样本2份,检测一致率为96.7%。两种技术阳性检出率差异无统计学意义(P>0.05)。对其中46份TMA检测和Cobas检测均有定量结果的血浆进行线性回归分析,两种技术有非常好的相关性(r=0.997,P<0.001)。Bland-Altman分析显示两种检测方法定量Lg差值平均值为0.02,44份(95.7%)样本在95%的一致性界限内。结论:TMA技术具有高灵敏性潜能。TMA与real-time RT-PCR检测血浆中HIV RNA具有非常好的相关性与一致性。 展开更多
关键词 转录介导的扩增技术 人类免疫缺陷病毒 实时荧光定量反转录聚合酶链反应 线性回归
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灯盏花chi的克隆及其生物信息学分析 被引量:11
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作者 刘春霞 王玥 +4 位作者 崔明昆 严胜柒 谢庆华 官会林 张云峰 《武汉植物学研究》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期682-690,共9页
查尔酮异构酶(CHI)是调控黄酮生物合成的关键酶,分离和克隆这一酶的功能基因,对利用转基因技术进行灯盏花黄酮生物合成的调控具有重要意义。本研究采用RT-PCR和RACE技术,获得了chi cDNA全序列,GenBank登录号为GU208823.1,序列全长996 bp... 查尔酮异构酶(CHI)是调控黄酮生物合成的关键酶,分离和克隆这一酶的功能基因,对利用转基因技术进行灯盏花黄酮生物合成的调控具有重要意义。本研究采用RT-PCR和RACE技术,获得了chi cDNA全序列,GenBank登录号为GU208823.1,序列全长996 bp,开放阅读框为594 bp,编码197个氨基酸,3-Race有一个多聚腺苷酸加尾信号。应用软件预测该基因编码蛋白分子量约为21.6 kD,理论等电点为4.78。该基因编码的蛋白无跨膜结构域,其二级结构的主要构件为α-螺旋和随机卷曲。对其三级结构进行了建模,表明其结构与苜蓿chi的三级结构相似。同时根据灯盏花chi N端序列变化的特征,提出了灯盏乙素的合成可能与chi在细胞亚结构的定位及其与合成代谢相关酶形成复合酶的特异性有关。研究为利用基因工程定向改变灯盏花黄酮代谢产物奠定了基础。 展开更多
关键词 灯盏花 查尔酮异构酶(CHI) rt-pcr(polymerase chain reaction) RACE(Rapid AMPLIFICATION of cDNA Ends) 序列分析
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Dysadherin、E-cadherin在宫颈癌中的表达及意义 被引量:4
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作者 吴艳 傅芬 周艳芳 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2013年第20期3317-3319,共3页
目的:探讨宫颈癌中dysadherin、E-cadherin的表达及意义。方法:免疫组化及RT-PCR法检测宫颈癌组织中两者蛋白和mRNA表达水平。结果:宫颈癌组dysadherin蛋白表达高于正常组,E-cad表达低于正常组(P<0.05)。dysadherin蛋白高表达及E-ca... 目的:探讨宫颈癌中dysadherin、E-cadherin的表达及意义。方法:免疫组化及RT-PCR法检测宫颈癌组织中两者蛋白和mRNA表达水平。结果:宫颈癌组dysadherin蛋白表达高于正常组,E-cad表达低于正常组(P<0.05)。dysadherin蛋白高表达及E-cad蛋白低表达与宫颈癌病理分级、临床分期及淋巴结转移相关(P<0.05),而与年龄无关(P>0.05)。宫颈癌组dysadherin mRNA表达(1.05±0.14)高于正常组(0.91±0.09),E-cad mRNA表达(0.64±0.07)低于正常组(0.89±0.11)。dysadherin与E-cad表达呈负相关。结论:联合dysadherin、E-cad检测可作为宫颈癌诊断的辅助指标。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 DYSADHERIN E-CADHERIN 免疫组化 rt-pcr
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Streptomyces sahachiroi ATCC 33158中一个Ⅲ型聚酮合酶基因的克隆及功能分析 被引量:2
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作者 强慧玲 原海亮 何璟 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期13-20,共8页
从链霉菌Streptomyces sahachiroi ATCC 33158基因组中克隆到1个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因orf18。生物信息学及进化树分析表明它可能属于rppA类Ⅲ型PKS基因。通过RT-PCR证实了该基因在野生型S.sahachiroi中是可以进行转录... 从链霉菌Streptomyces sahachiroi ATCC 33158基因组中克隆到1个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因orf18。生物信息学及进化树分析表明它可能属于rppA类Ⅲ型PKS基因。通过RT-PCR证实了该基因在野生型S.sahachiroi中是可以进行转录表达的。HPLC和LC-MS分析的结果表明orf18在S.lividans中异源表达时可产生1,3,6,8-四羟基萘(THN),并且发现该基因也可以在革兰氏阴性菌Pseudomonas stutzeri中异源表达并产生明显的棕红色色素。证明orf18编码的蛋白属于RppA类Ⅲ型PKS,可催化THN的合成,而产物THN在革兰氏阴性菌P.stutzeri中可进一步氧化及聚合形成棕红色色素。 展开更多
关键词 链霉菌ATCC 33158 Ⅲ型PKS rt-pcr 异源表达 1 3 6 8-四羟基萘
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感染性心内膜炎瓣膜标本中肠道病毒RNA的检测
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作者 徐德民 蒋振斌 +1 位作者 熊丁丁 杨英珍 《上海医科大学学报》 CSCD 1997年第6期406-408,共3页
为探讨肠道病毒在感染性心内膜炎发病中的作用,应用逆转录聚合酶键反应对34例感染性心内膜炎患者的瓣膜标本和11树先心患者瓣膜(或心肌)标本进行肠道病毒基因检测。结果在感染性心内膜炎患者的瓣膜标本中阳性14例,阳性率41.2%;... 为探讨肠道病毒在感染性心内膜炎发病中的作用,应用逆转录聚合酶键反应对34例感染性心内膜炎患者的瓣膜标本和11树先心患者瓣膜(或心肌)标本进行肠道病毒基因检测。结果在感染性心内膜炎患者的瓣膜标本中阳性14例,阳性率41.2%;先心患者瓣膜(或心肌)标本阳性1例,阳性率9.1%,两者经统计学处理有显著性意义(P<O.05)。结论:感染性心内膜炎的发病与肠道病毒感染有一定关系。 展开更多
关键词 感染性心内膜炎 肠道病毒 聚合酶链反应 RNA
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