节瓜抗镰刀菌酸突变体NBS类RGAs序列的分离鉴定 被引量：2

1

作者 赵芹 谢大森 +3 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 陈俊秋 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1086-1093,共8页

为挖掘和利用节瓜抗病种质资源,根据已克隆植物NBS-LRR（nucleotide binding site and leucine rich repeat）类抗病基因保守区设计简并引物,从节瓜抗镰刀菌酸突变体＂LT3＂的基因组DNA中扩增得到250 bp目的条带,通过重组克隆及测序获... 为挖掘和利用节瓜抗病种质资源,根据已克隆植物NBS-LRR（nucleotide binding site and leucine rich repeat）类抗病基因保守区设计简并引物,从节瓜抗镰刀菌酸突变体＂LT3＂的基因组DNA中扩增得到250 bp目的条带,通过重组克隆及测序获得22条NBS抗病同源序列（命名为JNB1～JNB22）。利用DNAStar软件及NCBI Blastx同源搜索发现,这些抗病同源序列长度为249～250 nt,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域,其中21条具连续ORF（open reading frame）;核苷酸序列相似性在48.8%～99.2%,氨基酸序列相似性为18.1%～100.0%;氨基酸序列聚类分析分为6个组。Blast结果显示,节瓜RGAs（resistance gene analogs）核苷酸序列与其他植物R基因最高相似性为72%～99%,对应氨基酸序列与其他植物具有36%～100%相似性,多数序列与冬瓜R基因相似性最高;同源进化分析表明,所有节瓜RGAs序列均为non TIR-NBS-LRR类,与氨基酸序列同源比对结果一致。节瓜NBS类抗病同源序列的分离鉴定为进一步克隆功能性抗病基因及分子标记辅助抗病育种提供参考。 展开更多

关键词 节瓜抗病突变体 NBS-LRR类 抗病同源序列 同源克隆 序列分析

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云南抗白叶枯病稻种的RGA初析 被引量：9

2

作者 姬广海 张世光 +2 位作者 魏兰芳 崔汝强 徐绍忠 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第10期969-974,共6页

根据水稻抗白叶枯病Xa2 1基因的富含亮氨酸重复区域 (LRR)和番茄抗细菌性斑点病 (Pseudomonassyringaepv tomato)的Pto基因编码蛋白质激酶的DNA序列 ,设计 2对引物用于扩增抗水稻白叶枯病品种中的抗病基因同源序列。经聚丙烯酰胺凝胶电... 根据水稻抗白叶枯病Xa2 1基因的富含亮氨酸重复区域 (LRR)和番茄抗细菌性斑点病 (Pseudomonassyringaepv tomato)的Pto基因编码蛋白质激酶的DNA序列 ,设计 2对引物用于扩增抗水稻白叶枯病品种中的抗病基因同源序列。经聚丙烯酰胺凝胶电泳和聚类分析 ,结果表明供试抗病品种间具有丰富的RGA多态性 ,用同一引物测定的属于同一簇的品种显示相似的抗性和抗谱。从XLRRfor/XLRRrev引物的聚类图中可知 ,在遗传距离为 0 2 5时 ,测试的 4 7个抗白叶枯病水稻品种可分为 9个簇。其中 3、4、7组为主要组群 ,第 3组包括 2 3个水稻品种 ,在遗传距离为 0 2时 ,可进一步分为 5个亚群。RGA分析结果为水稻抗病育种选择亲本和利用品种布局进行白叶枯病生态控制提供了依据。 展开更多

关键词 水稻 白叶枯病抗性 抗病基因同源序列 rga指纹

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烟草表达抗病基因同源物(RGA)的鉴定及RGA-SSR标记的开发 被引量：7

3

作者 袁清华 谢锐鸿 +4 位作者 张振臣 马柱文 李集勤 李淑玲 陈俊标 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期240-252,共13页

烟草是研究植物与病原菌互作的理想材料。鉴定烟草抗病基因及其同源物对揭示抗病机制具有重要意义。近年来公共数据库不断增长的EST序列为烟草表达RGA的鉴定提供丰富的数据。本研究通过拼接GenBank收录的412325条烟草EST序列，获得14960... 烟草是研究植物与病原菌互作的理想材料。鉴定烟草抗病基因及其同源物对揭示抗病机制具有重要意义。近年来公共数据库不断增长的EST序列为烟草表达RGA的鉴定提供丰富的数据。本研究通过拼接GenBank收录的412325条烟草EST序列，获得149606条Uni．EST序列。随后利用已克隆的112个植物R基因蛋白序列对其扫描，检测出1113个NtRGA，其中有273、546、53、102和30个分别包含NBS-LRR、LRR．PK、LRR、PK和Mlo结构域，另有109个未检测到结构域。通过序列比对将1071个NtRGA定位于Ⅳ．benthamiana基因组712个位点上。经搜索，从72个NtRGA中检测出78个SSR，根据其侧翼序列设计64对引物。54对成功从烟草基因组DNA中扩增出清晰条带，9对在24个普通烟草品种间检测出多态性，检出等位基因数2～4个，平均2．56个；41对在6个烟草种间检测出多态性，检出等位基因数2～4个，平均2．61个。 展开更多

关键词 烟草 表达序列标签 抗病基因同源物 SSR

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小麦抗白粉病基因Pm4b的RGA分析 被引量：3

4

作者 胡楠 伊艳杰 +2 位作者 刘红彦 柴春月 刘新涛 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第21期6379-6380,6430,共3页

为克隆抗性基因和发展Pm4b的特异分子标记奠定基础。利用10对RGA引物,对小麦抗白粉病基因的一些载体品种(系)进行扩增,将引物对R11F/R11R从Pm4b基因的载体品种VPM中扩增出的稳定多态性条带回收、克隆、测序,获得与小麦Pm4b基因的相关抗... 为克隆抗性基因和发展Pm4b的特异分子标记奠定基础。利用10对RGA引物,对小麦抗白粉病基因的一些载体品种(系)进行扩增,将引物对R11F/R11R从Pm4b基因的载体品种VPM中扩增出的稳定多态性条带回收、克隆、测序,获得与小麦Pm4b基因的相关抗病基因的同源片段,并对不同的小麦Pm基因载体品系作了检测分析。该稳定多态性条带全长1 321 bp。序列分析表明这个片段属于RGA类序列。用该标记检测小麦不同Pm基因载体品种(系),发现该多态性片段仅出现在Pm4b基因载体品种中。该研究可为分离抗性基因和发展Pm4b的特异分子标记奠定基础。 展开更多

关键词 小麦 白粉病 抗病基因 rga标记 序列分析

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辣椒抗疫病相关基因的RGA-STS标记的开发 被引量：3

5

作者 王博 左星 +2 位作者 李永新 巩振辉 李大伟 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期124-127,共4页

利用西北农林科技大学园艺学院辣椒课题组克隆的辣椒抗疫病相关的全长基因RGA1(GenBank登录号:GQ386945)设计一对引物,上游引物为BY32,下游引物为RBQC-R。以对辣椒疫病高抗的品种CM334和感病品种EC为试材,利用PCR技术分析辣椒抗疫病的Se... 利用西北农林科技大学园艺学院辣椒课题组克隆的辣椒抗疫病相关的全长基因RGA1(GenBank登录号:GQ386945)设计一对引物,上游引物为BY32,下游引物为RBQC-R。以对辣椒疫病高抗的品种CM334和感病品种EC为试材,利用PCR技术分析辣椒抗疫病的Sequence Tagged Sites(STS)标记。结果表明,在高抗品种CM334中得到700 bp大小的STS700标记,而在感病品种EC中未扩增出相应大小的片段。在多个不同抗疫病辣椒品种中验证说明,STS700标记鉴定辣椒疫病抗性可靠、稳定。 展开更多

关键词 辣椒疫病 分子标记 rga-STS

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甘蔗NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与鉴定 被引量：30

6

作者 阙友雄 许莉萍 +1 位作者 林剑伟 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期631-639,共9页

根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自... 根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自cDNA(EF155648、EF155649、EF155650、EF155651、EF155652和EF155653)。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因所拥有的保守结构域P-loop、Kinase-2a、Kinase-3a和疏水结构域。聚类分析表明,11条RGA同RPS2和XA1聚为一类,而N和L6则单独聚为一类。所有11条抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸。定量PCR分析表明,编号为EF059974的PIC基因的表达不仅受黑穗病菌胁迫的影响,而且受水杨酸的诱导和过氧化氢的抑制,也具有抗病基因组织特异性和组成型表达特性。 展开更多

关键词 甘蔗 NBS-LRR 抗病基因同源序列

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簇毛麦6V染色体短臂特异分子标记的开发和应用 被引量：12

7

作者 王春梅 别同德 +2 位作者 陈全战 曹爱忠 陈佩度 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1595-1600,共6页

为开发簇毛麦6V染色体短臂特异的分子标记,并利用这些标记对缺失系进行鉴定,选用11个RGA和17对STS引物进行多态性分析,其中1个RGA引物和1对STS引物在对普通小麦扬麦5号、簇毛麦及普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系进行多态性分析时,分别检... 为开发簇毛麦6V染色体短臂特异的分子标记,并利用这些标记对缺失系进行鉴定,选用11个RGA和17对STS引物进行多态性分析,其中1个RGA引物和1对STS引物在对普通小麦扬麦5号、簇毛麦及普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系进行多态性分析时,分别检测到一条约1000bp和约800bp的多态性片段,将这两个标记转化为稳定的特异性分子标记,分别命名为CINAU17-1086和CINAU18-723。运用这两对引物对一系列材料进行扩增,只有含6V染色体短臂的材料才能扩增出相应的特异条带,表明这两个标记均位于簇毛麦6VS上。进一步利用簇毛麦6VS缺失添加系、易位系将CINAU17-1086标记定位在簇毛麦6VSFL0.58与FL0.70之间,将CINAU18-723标记定位在簇毛麦6VSFL0.45与着丝粒之间。利用这两个特异标记对通过花粉辐射获得的部分簇毛麦6VS结构变异材料进行PCR鉴定,其结果与细胞学鉴定结果一致。CINAU17-1086和CINAU18-723标记可用来快速检测和追踪导入普通小麦背景中的簇毛麦6VS染色体片段,并对缺失系的断点进行了初步界定。 展开更多

关键词 簇毛麦 抗病基因类似物(rga) 位点标签序列(STS) 染色体特异分子标记 缺失系

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利用中间偃麦草抗病基因同源序列分离黄矮病抗性候选基因克隆 被引量：12

8

作者 张增艳 许景升 +3 位作者 刘耀光 王晓萍 林志珊 辛志勇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期189-195,共7页

根据已克隆植物抗病 (R)基因编码蛋白质的保守结构设计简并引物 ,利用同源序列法PCR扩增、克隆到 9个具有开放阅读框的中间偃麦草R基因同源片段 (ResistanceGeneAnalogs ,RGAs)。利用抗黄矮病材料 (含Bdv2 )、感黄矮病材料 (无Bdv2 )进... 根据已克隆植物抗病 (R)基因编码蛋白质的保守结构设计简并引物 ,利用同源序列法PCR扩增、克隆到 9个具有开放阅读框的中间偃麦草R基因同源片段 (ResistanceGeneAnalogs ,RGAs)。利用抗黄矮病材料 (含Bdv2 )、感黄矮病材料 (无Bdv2 )进行RFLP分析 ,筛选到 1个NBS类RGA序列TirgaZ1与Bdv2连锁。根据TirgaZ1的序列重新设计 1对引物 ,优化PCR扩增条件 ,将其转化为经典特异PCR标记 (SC TZ1)。利用该特异PCR标记 (SC TZ1)和克隆池 PCR法筛选抗黄矮病小麦 中间偃草易位系HW6 4 2基因组的可转化人工染色体 (Transformation competentArtificialChromosome ,TAC)文库 ,分离到 4个阳性TAC克隆T1～T4。限制酶切图谱分析结果表明 ,T1～T3为 1类 ,插入片段约 2 3kb ,T4为另 1类 ,插入片段约为 2 5kb。以TirgaZ1为探针 ,通过Southern杂交证实了阳性TAC克隆T1、T4为含有TirgaZ1序列的抗病基因候选克隆。分别以中间偃麦草、HW6 4 2和小麦亲本为探针对阳性克隆T1、T4进行Southern分析 ,结果表明 ,阳性TAC克隆T1、T4的插入片段均具有抗黄矮病易位系的中间偃麦草易位染色体片段 7XL ,T1、T4为抗黄矮病基因候选克隆。测定和分析阳性克隆T1插入片段 5 '端 - 6 4 4 8bp部分的序列 ,表明其最长完整开放阅读框 展开更多

关键词 小麦 中间偃麦草 抗病育种 转基因育种 抗病基因 同源序列 黄矮病 候选基因 基因克隆 克隆池PCR 可转化人工染色体

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甘薯NBS类抗病基因类似物的分离与序列分析 被引量：26

9

作者 陈观水 周以飞 +1 位作者 林生 潘大仁 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期359-365,共7页

利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotidebindingsite)序列中的保守模体(motif)“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯(Ipomoeabatatas)栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续OR... 利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotidebindingsite)序列中的保守模体(motif)“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯(Ipomoeabatatas)栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续ORF的抗病基因类似物(Resistancegeneanalogues,RGAs)序列,它们之间核苷酸序列间的相似性系数在41.2%-99.4%之间,而相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在20.6%-100%之间,同时对分离的RGAs的核苷酸和氨基酸序列进行系统发育树分析,表明甘薯RGAs可分为TIR(DrosophilaTollorhumaninterleukinreceptor-like)和nonTIR两类。对甘薯RGAs和5个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括“P-loop”、“Kinase-2”、“Kinase-3a”“、GLPL”4个抗病基因所共有的保守模体。这些表明甘薯与其它物种的NBS类RGAs可能具有同样的起源和进化机制。 展开更多

关键词 甘薯 NBS 抗病基因类似物 基因分离 序列分析

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番茄NBS-LRR抗根结线虫基因同源序列的克隆与分析 被引量：7

10

作者 陆秀红 张雨 +3 位作者 秦舒婷 黄金玲 张禹 刘志明 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期67-72,共6页

根据已知抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,从抗南方根结线虫病的番茄材料cDNA中克隆抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),并通过qRT-PCR技术检测RGAs与南方根结线虫侵染的相关性。序列分析发现,2条序列具有NBS-LR... 根据已知抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,从抗南方根结线虫病的番茄材料cDNA中克隆抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),并通过qRT-PCR技术检测RGAs与南方根结线虫侵染的相关性。序列分析发现,2条序列具有NBS-LRR保守结构域,分别命名为F5-8和F5-20;保守区域氨基酸比对结果显示,F5-8(GenBank登录号为MG860907)和F5-20(GenBank登录号为MG860908)与已知抗病基因保守区域具有很高的相似性,其中F5-8与Mi-1相应区域氨基酸相似性为94%,F5-20与Hero基因相应区域氨基酸相似性为96%。qRT-PCR结果发现,F5-8和F5-20在接种南方根结线虫2龄幼虫24h后其表达量均发生了变化。初步推测F5-8和F5-20为南方根线线虫侵染相关基因同源序列。 展开更多

关键词 番茄 南方根结线虫 抗病基因同源序列 NBS-LRR

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野生稻NBS类抗病基因同源序列的分离与序列分析 被引量：8

11

作者 张向明 韦靖鸾 +3 位作者 张丹 王春台 刘学群 刘新琼 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期741-748,共8页

为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保... 为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保守基元P-loop、kinas-2、kinas-3a和GLPL。在NCBI上进行同源性搜索发现,其中12条RGAs的核苷酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有66%～94%的同源性,与其他植物已知R基因具有67%～84%的同源性;其对应的氨基酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有43%～93%的同源性,与其他植物已知R基因具有37%～79%的同源性。另外1条的核苷酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有76%的同源性,其氨基酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有74%的同源性。根据序列分析结果设计6对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,RN1BD5、RN1BD10、RN1GG2和RN1YY6均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;而RN1KY9和RN1GG5没有表达,可能是假基因。 展开更多

关键词 野生稻 抗病基因类似物 基因分离 序列分析

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黑皮冬瓜NBS类抗病基因同源序列克隆与分析 被引量：6

12

作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 李明珠 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第10期2071-2077,共7页

以黑皮冬瓜＂B98K＂种质为试材,根据已克隆的植物NBS类抗病基因保守结构域设计简并引物,PCR扩增冬瓜基因组DNA,获得对应区段的DNA片段,回收克隆与测序后,得到19条抗病同源序列（命名为DNB1至DNB19）。利用DNAStar软件进行序列分析及同... 以黑皮冬瓜＂B98K＂种质为试材,根据已克隆的植物NBS类抗病基因保守结构域设计简并引物,PCR扩增冬瓜基因组DNA,获得对应区段的DNA片段,回收克隆与测序后,得到19条抗病同源序列（命名为DNB1至DNB19）。利用DNAStar软件进行序列分析及同源性比对发现,这些抗病同源序列长度在249-252 nt之间,其核苷酸序列同源性在48.4%-98.8%之间,氨基酸序列同源性为23.2%-100.0%,推导氨基酸序列具有P-loop（GGVGKTT）、Kinase-2a（VLDDVW）典型的NBS保守结构域。同源进化分析将其全部归为non TIR-NBS-LRR类,与推导氨基酸序列多重比较结果一致;该序列与其他作物已克隆抗病基因的氨基酸序列同源性在24.7%-99.0%之间。该组序列已登录Genbank,登录号为KF776401-KF776419。 展开更多

关键词 冬瓜 NBS 抗病同源序列 同源克隆 序列分析

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植物抗病基因类似序列研究进展及展望 被引量：13

13

作者 王海燕 刘大群 杨文香 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第z1期164-168,共5页

植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接... 植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接筛选YAC、BAC或cDNA文库以及克隆相应的R基因 ,也可应用于分子标记辅助选择育种 。 展开更多

关键词 抗病基因 克隆 类似序列 核苷酸结合位点 富含亮氨酸重复 丝氨酸/苏氨酸激酶

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斑茅NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：10

14

作者 阙友雄 许莉萍 +2 位作者 林剑伟 张木清 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2009年第2期192-197,共6页

根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片... 根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片段序列。序列分析发现其中7个编号分别为RGA-Q1、RGA-Q2、RGA-Q3、RGA-Q4、RGA-Q5、RGA-Q6和RGA-Q7的片段推导的氨基酸序列均具有典型的NBS结构域,即P-loop(GGVGKTT)、Kinase-2a(VLDDVW)、Kinase-3a(GSR/KILVTTR)及疏水结构域HD(hydrophobic domain)。它们在NCBI上的登录号为EU685828、EU685829、EU685830、EU685831、EU685832、EU685833和EU685834。这些抗病基因同源片段(RGA)与已经克隆的N、L6、RPS2和Mi等11个抗病基因在氨基酸水平上的同源性为2.3%～39.8%,可进一步用作斑茅抗病候选基因的分子筛选及遗传图谱的构建。 展开更多

关键词 班茅 保守区域 抗病基因同源序列 简并引物

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植物抗病基因类似序列的研究进展及应用策略 被引量：5

15

作者 刘杰 刘丽君 +1 位作者 吴俊江 陈伊里 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第4期500-504,共5页

植物抗病基因克隆对抗病育种和抗病机制的研究具有重要意义。对已克隆出的基因研究表明,大多数的抗病基因都具有高度保守的结构域(如NBS,LRR,LZ,STK和TIR等)。根据这些保守区域设计核苷酸引物,通过PCR技术已经获得很多的RGA,然后以此为... 植物抗病基因克隆对抗病育种和抗病机制的研究具有重要意义。对已克隆出的基因研究表明,大多数的抗病基因都具有高度保守的结构域(如NBS,LRR,LZ,STK和TIR等)。根据这些保守区域设计核苷酸引物,通过PCR技术已经获得很多的RGA,然后以此为探针筛选DNA或cDNA文库,最终可获得抗病基因的候选克隆,这就是新近发展起来的同源序列克隆技术。文章简述了对抗病基因的结构特征,同源序列克隆技术及其应用策略。 展开更多

关键词 抗病基因 克隆 类似序列

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黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析 被引量：5

16

作者 简桂良 赵磊 +2 位作者 张文蔚 齐放军 王升正 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期490-499,共10页

根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化... 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。 展开更多

关键词 棉花 抗病基因同源序列(rga) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性

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江苏水稻品种抗稻瘟病遗传多样性研究 被引量：3

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作者 陈志石 陈夕军 +3 位作者 熊如意 林玲 徐敬友 程兆榜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期77-80,共4页

根据已知的不同抗病基因保守区域设计引物,通过在水稻基因组DNA中扩增和分离有相似序列的DNA片段,可以快速鉴定出候选抗病基因。选择3对扩增条带多样性较高的引物XLRRfor/XLRRrev、S1/AS3和Ptokin1/Ptokin2,对江苏27个水稻品种进行抗病... 根据已知的不同抗病基因保守区域设计引物,通过在水稻基因组DNA中扩增和分离有相似序列的DNA片段,可以快速鉴定出候选抗病基因。选择3对扩增条带多样性较高的引物XLRRfor/XLRRrev、S1/AS3和Ptokin1/Ptokin2,对江苏27个水稻品种进行抗病基因同源序列PCR分析(resistance gene analog-PCR,RGA-PCR)。结果显示,3对引物共扩增出清晰可辨的谱带127条,其中多态性带101条,占总数的79.53%。根据聚类分析,3对引物对或引物组合扩增的RGA图谱可将品种分为多种类型,这些RGA图谱类型与稻瘟病菌7个生理小种接种鉴定的抗病表型没有完全的对应关系。 展开更多

关键词 水稻 抗病基因同源序列(rga) 抗病表型 遗传多样性

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基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列 被引量：7

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作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期92-98,共7页

【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding s... 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1～HNB23,GenBank登录号为KJ908192～KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242～261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框（Open reading frame,ORF）,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ～98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ～100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ～100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致. 展开更多

关键词 瓠瓜 NBS-LRR类 抗病基因同源序列 简并引物 序列分析

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不同源性大肠杆菌多药耐药基因AcrA、AcrB部分基因的同源性分析 被引量：7

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作者 马红霞 邓旭明 +1 位作者 欧阳红生 阎继业 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期111-113,共3页

通过聚合酶链式反应从不同源性大肠杆菌的染色体DNA上扩增出大肠杆菌多药耐药基因AcrA、AcrB的部分片段 ,将该片段分别连接到克隆载体pMD_18T的BamHI、XhoI酶切位点中 ,测定插入片段的核苷酸序列 ,并分别推导出其氨基酸序列。序列分析表... 通过聚合酶链式反应从不同源性大肠杆菌的染色体DNA上扩增出大肠杆菌多药耐药基因AcrA、AcrB的部分片段 ,将该片段分别连接到克隆载体pMD_18T的BamHI、XhoI酶切位点中 ,测定插入片段的核苷酸序列 ,并分别推导出其氨基酸序列。序列分析表明 :不同源性大肠杆菌的AcrA的部分基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与GeneBank中该基因序列的同源性较高 ;不同源性大肠杆菌的AcrB的部分基因的核苷酸序列的同源性较低 。 展开更多

关键词 大肠杆菌多药耐药基因 AcrA ACRB 测序 同源性分析

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植物抗病基因结构特征及其类似序列的研究进展 被引量：37

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作者 秦跟基 李万隆 陈佩度 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期102-107,共6页

植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性， 在一些区段高度保守， 如 Ｎ Ｂ Ｓ、 Ｌ Ｒ Ｒ、激酶、 Ｌ Ｚ等。这些保守序列， 不仅有助于对抗病基因的分类及其作... 植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性， 在一些区段高度保守， 如 Ｎ Ｂ Ｓ、 Ｌ Ｒ Ｒ、激酶、 Ｌ Ｚ等。这些保守序列， 不仅有助于对抗病基因的分类及其作用机理的理解， 而且为抗病基因克隆提供了一条新途径。根据这些保守序列合成 Ｐ Ｃ Ｒ 引物， 在许多植物中已扩增出大量的抗病基因类似序列 （ Ｒ Ｇ Ａ）。遗传作图表明 Ｒ Ｇ Ａ 与抗病性密切相关。对 Ｒ Ｇ Ａ 与 Ｒ 基因的关系及 Ｒ Ｇ Ａ 的基因组分布一并进行了讨论。 展开更多

关键词 抗病基因 核苷酸 结合位点 类似序列

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