cDNA文库构建策略及其分析研究进展 被引量：81

1

作者 晏慧君 黄兴奇 程在全 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第1期1-6,共6页

cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从... cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从而克隆cDNA全长;对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库,可以增加克隆低丰度mRNA的机会;差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义;改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主,介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。 展开更多

关键词 cdna文库 cdna全长 基因克隆 均一化cdna文库 差减cdna文库 固相cdna文库 快速扩增cdna末端(race)

在线阅读 下载PDF 职称材料

高山红景天中糖基转移酶家族cDNA全长基因的克隆 被引量：3

2

作者 于寒松 张继星 +2 位作者 李彦舫 马兰青 胡耀辉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第21期244-247,共4页

为了获得高山红景天中红景天苷生物合成关键酶——UDP-糖基转移酶家族基因的全长cDNA序列,采用在线简并引物设计软件结合3′-RACE技术获得两个糖基转移酶基因的3′端部分序列,进一步采用不同的5′-RACE试剂盒扩增两个基因的5′端序列,... 为了获得高山红景天中红景天苷生物合成关键酶——UDP-糖基转移酶家族基因的全长cDNA序列,采用在线简并引物设计软件结合3′-RACE技术获得两个糖基转移酶基因的3′端部分序列,进一步采用不同的5′-RACE试剂盒扩增两个基因的5′端序列,结果显示利用Takara公司的试剂盒扩增可以得到cDNA全长序列(GenBank登录号为EF508689和EU567325),而采用Invitrogen公司的试剂盒得到的序列不包括全部开放读码框。实验证明,利用Takara公司的SMARTerTM RACE cDNA Amplification Kit克隆获得基因全长序列的比率更高。 展开更多

关键词 糖基转移酶 基因克隆 cdna末端快速克隆法(race) 高山红景天

在线阅读 下载PDF 职称材料

人UCA1基因新剪接变异体全长cDNA序列的克隆 被引量：4

3

作者 王宇 陈葳 李旭 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期11-13,28,共4页

目的克隆新的UCA1剪接变异体全长cDNA序列,为研究其可变剪接机制奠定基础。方法用电子克隆技术和cDNA序列末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增细胞系BLZ-211cDNA并进行产物测序和序列拼接。结果新克隆的UCA1... 目的克隆新的UCA1剪接变异体全长cDNA序列,为研究其可变剪接机制奠定基础。方法用电子克隆技术和cDNA序列末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增细胞系BLZ-211cDNA并进行产物测序和序列拼接。结果新克隆的UCA1剪接变异体全长cDNA序列为2 202bp。结论综合采用电子克隆技术与RACE技术是获得全长cDNA序列的有效方法,为该基因的后续可变剪接机制的研究奠定了基础。 展开更多

关键词 uca1 电子克隆 cdna末端快速扩增技术

在线阅读 下载PDF 职称材料

盐芥ThNHX1基因的3′RACE 被引量：5

4

作者 蔡小宁 杨平 +2 位作者 贲爱玲 沈志花 王敏 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2006年第21期5485-5486,5524,共3页

以盐芥为材料,依据拟南芥AtNHX1基因的序列信息设计引物,扩增出盐芥中ThNHX1基因的部分序列,然后使用快速扩增cDNA3′末端(3′RACE)方法,从盐芥中克隆到ThNHX13′cDNA序列。该序列全长680 bp,编码104个氨基酸,其编码序列、氨基酸序列与... 以盐芥为材料,依据拟南芥AtNHX1基因的序列信息设计引物,扩增出盐芥中ThNHX1基因的部分序列,然后使用快速扩增cDNA3′末端(3′RACE)方法,从盐芥中克隆到ThNHX13′cDNA序列。该序列全长680 bp,编码104个氨基酸,其编码序列、氨基酸序列与拟南芥AtNHX1基因的相应序列同源性分别为91%和91.5%,而盐芥ThNHX1基因3′端非翻译区序列与拟南芥相应序列的同源性为68.5%,明显低于编码区。 展开更多

关键词 盐芥 ThNHX1基因 克隆 快速扩增cdna3’末端

在线阅读 下载PDF 职称材料

雪花梨S_(16)-RNase基因全长cDNA克隆及序列分析(英文) 被引量：1

5

作者 谭晓风 张琳 +2 位作者 袁德义 曾艳玲 姜傲芳 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期149-157,共9页

通过逆转录PCR(RT-PCR)及快速扩增cDNA末端(RACE)技术从中国白梨品种雪花梨中克隆到S16-RNase基因的全长cDNA序列(GenBank接受号为DQ991388).该cDNA克隆总长1101bp,包含1个完整的开放阅读框,编码228个氨基酸.S16-RNase表现出梨S-RNase... 通过逆转录PCR(RT-PCR)及快速扩增cDNA末端(RACE)技术从中国白梨品种雪花梨中克隆到S16-RNase基因的全长cDNA序列(GenBank接受号为DQ991388).该cDNA克隆总长1101bp,包含1个完整的开放阅读框,编码228个氨基酸.S16-RNase表现出梨S-RNase基因的基本结构特征,即其具有5个保守区(C1,C2,C3,RC4及C5)和1个高变区.在推导氨基酸水平上,S16-RNase与梨其他S-RNase基因的相似性为63%至74%,但与苹果S9-RNase的相似性高达95%.通过多序列比对构建进化树,分析梨S16-RNase与蔷薇科植物其他S-RNase基因的遗传进化关系.结果表明,S16-RNase与苹果亚科S-RNase基因形成一个亚科特异而非种特异的S-RNase基因类群;且不同S-RNase基因间存在属内种间遗传距离远于属间种间遗传距离现象. 展开更多

关键词 配子体自交不亲和 雪花梨 快速扩增cdna末端 S16-RNase基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

茶树八氢番茄红素脱氢酶cDNA全长克隆与表达分析 被引量：3

6

作者 李娜娜 邵文韵 +2 位作者 刘畅 陆建良 梁月荣 《茶叶》 2014年第2期69-74,共6页

八氢番茄红素脱氢酶是类胡萝卜素生物合成途径的关键酶之一。本实验采用3'/5'RACE和RTPCR技术成功扩增出茶树八氢番茄红素脱氢酶基因(PDS)的3'端和5'端序列,序列拼接获得全长cDNA序列,命名为CsPDS,并将其登录至GenBank... 八氢番茄红素脱氢酶是类胡萝卜素生物合成途径的关键酶之一。本实验采用3'/5'RACE和RTPCR技术成功扩增出茶树八氢番茄红素脱氢酶基因(PDS)的3'端和5'端序列,序列拼接获得全长cDNA序列,命名为CsPDS,并将其登录至GenBank,登录号KF646537。经生物信息学分析,所得基因cDNA序列全长为2295 bp,开放阅读框(ORF)1749 bp,编码582个氨基酸,预测分子量约为64.86 kDa,理论等电点(PI)为6.77,属于亲水性蛋白。该基因编码的氨基酸序列与柿树PDS序列的同源性达到87%,多序列比对表明茶树PDS具有高度保守区域,基于邻接法的进化树显示与柿树、葡萄的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析结果显示,CsPDS在‘黄金芽’体内表达没有受抑制,表明‘黄金芽’黄色白化可能不是在CsPDS基因转录水平异常而引起。 展开更多

关键词 茶树 八氢番茄红素脱氢酶 cdna末端快速克隆 序列分析 表达分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

广东紫菜Hsp70基因cDNA克隆与表达分析

7

作者 曾俊 陈伟洲 +1 位作者 陈泽攀 刘浩然 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第4期131-139,共9页

为探索广东紫菜(Pyropia guangdongensis)叶状体Hsp70基因在温度刺激下机体耐温相关分子机制,为广东紫菜的栽培生产提供技术参考,本研究利用RACE技术获得了广东紫菜Hsp70基因(PgHsp70)全长序列,并在此基础上采用实时荧光定量PCR技术,研... 为探索广东紫菜(Pyropia guangdongensis)叶状体Hsp70基因在温度刺激下机体耐温相关分子机制,为广东紫菜的栽培生产提供技术参考,本研究利用RACE技术获得了广东紫菜Hsp70基因(PgHsp70)全长序列,并在此基础上采用实时荧光定量PCR技术,研究广东紫菜叶状体分别在不同温度(22℃、27℃和31℃)条件下处理0、1/6、1/2、1、6、12、24和36h后PgHsp70基因的差异表达。结果显示,PgHsp70基因序列长2004bp,包含一个1866bp的开放阅读框,可编码621个氨基酸,预测分子量为67.7kDa,理论等电点为4.87。基因表达水平定量分析表明,温度对PgHsp70基因表达水平有显著影响,PgHsp70基因在不同温度的表达水平变化趋势基本一致,均呈现先上调后下降的趋势,且均于1 h表达量到达最高水平,其中,在31℃ 1h表达量最高,为未经高温处理组的11倍,说明PgHsp70基因在应答高温胁迫中发挥着重要的作用。 展开更多

关键词 广东紫菜 高温胁迫 HSP70 cdna末端快速扩增技术(race) QRT-PCR

在线阅读 下载PDF 职称材料

牙鲆自然杀伤细胞增强因子（NKEF）全长cDNA的克隆及表达分析 被引量：1

8

作者 王志坚 陈松林 季相山 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期86-90,共5页

采用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)的方法,分离和测定了牙鲆自然杀伤细胞增强因子(NKEF)cDNA的全长核苷酸序列,5'RACE扩增分离得到了400bp左右的片段,3'RACE扩增得到了800bp左右的片段,经过拼接得... 采用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)的方法,分离和测定了牙鲆自然杀伤细胞增强因子(NKEF)cDNA的全长核苷酸序列,5'RACE扩增分离得到了400bp左右的片段,3'RACE扩增得到了800bp左右的片段,经过拼接得到了牙鲆NKEF全长cDNA序列.牙鲆NKEF cDNA全长1028bp(不包含polyA),其中包括67bp的5'非翻译区、597bp的开放阅读框和364bp的3'非翻译区(不包含polyA),整个开放阅读框编码198个氨基酸.RT-PCR分析表明,NKEF基因在牙鲆不同组织中普遍表达,但是表达水平存在着明显的差异.研究结果为提高牙鲆自身免疫防御能力的研究提供了理论依据. 展开更多

关键词 牙鲆 自然杀伤细胞增强因子 快速扩增cdna末端 cdna

在线阅读 下载PDF 职称材料

羊驼TGF-β1基因的克隆及表达分析 被引量：7

9

作者 贾小云 金雷皓 +3 位作者 丁娜 罗东萍 范瑞文 董常生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期885-892,共8页

旨在克隆羊驼TGF-β1基因,了解TGF-β1序列特征及其在不同组织中的表达特征,寻找TGF-β1基因的mRNA表达量与毛色之间的相关性,为研究TGF-β1基因的生物学功能提供基础。以羊驼为材料,利用3′和5′RACE技术克隆羊驼TGF-β1基因,利用DNAma... 旨在克隆羊驼TGF-β1基因,了解TGF-β1序列特征及其在不同组织中的表达特征,寻找TGF-β1基因的mRNA表达量与毛色之间的相关性,为研究TGF-β1基因的生物学功能提供基础。以羊驼为材料,利用3′和5′RACE技术克隆羊驼TGF-β1基因,利用DNAman、PROSITE和megAlign软件分别分析序列特征和相似性,应用荧光定量PCR(qRT-PCR)分析TGF-β1基因在不同被毛颜色羊驼皮肤组织中的表达及TGF-β1在山羊不同组织中的表达特异性。结果表明,羊驼TGF-β1cDNA克隆全长为1 364bp(GenBank登录号:KF887499),ORF长1 173bp,编码390个氨基酸。氨基酸序列分析显示,羊驼TGF-β1具有其家族的典型结构特征,与其他哺乳动物相似性很高,与野猪的亲缘关系最近。羊驼TGF-β1基因在棕色羊驼皮肤组织中的表达量是白色羊驼皮肤组织的3.5倍。组织特异性分析表明,TGF-β1在山羊不同组织中均有表达,且在淋巴组织中表达量相对最高。羊驼TGF-β1全长cDNA的克隆和不同组织器官TGF-β1基因表达分析显示,TGF-β1与羊驼毛色形成密切相关。本研究为深入探讨TGF-β1参与动物毛色形成及调控的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 羊驼 TGF-Β1基因 cdna末端快速扩增 QRT-PCR 表达分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

肺癌转移相关基因C_1、L_1、L_2片断的验证及全长序列的克隆

10

作者 郑毛根 田大力 黄波 《山东医药》 CAS 北大核心 2007年第30期9-11,共3页

目的对肺癌转移相关基因C_1,L_1,L_2片断(已知序列)进行验证,并克隆其基因全长。方法应用PCR及快速扩增cDNA末端(RACE)技术,在小细胞肺癌细胞株(NCI-H446细胞)和肺腺癌细胞株(95-D细胞)中对肺癌转移相关基因C_1、L_1、L_2片断进行验证... 目的对肺癌转移相关基因C_1,L_1,L_2片断(已知序列)进行验证,并克隆其基因全长。方法应用PCR及快速扩增cDNA末端(RACE)技术,在小细胞肺癌细胞株(NCI-H446细胞)和肺腺癌细胞株(95-D细胞)中对肺癌转移相关基因C_1、L_1、L_2片断进行验证并克隆出其全长序列,登录基因库。结果在NCI-H446细胞和95-D细胞中未得到C_1和L_1目的片段,只得到L_2目的片段。从这两种细胞株中均钓取到L_2基因的3′端部分未知序列1 169 bp;从NCI-H446细胞、95-D细胞中分别钓取得到L_2基因的5′端未知序列178bp和145bp。L_2基因序列与已知的ABCE1基因序列同源性为100%。结论L_2基因即为已知ABCE1基因,可能参与肺癌转移的相关调节。 展开更多

关键词 肺肿瘤 肺癌转移相关基因 快速扩增cdna末端技术

在线阅读 下载PDF 职称材料

紫穗槐4-香豆酸:CoA连接酶基因的克隆和结构分析 被引量：2

11

作者 刘文哲 胡学军 +4 位作者 高晓蓉 袁晓东 刘哲 范琦 安利佳 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期29-34,共6页

该文利用简并寡核苷酸PCR法结合cDNA末端快速扩增PCR法从紫穗槐 (Amorphafruticosa)茎中克隆了木质素生物合成过程中重要的酶 4 香豆酸 :CoA连接酶 (4CL)的cDNA全长序列 ,避免了复杂的构建、筛选cDNA文库的过程 .所获得的全长 4CLAcDN... 该文利用简并寡核苷酸PCR法结合cDNA末端快速扩增PCR法从紫穗槐 (Amorphafruticosa)茎中克隆了木质素生物合成过程中重要的酶 4 香豆酸 :CoA连接酶 (4CL)的cDNA全长序列 ,避免了复杂的构建、筛选cDNA文库的过程 .所获得的全长 4CLAcDNA ,有 1911个碱基 ,包含一个完整的阅读框架 ,编码 5 4 0个氨基酸 .氨基酸序列同源性分析表明 4CLA是典型的 4CL蛋白 ,含有预计的AMP binding位点 ,接触反应区和保守的Cys. 展开更多

关键词 CoA连接酶 结构分析 基因克隆 紫穗槐 4-香豆酸 木质素 PCR

在线阅读 下载PDF 职称材料

大黄鱼凝血酶原类似基因的克隆及其表达分析

12

作者 卫玮 吴海珍 +2 位作者 徐红艳 常抗美 张元兴 《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期48-53,共6页

采用快速末端cDNA扩增法，首次从大黄鱼中克隆到全长为2023bp的凝血酶原类似基因cDNA，编码为617个氨基酸，其中包括80bp的5’末端非编码区及89bp包含poly（A）尾的3’末端非编码区。预测1～15位的氨基酸处存在1个信号肽。推导的氨基酸... 采用快速末端cDNA扩增法，首次从大黄鱼中克隆到全长为2023bp的凝血酶原类似基因cDNA，编码为617个氨基酸，其中包括80bp的5’末端非编码区及89bp包含poly（A）尾的3’末端非编码区。预测1～15位的氨基酸处存在1个信号肽。推导的氨基酸序列与哺乳动物及其他鱼类进行同源性比较，发现其与红鳍东方纯有73％同源性，而与哺乳动物的同源性为50％～65％。凝血酶原类似基因虽然在大黄鱼的各个组织中组成型表达，但是在减毒鳗弧菌免疫的大黄鱼的脾脏和肾脏中表达明显上调，这表明凝血酶可能参与大黄鱼对细菌侵染的免疫应答。 展开更多

关键词 大黄鱼 凝血酶原类似基因 鳗弧菌 快速末端cdna扩增法

在线阅读 下载PDF 职称材料

水稻干尖线虫SPRYSEC基因的克隆及表达定位分析

13

作者 王步勇 王峰 +3 位作者 李丹蕾 马玲 陈俏丽 王博文 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期305-311,共7页

根据水稻干尖线虫转录组测序结果,采用c DNA末端快速扩增技术（RACE法）从水稻干尖线虫中克隆到效应因子SPRY同源基因,并将其命名为Ab–SPRYSEC（NCBI登录号为KT188820）。该基因全长为2 089 bp,包含1个1 962 bp的开放阅读框（ORF）。... 根据水稻干尖线虫转录组测序结果,采用c DNA末端快速扩增技术（RACE法）从水稻干尖线虫中克隆到效应因子SPRY同源基因,并将其命名为Ab–SPRYSEC（NCBI登录号为KT188820）。该基因全长为2 089 bp,包含1个1 962 bp的开放阅读框（ORF）。预测蛋白编码653个氨基酸,相对分子质量为72 009,理论等电点为4.82,不稳定指数为41.5,属于不稳定性蛋白。保守区预测分析结果表明,该蛋白含有B302_SPRY和CTLH 2个保守结构域,属于SPRY超家族。多序列比对分析结果表明,该基因编码蛋白与马来丝虫的SPRY（XP_001891979.1）蛋白的相似度为43%。蛋白结构分析结果表明,β–折叠与无规则卷曲是Ab–SPRYSEC蛋白的主要结构元件。表达定位分析结果表明,Ab–SPRYSEC基因的表达位置在水稻干尖线虫食道腺附近。Ab–SPRYSEC基因作为水稻干尖线虫效应因子,在水稻干尖线虫侵染宿主中发挥了重要作用。 展开更多

关键词 水稻干尖线虫 SPRYSEC基因 原位杂交 c DNA末端快速扩增技术(race法)

在线阅读 下载PDF 职称材料