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Predicting quantitative structure-activity relationship of substituted 17α-acetoxyprogesterones by molecular hybridization electronegativity-distance vector
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作者 SUN Li-Ii LAN Yu-kun +2 位作者 ZHOU Li-ping YU YU LI Zhi-liang 《Journal of Chongqing University》 CAS 2007年第2期79-87,共9页
A set of novel structural descriptors (molecular hybridization electronegativity-distance vector, VMEDh) was put forward, and the quantitative structure–activity relationship (QSAR) of a series of 17α-Acetoxyprogest... A set of novel structural descriptors (molecular hybridization electronegativity-distance vector, VMEDh) was put forward, and the quantitative structure–activity relationship (QSAR) of a series of 17α-Acetoxyprogesterones (APs) was investigated. Taking into account the effect of various hybridized orbits on atomic electronegativities, we developed the structure descriptors with amended electronegativities to build a QSAR model. The 10-parameter model based on VMEDh yields a correlation coefficient R=0.972 and standard deviation SD=0.262, which are more desirable than those of the previous molecular electonegativity-distance vector (MEDV-4) (R=0.969, SD=0.275). By stepwise multiple linear regression, several parameters are selected to construct optimal models. The 7-parameter model based on VMEDh has R=0.960 and SD=0.276; its correlation coefficient (RCV) and standard deviation (SDCV) for leave-one-out procedure crossvalidation are respectively RCV=0.890 and SDCV=0.445. The 6-parameter MEDV-4 model has R=0.946, SD=0.304, RCV=0.903 and SDCV=0.406. It is demonstrated that VMEDh has desirable estimation performance and good predictive capability for this series of chemical compounds. 展开更多
关键词 molecular hybridization electronegativity-distance vector quantitative structure-activity relationship (qsar 17α- Acetoxyprogesterones
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QSAR结合人工神经网络预测取代氯苯酚生物毒性 被引量:6
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作者 肖方竹 邓健 +2 位作者 彭国文 周亮 许金生 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期888-890,共3页
Based on molecular topological chemical theory,as well as the structural characteristic and the valence connection bonding atom i,we introduced structure information index mE(m=0,1).Combing with electronic structure p... Based on molecular topological chemical theory,as well as the structural characteristic and the valence connection bonding atom i,we introduced structure information index mE(m=0,1).Combing with electronic structure parameter of chlorophenols,the new method with ANN analysis was used to predict the biology-toxicity parameters of chlorophenols.The prediction result was more satisfied than others analysis. 展开更多
关键词 人工神经网络 取代氯苯酚 生物毒性 定量构效关系
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人工神经网络预测非环状亚硝胺急性毒性的QSAR研究 被引量:5
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作者 陈雅菲 钟儒刚 白洁 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期58-67,共10页
在DFT-B3LYP/6-311+G(d,p)水平对60种非环状亚硝胺分子结构进行几何全优化,通过多元逐步线性回归(MSR)分析筛选出9个量子化学描述符作为自变量,log LD_(50)(lethal dose 50%,LD_(50):大鼠口服急性毒性)作为因变量,采用人工神经网络(ANN... 在DFT-B3LYP/6-311+G(d,p)水平对60种非环状亚硝胺分子结构进行几何全优化,通过多元逐步线性回归(MSR)分析筛选出9个量子化学描述符作为自变量,log LD_(50)(lethal dose 50%,LD_(50):大鼠口服急性毒性)作为因变量,采用人工神经网络(ANN)方法构建QSAR模型。经Levenberg-Marquardt(LM)算法训练得到的隐含层为10个神经元节点的多层感知机ANN模型为最优结构。采用内外双重验证的方法,分析和检验模型的稳健性。对模型的内部验证采用留一法(LOO)交叉验证和均方根误差(RMSE)评估,其结果为Q_(LOO)^(2)=0.9514,RMSE_(train)=0.1534;外部验证结果为Q_(ext)^(2)=0.8842,RMSE_(test)=0.2948,因此构建的QSAR模型具有优秀的预测能力,为非环状亚硝胺结构和其急性毒性关系的深入理解提供理论基础。 展开更多
关键词 非环状亚硝胺 量子化学描述符 人工神经网络(ANN) 定量构效关系(qsar) 急性口服毒性
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保健食品中添加地平类降压药急性毒性的3D-QSAR模型建立
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作者 黄卓权 刘焕 +3 位作者 朱思俞 韩文娜 李中意 柳春红 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2023年第11期7-12,共6页
该研究旨在通过建立三维定量构效关系(3-dimensional-quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型,探究1,4-二氢吡啶(1,4-dihydropyridines,1,4-DHPs)结构与急性毒性之间的构效关系以及引起急性毒性变化的可能机制。将1... 该研究旨在通过建立三维定量构效关系(3-dimensional-quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型,探究1,4-二氢吡啶(1,4-dihydropyridines,1,4-DHPs)结构与急性毒性之间的构效关系以及引起急性毒性变化的可能机制。将11种1,4-DHPs三维结构和半数致死量(lethal dose,50%,LD_(50))值进行相应处理后,分别采用比较分子力场分析(comparative molecular field analysis,CoMFA)和比较分子相似性指数分析(comparative molecular similarity index analysis,CoMSIA)构建3D-QSAR模型;随后进行3D-QSAR模型内外部验证和应用域确定。结果显示:(1)CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证系数(q^(2))分别为0.509和0.521,非交叉验证系数(R^(2))分别为0.988和0.989,对急性毒性的预测与试验相符合;(2)1,4-DHPs急性毒性变化主要受立体场、静电场、疏水场和氢键受体场影响,表现为在1,4-DHPs的吡啶3号位取代基上施加4种分子场,在吡啶5号位取代基上施加立体场和氢键受体场,在苯环取代基上施加立体场、静电场和疏水场均可影响1,4-DHPs的急性毒性变化。因此,该研究建立出具有较高预测能力的1,4-DHPs急性毒性3D-QSAR模型,不仅能为预测1,4-DHPs急性毒性提供技术支持,也可为新型1,4-DHPs类钙通道阻滞剂的设计提供思路。 展开更多
关键词 1 4-二氢吡啶 急性毒性 三维定量构效关系 地平类降压药
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硝基苯类化合物对隆线蚤急性毒性的构效关系 被引量:6
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作者 陆光华 金琼贝 王超 《河海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期372-375,共4页
采用标准实验方法测定了21种硝基苯类化合物对隆线蚤(Daphniacarinata)的48h半致死浓度值,结果lg(1/LC50)的范围在3 49~5 40之间;采用量子化学方法MOPAC6 0软件计算了分子最低空轨道能ELUMO、分子最高占有轨道能EHOMO、范德华面积SVdw... 采用标准实验方法测定了21种硝基苯类化合物对隆线蚤(Daphniacarinata)的48h半致死浓度值,结果lg(1/LC50)的范围在3 49~5 40之间;采用量子化学方法MOPAC6 0软件计算了分子最低空轨道能ELUMO、分子最高占有轨道能EHOMO、范德华面积SVdw和偶极矩μ;通过毒性与结构参数的线性回归分析,得到方程lg(1/LC50)=-1 86ELUMO-0 44EHOMO-0 30lgP-2 13(R2=0 85),且模型拟合效果很好.结果表明:所研究的化合物对隆线蚤的毒性主要与分子的轨道能有关;硝基苯类可以作为亲电试剂,在细胞内发生还原反应,从而产生潜在毒性更强的亚硝基化合物,而部分含有氨基和羟基的化合物,其毒性亦与疏水性有关. 展开更多
关键词 硝基苯类 毒性 定量构效关系 轨道能
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氯代苯及酚类化合物对生物毒性的定量研究 被引量:7
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作者 毛明现 余训民 +2 位作者 胡立嵩 李庆新 余训爽 《武汉工程大学学报》 CAS 2008年第3期60-64,68,共6页
根据分子中原子的价层电子结构特征及参与成键时的特性,新定义了分子隐氢结构图中顶点原子i价点价iδY的计算公式:iYδ=(mi(Zi+hi)+∑(pi+hi)(pj+hj))/(ni2(pi+hi)),以价连接矩阵为基础构建了一个新的能表征含多重键、杂原子分子结构信... 根据分子中原子的价层电子结构特征及参与成键时的特性,新定义了分子隐氢结构图中顶点原子i价点价iδY的计算公式:iYδ=(mi(Zi+hi)+∑(pi+hi)(pj+hj))/(ni2(pi+hi)),以价连接矩阵为基础构建了一个新的能表征含多重键、杂原子分子结构信息的价连接性指数mYt:mYt=∑(iYδδjY)-0.5.mYt(0Y1、Y3、Yc)对这些化合物具有良好的结构选择性,且物理意义明确,计算简单.并运用逐步回归分析方法和最佳变量子集算法对变量进行压缩,通过多元回归方法计算分析,研究了氯代芳烃及取代酚(取代基为F,Cl,Br,I,NH2,NO2,OH,COOH和CH3等)类化合物对浮萍、黑曲酶、细胞色素P-450、发光菌、酵母菌、大型蚤、鱼、蝌蚪和Guppy等动植物的毒性,获得了比较好的相关模型,其计算值与实验值比较吻合. 展开更多
关键词 氯代苯 取代苯酚 生物毒性 结构信息指数 定量结构-毒性相关性
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有机化合物的陆地和水生环境毒性的计算机预测研究(英文) 被引量:3
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作者 程飞雄 沈杰 +2 位作者 李卫华 Philip W.LEE 唐赟 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期477-488,共12页
采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定... 采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定性分类和定量回归预测模型。所有模型均通过独立测试集验证。其中,利用支持向量机分类算法得到的分类模型对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的整体预测准确度分别达到 95. 9% 和 95. 0% 。采用支持向量机回归算法得到的回归模型,对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的预测相关系数的平方( R2) 分别达到 0. 878 和 0. 663。最后,通过信息熵分析的方法,确定了一批能够代表性地表征呆鲦鱼和蜜蜂毒性的子结构模式,包括 1,2-二酚、二烷基硫醚、二芳香醚和磷酸衍生物等。提出的方法为有毒化学品的生态风险评价提供了一种非常好的评价策略和可靠的工具。 展开更多
关键词 呆鲦鱼毒性 蜜蜂毒性 定量结构-活性相关性(qsar) 子结构模式识别 信息熵 支持向量机
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拓扑指数估算氯苯胺类化合物对发光细菌毒性 被引量:2
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作者 杨春峰 冯长君 沐来龙 《石油化工高等学校学报》 EI CAS 2007年第1期24-27,共4页
基于化学拓扑理论,计算了14种氯代苯胺衍生物的电拓扑状态指数(En)、连接指数(mXpv)。用多元回归研究了这些化合物的发光细菌急性毒性(-lgEC50)与En,mXvp的定量关系。经逐步回归分析,建立了最佳的定量结构-生物活性相关(QSAR)模型,相关... 基于化学拓扑理论,计算了14种氯代苯胺衍生物的电拓扑状态指数(En)、连接指数(mXpv)。用多元回归研究了这些化合物的发光细菌急性毒性(-lgEC50)与En,mXvp的定量关系。经逐步回归分析,建立了最佳的定量结构-生物活性相关(QSAR)模型,相关系数为0.979。用Jackknife法检验具有良好的稳健性与预测能力,其计算值与实验值基本吻合。 展开更多
关键词 氯代苯胺衍生物 发光菌 急性毒性 电拓扑状态指数 连接性指数 定量结构-生物活性 相关模型
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