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光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)基因组Survey及线粒体基因组研究
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作者 赖洁 叶树政 +6 位作者 黄文炜 李斯迅 邓彬华 韩崇 龚剑 桂林 李强 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第2期423-432,共10页
光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是我国南部重要经济鱼类,为了解其基因组特征及线粒体基因组结构,首次采用二代高通量测序技术对珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组进行Survey分析,并在此基础上提取出两者的线粒体基因组。结果显示珠江和赣... 光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是我国南部重要经济鱼类,为了解其基因组特征及线粒体基因组结构,首次采用二代高通量测序技术对珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组进行Survey分析,并在此基础上提取出两者的线粒体基因组。结果显示珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组大小分别为1769.91 Mb和1846.46 Mb,均为简单杂合型基因组。珠江和赣江水系光倒刺鲃线粒体基因组长度分别为16543 bp和16546 bp,除16S rRNA、tRNA-Leu(UUA)和D-loop区外,两水系其他线粒体基因长度一致。光倒刺鲃线粒体蛋白编码基因中出现不完整的密码子T/TA。tRNA中除tRNA-Ser(GCT)外,其他均能折叠形成正常二级结构。利用线粒体基因组序列计算各水系个体间的遗传距离,使用邻接法和贝叶斯法构建系统进化树,结果表明赣江和桐江水系光倒刺鲃亲缘关系最近,台湾水系光倒刺鲃与大陆水系的亲缘关系较远,台湾种群光倒刺鲃可能是有效种。该研究旨在为研究光倒刺鲃群体遗传学和分子系统学提供基础信息,为今后其种质鉴定、保护和开发利用提供科学依据。 展开更多
关键词 光倒刺鲃 基因组survey 线粒体基因组 系统发育
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热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
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作者 苏群 赵家惠 +7 位作者 王虹妍 喇燕菲 方明雅 盛威 石林 唐毓玮 田敏 王凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期407-415,共9页
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以... 【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。 展开更多
关键词 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 survey测序 K-mer分析
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基于流式细胞术和基因组Survey测定川滇无患子基因组大小
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作者 尹月 周美君 张永洪 《贵州农业科学》 2025年第4期125-132,共8页
【目的】测定川滇无患子基因组大小,为川滇无患子全基因组测序和无患子属中其他物种的基因组大小评估提供重要依据。【方法】在进行全面深度测序前,采用流式细胞术和K-mer分析法评估川滇无患子基因组的特征信息。【结果】基于流式细胞... 【目的】测定川滇无患子基因组大小,为川滇无患子全基因组测序和无患子属中其他物种的基因组大小评估提供重要依据。【方法】在进行全面深度测序前,采用流式细胞术和K-mer分析法评估川滇无患子基因组的特征信息。【结果】基于流式细胞术估算的川滇无患子基因组大小为450Mb;K-mer分析法估算的川滇无患子基因组大小为331.04Mb,杂合度为1.67%,重复序列占比约为40.0%,基因组GC含量约为36.57%,其基因组为低重复高杂合的二倍体基因组。【结论】川滇无患子基因组为低重复高杂合的二倍体基因组。 展开更多
关键词 川滇无患子 基因组 流式细胞术 基因组survey 杂合度 序列
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黄鲫的全基因组survey分析与微卫星分布特征 被引量:2
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作者 郑思旭 陈诗逸 +5 位作者 梁旭东 王云鹏 沈豪迪 黄文化 柳意樊 刘炳舰 《浙江海洋大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第2期93-100,共8页
对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装... 对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装,得到的ContigN50为35836bp,ScaffoldN50为107605bp。此外,在全基因组范围内,检测出了14.562379个微卫星位点,相对丰度约1713个·Mb^(-1);其中,二碱基重复最常见(90.64%),其次为单碱基重复(5.52%),6碱基重复较少(0.24%)。微卫星重复拷贝数主要分布在6~15次之间,AC/GT和AG/CT是最常见的2碱基重复类型。这些研究结果为黄鲫的遗传学及进化生物学研究提供了重要的信息,并且为黄鲫的遗传多样性保护提供了有用的分子标记。 展开更多
关键词 黄鲫 高通量测序 全基因组survey 微卫星标记
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鳓鱼全基因组survey分析及微卫星位点分布 被引量:2
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作者 高鲁修 陈诗逸 +5 位作者 冯桃波 刘炳舰 柳意樊 沈豪迪 黄文化 梁旭东 《水产科技情报》 2024年第5期283-289,共7页
为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaff... 为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaffold N50为27694 bp,Contig N50为6306 bp。利用MISA软件对鳓鱼基因组的微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)进行检索和分析,总共检测到786123个SSR位点,相对丰度为1204个/Mb。在所有类型中,重复最多的是二碱基,占SSR总量的75.94%,其SSR重复频率主要集中在6~28次;其次为单碱基和四碱基,分别占SSR总量的15.31%和4.25%。对二碱基类型而言,AC型具有最多的重复数量,为131732个,单碱基重复数量最多的则是A型,有48775个。研究结果表明,鳓鱼基因组经组装后可得到高质量的全基因组序列,经过筛选的SSR位点可为后续的遗传分子标记开发提供有力支持,研究结果可为鳓鱼种质资源管理和保护、生物进化和群体遗传等研究工作提供基础资料。 展开更多
关键词 鳓鱼 全基因组survey 微卫星标记 高通量测序 生物遗传
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三个多倍体猕猴桃基因组Survey分析及系统进化研究
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作者 周嘉 王飞飞 +7 位作者 仲伟敏 齐勇 刘青 史斌斌 张晟 牛歆雨 郑乾明 唐冬梅 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2214-2223,共10页
[目的]全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。[方法]基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidia chinensis)、软枣猕猴桃AcD23... [目的]全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。[方法]基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidia chinensis)、软枣猕猴桃AcD2302(Actinidia arguta)、对萼猕猴桃AcD2303(Actinidia valvata)染色体倍性,利用Illumina二代测序平台开展基因组Survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树。[结果]中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致。Kmer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626 Mb、668 Mb、585 Mb,杂合度为3.00%、3.30%、8.06%,重复序列比例为43.70%、45.30%、40.70%。系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均从中华猕猴桃独立进化而来。[结论]分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展多倍体猕猴桃全基因组测序提供了参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持。 展开更多
关键词 猕猴桃 基因组survey分析 基因组大小 系统进化
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Insync Surveys图书馆用户满意度调查分析 被引量:8
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作者 张为杰 杨广锋 周婕 《图书情报知识》 CSSCI 北大核心 2009年第6期34-38,86,共6页
Insync Surveys,原名Ambit Insights/Rodski Survey Research,是澳大利亚一家调查服务公司。其用户满意度调查自1998年在墨尔本大学图书馆实施以来,影响不断扩大,并与CAUL建立了稳定的合作关系。Insync Surveys以关注度-满意度为方法基... Insync Surveys,原名Ambit Insights/Rodski Survey Research,是澳大利亚一家调查服务公司。其用户满意度调查自1998年在墨尔本大学图书馆实施以来,影响不断扩大,并与CAUL建立了稳定的合作关系。Insync Surveys以关注度-满意度为方法基础,指标体系灵活调整,并提供基本调查和全面调查两种服务模式,取得了良好的实践效果。 展开更多
关键词 Insync surveys Rodski 满意度调查 服务质量评估
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黑壳楠染色体核型分析及基因组Survey预测 被引量:2
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作者 逯久幸 刘燕 +3 位作者 许朵朵 陈鹏 李永华 刘红利 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第6期967-974,共8页
【目的】明确黑壳楠(Lindera megaphylla)染色体形态结构特征和基因组基本信息。【方法】以野生黑壳楠为材料,采用荧光原位杂交法,对染色体进行核型分析,并通过基因组survey预测了黑壳楠基因组的基本信息。【结果】黑壳楠染色体数目为2n... 【目的】明确黑壳楠(Lindera megaphylla)染色体形态结构特征和基因组基本信息。【方法】以野生黑壳楠为材料,采用荧光原位杂交法,对染色体进行核型分析,并通过基因组survey预测了黑壳楠基因组的基本信息。【结果】黑壳楠染色体数目为2n=24,核型公式为2n=2X=24=18m(2SAT)+6sm,9号染色体存在1对随体,属于2B型染色体。染色体组绝对长度变异范围为2.92~5.83,相对长度的变化范围为5.33%~11.11%,核型不对称系数为59.49%。研究还发现,存在1对5S rDNA杂交位点和1对18S rDNA杂交位点,分别位于5号和9号染色体。18S rDNA杂交位点2个杂交信号位置相同、强度近似。基因组survey结果显示,黑壳楠基因大小为1.38 Gb,杂合率为0.8%,重复序列比例为70%。【结论】黑壳楠为2倍体,染色体数目为24条,核型相对对称。黑壳楠在樟科的进化中属于较为原始的物种,且染色体未发生重组、变异或者种内杂交等现象。黑壳楠为大基因组,杂合率较高,重复序列多的物种。 展开更多
关键词 黑壳楠 核型分析 荧光原位杂交 基因组survey
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Windshield Survey在社区评估中的应用 被引量:2
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作者 陈杰 余立平 《护理学杂志》 2010年第11期80-81,共2页
目的对武汉市部分社区进行环境、卫生保健及社会服务等评估,为实施有效的社区健康护理提供实证参考。方法采用Windshield Survey和访谈相结合的方式对9个社区进行环境、卫生保健与社会服务、经济、交通与安全、政治与政府、信息传递、... 目的对武汉市部分社区进行环境、卫生保健及社会服务等评估,为实施有效的社区健康护理提供实证参考。方法采用Windshield Survey和访谈相结合的方式对9个社区进行环境、卫生保健与社会服务、经济、交通与安全、政治与政府、信息传递、教育和社区娱乐8个子系统评估。结果 9个社区的共同优势为生活气息浓厚,比较适宜居住,出行方便,医疗卫生服务具有较强的可及性,娱乐丰富和上学方便,有浓厚的文化气息;问题为卫生状况较差,空巢老人较多和部分孤寡老人的基本生理及健康需求得不到满足。结论社区的优势和不足均非常明显,需针对性加强卫生宣传,改善环境;加强志愿者队伍建设,完善高龄孤寡老人照护机制;加强社区健康教育,以全面提升社区人群的生活质量。 展开更多
关键词 社区评估 WINDSHIELD survey 健康问题 社区护理
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云南澄广花基因组大小的测定和分析
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作者 原晓龙 杨跃仙 +2 位作者 卯梅华 张传光 王毅 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第3期202-207,共6页
以玉米和番茄作为内参植物,采用联合流式细胞术和基因组survey分析结合的方法评估云南澄广花的基因组大小,并分析其基因组特征。结果表明:流式细胞术估算云南澄广花基因组大小约为866.53 Mb或781.82 Mb;高通量测序获得原始数据125.97 Gb... 以玉米和番茄作为内参植物,采用联合流式细胞术和基因组survey分析结合的方法评估云南澄广花的基因组大小,并分析其基因组特征。结果表明:流式细胞术估算云南澄广花基因组大小约为866.53 Mb或781.82 Mb;高通量测序获得原始数据125.97 Gb,处理后得到约123.33 Gb的有效测序数据,说明测序数据质量良好;K-mer分析预估云南澄广花基因组大小约为782.90 Mb(K=19),杂合度为0.86%左右;当K=21时,评估基因组大小约为781.20 Mb,杂合度为0.90%,说明云南澄广花基因组为高杂合基因组;NT数据库比对发现相似度较高的前3位为蕉木、海南藤春和茎花玉盘(与云南澄广花属同一科)。 展开更多
关键词 云南澄广花 流式细胞术 survey分析 基因组
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基于基因组survey的横带髭鲷(Hapalogenys analis)微卫星位点筛选与特征分析 被引量:2
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作者 刘焘 陈冰洁 +4 位作者 史会来 平洪领 张涛 瞿印权 高天翔 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期848-855,共8页
探究横带髭鲷(Hapalogenys analis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明... 探究横带髭鲷(Hapalogenys analis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明,横带髭鲷基因组大小为543Mb;微卫星位点丰富,共检测到280378个完美型微卫星位点,相对丰度为415.17个/Mb。二核苷酸重复是最丰富的微卫星类型(56.05%),其次为单核苷酸(29.20%)、三核苷酸(10.28%)、四核苷酸(2.99%)、五核苷酸(1.03%)、六核苷酸(0.45%)重复,短序列重复类型占95.53%。重复单元中A/T,TG/CA为优势重复单元,分别占总微卫星位点数的22.37%和21.98%;10次重复和6次重复的微卫星位点数量最多,占横带髭鲷基因组微卫星总数的14.60%和12.46%。利用筛选出的20对多态性微卫星位点扩增一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数从5到13不等,均值为8.75个;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.808和0.863;多态信息含量(PIC)均值为0.826,且均大于0.5。经Bonferroni校正后有5个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P<0.001);有4个位点存在无效等位基因。研究结果中的微卫星位点可用于今后横带髭鲷遗传育种和群体遗传学的研究。 展开更多
关键词 横带髭鲷 基因组survey 微卫星
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基于基因组survey数据的疣吻沙蚕微卫星特征分析及多态标记开发 被引量:2
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作者 杨尉 司圆圆 +1 位作者 许瑞雯 陈兴汉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期123-133,共11页
为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复... 为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复序列比例45.92%;初步组装获得2181621条scaffold,全长为840375821 bp。在基因组序列中检测到130216个微卫星位点,丰度为154.9个·Mb^(−1)。微卫星重复次数集中在4~18拷贝;单碱基重复比例最高(35.00%),二碱基(32.48%)、三碱基(14.42%)次之;二碱基、三碱基优势基序分别是AT/AT、AAT/ATT,表现出A/T碱基优势。从随机挑选的50对引物中筛选到15对多态标记,在30尾样本中共检测到87个等位基因,等位基因数(N_(a))为2.000~12.000(平均5.800),有效等位基因数(Ne)为1.164~6.713(平均3.328),期望杂合度(H_(e))为0.141~0.789(平均0.561),多态信息含量(PIC)为0.136~0.776(平均0.511);其中13个为高度或中度多态性位点,在遗传分析中有较高的实用价值。结果表明,疣吻沙蚕基因组为复杂基因组,其微卫星位点类型丰富且具备良好的多态性潜能,可为种质资源评价、群体遗传学及分子育种研究提供有效的标记资源。 展开更多
关键词 疣吻沙蚕 全基因组survey 简单重复序列 多态性位点
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基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析 被引量:11
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作者 陈双双 齐香玉 +2 位作者 冯景 王华娣 邓衍明 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第12期39-44,共6页
绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和... 绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明,以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测“Bailer”基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb);Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外,经组装,该基因Contigs总数为7418139(N50为249 bp),总读长为1.49 Gb,Scaffolds总数为7071975(N50为289 bp),总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75%。综上所述,推测绣球“Bailer”基因组大小约为1.96~2.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 绣球 基因组大小 流式细胞术 K-mer分析 survey技术
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Survey Propagation:一种求解SAT的高效算法 被引量:5
14
作者 李韶华 张健 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2005年第1期132-137,共6页
Survey ProPagation是一种新生的SAT(CSP)算法。它基于统计物理的sPin glass 模型,针对具体问题进行纵览(survey),从而极大地降低求解的复杂度。但sp算法在某些时候不收敛,或引导向错误的解。对此,G.Parisi提出一种复杂回溯(backtrack)... Survey ProPagation是一种新生的SAT(CSP)算法。它基于统计物理的sPin glass 模型,针对具体问题进行纵览(survey),从而极大地降低求解的复杂度。但sp算法在某些时候不收敛,或引导向错误的解。对此,G.Parisi提出一种复杂回溯(backtrack)算法,而作者在sp中加入简单回溯,也使一部分此类问题得到解决。 展开更多
关键词 survey Propagation” SAT算法 可满足性问题 求解算法 不完备搜索方法 人工智能 命题逻辑公式
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大球盖菇新品种“中菌金球盖1号”的基因组Survey分析 被引量:2
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作者 李雪松 刘绍雄 +5 位作者 孙达锋 张俊波 马明 罗孝坤 岳万松 华蓉 《中国食用菌》 2022年第7期53-58,共6页
大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础... 大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础,采用第二代高通量测序技术对金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”的基因组大小约为55.20 Mb,测序深度为140×,杂合率为0.80%,(G+C)含量为47.25%;基因组初步组装后,得到25802条重叠群(Contigs),Contig N50为14.923 Kb。该研究结果对于开展金黄色大球盖菇的颜色调控等遗传机理研究具有重要意义,同时为金黄色大球盖菇下一步的基因组精细图谱的构建和分子育种提供依据。 展开更多
关键词 大球盖菇 基因组survey 杂合率 基因组大小 GC含量
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姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组Survey分析 被引量:1
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作者 李雪松 李建英 +6 位作者 华蓉 刘绍雄 岳万松 张晓华 高章会 岳婷松 孙达锋 《中国食用菌》 2023年第5期47-51,57,共6页
为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌... 为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组大小约为46.59 Mb,测序深度为69×,杂合率为1.37%,(G+C)含量为46.87%,重复序列比例为24.46%;基因组初步组装后,得到20342条重叠序列(Scaffold),Scaffold N50为4.29 Kb。 展开更多
关键词 姬松茸 全基因组survey 杂合率 基因组大小 GC含量
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中国李品种“秋姬”基因组Survey测序分析 被引量:2
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作者 黄振宇 申飞 +2 位作者 夏乐晗 陈龙 陈玉玲 《中国南方果树》 北大核心 2020年第3期102-104,共3页
中国李是重要的落叶果树之一,具有较高的经济价值与生态价值,但其全基因组信息尚未被解析,限制了相关研究的深入开展。通过二代基因组Survey测序分析,对中国李品种"秋姬"全基因组信息进行初步解析,质控后共获得22.9 Gb高质量... 中国李是重要的落叶果树之一,具有较高的经济价值与生态价值,但其全基因组信息尚未被解析,限制了相关研究的深入开展。通过二代基因组Survey测序分析,对中国李品种"秋姬"全基因组信息进行初步解析,质控后共获得22.9 Gb高质量数据,经17-mer分析,预估其基因组大小为305.6 Mb,基因组杂合度为0.92%,属于高杂合中型基因组;采用SOAPdenovo软件进行组装,所得Contig N50为440 bp,Scaffold总长约为267 Mb。后续拟用第三代测序技术进行精细组装。 展开更多
关键词 基因组 survey测序
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刺果甘草全基因组Survey及叶绿体基因组特征分析 被引量:2
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作者 向如双 孙伟 +4 位作者 段宝忠 王艳 Botir Khaitov Atia tul Wahab 孟祥霄 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2022年第5期1781-1790,共10页
目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-... 目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-mer方法对测序reads进行分析,估算刺果甘草基因组大小和杂合率,使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb,杂合度约为0.31%,重复序列比例约为53.72%。叶绿体基因组长度为127,267 bp,不具有典型的四分体结构,总GC含量为34.32%,包含110个基因,其中76个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。系统发育分析表明,刺果甘草与圆果甘草G. squamulosa Franch.亲缘较接近。结论 刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装;刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析,为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据。 展开更多
关键词 刺果甘草 基因组survey分析 叶绿体基因组 系统发育
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Survey of the research on dynamic weapon-target assignment problem 被引量:50
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作者 Cai Huaiping Liu Jingxu Chen Yingwu Wang Hao 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2006年第3期559-565,共7页
The basic concepts and models of weapon-target assignment (WTA) are introduced and the mathematical nature of the WTA models is also analyzed. A systematic survey of research on WTA problem is provided. The present ... The basic concepts and models of weapon-target assignment (WTA) are introduced and the mathematical nature of the WTA models is also analyzed. A systematic survey of research on WTA problem is provided. The present research on WTA is focused on models and algorithms. In the research on models of WTA, the static WTA models are mainly studied and the dynamic WTA models are not fully studied in deed. In the research on algorithms of WTA, the intelligent algorithms are often used to solve the WTA problem. The small scale of static WTA problems has been solved very well, however, the large scale of dynamic WTA problems has not been solved effectively so far. Finally, the characteristics of dynamic WTA are analyzed and directions for the future research on dynamic WTA are discussed. 展开更多
关键词 military operational research dynamic weapon-target assignment survey firepower assignment decision making combination optimization.
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Survey and technological analysis of laser and its defense applications 被引量:20
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作者 Syed Affan Ahmed Mujahid Mohsin Syed Muhammad Zubair Ali 《Defence Technology(防务技术)》 SCIE EI CAS CSCD 2021年第2期583-592,共10页
The laser technology has made remarkable progress over the past couple of decades.It is being widely employed in diverse domains,such as holography,space sciences,spectroscopy,medical sciences,micro and power electron... The laser technology has made remarkable progress over the past couple of decades.It is being widely employed in diverse domains,such as holography,space sciences,spectroscopy,medical sciences,micro and power electronics,industrial engineering,and most distinctively,as directed energy military weapons.Owing to their active transmissions,laser systems are similar to microwave radars to some extent;however,unlike conventional radars,the laser operates at very high frequencies thus making it a potent enabler of narrow-beam and high energy aerial deployments,both in offensive and defensive roles.In modern avionics systems,laser target indicators and beam riders are the most common devices that are used to direct the Laser Guided Weapons(LGW)accurately to the ground targets.Additionally,compact size and outstanding angular resolution of laser-based systems motivate their use for drones and unmanned aerial applications.Moreover,the narrow-beam divergence of laser emissions offers a low probability of intercept,making it a suitable contender for secure transmissions and safety-critical operations.Furthermore,the developments in space sciences and laser technology have given synergistic potential outcomes to use laser systems in space operations.This paper comprehensively reviews laser applications and projects for strategic defense actions on the ground or in space.Additionally,a detailed analysis has been done on recent advancements of the laser technology for target indicators and range-finders.It also reviews the advancements in the field of laser communications for surveillance,its earlier state of the art,and ongoing scientific research and advancements in the domain of high energy directed laser weapons that have revolutionized the evolving military battlefield.Besides offering a comprehensive taxonomy,the paper also critically analyzes some of the recent contributions in the associated domains. 展开更多
关键词 Laser systems Laser military applications Directed energy weapons Non-lethal weapons Laser military projects survey TAXONOMY
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