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二级Hash全局和局部索引筛选的长序列比对并行算法被引量：3: 1; 作者潘登钟诚《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2022年第9期1999-2004,共6页; 通过构建参考基因组的二级Hash索引,以快速筛选出测序长序列在参考基因组中可能匹配的候选区域;建立测序序列局部索引,以加速测序序列和参考基因组候选区域之间的映射定位;对每个候选区域里的k-mer与测序序列的索引命中进行左右扩展获... 展开更多; 关键词序列比对并行算法 hash索引动态规划筛选; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究被引量：4: 2; 作者王文迪汤文 +3 位作者段勃张春明张佩珩孙凝晖《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2013年第11期2463-2471,共9页; 近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程... 展开更多; 关键词 hash索引生物信息学高通量测序 FPGA 并行加速器; 在线阅读下载PDF 职称材料

面向批量插入优化的并行存储引擎MTPower 被引量：5: 3; 作者陈虎唐海浩 +1 位作者廖江苗彭江峰《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第8期1492-1499,共8页; 针对多核处理器的特点,文章提出了一个符合MySQL接口标准的并行存储引擎MTPower.该存储引擎着重利用多核处理器的并行计算能力提升批量插入过程中的索引产生过程,主要包含存储引擎接口、并行批量线性Hash索引、并行批量B+树插入、支持... 展开更多; 关键词并行数据库 hash并行索引 B+树并行索引磁盘缓冲多核处理器; 在线阅读下载PDF 职称材料

加密环境下大数据特征集并行存储方法研究被引量：1: 4; 作者李蓉蓉《现代电子技术》北大核心 2019年第18期69-72,共4页; 针对传统方法存在数据存储速度慢,容量小的问题,提出一种加密环境下大数据特征集并行存储方法.采用MMSE算法对大数据特征集进行优化处理,以获得并行的大数据特征集.在加密环境下,当内存中保留数据记录达到一定数量时,在并行处理后的数... 展开更多; 关键词大数据特征集并行存储 MMSE算法 hash索引结果分析映射处理; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种新的分布式并行索引树——DPB^+-Tree: 5; 作者唐继勇白新跃 +1 位作者杨峰何建《计算机科学》 CSCD 北大核心 2005年第12期75-78,共4页; 随着数据规模的增大,查询越来越复杂,分布式并行索引以其高性能而逐渐成为解决复杂查询问题的有效手段。本文提出一种适合于分布式并行的新索引树结构——DPB^+-Tree,该索引树以B^+树和 hash结构为基础,其叶子结点被组织为有n个散列表元... 展开更多; 关键词分布式并行索引 B^+树 hash结构 DPB^+-Tree; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名二级Hash全局和局部索引筛选的长序列比对并行算法被引量：3: 1; 作者潘登钟诚; 机构广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2022年第9期1999-2004,共6页; 基金国家自然科学基金项目(61962004)资助.; 文摘通过构建参考基因组的二级Hash索引,以快速筛选出测序长序列在参考基因组中可能匹配的候选区域;建立测序序列局部索引,以加速测序序列和参考基因组候选区域之间的映射定位;对每个候选区域里的k-mer与测序序列的索引命中进行左右扩展获得比对种子;采用等距离抽样方式对种子抽取多个位置,利用抽样结果建立判断依据来过滤掉那些不可能匹配的种子;建立处理包含“均聚物”类型错误的序列片段全局比对得分方程,并行填补比对骨架的空隙,并采取GPU显存预分配和后释放独立的并行比对策略,以提升序列片段全局并行比对效率.模拟与真实数据的实验结果表明,相较于已有同类的长序列比对并行算法,本文提出的并行算法获得整体上较高的比对敏感度、碱基层次灵敏度和准确度,且可有效处理第3代测序长序列含有的“均聚物”类型错误,显著加速了大规模长序列与参考基因组比对的完成.; 关键词序列比对并行算法 hash索引动态规划筛选; Keywords read alignment parallel algorithm hash indexing dynamic programming filtering; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究被引量：4: 2; 作者王文迪汤文段勃张春明张佩珩孙凝晖; 机构中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心中国科学院大学计算机体系结构国家重点实验室(中国科学院计算技术研究所); 出处《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2013年第11期2463-2471,共9页; 基金国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2012CB316502) 国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2009AA01A129) +4 种基金国家自然科学基金项目(60803030 60633040 60925009 60921002); 文摘近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程序（PerM）为例，研究了在商用多核CPU上加速该应用程序的关键技术．在一个64核SMP系统上的实验结果证明，提出的优化技术可以使Cache缺失率降低90％，性能提升4～11倍．接下来探讨了在一个包含XilinxLX330FPGA的加速卡上设计实现专用并行加速系统的相关问题．作为原型验证系统，在基于FPGA的PCIe加速卡上设计并实现了包含11个处理单元的脉动陈列并行计算系统．和IntelXeonX75508核CPU相比，提出的并行加速器有30～65倍性能功耗比优势．; 关键词 hash索引生物信息学高通量测序 FPGA 并行加速器; Keywords hash-index bioinformatics high-throughput sequencing FPGA parallel accelerator; 分类号 TP302 [自动化与计算机技术—计算机系统结构] TP334.7 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名面向批量插入优化的并行存储引擎MTPower 被引量：5: 3; 作者陈虎唐海浩廖江苗彭江峰; 机构华南理工大学软件学院华南理工大学计算机科学与工程学院; 出处《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第8期1492-1499,共8页; 基金广东省基础软件与应用构建实验室支持广东省科技计划项目基金(2006B80407001) 华南理工大学中央高校基本业务费项目基金(2009ZM0007)资助~~; 文摘针对多核处理器的特点,文章提出了一个符合MySQL接口标准的并行存储引擎MTPower.该存储引擎着重利用多核处理器的并行计算能力提升批量插入过程中的索引产生过程,主要包含存储引擎接口、并行批量线性Hash索引、并行批量B+树插入、支持并行访问的磁盘存储缓冲等部分.测试结果表明,在批量插入记录且需要创建Hash和B+树索引时,MTPower的性能比经典的单线程存储引擎MyISAM最高可以提高6.1倍和4.8倍;在系统中线程总数略大于处理器核数时,MTPower可以达到最佳性能;在处理器核的数量增加时,MTPower的性能也能随之提高.; 关键词并行数据库 hash并行索引 B+树并行索引磁盘缓冲多核处理器; Keywords parallel database parallel hash index parallel B＋-tree index disk buffer multi-core processors; 分类号 TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名加密环境下大数据特征集并行存储方法研究被引量：1: 4; 作者李蓉蓉; 机构广东科技学院; 出处《现代电子技术》北大核心 2019年第18期69-72,共4页; 基金广东省自然科学基金项目(E17094) 广东省高校重大科研项目(青年创新人才类项目)(2017KQNCX226)~~; 文摘针对传统方法存在数据存储速度慢,容量小的问题,提出一种加密环境下大数据特征集并行存储方法.采用MMSE算法对大数据特征集进行优化处理,以获得并行的大数据特征集.在加密环境下,当内存中保留数据记录达到一定数量时,在并行处理后的数据中插入批量Hash索引.以此为基础,基于Map函数对数据进行映射处理,进而完成对大数据特征集的并行存储.实验结果表明,利用所提方法的存储过程中数据分布通道具有较好的一致性,且存储速度约为传统方法的3倍,存储容量大.; 关键词大数据特征集并行存储 MMSE算法 hash索引结果分析映射处理; Keywords big data feature set parallel storage MMSE algorithm hash index result analysis mapping processing; 分类号 TN918.4.34 [电子电信—通信与信息系统] TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种新的分布式并行索引树——DPB^+-Tree: 5; 作者唐继勇白新跃杨峰何建; 机构电子科技大学自动化学院; 出处《计算机科学》 CSCD 北大核心 2005年第12期75-78,共4页; 文摘随着数据规模的增大,查询越来越复杂,分布式并行索引以其高性能而逐渐成为解决复杂查询问题的有效手段。本文提出一种适合于分布式并行的新索引树结构——DPB^+-Tree,该索引树以B^+树和 hash结构为基础,其叶子结点被组织为有n个散列表元的hash表链,从树的根结点到叶子结点,结点副本数量逐渐减少,并且其数量的变化是动态的。对DPB^+-Tree响应时间的仿真结果表明 DPB^+-Tree系统提高了系统的查询效率,与其它相关策略,如CPB方法比较具有较明显优势。; 关键词分布式并行索引 B^+树 hash结构 DPB^+-Tree; Keywords Distributed and parallel index, B^＋-Tree, hash structure, DPB^＋-Tree; 分类号 TP338.8 [自动化与计算机技术—计算机系统结构] TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	二级Hash全局和局部索引筛选的长序列比对并行算法	潘登钟诚	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2022	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究	王文迪汤文段勃张春明张佩珩孙凝晖	《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心	2013	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	面向批量插入优化的并行存储引擎MTPower	陈虎唐海浩廖江苗彭江峰	《计算机学报》 EI CSCD 北大核心	2010	5	在线阅读下载PDF 职称材料
4	加密环境下大数据特征集并行存储方法研究	李蓉蓉	《现代电子技术》北大核心	2019	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	一种新的分布式并行索引树——DPB^+-Tree	唐继勇白新跃杨峰何建	《计算机科学》 CSCD 北大核心	2005	0	在线阅读下载PDF 职称材料