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题名系统发生树构建技术综述
被引量：17
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作者
李建伏
郭茂祖
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机构
哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院
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出处
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006年第11期2047-2052,共6页
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基金
国家自然科学基金(No.60671011)
黑龙江省自然科学基金(No.F2004-16)
哈尔滨工业大学校基金(No.HIT.2003.53)
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文摘
随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白质结构和功能预测以及药物设计等等.但是构建进化树又是一个非常复杂的问题.因此,进化树的研究成了一个研究热点.本文介绍了进化树研究的发展、研究现状,最后在总结现有的进化树构建技术存在的问题的基础上探讨了该领域进一步的研究方向.
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关键词
系统发生树
邻接法
最大简约法
最大似然法
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Keywords
phylogenetic tree
neighbor joining
maximum parsimony
maximum likelihood
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分类号
Q811
[生物学—生物工程]
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题名两种新疆羊肚菌的分类学鉴定
被引量：6
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作者
苏俊
孜来古丽.米吉提
艾尔肯.热合曼
白岚
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机构
新疆大学生命科学与技术学院
山西省左权中学
新疆医科大学基础医学院
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出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期1704-1710,共7页
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基金
国家自然科学基金(31060002)
新疆维吾尔自治区科技厅基金(201091236)
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文摘
【目的】对新疆霍城县大西沟采集的两种形异羊肚菌(XJURML4和XJURML5)进行分类鉴定。【方法】用真菌专一引物ITS1f和ITS4扩增两菌ITS区并进行序列分析。【结果】XJURML4 ITS片段1130 bp(EU086775),XJURML5 ITS片段1127 bp(EU086776)。两菌的ITS2区100%相似,而ITS1区仅有4 bp差异。BLAST比对测序结果发现XJURMIA和XJURML5与近缘种宽圆羊肚菌(Morchella esculenta(L.:Fr.)Pers.var.rotunda Pers.:Fr.)的同源性为99.28%和98.65%;NJ法构建进化树分析ITS序列,两菌也跟宽圆羊肚菌类聚在一起。随机引物OPA3进行RAPD扩增,共产生出六条带,二条相同,剩余四条为多态性条带,表明两菌基因组上也有差异。【结论】ITS区序列和进化树分析、OPA3-RAPD标记技术均表明两菌是宽圆羊肚菌种内的新变种,而与传统形态学鉴定结果不一致。
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关键词
羊肚菌
ITS区
RAPD
BLAST
NJ法进化树
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Keywords
Morchella
ITS regions
RAPD
BLAST
neighbor - joining phylogenetic tree
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分类号
S567.3
[农业科学—中草药栽培]
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题名生物学软件在核酸序列比对与系统发育分析中的应用
被引量：11
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作者
王小国
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机构
三门峡职业技术学院
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出处
《现代农业科技》
2015年第12期347-348,共2页
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文摘
通过Clustal X2.1、Boxshade、DNAman和MEGA6等软件的使用,介绍了生物学软件在核酸序列比对、着色美化、序列分析和植物系统发育树构建中的应用。并结合具体实例,采用邻接法对核基因组中的内转录间隔区序列进行了构树,进化枝的可信度较高,表明该方法适用于相似度较高、亲缘关系较近序列的系统发育树的构建。
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关键词
序列比对
邻接法
系统发育树
构建
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Keywords
sequence alignment
neighbor-joined method
phylogenetic tree
construct
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分类号
Q7
[生物学—分子生物学]
TP31
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名一种基于NJ的高效构建系统进化树算法
被引量：5
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作者
谭严芳
金人超
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机构
华中科技大学计算机科学与技术学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2004年第21期84-85,97,共3页
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文摘
在分析和证明了构建进化树的Neighbor-joining算法存在的不足后,提出了一种新的改进算法。算法主要有以下两点改进采用Kimura两参数模型,根据此模型来计算DNA序列距离,并且定义了新的校正距离。计算机模拟结果表明,改进算法的效率明显地优于NJ算法。
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关键词
neighbor-joining算法
系统进化树
Kimura两参数模型
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Keywords
neighbor-joining method,reconstructing phylogenetic tree,Kimura two parameter model
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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