4株CAMP阴性无乳链球菌的全基因测序分析

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作者 王秀 姚杰 +2 位作者 冷贵云 唐伟 周强 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第4期707-711,共5页

目的探讨4株CAMP阴性无乳链球菌(S.agalactiae)的全基因组测序分子特征。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选可疑菌株。对于确认为S.agalactiae的菌株,进一步开展CAMP试验。针对CAMP阴性菌株,利用MGI DNBSEQ-T... 目的探讨4株CAMP阴性无乳链球菌(S.agalactiae)的全基因组测序分子特征。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选可疑菌株。对于确认为S.agalactiae的菌株,进一步开展CAMP试验。针对CAMP阴性菌株,利用MGI DNBSEQ-T7和MinION Flow Cell测序平台进行全基因组测序。测序结果重点分析多位点序列分型(MLST)、毒力基因和耐药基因。采用全自动Phoenix M50药敏仪对CAMP阴性菌株进行药敏检测。结果4株CAMP阴性S.agalactiae被纳入研究。全基因组测序分析显示,4株CAMP阴性菌株均为ST862型;携带22种与荚膜多糖、β-溶血素和透明质酸酶相关的毒力基因,以及7种与大环内酯类、林可酰胺类、多肽类和氨基糖苷类相关的耐药基因。药敏结果显示,4株CAMP阴性菌株对青霉素G、头孢吡肟、头孢噻肟、万古霉素、利奈唑胺、左氧氟沙星、莫西沙星和氯霉素均敏感;其中3株对红霉素耐药;1株对克林霉素耐药。结论4株CAMP阴性S.agalactiae均为ST862型,携带多种毒力基因及耐药基因,对红霉素耐药率高,应引起临床重视。 展开更多

关键词 无乳链球菌 CAMP阴性 全基因组测序 多位点序列分型 毒力基因 耐药基因

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生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析

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作者 瞿洋 杨正阳 +2 位作者 周昌艳 林婷 索玉娟 《上海农业学报》 2024年第3期79-85,共7页

为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分... 为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。 展开更多

关键词 蜡样芽胞杆菌 蔬菜 毒力基因 MLST

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河北省两类奶牛场大肠杆菌耐药性检测及多位点序列分型分析 被引量：1

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作者 魏玉杰 李莹洁 +2 位作者 王旭丹 梁春彩 刘聚祥 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期82-90,96,共10页

为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类... 为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类奶牛场大肠杆菌的耐药表型和基因型的差异性。结果显示,从174个肛拭子样品中分离到了173株大肠杆菌,达标场84株,非达标场89株,总体分离率为99.4%。耐药性检测发现,达标场和非达标场大肠杆菌耐药率无显著性差异(P>0.05)。分离株中共有23株大肠杆菌具有多重耐药性,多数五重及以上耐药菌株来自于非达标场。除QnrB基因达标场检出率高于非达标场外(P<0.05),两类奶牛场其他耐药基因检出率差异不显著(P>0.05)。MLST分型发现25种ST类型,其中20种为已知ST型,5种新ST型。达标场大肠杆菌的优势型为ST109型,非达标场大肠杆菌的优势型为ST10和ST1307型。奶牛场大肠杆菌的耐药表型、基因型与ST型之间无相关性。 展开更多

关键词 大肠杆菌 耐药性 耐药基因 多位点序列分型

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进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌分子分型方法的比较研究

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作者 俞佳 高有领 +6 位作者 王建峰 赵秀玲 李如松 王春 杨伯龙 于纪棉 江玲丽 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期78-82,共5页

为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株... 为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株;MLST法将菌株分为ST1至ST8共8种序列型,其中ST1为优势型,占比高且分布广泛;其次为ST5(主要为加拿大分离株),ST3(澳大利亚分离株),ST4(法国与匈牙利分离株),ST6(新西兰分离株),ST2(西班牙分离株),ST7(匈牙利分离株)和ST8(澳大利亚分离株)。与ERIC相比,MLST可以对不同地域的幼虫芽孢杆菌进行有效分型,具有更高的分辨率,可作为后续进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌流行病学调查的工具。 展开更多

关键词 幼虫芽孢杆菌 多位点序列分型 管家基因 肠杆菌基因间重复共有序列分型

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山东省禽源产超广谱β-内酰胺酶大肠杆菌的分子流行病学分析 被引量：2

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作者 宋祥彬 赵晓雨 +8 位作者 李传溥 门晓冬 梁萌 魏秀丽 李有志 杨志昆 张德琛 郭玉秋 汤文利 《中国畜牧兽医》 CSCD 北大核心 2024年第1期407-416,共10页

【目的】分析山东省禽源产超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum β-lactamases, ESBLs)大肠杆菌的耐药情况、耐药机制、毒力基因、多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)、亲缘性和Inc型质粒,为禽临床合理使用抗菌药物防... 【目的】分析山东省禽源产超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum β-lactamases, ESBLs)大肠杆菌的耐药情况、耐药机制、毒力基因、多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)、亲缘性和Inc型质粒,为禽临床合理使用抗菌药物防治此类细菌病提供参考。【方法】复苏2021年4月-2021年7月分离自山东省禽泄殖腔拭子样本中的38株产ESBLs大肠杆菌,采用微量肉汤稀释法测定其对16种抗菌药物的敏感性,通过全基因组测序检测其携带的耐药基因、毒力基因、MLST、Inc型质粒,使用Parsnp构建菌株系统发育树。【结果】药敏试验结果显示,所有菌株对氨苄西林、头孢噻呋和头孢他啶耐药,对磺胺异噁唑(97.4%)、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑(94.7%)、四环素(89.5%)、氟苯尼考(86.8%)、大观霉素(84.2%)耐药严重。全基因组分析结果显示,38株产ESBLs大肠杆菌的blaCTX-M型中blaCTX-M-55基因携带率为34.2%,blaNDM型中blaNDM-5和blaNDM-4基因携带率分别为21.1%和10.5%,其携带大量介导临床中常用抗菌药物的耐药基因和黏附类、侵袭类、血清抗性、铁转运类毒力基因。MLST结果显示,ST10(13.2%)为产ESBLs大肠杆菌最流行的ST型,其次是ST616(10.5%)和ST746(10.5%)。系统发育树分析表明,ST10、ST616和ST746分别属于同一起源。Inc型质粒结果显示,IncFIB(AP001918)携带率最高(68.4%),其次为IncHI2(42.1%)。【结论】山东省禽源产ESBLs大肠杆菌耐药状况严峻,blaCTX-M基因是导致大肠杆菌对超广谱β-内酰胺类抗菌药物耐药的主要原因,且该类菌株携带大量毒力基因,亟需对其加强监测。 展开更多

关键词 超广谱β-内酰胺酶 碳青霉烯 禽源大肠杆菌 全基因组测序 多位点序列分型

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基于用户多类型反馈行为序列的点击率预估模型 被引量：1

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作者 吴永庆 王钰涵 朱月 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期405-417,共13页

在推荐系统中,现有的点击率预估模型通常采用用户近期点击过的行为序列作为模型的输入,这将使模型难以得到全面的用户兴趣表示,导致模型无法获得最优的精度。为了解决这个问题,引入一个基于用户多类型反馈行为序列的点击率预估模型(UMFB... 在推荐系统中,现有的点击率预估模型通常采用用户近期点击过的行为序列作为模型的输入,这将使模型难以得到全面的用户兴趣表示,导致模型无法获得最优的精度。为了解决这个问题,引入一个基于用户多类型反馈行为序列的点击率预估模型(UMFB)。该模型中多种类型的用户行为序列包括隐式反馈序列和显式反馈序列,并且能够对不同的用户兴趣偏好进行建模。鉴于隐式反馈序列中包含大量的噪声,结合基于傅里叶变换的兴趣去噪层来减轻干扰。此外,为了解决显式反馈序列数据的稀疏性问题,部署基于对比学习的兴趣增强层来提高建模效果。最后采用个性化兴趣融合层对用户的偏好进行建模。为了验证UMFB模型的有效性,在短视频推荐领域的KuaiRand-Pure和KuaiRand-1K数据集上进行了对比实验,结果表明,与DMT基线模型相比,UMFB模型的AUC分别提高了1.07和0.91个百分点。 展开更多

关键词 推荐系统 点击率预估 行为序列建模 多种行为序列 对比学习

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济阳坳陷古近系多级控砂机制分析 被引量：12

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作者 刘震 李运振 +3 位作者 赵阳 汲生珍 张善文 吕希学 《地质学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第5期701-711,共11页

济阳坳陷古近系砂体形成和分布受到多种因素的控制,主要包括:①断陷类型;②构造带类型;③坡折带类型;④体系域类型;⑤沉积相类型。在不同类型断陷中发育的沉积体系相差较大,在不同规模箕状断陷中发育的沉积体系也具有差异性。同时,断陷... 济阳坳陷古近系砂体形成和分布受到多种因素的控制,主要包括:①断陷类型;②构造带类型;③坡折带类型;④体系域类型;⑤沉积相类型。在不同类型断陷中发育的沉积体系相差较大,在不同规模箕状断陷中发育的沉积体系也具有差异性。同时,断陷类型控制着构造带的发育,构造带类型又决定着坡折带的发育部位,坡折带类型则影响着湖盆沉积体系域的发育程度和分布范围,而沉积相类型对砂体的特征具有直接的控制作用。显然济阳坳陷砂岩体的形成和分布遵循“多级控砂”的特征,5种因素共同影响并逐级控制着砂岩体在断陷湖盆中的形成与分布。 展开更多

关键词 济阳坳陷 砂体类型 多级控砂 体系域 层序

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浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株多位点序列分型研究 被引量：6

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作者 梅玲玲 龚璞 +2 位作者 占利 张俊彦 张云怡 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期278-281,共4页

目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧... 目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNA Star软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析。结果 62株副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型(3,4,19,4,29,4,22),1株菌为ST-121型(3,2,82,52,4,78,66),1株菌为新的ST型(5,10,34,27,77,49,23),1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型(3,5,22,12,20,22,25)一致。结论浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型。 展开更多

关键词 副溶血性弧菌 03 K6血清型 多位点序列分型(MLST)

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宁波副溶血性弧菌临床株毒力基因与多位点序列分型研究 被引量：4

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作者 高红 宋启发 +2 位作者 徐景野 郑剑 沈玄艺 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期240-243,共4页

目的了解宁波地区副溶血性弧菌临床分离株毒力基因分布以及分子分型特征。方法收集来源于食物中毒和散发腹泻患者副溶血弧菌菌株,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关... 目的了解宁波地区副溶血性弧菌临床分离株毒力基因分布以及分子分型特征。方法收集来源于食物中毒和散发腹泻患者副溶血弧菌菌株,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh),利用多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)进行分子分型。结果2006—2012年共分离临床株248株,选择48株进行毒力基因和MLST分型研究。42株tdh+,为93.75%;11株trh+,为22.92%。48株菌株可分为9个ST型和一个未分型,ST3有32株,占66.67%;ST265有5株,占10.42%;ST120有3株,占6.25%。ST3克隆群中tdh+/trh-菌株有25株,占78.16%。与全国其他地区比较,在宁波临床株中发现ST262。结论 tdh+型是宁波地区副溶血性弧菌优势菌株。有9种ST型,以ST3克隆为主,其次为ST265和ST120。ST3克隆中以tdh+/trh-型为主。另发现1个独特的ST262菌株。 展开更多

关键词 副溶血性弧菌 耐热直接溶血素基因 耐热直接溶血素相关溶血素基因 多位点序列分型

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杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究 被引量：8

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作者 俞骅 潘劲草 +5 位作者 汪皓秋 斯国静 刘涛 楼秀芹 张蔚 严杰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期264-270,共7页

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚... 目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。 展开更多

关键词 单核细胞增生李斯特菌 多位点序列分型 脉冲场凝胶电泳

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幽门螺杆菌克拉霉素异质性耐药及其特征分析 被引量：7

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作者 孙路 何利华 +1 位作者 张艺瑶 张建中 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期391-395,共5页

目的对幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)克拉霉素异质性耐药进行检测,并分析异质性耐药的遗传进化特征。方法对中国某医院50个^(13)C尿素呼气试验阳性患者的胃窦黏液标本进行HP分离培养,每个样本挑取16个HP单克隆(分离培养平板中不... 目的对幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)克拉霉素异质性耐药进行检测,并分析异质性耐药的遗传进化特征。方法对中国某医院50个^(13)C尿素呼气试验阳性患者的胃窦黏液标本进行HP分离培养,每个样本挑取16个HP单克隆(分离培养平板中不满16个克隆者选取全部HP克隆),用Etest法测定各克隆的克拉霉素最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)。进一步在异质性克拉霉素耐药病例中选取6份样本(MIC值差异较大的样本)相关的81个幽门螺杆菌克隆,利用多位点序列(MLST)分析的方法进行初步进化分析。结果 44个分离培养阳性的样本中24个全敏感,9个全耐药,11个为异质性耐药;6个MIC值差异较大的样本,最大值与最小值差别在100～1 000倍间。每个样本的9～16个克隆可分为1～6个ST型,结合vacA基因差异,分为2～8个基因型。遗传进化树显示2个样本的敏感、耐药克隆分为两簇,余4个样本中ST型与耐药间无明显关联。结论 HP在中国感染存在明显的克拉霉素异质性耐药现象,传统药敏试验可能不足以充分反映克拉霉素异质性耐药的现象,可能会引起误判,应高度关注。 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 异质性耐药 多位点序列分析

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云南省非O1/O139群霍乱弧菌分子特征分析 被引量：14

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作者 廖凤 古文鹏 +1 位作者 徐闻 伏晓庆 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期53-56,66,共5页

目的非O1/O139群霍乱弧菌能够引起人类急性腹泻性疾病,但与O1群和O139群相比,人们往往容易忽视其危害性。因此,我们对分离于云南省的31株非O1/O139群霍乱弧菌开展了分子特征分析。方法采用纸片法(K-B)开展抗生素敏感试验;多聚酶链反应(P... 目的非O1/O139群霍乱弧菌能够引起人类急性腹泻性疾病,但与O1群和O139群相比,人们往往容易忽视其危害性。因此,我们对分离于云南省的31株非O1/O139群霍乱弧菌开展了分子特征分析。方法采用纸片法(K-B)开展抗生素敏感试验;多聚酶链反应(PCR)扩增检测毒力基因;同时,我们对菌株进行了脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分析(MLST)分子分型研究。结果药敏实验结果显示,67.74%的菌株对利福平耐药,对萘啶酸和复方新诺明的耐药率为29.03%,所有的菌株对庆大霉素和环丙沙星敏感;PCR结果显示,所有菌株的ompW基因为阳性,87.10%的菌株hly基因为阳性,25.81%的菌株rstREl tor为阳性,16.13%的菌株rstRClassical和tcpAEl tor为阳性,而CT、rfbO1和rfbO139基因全为阴性;PFGE结果显示,31株非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的离散趋势,几乎没有相同带型的菌株出现;在MLST结果分析中,发现了1个gyrB新的等位基因,mdh基因发现了4个新的等位基因,metE基因发现了6个新的等位基因,pntA中发现了2个新的等位基因,purM中发现了3个新等位基因,pyrC中发现了4个新等位基因。经过排列组合后,共发现了17个新的霍乱弧菌ST型别(ST273-ST289)。结论非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的多样性特征,同时,云南省的非O1/O139群霍乱弧菌具有一定的地域特点,丰富了现有的霍乱弧菌分子分型数据库。 展开更多

关键词 非O1/O139群霍乱弧菌 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分析

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禽源多杀性巴氏杆菌多位点序列分型研究 被引量：7

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作者 李伟杰 田野 +3 位作者 岂晓鑫 蒋颖 魏财文 蒋桃珍 《中国兽药杂志》 北大核心 2017年第2期1-6,共6页

为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源... 为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源多杀性巴氏杆菌分为5种ST型,其中ST129为主要流行型,占94.0%(79/84)。本研究为我国禽源多杀性巴氏杆菌的流行病学监测和基因多样性提供了数据支持。 展开更多

关键词 多杀性巴氏杆菌 荚膜分型 多位点序列分型

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MLST分型技术在链球菌属中的相关参数 被引量：3

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作者 张颖 王卓林 +4 位作者 张志美 王艳萍 徐倩倩 郭时金 沈志强 《家畜生态学报》 北大核心 2013年第12期76-81,共6页

MLST分型技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法 ,该方法对多个管家基因进行序列分析,通过不同管家基因的分型来确定最终的序列分型。论文介绍了MLST技术在无乳链球菌、停乳链球菌似马亚种、肺炎链球菌、化脓性链球菌和猪链球菌中... MLST分型技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法 ,该方法对多个管家基因进行序列分析,通过不同管家基因的分型来确定最终的序列分型。论文介绍了MLST技术在无乳链球菌、停乳链球菌似马亚种、肺炎链球菌、化脓性链球菌和猪链球菌中的管家基因数目,引物序列和扩增片段大小,以期为微生物的分型奠定基础。 展开更多

关键词 MLST 链球菌 相关参数 管家基因

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鸡源性肺炎克雷伯菌的多位点序列分型和耐药性调查 被引量：2

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作者 李淑梅 陈俊杰 +1 位作者 孟志芬 许明录 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期500-503,共4页

为调查河南省鸡源性肺炎克雷伯菌的分子流行特点和耐药性分布,本研究从鸡场环境、兽医临床和市售鸡肉中分离鉴定得到肺炎克雷伯菌53株。采用多位点序列分型技术进行分子特征调查;同时采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定这些菌株对12种... 为调查河南省鸡源性肺炎克雷伯菌的分子流行特点和耐药性分布,本研究从鸡场环境、兽医临床和市售鸡肉中分离鉴定得到肺炎克雷伯菌53株。采用多位点序列分型技术进行分子特征调查;同时采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定这些菌株对12种常用抗生素的敏感性。结果显示,53株肺炎克雷伯菌分离株分为15个ST型,其中ST258和ST1466为单独的分子型,而ST23和ST137归为一组,其余11个ST型归为一组,属于克隆复合体CC347。药敏试验表明,53株分离株对加替沙星、亚胺培南均敏感,对其它10种常用抗生素的耐药率为7.55%~71.70%,多重耐药菌株占49.06%,不同ST型的菌株耐药表型有一定差异。本研究表明河南省流行的鸡源肺炎克雷伯菌分子型存在差异,并且耐药谱表现为多重耐药趋势。 展开更多

关键词 肺炎克雷伯菌 多位点序列分型 耐药谱 多药耐药

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铜绿假单胞菌耐药基因分析及多位点序列遗传分型 被引量：3

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作者 袁梦 袁月明 +3 位作者 陈宏彬 罗锦雁 俞慕华 段永翔 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期957-962,共6页

目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA... 目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA、SHV、PER、GES、GTX、SPM、GIM、IMP、VIM、DHA、oprD、Aac(6′)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull及Ⅰ类整合子基因。采用多位点序列分子分型方法进行聚类和克隆分析。结果检出11种耐药基因:TEM、SHV、IMP、DHA、Aac(6’)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull、Ⅰ类整合子及oprD基因,检出率分别为8.1%、6.4%、4.8%、9.7%、4.8%、14.5%、4.8%、56.5%,8.1%,8.1%,oprD基因缺失率为61.2%。52株铜绿假单胞菌检出耐药基因,形成19种耐药基因谱。多位点序列分型方法将62株铜绿假单胞菌,分为39个ST型,5个克隆群,1个优势克隆群CC244,1个优势独特型ST856。结论不同类型样本分离菌株携带耐药基因存在差异,部分病人分离株携带多种耐药基因。本研究铜绿假单胞菌具有遗传多样性,存在优势克隆群。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 多重耐药 耐药基因 聚合酶链反应 多位点序列分子分型 克隆群

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耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌种群结构和耐药机制研究 被引量：24

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作者 陈东科 周海健 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2018年第5期507-512,共6页

耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)是临床常见的耐药菌之一。本研究对88株全国49家医院收集的CRKP菌株进行碳青霉烯类耐药基因检测,其中65株(73.9%)检出bla_(KPC)类基因(64株检出bla_(K... 耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)是临床常见的耐药菌之一。本研究对88株全国49家医院收集的CRKP菌株进行碳青霉烯类耐药基因检测,其中65株(73.9%)检出bla_(KPC)类基因(64株检出bla_(KPC-2)、1株检出bla_(KPC-3))、9株(10.2%)检出bla_(NDM)类基因(均为bla_(NDM-1))、7株(8.0%)检出bla_(IMP)类基因(均为bla_(IMP-4))。通过多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)将88株CRKP分为25个MLST型,其中ST11型为优势型别,包含48株菌。88株CRKP通过脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分为79个PFGE型,呈现高度多态性。本研究揭示了我国blaKPC-2阳性CRKP菌株存在克隆化现象,存在ST11型流行克隆;而bla_(NDM-1)和bla_(IMP-4)阳性CRKP菌株分子型别多态性大,还没形成流行克隆。需要密切监测并采取措施控制携带blaKPC-2基因的ST11型CRKP的传播扩散。 展开更多

关键词 耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌 耐药基因 多位点序列分型 脉冲场凝胶电泳 种群结构

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多位点序列分型技术以及在乳酸菌分类鉴定中的应用 被引量：3

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作者 徐海燕 张和平 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2013年第8期36-39,共4页

多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)技术是通过测定同种细菌管家基因(housekeeping gene)的序列,来确定等位基因的差异,进而比较分析菌株之间进化关系的一种分子分型方法。该方法在细菌生物学基础研究方面已经发挥了重... 多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)技术是通过测定同种细菌管家基因(housekeeping gene)的序列,来确定等位基因的差异,进而比较分析菌株之间进化关系的一种分子分型方法。该方法在细菌生物学基础研究方面已经发挥了重要的作用,本文主要阐述MLST技术的方法和其在乳酸菌分类鉴定中的应用。 展开更多

关键词 多位点序列分型 乳酸菌 分类鉴定

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2016-2018年东莞地区耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌的耐药表型、耐药机制和分子流行病学分析 被引量：5

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作者 郭主声 吕飞 +7 位作者 谢树金 黄亚 林偲思 徐宝华 冯剑波 冯森 何芬 周谋清 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期798-805,共8页

目的通过研究东莞地区的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的耐药情况和基因分型,研究耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的亲缘性、耐药机制和bla_(KPC... 目的通过研究东莞地区的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的耐药情况和基因分型,研究耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的亲缘性、耐药机制和bla_(KPC-2)基因环境,为临床寻找控制和治疗该致病菌的更优方案提供参考。方法回顾性收集2016年1月—2018年12月东莞市人民医院、东莞东华医院、康华医院、东莞市中医院和东莞市妇幼保健院等十三所医院的住院患者的CRE菌株进行常规微生物培养、鉴定和药敏试验。以美罗培南或亚胺培南纸片法(K-B法)或最小抑菌浓度(MIC)测定法对肠杆菌目细菌进行初筛;采用改良Hodge试验、亚胺培南-EDTA双纸片协同试验和CIM试验检测CRE产酶情况;聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测并鉴定CRE的碳青霉烯类耐药基因(bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(DHA)、bla_(CTX-M)和bla_(CMY)),以及CRKP的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和孔蛋白(OmpK35、OmpK36和OmpK37);通过Junction PCR、Mapping PCR和Crossing PCR检测bla_(KPC-2)基因环境;使用WHONET 5.6软件统计分析CRE临床分离株在标本和科室中的分布与耐药情况,以及碳青霉烯酶基因在科室中的分布情况。结果从37217株肠杆菌目细菌中共检出131株CRE(占0.35%),其中肺炎克雷伯菌79株(占60.31%)、大肠埃希菌21株(占16.03%)和阴沟肠杆菌12株(占9.16%);检出CRE的临床科室主要为ICU(66株,占50.38%);在检出CRE的标本中,位于前3位分别是痰液标本(56株,占42.75%)、尿液标本(21株,占16.03%)、伤口分泌物标本(12株,占9.16%);CRE对目前临床中常使用的抗菌药物表现出高耐药性,仅对阿米卡星耐药率较低,为21.38%。检测104株CRE(包括肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和阴沟肠杆菌)发现的碳青霉烯酶有KPC-2型(57,54.81%)、NDM-1型(7株,6.73%)和NDM-5型(2株,1.92%);其中,CRKP主要为ST11型(49株,占62.03%),其次为ST1型(25株,占31.65%);ompK35(75株,占94.94%)、ompK36(77株,占97.47%)和ompK37(79株,占100%)发生突变的占比高;bla_(KPC-2)的基因环境主要为B1型突变型(38株,占48.10%),其次为A型突变型(14株,占17.72%)。结论2016—2018年东莞地区临床CRE检出率为0.35%,耐药性强,其中,CRKP主要为ST11型,主要流行的是KPC-2型,其基因环境为B1型突变型,而且孔蛋白突变占比极高,这提示东莞地区bla_(KPC-2)基因主要通过质粒进行传播,并且孔蛋白突变在CRE中发挥重要作用,院内感染医务工作者应根据该菌科室分布、耐药情况和耐药机制等特点,采取合理有效的预防和治疗方法。 展开更多

关键词 耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 多位点序列分型 孔蛋白 bla_(KPC-2) 基因环境

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碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子特征 被引量：31

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作者 高倩倩 殷杏 +4 位作者 祝俊英 秦娟秀 黄芊 夏强 李敏 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期53-57,共5页

目的了解碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药基因与毒力基因的分布及分子流行病学特征。方法收集2015年上海地区两所教学医院临床分离非重复的84株CRKP,采用纸片扩散法检测其对15种抗菌药物耐药表型,黏液丝试验检测高黏液表型,聚合... 目的了解碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药基因与毒力基因的分布及分子流行病学特征。方法收集2015年上海地区两所教学医院临床分离非重复的84株CRKP,采用纸片扩散法检测其对15种抗菌药物耐药表型,黏液丝试验检测高黏液表型,聚合酶链反应(PCR)及测序分析常见的碳青霉烯类耐药基因(bla_(KPC-2)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(OXA)、bla_(VIM))与毒力基因(rmpA、mrkD、entB、ybtS、magA、iutA、allS、kfu),多位点序列分型(MLST)方法进行克隆分型,eBURST软件对克隆分型结果进行种群结构分析。结果 84株CRKP除对环丙沙星及阿米卡星耐药率分别为77.4%(65株)和82.1%(69株)外,对其他抗菌药物耐药率高,均在90%以上,对亚胺培南、美罗培南、厄他培南耐药率均为100%。黏液丝试验阳性2株。PCR测序显示92.9%(78株)CRKP携带碳青霉烯类耐药基因,其中blaKPC-2的阳性率为90.5%(76株),分别检出1株bla_(NDM)、bla_(IMP)阳性菌株,未检出bla_(OXA)和bla_(VIM)。毒力基因mrkD、ybtS和entB分别为97.6%(82株)、92.9%(78株)和100%(84株),其他毒力基因阳性率较低。MLST分为8个ST型,以ST11为主,占71株(84.5%),ST15为4株,ST323为4株,2株高黏液表型克隆株均为ST11型。e BURST分析发现84株CRKP中有2个ST群。每个ST群分别包括2个ST型(ST11和ST1869,ST15和ST709)。其他4个ST型都是单个ST型,本研究中71株ST11、4株ST15、4株ST323和1株ST45分别属于CC258、CC15、CC163克隆复合体。结论 CRKP对临床常用抗菌药物呈高度耐药状态,肺炎克雷伯菌多重耐药或广泛耐药主要与菌株携带bla_(KPC-2)有关,CRKP中3种常见毒力基因mrkD、ybtS、entB阳性率高,ST11为该两所医院CRKP的主要ST型。 展开更多

关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯酶 基因 多位点序型分型 eBURST软件

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