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基于D-loop区多态性分析新疆地区7个哈萨克牛群体遗传结构和母系起源
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作者 王盼盼 沙拉玛提·波代 +2 位作者 巴合提·博代 李振伟 吾热力哈孜·哈孜汗 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1166-1179,共14页
【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列... 【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列,利用SnapGene软件对所获序列与参考序列进行比对、校正,确定mtDNA D-loop区序列的长度和位置,并统计碱基含量;利用DnaSP 5.10软件统计哈萨克牛种群单核苷酸多态性(SNP)位点,并计算单倍型数(H)、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)等参数;利用Arlequin 3.0软件分析哈萨克牛种群的遗传结构;采用Mega 11.0软件计算mtDNA D-loop区哈萨克牛种群的遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】哈萨克牛群体mtDNA D-loop区全序列长909~911 bp,其A、G、T、C 4种碱基平均含量分别为32.8%、13.8%、28.8%和24.6%,AT含量高于GC含量,179个个体共检测到131个SNPs,其中变异位点占所测核苷酸全长的14.40%,定义了89种单倍型,Hd和Pi分别为0.974和0.01288,表明哈萨克牛群体的遗传多样性十分丰富。分子变异分析结果表明,97.13%的变异属于群体内,2.87%则来自群体间变异,遗传距离为0.0109~0.0186,群体间遗传分化指数(F st)为―0.0053~0.0782,且均无显著分化(P>0.05)。系统发生树显示,新疆地区7个哈萨克牛群体有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】新疆地区哈萨克牛源于两个母系,遗传多样性丰富。尽管群体间存在遗传分化,但并未形成明显的地理隔离,且遗传结构差异正在缩小。本研究结果为保护和利用哈萨克牛遗传资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 哈萨克牛 线粒体dNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析
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作者 施海娜 王永杰 +5 位作者 梁万鹏 耿智广 李世恩 徐振飞 刘刚 刘哲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期601-613,共13页
[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,... [目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。 展开更多
关键词 庆阳驴 mtdna d-loop 遗传多样性 起源
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中国部分地方水牛品种mtDNA D-loop区遗传多样性与起源研究 被引量:24
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作者 齐国强 昝林森 +3 位作者 张桂香 王志刚 王均辉 韩旭 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-11,共5页
对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 ... 对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 0±0.005 6,平均核苷酸差异(Average number of nucleotide differences,k)为18.445 0,表明我国水牛的遗传多态性丰富。构建的NJ进化树显示这10个品种的水牛主要有两个母系起源。 展开更多
关键词 中国地方水牛 mtdna d-loop 遗传多样性 起源
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云南3个地方鸡群体mtDNA D-loop遗传多样性分析 被引量:16
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作者 苗永旺 孙利民 +5 位作者 王素芳 欧阳依娜 张永云 袁峰 和四池 李庆量 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期395-401,共7页
他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍... 他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍型,单倍型多样度为0.855±0.036,核苷酸多样度为0.017 15±0.000 58,群体内遗传距离为0.018±0.004;在兰坪绒毛鸡中发现18个核苷酸变异位点,共定义7种单倍型,单倍型多样度为0.545±0.079,核苷酸多样度为0.004 65±0.001 29,群体内遗传距离为0.005±0.001;在武定鸡中观测到36个变异位点,共定义26种单倍型,单倍型多样度为0.922±0.018,核苷酸多样度为0.015 34±0.000 80,群体内遗传距离为0.016±0.003。单倍型中介网络分析显示:他留乌骨鸡和武定鸡均包含A,B,E,F,G和H等6个母系世系,但各世系的构成比存在较大差异:他留乌骨鸡中A,B,E,F,G和H世系的构成比为35.19%,5.55%,5.55%,16.67%,27.78%,9.26%,而在武定鸡中却为34.72%,22.22%,12.50%,12.50%,15.28%,2.78%;兰坪绒毛鸡仅含有A,F和G等3个世系,构成比为2.13%,89.36%,8.51%,云南土著鸡血统占97.87%,主要由F世系构成。上述结果揭示云南3个地方鸡群体存在较大遗传分化,他留乌骨鸡和武定鸡群体变异丰富,兰坪绒毛鸡群体变异较为贫乏,但其母系遗传组成独特。本研究结果支持家鸡多个母系起源的论点。 展开更多
关键词 他留乌骨鸡 兰坪绒毛鸡 武定鸡 mtdna dloop 遗传多样性 遗传组成
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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性 被引量:34
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作者 贡潘偏抽 刘丽仙 +6 位作者 李大林 袁跃云 孙利民 杨润 刘文瑜 刘伟 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期211-214,223,共5页
采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位... 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19%;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值)为0.015 03±0.000 99,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。 展开更多
关键词 瓢鸡 线粒体dNA dloop 单倍型 遗传变异 核苷酸多样度
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究 被引量:11
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作者 王继英 郭建凤 +3 位作者 孙守礼 王诚 张印 武英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期792-799,共8页
为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分... 为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(〉0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。 展开更多
关键词 山东省猪种 mtdna d-loop 遗传多样性 系统进化
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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性 被引量:20
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作者 吴婵 李辉 +4 位作者 李敬瑞 张大权 谢国午 孔嫣 易恒洁 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第12期137-140,共4页
采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点... 采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。 展开更多
关键词 贵妃鸡 线粒体dNA d-loop 遗传多样性 单倍型
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州河鲤、建鲤和框鳞镜鲤的mtDNA D-loop的RFLP分析 被引量:11
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作者 杨正玲 赵世海 +1 位作者 龚疏影 董仕 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第3期40-45,共6页
应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、Hinf... 应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ)有酶切位点,4种(DraⅠ、HaeⅢ、TaqⅠ和XspⅠ)个体间存在变异。不同酶切结果组合后,共得到6种单倍型。州河鲤中以单倍型Ⅲ为主,达91.37%,建鲤以单倍型Ⅵ为主,达81.25%;框鳞镜鲤中单倍型Ⅱ占39.47%,单倍型Ⅲ占47.37%;州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤群体内的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.1603、0.3327,0.6287、0.003042,0.004838、0.007163。州河鲤与框鳞镜鲤间的Rogers遗传距最小,为0.4080;州河鲤与建鲤间的为0.8440;框鳞镜鲤与建鲤间的为0.6469。 展开更多
关键词 鲤(Cyprinus carpio) mtdna dloop RFLP 核苷酸多样性 Rogers遗传距
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藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究 被引量:19
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作者 王康环 金红 +4 位作者 蒋利 何孝凡 於建国 蒋小松 徐亚欧 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第1期160-166,共7页
为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多... 为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点(singleton variable sites) 82个,简约信息位点(parsimony informative sites)86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G(37.5%),共检测到70种单倍型,核苷酸多样性(Pi)在0.01040~0.02892之间,单倍型多样性在0.640~1.000之间,平均核苷酸差异数(K)为18.340,Tajima’s D中性检验发现这5个类群均不显著。通过构建NJ进化树结果表明,在藏系绵羊中红原类群与欧拉类群的亲缘关系最近,其次藏系绵羊中贾洛类群才与红原、欧拉类群聚为一类,再依次聚类的为新疆细毛羊、欧洲摩弗伦羊、东方盘羊;盘羊与羱羊单独聚为一类。该5个类群存在明显的3个母系起源。 展开更多
关键词 绵羊 线粒体d-loop 遗传多态性 系统进化
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中国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析 被引量:14
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作者 刘念 傅建军 +5 位作者 董在杰 朱文彬 王兰梅 苏胜彦 宋飞彪 陈兴婷 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第3期75-82,共8页
探讨当前中国鲤(Cyprinus carpio)野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的4个野生群体(清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤)和2个育成品种(福瑞... 探讨当前中国鲤(Cyprinus carpio)野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的4个野生群体(清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤)和2个育成品种(福瑞鲤和松浦鲤)共计185尾个体,进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930 bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型,其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多(分别为18和9个),而福瑞鲤和松浦鲤各存在1个优势单倍型(占有率分别为93%和80%)。F_(ST)值检验发现,松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著(P>0.05),其余群体间均呈极显著遗传分化(P<0.01)。基于群体间K2P遗传距离(0.005~0.013)的NJ树显示,福瑞鲤和黄河鲤首先聚类,然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类;最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显著(P<0.01),占总变异的35.59%。研究表明,鲤的野生群体(清水江鲤和太湖鲤)存在较高的遗传多样性,具有进一步选育利用的潜力;而2个育成品种(福瑞鲤和松浦鲤)在选育过程中积累了较高的遗传纯度。 展开更多
关键词 群体 线粒体dNA d-环序列 遗传变异
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普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析 被引量:5
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作者 周其椿 林艳红 +3 位作者 彭江涛 王金娜 王禄超 安苗 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第22期173-175,183,共4页
为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+... 为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 普安银鲫 mtdna dloop 多态性 遗传多样性
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广西5个猪种和国外3个猪种mtDNA D-loop序列遗传多样性及进化分析 被引量:8
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作者 张冰 廖海洪 +2 位作者 农素群 马青艳 孙俊丽 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第7期1807-1815,共9页
为了比较广西猪种和国外3个猪种的遗传资源多样性和进化关系,利用文献报道的1对引物测定了广西5个地方猪种(巴马香猪、东山猪、桂中花猪、陆川猪、环江香猪)共85个样本的mtDNA D-loop序列,结合已报道的国外3个猪种(杜洛克猪、大约克猪... 为了比较广西猪种和国外3个猪种的遗传资源多样性和进化关系,利用文献报道的1对引物测定了广西5个地方猪种(巴马香猪、东山猪、桂中花猪、陆川猪、环江香猪)共85个样本的mtDNA D-loop序列,结合已报道的国外3个猪种(杜洛克猪、大约克猪和长白猪)的45条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性和系统发育树分析。结果表明,8个群体样本的130条序列共定义38种单倍型;广西各猪种之间遗传距离较小,远小于其与国外猪种杜洛克猪、长白猪间的遗传距离;构建的NJ分子系统进化树将所分析样本分为2个独立的支系:一支包含了所有广西地方猪种和部分大约克猪的单倍型,另一支则全部是3个国外猪种的单倍型,广西猪种和3个国外猪种有着两个明显不同的母系起源。陆川猪在系统树上分布较为紧密,其他4个猪种都很分散,表明陆川猪母源血统单一,其他4个猪种母源血统遗传背景比较复杂,彼此之间有基因交流。广西猪种母系资源没有受到国外引进猪种资源的影响,在其开发利用中依然适合用作母本。 展开更多
关键词 广西猪种 国外猪种 线粒体dNA控制区 遗传多样性 系统进化
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腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量:5
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作者 王荣琼 张自芳 +3 位作者 黄静 钱林东 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2021年第1期75-81,共7页
【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱... 【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.01641±0.00028,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。 展开更多
关键词 腾冲雪鸡 mtdna d-loop 遗传多样性 母系世系 遗传分化
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4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析 被引量:14
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作者 王淞 曹晓霞 +1 位作者 谷口顺彦 董仕 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2010年第4期3-9,15,共8页
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验... 采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%-90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885-0.6526和0.001182-0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ^2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P〈0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。 展开更多
关键词 鲢(Hypophthalmichthys molitrix) mtdnad-loop PCR-RFLP 遗传多样性 Rogers遗传距
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西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量:25
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作者 黄道平 李大林 +3 位作者 袁峰 林聪 李辉建 苏绍华 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期373-376,共4页
为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.... 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.014 52±0.000 98;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 展开更多
关键词 西畴乌骨鸡 线粒体dNA d-loop 单倍型 遗传变异
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3个群体团头鲂mtDNA D-loop区段的限制性片断长度多态性分析 被引量:9
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作者 边春媛 董仕 谭书贞 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期175-179,共5页
对采自于天津市蓟县、宁河县以及山西省太原市的3个人工繁殖群体共136尾团头鲂Megalobrama amblycephala的mtDNA D-loop区段进行PCR扩增,用14种核酸内切限制酶酶切后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明:在14种内切酶中,9种... 对采自于天津市蓟县、宁河县以及山西省太原市的3个人工繁殖群体共136尾团头鲂Megalobrama amblycephala的mtDNA D-loop区段进行PCR扩增,用14种核酸内切限制酶酶切后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明:在14种内切酶中,9种有酶切位点;蓟县和太原两个群体(90尾鱼)中,个体间没有变异,只有一种单倍型,两群体内的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数均为0;宁河县群体46尾鱼中存在2种单倍型,有2个个体与蓟县和太原群体的XspⅠ和MboⅠ酶切图谱不同,其单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.0850、0.001312;宁河县群体与蓟县(或太原)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.000015和0.0435;χ2检验结果显示,3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。可以认为团头鲂mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低。 展开更多
关键词 团头鲂 mtdna dloop PCR—RFLP 遗传多样性
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黔东南小香鸡mtDNA D-Loop区遗传多态性分析 被引量:19
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作者 李辉 吴婵 +1 位作者 熊光源 申学林 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期155-157,共3页
采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态... 采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态位点,其中30个为转换、1个为颠换,没有检测到插入/缺失位点;序列共存在21种单倍型,单倍型多样度为0.900,核苷酸多样度为0.01292,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富。小香鸡的所有单倍型都与红色原鸡的3个亚种聚在一支,说明小香鸡属于红色原鸡种;在分支内部又有3个分支,揭示小香鸡在遗传组成上具有3个母系血统来源。 展开更多
关键词 小香鸡 线粒体dNA d-loop 遗传变异 核苷酸多样性
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利用mtDNA D-loop序列为遗传标记分析槟榔江水牛的群体遗传特征 被引量:3
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作者 苗永旺 李大林 +5 位作者 袁峰 梁建平 李卫真 刘伟 李卓然 章纯熙 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期625-632,共8页
槟榔江水牛是近年在云南西部发现的中国第一个本土河流型水牛群体,具有较高种用价值,但其重要遗传背景信息还不清楚。本文采用PCR产物直接测序法对86头槟榔江水牛mtDNA D-Loop序列进行了突变检测,并以GenBank上已发表的70条河流型和112... 槟榔江水牛是近年在云南西部发现的中国第一个本土河流型水牛群体,具有较高种用价值,但其重要遗传背景信息还不清楚。本文采用PCR产物直接测序法对86头槟榔江水牛mtDNA D-Loop序列进行了突变检测,并以GenBank上已发表的70条河流型和112条沼泽型水牛mtDNA D-Loop序列为对照,对所得数据进行群体遗传和系统发育分析。结果在槟榔江水牛中检测到33种单倍型,112个多态位点。其中单一变异位点14个,简约信息位点98个。槟榔江水牛mtDNA D-Loop序列T,C,A,G的平均含量分别为28.43%,24.82%,31.96%,14.79%,单倍型多样度为(0.948±0.012),核苷酸多样度为(0.038 1±0.001 6),序列间平均核苷酸差异数为33.288,群体内平均遗传距离为(0.043±0.005)。系统发育、中介网络图和群体遗传关系分析表明,槟榔江水牛含有两个差异显著的母系世系组分,其中一个为河流型世系,在群体中占61.63%;另一个为沼泽型世系,在群体中占38.37%,而其沼泽型世系可进一步分为A,B,C 3个支系,其中,C为在水牛中新发现的支系,其频率极低。结果揭示了槟榔江水牛群体遗传多样性丰富,但该群体存在一定的沼泽型水牛基因渗入。 展开更多
关键词 槟榔江水牛 mtdna d-loop 遗传多态性 遗传分化 基因渗入
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鸡mtDNA D-loop区单倍型簇频率与中国家鸡多母系起源研究 被引量:2
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作者 梁勇 康乐 +3 位作者 崔建勋 吕雪梅 杨宁 张细权 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2342-2353,共12页
本研究旨在通过分析家鸡和原鸡D-loop区单倍型簇的区域性分布和频率揭示中国家鸡多母系起源的区域和传播途径。通过对1 347条鸡D-loop序列进行完全对比排序,共发现198种单倍型,聚成12个单倍型簇。分析结果显示,海岛型红色原鸡与家鸡和... 本研究旨在通过分析家鸡和原鸡D-loop区单倍型簇的区域性分布和频率揭示中国家鸡多母系起源的区域和传播途径。通过对1 347条鸡D-loop序列进行完全对比排序,共发现198种单倍型,聚成12个单倍型簇。分析结果显示,海岛型红色原鸡与家鸡和大陆型红色原鸡有明显差异;苏门答腊大陆型红色原鸡作为独立分支,也体现出与东南亚大陆型红色原鸡的区别。单倍型簇频率分析显示,Clade C代表的母系可能更早在东南亚及云南等地驯化并对我国南方家鸡形成产生影响,但并非直接由云南引入我国,应该另有途径;Clade D代表的母系可能更早在山东及河南一带驯化繁衍,后引入四川,并在四川开始大规模繁育饲养,此后向周边区域传播扩散,成为中国家鸡重要母系来源。本研究结果进一步支持了我国家鸡多母系起源的论断,并指出东南亚是我国南方家鸡重要的母系来源;同时,河南和山东一带也可能是我国家鸡起源的区域之一。 展开更多
关键词 家鸡 mtdna d-loop 单倍型 聚类分析 频率 起源
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云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量:3
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作者 钱林东 李大林 +4 位作者 张自芳 陆润峰 侬胜虎 田应华 凌军 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期622-625,共4页
为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位... 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.024 16;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 展开更多
关键词 文山黄牛 线粒体dNA d-loop 单倍型 遗传变异
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