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耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌对磷霉素耐药性研究
1
作者 李敏 黎萍 左玮 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第6期845-854,共10页
目的探讨磷霉素耐药的高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP)菌株的临床和流行病学特征,以及对磷霉素耐药的潜在分子机制,为临床抗感染治疗决策提供参考依据。方法通过药物敏感性试验,筛选并收集2023年1-12月某地三级甲等医院的非重... 目的探讨磷霉素耐药的高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP)菌株的临床和流行病学特征,以及对磷霉素耐药的潜在分子机制,为临床抗感染治疗决策提供参考依据。方法通过药物敏感性试验,筛选并收集2023年1-12月某地三级甲等医院的非重复hv-CRKP菌株,分析其临床特征和耐药性,并采用全基因组测序研究非磷霉素敏感hv-CRKP的分子流行病学特征。结果共纳入73株hv-CRKP,其中34株(46.6%)对磷霉素耐药。磷霉素非敏感组患者糖尿病患病率高于磷霉素敏感组(P<0.05),其他临床特征比较差异无统计学意义。药敏结果显示,除替加环素、黏菌素、头孢他啶/阿维巴坦和磷霉素外,hv-CRKP对其他常见抗菌药物的耐药率均超过90%。荚膜血清型和毒力基因检测显示,所有hv-CRKP均为产KPC酶ST11型菌株,主要血清型为KL64(47.9%)和KL25(52.1%),磷霉素敏感组与磷霉素非敏感组hv-CRKP荚膜血清型分布比较,差异无统计学意义。耐药基因检测结果显示,碳青霉烯酶耐药基因bla KPC和磷霉素耐药基因fos A和fos A6在hv-CRKP中广泛存在,仅在磷霉素非敏感组检测到1株携带fos A3基因;73株hv-CRKP均携带mur A中的Leu359Gln突变修饰,部分具有转运系统相关基因glp T突变,未检出其他磷霉素修饰酶耐药基因,如fos A2、fos A5、fos A10、fos B、fos C和fos X。结论hv-CRKP对磷霉素的耐药率较高,mur A、glp T修饰突变,以及磷霉素耐药基因fos A和fos A6的广泛存在是本研究中磷霉素耐药的主要机制。需要注意的是,fos A类基因可能被含有强启动子的高拷贝质粒捕获,从而导致磷霉素耐药。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 高毒力 磷霉素 耐药机制 分子流行病学
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量：1
2
作者 王星月 杨志远 +5 位作者 林健 张紫萱 周雨婷 程慧敏 刘月焕 胡格 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期335-342,共8页
为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成... 为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成功建立了荧光定量PCR检测方法。此外,还对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行了全面评估。利用建立的荧光定量PCR方法对华北和西北部分地区147份临床样本进行检测,并对阳性代表样本的Cap全长序列进行遗传演化分析。结果表明,所建立的荧光定量PCR方法在1×10^(4)至1×10^(8)拷贝·μL^(-1)范围内显示出良好的线性关系,最低检测限达到1×10^(1)拷贝·μL^(-1),显著高于传统PCR方法。此方法具有良好的重复性,且不与其他常见鸽病病原产生交叉反应。采用本试验方法检测的147份华北和西北部分地区肉鸽和信鸽临床样本PiCV阳性率为85.0%,阳性样本的Cap全长序列分析及遗传演化分析结果显示,6株分离株相似性在89.8%~97.5%之间,与PiCV HeBeiTS2021株在同一个分支,亲缘关系较近。建立的PiCV荧光定量PCR方法具备灵敏、特异和稳定等优点,可用于PiCV的快速检测,同时流行病学调查结果表明,2022—2023年华北和西北部分地区PiCV感染率较高,为我国PiCV的防控研究提供数据支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 Cap基因 荧光定量PCR 分子流行病学 遗传演化分析
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超强台风“摩羯”登陆文昌后特殊病原菌感染的流行病学特征及其耐药性
3
作者 陈净 苏秀莹 +3 位作者 田佳 杨召伍 陈山 郑常睿 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第8期1033-1041,共9页
目的研究超强台风“摩羯”灾后文昌地区特殊病原菌感染的流行病学特征,为灾区感染性疾病的诊治和防控提供依据。方法回顾性分析台风登陆前(2024年8月6日—9月5日)、后(2024年9月6日—10月5日)组及历史同期组(A2023、B2022、C2021、D2020... 目的研究超强台风“摩羯”灾后文昌地区特殊病原菌感染的流行病学特征,为灾区感染性疾病的诊治和防控提供依据。方法回顾性分析台风登陆前(2024年8月6日—9月5日)、后(2024年9月6日—10月5日)组及历史同期组(A2023、B2022、C2021、D2020、E2019,2019—2023年每年9月6日—10月5日)共7个组9种人兽共患病原菌和条件致病菌感染患者的临床特征和病原菌数据,比较分析患者的流行病学特征、病原菌分布及菌株耐药性等。结果台风登陆后组检出26例感染患者,整体感染率高于除B2022组外的所有组(均P<0.05)。病例主要分布于沿海地区;感染途径以医院外为主(88.5%);男性占80.8%,农民占53.9%,69.2%的病例在台风后10 d内发生。感染部位以多部位合并感染、血流感染和软组织感染为主。主要病原菌对常用抗菌药物保持较高敏感性。临床初始经验性抗菌药物使用准确率偏低(登陆后45.5%VS既往同期62.8%)。临床治愈率降至76.9%,病死率升至7.7%。假鼻疽伯克霍尔德菌和肾脏钩端螺旋体感染者病死率分别为25.0%、50.0%。结论台风灾后特殊病原菌感染显著增加且预后较差,建议重视血培养和分子生物学检测,以实现早期诊断和精准治疗,完善防控措施并提高临床经验性用药的准确性。 展开更多
关键词 超强台风 病原菌 流行病学特征 耐药性 分子诊断 气候变化
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上海某三甲医院耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的临床分布与耐药基因分析
4
作者 邓嫦姿 孙毓锴 +3 位作者 黄晓春 万玉香 林佳 马炜 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第7期881-888,共8页
目的了解上海某三甲医院耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CRPA)的临床分布特点及耐药基因型,为指导临床抗菌药物的合理使用、降低细菌耐药性和控制院内感染提供科学依据。方法 收集2019年1月1日至12月31日海军军医大学第一附属医院临床标本中... 目的了解上海某三甲医院耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CRPA)的临床分布特点及耐药基因型,为指导临床抗菌药物的合理使用、降低细菌耐药性和控制院内感染提供科学依据。方法 收集2019年1月1日至12月31日海军军医大学第一附属医院临床标本中分离出的连续不重复CRPA菌株(共94株),统计分析CRPA的科室分布、样本来源等。采用 VITEK 2 Compact 全自动微生物分析仪和纸片扩散法(Kirby-Bauer 法)检测铜绿假单胞菌对13种抗菌药物的敏感性,采用PCR法扩增超广谱 β-内酰胺酶耐药基因、碳青霉烯酶耐药基因、膜孔蛋白基因。采用基于k-mer算法的kSNP3软件对筛选菌株进行单核苷酸多态性(SNP)分析并构建进化树,基于PubMLST数据库中铜绿假单胞菌的分型方案进行多位点序列分型(MLST)分析。结果 94株CRPA对碳青霉烯类抗生素亚胺培南(92.6%,87株)、美罗培南(87.2%,82株)的抗生素耐药率较高,对氨基糖苷类抗生素阿米卡星(10.6%,10株)、庆大霉素(20.2%,19株)、妥布霉素(20.2%,19株)的耐药率较低。科室分布排名前3位的是急救监护室(9.6%,9株)、脑血管外科(8.5%,8株)和呼吸科(8.5%,8株)。PCR检出外膜蛋白D2(OprD2)基因缺失菌株47株(50.0%),13株(13.8%)blaKPC阳性菌,4株(4.3%)blaVIM阳性菌,2株(2.1%)blaIMP阳性菌,1株(1.1%)blaNDM阳性菌,12株(12.8%)blaTEM阳性菌,4株(4.3%)blaPER阳性菌,2株(2.1%)blaGES阳性菌,blaOXA-48、blaBIC、blaSIM、blaVEB、blaSHV等基因未检出。MLST分析鉴定出36种不同的序列类型(ST),其中最常见的是ST463和ST274,并首次发现了2种新的ST(ST4023和ST4024)。结论 临床分离的CRPA携带多种耐药基因,对多种临床常用抗菌药物同时耐药,其耐药主要与细菌携带blaKPC、blaVIM、blaTEM基因和缺失OprD2基因有关。临床应加强对CRPA的监测,合理使用抗菌药物,控制其在院内的传播。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌 耐药基因 耐药率 分子流行病学
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近年湖南省猪圆环病毒2型感染状况的调查及遗传演化分析
5
作者 范杰 邰易润 +7 位作者 朱艳丽 陈志雄 胡巧云 陈智 刘甜甜 李欣 范仲鑫 葛猛 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1376-1385,共10页
本研究旨在掌握近期湖南省各地区猪圆环病毒2型(PCV2)最新的感染和遗传演化情况。本研究运用qPCR方法对2021-2023年采集自湖南省长沙市、岳阳市、怀化市、常德市、株洲市等14个地级市的1244份肥猪的淋巴结、拭子、脑组织及血样通过qPCR... 本研究旨在掌握近期湖南省各地区猪圆环病毒2型(PCV2)最新的感染和遗传演化情况。本研究运用qPCR方法对2021-2023年采集自湖南省长沙市、岳阳市、怀化市、常德市、株洲市等14个地级市的1244份肥猪的淋巴结、拭子、脑组织及血样通过qPCR进行了病毒核酸检测,筛选出PCV2阳性样品,再通过PCR扩增及测序对PCV2的ORF2基因序列进行分析。结果显示,1244份样品中有778份为PCV2阳性,总阳性率达62.54%,其中邵阳市的PCV2阳性率最高,达92.55%(87/94),郴州市最低,为18.28%(17/93);57株PCV2 ORF2基因测序结果表明,PCV2a、PCV2b和PCV2d占比分别为12.28%、7.02%和80.70%;测序毒株间的ORF2基因核苷酸、氨基酸序列相似性分别为88.5%~100.0%和86.3%~100.0%,存在45个氨基酸差异位点,PCV2d间存在15个差异氨基酸位点,选择压力分析表明,PCV2存在3个阳性选择位点。研究表明:目前,PCV2的突变速率较快,各毒株之间存在较多的氨基酸位点差异,与既往报道相同,本研究中PCV2d已成为绝对优势的流行毒株,PCV2的这些变异可能使现有疫苗保护效果减弱,应予以重视。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分子流行病学调查 遗传变异 ORF2基因 选择压力
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猪源牛病毒性腹泻病毒的研究进展
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作者 魏梅蕊 廖惠珍 +10 位作者 潘书磊 王荣 吴宏正 王帅恒 王育顺 林祚贵 余勋信 杨慧 曾亮明 张体银 徐磊 《福建畜牧兽医》 2025年第3期40-44,共5页
猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是一种跨界传播病原,可感染猪并引发与猪瘟相似的临床症状,对全球养猪业构成威胁。由于BVDV与猪瘟病毒同源性较高,在临床上对BVDV的有效诊断和控制具有挑战性。本文旨在对猪源BVDV的流行病学特征、病原分子... 猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是一种跨界传播病原,可感染猪并引发与猪瘟相似的临床症状,对全球养猪业构成威胁。由于BVDV与猪瘟病毒同源性较高,在临床上对BVDV的有效诊断和控制具有挑战性。本文旨在对猪源BVDV的流行病学特征、病原分子特征、临床表现与病理特征、诊断方法、综合防控的研究进展进行总结和展望,以期为猪源BVDV的进一步研究和控制提供参考。 展开更多
关键词 猪源BVDV 流行病学 分子特征 诊断方法 防控策略
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犬弓首蛔虫研究进展
7
作者 徐泽方 吴垚松 +5 位作者 李宏伟 赵鹏 张硕 单信洋 赵云龙 刘淼 《现代畜牧科技》 2025年第8期129-132,共4页
犬弓首蛔虫(Toxocara canis)作为一种重要的人畜共患寄生虫,广泛分布于犬科动物中,并通过其幼虫阶段对人类健康构成威胁。近年,犬弓首蛔虫研究在流行病学、分子生物学及诊断技术等领域取得了显著进展。流行病学研究揭示了其全球分布特... 犬弓首蛔虫(Toxocara canis)作为一种重要的人畜共患寄生虫,广泛分布于犬科动物中,并通过其幼虫阶段对人类健康构成威胁。近年,犬弓首蛔虫研究在流行病学、分子生物学及诊断技术等领域取得了显著进展。流行病学研究揭示了其全球分布特征及环境传播风险,分子生物学技术阐明关键基因功能,组学技术为寄生虫与宿主交互提供了新视角。然而,研究仍面临诸多挑战,如关键基因功能不清、诊断特异性不足、治疗效果有限及公共卫生防控难度大等问题。该文系统总结了犬弓首蛔虫的研究现状,分析了当前的技术与公共卫生瓶颈,并提出了未来研究方向,包括深化基础研究、优化诊断与治疗手段、加强公共卫生策略。持续研究不仅具有科学意义,还对降低弓首蛔虫病的全球负担具有重要实践价值。 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 人畜共患病 流行病学 分子生物学 公共卫生
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凉山黑绵羊球虫病分子流行病学调查
8
作者 陈忠敏 吉色曲伍 +6 位作者 徐存燕 周可磊 李维 扎西祝玛 陈弟诗 陶思宇 李英林 《中国动物检疫》 2025年第8期18-24,共7页
为了解凉山黑绵羊的球虫感染状况,明确感染种类及其遗传特征,采集400份来自不同养殖场的疑似球虫感染的黑绵羊新鲜粪便样品,利用冻融裂解结合蛋白酶K消化法提取DNA,采用PCR技术,使用特异性引物扩增阳性样品ITS1基因,并通过Clustal W方... 为了解凉山黑绵羊的球虫感染状况,明确感染种类及其遗传特征,采集400份来自不同养殖场的疑似球虫感染的黑绵羊新鲜粪便样品,利用冻融裂解结合蛋白酶K消化法提取DNA,采用PCR技术,使用特异性引物扩增阳性样品ITS1基因,并通过Clustal W方法计算分析获得的ITS1基因核苷酸序列同源性,应用MEGA11中的Neighbor-Joining法构建系统进化树。结果显示:凉山黑绵羊球虫总体感染率为29.5%(118/400),其中散养羊群感染率(36.0%)高于规模养殖场(26.6%);鉴定出E.ahsata(阿撒他)、E.weybridgensis(温布里吉)及E.faurei(浮氏)3种艾美耳球虫。ITS1基因遗传进化分析发现,本地球虫流行株与墨西哥同种球虫株同源性较高,提示存在虫种跨区域传播。结果表明,凉山黑绵羊球虫感染较为普遍,且流行虫种存在遗传多样性,散养羊群是球虫病重点防控对象,需加强羊球虫病监测。本调查为凉山州黑绵羊球虫病综合防治提供了依据。 展开更多
关键词 凉山黑绵羊 球虫 分子流行病学调查 ITS1基因 遗传进化
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云南省部分地区山羊十二指肠贾第虫基因型鉴定及分析
9
作者 孙绍美 张艳 +4 位作者 李飞 许进红 李卫娟 吴志蕾 舒凡帆 《动物医学进展》 北大核心 2025年第7期131-135,共5页
为了解云南省部分地区山羊十二指肠贾第虫感染及基因型分布情况,从云南省2个地区共采集了183份新鲜山羊粪样,基于核酸丙糖异构酶(tpi)位点对样品中的十二指肠贾第虫进行检测。结果显示,采集的山羊粪样中十二指肠贾第虫总感染率为9.29%(1... 为了解云南省部分地区山羊十二指肠贾第虫感染及基因型分布情况,从云南省2个地区共采集了183份新鲜山羊粪样,基于核酸丙糖异构酶(tpi)位点对样品中的十二指肠贾第虫进行检测。结果显示,采集的山羊粪样中十二指肠贾第虫总感染率为9.29%(17/193),其中红河州、昆明市的感染率分别为8.24%(7/85)、10.20%(10/98),不同地区、不同品种、不同养殖方式下羊十二指肠贾第虫感染率差异不显著(P>0.05)。共发现一种集聚体,为聚体类E,在体类E的5中不同亚型中(E4、E5、E56、E12、E3),E4为优势亚型。研究结果表明,云南省部分地区存在山羊十二指肠贾第虫感染,其分布呈现有限的遗传多样性,其优势聚集体和亚型以感染动物为主。研究结果有助于全面了解十二指肠贾第虫在云南省部分山羊中的流行特征和人兽共患风险,为该疾病的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 十二指肠贾第虫 山羊 流行特征 分子流行病学
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猪源十二指肠贾第虫分子流行病学研究进展
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作者 王臣荣 许瑞勤 郝乐瑶 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第5期115-119,共5页
十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)是一种重要的肠道寄生原虫,能感染多种宿主,包括人类和猪,可引起宿主腹泻、营养不良和体重减轻等症状,不仅给畜牧业造成经济损失,而且会危害公众健康。分子生物学技术在十二指肠贾第虫的检测、基因... 十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)是一种重要的肠道寄生原虫,能感染多种宿主,包括人类和猪,可引起宿主腹泻、营养不良和体重减轻等症状,不仅给畜牧业造成经济损失,而且会危害公众健康。分子生物学技术在十二指肠贾第虫的检测、基因分型及溯源等方面发挥着重要作用。文章对我国猪源十二指肠贾第虫分子流行病学研究进展进行综述,为其有效防控提供参考。 展开更多
关键词 十二指肠贾第虫 猪 分子流行病学 人兽共患病
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某综合性医院血液病患者艰难梭菌感染分子流行病学回顾性研究
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作者 郑丽思 赵帆 +1 位作者 朱嘉梁 吕涛 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第2期121-128,共8页
目的回顾性调查4年期间某综合性医院血液病患者艰难梭菌感染发生情况及临床特征,用核糖体分型技术分析艰难梭菌的分子流行病学及院内传播的风险。方法2019年7月—2023年7月,从血液病房患者腹泻粪便样本中分离出艰难梭菌;用聚合酶链式反... 目的回顾性调查4年期间某综合性医院血液病患者艰难梭菌感染发生情况及临床特征,用核糖体分型技术分析艰难梭菌的分子流行病学及院内传播的风险。方法2019年7月—2023年7月,从血液病房患者腹泻粪便样本中分离出艰难梭菌;用聚合酶链式反应(PCR)检测毒素基因tcdA、tcdB和二元毒素基因(cdtA、cdtB);毛细管凝胶电泳核糖体分型技术对产毒菌株进行分型研究。结果共分离得到130株产毒艰难梭菌,其中毒素A和B均阳性(A+B+)菌株116株(116/130,89.2%);毒素A阴性而毒素B阳性(A-B+)菌株14株(14/130,10.8%);130株产毒菌株中二元毒素阳性菌株7株(A+B+CDT+)(7/130,5.4%)。PCR核糖体分型将130株产毒艰难梭菌分为9个克隆群,同源性分析发现产毒素艰难梭菌在不同楼层病房之间以及同一病房不同时间有一定的流行。结论针对免疫功能低下患者,如血液恶性疾病患者,应提高临床医生对艰难梭菌感染的诊疗意识;同时可应用相应的分子流行病学分析监测聚集性病例菌株,对污染的医疗环境进行严格消毒,医护人员严格执行手卫生,实施有效的感染控制,从而减少艰难梭菌院内暴发流行。 展开更多
关键词 艰难梭菌感染 血液病 PCR核糖体分型 分子流行病学
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山东某大型肉鸡屠宰场弯曲菌分布特征及传播规律研究
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作者 苗帅 黄秀梅 +11 位作者 王琳 刘俊辉 赵建梅 高玉斌 宋时萍 张思宇 刘娜 赵格 张喜悦 王君玮 王娟 曲志娜 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第6期583-591,共9页
目的了解肉鸡屠宰环节中弯曲菌的污染水平、耐药菌株分布、分子流行特征,探讨其传播规律及防控措施。方法利用细菌培养、微生物质谱鉴定、微量肉汤稀释法及全基因测序(Whole Genome Sequencing,WGS)技术,对2023年8月至2024年7月从胶东... 目的了解肉鸡屠宰环节中弯曲菌的污染水平、耐药菌株分布、分子流行特征,探讨其传播规律及防控措施。方法利用细菌培养、微生物质谱鉴定、微量肉汤稀释法及全基因测序(Whole Genome Sequencing,WGS)技术,对2023年8月至2024年7月从胶东某大型肉鸡集团屠宰场采集的屠宰线拭子样品及鸡胴体/产品进行弯曲菌定性和定量分析,并对分离菌株进行耐药、毒力、多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)及系统发育进行分析,并将空肠弯曲菌分离菌株与从NCBI中的患者菌株进行同源性比较。结果806份拭子样品中共获得297株弯曲菌,检出率为36.85%。其中净膛环节弯曲菌检出率最高(47.33%),其次为分割环节(35.64%);鸡胴体/产品定量分析结果显示,净膛环节鸡胴体的平均带菌量最高(102.80 cfu/g),其单样品最高带菌量为451.80 cfu/g;受测分离菌株均对萘啶酸和环丙沙星耐药,对四环素耐药率为94.97%,多重耐药率为82.29%(79/96);WGS结果显示,分离菌株均携带多种耐药基因和毒力基因;首次分离到空肠弯曲菌ST-14176,分离菌株中发现可以引起人腹泻的ST-8261、ST-860、ST-829、ST-1586等型菌株。屠宰链和吉兰-巴雷综合(Guillain-Barre syndrome,GBS)征患者的空肠弯曲菌分离株中均检测到LOS(脂寡糖)表达基因,且与医院患者分离株存在较近的亲缘关系。结论该屠宰场弯曲菌检出率沿屠宰链呈现先升高后降低再升高的趋势;相同环节带菌量与弯曲菌分离率成正比,其中净膛和分割产品环节中弯曲菌污染水平较高;弯曲菌耐药相对严重,耐药基因和毒力基因丰富,且耐药基因和耐药率有强相关性。弯曲菌在屠宰链中存在交叉污染和水平传播,部分菌株可对食品卫生和人类健康造成威胁,应加大屠宰环节弯曲菌监测力度和强化管控措施。 展开更多
关键词 弯曲菌 耐药特征 全基因组测序 分子流行病学
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云南大理地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行株遗传进化特征
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作者 李志敏 袁鸿胜 +4 位作者 王研 杨蔚 王凤刘 朱培英 李文贵 《畜牧兽医杂志》 2025年第2期1-5,18,共6页
采用RT-PCR和ELISA技术,以大理各地区采集的4800份猪肺脏和脾脏为实验材料,经RNA提取、浓度检测、反转录、RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测、测序、毒株序列进化树分析等步骤,分析大理地区猪繁殖与呼吸综合征流行情况。结果显示:(1)阳... 采用RT-PCR和ELISA技术,以大理各地区采集的4800份猪肺脏和脾脏为实验材料,经RNA提取、浓度检测、反转录、RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测、测序、毒株序列进化树分析等步骤,分析大理地区猪繁殖与呼吸综合征流行情况。结果显示:(1)阳性样品有5份、其余4795份样品均为阴性,阳性率仅为0.104%。(2)阳性样品测序对比发现均为高致病性PRRSV感染。(3)经Nsp2基因测序、序列比对和遗传进化树分析,5份样品均属于JXA1毒株。研究发现大理地区PRRSV流行毒株是JXA1毒株,目前防控效果良好。由于变异毒株不断出现,市售商品化检测试剂存在漏检,应基于分子流行病学信息建立特异检测方法,避免监测工作中的漏诊。此外,科学合理选择使用疫苗防控,严格做好生物安全措施和生猪引种调运监管工作。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 分子流行病学特征 大理地区 RT-PCR检测
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2014-2018年江苏省人源喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌的基因组学初步分析 被引量：2
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作者 郑东宇 马恺 +3 位作者 周翌婧 吴高林 霍翔 乔昕 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期739-744,共6页
目的分析江苏省喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌分子流行病学特征。方法用cgMLST分析江苏省及欧美来源菌株的分子流行病学特征,并初步分析喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌可能的传播特征。结果13株喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏... 目的分析江苏省喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌分子流行病学特征。方法用cgMLST分析江苏省及欧美来源菌株的分子流行病学特征,并初步分析喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌可能的传播特征。结果13株喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌共注释11大类抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)。其中氨基糖苷类ARGs检出率最高(100%);12株喹诺酮耐药菌株(92.3%)均携带IncHI2/IncHI2A质粒类型;不同国家/地区来源菌株质粒介导喹诺酮耐药(PMQR)基因携带分析显示美国及欧洲来源菌株携带6类PMQR基因,qnrB19检出率最高。江苏省来源菌株携带3类PMQR基因类型,aac(6′)-Ib-cr检出率最高(11.84%);不同国家/地区来源菌株cgMLST位点差异分析显示形成3个主要流行谱系。结论江苏省人源喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌分离株与欧美菌株可能具有共同进化来源,PMQR基因携带水平存在国家/地区差异。 展开更多
关键词 1 4 [5] 12:i:-沙门氏菌 喹诺酮耐药 分子流行病学
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2014-2018年新疆人感染H7N9禽流感分子流行病学特征分析
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作者 郜振国 马合木提 +6 位作者 赵俊 黄佳 张璇 陈媛 丽娜·吐尔逊巴依 李泉希 马鑫 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期774-781,共8页
目的分析2014-2018年新疆14例人感染H7N9禽流感病例的分子流行病学特征,为防控及治疗提供科学依据。方法提取核酸后采用高通量基因测序技术获得基因组序列,并用生物信息学分析软件对基因组序列进行同源性分析、进化分析、变异位点分析... 目的分析2014-2018年新疆14例人感染H7N9禽流感病例的分子流行病学特征,为防控及治疗提供科学依据。方法提取核酸后采用高通量基因测序技术获得基因组序列,并用生物信息学分析软件对基因组序列进行同源性分析、进化分析、变异位点分析及同源建模。结果14例人感染H7N9禽流感病毒HA基因核苷酸同源性介于97.39%~100%,氨基酸同源性介于98.38%~100%;NA基因核苷酸同源性介于97.73%~100%,氨基酸同源性介于97.73%~100%,均属于长江三角洲谱系和低致病性禽流感病毒,分属于2个亚分支,与A/Hunan/02650/2016疫苗株最为接近。HA蛋白G186V、T160A全部发生了变异,Q226L中13株病毒发生了变异,NA蛋白4个关键的神经氨酸酶抑制剂耐药位点全部未发生变异。M2蛋白S31N和V27A位点全部发生了突变,PB1蛋白T368V位点全部发生了突变,PA蛋白位点K356R全部发生了突变。结论新疆H7N9禽流感病毒具有双受体结合性,对金刚烷胺类药物耐药,对神经氨酸酶抑制剂敏感,可在疾病发生早期及时使用神经氨酸酶抑制剂。需加强禽流感病毒基因组变化的监测,做好基因突变的应对措施。 展开更多
关键词 禽流感 H7N9 分子流行病学
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贵州省2017年~2023年PEDV和PoRVA流行病学调查及PoRVA VP7、VP4基因的遗传演化分析 被引量：3
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作者 田红利 柳佳佳 +6 位作者 梁海英 曾智勇 汤德元 王彬 边孟婷 黄书 潘向英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期791-798,共8页
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(PoRVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-qPCR检测,并对PoRVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化... 为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(PoRVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-qPCR检测,并对PoRVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化分析及其编码氨基酸序列的变异分析。结果显示,PEDV、PoRVA和PEDV+PoRVA的感染率分别为67.88%(112/165)、38.79%(64/165)和21.21%(35/165),且在不同年份、不同地区和不同季节均检出三者的感染。PCR结果显示,本实验扩增出27株PoRVA VP7基因和22株VP4基因;遗传进化分析结果显示共鉴定出6种G型和3种P型,其中G9(29.63%)和P[13](68.18%)为优势基因型,G3、G4、G5、G11、G26、P[6]和P[23]分别占7.41%、22.22%、22.22%、3.70%、14.81%、13.64%、18.18%。21份PoRVA样品鉴定出10种G/P组合基因型,G9P[13](19.05%)为优势组合基因型,G4P[13]、G5P[13]、G3P[13]、G4P[6]、G5P[23]、G9P[23]、G11P[13]、G26P[6]、G26P[13]分别占14.29%、14.29%、9.52%、9.52%、9.52%、9.52%、4.76%、4.76%及4.76%。同源性分析结果显示,27株VP7基因和22株VP4基因序列与NX疫苗株相应基因序列之间的同源性分别为75.5%~94.0%和68.5%~75.6%,氨基酸序列的同源性分别为78.3%~96.6%和72.0%~82.5%,部分PoRVA上述基因序列与国外、人源RVA的同源性最高。氨基酸位点变异分析结果显示,与NX疫苗株相比,所测PoRVA VP7和VP4氨基酸序列均存在特征性位点的变异,其中G型PoRVA VP7无氨基酸位点的缺失和插入,G9型PoRVA VP7存在3处(I^(208)T、K^(212)A/V/T、V^(271)I)变异,G3、G4、G5、G11和G26型PoRVA VP7存在17处(S^(28)R/K、A^(29)I/T/M/V、L^(40)I/V、V^(44)L、S^(71)T、Q^(73)G/N/S/E、S^(90)A/Q/K/R、G^(94)N/S/A/K、N^(100)D/E、T^(122)A/S、T^(147)A/G/N/D、Q^(189)S/T、I^(208)L/Q/T、K^(212)T/I/P/N、A^(213)N/T/D、E^(267)D/N、V^(271)I)变异;3株P[6]型PoRVA VP4在aa136缺失T,13株P[13]型PoRVA VP4在aa188~aa189插入E/D~Y/F,P[6]、P[13]和P[23]型PoRVA VP4存在26处(I^(92)V、Q^(94)E、Q^(113)T/P/N、T^(114)N/Q/S/R、T^(115)Q/E、N^(116)S/L/T、P^(148)A/Q/V/S/I、T^(180)E/N/D、P^(162)T、I^(174)V/L、C^(269)Y、R^(281)N、A^(286)L/S、T^(302)N、A^(340)S/V、T^(379)S、T^(403)A、S^(438)P、R^(553)K、A^(569)A、M^(570)L、A^(608)S、E^(660)D、I^(726)F、K^(733)N、S^(739)T)变异。上述结果表明,2017年~2023年贵州省PEDV和PoRVA感染率高且基因型复杂,其中PoRVA存在以G9型、P[13]型为主的流行,优势组合基因型为G9P[13]。本研究丰富了贵州省PEDV和PoRVA的流行病学资料,尤其为PoRVA感染的防控和候选疫苗株的筛选提供了参考数据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪A群轮状病毒 分子流行病学 VP7和VP4基因 遗传演化分析
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2023年成都地区猪圆环病毒3型流行病学调查及遗传进化分析 被引量：3
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作者 黄云川 范磊 +4 位作者 林鑫 雷玉 王兴丽 徐志文 岳建国 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4531-4539,共9页
【目的】调查分析成都地区猪圆环病毒3型(PCV3)的流行与分子遗传进化情况。【方法】试验于2023年1月至2023年12月从成都地区4家无害化处置场采集病死猪组织样品2113份,采用实时荧光定量PCR法检测病料组织PCV3感染情况。设计3对引物对阳... 【目的】调查分析成都地区猪圆环病毒3型(PCV3)的流行与分子遗传进化情况。【方法】试验于2023年1月至2023年12月从成都地区4家无害化处置场采集病死猪组织样品2113份,采用实时荧光定量PCR法检测病料组织PCV3感染情况。设计3对引物对阳性样品的PCV3基因组序列进行PCR扩增并测序。通过在线软件拼接PCV3基因组序列、截取ORF2基因序列并推导其氨基酸序列(Cap),进行相似性比对并构建遗传进化树,分析Cap氨基酸序列突变情况。【结果】组织病料检测结果显示,2113份病死猪组织样品的PCV3阳性率为27.21%(575/2113)。根据PCR扩增测序结果拼接获得了15株PCV3基因组序列。相似性比对分析显示,15株PCV3核苷酸序列相似性为97.2%~100%,ORF2基因核苷酸序列相似性为97.2%~100%,Cap氨基酸序列相似性为96.7%~100%。遗传进化树结果显示,12株PCV3属于PCV3a亚型,3株属于PCV3c亚型。15株Cap氨基酸序列中共13株发生了突变,共存在13个突变位点。【结论】成都地区PCV3主要为PCV3a和PCV3c亚型,基因组相似性高,序列较保守,Cap氨基酸突变位点主要集中在抗原表位。本试验结果提示该地区需制定科学的防控政策,防止病毒蔓延。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型(PCV3) 流行病学 分子遗传进化
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2022年中国南方部分地区猪肺炎支原体感染状况的调查与分析 被引量：1
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作者 高一鸣 陈国盛 +6 位作者 倪诗婷 佟泽 王豪男 杨钒 杨丽君 莫玉鹏 谭臣 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期3064-3074,共11页
猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)是猪地方性肺炎(EP)的原发性病原,可导致猪咳嗽、气喘、消瘦,并因猪的饲料转化率升高、日增重减少、出栏时间延长,从而使养殖成本大大增加,给养猪业造成重大经济损失。本研究旨在对中国南方... 猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)是猪地方性肺炎(EP)的原发性病原,可导致猪咳嗽、气喘、消瘦,并因猪的饲料转化率升高、日增重减少、出栏时间延长,从而使养殖成本大大增加,给养猪业造成重大经济损失。本研究旨在对中国南方部分地区猪肺炎支原体的感染状况进行调查与分析。从中国南方部分地区21个规模化种猪场定点采样,首先通过病原检测比较鼻拭子和喉拭子的采样效果,随后以简单随机抽样结合分层抽样确定各猪场样本量。共收集母猪喉拭子样品1478份,并将调查的猪群按胎次分为“0~1胎母猪”和“≥2胎母猪”,通过实时荧光定量PCR进行病原检测,通过多位点序列分型(MLST)结合保守的p36基因及非保守的p97和p146基因进行分子流行病学分析。检测结果表明,鼻拭子样品的检出率为16.67%,喉拭子样品的检出率为56.67%,且Ct值更低。猪肺炎支原体感染的场检出率为66.67%,但各场感染压力较小,检出率为1.39%~18.57%。其中“0~1胎母猪”检出率为10.05%;“≥2胎母猪”检出率为2.17%。分子流行病学结果显示,7个猪场的流行菌株均为同一序列类型(ST128),不同猪场间的流行菌株高度同源。对于猪肺炎支原体的病原学检测,喉拭子是比鼻拭子更灵敏且有效的活体样品类型,母猪胎次和生猪调运引种是规模化种猪场感染猪肺炎支原体的重要因素。本研究为猪肺炎支原体的防控和净化工作提供理论基础。 展开更多
关键词 猪肺炎支原体 定点采样 感染状况 分子流行病学
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2020年江苏地区鸭圆环病毒分子流行病学调查及分离方法的初步研究
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作者 李子晗 林梦舟 +5 位作者 吴双 杨静静 谢军 吴植 王海燕 朱善元 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第3期134-140,共7页
为了解2020年江苏地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况、分子特性及探索其分离方法,通过采集江苏部分地区疑似患鸭圆环病的病、死鸭脏器组织,研磨后提取DNA,运用PCR技术扩增该病毒全基因组并测序,分析其分子流行病学特征,确定遗传谱系。将PC... 为了解2020年江苏地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况、分子特性及探索其分离方法,通过采集江苏部分地区疑似患鸭圆环病的病、死鸭脏器组织,研磨后提取DNA,运用PCR技术扩增该病毒全基因组并测序,分析其分子流行病学特征,确定遗传谱系。将PCR检测阳性的组织病料上清经绒毛尿囊膜接种9日龄SPF鸭胚,分别收集鸭胚绒毛尿囊膜和尿囊液,以相同的方法将PCR检测阳性的尿囊膜/尿囊液进行鸭胚传代,尝试探索分离DuCV的方法。采集的23份样品中共检测出阳性样本10份。病毒基因组序列分析结果表明10株分离株均属于DuCV 1型的分支,传代结果表明多数样本在第1代绒毛尿囊膜和尿囊液样品中可检出DuCV,仅有部分样本在第2、3代的绒毛尿囊膜PCR检测结果呈阳性,传至第4代次时就检测不到病毒核酸。检测的结果一定程度上也表明绒毛尿囊膜检出率高于尿囊液。该结果为江苏地区该病的防控提供了一定的参考价值。 展开更多
关键词 鸭圆环病毒 PCR 分子流行病学 SPF鸭胚
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猪圆环病毒4型分子流行病学及检测方法研究进展 被引量：4
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作者 申秋平 陈欣雅 +2 位作者 彭欣杰 陈春波 庄林林 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期83-88,共6页
猪圆环病毒4型(Porcine circovirus type4,PCV4)是近年来发现的一种新型病毒,猪感染PCV4后可引起严重的呼吸道疾病、腹泻、皮炎与肾病综合征等临床症状。目前已在国内多个省份发现猪群PCV4阳性,同时在韩国、泰国也已有猪群感染PCV4的相... 猪圆环病毒4型(Porcine circovirus type4,PCV4)是近年来发现的一种新型病毒,猪感染PCV4后可引起严重的呼吸道疾病、腹泻、皮炎与肾病综合征等临床症状。目前已在国内多个省份发现猪群PCV4阳性,同时在韩国、泰国也已有猪群感染PCV4的相关报道。PCV4检测方法主要包括PCR及其衍生技术(常规PCR、多重PCR、荧光定量PCR、微滴式数字PCR)、核酸等温扩增技术(环介导等温扩增、重组酶介导等温核酸扩增、多酶等温快速扩增、重组酶聚合酶扩增)以及酶联免疫吸附试验等。论文对PCV4的发现、分子特征、流行病学及分子检测方法进行综述,以期对PCV4有更深入了解。 展开更多
关键词 猪圆环病毒4型 分子特征 流行病学 分子检测方法
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