虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：9

1

作者 吴彪 杨爱国 +5 位作者 董迎辉 郑利兵 刘志鸿 周丽青 孙秀俊 郑言鑫 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期976-982,共7页

基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sen... 基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多

关键词 虾夷扇贝 “玉贝” DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap)

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南方泡桐二倍体及其同源四倍体AFLP和MSAP的差异 被引量：4

2

作者 张晓申 范国强 +2 位作者 邓敏捷 董焱鹏 赵振利 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期47-51,共5页

以南方泡桐（ Paulownia australis）二倍体及其同源四倍体幼苗为材料，分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明：AFLP中平均每对引物扩增出50～70条谱带，南方泡桐二倍体染色体加倍前后DN... 以南方泡桐（ Paulownia australis）二倍体及其同源四倍体幼苗为材料，分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明：AFLP中平均每对引物扩增出50～70条谱带，南方泡桐二倍体染色体加倍前后DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化；统计MSAP在100～500 bp的扩增带，二倍体南方泡桐与四倍体南方泡桐酶切位点分别有2059和2214个，发生甲基化的位点分别为34．34％和36．77％，而发生DNA全甲基化的位点则分别为9．76％和11．74％。四倍体南方泡桐与二倍体南方泡桐相比40．80％位点甲基化模式发生了变化，并且同源四倍体南方泡桐的总甲基化水平和半甲基化水平比其二倍体高。 展开更多

关键词 南方泡桐 二倍体 同源四倍体 AFLP msap

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泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化 被引量：3

3

作者 周贺 徐雯 +5 位作者 李雅娟 秦艳杰 李霞 麻天宇 肖逸啸 马海艳 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期550-555,共6页

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切... 为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0.8μL、0.2 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1.5μL、0.375 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24.1%、20.8%、22.3%,半甲基化率分别41.4%、20.8%、33.3%,总甲基化率分别为65.5%、41.6%、55.6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。 展开更多

关键词 泥鳅 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 反应体系

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水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定 被引量：3

4

作者 张勇 邓科君 +4 位作者 张韬 杨足君 彭金华 周建平 任正隆 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期983-990,共8页

采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲... 采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲基化修饰比例为20.17%。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似'CpG island'典型序列特征的'CpG'二核苷酸成簇富集区。在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中'CpG island'类似序列分布特征和生物意义进行了讨论。 展开更多

关键词 水稻 表观遗传 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) CPG岛

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二倍体与同源四倍体茅苍术基因组DNA甲基化水平与模式的MSAP分析 被引量：3

5

作者 王红娟 巢建国 +2 位作者 李雅婷 李颖硕 向增旭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1502-1508,共7页

为探究二倍体和同源四倍体茅苍术表观遗传差异,以不同倍性的茅苍术为试验材料,应用MSAP技术研究其基因组DNA甲基化水平及模式变化。本试验选用20对选扩引物,在茅苍术二倍体和同源四倍体中检测到的基因位点数分别为520和527,其相应的扩... 为探究二倍体和同源四倍体茅苍术表观遗传差异,以不同倍性的茅苍术为试验材料,应用MSAP技术研究其基因组DNA甲基化水平及模式变化。本试验选用20对选扩引物,在茅苍术二倍体和同源四倍体中检测到的基因位点数分别为520和527,其相应的扩增总甲基化率为56.92%和55.03%,四倍体基因组DNA半甲基化率高于二倍体,而全甲基化率低于二倍体;四倍体与二倍体相比,DNA甲基化模式发生调整的基因位点占总检测位点的52.53%。本研究为深入揭示四倍体茅苍术的表观遗传调控机制奠定了基础。 展开更多

关键词 茅苍术 同源四倍体 表观遗传 基因组 甲基化敏感扩增多态性(msap)

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莆田黑猪不同组织DNA甲基化的MSAP分析 被引量：2

6

作者 胡宇平 张金耀 +4 位作者 林瑞意 林威敏 陈静 汪稳 肖天放 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2017年第3期305-310,共6页

为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲... 为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲基化水平.结果表明:心脏和肝脏组织的甲基化水平随日龄增长呈下降趋势,且日龄间的甲基化水平差异显著(P<0.05);25日龄肌肉组织的甲基化水平与1日龄的差异不显著(P>0.05),但显著高于210日龄(P<0.05);25日龄脂肪和耳组织的甲基化水平显著高于1和210日龄(P<0.05);3个日龄间尾组织的甲基化水平差异不显著(P>0.05);3个日龄的肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间的甲基化水平均存在显著差异(P<0.05),表明DNA甲基化在肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间存在组织特异性. 展开更多

关键词 DNA甲基化 组织 甲基化敏感扩增多态性(msap) 莆田黑猪

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一种适合MSAP分析谷物干种子的DNA提取方法 被引量：6

7

作者 许殊 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2014年第5期660-664,共5页

甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是DNA甲基化的主要研究技术,获得高质量的DNA是MSAP分析的基础。针对玉米Zea mays(L.)等干种子富含多糖、蛋白质且与核酸结合紧密等特点,采用改良的CTAB-SDS法对其基因组总DNA进行提取,对DNA进行质量检测,使... 甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是DNA甲基化的主要研究技术,获得高质量的DNA是MSAP分析的基础。针对玉米Zea mays(L.)等干种子富含多糖、蛋白质且与核酸结合紧密等特点,采用改良的CTAB-SDS法对其基因组总DNA进行提取,对DNA进行质量检测,使用限制性内切酶Eo RI和Hpa II酶切,进行MSAP分析。结果表明,改良CTAB法可从玉米等干种子中获得纯度高、完整性好的总DNA,其OD260 nm/OD280 nm处于1.86,OD260nm/OD230大于2.00,产率达1.8μg/mg,多糖、蛋白质和RNA等杂质被去除干净,无降解现象,所提取的DNA可被等限制性内切酶完全双酶切,进行MSAP分析得到大量清晰稳定的多态性条带。结果表明改进的CTAB-SDS法更适合于干玉米种子高质量总DNA的提取。 展开更多

关键词 玉米种子 胚 DNA提取 msap

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桃同株叶片杂色材料的MSAP分析

8

作者 蔡志翔 沈志军 +2 位作者 马瑞娟 严娟 俞明亮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期662-667,共6页

为探寻桃同株叶片杂色材料PCM-1的突变机制,建立了桃PCM-1G和PCM-1R DNA样品的基因池,用256对甲基化敏感扩增多态性（MSAP）选择性扩增引物进行全基因组甲基化MSAP分析。筛选出23对条带清晰、丰富且重复性好的引物组合。扩增出200～1 00... 为探寻桃同株叶片杂色材料PCM-1的突变机制,建立了桃PCM-1G和PCM-1R DNA样品的基因池,用256对甲基化敏感扩增多态性（MSAP）选择性扩增引物进行全基因组甲基化MSAP分析。筛选出23对条带清晰、丰富且重复性好的引物组合。扩增出200～1 000 bp的位点397个,其中PCM-1G、PCM-1R两种类型半甲基化位点分别为38个和44个,分别占全部位点的9.6%和11.1%;全甲基化位点分别为64个和67个,分别占全部位点的16.1%和16.9%;总甲基化率分别为25.7%和28.0%。成功分离了29条甲基化修饰DNA序列,通过测序发现有22条能够得到桃基因组支持且同源性较高,其中2条来自于类胡萝卜素裂解双加氧酶4（CCD4）、3条来自于Omega-羟基棕榈酸阿魏酸转移酶;推测CCD4和Omega-羟基棕榈酸阿魏酸转移酶可能与叶色嵌合突变有关。 展开更多

关键词 桃 嵌合体 DNA甲基化 甲基化敏感多态性扩增(msap)

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普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参不同组织基因组DNA的MSAP研究 被引量：6

9

作者 左之良 谭杰 +5 位作者 吴彪 陈四清 高菲 燕敬平 王爽 孙慧玲 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2016年第3期93-100,共8页

本研究分别以普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参基因组DNA为实验材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行... 本研究分别以普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参基因组DNA为实验材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行了研究,初步探讨了DNA甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示,筛选得到的9对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增,在两群体刺参中分别检测到5932和5208个位点,均以未甲基化位点为主,普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为4317和3944,分别占总扩增条带数的72.78%和75.73%。普通刺参体壁的甲基化水平为31.07%,呼吸树为23.36%,消化道为26.34%;白刺参中体壁的甲基化水平为29.88%,呼吸树为23.25%,消化道为19.45%,由此可见,体壁的甲基化率在两群体中是最高的。普通刺参和白刺参同一组织间的甲基化水平和甲基化模式不同,同一群体体壁、呼吸树和消化道不同组织间的甲基化水平和模式也不同。甲基化在普通刺参和白刺参组织分化和发育过程中可能发挥着十分重要的作用。在检测的3个组织中,CCGG序列的全甲基化位点较半甲基化位点多。 展开更多

关键词 刺参 msap CCGG位点 甲基化水平

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基于毛细管电泳的日本落叶松MSAP反应体系的建立 被引量：1

10

作者 刁姝 孙超 +1 位作者 孙晓梅 张守攻 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2017年第3期361-367,共7页

[目的]建立基于毛细管电泳的日本落叶松最佳MSAP反应体系,获得条带清晰,信号强度均一的DNA甲基化图谱,为今后开展日本落叶松表观遗传变异研究奠定基础。[方法]以日本落叶松未成熟木质部为试材,设置不同梯度的DNA模板用量以及选择扩增体... [目的]建立基于毛细管电泳的日本落叶松最佳MSAP反应体系,获得条带清晰,信号强度均一的DNA甲基化图谱,为今后开展日本落叶松表观遗传变异研究奠定基础。[方法]以日本落叶松未成熟木质部为试材,设置不同梯度的DNA模板用量以及选择扩增体系中引物浓度、Mg^(2+)浓度、dNTP浓度和exTaq DNA聚合酶浓度,确定各组分不同用量对毛细管电泳效果的影响,从而确立最适的MSAP反应体系。[结果]结果表明模板DNA以及exTaq DNA聚合酶浓度对毛细管电泳结果影响不明显,而高的引物浓度会引起条带的减少。Mg^(2+)及dNTP浓度是影响毛细管电泳结果最为关键的因素,浓度过低或过高会导致毛细管电泳图谱条带明显减少,杂峰显著增多。[结论]最终确立的反应体系为:DNA模板100 ng,引物0.75 pmol·μL^(-1),Mg^(2+)2 mmol·L^(-1),dNTP 0.375 mmol·L^(-1)和exTaq DNA聚合酶0.05 U·μL^(-1)。 展开更多

关键词 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 毛细管电泳 体系建立 日本落叶松

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干旱驯化后节水抗旱稻苗期不同发育时间DNA甲基化模式变化分析 被引量：6

11

作者 郑小国 陈亮 +3 位作者 楼巧君 夏辉 李明寿 罗利军 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期32-40,共9页

以一个节水抗旱稻沪旱3号为研究材料,经过连续6代干旱胁迫驯化后,采用甲基化敏感扩增多态性方法在苗期不同发育时间对原始代(G0)和第6代(G6)DNA甲基化变化情况进行分析。结果表明,沪旱3号甲基化位点比例约为34%,其中,全甲基化位点约占8... 以一个节水抗旱稻沪旱3号为研究材料,经过连续6代干旱胁迫驯化后,采用甲基化敏感扩增多态性方法在苗期不同发育时间对原始代(G0)和第6代(G6)DNA甲基化变化情况进行分析。结果表明,沪旱3号甲基化位点比例约为34%,其中,全甲基化位点约占84%,半甲基化位点约占16%。在苗期,随着沪旱3号生长发育,甲基化水平下降。不同世代或/和不同发育时间差异甲基化位点占总检测位点的4.0%,其中,大部分仅与发育相关(57.9%),而世代之间无差异。干旱驯化后,G6的DNA甲基化模式发生了改变。G6与G0相比,在3叶期,去甲基化事件占主要部分(59.1%);在4叶期,甲基化事件占主要部分(47.9%)。生长发育涉及全基因组DNA甲基化变化,变化位点主要分布在启动子区域和外显子区域。功能聚类分析表明差异甲基化位点相关基因涉及广泛的功能。 展开更多

关键词 干旱驯化 节水抗旱稻 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性

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背角无齿蚌不同组织的基因组DNA甲基化分析 被引量：20

12

作者 曹哲明 杨健 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期2011-2016,共6页

用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)对背角无齿蚌(Anodonta woodiana)腮、唇瓣、闭壳肌、外套膜和斧足五个组织基因组DNACCGG区域的甲基化水平进行了分析。结果表明,背角无齿蚌腮基因组DNA甲基化比例为47.9%,唇瓣甲基化比例为35.5%,闭壳肌甲... 用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)对背角无齿蚌(Anodonta woodiana)腮、唇瓣、闭壳肌、外套膜和斧足五个组织基因组DNACCGG区域的甲基化水平进行了分析。结果表明,背角无齿蚌腮基因组DNA甲基化比例为47.9%,唇瓣甲基化比例为35.5%,闭壳肌甲基化比例为50%,外套膜甲基化比例为46.3%,斧足甲基化比例为56%;基因组中CCGG区域存在甲基化现象。不同组合甲基化比例不同说明该区域甲基化可能参与到基因的调控中。通过比较不同地点的采集的背角无齿蚌,发现污染严重地区(太湖三山岛水域)采集到的样品和非污染地区(南泉养殖水域)采集的蚌样甲基化区域略有变化。其中的相关性有待进一步的研究。 展开更多

关键词 背角无齿蚌 甲基化 甲基化敏感扩增多态性

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脂多糖刺激对马氏珠母贝血细胞DNA甲基化修饰的影响 被引量：3

13

作者 焦钰 梁金婵 +3 位作者 谷泽丰 张鹏飞 李榕娇 罗少杰 《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第3期7-13,共7页

【目的】研究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)血细胞基因组DNA的甲基化修饰情况及其在脂多糖(LPS)刺激后的变化,为探究甲基化修饰在珍珠贝免疫防御中的作用提供理论基础。【方法】运用甲基化敏感扩增多态性法(MSAP)分析马氏珠母... 【目的】研究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)血细胞基因组DNA的甲基化修饰情况及其在脂多糖(LPS)刺激后的变化,为探究甲基化修饰在珍珠贝免疫防御中的作用提供理论基础。【方法】运用甲基化敏感扩增多态性法(MSAP)分析马氏珠母贝血细胞(正常养殖贝)以及注射LPS后(6、12、24 h)基因组CCGG位点甲基化的修饰水平变化,并对甲基化修饰位点进行回收测序。【结果】共获得1 102个清晰可辨的DNA条带,其中全甲基化位点条带215个,半甲基化位点条带127个,非甲基化位点条带760个。对照组血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰比例为23.76%,注射LPS后,甲基化比例为28.10%~48.25%,注射6 h时最低,12 h时最高;对特异性片段测序后,经Blast比对,得到5条存在甲基化修饰的基因序列,其中2条具有注释信息,分别是干扰素调控因子(Interferon regulatory factor)和磷脂酶BL2(Putative phospholipase B-like 2)。【结论】马氏珠母贝血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰参与调控LPS诱导的免疫反应,在免疫防御中发挥重要作用。 展开更多

关键词 马氏珠母贝 DNA甲基化 免疫防御 甲基化敏感扩增多态性法(msap)

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