叶锈菌胁迫下的小麦基因组MSAP分析 被引量：21

1

作者 付胜杰 王晖 +3 位作者 冯丽娜 孙一 杨文香 刘大群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期297-304,共8页

内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能... 内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能。小麦近等基因系TcLr19、TcLr41及其感病亲本Thatcher在苗期对叶锈菌生理小种THTT、TKTJ分别表现为小种特异性抗病反应和感病反应。文章利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了小麦的甲基化水平,同时比较了苗期在生物胁迫前后基因组DNA胞嘧啶甲基化模式。用60对MSAP引物对接种前后的小麦DNA进行全基因组筛选,没有直接分离得到接菌前后的甲基化模式的差异,结果初步表明,叶锈菌并没有诱导稳定且特异的植物基因组DNA胞嘧啶位点的甲基化模式变化,但发现TcLr41及其感病亲本Thatcher之间存在表观遗传学差异。 展开更多

关键词 DNA甲基化 小麦叶锈菌 甲基化敏感扩增多态性(msap) 抗病性

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虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：9

2

作者 吴彪 杨爱国 +5 位作者 董迎辉 郑利兵 刘志鸿 周丽青 孙秀俊 郑言鑫 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期976-982,共7页

基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sen... 基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多

关键词 虾夷扇贝 “玉贝” DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap)

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黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析 被引量：15

3

作者 张勇 邓科君 +3 位作者 张韬 彭金华 周建平 任正隆 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期559-564,共6页

为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基... 为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测黑麦DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点226个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为51.72%。对部分黑麦基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了22条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLAST比对分析结果表明,黑麦基因组中包括转座子序列、散在重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列在内的多种类型DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。同时发现,在甲基化检出序列中都存在明显的"CpG"二核苷酸成簇富集现象,这些区域分布与MSAP分析结果相一致。在此基础上,对应用MSAP技术分离黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及黑麦基因组序列中DNA甲基化修饰潜在位点分布特征和生物意义进行了讨论。 展开更多

关键词 黑麦 表观遗传 DNA甲基化 msap

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刺参(Apostichopus japonicus)不同组织基因组甲基化状态MSAP分析 被引量：14

4

作者 郭婷婷 孙国华 +2 位作者 杨建敏 赵强 李雪燕 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期77-82,共6页

利用MSAP技术分析成体刺参的呼吸树、肠、肌肉和体壁等组织的基因组DNA甲基化水平,获得了四个组织基因组甲基化率。甲基化水平由高到低依次是呼吸树、体壁、肌肉和肠,分别是35.77%、33.51%、32.72%和28.0%,其中全甲基化位点各占19.46%、... 利用MSAP技术分析成体刺参的呼吸树、肠、肌肉和体壁等组织的基因组DNA甲基化水平,获得了四个组织基因组甲基化率。甲基化水平由高到低依次是呼吸树、体壁、肌肉和肠,分别是35.77%、33.51%、32.72%和28.0%,其中全甲基化位点各占19.46%、18.39%、19.18%和15.97%。统计学分析结果显示肠组织的甲基化水平与其它组织的差异显著(P<0.05),其余三个组织间差异不显著(P>0.05),但呼吸树与肌肉的半甲基化水平差异显著(P<0.05)。由MSAP分析差异位点克隆得到四个甲基化特异性片段,经测序分析功能未知,推测为刺参基因足非编码区或新功能基因序列。 展开更多

关键词 刺参 基因组 甲基化 msap

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盐胁迫下棉花基因组基于毛细管电泳的MSAP分析 被引量：9

5

作者 钱晓伟 袁有禄 +5 位作者 荣平 朱新宇 刘亚泰 江鹏 刘尚 汪保华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期298-306,共9页

以棉花杂交种中棉所29为材料,用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析法结合毛细管电泳检测技术进行甲基化鉴定,以初步探讨棉花耐盐的分子机理.应用24个引物组合,中棉所29在0.4%盐水胁迫... 以棉花杂交种中棉所29为材料,用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析法结合毛细管电泳检测技术进行甲基化鉴定,以初步探讨棉花耐盐的分子机理.应用24个引物组合,中棉所29在0.4%盐水胁迫及清水对照下,平均每引物组合检测甲基化位点数分别为69.2和56.7,差异达显著水平.盐胁迫下的DNA甲基化水平与清水对照下相比,52.6%位点表现出甲基化水平提高,即发生了超甲基化;19.7%位点甲基化水平降低,即表现为次甲基化;二者差异达极显著水平.研究结果表明,中棉所29盐胁迫后发生了广泛的DNA甲基化变化,包括超甲基化和次甲基化,以及其它甲基化类型的转变;发生超甲基化位点极显著地多于发生次甲基化位点.盐胁迫下的中棉所29与对照相比,DNA总体甲基化水平显著提高,暗示中棉所29有提高基因组甲基化水平以应对盐胁迫的潜在机制,棉花基因组整体甲基化水平的提高可能与棉花对盐胁迫的耐受性起重要作用.本研究中,甲基化序列的初步克隆及比对分析表明,盐胁迫前后多个ATP合成相关基因甲基化程度维持在同一水平,其表达不受甲基化影响,这也可能是中棉所29耐盐性较强,在一定时间盐处理后能维持正常生长的原因之一. 展开更多

关键词 棉花 甲基化敏感扩增多态性 盐胁迫 毛细管电泳

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仿刺参“化皮病”体壁组织DNA甲基化的MSAP分析 被引量：5

6

作者 高杉 杨爱馥 +7 位作者 董颖 王摆 陈仲 蒋经伟 关晓燕 姜北 孙红娟 周遵春 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期637-642,共6页

利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了健康仿刺参(Apostichopus japonicus)体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果显示,健康仿刺... 利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了健康仿刺参(Apostichopus japonicus)体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果显示,健康仿刺参体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁总甲基化水平分别为(18.60±5.61)%、(26.70±6.82)%和(19.53±3.34)%,其中全甲基化水平分别为(13.97±4.86)%、(20.08±5.26)%和(15.42±2.61)%,半甲基化水平分别为(4.63±3.59)%、(6.62±3.80)%和(4.11±2.08)%。"化皮病"仿刺参病变体壁总甲基化水平和全甲基化水平显著高于健康仿刺参体壁和"化皮病"仿刺参正常体壁(P<0.05),健康仿刺参体壁与"化皮病"仿刺参正常体壁总甲基化水平和全甲基化水平差异不显著(P>0.05);三者的半甲基化水平无显著差异(P>0.05)。因此,推测仿刺参体壁"化皮"与DNA甲基化有关。 展开更多

关键词 仿刺参 体壁 甲基化 msap 化皮病

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水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定 被引量：3

7

作者 张勇 邓科君 +4 位作者 张韬 杨足君 彭金华 周建平 任正隆 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期983-990,共8页

采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲... 采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲基化修饰比例为20.17%。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似'CpG island'典型序列特征的'CpG'二核苷酸成簇富集区。在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中'CpG island'类似序列分布特征和生物意义进行了讨论。 展开更多

关键词 水稻 表观遗传 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) CPG岛

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5-azaC处理对马铃薯块茎储存中龙葵素积累的影响

8

作者 尤倩 熊雨婕 +4 位作者 刘晓 刘梦梦 薛建平 张爱民 薛涛 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第3期126-134,共9页

【目的】探究5-Azacytidine(5-azaC)作为甲基化抑制剂在马铃薯块茎储存中,对龙葵素合成的调控作用。【方法】选取新鲜收获后的马铃薯块茎,研究5-azaC处理对光照和避光条件下马铃薯块茎储存中DNA甲基化和α-茄碱的积累情况。【结果】光... 【目的】探究5-Azacytidine(5-azaC)作为甲基化抑制剂在马铃薯块茎储存中,对龙葵素合成的调控作用。【方法】选取新鲜收获后的马铃薯块茎,研究5-azaC处理对光照和避光条件下马铃薯块茎储存中DNA甲基化和α-茄碱的积累情况。【结果】光照储存5、15和25 d时马铃薯块茎中α-茄碱含量分别为12.7、33和37.3 mg/100 g,对应储存时间点避光组中α-茄碱含量分别为光照组的14.2%、22.4%和25.9%;5-azaC处理可诱导马铃薯块茎中DNA去甲基化,且处理光照组在储存5、15和25 d时α-茄碱含量下降,分别为未处理组的51.8%、59.4%和74.8%。上述储存时间避光组中α-茄碱在5-azaC处理下分别降低了25.1%、70.5%和54.9%倍。【结论】α-茄碱含量受光照诱导,5-azaC可通过诱导马铃薯块茎基因组去甲基化,进而抑制α-茄碱的积累。 展开更多

关键词 马铃薯 龙葵素 甲基化抑制剂 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性

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泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化 被引量：3

9

作者 周贺 徐雯 +5 位作者 李雅娟 秦艳杰 李霞 麻天宇 肖逸啸 马海艳 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期550-555,共6页

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切... 为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0.8μL、0.2 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1.5μL、0.375 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24.1%、20.8%、22.3%,半甲基化率分别41.4%、20.8%、33.3%,总甲基化率分别为65.5%、41.6%、55.6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。 展开更多

关键词 泥鳅 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 反应体系

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利用MSAP分析硫化氢对盐胁迫大豆甲基化的影响 被引量：4

10

作者 何庆元 向仕华 +4 位作者 李正鹏 王松华 祝嫦巍 刘斌 吴萍 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期195-201,共7页

已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以... 已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以不同浓度的Na HS溶液(0.00、0.20、0.40、0.60和0.80 mmol·L-1)喷施大豆植株,利用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)方法分析H2S作用对盐胁迫下大豆V3和V4期甲基化类型及程度的影响。结果表明:Na Cl溶液除在V4期的外侧半甲基化外,其他各类甲基化水平均降低;而喷施一定浓度Na HS后,除V3期内侧甲基化表现不一致,2个时期Na Cl胁迫大豆其他类型的甲基化的水平基本都表现为先升高后降低。喷施H2S溶液可能通过恢复盐胁迫大豆所改变的甲基化类型和程度来缓解盐胁迫对大豆植株造成的伤害。 展开更多

关键词 大豆 硫化氢 NACL胁迫 甲基化敏感扩增多态性(msap)

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南方泡桐二倍体及其同源四倍体AFLP和MSAP的差异 被引量：4

11

作者 张晓申 范国强 +2 位作者 邓敏捷 董焱鹏 赵振利 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期47-51,共5页

以南方泡桐（ Paulownia australis）二倍体及其同源四倍体幼苗为材料，分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明：AFLP中平均每对引物扩增出50～70条谱带，南方泡桐二倍体染色体加倍前后DN... 以南方泡桐（ Paulownia australis）二倍体及其同源四倍体幼苗为材料，分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明：AFLP中平均每对引物扩增出50～70条谱带，南方泡桐二倍体染色体加倍前后DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化；统计MSAP在100～500 bp的扩增带，二倍体南方泡桐与四倍体南方泡桐酶切位点分别有2059和2214个，发生甲基化的位点分别为34．34％和36．77％，而发生DNA全甲基化的位点则分别为9．76％和11．74％。四倍体南方泡桐与二倍体南方泡桐相比40．80％位点甲基化模式发生了变化，并且同源四倍体南方泡桐的总甲基化水平和半甲基化水平比其二倍体高。 展开更多

关键词 南方泡桐 二倍体 同源四倍体 AFLP msap

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二倍体与同源四倍体茅苍术基因组DNA甲基化水平与模式的MSAP分析 被引量：3

12

作者 王红娟 巢建国 +2 位作者 李雅婷 李颖硕 向增旭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1502-1508,共7页

为探究二倍体和同源四倍体茅苍术表观遗传差异,以不同倍性的茅苍术为试验材料,应用MSAP技术研究其基因组DNA甲基化水平及模式变化。本试验选用20对选扩引物,在茅苍术二倍体和同源四倍体中检测到的基因位点数分别为520和527,其相应的扩... 为探究二倍体和同源四倍体茅苍术表观遗传差异,以不同倍性的茅苍术为试验材料,应用MSAP技术研究其基因组DNA甲基化水平及模式变化。本试验选用20对选扩引物,在茅苍术二倍体和同源四倍体中检测到的基因位点数分别为520和527,其相应的扩增总甲基化率为56.92%和55.03%,四倍体基因组DNA半甲基化率高于二倍体,而全甲基化率低于二倍体;四倍体与二倍体相比,DNA甲基化模式发生调整的基因位点占总检测位点的52.53%。本研究为深入揭示四倍体茅苍术的表观遗传调控机制奠定了基础。 展开更多

关键词 茅苍术 同源四倍体 表观遗传 基因组 甲基化敏感扩增多态性(msap)

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家鸡胚胎发育过程DNA甲基化的MSAP检测 被引量：7

13

作者 班谦 赵宗胜 曹体婷 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第21期9902-9904,共3页

[目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果... [目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果]共发现甲基化位点880个,CCGG位点单链外侧的胞嘧啶甲基化位点比例为20.48%,双链CCGG位点的内侧胞嘧啶甲基化19.30%,两者总比例为39.78%。[结论]鸡胚发育过程,DNA甲基化随着胚胎的发育呈升高趋势。 展开更多

关键词 甲基敏感扩增多态性 表观遗传 鸡胚 检测

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紫玉米籽粒呈色过程中DNA甲基化变化的MSAP分析 被引量：3

14

作者 李廷春 杨华应 +2 位作者 张玮 周应兵 陈洪俭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1978-1984,共7页

为了研究紫玉米籽粒呈色的分子机制,本研究以鲜食紫玉米自交系为材料,采用甲基化敏感扩增多态性技术,分析紫玉米籽粒生长发育过程中,呈色组织DNA甲基化水平和模式的变化。试验结果表明,紫玉米籽粒在授粉10d至40d的发育过程中,DNA半甲基... 为了研究紫玉米籽粒呈色的分子机制,本研究以鲜食紫玉米自交系为材料,采用甲基化敏感扩增多态性技术,分析紫玉米籽粒生长发育过程中,呈色组织DNA甲基化水平和模式的变化。试验结果表明,紫玉米籽粒在授粉10d至40d的发育过程中,DNA半甲基化条带比率与全甲基化条带比率均随着籽粒的生长发育而逐渐升高,在授粉后10、20、30、40d,半甲基化条带比率分别达到8.12%、8.25%、8.90%和9.83%,全甲基化条带比率分别达到17.24%、17.76%、17.93%和18.14%。通过对甲基化表现呈多态性变化的8个片段回收、测序分析表明,DNA甲基化发生的位点既存在于基因组的编码区,也存在于非编码区。本研究为探讨紫玉米籽粒发育及其色素积累的分子机制提供参考依据。 展开更多

关键词 紫玉米 籽粒 呈色过程 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性

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核桃基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析 被引量：3

15

作者 周贝贝 文明 +1 位作者 马庆国 裴东 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2014年第6期741-744,共4页

以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基... 以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。 展开更多

关键词 核桃 msap DNA甲基化 表观遗传学

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北京油鸡MSAP毛细管电泳荧光检测技术的建立 被引量：4

16

作者 李金龙 唐韶青 +2 位作者 邹智元 王海潮 徐青 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期495-502,共8页

采用毛细管电泳荧光检测技术,对北京油鸡肌肉组织基因组进行甲基化敏感扩增片段多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测。通过对基因组DNA用量、预扩产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和电泳... 采用毛细管电泳荧光检测技术,对北京油鸡肌肉组织基因组进行甲基化敏感扩增片段多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测。通过对基因组DNA用量、预扩产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和电泳内标量等6个主要参数进行分析和优化,建立了适合北京油鸡基因组DNA甲基化分析的MSAP毛细管电泳荧光检测技术。重复实验表明,建立的毛细管电泳荧光标记的MSAP检测技术能够自动地、高通量地分析北京油鸡基因组的DNA甲基化状态,也适用于其他动植物基因组的DNA甲基化研究。 展开更多

关键词 msap 毛细管电泳 荧光标记 北京油鸡

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MSAP技术及其在橡胶树遗传育种研究中的应用前景 被引量：2

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作者 吴春太 李维国 +1 位作者 高新生 张晓飞 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第11期9-14,共6页

MSAP是一种基于限制性内切酶的新技术,结合了扩增片段长度多态性的优点,已被广泛应用于植物种质资源鉴定、品种改良、种质资源表观遗传多样性分析、基因表达调控、杂种优势预测与利用、转基因沉默、种群表观遗传结构分析及环境适应研究... MSAP是一种基于限制性内切酶的新技术,结合了扩增片段长度多态性的优点,已被广泛应用于植物种质资源鉴定、品种改良、种质资源表观遗传多样性分析、基因表达调控、杂种优势预测与利用、转基因沉默、种群表观遗传结构分析及环境适应研究等遗传育种各个领域。对MSAP技术的原理、基本程序、方法的评价以及其在橡胶树遗传育种研究中应用的重要性进行了综述,并对其应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 DNA甲基化 DNA甲基化敏感扩增多态性(msap) 橡胶树 遗传育种

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莆田黑猪不同组织DNA甲基化的MSAP分析 被引量：2

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作者 胡宇平 张金耀 +4 位作者 林瑞意 林威敏 陈静 汪稳 肖天放 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2017年第3期305-310,共6页

为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲... 为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲基化水平.结果表明:心脏和肝脏组织的甲基化水平随日龄增长呈下降趋势,且日龄间的甲基化水平差异显著(P<0.05);25日龄肌肉组织的甲基化水平与1日龄的差异不显著(P>0.05),但显著高于210日龄(P<0.05);25日龄脂肪和耳组织的甲基化水平显著高于1和210日龄(P<0.05);3个日龄间尾组织的甲基化水平差异不显著(P>0.05);3个日龄的肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间的甲基化水平均存在显著差异(P<0.05),表明DNA甲基化在肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间存在组织特异性. 展开更多

关键词 DNA甲基化 组织 甲基化敏感扩增多态性(msap) 莆田黑猪

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NaCl胁迫下碱蓬基因组MSAP分析 被引量：4

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作者 赵秀娟 韩雅楠 蔡禄 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第18期3856-3858,共3页

采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术检测NaCl胁迫下碱蓬(Suaeda salsa L.)基因组DNA甲基化的变化,结果显示,碱蓬基因组DNA全甲基化比率与NaCl处理浓度存在一定的剂量效应关系(R=-0.92);利用18种组合的引物,检测不同NaCl浓度处理下碱蓬... 采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术检测NaCl胁迫下碱蓬(Suaeda salsa L.)基因组DNA甲基化的变化,结果显示,碱蓬基因组DNA全甲基化比率与NaCl处理浓度存在一定的剂量效应关系(R=-0.92);利用18种组合的引物,检测不同NaCl浓度处理下碱蓬基因组时共发现147个甲基化位点。 展开更多

关键词 碱蓬 DNA甲基化 高盐CTAB msap

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橡胶树MSAP反应体系优化及其不同开割高度单株DNA甲基化分析 被引量：2

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作者 吴春太 班硕 +1 位作者 黎瑜 曾日中 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期860-869,共10页

以‘热研7-33-97’橡胶树无性系幼嫩叶片为材料,通过利用单因素和正交试验相结合的方法,对酶切、预扩增和选择性扩增3个影响甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析的关键步骤的反应体系中关键影响因素进行了优化,建立橡胶树MSAP反应最佳体系,... 以‘热研7-33-97’橡胶树无性系幼嫩叶片为材料,通过利用单因素和正交试验相结合的方法,对酶切、预扩增和选择性扩增3个影响甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析的关键步骤的反应体系中关键影响因素进行了优化,建立橡胶树MSAP反应最佳体系,并用于高低割线橡胶树基因组DNA甲基化差异分析。结果表明:在50μL反应体系中,750 ng基因组DNA用EcoRⅠ20 U,HpaⅡ20 U或MspⅠ10 U于37℃恒温同步酶切10 h,酶切完全。最佳预扩增体系(20μL)为:连接产物4μL,Mg Cl_2(25 mmol·L^(-1))0.15μL,d NTPs(2.5 mmol·L^(-1))0.1μL,上下游引物E-00/HM-00(10μmol·L^(-1))各0.3μL,Taq酶(5 U·μL^(-1))0.1μL,10×PCR Buffer 2μL。最佳选择性扩增反应体系(20μL)为:稀释20倍的预扩增产物2μL,Mg Cl_2(25 mmol·L^(-1))0.1μL,d NTPs(2.5 mmol·L^(-1))0.125μL,上下游引物E+3/HM+3(10μmol·L^(-1))各0.4μL,Taq酶(5 U·μL^(-1))0.1μL,10×PCR Buffer 2μL。高低割线树DNA的甲基化比例分别为37.22%和36.43%,2种开割胶树基因组CCGG位点胞嘧啶全甲基化率明显高于半甲基化率,推测橡胶树基因组甲基化主要模式可能是Cp G型。综上表明,建立的MSAP反应体系稳定可靠且重复性好,为后续橡胶树不同胁迫(割胶)程度DNA甲基化的研究奠定了基础。 展开更多

关键词 高低割线橡胶树 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 体系优化

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