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嗜热链球菌中CRISPR序列的检测与同源性分析 被引量:9
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作者 邓凯波 霍贵成 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第3期153-157,共5页
为探明内蒙古的8株嗜热链球菌的CRISPR,用PCR方法扩增了其CRISPR序列,并采用生物信息学方法分析和预测了重复序列(direct repeat,DR)的同源性及二级结构。结果表明:除S4只含有一个CRISPR结构外,其余7株嗜热链球菌均检测出3条CRISPR序列... 为探明内蒙古的8株嗜热链球菌的CRISPR,用PCR方法扩增了其CRISPR序列,并采用生物信息学方法分析和预测了重复序列(direct repeat,DR)的同源性及二级结构。结果表明:除S4只含有一个CRISPR结构外,其余7株嗜热链球菌均检测出3条CRISPR序列,远高于CRISPR database公布细菌中具有该结构的比例(46.4%),且分别具特异性的重复序列(DR1~DR3);CRISPR最长达2853bp,最短仅101bp。对DR的二级结构预测发现,DR1~DR3均能形成回文结构,但茎环大小会有差异;在同源性比对中发现,除多数同属或同种外,供试DR还与个别远缘菌种具有高同源性,这种现象证明了供试菌株的CRISPR序列同样存在的水平基因转移,并可能存在其他的进化进程。 展开更多
关键词 嗜热链球菌 clustered regularly interspaced SHORT palindromic repeats(CRISPR)检测 同源性
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乳酸菌CRISPR-Cas系统同源性分析
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作者 李婉 张丹青 +1 位作者 王娜娜 霍贵成 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期134-140,146,共8页
CRISPR-Cas系统为乳酸菌抵抗噬菌体等外源基因元件提供获得性免疫,利用生物信息学方法分析了CRISPR序列及cas基因在乳酸菌种间的同源性关系。利用生物信息学方法预测NCBI中已测序的部分乳酸菌所含CRISPRCas系统,并对重复序列和Cas蛋白... CRISPR-Cas系统为乳酸菌抵抗噬菌体等外源基因元件提供获得性免疫,利用生物信息学方法分析了CRISPR序列及cas基因在乳酸菌种间的同源性关系。利用生物信息学方法预测NCBI中已测序的部分乳酸菌所含CRISPRCas系统,并对重复序列和Cas蛋白序列进行系统发生学分析。结果显示,嗜热链球菌、德氏乳杆菌和瑞士乳杆菌标准菌株均含不同数目的 CRISPR-Cas系统,各类型的重复序列高度保守,Cas蛋白序列同源性较高。CRISPR-Cas系统的同源性与其亚型密切相关,而与菌种亲缘关系有较大差异,证明了CRISPR-Cas系统能够通过基因水平转移传播这一结论。 展开更多
关键词 乳酸菌 clustered regularly interspaced SHORT palindromic repeats(CRISPR)-Cas系统 同源性 重复序列 间隔序列
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益生菌遗传育种方法研究进展
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作者 高娉娉 刘汉清 +3 位作者 张凤 凌新 郭丽琼 林俊芳 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第22期302-310,共9页
益生菌的多样化益生作用使其在人类健康领域发挥着重要作用,基于益生菌生产的药品、食品和膳食补充剂也受到越来越多的关注。目前,研究人员致力于为药品和食品行业选育新型益生菌,以期为食品药品行业的发展提供新的思路。遗传育种为选... 益生菌的多样化益生作用使其在人类健康领域发挥着重要作用,基于益生菌生产的药品、食品和膳食补充剂也受到越来越多的关注。目前,研究人员致力于为药品和食品行业选育新型益生菌,以期为食品药品行业的发展提供新的思路。遗传育种为选育具有有益特性的益生菌菌株提供了一个很好的平台,这对提升益生菌的市场价值和人类健康具有重要意义。为了今后更好的开展益生菌育种工作,该文综述了原生质体融合、基因组重排、常压室温等离子体诱变及基因编辑技术[成簇规律间隔的短回文重复序列相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated,CRISPR-Cas)技术和碱基编辑技术]等遗传育种技术的研究现状及在益生菌中的应用,并讨论了遗传育种的安全性,旨在为优良益生菌的选育提供参考,促进益生菌资源的开发和利用。 展开更多
关键词 益生菌 原生质体融合 基因组重排 常压室温等离子体 成簇规律间隔的短回文重复序列相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated CRISPR-Cas) 碱基编辑
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