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黑背胡狼源蜱的分子鉴定及pcox1、pnad5和ITS-1基因的遗传多样性分析
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作者 刘晓恒 戴伶 +7 位作者 王洪亮 杨辉 刘增再 谭笑若 陆试全 阳朝伟 邱启官 刘伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第8期31-36,共6页
为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因... 为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因进行PCR扩增并测序,利用生物信息学软件分析基因序列的同源性、单倍型多样性、核苷酸多样性并构建系统进化树。结果显示,6只黑背胡狼源蜱pcox1、pnad5和ITS-1基因长度分别为780、510和1500 bp,与GenBank数据库上传的基因序列进行比对后显示基因序列同源性分别为99.9%~100%、99.4%~100%和98.2%~100%,分别检测到2、3和4个单倍型,单倍型多样性分别为0.333±0.046、0.733±0.024和0.800±0.02963,核苷酸多样性分别为0.00043±0.0000003、0.001±0.0000017和0.00778±0.0000038。系统发育树结果显示,6只黑背胡狼源蜱与已知的长角血蜱聚类形成同一分支,与其他血蜱属蜱位于同一大分支,与其他硬蜱属蜱,例如波斯锐缘蜱、特突钝缘蜱距离较远。结果表明,6只黑背胡狼源蜱为长角血蜱,pcox1、pnad5和ITS-1基因均可作为长角血蜱鉴定的遗传分子标记。本试验对黑背胡狼源蜱进行分子鉴定并分析其遗传进化关系,为长角血蜱的分类鉴定以及黑背胡狼蜱病的防治提供参考。 展开更多
关键词 长角血蜱 黑背胡狼 部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1) 部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5) 核糖体内源转录间隔区1(ITS-1) 分子鉴定 遗传多样性
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茯苓菌株的遗传多样性分析及高温对菌丝生长的影响
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作者 毛纯 张荣澳 +3 位作者 何娟 温家敏 李玲娇 程飞 《中国食用菌》 2025年第2期26-34,共9页
为了探索不同地域来源茯苓菌株的遗传关系及其对高温的生长适应性,研究从云南省、安徽省、武汉市等地收集了16个茯苓菌株作为试验材料,通过提取菌丝基因组DNA后扩增ITS序列,测序鉴定这16株茯苓菌株间的遗传差异和亲缘关系;且比较了25、3... 为了探索不同地域来源茯苓菌株的遗传关系及其对高温的生长适应性,研究从云南省、安徽省、武汉市等地收集了16个茯苓菌株作为试验材料,通过提取菌丝基因组DNA后扩增ITS序列,测序鉴定这16株茯苓菌株间的遗传差异和亲缘关系;且比较了25、30、35℃条件下不同茯苓菌株的菌丝生长情况。研究结果表明,16个菌株的ITS序列长度在717~1255 bp,GC含量在58.16%~60.81%,16个菌株的遗传距离为0.005~0.112,遗传差异较小,可聚为4类。不同茯苓菌株菌丝体在不同温度下生长状态差异明显,30℃较适于菌丝的生长,25℃时“云南2”茯苓菌株菌丝的日均生长速度最快(1.875 cm·d^(-1)),30℃时野生茯苓菌丝日均生长速度最快(2.571 cm·d^(-1)),35℃时茯苓FL21菌丝日均生长速度最快(2.647 cm·d^(-1))。研究结果可为更有效地保护和利用茯苓菌种资源提供参考,也可为我国南方高温地区茯苓菌株的选择和引种栽培提供科学依据。 展开更多
关键词 茯苓 遗传多样性 温度 菌丝生长 ITS
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基于ISSR-PCR体系鉴别樟芝单核体交配型
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作者 李晓晖 盖舒萍 +5 位作者 汪雯翰 琚建伟 张守兵 丁保安 李燕 贾薇 《中国食用菌》 2024年第2期68-75,共8页
通过原生质体单核化技术获得樟芝单核体,基于内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行鉴定,采用14个引物对简单重复序列区间(inter-simple sequence repeats,ISSR)进行多态性扩增,筛选条带清晰、重复性好的引物用于樟芝... 通过原生质体单核化技术获得樟芝单核体,基于内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行鉴定,采用14个引物对简单重复序列区间(inter-simple sequence repeats,ISSR)进行多态性扩增,筛选条带清晰、重复性好的引物用于樟芝单核体的交配型鉴定。结果表明,通过原生质体单核化技术获得31个樟芝单核体,经ITS序列分析确定获得的单核体为樟芝。以单核体S2、S10、S14、S27的DNA为模板,对14条ISSR引物进行初步筛选,得到4个条带清晰、重复性好的引物P7、P9、P21、P25用于交配型鉴定。单核体S9和S25为同一交配型,两者与S2为不同交配型,通过镜检进一步验证S9、S25可以与S2形成具有锁状联合的双核菌株。该方法可明显缩短樟芝单核体交配型的鉴定时间。 展开更多
关键词 樟芝 单核体 交配型 ISSR ITS
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一株米根霉的鉴定及其发酵产乳酸研究
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作者 王世伟 王卿惠 刘伊娜 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第6期31-35,93,共6页
米根霉(Rhizopus oryzae)能产生乳酸等有机酸,在许多领域有重要的应用价值。本研究从黑龙江省北大仓白酒大曲中分离一株霉菌,经形态学和内转录间隔区(ITS)分子鉴定,将其命名为米根霉WSW-LYN-001;对该菌株产乳酸的能力进行了研究,并对其... 米根霉(Rhizopus oryzae)能产生乳酸等有机酸,在许多领域有重要的应用价值。本研究从黑龙江省北大仓白酒大曲中分离一株霉菌,经形态学和内转录间隔区(ITS)分子鉴定,将其命名为米根霉WSW-LYN-001;对该菌株产乳酸的能力进行了研究,并对其产乳酸发酵条件进行了优化。结果显示:以葡萄糖为碳源,在48 h后,米根霉发酵液pH达3.2左右,发酵84 h后乳酸产量可保持在70 g/L左右;传代次数会影响菌丝团形态,出现絮状和球状菌丝团,进而影响乳酸产量;发酵60 h后,球状菌丝团发酵液中乳酸产量比絮状菌丝团的更高;球状菌丝团经pH和中和剂CaCO_(3)优化后,在初始pH为7、发酵60 h后,乳酸产量最高达134.25 g/L。 展开更多
关键词 米根霉 RDNA 内转录间隔区(ITS) 菌种鉴定 乳酸生产
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黑龙江省扶余市麦穗鱼舌状绦虫裂头蚴的分子鉴定和系统发育分析
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作者 陈秀琴 邱阳元 +4 位作者 郑敏 林甦 江斌 王劭 黄梅清 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第8期74-80,共7页
为鉴定从黑龙江省扶余市麦穗鱼腹腔内收集的绦虫裂头蚴的种类,本试验采用PCR方法分别对其核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行扩增和序列测定。运用DNASTAR软件的MegAlign程序分析核苷酸同源性,采用邻... 为鉴定从黑龙江省扶余市麦穗鱼腹腔内收集的绦虫裂头蚴的种类,本试验采用PCR方法分别对其核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行扩增和序列测定。运用DNASTAR软件的MegAlign程序分析核苷酸同源性,采用邻接法构建基于ITS和COⅠ基因序列的系统进化树,以此分析分离虫株种内与种间的系统发育关系。结果显示,各分离虫株的ITS1和ITS2基因与舌状绦虫(AY121751)的核苷酸序列同源性最高,分别为98.8%~100%和99.6%~99.7%;各分离虫株的COⅠ基因与肠舌状绦虫(EU241273)的核苷酸序列同源性最高,为91.2%~94.7%。基于ITS序列构建的系统进化树显示,舌状绦虫和双线绦虫的ITS序列具有高度的保守性,ITS区域可能不适宜作为区分舌状绦虫属内部种类的可靠分子标记。基于COⅠ基因构建的系统进化树显示,分离虫株与土耳其、俄罗斯和欧洲的肠舌状绦虫分离株进化关系最近。根据序列同源性和COⅠ基因进化树结果,初步将本试验所分离虫株鉴定为肠舌状绦虫。结果表明,COⅠ基因更适合于舌状绦虫属种类的鉴别。本试验为舌状绦虫的分子流行病学调查提供了参考。 展开更多
关键词 舌状绦虫 分子鉴定 系统发育分析 核糖体内转录间隔区 线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ
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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
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作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 internal transcribed spacer 2(ITS2) Sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(DAMD) Sequence characterized amplified regions(SCAR)
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基于ITS基因序列的羊源食道口线虫PCR检测方法建立及应用 被引量:1
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作者 刘天缘 要慧中 +2 位作者 周璐露 康煜坤 林青 《动物医学进展》 北大核心 2024年第11期52-56,共5页
为了能对羊源食道口线虫病进行特异性诊断,基于食道口线虫ITS基因序列设计特异性引物,建立食道口线虫的特异性PCR检测方法,对其特异性、敏感性以及在临床羊粪便样本中食道口线虫虫卵的检测效果进行验证。结果显示,在对食道口线虫、仰口... 为了能对羊源食道口线虫病进行特异性诊断,基于食道口线虫ITS基因序列设计特异性引物,建立食道口线虫的特异性PCR检测方法,对其特异性、敏感性以及在临床羊粪便样本中食道口线虫虫卵的检测效果进行验证。结果显示,在对食道口线虫、仰口线虫、毛尾线虫、捻转血矛线虫等9种线虫的阳性DNA模板进行扩增时,只有在食道口线虫DNA阳性模板中扩增出650 bp的目的条带,而在其他线虫的DNA模板中无条带出现;将食道口线虫原始质粒模板进行10倍梯度稀释后进行敏感性检测,该PCR最低检出浓度为90 copies/μL;利用所建立的PCR检测方法对临床200份羊粪便样本进行检测,结果检出食道口线虫的阳性率为32%,高于显微镜镜检的阳性检测结果(阳性率为31%),但二者无显著性差异。研究表明,该研究所建立的食道口线虫PCR检测方法能够特异性地检测食道口线虫及其虫卵的阳性DNA样本,且敏感性良好,该方法为食道口线虫的种类鉴别以及食道口线虫病的诊断提供了一种可供选择的技术。 展开更多
关键词 食道口线虫 内转录间隔区 聚合酶链反应
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腐烂茎线虫不同地理种群ITS区序列比对及系统发育 被引量:14
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作者 王金成 季镭 +2 位作者 黄国明 杨秀丽 林茂松 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期79-83,98,共6页
为弄清我国腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)不同地理种群ITS(Internal transcribed spacer)区之间的碱基差异及系统发育关系,本研究通过网络软件Clustalw1.83对腐烂茎线虫的核糖体ITS区核酸序列进行了比对,结果发现腐烂茎线虫的8个... 为弄清我国腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)不同地理种群ITS(Internal transcribed spacer)区之间的碱基差异及系统发育关系,本研究通过网络软件Clustalw1.83对腐烂茎线虫的核糖体ITS区核酸序列进行了比对,结果发现腐烂茎线虫的8个种群中,DEll、DEly、DEAY987007三个种群(I组)内部之间的碱基差异在1%以内,其它的5个种群(II组)之间的差异为0~1%,而I组与II组种群之间的差异达到了15%(根据ITS1+5.8s+ITS2序列)或20%(根据ITS1+ITS2序列)。这说明我国腐烂茎线虫很可能是1个复合种。根据ITS区核酸序列构建的系统发育图同样显示,我国腐烂茎线虫的7个地理种群明显分为2个分支A和B。 展开更多
关键词 腐烂茎线虫 鳞球茎茎线虫 食菌茎线虫 ITS(internal transcribed spacer) 系统发育关系
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弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析 被引量:16
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作者 翁亚彪 谢德华 +4 位作者 林瑞庆 李华文 张德林 吴绍强 朱兴全 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期70-73,共4页
通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株,以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5 8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进... 通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株,以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5 8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证,为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示:QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5 8S序列完全一致,且与GenBank上注册RH株的ITS及5 8S序列也一致;仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定,但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。 展开更多
关键词 弓形虫 SH 序列 RH 克隆 宿主 CN 绵羊 PCR扩增 强毒株
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我国部分兰属植物菌根真菌rDNA ITS序列分析 被引量:24
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作者 李潞滨 胡陶 +4 位作者 唐征 庄彩云 刘振静 杨凯 彭镇华 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期160-164,共5页
rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and... rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and belonged to different ecologic types.The Blast results indicated that all these strains belonged to Epulorhiza or Tulasnella,which was fully consistent with identification as Epulorhiza with morphological method.Additionally,based on rDNA ITS sequence cluster analysis,dendrogram of Cymbidium mycorrhizal strains showed that the distributed environments and orchids species were two crucial factors that affected the specificity-relation between Chinese orchids(Cymbidium)symbiotic mycorrhizae and hosts. 展开更多
关键词 兰属植物 菌根真菌 RDNA ITS分析 瘤菌根菌 胶膜菌属
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根肿病菌核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用 被引量:40
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作者 杨佩文 李家瑞 +2 位作者 杨勤忠 曾莉 王群 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2003年第3期228-233,共6页
应用真菌核糖体基因ITS区段通用引物ITS1和ITS4,对十字花科蔬菜根肿病菌(Plasmodiophorabrassicae)rDNA进行PCR扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和碱基编码结构特点分析,结果表明:十字花科蔬菜根肿病菌... 应用真菌核糖体基因ITS区段通用引物ITS1和ITS4,对十字花科蔬菜根肿病菌(Plasmodiophorabrassicae)rDNA进行PCR扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和碱基编码结构特点分析,结果表明:十字花科蔬菜根肿病菌ITS1区长141bp,5 8S区长160bp,ITS2区长187bp,rDNA总长为488bp.根据此序列设计一对根肿病菌特异性寡聚核苷酸引物(前引物:5'AGGTGAACCTGCGGAAGGAT3'和后引物:5'TTCAGCGGGTAATCCTACCT3'),应用聚合酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR)技术,对分离自十字花科蔬菜(白菜、青菜、甘蓝、芥蓝、花椰菜等)根肿病菌全基因组DNA进行特异性扩增试验。试验结果表明,该对引物能从十字花科根肿病菌全基因组DNA中扩增到约500bp长度的分子片段,而对照菌株和健康对照则无扩增产物。该实验结果对有效追踪根肿病菌在田间的发生动态监测和预测预报提供了重要的信息和手段。 展开更多
关键词 十字花科蔬菜 根肿病菌 核糖体基因ITS区段 基因克隆 基因测序 基因检测 预测预报 发生动态监测
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云南羊肚菌rDNA的ITS序列与亲缘关系分析 被引量:28
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作者 沈洪 陈明杰 +1 位作者 赵永昌 潘迎捷 《食用菌学报》 2007年第2期15-22,共8页
采用ITS(Internal Transcribed Spacers)序列比对技术分析了根据形态挑选的14个羊肚菌子实体(其中11个来自云南,3个来自浙江)。结果表明,云南的11个羊肚菌子实体(M1~M11)可分为4个种;高羊肚菌(Morchella elata),尖顶羊肚菌... 采用ITS(Internal Transcribed Spacers)序列比对技术分析了根据形态挑选的14个羊肚菌子实体(其中11个来自云南,3个来自浙江)。结果表明,云南的11个羊肚菌子实体(M1~M11)可分为4个种;高羊肚菌(Morchella elata),尖顶羊肚菌(Morchella conica),粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)和大孔(宽肋)羊肚菌(Morchella costata)。浙江的3个羊肚菌子实体(M12~M14)经鉴定为未知羊肚菌种。14个羊肚菌子实体样品和GenBank中黑脉(小顶)羊肚菌[Morchella angusticeps(AJ698476)]、美味羊肚菌[Morchella esculenta(AJ698475)]以及羊肚菌科常见属钟菌属Verpa conica(AJ544206)的ITS序列聚类,以钟菌(AJ544206)作为外类群,可分为三大聚类群:高羊肚菌、大孔(宽肋)羊肚菌和黑脉(小顶)羊肚菌为第1类群(Group1);美味羊肚菌和尖顶羊肚菌为第2类群(Group2);粗柄羊肚菌和浙江的3个羊肚菌为第3类群(Group3)。 展开更多
关键词 羊肚菌 internal transcribed spacers序列 相似性
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中华按蚊和嗜人按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异 被引量:29
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作者 马雅军 瞿逢伊 +1 位作者 徐建农 郑哲民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期234-236,共3页
目的:比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体DNA(rDNA)内转录间隔2区(ITS2)序列差异。方法:通过对PCR扩增的rDNAITS2片段进行克隆测序,每种蚊测定3个克隆片段序列,比较其差异。结果:中华按蚊和嗜人按蚊的rD... 目的:比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体DNA(rDNA)内转录间隔2区(ITS2)序列差异。方法:通过对PCR扩增的rDNAITS2片段进行克隆测序,每种蚊测定3个克隆片段序列,比较其差异。结果:中华按蚊和嗜人按蚊的rDNAITS2序列长度分别为468和452bp,GC含量分别为44.87%和49.12%,两者序列差异为28.8%。 展开更多
关键词 中华按蚊 嗜人按蚊 DNA 核糖体 ITS2
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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量:58
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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 RDNA 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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百合枯萎病病原鉴定与ITS序列分析 被引量:19
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作者 杨秀梅 王继华 +3 位作者 王丽花 吴学尉 彭绿春 瞿素萍 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第6期1914-1916,共3页
对从百合枯萎病病株上分离得到的病原菌进行形态特征、致病性以及核糖体DNA-ITS序列分析。结果表明,该菌在PDA培养基上气生菌丝白色绒毛状,小型分生孢子卵圆形或椭圆形,大型分生孢子镰刀形。克隆分析菌株的核糖体DNA-ITS区域序列,分离菌... 对从百合枯萎病病株上分离得到的病原菌进行形态特征、致病性以及核糖体DNA-ITS序列分析。结果表明,该菌在PDA培养基上气生菌丝白色绒毛状,小型分生孢子卵圆形或椭圆形,大型分生孢子镰刀形。克隆分析菌株的核糖体DNA-ITS区域序列,分离菌与GenBank中尖孢镰刀菌的ITS序列同源性最高达99.8%,仅有1个碱基的差异,进一步证实嵩明百合种植基地百合枯萎病的病原菌为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)。 展开更多
关键词 百合 枯萎病 rDNA-ITS序列 鉴定
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人工养殖与选育对罗氏沼虾遗传多样性的影响 被引量:22
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作者 陈雪峰 杨国梁 +7 位作者 孔杰 栾生 张宇飞 王军毅 高强 罗坤 宫金华 叶少群 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期866-873,共8页
为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal ... 为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal transcribed spacer 2,ITS2)基因序列,结果发现58个碱基变异位点,定义56个单倍型。在5个群体中,孟加拉野生群体的遗传多样性最高(平均核苷酸差异数K和核苷酸多态性指数Pi分别为7.186和0.0155),依次为缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体,选育群体"南太湖2号"遗传多样性最低(K和Pi分别为3.032和0.0065)。5个群体间配对Fst分析表明,养殖群体与野生群体遗传分化显著(P<0.01),选育群体"南太湖2号"不仅与野生群体遗传分化显著,同时还与广西养殖群体产生了显著的遗传分化(P<0.01)。系统树显示,孟加拉野生群体和缅甸野生群体聚为一支,浙江养殖群体、广西养殖群体和选育群体"南太湖2号"则聚为另一支。研究结果表明,人工养殖和选育降低了罗氏沼虾的遗传多样性水平,并导致群体间发生了显著的遗传分化。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 ITS2基因 遗传多样性 遗传分化
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一株产絮凝剂的曲霉菌株的筛选 被引量:12
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作者 武波 韦东 +3 位作者 唐咸来 柏学亮 马庆生 唐记良 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2001年第2期3-5,38,共4页
从排污沟的废水污泥中筛选到 1株产絮凝剂的霉菌GXF9912。该菌株的最佳产絮凝剂时间为培养后72h ;培养基的初始 pH为 6 .0~ 6 .5时 ,产生的絮凝剂活性较高 ;Ca2 +对絮凝作用有促进作用。通过GXF9912菌株的 5 .8SrRNA基因两侧的内转录... 从排污沟的废水污泥中筛选到 1株产絮凝剂的霉菌GXF9912。该菌株的最佳产絮凝剂时间为培养后72h ;培养基的初始 pH为 6 .0~ 6 .5时 ,产生的絮凝剂活性较高 ;Ca2 +对絮凝作用有促进作用。通过GXF9912菌株的 5 .8SrRNA基因两侧的内转录间隔区 (internaltranscribedspacers,ITS)进行序列分析表明该菌株为曲霉。 展开更多
关键词 絮凝剂 内转录间隔区 曲霉 筛选
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辣椒炭疽病3病原核糖体基因ITS区的序列测定及分析 被引量:16
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作者 马荣群 黄粤 +2 位作者 宋正旭 李梅 岳文辉 《西南农业学报》 CSCD 2007年第6期1234-1236,共3页
辣椒炭疽病(pepper anthracnose)是辣椒生产中的主要病害之一。利用真菌核糖体内转录间隔区(internal transcribed spac-er,ITS)序列通用引物对辣椒炭疽病3病原进行扩增,分别获得其rDNA-ITS序列,序列分析结果表明,病菌的5.8S rDNA序列... 辣椒炭疽病(pepper anthracnose)是辣椒生产中的主要病害之一。利用真菌核糖体内转录间隔区(internal transcribed spac-er,ITS)序列通用引物对辣椒炭疽病3病原进行扩增,分别获得其rDNA-ITS序列,序列分析结果表明,病菌的5.8S rDNA序列高度保守,而ITS区的可变性则相对较高,其中ITS1区的差异大于ITS2区的差异,说明ITS1区的变异较丰富,可考虑将该区域作为病原鉴定的PCR检测特异引物的靶序列,为今后各病菌的特异性分子鉴定提供可靠的靶标。 展开更多
关键词 辣椒炭疽病 核糖体基因 ITS 序列分析
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龙眼属rDNA的ITS序列分析 被引量:15
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作者 姜帆 高慧颖 +1 位作者 陈秀萍 郑少泉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期262-268,共7页
为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S... 为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618~646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227~235 bp和227~247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。 展开更多
关键词 龙眼 ITS 分子鉴别
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四个鲤鱼种群ITS-1序列的遗传变异分析 被引量:10
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作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 周凯 李冰 王建新 朱健 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期271-276,共6页
对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.0085... 对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.00857±0.00200,遗传多样性表现较低.黑龙江野鲤种群与建鲤种群间遗传距离最远,为0.10129,黑龙江野鲤种群与黄河鲤种群间遗传距离最近,为0.02305.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.05373,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.ITS-1序列构建系统进化树显示,四个种群分为南北2支,黑龙江野鲤和黄河鲤种群聚为北方支,建鲤和荷包红鲤种群聚为南方一支. 展开更多
关键词 鲤鱼 内转录间隔区1(ITS-1) 种质资源 遗传变异
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