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基于重测序紫花苜蓿高蛋白、高产关联InDel分子标记开发
1
作者 冯雅琪 陈嘉慧 +5 位作者 张静妮 隋超 陈基伟 刘志鹏 周强 刘文献 《草业学报》 北大核心 2025年第4期137-149,共13页
随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)... 随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)多态性标记因其分布广泛、密度高、遗传稳定以及重复性强等优点而受到关注,然而目前其在紫花苜蓿中的研究及应用仍十分有限。本研究基于国内外80份紫花苜蓿材料的基因组重测序数据,通过与紫花苜蓿“中苜1号”参考基因组序列比对挖掘InDel变异位点,开发与高蛋白和高产性状相关的InDel标记。结果表明,在全基因组范围内设计的40个标记中,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证后,成功开发出29个多态性标记,多态性比率达到72.5%。其中,已开发的InDel_25和InDel_39标记可分别用于高产和优质紫花苜蓿材料的鉴定。本研究开发的InDel标记可结合传统育种方法,有望加速高产、优质紫花苜蓿新品种的培育。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 indel分子标记 产量 品质
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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发
2
作者 贺涵 刘传和 +7 位作者 喻梦凡 袁梦萍 魏岳荣 杨敏 邝瑞彬 周陈平 吴夏明 徐泽 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物... 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 重测序 indel标记 遗传多样性分析
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玉米氮吸收性状相关NPF家族基因挖掘及InDel分子标记开发
3
作者 罗春梅 赵晨旭 +2 位作者 余海兵 赵涵 周玲 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第3期445-456,共12页
玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环... 玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环保高效的解决方法。本研究对硝态氮吸收转运相关的NPF家族进行分析,通过全基因组关联分析挖掘出与玉米氮吸收性状紧密关联的15个候选基因,根据已报道的功能位点设计插入缺失(InDel)分子标记,以期设计出与玉米硝酸盐含量积累性状显著关联的功能标记。共设计了69对InDel分子标记,经过亲本多态性检验,发现特异性良好的有32对标记。在609份玉米自交系组成的自然群体中对这些InDel分子标记进行功能验证,结果表明,在玉米ZmNPF6.2、ZmNPF6.4、ZmNPF6.8、ZmNPF8.12、ZmNPF8.14基因附近的7对InDel分子标记与氮素吸收性状紧密关联。本研究开发的氮高效吸收相关InDel分子标记可为分子标记辅助育种提供理论基础,为培育氮高效利用的玉米新品种指引了方向。 展开更多
关键词 玉米 氮高效吸收 功能标记 indel分子标记
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利用InDel分子标记鉴定新乡小包23大白菜种子纯度
4
作者 徐世静 王晓玲 +3 位作者 肖艳 原让花 杨晨 姬可盈 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第7期49-53,共5页
为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定... 为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定。结果表明,有3对引物表现出共显性,其中1对引物能够将新乡小包23与另外3个相似品种有效区分开。将该引物在108个杂交后代中进行验证,纯度鉴定结果为93.5%,与田间鉴定结果基本一致。综上,研究筛选的InDel标记BrID90105可用于新乡小包23种子纯度的快速鉴定,促进种业良性发展。 展开更多
关键词 大白菜 新乡小包23 indel分子标记 种子纯度鉴定
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
5
作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP indel
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基于转录组测序数据的蚕豆InDel标记开发和应用
6
作者 周瑶 周恩强 +10 位作者 姚梦楠 赵娜 李宗迪 朱宇翔 王永强 李波 王学军 缪亚梅 汪凯华 顾春燕 魏利斌 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第8期35-41,共7页
我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种... 我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种质资源,拟开展7份蚕豆材料的转录组测序,并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明,成功挖掘出2666个InDel位点,其中插入、缺失位点分别有841、1825个,且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外,根据InDel位点信息,从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增,共筛选到有效InDel标记20对,多态性信息含量均值为0.32,平均每对标记中检测到2.85个等位基因,香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明,江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布,可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用,从而打破了地域限制,增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析,不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型,而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。 展开更多
关键词 蚕豆 转录组 indel 分子标记 遗传多样性
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依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
7
作者 张浩 田金红 +1 位作者 王大玮 李菊彩 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期52-57,74,共7页
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76... 依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR SNP indel
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基于InDel标记的辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子纯度鉴定
8
作者 高升华 周克贵 +8 位作者 尹延旭 李宁 徐凯 王小迪 詹晓慧 陈卫芳 袁伟玲 姚明华 王飞 《蔬菜》 2025年第4期26-32,共7页
辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5... 辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5114及其母本THI-P-10、父本P5114为材料,利用THI-P-10、P5114基因组重测序数据筛选具有多态性明显、条带清晰且PCR扩增稳定的InDel标记,利用筛选出的InDel标记对杂交组合THI-P-10×P5114种子进行纯度鉴定,并结合田间形态鉴定验证分子标记鉴定的准确性。结果表明:InDel标记InDel-Chr02-12和InDel-Chr11-09在亲本间具有多态性,在杂交后代中兼具双亲条带,属于共显性标记;利用开发的标记对164个THI-P-10×P5114杂交种子进行纯度鉴定,种子纯度鉴定结果为92.07%,与传统田间形态学纯度鉴定结果完全吻合。综上,辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子可以利用新开发的2个InDel标记快速、准确地进行纯度鉴定,能为该杂交组合的制种和推广提供技术支持。 展开更多
关键词 辣椒 indel 分子标记 种子纯度 鉴定 杂交一代 基因组
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杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析
9
作者 焦云 高中山 +3 位作者 汪国云 陈方永 姚小映 周超超 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期575-588,共14页
InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的... InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的InDel变异频率介于1/11297~1/8903;其中,CM025856.1染色体上发生InDel变异频率最高。通过注释分析发现有1312个InDel分布在基因外显子区域,另有21055和6659个InDel分别分布在基因间区和内含子区域。经GO注释,上述InDel生物过程主要涉及细胞过程(Cellular process)和代谢过程(Metabolic process);分子功能主要包括结合(Binding)和催化活性(Catalyticactivity)。经KEGG通路分析发现,InDel所在的基因区域的功能主要为次生代谢、碳代谢和核质运输等。通过全基因组关联分析,获得20个与杨梅果实成熟期性状显著关联的InDel,其功能注释主要涉及线粒体、质体结构基因,三磷酸核苷水解酶和细胞分裂素信号蛋白等。进一步验证显示InDelEP-18标记对杨梅果实成熟期性状鉴定准确率较高,达89.25%;通过基因预测结果发现该位点注释为早期结瘤素家族(Early nodulin)基因。本研究筛选获得的InDel EP-18标记将为杨梅分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 杨梅 indel 重测序 关联分析 成熟期
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基于二代测序技术的玉米InDel分子标记开发及品种鉴定
10
作者 刘霁虹 包劲松 +2 位作者 朱碧云 颜韶兵 应逸宁 《核农学报》 北大核心 2025年第8期1630-1639,共10页
插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分... 插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)和InDel,开发InDel分子标记,并用于杭糯玉21杂交玉米品种鉴定。结果表明,在12份玉米样品的共同测序标签上筛选出19539984个SNP位点和2124876个InDel位点。经过筛选,共得到36个覆盖玉米10条染色体的高质量InDel分子标记,并建立了6个InDel引物的多重组合。上述标记在12份玉米材料中的扩增结果显示,不同标记的主要等位基因频率(MAF)变化范围为0.417~0.875,平均值为0.708;多态性信息含量(PIC)变化范围为0.195~0.583,平均值为0.327。基于二代测序和开发的InDel标记位点的聚类分析可以将杭糯玉21与其他品种分开。本研究将基于二代测序技术开发的InDel标记与多重PCR技术结合并应用到玉米品种鉴定中,不仅提高了玉米品种检测的效率,也为今后杭糯玉21种质资源的合理利用和玉米遗传改良提供了科学依据。 展开更多
关键词 糯玉米 二代测序 indel 品种特异性 多重PCR
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艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析
11
作者 阴志刚 陈培育 +3 位作者 周晓静 曹双 鞠乐 粱慧珍 《种子》 北大核心 2025年第6期51-57,共7页
为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点2198... 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%。SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间。12个转录组样品中,有228066~275556个SNP位点,平均每个样品含有247114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30729~41330个之间,每个样品平均含有33967个InDel位点。艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑。 展开更多
关键词 艾草 转录组 SSR SNP indel
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基于Indel标记的新疆色素辣椒杂交种纯度鉴定 被引量：1
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作者 李辉玲 张建文 +1 位作者 叶远荣 曾卫东 《现代园艺》 2025年第1期28-30,共3页
为充分利用Indel分子标记技术,建立新疆色素辣椒杂交种室内纯度快速鉴定体系,为后续的群体构建、QTL定位、杂交子代遗传多样性分析等相关研究提供依据,提高育种效率。利用251对Indel引物对10个品种的父母本共11个杂交组合的F_(1)杂交代... 为充分利用Indel分子标记技术,建立新疆色素辣椒杂交种室内纯度快速鉴定体系,为后续的群体构建、QTL定位、杂交子代遗传多样性分析等相关研究提供依据,提高育种效率。利用251对Indel引物对10个品种的父母本共11个杂交组合的F_(1)杂交代共96份材料的基因组DNA进行PCR扩增,寻找有扩增差异的引物,并对F_(1)杂交代进行鉴定。结果表明,最终检测出33对特异性引物能扩增出清晰的差异条带,其中12对引物能够区别10个父母本材料及其F_(1)代,最终在11个杂交组合86份子代中,检测出真杂交种67份,杂交成功率达77.9%。Indel分子标记技术在对新疆色素辣椒杂交种纯度鉴定中具有快速、准确等优点,在后续种质资源创新及育种工作中具有一定的应用价值。 展开更多
关键词 色素辣椒 indel分子标记 杂交子代 纯度
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基于重测序的桃InDel功能解析及成熟期分子标记筛选
13
作者 陈妙金 陈克明 +3 位作者 李罗飞 孙奇男 楼安其 焦云 《中国果树》 2025年第8期29-37,共9页
基于100份桃种质全基因组重测序结果进行InDel位点鉴定及功能解析。结果表明:共获得1~50 bp长度范围内的20983个InDel;桃基因组InDel发生频率为10799 bp,不同染色体的InDel变异频率范围为9680~12166 bp;其中,NC_034009.1染色体上发生In... 基于100份桃种质全基因组重测序结果进行InDel位点鉴定及功能解析。结果表明:共获得1~50 bp长度范围内的20983个InDel;桃基因组InDel发生频率为10799 bp,不同染色体的InDel变异频率范围为9680~12166 bp;其中,NC_034009.1染色体上发生InDel变异频率最高。InDel分布在基因间区内数量最多(12446个),其次为内含子区域(8986个);GO注释分析表明,生物过程类目(Biological process)中占比最多的是细胞过程(Cellular process);分子功能(Molecular function)主要包括蛋白结合(Binding)和催化活性(Catalytic activity);然而,在细胞组分(Cellular component)中仅发现有细胞结构组件(Cellular anatomical entity)与含蛋白质的复合物(Protein-containing complex)两类功能基因。KEGG通路分析结果表明,TOP 20富集通路中以次生代谢物的生物合成(Biosynthesis of secondary metabolites)连通度为最大,其次还包括淀粉蔗糖代谢(Starch and sucrose metabolism)和类胡萝卜素生物合成(Carotenoid biosynthesis)两个中心通路。此外,从上述InDel位点中鉴定筛选获得InDel PP4.3标记,其果实成熟期性状鉴定准确率达84.62%;该位点功能注释为核糖核酸酶H超家族基因。总之,关于桃基因组InDel的功能解析结果与成熟期分子标记将为后续桃分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 桃 种质资源 indel 功能 成熟期
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伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：1
14
作者 孙利娜 林茂 +4 位作者 黄旭光 陈尔 杨舒婷 王华新 龚建英 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期745-753,共9页
【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行... 【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。 展开更多
关键词 伊丽莎白安格斯三角梅 转录组 SSR SNP indel
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基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：1
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作者 张震 许彦明 +9 位作者 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 《绿色科技》 2024年第18期200-204,共5页
基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,... 基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。 展开更多
关键词 油茶 转录组测序 SSR SNP indel
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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：2
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作者 贺彩霞 李长忠 +8 位作者 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期48-56,共9页
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SS... 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 转录组 分子标记 SSR SNP indel
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性状鉴别联合InDel标记检测快速鉴定柑桔品种 被引量：6
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作者 刘小丰 王洪 +4 位作者 刘梦雨 朱世平 江东 曹立 余歆 《中国南方果树》 北大核心 2024年第1期1-8,共8页
品种鉴定是植物品种保护的前提。基于表型性状的DUS测试是受国际认可和具有法律依据的鉴定方法,但对果树开展完整的DUS测试,往往面临测试周期长和近似品种选择困难的挑战。基于分子标记的检测能准确揭示品种的遗传特征,但很难成功鉴定... 品种鉴定是植物品种保护的前提。基于表型性状的DUS测试是受国际认可和具有法律依据的鉴定方法,但对果树开展完整的DUS测试,往往面临测试周期长和近似品种选择困难的挑战。基于分子标记的检测能准确揭示品种的遗传特征,但很难成功鉴定部分芽变、回交、高世代分离选种等育种方式获得的品种。根据《植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南柑桔(NY/T 2435—2013)》的柑桔性状表,对5个测试材料(未知柑桔品种)进行部分(101个)性状鉴别,结果表明它们之间无明显性状差异。与国家柑桔种质资源圃(重庆)1900份柑桔种质资源的性状数据进行比对,发现测试材料与无核金诺(Citrus reticulata Blanco‘KinnowLS’)在1个性状(果实质量)上有1个代码值的差异,与091无核沃柑(C.reticulata Blanco‘091 Seedless Orah’)在4个性状(果实质量、果面主色、果面油胞凹凸、果汁含酸量)上分别有1~2个代码值的差异,由此确认091无核沃柑和无核金诺为测试材料的近似品种。进一步利用33个适用于琼脂糖凝胶电泳检测InDel标记进行分子检测,结果表明5个测试材料之间无位点差异,测试材料与无核金诺有0个位点的差异,与091无核沃柑有12个位点的差异。综合两种方法所得结果,5个测试材料被鉴定为无核金诺。性状鉴别联合InDel标记检测是准确、快速鉴定未知柑桔品种的有效方案。 展开更多
关键词 柑桔 性状鉴别 indel标记 品种鉴定
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基于RAD-seq的菜心InDel标记开发及应用 被引量：2
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作者 许玉富 黄依琳 +5 位作者 李荣华 黄红弟 郭少龙 李光光 郭培国 夏岩石 《广东农业科学》 CAS 2024年第3期91-102,共12页
【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在... 【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个(72.5%)在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量(PIC)为0.263~0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366~0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有良好的多态性,能有效地揭示不同菜心种质材料间的遗传距离,可为菜心遗传种质分析、新品种选育等方面提供可利用的标记信息。 展开更多
关键词 菜心 RAD-seq indel标记 多态性 遗传多样性分析 聚类分析
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南瓜叶黄素基因紧密连锁的InDel分子标记开发及应用 被引量：3
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作者 徐颖超 张思程 +6 位作者 薛舒丹 刘佳黎 朱吉童 孟琦涛 林惠境 聂呈荣 钟玉娟 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期348-358,共11页
本研究旨在开发与中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)叶黄素含量的数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)紧密连锁且实用性强的分子标记,以加速南瓜的育种进程。前期在F_(2)代群体中定位到与叶黄素含量紧密连锁的主效QTL位点ql... 本研究旨在开发与中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)叶黄素含量的数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)紧密连锁且实用性强的分子标记,以加速南瓜的育种进程。前期在F_(2)代群体中定位到与叶黄素含量紧密连锁的主效QTL位点qlut11-a,在其两侧翼分子标记R1_38695和R2_55819之间开发了8对InDel分子标记。通过对F_(2)代群体及部分高代(F_(8)代)重组自交系株系进行基因型和叶黄素表型分析,明确了InDel分子标记G005310和G005670可有效筛选高叶黄素含量和低叶黄素含量材料,并在近等基因系构建中证实了其能用于创制高叶黄素含量的南瓜种质,BC5F1果实中的最高叶黄素含量约是低叶黄素含量亲本果实含量的2.8倍,且占高叶黄素含量亲本果实的96%。本研究结果为加速南瓜高叶黄素含量种质育种进程提供了更实用的分子标记。 展开更多
关键词 南瓜 叶黄素 QTL定位 HPLC测定 indel分子标记
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利用InDel标记鉴定不同橘柚品种 被引量：1
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作者 余歆 郭意 +3 位作者 刘小丰 万润楚 江东 曹立 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1477-1489,共13页
【目的】橘柚(tangelo)是一类含有橘(mandarin,Citrus reticulata Blanco)和柚[pummelo,C.maxima(Burm.)Merr.]血统的杂种柑橘。旨在挖掘能快速有效区分和鉴定不同橘柚品种的插入缺失(InDel)分子标记。【方法】利用第二代测序技术对两... 【目的】橘柚(tangelo)是一类含有橘(mandarin,Citrus reticulata Blanco)和柚[pummelo,C.maxima(Burm.)Merr.]血统的杂种柑橘。旨在挖掘能快速有效区分和鉴定不同橘柚品种的插入缺失(InDel)分子标记。【方法】利用第二代测序技术对两种橘柚(阳光1号和阳光2号)及其亲本(爱媛28号和春香)进行全基因组重测序,通过生物信息学分析和琼脂糖凝胶电泳检测,挖掘、筛选和确定大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记,使用这些标记鉴定和区分10个不同橘柚品种,并对共51份种质资源进行基因分型及遗传多样性分析。【结果】在4个柑橘品种的基因组共鉴定到607376个InDel位点,产生657414种变异方式,并进一步筛选出48个大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记。他们适用于普通琼脂糖凝胶电泳检测,操作简单,省力省时,成本低。这些InDel标记能够对10个橘柚品种进行基因分型,区别和鉴定不同橘柚品种,在51份种质资源中具有遗传多样性,其中I3_744、I7_170、I8_516、I8_533、I9_669等InDel标记具有高多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He)及低最大等位基因频率(MAF)的特点。基于这48个InDel标记基因分型的主坐标分析(PCoA)展示了51份种质资源的遗传距离,他们在PCoA二维散点图中的分布与已知的柑橘类型划分总体一致。【结论】发掘的48个适合普通琼脂糖电泳检测的InDel标记能准确快速区分和鉴定不同橘柚品种,也有助于对柑橘作物的遗传多样性和群体进行分类分析。 展开更多
关键词 柑橘 橘柚 indel 分子标记 遗传多样性
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