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Primary Analysis on mtDNA D-loop Hypervariable Region in Eutamias sibiricus
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作者 LI Shipeng BAI Xiujuan 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2008年第1期48-50,共3页
This study analyzed the mitochondrial DNA D-loop hypervariable region 601 bp sequence in 12 Eutamias sibiricus from Heilongjiang area. The result showed that the average contents of A, T, G and C were 33.2%, 30.5%, 11... This study analyzed the mitochondrial DNA D-loop hypervariable region 601 bp sequence in 12 Eutamias sibiricus from Heilongjiang area. The result showed that the average contents of A, T, G and C were 33.2%, 30.5%, 11.8% and 24.5% respectively, the A+T content (63.7%) was obviously higher than the G+C content (36.3%). Thirty-six, mutation (approximately 6.0%) sites were found and 9 haplotypes were defined. The mutations types, including transition, transversion and deletion were all found in the detected mtDNA D-loop regions, most of which was transition. The average nucleotide mutational ratio was 1.22%. The nucleotide mutation sites affected the restriction site appearance or disappearance of the restriction site. The research on mtDNA D-loop is focused on the domestic animals and there is no report on Eutamias sibiricus, This study analyzed the mitochondrial DNA D-loop hypervariable in Eutamias sibiricus so as to provide some useful informations for related research in the future. 展开更多
关键词 Eutamias sibiricus mtDNA D-loop hypervariable region genetic diversity
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可见光/NIR-Ⅰ/NIR-Ⅱ三波段5 mm腹腔镜光学系统设计
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作者 孟祥翔 贾成园 +1 位作者 邱明杰 李占鑫 《红外与激光工程》 北大核心 2025年第6期185-195,共11页
5mm腹腔镜因其镜杆细、占用空间小在多种手术场景下有着广泛应用。为了提升5 mm腹腔镜在近红外波段的病灶探测能力,设计了一款可见光/近红外一区(Near Infrared Region I,NIR-Ⅰ)/近红外二区(Near Infrared RegionⅡ,NIR-Ⅱ)三波段复合... 5mm腹腔镜因其镜杆细、占用空间小在多种手术场景下有着广泛应用。为了提升5 mm腹腔镜在近红外波段的病灶探测能力,设计了一款可见光/近红外一区(Near Infrared Region I,NIR-Ⅰ)/近红外二区(Near Infrared RegionⅡ,NIR-Ⅱ)三波段复合成像内窥镜,并进行了病灶探测深度仿真。为保证兼容性,所设计腹腔镜的光学观察镜部分和摄像适配器部分单独校正像差。光学观察镜部分在486~1700 nm宽波段消色差,实现可见光、NIR-Ⅰ、NIR-Ⅱ三波段共焦面设计。摄像适配器部分进行两次分光,在入射平行光处分成1000~1700 nm和486~900 nm两支路,其中1000~1700 nm支路接InGaAs相机实现NIR-Ⅱ成像;486~900 nm支路接传统荧光内窥镜摄像系统并在成像芯片前二次分光实现可见光和NIR-Ⅰ成像。该系统入瞳直径0.3 mm、视场角80°、最大相对畸变≤20.13%。利用TracePro软件仿真分析了该腹腔镜在NIR-Ⅰ和NIR-Ⅱ波段对肿瘤病灶的探测能力,当以总功率2 W、发射半角45°、波长808 nm的入射光激发位于组织体内深度4 mm、半径0.5 mm的肿瘤时,NIR-Ⅰ波段探测信噪比为3.14 dB,NIR-Ⅱ波段在探测器制冷-20℃时信噪比为5.52 dB,制冷-80℃时信噪比为6.95 dB。结果表明,可见光/NIR-Ⅰ/NIR-Ⅱ三波段复合成像可提升5 mm腹腔镜对病灶的探测性能。 展开更多
关键词 光学设计 内窥镜 近红外一区 近红外二区
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31例中国汉族人外周血白细胞线粒体DNA高变Ⅰ区序列特殊变异分析 被引量:3
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作者 胡义德 贾立明 +5 位作者 孙玉兰 孙恒文 刘丽红 叶明福 钱桂生 房殿春 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第20期1806-1808,共3页
目的 通过分析线粒体DNA序列 ,进一步了解中国汉族人线粒体基因多态性的特点。方法 一步法制备 3 1个无亲缘关系的中国汉族个体的外周血白细胞线粒体DNA ,PCR扩增包括非编码高变Ⅰ区在内的 15 2 8bp核酸片段 ,并直接测序 ,分析高变Ⅰ... 目的 通过分析线粒体DNA序列 ,进一步了解中国汉族人线粒体基因多态性的特点。方法 一步法制备 3 1个无亲缘关系的中国汉族个体的外周血白细胞线粒体DNA ,PCR扩增包括非编码高变Ⅰ区在内的 15 2 8bp核酸片段 ,并直接测序 ,分析高变Ⅰ区序列变异情况。结果 高变Ⅰ区 162 2 3和 163 62核苷酸位点 ,分别出现高频率C→T变异 ( 70 97% ,2 2 /3 1)及T→C变异 ( 4 8 3 9% ,15 /3 1)。结论 线粒体DNA第 162 2 3核苷酸位点T和第 163 62核苷酸位点C很可能是中国汉族人特异性的单核苷酸多态性位点。 展开更多
关键词 中国汉族人 线粒体DNA 外周血白细胞 人外周血 序列 线粒体基因 直接测序 位点 变异分析 亲缘关系
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5种咖啡及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析
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作者 刘成 马关润 +6 位作者 赵明珠 李梅方 陈天明 王静敏 蒋鑫磊 白学慧 周华 《热带作物学报》 北大核心 2025年第5期1043-1051,共9页
本研究以大粒种咖啡(Coffealiberica)、中粒种咖啡(C.canephora)、小粒种咖啡(C.arabica)、丁香咖啡(C.eugenioides)及总状咖啡(C.racemosa)5种咖啡属植物的叶绿体基因组为研究对象,对其进行统计和比较分析。结果表明:叶绿体基因组长度... 本研究以大粒种咖啡(Coffealiberica)、中粒种咖啡(C.canephora)、小粒种咖啡(C.arabica)、丁香咖啡(C.eugenioides)及总状咖啡(C.racemosa)5种咖啡属植物的叶绿体基因组为研究对象,对其进行统计和比较分析。结果表明:叶绿体基因组长度在154 751~155 189 bp之间,最长的是小粒种咖啡,最短的是中粒种咖啡,GC平均含量为34.98%;大粒种咖啡和小粒种咖啡叶绿体基因组均编码130个基因,丁香咖啡叶绿体基因组编码基因最多,为138个,总状咖啡叶绿体基因组编码基因最少,为121个;比较5种咖啡植物叶绿体基因组边界区域发现,方向顺序排列一致,体现了叶绿体基因组结构的高度保守性;SSR序列分析表明,5种咖啡植物具有较强的AT偏向性,且SSR类型和数目均不相同;经核苷酸多样性变异位点分析,筛选出了5个核苷酸变异较大的区段,包括PetN-PsbM、accD、accD-PsaI、rpl16和ndhF-rpl32。进一步基于叶绿体基因组和5个核酸高变区的联合分析,构建19种咖啡属植物的系统发育树,揭示其亲缘关系。本研究可为咖啡属植物的种质资源鉴定、起源进化及杂交育种提供参考依据。 展开更多
关键词 咖啡属 叶绿体基因组 系统发育 高变区
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上海地区汉族优秀游泳运动员mtDNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性研究 被引量:6
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作者 高炳宏 陈佩杰 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期133-138,共6页
目的:探讨上海地区汉族优秀游泳运动员mtDNA高变区ⅠSNPs的分布特点,并与上海地区汉族普通人进行比较研究。方法:分别以89名上海籍汉族优秀游泳运动员和71名普通人为研究对象,采用PCR产物纯化后直接测序的方法,应用DNASTAR6.10版... 目的:探讨上海地区汉族优秀游泳运动员mtDNA高变区ⅠSNPs的分布特点,并与上海地区汉族普通人进行比较研究。方法:分别以89名上海籍汉族优秀游泳运动员和71名普通人为研究对象,采用PCR产物纯化后直接测序的方法,应用DNASTAR6.10版序列分析软件对不同人群的序列多态性进行分析,并与剑桥序列进行比对,确定SNPs的位点、类型及频率。结果:(1)游泳运动员和普通入mtDNA高变区ⅠSNPs分布频率高于10%的位点分别为15个和13个,大于20%位点分别有6个和7个,其它均为常见SNPs;其中位点C16168A为普通入所独有;(2)游泳运动员位点C16167A频率显著高于普通入(P〈0.05~0.001);(3)游泳运动员独有插入位点(I—C16188),其频率为11.2%,同时,该位点健将和一级运动员的频率均大于10%;(4)上海地区汉族游泳运动员、我国优秀皮划艇运动员以及中国不同地区汉族人与亚洲入mtDNA的多态性无明显差异(P〉0.05),但与欧美和非洲人群均存在明显差异(P〈0.05~0.001)。提示:(1)位点C16167A可能是上海地区汉族游泳运动员运动能力相关的基因标记,但仍需深入进行与运动能力表型关联的研究;(2)插入位点(I—C16188)可能成为新的标记上海汉族游泳运动员运动能力的SNPs位点;(3)不同种族间mtDNA高变区工的多态性存在差异,从而相关的基因标记也可能不同。 展开更多
关键词 上海 汉族 游泳运动员 mtDNA高变区 单核苷酸多态性
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广西1985年~2008年IBV分离株S1基因高变区Ⅰ和N基因的序列和系统进化分析 被引量:16
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作者 磨美兰 李孟 +6 位作者 韦正吉 陈秋英 范文胜 郎亚辉 黄柏成 韦平 韦天超 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期761-765,799,共6页
为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年~2008年的21株IBV的S1基因HVRⅠ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析。... 为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年~2008年的21株IBV的S1基因HVRⅠ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析。结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行;广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象;N基因序列存在氨基酸替代现象。21株IBV中12株在S1基因HVRⅠ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群。2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象。以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因高变区 N基因 系统进化分析 基因突变 基因重组
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临江地区扶余—杨Ⅰ油层储层特征及主控因素 被引量:8
7
作者 秦秋寒 宋效文 +2 位作者 何成山 柳成志 刘勇 《大庆石油学院学报》 CAS 北大核心 2011年第3期39-44,116,共6页
通过岩心、薄片、扫描电镜观察、压汞分析,结合孔隙度、渗透率等物性资料,研究临江地区扶余一杨Ⅰ油层储集空间类型和主控因素.结果表明:临江地区扶余一杨Ⅰ油层为中低孔低渗的碎屑砂岩储层,孔隙度为10.0%~15.0%,渗透率为(0... 通过岩心、薄片、扫描电镜观察、压汞分析,结合孔隙度、渗透率等物性资料,研究临江地区扶余一杨Ⅰ油层储集空间类型和主控因素.结果表明:临江地区扶余一杨Ⅰ油层为中低孔低渗的碎屑砂岩储层,孔隙度为10.0%~15.0%,渗透率为(0.01~10.00)×10^-3μm^2;砂岩发育原生孔隙和次生溶蚀孔隙2种储集空间类型,以次生溶蚀孔隙为主;储层孔隙结构不均匀,以小孔喉为主;储层物性主控因素,前期为沉积条件和埋深,后期为溶解作用和胶结、交代作用.研究结果对认识临江地区扶杨油层储层特征及主控因素有参考意义. 展开更多
关键词 临江地区 扶杨杨油层 储层特征 储集空间 主控因素
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线粒体DNA HVR区Ⅰ序列突变与肺鳞癌关系的研究 被引量:1
8
作者 刘丽红 胡义德 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期652-654,共3页
目的 分析肺鳞癌患者外周血白细胞及其癌组织线粒体DNA(mitochondrialDNA ,mtDNA)非编码区(又称D 环)高变区Ⅰ(hypervariableregionⅠ,HVRⅠ)序列的突变情况并探讨其意义。方法 应用改良一步法制备13例肺鳞癌患者外周血白细胞及肺鳞... 目的 分析肺鳞癌患者外周血白细胞及其癌组织线粒体DNA(mitochondrialDNA ,mtDNA)非编码区(又称D 环)高变区Ⅰ(hypervariableregionⅠ,HVRⅠ)序列的突变情况并探讨其意义。方法 应用改良一步法制备13例肺鳞癌患者外周血白细胞及肺鳞癌组织mtDNA ,PCR产物直接测序,对比分析HVRⅠ区序列突变情况。结果 13例肺鳞癌患者癌组织mtDNAHVRⅠ区中,有8例出现了突变,占61 5 4% ;在2 5个不同位点上共发现3 0个突变,其中点突变占5 6 67% (17/3 0 ) ,插入和缺失突变占43 3 3 % (13 /3 0 ) ,并发现1例肺鳞癌病人存在10bp片段的缺失。结论 肺鳞癌患者癌组织细胞mtDNAHVRⅠ区突变发生率高,其中点突变占有重要地位,插入和缺失突变也不可忽视。 展开更多
关键词 肺鳞癌 线粒体DNA D-环区 高变区 突变
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B族Ⅰ型清道夫受体在丙型肝炎病毒入侵细胞中的作用
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作者 徐庆强 戚中田 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期425-428,共4页
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)入侵宿主细胞是由多种受体分子介导的多步骤过程,其中B族Ⅰ型清道夫受体(SR-BⅠ/SCARB1)被认为是最先与HCV作用的受体。SR-BⅠ能够与HCV包膜糖蛋白E2相结合,在此过程中位于E2蛋白氨基末端的高变区1(... 丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)入侵宿主细胞是由多种受体分子介导的多步骤过程,其中B族Ⅰ型清道夫受体(SR-BⅠ/SCARB1)被认为是最先与HCV作用的受体。SR-BⅠ能够与HCV包膜糖蛋白E2相结合,在此过程中位于E2蛋白氨基末端的高变区1(hypervariable region 1,HVR1)起关键作用。SR-BⅠ与HCV的相互作用不仅能够介导HCV的细胞入侵,还能降低抗体对HCV的中和作用,有助于HCV的免疫逃避。因此,深入研究SR-BⅠ在HCV入侵细胞过程中的作用机制,有望发现在HCV感染的初始环节能够高效地阻断HCV入侵细胞的靶分子,从而预防和治疗HCV的感染。本文就SR-BⅠ的生物学特性、SR-BⅠ与HCV的相互作用对病毒入侵细胞的影响及机制等方面的最新进展作一综述。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 B族型清道夫受体 高变区1 入侵
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Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1蛋白优势抗原区的鉴定及抗体检测ELISA方法的建立 被引量:6
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作者 董井泉 张蕾 +2 位作者 马波 师东方 王君伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期542-546,共5页
为鉴定Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)VP1蛋白优势抗原区及建立DHV-Ⅰ抗体检测ELISA方法,本研究以重组质粒pEasy-VP1为模板,将其分为5段(VP1-a^e)及全长VP1经PCR扩增,并分别克隆于pET-32a(+)进行原核表达。经western blot分析表明,截短表达的蛋... 为鉴定Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)VP1蛋白优势抗原区及建立DHV-Ⅰ抗体检测ELISA方法,本研究以重组质粒pEasy-VP1为模板,将其分为5段(VP1-a^e)及全长VP1经PCR扩增,并分别克隆于pET-32a(+)进行原核表达。经western blot分析表明,截短表达的蛋白VP1-c(80 aa^150 aa)抗原性良好。将其纯化作为包被抗原建立了DHV-Ⅰ抗体的间接ELISA检测方法。经反应条件优化确定:VP1-c包被浓度为2μg/mL,DHV-Ⅰ抗血清稀释度为1∶20,其临界值为0.208。该方法能够特异性检测DHV抗体,与其他常见的几种鸭病阳性血清无交叉反应;其批内和批间重复性试验变异系数均小于9%。应用建立的ELISA方法对48份鸭血清进行了检测,与中和试验相比较,符合率为86.9%。表明该方法可以初步应用于DHV抗体的检测和血清流行病学调查。 展开更多
关键词 鸭肝炎病毒 VP1蛋白 抗原优势区 间接ELISA
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基于线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析 被引量:10
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作者 邹辉 韦玲静 +6 位作者 黄杰 甘宝江 莫洁琳 杨著山 滕忠作 刘康 叶香尘 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1209-1216,共8页
【目的】从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异,明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性,为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据。【方法】采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤... 【目的】从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异,明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性,为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据。【方法】采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列,通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数(S)、单倍型数(H)、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异(K)及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析,运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析,并以MEGA 7.0的邻接法(NJ)构建遗传进化树。【结果】获得7个鲤群体的COⅠ基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp。7个鲤群体间的COⅠ基因平均遗传距离为0.0035,其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大(0.0011),与建鲤的群体遗传距离最小(0.0004);D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292,其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大(0.0269),与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小,均为0.0102。在161份样品中,COⅠ基因共检测到12种单倍型,以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型,其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型。COⅠ基因的群体间变异贡献率为19.27%,群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%,群体内变异贡献率为79.71%。从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出,建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近,且同时与金边鲤聚为一小支。【结论】金边鲤的遗传多样性处于较高水平,可进一步选育获得金边鲤独有的优良性状品系,或通过基因辅助技术与其他鲤品种进行杂交而获得更优秀的新品系。 展开更多
关键词 金边鲤 CO基因 D-LOOP区 遗传多样性 遗传变异
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免疫分子MHC-Ⅰ在小鼠不同脑区的分布 被引量:1
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作者 李慧萍 徐秀 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期41-46,共6页
目的探讨主要组织相容性复合物Ⅰ类分子(major histocompatibility complex classⅠmolecule,MHC-Ⅰ)在小鼠大脑不同脑区中的分布,增加对MHC-Ⅰ非免疫功能的了解。方法运用免疫荧光染色方法将OX-18抗体用于特异性标记成年野生型小鼠脑片... 目的探讨主要组织相容性复合物Ⅰ类分子(major histocompatibility complex classⅠmolecule,MHC-Ⅰ)在小鼠大脑不同脑区中的分布,增加对MHC-Ⅰ非免疫功能的了解。方法运用免疫荧光染色方法将OX-18抗体用于特异性标记成年野生型小鼠脑片MHC-Ⅰ表达。图像采集使用LeicaTCS SP8共聚焦显微镜,图像分析使用FIJI软件。结果MHC-Ⅰ分子在大脑各脑区分布广泛,并具有细胞特异性,脑区内不同神经元细胞间MHC-Ⅰ呈非均匀分布。初级躯体感觉皮层MHC-Ⅰ集中分布于2/3层、5层神经元胞体。海马颗粒细胞层及锥体细胞层MHC-Ⅰ表达水平均不高,许多散在分布的神经元高表达MHC-Ⅰ。杏仁核中MHC-Ⅰ高表达,并特异性聚集于底外侧杏仁核前部,而在相邻的外侧杏仁核及底外侧杏仁核后部仅有少量细胞低水平表达。中脑和丘脑MHC-Ⅰ阳性神经元在部分核团中聚集性分布。结论MHC-Ⅰ在小鼠大脑分布广泛,并具有一定的细胞特异性,说明MHC-Ⅰ在中枢神经系统中具有重要作用。 展开更多
关键词 MHC- 神经元 脑区 表达谱 免疫荧光染色 小鼠
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无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析 被引量:3
13
作者 纵丹 黄嘉城 +4 位作者 段晓盟 张晓琳 冯家玉 甘沛华 何承忠 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期39-47,共9页
【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系,为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列,包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究... 【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系,为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列,包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究,包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系。【结果】6种植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构,其长度为156561~156749 bp,平均GC含量均为37.2%,且6种植物基因组的反向重复(inverted repeat,IR)区未表现出明显的扩张和收缩。在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时,筛选出了7个高变区序列,包括trnK-trnQ、psbM-trnY、ycf3-rps4、rps4-trnL、psbE-petG、rpl16 intron和ycf1。这些序列可作为候选标记,用于进一步研究蔷薇属植物的系统发育。同时,利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树。结果表明,无籽刺梨和刺梨是独立的2个种类,其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系,而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系。【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似,单拷贝区核苷酸多样性高于重复区。 展开更多
关键词 无籽刺梨 叶绿体基因组 高变区 系统发育
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丙型肝炎病毒高变区1合成肽抗原性验证 被引量:8
14
作者 林芳 程云 +3 位作者 郑宇 李靖 高蓉 赵军 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第8期583-584,共2页
设计合成丙型肝炎病毒高变区 1合成肽 ,并验证其抗原性。应用计算机软件设计抗原肽 ,合成后免疫小鼠 ,检测小鼠血中抗体滴度 ;计算机模建抗原肽结构 ,预测其抗原性。 7条合成肽中 ,计算机模建显示第 4、5、6、7号肽具有较好的抗原性 ,... 设计合成丙型肝炎病毒高变区 1合成肽 ,并验证其抗原性。应用计算机软件设计抗原肽 ,合成后免疫小鼠 ,检测小鼠血中抗体滴度 ;计算机模建抗原肽结构 ,预测其抗原性。 7条合成肽中 ,计算机模建显示第 4、5、6、7号肽具有较好的抗原性 ,酶联免疫吸附实验表明第 4、6、7号肽可使机体产生抗体 ,抗原性较强 ,二者结果基本相符。 展开更多
关键词 肝炎病毒 丙型 高变区1 抗原性变异 光密度测定法
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猫杯状病毒的分离鉴定及超变区基因序列分析 被引量:5
15
作者 刘春国 刘永相 +10 位作者 刘大飞 郭东春 田进 仇铮 刘鑫 蒋艳妹 刘家森 彭永刚 李岩 刘明 曲连东 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期885-887,共3页
为了解猫杯状病毒(FCV)的生物学特性,本研究对猫体内分离到的一株FCV HRB-SS株进行了病毒学、分子生物学鉴定和遗传学分析。结果显示该分离株能够在猫肾细胞系(CRFK)中产生明显的细胞病变,形成蚀斑。FCV的VP1基因超变区核苷酸序列分析... 为了解猫杯状病毒(FCV)的生物学特性,本研究对猫体内分离到的一株FCV HRB-SS株进行了病毒学、分子生物学鉴定和遗传学分析。结果显示该分离株能够在猫肾细胞系(CRFK)中产生明显的细胞病变,形成蚀斑。FCV的VP1基因超变区核苷酸序列分析结果显示,HRB-SS分离株与疫苗株CVXPOLYCAP同源性最高,为78.2%,而与中国分离株CH-JL和GD的同源性最低,仅为67.9%和68.8%;推导氨基酸序列分析结果显示,HRB-SS分离株与12Q087-5、UTCVM-NH12和FCLF4的同源性最高,为86.7%,而与中国分离株的同源性仅为73.9%。系统发育树分析结果显示,HRB-SS分离株与中国分离株亲缘关系较远。本研究结果表明,FCV HRB-SS与我国FCV具有不同的遗传起源。 展开更多
关键词 猫杯状病毒 分离鉴定 超变区 序列分析
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我国部分省区鸡传染性法氏囊病病毒的分子流行病学研究 被引量:27
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作者 阳秀英 韦平 +6 位作者 黄志永 磨美兰 韦天超 李康然 韦住奉 赖家宏 朱学勤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期581-588,共8页
应用RT-PCR技术,对2000-2006年间收集于广西、江苏、浙江、安徽、海南的临床疑似传染性法氏囊病病鸡的法氏囊、脾脏和骨髓样品进行检测,对检测呈阳性的病料采用9~11日龄的鸡胚通过绒毛尿囊膜或鸡胚成纤维细胞接种的方法进行鸡传染性法... 应用RT-PCR技术,对2000-2006年间收集于广西、江苏、浙江、安徽、海南的临床疑似传染性法氏囊病病鸡的法氏囊、脾脏和骨髓样品进行检测,对检测呈阳性的病料采用9~11日龄的鸡胚通过绒毛尿囊膜或鸡胚成纤维细胞接种的方法进行鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的分离和传代,结果成功分离到23株IBDV;设计针对IB-DVVP2基因高变区(用vVP2表示)的引物对这些分离株及5株常用的中等毒力商品疫苗株进行RT-PCR扩增并对其进行酶切分析和核苷酸序列测定,分析比较23个分离株与参考毒株的vVP2的序列并绘制遗传系谱树。结果表明BH09、BH11、JS1、JS7、YY1、YY6、YL051、050222、TSC-2(9)、TZ(3)、HN0602共11个分离株属于超强毒株,与已发表的vvIBDV其它中国分离株、日本分离株OKYM、欧洲分离株DV86和UK661的亲源关系均较近;040124、YL052、020180、YLZF2、040131、BH15、YY2、050045、050057、050258、TSC-1(3)、A038共12株属于经典毒株,其中040124、YL052 2株属于中等偏强毒力疫苗株,其余10株则属于弱毒疫苗株。本研究的结果表明,近6年来在我国5个省区养鸡业中流行的IBDV主要为vvIBDV毒株,而且所有分离株VP2基因高变区均缺乏明显的时间和地域的遗传特征。 展开更多
关键词 RT-PCR 限制性内切酶分析技术 超强毒株 经典毒株 变异株 VP2基因高变区 分子流行病学
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HCV高变区1串联模拟表位基因免疫研究 被引量:8
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作者 赵军 李靖 +6 位作者 陈昊 舒翠莉 高蓉 李伯安 何卫平 迟淑萍 程云 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第24期2254-2257,共4页
目的 研究丙型肝炎病毒 (HCV)高变区 1(HVR1)串联模拟表位基因免疫在BALB c小鼠体内引起抗体产生的特点。方法 针对中国人群HCVHVR1位中 6个较保守的AA位点设计并合成多肽表位 ,从中筛选活性最好的肽 1、5、6、7构建含 4条多肽编码基... 目的 研究丙型肝炎病毒 (HCV)高变区 1(HVR1)串联模拟表位基因免疫在BALB c小鼠体内引起抗体产生的特点。方法 针对中国人群HCVHVR1位中 6个较保守的AA位点设计并合成多肽表位 ,从中筛选活性最好的肽 1、5、6、7构建含 4条多肽编码基因的表达载体。将HCVHVR1串联模拟表位表达载体对小鼠股四头肌直接免疫 ,采用ELISA法检测小鼠血清内抗体的产生 ,并将免疫血清与一系列基于本室对HVR1氨基酸序列的分析结果合成的多肽进行反应 ,分析免疫血清对这些多肽的交叉反应性。结果 免疫血清同编码的各合成肽都有较好的反应性 ,其中对肽 1反应最好。免疫血清同合成的 4条HVR1全序列多肽及其他非编码HVR1多肽有较好的反应性。结论 基因免疫能够在小鼠体内引起表位特异性抗体的产生。此串联表位设计引起的体液免疫反应对HCVHVR1合成肽有较好的交叉免疫反应。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒高变区1 模拟表位 基因免疫 交叉反应
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广西地区传染性囊病病毒超强毒株的分离鉴定及其VP2基因高变区的序列分析 被引量:8
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作者 何秀苗 官丁明 +3 位作者 韦平 禤金彩 屈祖平 秦爱建 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2009年第9期7-9,共3页
研究通过鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种、琼脂扩散试验、致细胞病变和RT-PCR等方法,成功从广西疑似病鸡的腔上囊组织中获得了8个传染性囊病病毒(IBDV)毒株,分离株可致攻毒鸡发病率100%,死亡率60%~90%;分子特征上,8个分离株VP2... 研究通过鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种、琼脂扩散试验、致细胞病变和RT-PCR等方法,成功从广西疑似病鸡的腔上囊组织中获得了8个传染性囊病病毒(IBDV)毒株,分离株可致攻毒鸡发病率100%,死亡率60%~90%;分子特征上,8个分离株VP2高变区在酶切位点和特征性氨基酸上均属于vvIBDV的特征。同源性分析表明,8个分离株之间在核苷酸和氨基酸上的同源性分别为96.8%~99.1%和95.9%~99.3%,与其他参考vvIBDV毒株的同源性分别为94%~97.7%和92.5%~97.3%,而与常用疫苗株Bursine-2、B87(in),变异株GLS,经典强毒株的同源性仅有90%左右。遗传进化树上,8个分离株与国内外参考vvIBDV同处于一个大分支,与疫苗株和经典强毒株的距离较远,8个分离株与中国内地毒株SD1/97的亲缘关系最近。研究表明,广西仍然存在vvIBDV的流行。 展开更多
关键词 传染性囊病 超强毒株 RT—PCR VP2基因高变区
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IBDV地方野毒株(XX株)VP2基因高变区的克隆与序列分析 被引量:3
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作者 席俊 张改平 +6 位作者 王选年 张红 乔松林 赵绪永 张利娜 李清州 冯丽丽 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2008年第4期102-105,共4页
参考GenBank发表的传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组序列,设计并合成了1对特异扩增IBDVVP2基因高变区的引物。应用RT-PCR法,对分离于新乡地区典型发病鸡群的IBDV(XX株)进行了VP2基因高变区的克隆与序列分析,并和相关毒株进行了比较。结... 参考GenBank发表的传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组序列,设计并合成了1对特异扩增IBDVVP2基因高变区的引物。应用RT-PCR法,对分离于新乡地区典型发病鸡群的IBDV(XX株)进行了VP2基因高变区的克隆与序列分析,并和相关毒株进行了比较。结果表明,XX株与超强毒株UK661,OKYM高度相似,核苷酸同源性分别为98.73%,99.15%,氨基酸同源性都为100%,而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 VP2基因高变区 克隆 序列分析
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慢性丙型肝炎自然病程中丙型肝炎病毒准种演化及其临床意义 被引量:4
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作者 徐永敏 段海平 +4 位作者 李峥 冯悦 何立华 李娅琳 夏雪山 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1104-1109,共6页
目的探究慢性丙型肝炎患者在自然病程中HCV准种变异、组成变化及其与病程的关系。方法对未接受特异性抗病毒治疗的11名慢性丙型肝炎患者进行病程跟踪、血样采集、HCV病毒载量及主要肝功生化指标检测,并对HCV HVR1区进行基因扩增、克隆... 目的探究慢性丙型肝炎患者在自然病程中HCV准种变异、组成变化及其与病程的关系。方法对未接受特异性抗病毒治疗的11名慢性丙型肝炎患者进行病程跟踪、血样采集、HCV病毒载量及主要肝功生化指标检测,并对HCV HVR1区进行基因扩增、克隆和测序,所获得序列用于HCV准种变异、组成变化其病程的相关性分析。结果通过631克隆的序列测定与分析,发现在慢性丙型肝炎自然病程中,HVR1的准种存在3种变化模式:稳定型、快变型和慢变型。感染者体内准种的平均遗传距离、有意突变率均与主要肝功生化指标存在显著的负相关性,而与病毒载量不存在相关性。结论因个体差异、免疫选择压力不同等原因,在慢性感染者体内HCV准种演化,随着病程进展,呈现不同的变化模式。鉴于准种平均遗传距离、有意突变率与肝功生化指标之间的相关性,准种的演化可作为评价病情和病程预后的参考指标。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 高变区1 准种 病程进展 临床指标
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