期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
1
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究
被引量：
4
1
作者
王文迪
汤文
+3 位作者
段勃
张春明
张佩珩
孙凝晖
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2013年第11期2463-2471,共9页
近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程...
近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程序（PerM）为例，研究了在商用多核CPU上加速该应用程序的关键技术．在一个64核SMP系统上的实验结果证明，提出的优化技术可以使Cache缺失率降低90％，性能提升4～11倍．接下来探讨了在一个包含XilinxLX330FPGA的加速卡上设计实现专用并行加速系统的相关问题．作为原型验证系统，在基于FPGA的PCIe加速卡上设计并实现了包含11个处理单元的脉动陈列并行计算系统．和IntelXeonX75508核CPU相比，提出的并行加速器有30～65倍性能功耗比优势．
展开更多
关键词
Hash索引
生物信息学
高通量测序
fpga
并行加速器
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究
被引量：
4
1
作者
王文迪
汤文
段勃
张春明
张佩珩
孙凝晖
机构
中国科学院计算技术研究所高性能计算机研究中心
中国科学院大学
计算机体系结构国家重点实验室(中国科学院计算技术研究所)
出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2013年第11期2463-2471,共9页
基金
国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2012CB316502)
国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2009AA01A129)
+4 种基金
中国科学院知识创新工程重大项目(KGCX1-YW-13)
国家自然科学基金项目(60803030
60633040
60925009
60921002)
文摘
近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程序（PerM）为例，研究了在商用多核CPU上加速该应用程序的关键技术．在一个64核SMP系统上的实验结果证明，提出的优化技术可以使Cache缺失率降低90％，性能提升4～11倍．接下来探讨了在一个包含XilinxLX330FPGA的加速卡上设计实现专用并行加速系统的相关问题．作为原型验证系统，在基于FPGA的PCIe加速卡上设计并实现了包含11个处理单元的脉动陈列并行计算系统．和IntelXeonX75508核CPU相比，提出的并行加速器有30～65倍性能功耗比优势．
关键词
Hash索引
生物信息学
高通量测序
fpga
并行加速器
Keywords
Hash-index bioinformatics
high-throughput sequencing fpga parallel accelerator
分类号
TP302 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
TP334.7 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究
王文迪
汤文
段勃
张春明
张佩珩
孙凝晖
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2013
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
