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Xenobiotic effects in cancer related pathways-high throughput screening and proof of concept in animal models
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作者 Ursula E. Schumacher 《中国比较医学杂志》 CAS 2013年第1期69-80,共12页
Xenobiotic drugs and chemicals directly interact with DNA,proteins,or other biomolecules in cells. These direct interactions with molecular targets may trigger a series of downstream effects on metabolic-biochemical a... Xenobiotic drugs and chemicals directly interact with DNA,proteins,or other biomolecules in cells. These direct interactions with molecular targets may trigger a series of downstream effects on metabolic-biochemical and regulatory-signaling networks that can invoke cellular consequences leading to adaptive homeostatic or adverse pathological responses. Regulators for drug and chemicals safety have therefore since long required the testing of toxicity in animal models before drugs and pesticides can enter the market. The US National Research Council of the National Academy of Sciences,in its report,Toxicity Testing in the 21st Century: a Vision and a Strategy [1] ,proposed that toxicity testing should become less reliant on apical endpoints from whole animal tests and eventually rely instead on quantitative,doseresponse models based on information from in vitro assays and in vivo biomarkers,which can be used to screen large numbers of chemicals. The present paper reports about a combination of HTS in vitro assays that can be used to study the potential tumorigenic effect of xenobiotics ( drug targets,environmental chemicals) via a set of"sentinel"genes [2] that are functionally interrelated based on evidence weighted functional linkage network ( FLN ) log-likelihood scores ( Linghu et al [3] ) . 展开更多
关键词 基础医学 呼吸生理 呼吸运动 人体生理学
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ARTP诱变及高通量筛选选育米尔贝霉素高产菌株
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作者 张莉 米贯东 +4 位作者 戴梦 谢新宇 安兰兰 马婕 任风芝 《中国兽药杂志》 2025年第3期25-33,共9页
为选育米尔贝霉素(milbemycin)优良菌株,提高发酵产量,以吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)MB230906作为出发菌株,通过常压室温等离子体(ARTP),结合自身代谢产物抗性,以及高通量筛选技术,获得了1株遗传性状稳定的高产突变菌株AM24... 为选育米尔贝霉素(milbemycin)优良菌株,提高发酵产量,以吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)MB230906作为出发菌株,通过常压室温等离子体(ARTP),结合自身代谢产物抗性,以及高通量筛选技术,获得了1株遗传性状稳定的高产突变菌株AM2405-228,50 L罐发酵产量平均达到3494μg/mL,较出发菌株提升28.31%,A3∶A4达到了1∶3.98。结果表明,运用ARTP诱变结合抗性和高通量筛选,可以高效、快速获得发酵产量显著提高的米尔贝霉素突变株,为进一步推进米尔贝霉素的工业化生产奠定坚实的研究基础。 展开更多
关键词 米尔贝霉素 吸水链霉菌 ARTP 高通量筛选
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高通量筛选并鉴定抗堪萨斯分枝杆菌活性化合物的研究
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作者 胡前芳 钟如杰 +3 位作者 尚媛媛 张旭霞 李姗姗 王伟 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第5期597-604,共8页
目的:堪萨斯分枝杆菌感染的治疗面临耐药性增加和药物选择有限的挑战。本研究旨在构建高通量筛选抗堪萨斯分枝杆菌活性化合物平台,寻找新型抗堪萨斯分枝杆菌活性的化合物,以应对这一临床需求。方法:构建基于96孔板的高通量筛选体系,对G... 目的:堪萨斯分枝杆菌感染的治疗面临耐药性增加和药物选择有限的挑战。本研究旨在构建高通量筛选抗堪萨斯分枝杆菌活性化合物平台,寻找新型抗堪萨斯分枝杆菌活性的化合物,以应对这一临床需求。方法:构建基于96孔板的高通量筛选体系,对G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)化合物库进行初筛,以寻找具有抗堪萨斯分枝杆菌活性的候选化合物。初筛后,选择活性最显著的候选化合物进行进一步评估,包括抗临床菌株活性实验、时间-杀菌曲线实验、生物膜形成抑制实验及细胞毒性测试实验。实验数据采用t检验和方差分析进行统计学分析,以P<0.05表示差异有统计学意义。结果:通过高通量筛选,从GPCR化合物库中初步筛选出17种对堪萨斯分枝杆菌标准菌株ATCC 12478具有抑菌活性的候选化合物。其中,盐酸异丙嗪(promethazine HCl,P-HCl)和沃拉帕沙(vorapaxar,VP)抑菌活性最为显著,对ATCC 12478菌株的最低抑菌浓度(minor inhibitory concentration,MIC)分别为1.6μg/ml及1.23μg/ml,作为候选化合物进行后续实验。抗临床菌株活性实验显示,两种化合物对两株利福平耐药临床分离株的MIC均为2μg/ml。时间-杀菌曲线实验提示,两种化合物对ATCC 12478菌株的抑菌活性呈浓度依赖性。生物膜形成抑制实验显示,两种化合物对ATCC 12478菌株的抗生物膜效应呈浓度依赖性,其中,盐酸异丙嗪在8μg/ml时显示出抑制作用(DMSO对照A_(450)=3.027,P-HCl A_(450)=1.984,t=4.183,P=0.014),而沃拉帕沙在4μg/ml(DMSO对照A_(450)=3.027,沃拉帕沙A_(450)=1.959,t=4.342,P=0.012)和8μg/ml(DMSO对照A_(450)=3.027,沃拉帕沙A_(450)=2.024,t=4.493,P=0.019)时显示出抑制作用。在细胞毒性测试中,P-HCl与THP-1细胞共培养24 h后,未观察到明显的细胞存活率下降,与对照组相比差异无统计学意义;沃拉帕沙仅在20μmol/L浓度下导致细胞存活率轻微降低(DMSO对照细胞存活率为99.97%,沃拉帕沙处理后细胞存活率为84.97%,t=3.098,P=0.021)。结论:构建了抗堪萨斯分枝杆菌活性化合物的高通量筛选平台,发现P-HCl和VP对堪萨斯分枝杆菌具有显著的抗菌活性和抗生物膜活性,为开发新型抗堪萨斯分枝杆菌药物提供了潜在候选化合物。 展开更多
关键词 分枝杆菌 堪萨斯 高通量筛选 异丙嗪 沃拉帕沙 生物膜
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蛋白高产黑曲霉菌株的ARTP诱变选育及其发酵工艺优化
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作者 何小艳 吴浩文 +6 位作者 胡慧琴 郭金玲 马东旭 李沛 熊建 李库 龚大春 《化学与生物工程》 北大核心 2025年第7期37-44,共8页
以黑曲霉LH为出发菌株,经常压室温等离子体(ARTP)高通量筛选获得诱变菌株,并对其摇瓶和5 L发酵罐的发酵工艺进行了优化。结果表明,建立了48孔板微量组织研磨破碎与考马斯亮蓝法相结合的高通量检测方法,正突变率达到81%;经摇瓶复筛,得到... 以黑曲霉LH为出发菌株,经常压室温等离子体(ARTP)高通量筛选获得诱变菌株,并对其摇瓶和5 L发酵罐的发酵工艺进行了优化。结果表明,建立了48孔板微量组织研磨破碎与考马斯亮蓝法相结合的高通量检测方法,正突变率达到81%;经摇瓶复筛,得到诱变菌株Q270-C6,其蛋白含量为41%,比出发菌株提高了10.3%,传代7次仍具有良好的遗传稳定性;在葡萄糖浓度为26.65 g·L^(-1)、酵母浸粉浓度为3.61 g·L^(-1)、蛋白胨浓度为6.65 g·L^(-1)、KH 2PO 4浓度为1.36 g·L^(-1)、接种量为10%、发酵温度为28℃、搅拌转速为400 r·min^(-1)、采用溶氧反馈补料方式的最佳工艺条件下,菌株Q270-C6在5 L发酵罐中菌体干重为14.3 g·L^(-1),蛋白含量达到40.5%,为黑曲霉发酵产蛋白中试放大提供了科学依据。 展开更多
关键词 菌体蛋白 黑曲霉 ARTP 高通量筛选 发酵工艺
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机器学习辅助的烃类分子性质预测与燃料的高通量筛选
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作者 侯放 齐晓宁 +4 位作者 刘睿宸 李玲 王莅 张香文 李国柱 《含能材料》 北大核心 2025年第1期1-12,共12页
通过数据收集、结构优化和量化计算,建立了碳数从1到50的2899个烃类分子“结构-多种性质”数据集,性质包含熔点(T_(m))、沸点(T_(b))、密度(ρ)、0 K下的内能(U_(0))、298.15 K下的内能(U)、298.15 K下的焓(H)、298.15 K下的吉布斯自由... 通过数据收集、结构优化和量化计算,建立了碳数从1到50的2899个烃类分子“结构-多种性质”数据集,性质包含熔点(T_(m))、沸点(T_(b))、密度(ρ)、0 K下的内能(U_(0))、298.15 K下的内能(U)、298.15 K下的焓(H)、298.15 K下的吉布斯自由能(G)。以表示分子结构的库伦矩阵作为模型输入,建立了决策树回归模型、交叉验证的最小绝对收缩和选择算子回归模型、交叉验证的岭回归模型、极限梯度提升回归模型4种不同的机器学习模型。通过比较不同模型预测性质的精度得出,极限梯度提升回归模型更适用于预测烃类分子的熔点、沸点、密度等通过实验测得的性质,交叉验证的岭回归模型更适用于预测烃类分子的内能、焓、吉布斯自由能等能量的通过理论计算得到的性质。同时,最优的机器学习组合模型可以准确预测相同碳数、不同种类和同分异构体烃类分子的性质。使用最优的机器学习模型计算了34种已通过实验合成的高密度碳氢燃料的密度,计算值与实验值的平均绝对误差为0.0290 g·cm^(-3)。进而,预测了开源数据库GDB-13C中的319,893个烃类分子的燃料性质,并高通量筛选出了37种低凝固点、高密度的新型碳氢燃料候选分子。采用基团贡献法和DFT方法进一步计算了筛选出的碳氢分子的关键燃料性质,这些新型分子与典型燃料JP-10和QC的质量热值和比冲相当。 展开更多
关键词 机器学习 烃类分子 高密度碳氢燃料 性质预测 高通量筛选
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耐乙醇醋酸菌的选育及其在麦芽醋酿造中的应用
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作者 钱沁 张明 +4 位作者 杨华 蔡国林 李晓敏 陆健 吴殿辉 《食品与生物技术学报》 北大核心 2025年第4期115-123,共9页
【目的】旨在选育一株乙醇耐受性优良且适合麦芽醋酿造的醋酸菌,同时提高其原料利用率及醋酸产量,从而改善成品醋品质。【方法】比较了热带醋杆菌J-22(Acetobacter tropicalis J-22)、糖精葡糖醋杆菌J-15(Gluconacetobacter saccharivor... 【目的】旨在选育一株乙醇耐受性优良且适合麦芽醋酿造的醋酸菌,同时提高其原料利用率及醋酸产量,从而改善成品醋品质。【方法】比较了热带醋杆菌J-22(Acetobacter tropicalis J-22)、糖精葡糖醋杆菌J-15(Gluconacetobacter saccharivorans J-15)和沪酿1.01(Acetobacter pasteurianus HN 1.01)在不同乙醇体积分数(6%~10%)啤酒中的发酵能力,以产酸量(以乙酸质量浓度计)、乙醇转化率及感官评价为指标,确定综合评价最高的热带醋杆菌J-22为出发菌株,通过常压室温等离子体(atmospheric and room temperature plasma,ARTP)诱变结合高通量筛选(high-throughput screening,HTS)技术,最终选育出1株热带醋杆菌J-2276。通过测定在不同乙醇体积分数下诱变菌株热带醋杆菌J-2276和出发菌株热带醋杆菌J-22的生长曲线和麦芽醋发酵性能,进一步验证了该诱变菌株的乙醇耐受性和发酵能力。【结果】诱变菌株热带醋杆菌J-2276在不同体积分数乙醇胁迫下的生长状况均得到显著改善且能耐受体积分数为11%的乙醇,其发酵的麦芽醋中乙酸质量浓度较出发菌株热带醋杆菌J-22提高了65.0%。较高的乙醇耐受性也使诱变菌株热带醋杆菌J-2276产生更丰富的风味物质,其发酵的麦芽醋中总有机酸质量浓度和总挥发性物质质量浓度较出发菌株热带醋杆菌J-22均提高了45.3%。【结论】该研究通过采用ARTP诱变和HTS相结合的方法选育出1株耐乙醇热带醋杆菌J-2276,且其连续传代7次后遗传性能稳定,有效提高了麦芽醋发酵的产酸量,改善了麦芽醋产品的滋味和风味,具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 麦芽醋 醋酸菌 常压室温等离子体诱变 高通量筛选 乙醇耐受性
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谷氨酸棒杆菌3-磷酸甘油酸脱氢酶的定向进化改造研究
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作者 黄新燕 孙慕娇 +7 位作者 杜穆花 潘越 张心语 张瑶函 徐宁 刘君 鞠建松 魏亮 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第3期89-96,共8页
3-磷酸甘油酸脱氢酶(3-phosphoglycerate dehydrogenase,PGDH)是L-丝氨酸生物合成途径的限速酶,是影响L-丝氨酸高效合成的关键。该研究以来源于谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)的PGDH为研究对象,通过对其酶学性质进行测试分... 3-磷酸甘油酸脱氢酶(3-phosphoglycerate dehydrogenase,PGDH)是L-丝氨酸生物合成途径的限速酶,是影响L-丝氨酸高效合成的关键。该研究以来源于谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)的PGDH为研究对象,通过对其酶学性质进行测试分析发现,Cg-PGDH的酶活性仅为1.98 U/mg,而且热稳定性较差,严重制约了L-丝氨酸的高效生物合成。针对这一关键问题,该研究采用定向进化和高通量筛选的方法对Cg-PGDH进行改造,提高酶的催化活性和热稳定性。通过多轮筛选,最终获得了5个催化活性显著提升的突变体,P85Q、D365Y、A389T、A183V、I231V。其中,突变体P85Q的酶活性提升了1.55倍,并显著提高了酶的温度稳定性,最适催化温度达到60℃。随后该研究对P85Q、D365Y、A389T、A183V、I231V等5个突变体的突变位点进行组合突变,获得了温度稳定性进一步提高的突变体P85Q-D365Y。通过对Cg-PGDH突变位点的三维结构解析和分子动力学模拟实验发现,尽管突变体P85Q与D365Y的突变位点不位于Cg-PGDH催化活性中心,但是可通过蛋白结构形变增强Cg-PGDH活性中心130~140区间loop的稳定性,从而增加了酶的底物亲和性和催化活性。相关研究成果为进一步解析PGDH催化机制,提高PGDH催化活性提供了重要的研究基础和方向。 展开更多
关键词 谷氨酸棒杆菌 3-磷酸甘油酸脱氢酶 定向进化 高通量筛选 温度稳定性 分子动力学模拟
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新型SF_(6)替代气体全氟甲基乙烯基醚的绝缘性能研究
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作者 张博雅 唐念 +7 位作者 孙东伟 姚雨阳 吕剑 曾纪珺 赵波 马义丁 李兴文 高文强 《高压电器》 北大核心 2025年第2期165-170,共6页
高压电力设备中大量使用的六氟化硫(SF_(6))气体具有极强的温室效应,在“双碳”目标驱动下,研究新型环保SF_(6)替代气体是目前电力行业的紧迫任务。首先通过高通量虚拟筛选出170个潜在的SF_(6)替代气体,建立了由19个化合物组成的潜在绝... 高压电力设备中大量使用的六氟化硫(SF_(6))气体具有极强的温室效应,在“双碳”目标驱动下,研究新型环保SF_(6)替代气体是目前电力行业的紧迫任务。首先通过高通量虚拟筛选出170个潜在的SF_(6)替代气体,建立了由19个化合物组成的潜在绝缘替代气体库,发现全氟甲基乙烯基醚(CF_(3)OCF=CF_(2))气体综合性能良好,绝缘强度较高,沸点约为-22℃,GWP小于1。接着重点针对CF_(3)OCF=CF_(2)气体的绝缘性能,开展了脉冲汤逊实验及雷电冲击击穿实验。实验结果表明,CF_(3)OCF=CF_(2)气体相对SF_(6)的绝缘强度大概为0.96~1.02。因此,从CF_(3)OCF=CF_(2)气体绝缘性能的角度来看,具有替代SF_(6)的潜力,验证了虚拟筛选方法的可行性。文中工作有力推动了新型环保绝缘气体的理论探索和创新发展。 展开更多
关键词 SF_(6)替代气体 高通量虚拟筛选 CF_(3)OCF=CF_(2)气体 脉冲汤逊实验 雷电冲击 绝缘强度
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核辐射诱变创制低镉水稻新种质
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作者 张莉 张泓影 +5 位作者 张逸妍 吕思维 张渊海 彭妙 陈哲红 杨震 《核农学报》 北大核心 2025年第7期1376-1383,共8页
辐射诱变技术广泛应用于作物基因功能研究和品种培育。为提高从诱变群体中筛选与鉴定变异的效率,本研究针对特定育种目标性状变异进行筛选,M2诱变群体在实验室采用水培方式育苗,根据核辐射诱发突变的变异特性,结合高通量测序手段构建了... 辐射诱变技术广泛应用于作物基因功能研究和品种培育。为提高从诱变群体中筛选与鉴定变异的效率,本研究针对特定育种目标性状变异进行筛选,M2诱变群体在实验室采用水培方式育苗,根据核辐射诱发突变的变异特性,结合高通量测序手段构建了核辐射多基因液相探针捕获技术体系。利用该体系从水稻诱变群体中鉴定重金属镉运输跨膜蛋白基因OsNramp5突变体。结果表明,在池栽和中轻度镉污染土壤稻田常规种植模式下,OsNramp5突变新品系糙米镉含量显著低于国家稻谷中镉限量标准(0.2 mg·kg^(-1))。本研究为核辐射诱变特定育种目标性状变异筛选构建了高效的筛选技术体系,并提高了突变鉴定的精准率,为特定育种目标性状变异高通量筛选提供了技术支撑。 展开更多
关键词 辐射诱变 水稻 靶向筛选 高通量测序 种质资源
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机器学习辅助高通量筛选金属有机骨架用于富碳天然气中分离CO_(2)
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作者 周印洁 吉思蓓 +2 位作者 何松阳 吉旭 贺革 《化工学报》 北大核心 2025年第3期1093-1101,共9页
在碳达峰和碳中和目标的推动下,开发绿色化学技术,如利用海上风电电解水生产的绿色氢气和从富碳天然气中分离出来的CO_(2)合成绿甲醇具有重要的社会经济意义。但如何高效分离海洋富碳天然气中的二氧化碳成为其中的关键技术难点,常规的... 在碳达峰和碳中和目标的推动下,开发绿色化学技术,如利用海上风电电解水生产的绿色氢气和从富碳天然气中分离出来的CO_(2)合成绿甲醇具有重要的社会经济意义。但如何高效分离海洋富碳天然气中的二氧化碳成为其中的关键技术难点,常规的高通量筛选方法用于金属有机骨架(MOFs)分离实际天然气组分CO_(2)面临着模型复杂性高、求解时间长的问题。提出了一种机器学习辅助的高通量筛选策略,其在训练集和测试集上的R^(2)值分别超过了0.98和0.92,可用于快速从富碳天然气六元混合物(N_(2)、CO_(2)、CH_(4)、C_(2)H_(6)、C_(3)H_(8)、H_(2)S)中分离出CO_(2)。 展开更多
关键词 金属有机骨架 高通量筛选 CO_(2)分离 机器学习 分子模拟 富碳天然气
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瞬时受体电位M2型通道抑制剂的开发现状
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作者 陈世尧 骆燕萍 +2 位作者 余沛霖 岳晓敏 杨巍 《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期120-130,I0035,I0036,共13页
开发高效且特异的瞬时受体电位M2型(TRPM2)通道抑制剂,不仅有助于深化对相关疾病病理机制的理解,还能为临床治疗提供新的有效靶点和候选药物。根据研发方法不同,TRPM2通道抑制剂的开发主要分为四类,分别有以下特点:同源离子通道调节剂... 开发高效且特异的瞬时受体电位M2型(TRPM2)通道抑制剂,不仅有助于深化对相关疾病病理机制的理解,还能为临床治疗提供新的有效靶点和候选药物。根据研发方法不同,TRPM2通道抑制剂的开发主要分为四类,分别有以下特点:同源离子通道调节剂的再利用及结构改造能够发现多种抑制效果较强的TRPM2通道抑制剂;基于通道开放机制开发所得的TRPM2通道抑制剂通常表现出良好的选择特异性;高通量筛选开发所得的抑制剂往往具备新颖的化学结构,丰富了TRPM2通道抑制剂的设计思路;开发源于天然抗氧化剂的抑制剂则具备较高安全性。近年来,计算机辅助药物设计的应用大大加速了TRPM2通道抑制剂的设计和开发,已经研发了ZA18、A1和D9等多种优选化合物,后续有望发现更多高效且选择特异性强的TRPM2通道抑制剂骨架。本文综述了TRPM2通道抑制剂的开发现状,以期为TRPM2通道抑制剂的进一步转化应用提供参考。 展开更多
关键词 瞬时受体电位M2型 抑制剂 氧化应激 结构改造 高通量筛选 天然抗氧化剂 计算机辅助药物设计 综述
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不同类型毛竹根际木质素降解菌的高通量筛选与鉴定
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作者 江明君 曹婷婷 +5 位作者 蒋迎楹 曾文婷 江依婷 杨显银 宋新章 施曼 《东北林业大学学报》 北大核心 2025年第9期48-54,共7页
为筛选能够降解毛竹(Phyllostachys edulis)林经营中遗留的大量伐桩和鞭根中木质素的细菌,以解决木质素降解缓慢的问题。采集1龄、3龄毛竹篼根土和鞭根土,以苯胺蓝培养基为筛选培养基对根际木质素降解菌进行高通量分离培养;通过构建16S ... 为筛选能够降解毛竹(Phyllostachys edulis)林经营中遗留的大量伐桩和鞭根中木质素的细菌,以解决木质素降解缓慢的问题。采集1龄、3龄毛竹篼根土和鞭根土,以苯胺蓝培养基为筛选培养基对根际木质素降解菌进行高通量分离培养;通过构建16S rRNA系统发育树鉴定细菌的种类,并通过定性和定量的方法筛选高效木质素降解细菌,结合木质素降解酶活性,解析其高效降解木质素的机制。结果表明:从毛竹根际共分离出80株具有木质素降解能力的细菌,其中,根际共有菌株粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens,a26、b18)、嗜线虫沙雷氏菌(Serratia nematodiphila,b4、c11)和氧化木糖无色杆菌(Achromobacter xylosoxidans,b23、c10)的苯胺蓝脱色率最高,分别为69.14%、70.02%和68.79%。3种类型的根际中,总细菌的苯胺蓝脱色率无显著差异,但根际细菌种类存在特异性。在脱色率大于60%的菌株中,嗜线虫沙雷氏菌(c11)的木质素过氧化物酶和锰过氧化物酶活性最高,分别为19.14和40.69 U·L^(-1);马氏无色杆菌(Achromobacter marplatensis,b24)的锰过氧化物酶活性最高,达40.13 U·L^(-1);粘质沙雷氏菌(S.marcescens,a26)的漆酶活性最高,达143.89 U·L^(-1)。嗜线虫沙雷氏菌(c11)、粘质沙雷氏菌(a26)和马氏无色杆菌(b24)的木质素降解能力最强,且均为两种根际的共有菌株,在毛竹篼根和鞭根降解时具有一定的优势。 展开更多
关键词 木质素降解菌 高通量筛选 分离培养 木质素过氧化物酶 毛竹
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D-阿洛酮糖的高效生物催化合成研究进展 被引量:1
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作者 秦慧民 岳世强 +2 位作者 叶伟江 王楷喆 高宇昂 《食品科学技术学报》 北大核心 2025年第2期19-28,共10页
D-阿洛酮糖是一种新型的具有降血糖、抗氧化等特殊生理功能的低热量稀有糖。目前,D-阿洛酮糖的生物合成主要是利用D-阿洛酮糖3-差向异构酶来催化D-果糖生成D-阿洛酮糖,利用生物酶法大规模合成D-阿洛酮糖的研究重点主要集中在提升差向异... D-阿洛酮糖是一种新型的具有降血糖、抗氧化等特殊生理功能的低热量稀有糖。目前,D-阿洛酮糖的生物合成主要是利用D-阿洛酮糖3-差向异构酶来催化D-果糖生成D-阿洛酮糖,利用生物酶法大规模合成D-阿洛酮糖的研究重点主要集中在提升差向异构酶的催化活性、热稳定性和耐酸性以满足工业生产的需求。介绍了D-阿洛酮糖的生产现状及其生物酶法合成的最新进展,包括异构酶的分子定向改造、辅助定向进化的超高通量筛选方法、新型酶分子的固定化策略等以提升差向异构酶的工业属性,并进一步探讨了全细胞催化系统在D-阿洛酮糖生产中的应用。研究旨在为D-阿洛酮糖的高效生物催化合成提供理论参考,并提出工业生产中存在的挑战和潜在的解决方案。 展开更多
关键词 D-阿洛酮糖 D-阿洛酮糖3-差向异构酶 高通量筛选策略 固定化技术 全细胞催化
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融合人工智能和自动化的蛋白质设计表征实验教学实践 被引量:1
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作者 姜雨佳 于洋 《实验技术与管理》 北大核心 2025年第3期190-197,共8页
在生物化工研究向智能化、自动化转型背景下,为生物化工专业方向一年级研究生开发了名为“蛋白质计算设计与表征”的实验课程。该课程基于人工智能方法的蛋白质计算设计与无细胞蛋白质合成及使用自动液体工作站等先进仪器进行高通量筛... 在生物化工研究向智能化、自动化转型背景下,为生物化工专业方向一年级研究生开发了名为“蛋白质计算设计与表征”的实验课程。该课程基于人工智能方法的蛋白质计算设计与无细胞蛋白质合成及使用自动液体工作站等先进仪器进行高通量筛选等实验技术相结合,完成整个蛋白质工程工作流程,即从计算机设计和基因合成到蛋白质表达、纯化和功能表征。通过融合蛋白质计算(“干实验”)和蛋白质表达(“湿实验”),该课程使学生在掌握基本生化操作的同时,培养跨学科高效解决问题能力。通过广泛接触自动化仪器,学生可以获得与自动化生化实验室相关的实践经验,是一种将新兴技术和跨学科方法融入生物化工研究生实践教学的有效模式。 展开更多
关键词 生物化工实验课程 蛋白质计算设计 无细胞蛋白质合成 高通量筛选
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基于Sin-QuEChERS净化-气相色谱-四极杆-飞行时间质谱高通量筛查肉制品中46种替代型增塑剂
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作者 鞠香 陈克云 +5 位作者 王艳丽 李海霞 高喜凤 李霞 陈倩倩 刘艳明 《肉类研究》 北大核心 2025年第1期34-41,共8页
采用一步式净化的新型净化方式,基于气相色谱-四极杆-飞行时间质谱(gas chromatography-quadrupoletime of flight-mass spectrometry,GC-Q-TOF-MS)技术建立肉制品中包括己二酸酯、柠檬酸酯、有机磷酸酯、癸二酸酯和苯甲酸酯等不同家族... 采用一步式净化的新型净化方式,基于气相色谱-四极杆-飞行时间质谱(gas chromatography-quadrupoletime of flight-mass spectrometry,GC-Q-TOF-MS)技术建立肉制品中包括己二酸酯、柠檬酸酯、有机磷酸酯、癸二酸酯和苯甲酸酯等不同家族的46种替代型增塑剂(alternative plasticizers,APs)的高通量、快速筛选技术与定量分析方法。样品经乙腈提取,SinChERS-General柱一步式净化,GC-Q-TOF-MS全扫描模式采集质谱信息,利用自建的46种APs高分辨质谱数据库对目标物进行快速筛查和定量分析。为提高筛查结果的准确性,考察不同提取溶剂的提取效率和不同类型净化剂的除杂能力,对GC分离条件和高分辨质谱筛查参数进行优化,从线性范围、准确度等方面对定量方法进行考察。结果表明:在0.01~0.2 mg/L范围内,46种APs呈现较好的线性关系(R2>0.99),筛查限为0.03~0.05 mg/kg,定量限为0.05~0.1 mg/kg,在0.1、0.2、0.5 mg/kg加标水平下,平均加标回收率为68.6%~119.3%,相对标准偏差为0.6%~8.9%。将该筛查策略应用于100批实际样品检测,1批猪头肉检出己二酸二(2-乙基己基)酯、3批火腿肠检出乙酰柠檬酸三丁酯。综上,该方法通过一次净化与检测可实现回顾性分析,有效缩短检测时间、降低经济成本、提高检测效率,实现肉制品中46种APs的高通量快速筛查和定量分析,可为肉制品中APs污染监测和风险预警工作提供技术支持。 展开更多
关键词 气相色谱-四极杆-飞行时间质谱法 替代型增塑剂 高通量筛查 肉制品
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机器学习辅助MOFs高通量计算筛选及气体分离研究进展
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作者 胡嘉朗 姜明源 +3 位作者 金律铭 张永刚 胡鹏 纪红兵 《化工学报》 北大核心 2025年第5期1973-1996,共24页
金属有机框架(metal organic frameworks,MOFs)材料,以其高比表面积、大孔体积以及结构可调等特性,在气体储存、吸附分离以及催化等诸多领域引起了广泛关注。近年来MOFs的数量呈现爆发式增长态势,这使得针对特定应用场景探寻合适的MOFs... 金属有机框架(metal organic frameworks,MOFs)材料,以其高比表面积、大孔体积以及结构可调等特性,在气体储存、吸附分离以及催化等诸多领域引起了广泛关注。近年来MOFs的数量呈现爆发式增长态势,这使得针对特定应用场景探寻合适的MOFs成为一项极具挑战性的任务。在此情形下,高通量计算筛选(highthroughput computational screening,HTCS)成为从海量材料中筛选出高性能目标MOFs最为有效的研究方法。HTCS会产生大量多维的数据,而这些数据可进一步用于机器学习(machine learning,ML)训练。最近,将ML应用到MOFs的HTCS中成为新的热点,它不仅可以揭示材料潜在的结构-性能关系,还可以洞悉它们在不同应用中的性能变化,尤其是在气体储存和分离方面。本综述着重介绍了ML辅助HTCS在MOFs气体分离领域的最新技术进展,系统分析了在探寻高性能MOFs时ML与HTCS相互协同以提升筛选效率的内在机制,深入探讨了在这一新领域中呈现出的机遇和挑战。 展开更多
关键词 金属有机框架 高通量计算筛选 分子模拟 机器学习 吸附分离
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超高效液相色谱-四极杆-飞行时间高分辨质谱技术结合UNIFI高通量筛查面膜类化妆品中141种非法添加成分
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作者 范晨丽 王海波 +1 位作者 蒋培 申二永 《分析科学学报》 北大核心 2025年第4期405-414,共10页
建立了一种基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间高分辨质谱技术,结合UNIFI软件的高通量筛查方法,用于检测面膜类化妆品中141种非法添加成分。样品经饱和氯化钠溶液溶解后,加入含0.5%甲酸的乙腈进行超声提取,采用Oasis HLB固相萃取小柱... 建立了一种基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间高分辨质谱技术,结合UNIFI软件的高通量筛查方法,用于检测面膜类化妆品中141种非法添加成分。样品经饱和氯化钠溶液溶解后,加入含0.5%甲酸的乙腈进行超声提取,采用Oasis HLB固相萃取小柱净化。使用BEH C18(100 mm×2.1 mm,1.7μm)色谱柱分离,并在电喷雾离子源(ESI)正负扫描模式下,采用MS^(E)模式采集化合物的质谱信息。通过化合物的母离子和二级碎片离子的精准质量数以及保留时间等参数,利用UNIFI软件构建筛查数据库。最终通过基质标曲外标法进行定量分析。141种非法添加成分响应值与浓度呈良好线性关系(R^(2)>0.99),检出限为0.15~1.35 mg/kg;定量限为0.45~4.05 mg/kg。空白基质样品(面贴式乳液剂和涂抹式膏霜剂)中加入3个水平点的平均回收率为63.0%~124.5%;日内、日间相对标准偏差(RSD)分别为1.2%~9.1%(n=6)和1.3%~13.9%(n=3)。采用该方法测定市售86批面膜类产品,检出1批氯倍他索丙酸脂和3批酮康唑,检出含量范围为0.3~561.3 mg/kg。该方法操作简便、高效准确,具有良好的专属性,可实现面膜类化妆品中141种非法添加成分的高通量筛查,为化妆品质量监管提供了可靠的技术支持。 展开更多
关键词 UPLC-Q-TOF-MS^(E) 面膜类化妆品 非法添加成分 UNIFI 高通量筛查
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5-HT_(2C)R与EGFP-NFAT2共表达细胞株的构建
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作者 王龙雨 李玉蕾 +1 位作者 周培岚 苏瑞斌 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第7期1391-1396,共6页
目的建立5-羟色胺2C受体(5-HT_(2C)receptor,5-HT_(2C)R)和增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)标记的活化T细胞核因子2(nuclear factor of activated T cells 2,NFAT2)共表达细胞株。方法人源5-HT_(2C)R质粒... 目的建立5-羟色胺2C受体(5-HT_(2C)receptor,5-HT_(2C)R)和增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)标记的活化T细胞核因子2(nuclear factor of activated T cells 2,NFAT2)共表达细胞株。方法人源5-HT_(2C)R质粒转染至U2OS-EGFP-NFAT2细胞,经潮霉素(Hygro)压力筛选到稳定表达5-HT_(2C)R的U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞。使用RT-qPCR和Western blot法检测该细胞株中5-HT_(2C)R的mRNA和蛋白表达水平;用核转位功能实验验证U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞受体功能的特异性;验证5-HT、LSD、DOM、DOI、赛洛西宾(PSI)和利舒脲(LIS)对5-HT_(2C)R的激活能力。结果筛选得到58号细胞为最强激活的U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R单克隆细胞株。RT-qPCR和Western blot结果显示,1~15代内,U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞株稳定表达5-HT_(2C)R mRNA和蛋白。1~15代内,Vabicaserin对U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞株的激活能力稳定,5-HT_(2C)R特异性拮抗剂SB242084能够拮抗Vabicaserin的作用。5-HT、LIS、PSI能诱导U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞部分核转位,而LSD、DOM、DOI没有作用。结论成功构建了共表达5-HT_(2C)R和EGFP-NFAT2的U2OS-EGFP-NFAT2-5-HT_(2C)R细胞,可用于靶向5-HT_(2C)R的高活性小分子化合物筛选。 展开更多
关键词 5-羟色胺2C受体 活化T细胞核因子2 核转位 高内涵筛选系统 Vabicaserin 5-羟色胺
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Identification and optimization of a potent and highly selective D3 dopamine receptor agonist
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作者 Amy E MORITZ R Benjamin FREE +11 位作者 Warren WEINER Muzna BACHANI Trevor DOYLE Noel SOUTHALL Marc FERRER Jonathan A JAVITCH Joseph STEINER Ara ABRAMYAN Lei SHI Jeffrey AUBé Kevin FRANKOWSKI David R SIBLEY 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期950-951,共2页
OBJECTIVE Dopamine receptors(DRs) are involved in the development and treatment of many neuropsychiatric disorders.Currently available dopaminergic drugs modulate both DRD2 and DRD3,leading to side effects and uncerta... OBJECTIVE Dopamine receptors(DRs) are involved in the development and treatment of many neuropsychiatric disorders.Currently available dopaminergic drugs modulate both DRD2 and DRD3,leading to side effects and uncertainty as to the roles each DR subtype plays physiologically.Our lab employed high throughput screening paradigms to discover highly selective modulators for the DRD3.METHODS The NIH Molecular Libraries Program 400,000 + small molecule library was screened using the Discove Rx Path Hunter?β-arrestin assay for compounds that activate the DRD3 without effects on the DRD2.Confirmation and counter-screens assessed selectivity and mechanisms of action.We identified 62 potential agonists,and chose the most promising to perform a structure-activity relationship(SAR) study to increase potency while maintaining selectivity.The lead compound identified through this process,ML417,was also characterized using bioluminescence resonance energy transfer(BRET)-based β-arrestin recruitment and G-protein activation assays as well as p-ERK assays.Potential neuroprotective properties of this compound were assessed using a SHSY5 Y neuronal cell model.RESULTS ML417 displays potent,DRD3-selective agonist activity in multiple functional assays.Binding and functional GPCR screens(>165 receptors) show ML417 has limited cross-reactivity with other GPCRs.ML417 also displays superior(compared to the reference compound pramipexole),dose-dependent protection against a decrease in neurite length induced by 10 μmol·L^(-1) of the neurotoxin,6-hydroxydopamine,in the SHSY5 Y cell model.CONCLUSION We have discovered and characterized ML417,a potent and highly selective DRD3 agonist.This compound will be useful as a research tool,and may prove useful as a therapeutic drug lead. 展开更多
关键词 Dopamine receptor high throughput screening subtype selectivity NEUROPROTECTION
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KCNQ钾离子通道开放剂的筛选及抗癫痫活性观察 被引量:1
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作者 李佳 王远 +2 位作者 宋超 贾庆忠 祁金龙 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1744-1752,共9页
目的筛选KCNQ通道开放活性化合物并进一步评价其抗癫痫作用。方法利用铷流出高通量筛选技术初筛,对优选化合物QO-72,复制多个动物模型,通过行为学以及脑电图(EEG)分析,结合一般药理学实验,对其有效性安全性进行初步评价,并探讨作用机制... 目的筛选KCNQ通道开放活性化合物并进一步评价其抗癫痫作用。方法利用铷流出高通量筛选技术初筛,对优选化合物QO-72,复制多个动物模型,通过行为学以及脑电图(EEG)分析,结合一般药理学实验,对其有效性安全性进行初步评价,并探讨作用机制。结果得到3个系列活性化合物共51个。化合物QO-72在MES和PTZ急性实验中,灌胃和腹腔注射可明显提高抗惊厥保护率(P<0.05,0.01),延长癫痫大发作阈值(P<0.01)。在PTZ点燃慢性癫痫模型中,QO-72腹腔注射不同剂量均可降低癫痫发作等级(P<0.01),缩短癫痫发作持续时间(P<0.01),大剂量明显提高发作保护率(P<0.01);QO-72治疗组EEG癫痫波时程明显缩短、振幅明显降低、波功率谱密度明显下降(P<0.05,0.01)。QO-72灌胃给药治疗剂量16倍或腹腔注射8倍,对小鼠协调运动、自主活动、戊巴比妥钠协同睡眠无明显影响。QO-72给药组海马区脑脊液GABA含量可明显增加(P<0.01),Glu没有明显变化(P>0.05)。结论化合物QO-72在电刺激和化学诱导的急、慢性癫痫模型上,均表现出良好抗癫痫作用,其机制除开放KCNQ通道外,可能还与增加脑内抑制性神经递质GABA含量有关。 展开更多
关键词 癫痫 KCNQ开放剂 高通量筛选 戊四唑 脑电图 一般药理学
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