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高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用 被引量:31
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作者 林涛 倪志华 +1 位作者 沈明山 陈亮 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期551-554,共4页
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的... 利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 . 展开更多
关键词 高频密码子分析法 高表达优越密码子 酵母 烟草 植物基因工程 相对使用频率
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不同种类柑橘的密码子用法分析 被引量:12
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作者 胡桂兵 张上隆 +1 位作者 徐昌杰 林顺权 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期13-16,共4页
采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of sy... 采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别. 展开更多
关键词 柑橘 密码子用法 高频密码子 密码子偏爱性
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柑橘密码子用法分析 被引量:20
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作者 胡桂兵 张上隆 +1 位作者 徐昌杰 林顺权 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期479-485,共7页
采用高频密码子分析法,对柑橘的177个蛋白质编码基因序列(codingDNAsequence,CDS)进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率(relativefrequencyofsynonymouscodon,RFSC),确定了TAA、GCT、GAT、CTT、AGG、AGA和GTT等7个高频密码子。将柑... 采用高频密码子分析法,对柑橘的177个蛋白质编码基因序列(codingDNAsequence,CDS)进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率(relativefrequencyofsynonymouscodon,RFSC),确定了TAA、GCT、GAT、CTT、AGG、AGA和GTT等7个高频密码子。将柑橘的密码子使用频率与人、果蝇、酵母和大肠杆菌等不同种类模式生物比较后发现,柑橘密码子的偏爱性与不同种类生物有不同程度的差异;但将柑橘的密码子使用频率与拟南芥、番茄、水稻和尖叶蕉等不同种类的植物相比,发现柑橘密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、番茄完全一样,而与水稻、尖叶蕉这2种单子叶植物均有较大的差异。分析结果对动物或微生物的基因在柑橘中的表达或柑橘基因在微生物中的表达以及基因克隆时设计引物具有一定指导意义。 展开更多
关键词 柑橘 密码子用法 高频密码子 密码子偏爱性
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梨同义密码子用法的初步分析 被引量:2
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作者 李鼎立 马春晖 +1 位作者 李雯 王然 《青岛农业大学学报(自然科学版)》 2011年第2期110-114,共5页
生物体内密码子使用偏性对外源基因表达存在较大影响。本研究采用CodonW软件和高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri Rehd)、西洋梨(Pyrus communis Linn)、砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)、秋子梨(Pyrusussuriensis Maxim)4种... 生物体内密码子使用偏性对外源基因表达存在较大影响。本研究采用CodonW软件和高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri Rehd)、西洋梨(Pyrus communis Linn)、砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)、秋子梨(Pyrusussuriensis Maxim)4种梨蛋白质编码基因序列(Codon DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率(relativefrequency of synonymous,RFSC)分析,确定了梨高频密码子共23个,结果同时显示梨不同种之间在密码子使用上具有较高的一致性。 展开更多
关键词 密码子用法 密码子偏好 高频密码子
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密码子优化及透明颤菌血红蛋白共表达提高耐热脂肪酶在毕赤酵母的表达 被引量:2
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作者 王建荣 刘丹妮 +6 位作者 夏雨 杨玲 刘金山 唐业 陈丽芝 黄佳乐 李阳源 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第19期135-140,共6页
根据毕赤酵母密码子的偏好性,通过在线软件对Thermomyces lanuginosus脂肪酶基因(tll)和透明颤菌血红蛋白基因(vhb)进行密码子优化。优化后的脂肪酶基因(tll-opt)和透明颤菌血红蛋白基因(vhb-opt)中碱基GC含量分别由原来的46%提高到49%... 根据毕赤酵母密码子的偏好性,通过在线软件对Thermomyces lanuginosus脂肪酶基因(tll)和透明颤菌血红蛋白基因(vhb)进行密码子优化。优化后的脂肪酶基因(tll-opt)和透明颤菌血红蛋白基因(vhb-opt)中碱基GC含量分别由原来的46%提高到49%和42%提高到51%,碱基A、T、C、G均匀分布,减少了AT和GC富集区,利于tll-opt和vhb-opt基因在毕赤酵母X33中的表达。将tll和tll-opt连接到表达载体p PICZαA并转入毕赤酵母X33中。摇瓶培养条件下,含有tll和tll-opt重组工程菌的最大酶活力分别为7 U/m L和16 U/m L。50 L发酵罐培养条件下,含有tll和tll-opt重组工程菌的最大酶活力分别为201 U/m L和430 U/m L。为了进一步提高含tll-opt重组工程菌的表达酶活性,将vhb-opt转入该重组工程菌得到工程菌VHb^+(含有tll-opt和vhb-opt)。重组工程菌VHb+在摇瓶培养条件下最大酶活力为23 U/m L,分别是优化后基因和原始基因最大表达酶活力的1.39倍和3.28倍。重组工程菌VHb+在50 L发酵罐瓶培养条件下最大酶活力为610 U/m L,分别是优化后基因和原始基因最大表达酶活力的1.41倍和3.03倍。 展开更多
关键词 密码子优化 脂肪酶 透明颤菌血红蛋白 高密度发酵
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蒙古扁桃叶绿体基因组比较 被引量:1
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作者 段春燕 段义忠 《种子》 北大核心 2023年第8期5-10,F0002,共7页
对濒危植物蒙古扁桃(Amygdalus mongolica)叶绿体基因组的序列特征进行对比分析,用QIAGEN试剂盒提取蒙古扁桃总DNA,采用Illumina HiSeq X^(TM)Ten平台建库测序,以KX255667为参考叶绿体基因序列,组装注释蒙古扁桃叶绿体基因序列取得NCBI... 对濒危植物蒙古扁桃(Amygdalus mongolica)叶绿体基因组的序列特征进行对比分析,用QIAGEN试剂盒提取蒙古扁桃总DNA,采用Illumina HiSeq X^(TM)Ten平台建库测序,以KX255667为参考叶绿体基因序列,组装注释蒙古扁桃叶绿体基因序列取得NCBI注册号。研究发现,NCBI中3个蒙古扁桃叶绿体全基因序列长度为158039~158451 bp,序列长度差异主要在于LSC与IR。蒙古扁桃3个序列中具有相同数目的tRNA基因及rRNA基因,均有32个外显子。3个序列具有相似的密码子使用情况。本研究对蒙古扁桃叶绿体基因组进行结构研究并构建进化树,为研究桃类植物叶绿体基因工程和资源开发提供数据参考。 展开更多
关键词 蒙古扁桃 叶绿体基因组 高通量测序 密码子 进化树
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木聚糖酶基因xynA在大肠杆菌中的高效表达 被引量:4
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作者 殷尔康 《现代农业科技》 2011年第12期326-327,共2页
参照Genebank中疏棉状嗜热丝孢菌木聚糖酶A基因序列,以引物拼接方式,人工合成采用大肠杆菌优势密码子的基因xynA,插入pET-20b载体,获得重组表达载体pET-20b-xynA。重组菌在16℃下诱导效果最好,10 h酶活达到42.05 U/mL,重组酶占全细胞蛋... 参照Genebank中疏棉状嗜热丝孢菌木聚糖酶A基因序列,以引物拼接方式,人工合成采用大肠杆菌优势密码子的基因xynA,插入pET-20b载体,获得重组表达载体pET-20b-xynA。重组菌在16℃下诱导效果最好,10 h酶活达到42.05 U/mL,重组酶占全细胞蛋白的47%,粗酶在65℃和pH 5~8条件下很稳定。 展开更多
关键词 木聚糖酶A基因 优势密码子 高效表达
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高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量:5
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作者 李亚麒 严炜 +5 位作者 娄予强 黄家雄 胡发广 付兴飞 李亚男 程金焕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期2330-2339,共10页
【目的】分析高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子的使用模式及其偏好性影响因素,确定合适的异源表达宿主,为探究咖啡的系统进化分析及基因功能验证特别是异源表达提供参考依据。【方法】从GenBank数据库检索下载高产小粒咖啡(MK353209)的... 【目的】分析高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子的使用模式及其偏好性影响因素,确定合适的异源表达宿主,为探究咖啡的系统进化分析及基因功能验证特别是异源表达提供参考依据。【方法】从GenBank数据库检索下载高产小粒咖啡(MK353209)的完整叶绿体基因组序列,从中选择长度大于300 bp,以ATG开始,TAG、TAA和TGA结尾,内部不存在终止密码子及重复序列的51条编码区序列(CDS),运用EMBOSS在线网站和CodonW 1.4.2等分析软件,系统分析高产小粒咖啡基因组密码子使用特征及其影响因素,并与模式生物的密码子使用频率比较。【结果】高产小粒咖啡基因组的密码子第1位(GC1)、第2位(GC2)和第3位(GC3)的GC含量和3个位置的平均GC含量(GC)均未超过50.00%,30个RSCU>1.00的密码子中,以A/T结尾的密码子占比96.67%,以G/C结尾的密码子占比3.33%,表明高产小粒咖啡叶绿体基因组倾向于使用A/T结尾的密码子。有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、最优密码子使用频率(Fop)的平均值分别为46.97、0.167和0.353,暗示高产小粒咖啡叶绿体基因密码子偏好性较弱。20个高频密码子分别为GCT、TGT、GAT、GAA、TTT、GGA、CAT、ATT、AAA、TTA、AAT、CCT、CAA、AGA、TCT、ACT、GTA、GTT、TAT和TAA。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和对应分析结果显示,密码子的偏好性受到自然选择、突变等因素的共同影响,其中自然选择起决定作用。密码子使用频率比较结果显示,与拟南芥、烟草、大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用频率相比,高产小粒咖啡分别有23.44%、15.63%、40.63%和15.63%的密码子使用模式差异较大。最终确定了21个最优密码子,其中57.14%的密码子以T结尾,38.10%的密码子以A结尾,4.76%的密码子以G结尾。【结论】高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子的偏好性较弱,仅对A/T结尾的密码子呈偏好性,其受到自然选择、突变、基因表达水平、基因长度等多种因素的共同影响。酿酒酵母和烟草更适合作为高产小粒咖啡基因的异源表达受体系统。 展开更多
关键词 高产小粒咖啡 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 异源表达
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一种密码子优化的酸性普鲁兰酶基因在巴斯德毕赤酵母中的高效表达 被引量:11
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作者 王兵波 沈微 +4 位作者 钱灵紫 李琛 罗枭 樊游 陈献忠 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期9-15,共7页
根据毕赤酵母密码子偏好性对来源于Bacillus deramificans的普鲁兰酶基因进行优化并构建在细胞内表达普鲁兰酶的重组毕赤酵母。优化后普鲁兰酶编码基因Bd P4在巴斯德毕赤酵母GS115中的表达水平平均比优化前的普鲁兰酶基因Bd P提高4倍以... 根据毕赤酵母密码子偏好性对来源于Bacillus deramificans的普鲁兰酶基因进行优化并构建在细胞内表达普鲁兰酶的重组毕赤酵母。优化后普鲁兰酶编码基因Bd P4在巴斯德毕赤酵母GS115中的表达水平平均比优化前的普鲁兰酶基因Bd P提高4倍以上。筛选到1株表达水平较高的重组菌Pichia pastoris GS115/p PIC9K-Bd P4 WB54。在5 L发酵罐获得了初步优化的发酵条件:发酵液p H 4.5,在菌体量达到87 g/L时开始甲醇流加,采用溶氧(DO)恒定策略控制甲醇流加,DO控制在25%的水平,甲醇流加速率为9.9 m L/(L·h),搅拌转速控制在最大值800 r/min,通风量2 V/(v·m)。在优化条件下重组菌发酵酶活在2 000 U/m L以上。重组酶最适p H为4.0,最适作用温度50℃,在50和55℃下酶活半衰期分别为32和18 h。 展开更多
关键词 酸性普鲁兰酶 密码子优化 巴斯德毕赤酵母 高密度发酵
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