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基于FPGA快速平方根算法的实现
被引量：
2
1
作者
戢小亮
《现代电子技术》
2007年第14期64-65,72,共3页
平方根算法是科学计算和工程应用中的基本运算之一,然而由于此算法的复杂性,因此用FPGA很难实现。一般的平方根算法,使用一定量的迭代运算,由传统的加法器和减法器构成,资源占用少,但速度较慢。而在一些实时性要求较高的系统中,对速度...
平方根算法是科学计算和工程应用中的基本运算之一,然而由于此算法的复杂性,因此用FPGA很难实现。一般的平方根算法,使用一定量的迭代运算,由传统的加法器和减法器构成,资源占用少,但速度较慢。而在一些实时性要求较高的系统中,对速度的需求比较高。基于此,给出了一种平方根算法,是由高通流水线方式实现,由多路加法器和减法器构成,能够在一个周期内给出结果,相对于传统的平方根算法速度大大增加了。
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关键词
FPGA
平方根
加法器
减法器
高通流水线
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职称材料
复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析
被引量：
4
2
作者
陈宾
董欣然
+8 位作者
王慧君
吴冰冰
杨琳
王潇
王雅琼
倪琦
李川
周文浩
卢宇蓝
《中国循证儿科杂志》
CSCD
北大核心
2022年第3期202-209,共8页
背景目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的...
背景目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。设计流程开发。方法(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统(复旦流程3.0)各个模块:①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析:根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。主要结局指标代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。结果对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1:ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2:线粒体MT-ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3:SMN1基因纯合致病变异NM_000344:c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。结论复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。
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关键词
高通量测序
外显子捕获测序
全基因组测序
一体化流程
遗传诊断
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职称材料
星载存储器吞吐率瓶颈与高速并行缓存机制
被引量：
7
3
作者
董振兴
朱岩
+1 位作者
许志宏
宋琪
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期52-59,共8页
为解决目前星载存储器无法有效支持多路高速数据并行存储的问题,针对载荷数据高速输入需求,对基于NAND Flash的固态存储器的吞吐率瓶颈进行分析,根据固态存储器的固有写操作特性对有效吞吐率的影响,提出了四级流水线操作和总线并行扩展...
为解决目前星载存储器无法有效支持多路高速数据并行存储的问题,针对载荷数据高速输入需求,对基于NAND Flash的固态存储器的吞吐率瓶颈进行分析,根据固态存储器的固有写操作特性对有效吞吐率的影响,提出了四级流水线操作和总线并行扩展方案;针对多通道数据并行存储、流水线加载连续性等需求,对使用现场可编程门阵列FPGA(Field-Programmable Gate Array)内部双端口随机存取存储器RAM(Random access memory)、外置静态随机存取存储器SRAM(Static Random Acess Memory)等已有缓存方案的不足进行分析,完成了基于同步动态随机存储器SDRAM(Synchronous Dynamic Random Access Memory)的方案可行性分析与新型存储单元架构设计,最终提出了基于SDRAM的高速多通道缓存与存储协同调度方案.模型仿真与原型功能验证结果表明,方案在极限工况下可将4路高速文件数据连续并行接收缓存至SDRAM中,并可根据各分区缓存状态将文件数据按优先级自主动态写入Flash中,期间缓存无溢出,并最终进入常规动态平衡调度状态,实现了对多路高速载荷数据的并行接收缓存和自主调度存储,且存储器的数据吞吐率可达1.2Gbps,能够满足未来星载存储器对多路高速载荷数据存储的需求.
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关键词
星载存储器
存储吞吐率
流水线操作
总线并行扩展
高速并行缓存
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职称材料
题名
基于FPGA快速平方根算法的实现
被引量：
2
1
作者
戢小亮
机构
西安邮电学院
出处
《现代电子技术》
2007年第14期64-65,72,共3页
文摘
平方根算法是科学计算和工程应用中的基本运算之一,然而由于此算法的复杂性,因此用FPGA很难实现。一般的平方根算法,使用一定量的迭代运算,由传统的加法器和减法器构成,资源占用少,但速度较慢。而在一些实时性要求较高的系统中,对速度的需求比较高。基于此,给出了一种平方根算法,是由高通流水线方式实现,由多路加法器和减法器构成,能够在一个周期内给出结果,相对于传统的平方根算法速度大大增加了。
关键词
FPGA
平方根
加法器
减法器
高通流水线
Keywords
FPGA
square root
adder
subtractor
high - throughput pipelining
分类号
TP342 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析
被引量：
4
2
作者
陈宾
董欣然
王慧君
吴冰冰
杨琳
王潇
王雅琼
倪琦
李川
周文浩
卢宇蓝
机构
复旦大学附属儿科医院新生儿科
复旦大学附属儿科医院分子诊断中心
复旦大学附属儿科医院临床遗传中心
复旦大学附属儿科医院内分泌科
出处
《中国循证儿科杂志》
CSCD
北大核心
2022年第3期202-209,共8页
文摘
背景目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。设计流程开发。方法(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统(复旦流程3.0)各个模块:①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析:根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。主要结局指标代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。结果对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1:ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2:线粒体MT-ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3:SMN1基因纯合致病变异NM_000344:c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。结论复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。
关键词
高通量测序
外显子捕获测序
全基因组测序
一体化流程
遗传诊断
Keywords
high
-
throughput
sequencing
Exome sequencing
Whole genome sequencing
Integrated
pipelin
e
Genetic diagnosis
分类号
R440 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
星载存储器吞吐率瓶颈与高速并行缓存机制
被引量：
7
3
作者
董振兴
朱岩
许志宏
宋琪
机构
中国科学院国家空间科学中心
中国科学院大学
出处
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期52-59,共8页
基金
中国科学院空间科学先导卫星计划(XDA0402020201)
文摘
为解决目前星载存储器无法有效支持多路高速数据并行存储的问题,针对载荷数据高速输入需求,对基于NAND Flash的固态存储器的吞吐率瓶颈进行分析,根据固态存储器的固有写操作特性对有效吞吐率的影响,提出了四级流水线操作和总线并行扩展方案;针对多通道数据并行存储、流水线加载连续性等需求,对使用现场可编程门阵列FPGA(Field-Programmable Gate Array)内部双端口随机存取存储器RAM(Random access memory)、外置静态随机存取存储器SRAM(Static Random Acess Memory)等已有缓存方案的不足进行分析,完成了基于同步动态随机存储器SDRAM(Synchronous Dynamic Random Access Memory)的方案可行性分析与新型存储单元架构设计,最终提出了基于SDRAM的高速多通道缓存与存储协同调度方案.模型仿真与原型功能验证结果表明,方案在极限工况下可将4路高速文件数据连续并行接收缓存至SDRAM中,并可根据各分区缓存状态将文件数据按优先级自主动态写入Flash中,期间缓存无溢出,并最终进入常规动态平衡调度状态,实现了对多路高速载荷数据的并行接收缓存和自主调度存储,且存储器的数据吞吐率可达1.2Gbps,能够满足未来星载存储器对多路高速载荷数据存储的需求.
关键词
星载存储器
存储吞吐率
流水线操作
总线并行扩展
高速并行缓存
Keywords
spaceborne memory
storage
throughput
pipelin
e operation
bus parallel expansion
high
speed parallel cache
分类号
TP333 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
V446 [航空宇航科学与技术—飞行器设计]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于FPGA快速平方根算法的实现
戢小亮
《现代电子技术》
2007
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析
陈宾
董欣然
王慧君
吴冰冰
杨琳
王潇
王雅琼
倪琦
李川
周文浩
卢宇蓝
《中国循证儿科杂志》
CSCD
北大核心
2022
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
星载存储器吞吐率瓶颈与高速并行缓存机制
董振兴
朱岩
许志宏
宋琪
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017
7
在线阅读
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职称材料
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