基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建 被引量：2

1

作者 金鹰 邓小元 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2009年第1期91-94,共4页

基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Per... 基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构.通过该方法,可构建相关物种的Exon/Intron数据库(EID),其主要内容包括内含子的相位,Exon或Intron的数量和大小,剪接位点的模式以及选择性剪接(Alternative splicing,AS)的相关信息. 展开更多

关键词 编码序列 外显子 内含子 外显子/内含子数据库 选择性剪接

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成年型Sifrim-Hitz-Weiss综合征1例

2

作者 吴雨晨 钱方媛 +7 位作者 张诗瑶 许慧 魏小金 徐庾含 王彩艳 董子越 吉家乐 郭怡菁 《中国神经精神疾病杂志》 北大核心 2025年第1期45-47,共3页

报道1例Sifrim-Hitz-Weiss综合征(Sifrim-Hitz-Weiss syndrome,SIHIWES)患者。患者为35岁男性,出生后有发育迟缓、肌肉萎缩、骨骼畸形、隐睾等症状,有宽前额、方形脸、低位耳、杯状耳、眼睑下垂等特殊面容。全外显子组测序技术发现CHD4... 报道1例Sifrim-Hitz-Weiss综合征(Sifrim-Hitz-Weiss syndrome,SIHIWES)患者。患者为35岁男性,出生后有发育迟缓、肌肉萎缩、骨骼畸形、隐睾等症状,有宽前额、方形脸、低位耳、杯状耳、眼睑下垂等特殊面容。全外显子组测序技术发现CHD4基因一处杂合变异NM_001273:c.3047A>G(chr12-6701125)(p.K1016R),该突变为临床意义未明变异,变异位点未见报道,结合其症状体征诊断为SIHIWES。本例是目前中国报道的第1例成年型SIHIWES。 展开更多

关键词 Sifrim-Hitz-Weiss综合征 CHD4神经发育障碍 CHD4基因 发育迟缓 全外显子组测序技术 常染色体显性遗传病

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嗜水气单胞菌非编码RNA的功能研究

3

作者 王嘉璐 蔡彤璇 +4 位作者 陈甜梦 李娜 刘瑶瑶 赵宝华 刘东 《天津师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期13-21,共9页

为了探究原核生物嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)中非编码RNA(sRNA)的功能,以嗜水气单胞菌A.hydrophila ATCC 7966菌株为实验材料,采用转录组测序技术进行转录组学分析,预测得到非编码RNA,构建了sRNA基因缺失突变体(△sRNA),并对△... 为了探究原核生物嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)中非编码RNA(sRNA)的功能,以嗜水气单胞菌A.hydrophila ATCC 7966菌株为实验材料,采用转录组测序技术进行转录组学分析,预测得到非编码RNA,构建了sRNA基因缺失突变体(△sRNA),并对△sRNA的生理特性和致病性进行测定.结果显示:△sRNA菌株与野生型菌株的生长状况、运动能力和溶血现象基本一致,且在高渗环境下2种菌株受到的抑制程度相同;同野生型菌株相比,△sRNA菌株的生物被膜形成能力与蛋白酶活性均显著降低(P<0.01),且△sRNA菌株对青霉素和红霉素的敏感度增强;sRNA基因的缺失导致A.hydrophila的致病性降低. 展开更多

关键词 嗜水气单胞菌 转录组测序 非编码RNA 基因敲除 致病性

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人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建

4

作者 罗冬梅 金鹰 +1 位作者 邓小元 刘海 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2010年第4期87-92,共6页

以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列... 以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因. 展开更多

关键词 非冗余外显子/内含子数据库 RefSeq Homo.sapiens 编码序列 非翻译区

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一单纯性晶状体异位家系的基因型及临床表型研究

5

作者 王书军 叶敏捷 +1 位作者 范玲玲 廖荣丰 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期898-903,共6页

目的对一单纯性晶状体异位(IEL)家系患者的致病基因进行筛查,并分析该家系临床特征。方法该研究纳入一IEL家系共5代48例成员。收集家系成员外周血样本,并通过全身体格检查及眼科常规检查观察临床表现特点。采用全外显子组测序(WES)技术... 目的对一单纯性晶状体异位(IEL)家系患者的致病基因进行筛查,并分析该家系临床特征。方法该研究纳入一IEL家系共5代48例成员。收集家系成员外周血样本,并通过全身体格检查及眼科常规检查观察临床表现特点。采用全外显子组测序(WES)技术对家系中2例患者进行致病基因筛查。通过对家系其他成员及200例正常对照人群进行基因靶向Sanger测序验证。并采用SIFT、PolyPhen和MutationTester软件预测蛋白功能。结果该家系共13例IEL患者,以常染色显性模式遗传,平均发病年龄为51.5岁。临床特征主要为晶状体异位伴前倾向前房,前房变浅,房角变窄,最终导致继发性青光眼。通过筛选及验证显示家系所有患者均携带原纤维蛋白基因-1(FBN1)基因c.3463G>A突变,在200例对照人群中未发现该突变。SIFT、PolyPhen和MutationTester功能预测软件均提示该突变影响蛋白功能。结论该IEL主要临床表型是晶状体异位伴前倾导致继发性青光眼。FBN1基因的c.3463G>A可能是导致该家系IEL的致病突变。 展开更多

关键词 晶状体异位 原纤维蛋白基因-1 马凡综合征 全外显子组测序 Sanger测序

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非编码遗传资源在作物重要农艺性状调控中的研究进展 被引量：2

6

作者 于洋 朱庆锋 +2 位作者 薛皦 陈沛 冯彦钊 《广东农业科学》 CAS 2024年第9期1-17,共17页

在传统作物遗传研究中,蛋白质编码基因一直是研究的焦点。然而,近年来的科学进展揭示了非编码遗传资源在调控作物产量、品质和抗性等重要农艺性状中的关键作用。这些非编码遗传资源包括调控性非编码RNA、组成性非编码RNA、基因非编码区... 在传统作物遗传研究中,蛋白质编码基因一直是研究的焦点。然而,近年来的科学进展揭示了非编码遗传资源在调控作物产量、品质和抗性等重要农艺性状中的关键作用。这些非编码遗传资源包括调控性非编码RNA、组成性非编码RNA、基因非编码区序列、核酸适配体以及由非编码序列衍生的小肽,它们在基因表达调控、细胞代谢、基因组稳定性以及生物技术应用中发挥着至关重要的作用。高通量测序技术、生物信息学和功能基因组学的快速发展,为非编码遗传资源的系统发掘和功能研究提供了技术支撑。在作物育种领域,非编码遗传资源的精准调控特性为提升农艺性状提供了全新手段,突破了传统编码基因研究的局限性。相关研究不仅揭示了非编码序列在作物复杂性状调控中的多样化功能与精细调控机制,也展现出巨大的应用潜力。该文综合评述非编码遗传资源在作物农艺性状调控中的研究进展,系统梳理这些非编码元件的分类、起源与演化背景,详细讨论其在调控作物重要农艺性状中的作用机制和调控网络,最后探讨非编码遗传资源在作物育种中的应用潜力,并对其在未来遗传改良中的发展方向提出展望。通过系统地总结现有研究成果,可为未来研究提供坚实的理论基础,并促进非编码遗传资源在作物遗传改良中的创新应用。 展开更多

关键词 非编码调控序列 农艺性状 基因表达调控 作用机制 作物遗传改良

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DNA序列信号3-周期特性 被引量：17

7

作者 邵建峰 严晓华 +1 位作者 邵伟 刘国庆 《南京工业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2012年第4期133-137,共5页

在利用离散傅里叶变换(DFT)对数值化映射后的基因序列进行频谱分析中,DNA序列信号频谱3周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。给出推广后的频谱信噪比(SNR)定义,该定义具有更广的适用性并且适合快速计算;对不同种类... 在利用离散傅里叶变换(DFT)对数值化映射后的基因序列进行频谱分析中,DNA序列信号频谱3周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。给出推广后的频谱信噪比(SNR)定义,该定义具有更广的适用性并且适合快速计算;对不同种类生物基因的编码和非编码区域的信噪比进行计算和统计分析,在此基础上提出3种分类阈值确定方法;对影响信噪比和阈值确定的因素。 展开更多

关键词 功率谱 基因编码区序列(外显子) 3一周期性 信噪比 分类阈值

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苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7及其两侧内含子的突变研究 被引量：12

8

作者 宋昉 金煜炜 +3 位作者 王红 张玉敏 杨艳玲 张霆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期53-56,共4页

为探讨中国苯丙酮尿症(PKU)人群中苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7的突变特征,对147例PKU患儿的294个PAH基因外显子7以及两侧部分内含子序列,应用PCR 单链构象多态性(SSCP)分析及基因序列分析的方法进行了筛查和确定。共发现13种突变基... 为探讨中国苯丙酮尿症(PKU)人群中苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7的突变特征,对147例PKU患儿的294个PAH基因外显子7以及两侧部分内含子序列,应用PCR 单链构象多态性(SSCP)分析及基因序列分析的方法进行了筛查和确定。共发现13种突变基因:G239D、R241C、R241fs、R243Q、G247S、G247V、R252Q、L255S、R261Q、M276K、E280G、P281L、Ivs7+2T>A,其中7种突变基因在中国PKU人群首次发现;G239D、R241fs、G247S、E280G、L255S、R261Q、P281L,前4种在国际上尚未见到报道,并已提交到国际PAH突变数据库(www.pahdb.mcgill.ca)。突变基因的总频率为30.61%(90/294)。突变涉及了错义、缺失、移码和剪接位点4种突变类型。结果明确了PAH基因外显子7的突变种类和分布等特征,表明外显子7是中国人PAH基因突变的热点区域。 展开更多

关键词 苯丙氨酸羟化酶 外显子 基因突变 单链构象多态性 序列分析

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云南野生稻中Xa21基因外显子Ⅱ的分离及序列分析 被引量：11

9

作者 钱君 程在全 +3 位作者 杨明挚 刘继梅 吴成军 黄兴奇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期382-386,共5页

Xa21是已经分离克隆的一个具有广谱抗性的水稻白叶枯病抗性基因,根据已克隆的白叶枯病抗性基因Xa21外显子Ⅱ序列设计特异性引物对云南3种野生稻及其他稻种进行PCR扩增。结果表明,只有普通野生稻(景洪普通野生稻和元江普通野生稻)及长雄... Xa21是已经分离克隆的一个具有广谱抗性的水稻白叶枯病抗性基因,根据已克隆的白叶枯病抗性基因Xa21外显子Ⅱ序列设计特异性引物对云南3种野生稻及其他稻种进行PCR扩增。结果表明,只有普通野生稻(景洪普通野生稻和元江普通野生稻)及长雄野生稻中扩增到了长400bp的目的片段,而疣粒野生稻和药用野生稻及栽培稻中均没有扩增到目的片段。通过序列比较发现所克隆的序列同长雄野生稻的氨基酸序列变化是随机的。 展开更多

关键词 野生稻 Xα21外显子Ⅱ DNA序列 同源性 聚类分析

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黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析 被引量：11

10

作者 王艇 苏应娟 +1 位作者 朱建明 周勤 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期70-73,共4页

测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列，并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高，分别为５３６％和... 测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列，并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高，分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％，８１５％，７９３％和７６３％；在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％，８９．９％，８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料． 展开更多

关键词 黄角苔 RBCL基因 编码区 序列分析 角苔

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毛冠鹿p16^(INK4)基因第二外显子序列分析 被引量：2

11

作者 曹祥荣 王莹 +2 位作者 李淑峰 陈涛 张锡然 《南京师大学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2001年第3期80-82,87,共4页

采用PCR扩增技术首次克隆毛冠鹿p16 INK4 基因第二外显子 ,DNA杂交和序列分析发现 ,在 30 7个碱基的第二外显子中仅有 5个碱基的差异 ,同源性达 98.4% .p16 INK4 基因的第二外显子是高度保守的区域 。

关键词 毛冠鹿 p16^INK4基因 第二外显子 序列分析 肿瘤抑癌基因 基因同源性

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Sox8基因HMG盒区内含子剪接位点分析 被引量：4

12

作者 任莉莉 龚炜 +1 位作者 周荣家 程汉华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期298-300,共3页

Sox基因参与广泛的发育调控过程。为了确定Sox8基因HMG盒区内含子的大小及剪接位点 ,通过计算机分析本室克隆得到的泥鳅Sox8基因包括HMG盒区在内的一段基因组序列 ,推测在HMG盒区可能存在一个内含子 ,进一步通过RT -PCR方法 ,克隆泥鳅S... Sox基因参与广泛的发育调控过程。为了确定Sox8基因HMG盒区内含子的大小及剪接位点 ,通过计算机分析本室克隆得到的泥鳅Sox8基因包括HMG盒区在内的一段基因组序列 ,推测在HMG盒区可能存在一个内含子 ,进一步通过RT -PCR方法 ,克隆泥鳅Sox8基因HMG盒区cDNA片段 ,与基因组序列比较分析 ,确认在泥鳅Sox8基因的HMG盒区存在一个内含子 ,并确定了该内含子的序列及剪切位点。同时 ,比较分析了人和泥鳅Sox8在HMG盒区的内含子的剪切位点。结果显示 ,Sox8基因HMG盒区内含子剪切位点在进化上是保守的。 展开更多

关键词 Sox8基因 内含子 非编码序列 HMG盒区 剪接位点

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豚鼠钙调蛋白2基因编码区及3′端非编码区序列克隆 被引量：3

13

作者 封瑞 刘彦 +5 位作者 杨磊 胡慧媛 郭凤 赵美眯 赵金生 郝丽英 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期123-126,共4页

目的克隆豚鼠钙调蛋白2(Ca M2)基因编码区及3′端非编码区,为豚鼠Ca M基因功能等研究提供遗传学信息。方法以豚鼠心肌组织作为实验材料提取RNA,通过RT-PCR和3′-RACE PCR的方法扩增Ca M2的编码区和3′端非编码区序列,应用基因工程技术... 目的克隆豚鼠钙调蛋白2(Ca M2)基因编码区及3′端非编码区,为豚鼠Ca M基因功能等研究提供遗传学信息。方法以豚鼠心肌组织作为实验材料提取RNA,通过RT-PCR和3′-RACE PCR的方法扩增Ca M2的编码区和3′端非编码区序列,应用基因工程技术插入克隆载体构建重组质粒后基因测序及分析。结果克隆出豚鼠Ca M2基因编码区450 bp序列和3′端非编码区660 bp序列。分析编码区序列所编码的氨基酸序列与其他种属其他亚型完全一致。而3′端非编码区与其他亚型的同源性较低。结论成功获得了豚鼠Ca M2基因编码区和3′端非编码区序列,为进一步研究Ca M2的基因功能及其在相关疾病中的作用奠定基础。 展开更多

关键词 钙调蛋白 基因克隆 序列 编码区

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德朗热综合征1例基因检测和临床分析 被引量：4

14

作者 胡宇慧 陈淑丽 +1 位作者 刘麟 崔冬 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期217-220,共4页

目的 分析德朗热综合征的基因变异及临床表现.方法 收集1例疑诊德朗热综合征患儿的临床资料以及全基因组二代测序基因分析资料.结果 6月龄男性患儿,生长缓慢,面容特殊(额部多毛、连心眉、弓形浓眉、睫毛长且弯曲、双眼睑下垂、鼻梁低平... 目的 分析德朗热综合征的基因变异及临床表现.方法 收集1例疑诊德朗热综合征患儿的临床资料以及全基因组二代测序基因分析资料.结果 6月龄男性患儿,生长缓慢,面容特殊(额部多毛、连心眉、弓形浓眉、睫毛长且弯曲、双眼睑下垂、鼻梁低平、人中长、嘴唇薄、嘴角下斜).患儿NIPBL基因第9外显子检测到c.1679 delA(p.K 566 Sfs*48)杂合突变,为未见文献报道的新发变异,患儿父母亲该基因位点均无异常.参照美国医学遗传学与基因组学学会指南,该变异位点为致病性变异.结论 检测到NIPBL基因未见文献报道和收录的截短蛋白突变,丰富了基因突变图谱. 展开更多

关键词 德朗热综合征 NIPBL基因 外显子测序

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滁菊类黄酮3′-羟化酶基因的克隆及分子特性 被引量：2

15

作者 蔡华 许雪峰 +3 位作者 诸立新 孙艳辉 代洪亮 崔勇 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第17期145-149,共5页

以安徽滁州地区特有的药食两用植物资源——滁菊(Dendranthema morifolium‘chuju’)为试材,采用同源基因克隆方法克隆滁菊类黄酮3′-羟化酶基因(flavonoid 3′-hydroxylase,f3′h),NCBI注册号HQ256697。结果表明:采自不同地点的滁菊样... 以安徽滁州地区特有的药食两用植物资源——滁菊(Dendranthema morifolium‘chuju’)为试材,采用同源基因克隆方法克隆滁菊类黄酮3′-羟化酶基因(flavonoid 3′-hydroxylase,f3′h),NCBI注册号HQ256697。结果表明:采自不同地点的滁菊样品均能扩增出一条长381bp的f3′h基因片段,该片段与探针序列GU249553第3外显子对应区域的核苷酸序列同源性达98.69%,同源区域内有5个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),其中3个SNPs导致氨基酸编码序列的改变。滁菊与葡萄属(Vitis vinifera)、高粱属(Sorghum bicolor)、芸苔属(Brassica napus)、牵牛属(Ipomoea nil Magenta)、苹果属(Malus×domestica)、番薯属(Ipomoea purpurea)等物种f3′h基因的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在60%～98%和68%～97%之间。不同植物f3′h基因的分类与物种间的亲缘关系存在明显的相关性,菊属植物f3′h基因在系统进化中处于较高位置。 展开更多

关键词 滁菊:类黄酮 类黄酮3’.羟化酶基因 外显子3 序列分析

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扶桑绵粉蚧转录组分析 被引量：17

16

作者 胡俊杰 孟翔 +3 位作者 周佳滨 杨陆兴 刘善海 李润钊 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期9-17,共9页

【目的】建立扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley的转录组数据库,揭示扶桑绵粉蚧转录组的整体表达特征。【方法】采用Illumina Hi SeqTM40`00测序平台开展对扶桑绵粉蚧雌成虫转录组测定,对原始数据进行过滤和组装。【结果】共获... 【目的】建立扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley的转录组数据库,揭示扶桑绵粉蚧转录组的整体表达特征。【方法】采用Illumina Hi SeqTM40`00测序平台开展对扶桑绵粉蚧雌成虫转录组测定,对原始数据进行过滤和组装。【结果】共获得58 322 258条序列读取片段(reads),共9.48 Gb(Gen Bank登录号:SAMN06130426)57 422 032条有效转录组数据。进一步组装拼接后,共获得94 475个单基因簇(unigene),平均长度为700 bp。将unigene与数据库中的序列进行BLASTX比对,成功注释20 949个unigenes,其中,Nr注释的unigenes与豌豆蚜Acyrthosiphon pisum unigenes同源性最高,达18.69%。扶桑绵粉蚧转录组unigenes根据GO功能注释大致可分为细胞组分、分子功能和生物过程三大类55个分支,与结合活性、催化活性、细胞进程和代谢进程相关的unigenes较多。此外,本研究还筛选到20条与脂类代谢相关的途径和与性信息素代谢相关的序列。并通过与Nr和Swiss-prot蛋白质数据库比对,获得了15 037条编码序列(CDS)片段。【结论】本研究初步阐明扶桑绵粉蚧雌成虫转录组的整体表达模式,为进一步研究扶桑绵粉蚧的基因功能及性信息素的代谢途径奠定了基础。 展开更多

关键词 扶桑绵粉蚧 转录组 基因注释 GO数据库 编码序列 性信息素

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中国牛亚科家畜GH基因编码区序列的遗传变异研究 被引量：3

17

作者 耿荣庆 常洪 +4 位作者 李永红 冀德君 常春芳 王兰萍 常国斌 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1779-1784,共6页

采用PCR产物直接双向测序法，分段扩增普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛和亚洲水牛共5个牛种的GH基因，并拼接成编码区全序列，分析中国牛亚科家畜不同牛种GH基因编码区序列变异及其分子进化特征。结果表明，牛GH基因编码区序列全长654bp，... 采用PCR产物直接双向测序法，分段扩增普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛和亚洲水牛共5个牛种的GH基因，并拼接成编码区全序列，分析中国牛亚科家畜不同牛种GH基因编码区序列变异及其分子进化特征。结果表明，牛GH基因编码区序列全长654bp，种间核苷酸突变率在0．1％～1．84％。5个牛种编码区序列定义了10种单倍型，瘤牛的单倍型多样性最高，大额牛和水牛均无单倍型多样性。GH基因编码区序列的密码子使用存在偏倚性，共发现了25个偏好性密码子。核苷酸的替代以转换为主，转换明显高于颠换，转换／颠换比为3．0。非同义突变位点远远少于同义突变位点，同义与非同义替代发生的速率比都小于或等于1，表明GH基因编码区序列不受达尔文正选择的影响。以GH基因单倍型序列为基础的分子进化树表明，水牛与普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛间分化很明显；普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛间序列分化并不明显，并且它们共同拥有一条相同的祖先核苷酸序列。说明中国牛亚科家畜GH基因编码区序列的变异相当贫乏，并且由于功能的约束表现得相当保守，进化速率相当缓慢。 展开更多

关键词 牛亚科 生长激素基因 编码区序列 分子进化

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云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析 被引量：12

18

作者 李凡 周雪平 +1 位作者 陈海如 李德葆 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CSCD 北大核心 2000年第3期261-265,共5页

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)和黄瓜花叶病毒 (Cucumber mosaic virus,CMV)的 RNA为模板 ,采用 RT- PCR技术 ,对 TMV云南分离物 (TMV-YN)的外壳蛋白 (Coatprotein,CP)基因及 3’端非编码区... 以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)和黄瓜花叶病毒 (Cucumber mosaic virus,CMV)的 RNA为模板 ,采用 RT- PCR技术 ,对 TMV云南分离物 (TMV-YN)的外壳蛋白 (Coatprotein,CP)基因及 3’端非编码区和 CMV云南分离物 (CMV- YNa)的 CP基因进行了 c DNA克隆和序列测定 .结果表明 ,TMV- YN的 c DNA全长 6 84个碱基 (EMBL登录号为AJ2 390 99) ,通过 Gen Bank进行同源性比较发现 :其 5'端的 4 80个碱基为 CP基因 ,编码 159个氨基酸 ;3'端的 2 0 4个氨基酸为非编码区 ;此 CP基因与 TMV- U1株系和 TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为 10 0 % . CMV- YNa的 CP基因全长 6 57个碱基 (EMBL登录号为 AJ2 390 98) ,编码 2 18个氨基酸 ;此CP基因与 CMV亚组 I的 CMV- RB株系、CMV- 117F株系和 CMV- Y株系的核苷酸同源性分别为96 %、93%和 92 % . 展开更多

关键词 烟草花叶病毒 黄瓜花叶病毒 外壳蛋白 序列分析

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牦牛FSHR基因第10外显子的序列测定及比较研究 被引量：8

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作者 魏伍川 许尚忠 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第2期101-105,共5页

为探讨牦牛FSHR基因的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产子率的意义,应用PCR克隆技术,测定了牦牛、中国西门塔尔牛和小尾寒羊的FSHR基因第10外显子+1393+2125位点间序列,进行了比较研究。结果表明:三畜种扩增区段的序列长度一致,但... 为探讨牦牛FSHR基因的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产子率的意义,应用PCR克隆技术,测定了牦牛、中国西门塔尔牛和小尾寒羊的FSHR基因第10外显子+1393+2125位点间序列,进行了比较研究。结果表明:三畜种扩增区段的序列长度一致,但存在碱基突变,碱基变异率分别为:牦牛与中国西门塔尔牛1.12 %;牦牛与小尾寒羊2.88 %;中国西门塔尔牛与小尾寒羊2.59 %。牦牛序列与中国西门塔尔牛序列间有2处错义突变;牦牛序列与小尾寒羊序列有5处错义突变,错义突变位点数多于中国西门塔尔牛与小尾寒羊序列间的错义突变位点数。三畜种的碱基错义突变数目与它们产双胎率高低的趋势相一致。错义突变导致的第660位点氨基酸替换,牦牛和中国西门塔尔牛以可磷酸化的丝氨酸替代了小尾寒羊的苯丙氨酸。 展开更多

关键词 FSHR基因 第10外显子 测序 牦牛

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杭州地区相同分子型别的单核细胞增生李斯特菌临床和食品分离株基因组分析 被引量：4

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作者 俞骅 董华丽 +5 位作者 汪皓秋 楼秀芹 刘涛 张蔚 王旭初 潘劲草 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期699-705,710,共8页

目的 研究杭州地区分子型别相同的临床和食品来源单核细胞增生李斯特菌在基因组水平的分子差异及进化关系。方法 利用高通量基因组测序和生物信息学分析方法对脉冲场凝胶电泳(Pulse-field gel electrophoresis,PFGE)型别一致的1株临床... 目的 研究杭州地区分子型别相同的临床和食品来源单核细胞增生李斯特菌在基因组水平的分子差异及进化关系。方法 利用高通量基因组测序和生物信息学分析方法对脉冲场凝胶电泳(Pulse-field gel electrophoresis,PFGE)型别一致的1株临床来源和6株食品来源的ST8型菌株进行基因组共线性、ncRNAs分布和毒力基因携带分析。联合NCBI Assembly数据库中ST8型菌株基因组,构建基于全基因组SNPs位点的进化树,进行溯源分析。结果 杭州地区临床和食品来源的菌株基因组共线性一致。菌株在毒力基因 lmo 0036和 lmo 2396的序列和 rli48, rli62和rliG 分子,质粒pLmA144的分布存在差异。基因组SNPs进化树显示ST8型菌株呈现高度同源。食品分离株中12-004与临床株12-103的进化上最接近,只有16个SNPs差异。结论 杭州市场近年肉类食品中存在遗传进化高度相似的一群ST8型单核细胞增生李斯特菌。杭州单核细胞增生李斯特菌临床分离株感染可能来自这群菌株。 展开更多

关键词 单核细胞增生李斯特菌 高通量测序 单核苷酸多态性 毒力基因 非编码RNA

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