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基于EST-SSR的钟花樱与近缘种的聚类分析及嫁接亲和性研究
1
作者 刘夔 李梓函 +4 位作者 张依 郝文洁 姜蕾 叶琦 付涛 《广西植物》 北大核心 2025年第4期761-772,共12页
该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物... 该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物共检测出98个等位基因,每对引物平均为5.76个,有效等位基因数(N_(e))为1.16~7.64,平均值为3.22;观察杂合度(H_(o))为0.04~0.54,平均值为0.28;期望杂合度(H_(e))为0.58~0.92,平均值为0.77;Shannon’s指数(I)为1.38~2.65,平均值为2.14;多态信息含量(PIC)为0.62~0.92,平均值为0.78。(2)聚类分析结果发现除了野生早樱和黑樱桃外,其余14个物种亲缘关系密切,聚为一大类(遗传相似系数C_(GS)为0.6531~0.9184),其中,钟花樱和高盆樱之间的亲缘关系最高(C_(GS)=0.9184),钟花樱和野生早樱之间的亲缘关系最低(C_(GS)=0.7755),因此,建议使用亲缘关系较远的野生早樱和黑樱桃与钟花樱进行杂交实验。(3)在我国南方的生产实践中,已出现以华中樱为砧木,以钟花樱为接穗嫁接的高接苗。因此,从理论上讲,与钟花樱亲缘关系较近的华中樱、山樱、散毛樱和浙闽樱等也可以作为砧木,但还应考虑砧木的抗性、长势、繁殖和寿命等。通过嫁接实验得知,华中樱和山樱作为砧木嫁接钟花樱成活率最高(≥80%),与分子实验基本一致,比较适合作为嫁接钟花樱的砧木。该研究结果为钟花樱的选育、繁殖、保护和利用以及樱属之间的物种分类提供了分子依据。 展开更多
关键词 樱属 钟花樱 遗传多样性 亲缘关系 育种 est-SSR
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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证
2
作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 RNA-SEQ 生物信息学分析 est-SSR标记开发 验证
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异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发
3
作者 单筱涵 安康 +4 位作者 周春霞 张鑫 逄玉娟 李丽霞 卞福花 《广西植物》 北大核心 2025年第1期95-107,共13页
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DE... 为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。 展开更多
关键词 异质生境 山东银莲花 转录组 est-SSR 生态适应机制
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云南南涧县古茶树资源遗传多样性的EST-SSR分析
4
作者 刘娇 杨雄伟 +2 位作者 何胜聪 程小毛 黄晓霞 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2025年第3期261-268,共8页
为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体... 为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体间平均有效等位基因数为3.48个;观测等位基因数(N_(a))为6.25;有效等位基因数(N_(e))为2.983;Shannon多样性指数(I)为1.251;Nei基因多样性指数(H)为0.646。POPGENE分析表明遗传分化系数(F_(st))为0.063,居群间存在中度分化,基因流(N_(m))为3.710。AMOVA分子方差分析表明,阿萨姆茶的遗传变异14%发生在居群间,86%发生在居群内,说明阿萨姆茶居群遗传变异主要发生在居群内部,且基因交流丰富。南涧县古茶园古茶树居群的遗传多样性丰富,这为阿萨姆茶种质资源的保护利用和新品种选育提供了科学依据。 展开更多
关键词 古茶园 古茶树 est-SSR 遗传多样性
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基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
5
作者 李锦秋 毕楷杰 +3 位作者 王立成 柳俊明 李清泉 顾丽姣 《林业与生态科学》 2025年第3期239-246,共8页
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器... 为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。 展开更多
关键词 黄叶侧柏MC1 转录组 est-SSR 子代鉴定
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结缕草属种质资源EST-SSR遗传多样性分析
6
作者 黄春琼 何潇 +2 位作者 罗丽娟 董荣书 刘国道 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2386-2393,共8页
本研究以43份不同来源的结缕草属种质为材料,利用表达序列标签-简单重复序列(Expressed Sequence Tag-Simple sequence repeat,EST-SSR)引物对其进行遗传多样性分析。结果表明:从125对EST-SSR引物中筛选出30对能稳定扩增、条带清晰的引... 本研究以43份不同来源的结缕草属种质为材料,利用表达序列标签-简单重复序列(Expressed Sequence Tag-Simple sequence repeat,EST-SSR)引物对其进行遗传多样性分析。结果表明:从125对EST-SSR引物中筛选出30对能稳定扩增、条带清晰的引物;共检测到124个标记,平均每对引物检测到4个,多态性标记有108个,多态性位点百分率为88.60%;种质间遗传相似性系数为0.530~0.864,平均为0.711;共检测到104个观察等位基因,平均每对引物检测到3个;有效等位基因数范围为0~5,平均为3;Shannon信息指数变化范围为0~1.593,平均为0.940。Nei’s基因多样性指数范围为0~0.793,平均为0.541;在遗传相似性系数为0.800时,利用非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)法将43份种质划分为4个类群,聚类结果与种质地理位置有一定的关联,但联系不紧密。本研究结果表明43份种质的遗传多样性处于上等水平,EST-SSR标记能有效地评价结缕草属种质的遗传差异,为结缕草属种质资源的鉴定评价及分子标记辅助育种提供参考依据。 展开更多
关键词 结缕草属 est-SSR 分子标记 遗传多样性 群体结构
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锥栗优良无性系遗传多样性的EST⁃SSR分析 被引量：2
7
作者 杨金辉 王一帆 +3 位作者 李颖林 江锡兵 陈辉 李煜 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期484-491,共8页
为促进锥栗新品种的选育、种质资源的鉴定和锥栗产业的健康发展,以福建省建瓯市栽培的22个锥栗优良无性系为研究对象,利用开发的6对多态性表达序列标签-简单重复序列(EST⁃SSR)引物对其遗传多样性进行研究,并构建指纹图谱。结果表明,22... 为促进锥栗新品种的选育、种质资源的鉴定和锥栗产业的健康发展,以福建省建瓯市栽培的22个锥栗优良无性系为研究对象,利用开发的6对多态性表达序列标签-简单重复序列(EST⁃SSR)引物对其遗传多样性进行研究,并构建指纹图谱。结果表明,22个锥栗无性系平均每对引物的等位基因数为2.667,平均有效等位基因数为2.038,平均观测杂合度为0.349,平均期望杂合度为0.447,平均Shannon信息指数为0.721,平均多态性位点数为11.500,平均多态性信息含量为0.434,表明锥栗无性系遗传多样性较高。遗传相似系数变化范围为0.754~1.000,平均值为0.856;在遗传相似性系数为0.860处,可将其划分为5个大类:第Ⅰ类仅包括HL19;第Ⅱ类包括HL5、HL6、HL8、HL21;第Ⅲ类包括HL17、HL18;第Ⅳ类包括HL12、HL13;第Ⅴ类包括HL1、HL2、HL3、HL4、HL7、HL9、HL10、HL11、HL14、HL15、HL16、HL20、HL22。利用3对多态性引物,共构建了22个锥栗无性系的指纹图谱。 展开更多
关键词 锥栗 表达序列标签-简单重复序列 无性系 遗传多样性 指纹图谱
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基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建 被引量：3
8
作者 赵雨欣 张哲文 +5 位作者 考惠霞 孙永江 辛智鸣 赵喆 董树斌 程瑾 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期374-385,共12页
以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR... 以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。 展开更多
关键词 沙棘 表达序列标签微卫星 指纹图谱 遗传多样性
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菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建 被引量：2
9
作者 付阳云 文晓鹏 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期63-73,共11页
为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析. 展开更多
关键词 菜豆 转录组 分子标记开发 est-SSR标记 分子身份证
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基于EST-SSR分子标记的萱草亲缘关系分析
10
作者 赵玉帆 储博彦 +3 位作者 刘素素 赵丽红 李金霞 尹新彦 《天津农业科学》 CAS 2024年第2期1-4,10,共5页
萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩... 萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩增。结果显示:11对引物共获得40个多态性位点,样本平均有效等位基因数为2.58个,平均Shannon多样性指数为1.00,平均期望杂合度为0.57,平均观察杂合度为0.52;以遗传距离矩阵为分析对象,36个萱草品种间的遗传距离为0.05~0.70,利用NTSYS软件按UPGMA法聚类结果显示,遗传距离0.48为阈值时,36种萱草品种分为2个大类,遗传距离0.414为阈值时,可进一步将第1大类分为4个亚类。综上,供试的36个萱草品种之间具有较高的遗传多样性和较为丰富的遗传背景,为今后培养萱草优良新品种提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 萱草 est-SSR分子标记 亲缘关系
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柠檬转录组SSR标记开发及遗传多样性分析
11
作者 余智城 何雪娇 +1 位作者 陈振东 林秀香 《福建农业学报》 北大核心 2025年第4期333-340,共8页
【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%... 【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%,平均分布距离为1.39 kb;柠檬转录组中SSR序列以单、三、二核苷酸重复类型为主,分别占80.91%、9.20%和8.67%,其优势基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT;共设计出4 561对引物,选取其中24对进行有效性验证,筛选到13对多态性引物;扩增得到47个等位基因,有效等位基因均值为3.615;观察杂合度、期望杂合度和引物多态信息含量的均值为0.637、0.516和0.528;在遗传距离0.40时可将供试材料划分为五大类,聚类结果与传统的形态学分类结果大体一致。【结论】本研究开发的13对EST-SSR引物能将供试材料进行有效区分,与传统分类学相吻合,并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为柠檬种质资源后续开发及利用提供参考依据。 展开更多
关键词 柠檬 转录组 SSR重复类型 聚类分析
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基于EST-SSR分子标记对乌天麻和红天麻的鉴定
12
作者 何薇 胡艺镨 +2 位作者 李胜男 徐娇 欧小宏 《耕作与栽培》 2024年第6期57-62,共6页
本研究利用MISA软件对乌天麻转录组筛选得到SSR位点并对其特征进行分析,通过设计引物对25份乌天麻和红天麻样本进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,对扩增条带进行聚类分析。结果表明,利用MISA软件共筛选得到EST-SSR位点12744个,发生... 本研究利用MISA软件对乌天麻转录组筛选得到SSR位点并对其特征进行分析,通过设计引物对25份乌天麻和红天麻样本进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,对扩增条带进行聚类分析。结果表明,利用MISA软件共筛选得到EST-SSR位点12744个,发生率27.9%,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸为主要重复类型,复合型和多复合型总数1071个,占比8.41%。利用Primer 3软件进行SSR引物设计并随机筛选出40对,进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,其中4对扩增表现出多态性,均为复合型和多复合型SSR,平均有3个等位基因,2.31个有效等位基因,Shannon'多样性指数为0.69~1.33,平均为0.87,Nei's多样性指数为0.4992~0.6784,平均为0.5528。人工读取扩增条带,利用PCoA分析、聚类树、STRUCTURE分析均能将25份天麻样本明显地区分为乌天麻和红天麻。 展开更多
关键词 天麻 分子标记 est-SSR 鉴定
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血清脂蛋白相关磷脂酶A2水平对老年男性冠状动脉高风险斑块的预测价值
13
作者 崔津津 王科宇 +6 位作者 常鑫玮 李芳 姚洪祥 郑雪 赵建 刘贯中 王新江 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2025年第7期836-840,共5页
目的探讨血清脂蛋白相关磷脂酶A2(lipoprotein associated phospholipase A2,Lp-PLA2)对老年男性冠状动脉高风险斑块的预测价值。方法回顾性选取2024年5~7月于解放军总医院第二医学中心进行健康体检且行冠状动脉CT血管成像检查的老年男... 目的探讨血清脂蛋白相关磷脂酶A2(lipoprotein associated phospholipase A2,Lp-PLA2)对老年男性冠状动脉高风险斑块的预测价值。方法回顾性选取2024年5~7月于解放军总医院第二医学中心进行健康体检且行冠状动脉CT血管成像检查的老年男性受试者46例,收集所有临床资料,并基于人工智能分析冠状动脉钙化积分、斑块性质,将受试者分为高风险斑块组15例和非高风险斑块组31例,比较两组差异,同时采用多因素logistic回归分析冠状动脉高风险斑块的影响因素,并通过ROC曲线判断血清Lp-PLA2对高风险斑块的预测价值,并计算曲线下面积(area under curve,AUC)。结果高风险斑块组高脂血症、Lp-PLA2同型半胱氨酸、吸烟史比例显著高于非高风险斑块组,差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。多因素logistic回归分析显示,血清Lp-PLA2是冠状动脉高风险斑块的独立危险因素(HR=1.030,95%CI:1.008~1.053,P<0.05)。血清Lp-PLA2预测冠状动脉高风险斑块的AUC为0.833(95%CI:0.694~0.927,P<0.01)、敏感性为93.3%、特异性为71.0%、阳性预测值为62.5%、阴性预测值为100%。结论血清Lp-PLA2对预测老年男性冠状动脉高风险斑块具有重要意义。 展开更多
关键词 1-烷基-2-乙酰甘油磷酸胆碱酯酶 高半胱氨酸 冠心病 预测 高风险斑块
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油茶种子EST文库构建及主要表达基因的分析 被引量：59
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作者 谭晓风 胡芳名 +3 位作者 谢禄山 石明旺 张党权 乌云塔娜 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第1期43-48,共6页
为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列... 为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列与NCBI核酸数据库的非冗余序列进行同源性比较,确认763条cDNA序列与核酸数据库中其他物种的DNA序列具有很高或较高的同源性,可确认266种基因;有1216个克隆序列为未知功能的基因序列。各类基因表现出不同的表达丰度,其中贮藏蛋白基因、与基因表达调控相关的基因、抗逆相关基因、种子成熟和胚胎发育相关的基因等为高丰度表达,与脂肪酸代谢相关的基因等为中丰度表达,另外还有大量的其他基因和未知功能基因在种子中表达。各类基因表达的数量和趋势与种子接近发育成熟阶段相吻合。 展开更多
关键词 油茶 CDNA est 文库 表达基因
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从小麦EST序列中开发新的SSR引物 被引量：67
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作者 陈军方 任正隆 +1 位作者 高丽锋 贾继增 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期154-158,共5页
小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs... 小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。 展开更多
关键词 est SSR-ests cSSR引物 小麦
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橡胶树EST-SSR标记的开发与应用 被引量：53
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作者 安泽伟 赵彦宏 +2 位作者 程汉 李维国 黄华孙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期311-319,共9页
通过对橡胶树10778条EST序列进行拼接,共得到Unigene3090条,从中发掘出分布于353条Unigene的430个EST-SSR位点,SSR发生频率为11.42%,平均分布距离为3.93kb。在橡胶树EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占63.49%、32... 通过对橡胶树10778条EST序列进行拼接,共得到Unigene3090条,从中发掘出分布于353条Unigene的430个EST-SSR位点,SSR发生频率为11.42%,平均分布距离为3.93kb。在橡胶树EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占63.49%、32.09%。TC/AG、CT/GA和CTT/GAA、AAG/TTC、AGA/TCT是二、三核苷酸的优势重复类型。利用PRIMER5.0设计引物148对,随机挑选21对引物进行合成,并用其中15对扩增较好的引物,通过变性聚丙烯酰胺凝胶结合银染的方法对44个橡胶树无性系进行了遗传多样性检测,构建了聚类分析树状图。研究结果表明,从橡胶树EST中开发SSR标记是有效、可行的,文章所开发的EST-SSR引物可用于橡胶树遗传分析研究。 展开更多
关键词 橡胶树 SSR est
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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立 被引量：87
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作者 金基强 崔海瑞 +4 位作者 陈文岳 卢美贞 姚艳玲 忻雅 龚晓春 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期17-23,共7页
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,... 在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。 展开更多
关键词 茶树 est SSR信息 标记建立
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香蕉EST-SSRs标记的开发与应用 被引量：38
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作者 王静毅 陈业渊 +1 位作者 刘伟良 武耀廷 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期933-940,共8页
从NCBI搜索的2282条香蕉EST中，发掘出含有SSR的EST序列110条，共有122个SSR位点，检出率为5.3％。SSR位点可分为37种重复单元，平均长度为20bp，其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位，分别占总SSR的33．1％和47．6％。GA和GAA是... 从NCBI搜索的2282条香蕉EST中，发掘出含有SSR的EST序列110条，共有122个SSR位点，检出率为5.3％。SSR位点可分为37种重复单元，平均长度为20bp，其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位，分别占总SSR的33．1％和47．6％。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型，分别占二、三核苷酸重复类型的75．7％和36．0％；其他重复类型所占比例均不足10％，而四核苷酸重复类型最少，为4．0％。设计的63对EST-SSRs引物中，有41对EST-SSRs引物对巴西蕉基因组DNA能扩增出产物，占总引物数的65．1％。应用进一步筛选出的重复性好、多态性高的19对引物对49个香蕉品种（系）进行PCR扩增。每对51物扩增的多态性带数目为4～12个，平均7．58个；引物多态信息量变化范围为0．3572．0．8744，平均0．7324。在相似系数为0．63的水平可将49个品种聚为2个类群：一类为含B基因组香蕉品种；另一类为不合B基因组的香蕉品种，表明EST-SSR引物可以应用于香蕉品种资源分类的研究。 展开更多
关键词 香蕉 est est-SSR 遗传多样性 聚类分析
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亚麻EST序列中SSR标记的筛选 被引量：17
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作者 张建平 王斌 +4 位作者 赵丽娟 王利民 杨崇庆 颉瑞霞 党占海 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期910-915,共6页
利用亚麻NCBI数据库中的7941条亚麻EST序列进行SSR的筛选,共发现222个SSR,占整个EST数据库的2.73%,其中三核苷酸重复单元的EST-SSR占总SSR的72.1%,二核苷酸和四核苷酸二者出现的频率基本相近,分别占总SSR的14.4%和13.5%.AGAA是四核苷酸... 利用亚麻NCBI数据库中的7941条亚麻EST序列进行SSR的筛选,共发现222个SSR,占整个EST数据库的2.73%,其中三核苷酸重复单元的EST-SSR占总SSR的72.1%,二核苷酸和四核苷酸二者出现的频率基本相近,分别占总SSR的14.4%和13.5%.AGAA是四核苷酸中的优势重复类型,占四核苷酸重复类型的67.67%.设计的21对EST-SSR引物中有18对在10个亚麻材料中有扩增产物,占设计引物的85%,有14对产物条带比较清晰并具有多态性.基于SSR标记进行聚类分析,可将10个亚麻材料划分为3个组.本研究建立的亚麻SSR标记,为亚麻遗传多样性鉴定、分子作图等研究提供了一种有效的分子标记系统. 展开更多
关键词 亚麻 est SSR 标记
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大豆EST-SSR标记开发及与Genomic-SSR的比较研究 被引量：35
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作者 常玮 赵雪 +4 位作者 李侠 邱波 韩英鹏 縢伟丽 李文滨 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期149-156,共8页
对458 220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39 989条,经拼接得到无冗余EST-SSR序列8 190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核... 对458 220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39 989条,经拼接得到无冗余EST-SSR序列8 190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种。以含有简单重复序列的无冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对。以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST-SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示:大豆EST-SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0.55和0.44,二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST-SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充。 展开更多
关键词 大豆 est—SSR 生物信息 多态性
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