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RNA干扰沉默褐飞虱糖转运蛋白基因4的研究
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作者 谢坤 丁汉凤 +6 位作者 李娜娜 贾素平 白静 丛韫喆 李广贤 姚方印 杨永义 《山东农业科学》 北大核心 2025年第1期22-29,共8页
褐飞虱是水稻上危害最严重的害虫之一,目前的防治措施存在各种弊端,开展控制褐飞虱的探索研究可开辟新的防治途径。本研究利用dsRNA(double-stranded RNA,双链RNA)介导的RNAi(RNA interference,RNA干扰)技术,以褐飞虱糖运输蛋白基因(Nls... 褐飞虱是水稻上危害最严重的害虫之一,目前的防治措施存在各种弊端,开展控制褐飞虱的探索研究可开辟新的防治途径。本研究利用dsRNA(double-stranded RNA,双链RNA)介导的RNAi(RNA interference,RNA干扰)技术,以褐飞虱糖运输蛋白基因(Nlst4)为靶标,在体外合成Nlst4的dsRNA,将其饲喂褐飞虱若虫后,其体内目标基因表达量显著下降,产生致死表型;构建Nlst4的RNAi干扰载体,通过农杆菌侵染转化培育转基因水稻,褐飞虱取食后,体内目标基因转录水平显著降低,1龄、2龄若虫发育历期显著延长,但未出现致死表型。试验结果证实,利用RNAi技术通过培育转基因水稻防治褐飞虱存在可行性,可为后续转基因抗褐飞虱水稻的培育提供科学依据。 展开更多
关键词 褐飞虱 rna干扰 糖转运蛋白基因4 人工饲喂 转基因水稻
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高效液相色谱-串联质谱法分析游离RNA修饰核苷的研究进展
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作者 张绿叶 张维冰 汪海林 《色谱》 CAS 北大核心 2025年第1期3-12,共10页
核糖核苷酸(RNA)的转录后修饰在基因表达调控中发挥重要作用,而RNA在降解与再合成过程中产生大量游离核苷,包含未修饰的基础核苷和多种类型的修饰核苷。修饰核苷无法被进一步分解,在胞内积累,或在转运蛋白作用下运输到胞外环境,直到被... 核糖核苷酸(RNA)的转录后修饰在基因表达调控中发挥重要作用,而RNA在降解与再合成过程中产生大量游离核苷,包含未修饰的基础核苷和多种类型的修饰核苷。修饰核苷无法被进一步分解,在胞内积累,或在转运蛋白作用下运输到胞外环境,直到被机体代谢,并在过程中发挥信号分子的作用。对生物样本中各级代谢物中修饰核苷的准确鉴定与定量能够为RNA降解和游离修饰核苷排泄调控提供重要信息,协助研究其生物学功能和发现潜在的临床应用。例如,小分子修饰核苷在应激反应和疾病状态下作为信号分子调控机体的应答;病理状态下体液和组织中发生特异性变化的修饰核苷可作为生物标志物,为疾病的诊断和治疗提供信息。高效液相色谱-串联质谱(HPLC-MS/MS)技术作为一种高灵敏度、高选择性、快速高效的分析工具,已在游离修饰核苷分析中展现出重要的应用价值。但HPLC-MS/MS准确分析游离修饰核苷仍面临一些挑战,如生物样品成分的复杂性,多种类目标物的化学性质差异,多种目标物的含量呈数量级的差异,以及众多的修饰核苷中同分异构体的干扰等。这些因素使得开发同时定量多种核苷的HPLC-MS/MS方法难度增加。本综述介绍了内源性游离RNA修饰核苷的来源及检测方法,概述了HPLC-MS/MS技术在内源性核苷分析中的样品前处理、色谱分离、质谱检测模式和定量方法开发等方面的研究进展,并综述了游离RNA修饰核苷的生物学功能、调控机制研究和作为疾病潜在分子标志物等的应用。 展开更多
关键词 rna修饰 代谢物分析 高效液相色谱-串联质谱 修饰核苷
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LncRNA 18850对猪流行性腹泻病毒复制的影响
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作者 余昕雅 何海健 +5 位作者 王磊 倪语晨 杜静 周莹珊 董婉玉 王晓杜 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1366-1375,共10页
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 bp且缺乏蛋白质编码能力的RNA,已有研究表明lncRNA在病毒复制过程中具有重要的生物学作用。本研究分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染细胞的lncRNA表达变化及其对PEDV复制的影响。转录组测序PED... 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 bp且缺乏蛋白质编码能力的RNA,已有研究表明lncRNA在病毒复制过程中具有重要的生物学作用。本研究分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染细胞的lncRNA表达变化及其对PEDV复制的影响。转录组测序PEDV感染Vero-E6细胞24h的样品中lncRNA,构建lncRNA 18850过表达质粒,Western blot、qPCR以及TCID 50等方法分析lncRNA 18850过表达对PEDV复制的影响,转录组测序分析lncRNA 18850过表达的Vero-E6细胞差异基因表达,生物信息学分析lncRNA 18850靶向基因及差异蛋白互作关系。结果显示,PEDV感染Vero-E6细胞24和48 h lncRNA 18850的表达量均呈极显著上升(P<0.01);lncRNA 18850的过表达可显著促进PEDV的复制(P<0.05);LIF、IL11、EPHA2、CCND1、DUSP5、CCN 2基因与lncRNA 18850存在靶向关系。PEDV感染可上调Vero-E6细胞内lncRNA 18850的表达,lncRNA 18850可能通过靶向调控多个基因而促进病毒的复制,本研究为深入探析PEDV的复制机制及潜在靶向治疗策略提供了新的视角。 展开更多
关键词 长链非编码rna 猪流行性腹泻病毒 转录组测序 Apelin信号通路
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lncRNA作为肝细胞癌生物标志物的研究进展
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作者 王运踊 鲁晓航 +3 位作者 曾阳玲 李屏 林洪升 李明芬 《中国医药导报》 2025年第1期38-42,58,共6页
肝细胞癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,特点为高发病率、高致死率和高复发率,导致患者预后不佳。尽管近年来免疫治疗的进展为肝细胞癌治疗带来变革,但有限的标志物检测和低临床反应率仍是亟须解决的关键问题。长链非编码RNA(lncRNA)参与... 肝细胞癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,特点为高发病率、高致死率和高复发率,导致患者预后不佳。尽管近年来免疫治疗的进展为肝细胞癌治疗带来变革,但有限的标志物检测和低临床反应率仍是亟须解决的关键问题。长链非编码RNA(lncRNA)参与调控肝癌细胞增殖、血管生成、转移、凋亡、自噬、铁死亡,以及免疫逃逸等多个生物学活动,其在肝细胞癌发生和发展中起重要作用。本文旨在综述lncRNA与肝细胞癌调控机制的研究进展,探讨其作为诊断和治疗评估相关标志物的潜力,并讨论当前研究挑战及未来发展方向,以期为肝细胞癌的诊断和治疗提供新思路。 展开更多
关键词 肝细胞癌 长链非编码rna 生物标志物 早期诊断 免疫治疗
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原核表达dsRNA-StPPO发酵工艺优化及应用
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作者 余金兰 何倩 +2 位作者 李欣茹 谭红晓 路来风 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第2期59-67,共9页
RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象,引发细胞内同源靶基因特异性抑制或沉默。RNAi技术已应用在害虫防治、抑菌、抗病毒等多个领域,但在控制农产品品质劣变中... RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象,引发细胞内同源靶基因特异性抑制或沉默。RNAi技术已应用在害虫防治、抑菌、抗病毒等多个领域,但在控制农产品品质劣变中应用较少。该研究以大肠杆菌RNaseⅢ缺陷型菌株HT115(DE3)为发酵平台,以L4440载体为骨架构建重组载体,进行马铃薯多酚氧化酶StPPO编码基因的dsRNA表达与发酵条件优化,并进行dsRNA-StPPO生物学功能验证。结果表明,异丙基硫代半乳糖苷(isopropyl thiogalactoside,IPTG)诱导剂浓度为0.6 mmol/L,诱导时间为6 h,外加酵母浸粉0.48%,温度为39℃,装瓶量为45 mL/250 mL,转速为189 r/min时,目标dsRNA的产量最高,达3.95μg/mL。浸泡dsRNA-StPPO溶液后,处理组鲜切马铃薯较对照组有较高的L、较低的a和褐变指数,且组织中的多酚氧化酶酶活力较低,说明施用dsRNA-StPPO可以抑制马铃薯polyphenol oxidase StPPO基因表达有效控制鲜切褐变现象。 展开更多
关键词 大肠杆菌 双链rna 外源施用 鲜切褐变 多酚氧化酶
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长链非编码RNA在继发性脊髓损伤中的作用及中医药干预的研究进展
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作者 许多芳 张彦军 +3 位作者 郭铁峰 李家明 江朔轩 刘晏东 《西部中医药》 2025年第1期99-105,共7页
从长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)与脊髓损伤发生发展的相关性、lncRNA与脊髓损伤治疗的相关性及中医药对脊髓损伤-lncRNA的干预等方面阐述了lncRNA与脊髓损伤相关性及中药干预机制的研究进展,指出lncRNA在脊髓损伤中存在差... 从长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)与脊髓损伤发生发展的相关性、lncRNA与脊髓损伤治疗的相关性及中医药对脊髓损伤-lncRNA的干预等方面阐述了lncRNA与脊髓损伤相关性及中药干预机制的研究进展,指出lncRNA在脊髓损伤中存在差异性表达并在脊髓损伤的发展及治疗过程中有着重要的作用,可以通过调控lncRNA在脊髓损伤过程中的表达,为脊髓损伤找到潜在的治疗靶点,以期为脊髓损伤的防治提供新的参考方向。 展开更多
关键词 脊髓损伤 长链非编码rna 中医药 研究进展
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绵羊季节性发情性状核心基因和关键lncRNA的筛选与分析
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作者 杨杨 李良远 +6 位作者 万鹏程 卢守亮 刘长彬 杨华 王立民 代蓉 周平 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1264-1277,共14页
旨在筛选与季节性发情相关的核心基因和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。本研究选取2~3岁空怀的中国美利奴羊和湖羊母羊(乏情期、发情期和发情间期各3只),采集卵巢组织样本,采用RNA-seq技术筛选差异表达的基因(differential... 旨在筛选与季节性发情相关的核心基因和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。本研究选取2~3岁空怀的中国美利奴羊和湖羊母羊(乏情期、发情期和发情间期各3只),采集卵巢组织样本,采用RNA-seq技术筛选差异表达的基因(differentially expressed genes,DEGs)和lncRNAs,并通过GO、KEGG富集分析、PPI分析及ceRNA网络构建鉴定与繁殖性能相关的核心基因和lncRNAs。结果,构建了6个不同生理状态下的RNA文库,筛选得到1495个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和454个差异表达lncRNAs,其中共性DEGs和lncRNAs分别为313个和435个,特有DEGs和lncRNAs分别为1182个和19个。GO和KEGG富集分析显示,共性DEGs在细胞分裂和细胞周期等方面显著富集,而差异表达的lncRNAs靶基因富集于细胞内信号转导及负调控RNA聚合酶II启动子转录等。特有DEGs在细胞迁移的正向调节中富集,lncRNAs的靶基因集中于细胞间粘附和整合素介导的信号通路等。通过PPI筛选出19个核心基因,主要富集在卵母细胞减数分裂和细胞周期信号通路。聚类分析结果显示,核心基因在乏情期表达量较高。ceRNA网络进一步揭示基因在细胞周期等信号通路的富集。RT-qPCR验证结果与高通量测序一致。筛选出19个核心基因和28个lncRNAs,并发现42个lncRNA-miRNA-mRNA靶向关系,为理解绵羊季节性繁殖的分子机制提供了潜在调控靶点。 展开更多
关键词 绵羊 季节性发情 rna-SEQ 核心基因 lncrna
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基于非编码RNA的针灸基础研究进展
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作者 魏荧 熊坚 +8 位作者 李萧 胡金群 赵燚 孙雨欣 凌发样 刘渝 杨丽源 梁繁荣 齐文川 《中国中医药信息杂志》 2025年第3期174-179,共6页
针灸疗法是我国具有原创性优势的治疗保健方法。随着表观遗传学和系统生物学技术的迅速发展,非编码RNA(ncRNA)相关研究在针灸领域不断取得突破。本文整理ncRNA相关的针灸基础研究文献,对微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA... 针灸疗法是我国具有原创性优势的治疗保健方法。随着表观遗传学和系统生物学技术的迅速发展,非编码RNA(ncRNA)相关研究在针灸领域不断取得突破。本文整理ncRNA相关的针灸基础研究文献,对微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)相关研究分系统进行综述,ncRNA广泛参与机体的生长、发育、生殖及各疾病的发生发展过程,与针灸疗法多层次、多途径、多靶点的作用网络相契合。以ncRNA为切入点深入探索针灸作用机制,不仅有利于促进针灸效应新靶点的挖掘,还能揭示针灸效应分子的表观遗传调控轴,为疾病的临床诊疗和疗效评估提供思路和方法。 展开更多
关键词 非编码rna 针灸 分子机制 表观遗传学 系统生物学 综述
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N^(6)-甲基腺苷RNA修饰相关调节因子在肝细胞癌中的研究进展
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作者 伍杨 李甜 +4 位作者 朱玲玲 张润兵 吴楚江 杨妹霞 张久聪 《沈阳药科大学学报》 2025年第3期207-212,共6页
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是全球癌症导致死亡的第四大原因,并已成为全球增长率最快的癌症之一。然而,尽管当前治疗领域的快速发展对HCC患者预后具有一定改善,但针对晚期HCC患者仍缺乏有效的治疗方法,其5年生存率仍较低,... 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是全球癌症导致死亡的第四大原因,并已成为全球增长率最快的癌症之一。然而,尽管当前治疗领域的快速发展对HCC患者预后具有一定改善,但针对晚期HCC患者仍缺乏有效的治疗方法,其5年生存率仍较低,因此探究新的治疗手段势在必行。N^(6)-甲基腺苷(N^(6)-methyladenosine,m6A)修饰是真核生物中最常见、最丰富的内部RNA修饰之一,在调节RNA代谢中起着至关重要的作用。有研究发现,m6A相关调节因子可能与HCC的发生、发展密切相关。本文通过总结m6A相关调节因子在HCC发生中的调控作用和机制,以期为临床HCC诊断和治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 N^(6)-甲基腺苷 rna修饰 调节因子 肝细胞癌
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基于双硫死亡相关lncRNAs的子宫内膜癌预后模型及其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用研究
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作者 安奇 雷田雨 +1 位作者 车宇航 胡钦勇 《中国医药导报》 2025年第5期132-140,共9页
目的探讨双硫死亡相关长链非编码RNAs(DRLs)在子宫内膜癌(UCEC)中的表达特征及其预后价值,建立有效的预后模型,并分析其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用。方法从TCGA数据库中下载541例UCEC患者转录组数据和临床信息,按照1∶1的比例分... 目的探讨双硫死亡相关长链非编码RNAs(DRLs)在子宫内膜癌(UCEC)中的表达特征及其预后价值,建立有效的预后模型,并分析其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用。方法从TCGA数据库中下载541例UCEC患者转录组数据和临床信息,按照1∶1的比例分为训练组(271例)和验证组(270例)。使用共表达分析、Cox回归及LASSO回归分析得到DRLs并构建预后模型;根据风险评分的中位值将训练组分为高、低风险组,绘制Kaplan-Meier生存曲线,主成分分析、列线图及校准曲线进行模型验证;使用基因集富集分析、免疫微环境分析、突变谱分析及药物敏感性预测比较高、低风险组的生物学差异。结果共得到3个DRLs(AC244517.7、EMSLR、PRDX6-AS1)用于构建预后模型。生存分析显示,训练组和验证组中高风险组总生存期短于低风险组(P<0.01)。主成分分析显示,构建模型的3个DRLs区分度较强;列线图预测UCEC患者1、3、5年生存率分别为99.7%、98.5%、97.9%;校准曲线结果显示,C指数为0.702。基因集富集分析显示,高风险组显著富集于细胞周期和DNA修复相关通路,而低风险组富集于细胞代谢和免疫应答相关通路。高风险组的基质分数、免疫分数、综合分数低于低风险组(P<0.05)。高风险组TEN、ARID1A、PIK3CA、TTN等基因的突变频率低于低风险组,而TP53、KMT2D基因的突变频率高于低风险组(P<0.05)。药物敏感性分析显示,高风险组奥沙利铂半数抑制浓度(IC50)值高于低风险组,紫杉醇、卡莫司汀、AZD6738、BI-2536和BMS-345541的IC50值低于低风险组(P<0.01)。结论基于3个DRLs构建的预后模型对UCEC患者的预后评估具有潜在的临床应用价值,有助于评估不同风险UCEC患者的基因差异、免疫浸润情况和抗肿瘤药物敏感性,为实现UCEC的个性化治疗提供依据。 展开更多
关键词 子宫内膜癌 长链非编码rnas 双硫死亡 预后模型
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牙周病与类风湿关节炎的竞争性内源RNA调控网络构建及免疫相关性分析
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作者 赵晓雪 张欣然 张婷婷 《山东医药》 2025年第2期25-29,共5页
目的构建牙周病(PD)与类风湿关节炎(RA)的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,并分析二者的免疫相关性。方法从美国国立生物技术信息中心建立的基因表达综合数据库获取PD与RA的数据集,通过筛选两疾病的差异基因、加权基因共表达网络分析及免... 目的构建牙周病(PD)与类风湿关节炎(RA)的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,并分析二者的免疫相关性。方法从美国国立生物技术信息中心建立的基因表达综合数据库获取PD与RA的数据集,通过筛选两疾病的差异基因、加权基因共表达网络分析及免疫数据集取交集获得关键基因。用受试者工作特征曲线(ROC)、基因相关性分析、单样本基因集富集分析对关键基因进行功能富集及外部数据集验证。用关键基因及数据库预测靶基因构建ceRNA调控网络,用免疫浸润分析网站分析PD与RA的免疫相关性。结果共筛选出4个关键基因(白细胞介素10受体A、RAS相关的C3肉毒毒素底物2、布鲁顿酪氨酸激酶、F2型跨膜蛋白信号淋巴细胞活化分子家族受体),对PD与RA诊断价值较高,且基因间具有高相关性。4个关键基因参与了PD与RA的不同通路。4个关键基因和2个关键基因的靶miRNA(hsa-miR-1271-5p、hsa-let-7e-5p),分别获得9个PD的DElncRNA、16个RA的DElncRNA,构建两种疾病的ceRNA网络。PD、RA患者与正常对照者免疫细胞比例存在差异。PD患者外周血浆细胞比例较正常对照者高。而PD患者表面表达CD8亚群的细胞毒性T淋巴细胞(CD8+T淋巴细胞)、活化的自然杀伤细胞(NK细胞)、M2型巨噬细胞、静息的树突状细胞、静息的肥大细胞比例低。与正常对照者比较,RA患者滑膜中浆细胞、γδT淋巴细胞、M1型巨噬细胞的比例高。PD患者静息状态下的树突状细胞与浆细胞呈负相关;RA患者中静息状态下肥大细胞与活化肥大细胞呈负相关,M1型巨噬细胞与单核细胞呈负相关,γδT淋巴细胞与单核细胞呈负相关,M1型巨噬细胞与γδT淋巴细胞呈正相关。结论成功筛选出4个关键基因并分别构建了PD与RA的ceRNA调控网络,PD与RA有部分免疫应答机制相同。 展开更多
关键词 牙周病 类风湿关节炎 竞争性内源rna 基因调控网络 免疫浸润
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口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证
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作者 刘絮影 李锦存 +3 位作者 翟堃 胡晨 董文 马坚 《口腔医学研究》 北大核心 2025年第2期109-117,共9页
目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer ge... 目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中筛选出TCGA-OSCC、GSE23558和GSE30784数据集,进行表达谱分析,筛选出差异表达lncRNA和mRNA,并进行生存分析、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,确定其与OSCC预后的相关性。利用starBase、miRTarBase数据库预测关键lncRNA及mRNA的共同靶标miRNA,以此构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测这些关键lncRNA在OSCC细胞系和肿瘤组织中表达水平。结果:表达谱分析鉴定出23个差异表达lncRNA,其中有6个lncRNA与OSCC患者预后相关;mRNA的表达分析鉴定出282个差异表达mRNA,主要富集在三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)酶激活剂活性、核苷酸结合寡聚化域(nucletide-binding oligomerization domain,NOD)样受体等信号通路,其中10个差异表达的mRNA与OSCC预后相关。ceRNA网络构建了包括6个lncRNA、10个mRNA和靶向预测的26个miRNA分子网络。qRT-PCR结果显示包含LINC01980在内的5个lncRNA在OSCC细胞中高表达,而MIR99AHG低表达。在OSCC组织中,LINC01980表达水平明显升高,而MIR99AHG表达水平降低。结论:本研究筛选的LINC01980和MIR99AHG与OSCC进展和预后相关,可作为OSCC的生物学标志物进一步探讨。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 长链非编码rna 预后 LINC01980 MIR99AHG
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转运RNA的表观遗传修饰及其异常对神经退行性变性疾病的影响
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作者 唐明敏 毕洪运 +1 位作者 董子敬 曾玲晖 《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期58-69,共12页
神经退行性变性疾病是一组以中枢或周围神经系统神经元的功能和结构完整性逐渐丧失为特征的神经系统疾病。这类疾病的病因复杂,致病机制及药物靶点的研究仍面临诸多难题。转运RNA(tRNA)修饰在调节密码子识别、维持分子结构稳定性以及影... 神经退行性变性疾病是一组以中枢或周围神经系统神经元的功能和结构完整性逐渐丧失为特征的神经系统疾病。这类疾病的病因复杂,致病机制及药物靶点的研究仍面临诸多难题。转运RNA(tRNA)修饰在调节密码子识别、维持分子结构稳定性以及影响tRNA衍生片段(tRF)产生等方面发挥着关键作用,对神经发育和神经系统的生理功能具有重要作用。异常的tRNA修饰与多种神经退行性变性疾病的发病机制密切相关,特别是延伸因子复合物依赖的tRNA修饰和甲基化修饰异常能导致翻译过程和tRF水平变化,进而干扰蛋白质稳态和细胞应激反应,影响神经元存活。此外,神经退行性变性疾病患者体内tRF水平也显示出显著变化,特定tRF对神经退行性变性疾病有着不同的影响。本文从tRNA表观遗传修饰的生物学功能出发,深入探讨其异常在神经退行性变性疾病中的作用,包括经典的密码子识别功能和非经典的tRF生成机制,最后讨论了tRNA修饰可以作为治疗神经退行性变性疾病的潜在靶点。 展开更多
关键词 神经退行性变性疾病 转运rna 表观遗传修饰 转运rna衍生片段 综述
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大白菜长链非编码RNA研究进展
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作者 王瑞华 韩敏 李媛媛 《广东农业科学》 2025年第1期124-134,共11页
长链非编码RNA(lncRNAs)是一种长度至少为200个核苷酸且缺乏显著编码能力的功能性非编码RNA分子,在植物的生长发育和胁迫应对过程中发挥重要调控作用。大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis)属于芸薹属蔬菜作物,是我国种植面积最大的... 长链非编码RNA(lncRNAs)是一种长度至少为200个核苷酸且缺乏显著编码能力的功能性非编码RNA分子,在植物的生长发育和胁迫应对过程中发挥重要调控作用。大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis)属于芸薹属蔬菜作物,是我国种植面积最大的蔬菜作物之一。大白菜杂交种具有明显的杂种优势,杂合状态下基因表达调控网络发生改变,激发新的调控机制,使得基因表达水平发生波动,引起各种生理生化反应的变化,进而导致性状改变、形成优势表型。lncRNAs作为非编码调控RNA,可以通过顺式作用和反式作用直接调控基因表达,或作为miRNAs前体或者靶标间接调控基因表达,导致基因差异性表达。因此,lncRNAs可能在大白菜杂种优势的形成中起重要调控作用。随着高通量测序技术的不断发展和芸薹属作物相关参考基因组数据的发表,大白菜lncRNAs的种类、数量和功能被不断探索。研究发现,大白菜中存在5种类型的lncRNAs:基因间、内含子、正义、反义和双向lncRNAs,其中基因间lncRNAs的数量最多。lncRNAs可调控大白菜的春化和花粉发育过程,还可调控大白菜应对生物和非生物胁迫,如霜霉病菌、尖孢镰刀菌和高温等。该文总结了植物lncRNAs的来源、分类和调控蛋白质编码基因表达的方式,以及大白菜中鉴定到的lncRNAs种类、数量及其生物学功能,为研究lncRNAs在大白菜的生长发育和遗传调控中的生物学功能提供重要参考。 展开更多
关键词 大白菜 长链非编码rna 基因表达调控 分子机制 生物学功能 杂种优势
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人源RNA解旋酶DHX34基因功能结构域缺失载体的构建及鉴定
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作者 黄立敏 张春丽 +2 位作者 李泽雨 孙晋 田红卫 《山西医科大学学报》 2025年第1期20-27,共8页
目的 分别构建人源RNA解旋酶DHX34基因不同功能结构域缺失的突变载体,测序分析和验证其在293T细胞中的蛋白表达。方法 以pECMV-hDHX34-3×FLAG-SV40-Puro(hDHX34)质粒为模板,根据同源重组克隆的技术原理设计不同功能结构域引物,通... 目的 分别构建人源RNA解旋酶DHX34基因不同功能结构域缺失的突变载体,测序分析和验证其在293T细胞中的蛋白表达。方法 以pECMV-hDHX34-3×FLAG-SV40-Puro(hDHX34)质粒为模板,根据同源重组克隆的技术原理设计不同功能结构域引物,通过聚合酶链式反应扩增片段,重组克隆到pECMV-MCS-3×FLAG-SV40-Puro空载上,经限制性酶切、重组、转化分别构建ΔNTD、ΔCTD、ΔRecA1、ΔRecA2、ΔHelicase、ΔOB、ΔWR载体。经测序验证后,利用脂质体转染293T细胞,Western blot检测各载体蛋白的表达。结果 测序结果与预期结果相符,证实人源RNA解旋酶DHX34基因不同功能结构域缺失的真核表达载体构建成功。核酸电泳结果显示,hDHX34及突变质粒ΔNTD、ΔCTD、ΔRecA1、ΔRecA2、ΔHelicase、ΔWR和ΔOB片段长度符合预期,证明质粒构建成功。Western blot结果显示,293T细胞分别转染ΔNTD、ΔCTD、ΔRecA1、ΔRecA2、ΔHelicase、ΔWR、ΔOB载体后,蛋白条带清晰可见且符合预期相对分子量,说明质粒转染成功,hDHX34及各突变质粒成功表达。结论成功构建人源RNA解旋酶DHX34基因不同功能结构域缺失的突变载体,并验证了各载体的表达情况,为研究人源DHX34基因的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 rna解旋酶 DHX34基因 功能结构域缺失 载体构建 重组克隆 限制性内切酶
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长链非编码RNA核富集转录本1在口腔颌面疾病中的研究进展
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作者 百亥提亚·吐尔洪 多力昆·吾甫尔 《中国医药科学》 2025年第3期40-43,共4页
核富集转录本1(NEAT1)属于长链非编码RNA(LncRNA)。LncRNA在真核细胞中扮演着多重角色,并在哺乳动物细胞中表达广泛。LncRNA NEAT1可以通过参与核旁斑的形成、调节信号通路等多种方式来调节基因的表达。因此,它在炎症反应、免疫反应、... 核富集转录本1(NEAT1)属于长链非编码RNA(LncRNA)。LncRNA在真核细胞中扮演着多重角色,并在哺乳动物细胞中表达广泛。LncRNA NEAT1可以通过参与核旁斑的形成、调节信号通路等多种方式来调节基因的表达。因此,它在炎症反应、免疫反应、细胞的增殖和分化等生理和病理过程中起到关键作用,并与多种疾病的发生和发展有着紧密的联系。本文对LncRNA NEAT1的基本情况、其在口腔颌面疾病中的功能机制以及最新的研究进展进行全面的综述。 展开更多
关键词 长链非编码rna 核富集转录本1 口腔颌面部疾病 非综合征型唇腭裂
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微小RNA-195-5p靶向SMAD同源物7调控转化生长因子β_(1)影响心房颤动大鼠心肌纤维化
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作者 杨爱玲 林玲 +4 位作者 申明月 后梅 苏蓉 张浒 李云飞 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2025年第1期27-32,共6页
目的探究微小RNA-195-5p(microRNA-195-5p,miR-195-5p)对心房颤动(atrial fibrillation,AF)大鼠心肌纤维化的影响与机制。方法选择雄性SD大鼠72只,随机分为对照组、AF组、阴性对照组、miR-195-5p组(miR-195-5p抑制剂)、9型重组腺相关病... 目的探究微小RNA-195-5p(microRNA-195-5p,miR-195-5p)对心房颤动(atrial fibrillation,AF)大鼠心肌纤维化的影响与机制。方法选择雄性SD大鼠72只,随机分为对照组、AF组、阴性对照组、miR-195-5p组(miR-195-5p抑制剂)、9型重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus serotype 9,rAAV9)组(miR-195-5p抑制剂+rAAV9-阴性对照)、联合组[miR-195-5p抑制剂+rAAV9-小干扰RNA-SMAD同源物(SMAD homolog,Smad)]7,每组12只。除对照组外,其他组大鼠构建AF模型。给予对应干预措施后,进行心电图测试,记录AF发生率和持续时间;HE染色检测心肌组织病理变化;Masson染色检测心肌组织纤维化程度;实时荧光定量聚合酶链反应检测心肌组织miR-195-5p、Smad7mRNA表达;Western blot检测心肌组织转化生长因子β_(1)(transforming growth factor-β_(1),TGF-β_(1))、Smad2、磷酸化Smad2、Smad3、磷酸化Smad3、Smad7、Ⅰ型胶原蛋白(Collagen-Ⅰ)、Ⅲ型胶原蛋白(Collagen-Ⅲ)表达;双荧光素酶实验验证miR-195-5p对Smad7的调控作用。结果与对照组比较,AF组AF发生率(75.0%vs 0)和持续时间[(27.02±2.65)s vs 0s]、胶原容积分数[(14.47±0.89)%vs(2.12±0.35)%]、心肌组织miR-195-5p(3.27±0.21 vs 1.00±0.10)、TGF-β_(1)(0.76±0.08 vs 0.23±0.04)、Collagen-Ⅰ(0.58±0.07 vs 0.20±0.04)、Collagen-Ⅲ(0.46±0.05 vs 0.11±0.02)、磷酸化Smad2/Smad2(0.92±0.10 vs 0.37±0.05)、磷酸化Smad3/Smad3(0.65±0.06 vs 0.14±0.03)表达明显升高,Smad7mRNA(0.32±0.06 vs 1.02±0.09)和Smad7(0.19±0.03 vs 0.58±0.07)表达明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);与AF组和阴性对照组比较,miR-195-5p组AF发生率和持续时间、胶原容积分数、心肌组织miR-195-5p、TGF-β_(1)、Collagen-Ⅰ、Collagen-Ⅲ、磷酸化Smad2/Smad2和磷酸化Smad3/Smad3表达明显降低,Smad7mRNA和蛋白表达明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);与miR-195-5p组和rAAV9组比较,联合组AF发生率和持续时间、胶原容积分数、心肌组织TGF-β_(1)、Collagen-Ⅰ、Collagen-Ⅲ、磷酸化Smad2/Smad2和磷酸化Smad3/Smad3表达明显升高,Smad7mRNA和Smad7表达明显降低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论下调miR-195-5p可能靶向Smad7抑制TGF-β_(1)信号传导,从而减轻AF心肌纤维化。 展开更多
关键词 心房颤动 大鼠 循环微rna 转化生长因子Β SMAD蛋白质类 心肌纤维化 微小rna-195-5p
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血清tRNA-Gly-GCC-1-1在干燥综合征诊断中的临床价值
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作者 史波 陈菲 +2 位作者 刘文静 杨平 李智洋 《临床检验杂志》 2025年第1期25-29,共5页
目的检测并鉴定干燥综合征(SS)患者血清样本中差异表达的tRNA来源的小RNA(tsRNA)标志物,初步探究其在SS患者临床诊断中的潜在应用价值。方法收集南京鼓楼医院风湿科确诊为SS的患者以及年龄、性别相匹配的健康人对照血清样本进行小RNA测... 目的检测并鉴定干燥综合征(SS)患者血清样本中差异表达的tRNA来源的小RNA(tsRNA)标志物,初步探究其在SS患者临床诊断中的潜在应用价值。方法收集南京鼓楼医院风湿科确诊为SS的患者以及年龄、性别相匹配的健康人对照血清样本进行小RNA测序,筛选出差异表达的tsRNA。使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在2组研究对象血清样本中进行验证。采用ROC曲线评估其诊断SS的临床效能。使用KEGG及GO富集分析预测tRNA-Gly-GCC-1-1在SS发生、发展过程中的潜在机制。结果与健康人对照组[13.34(10.45,18.74)fmol/L]相比,SS组血清样本中tRNA-Gly-GCC-1-1[8.82(7.26,12.20)fmol/L]水平显著降低(P<0.0001),其区分SS患者及健康人对照的ROC曲线下面积(AUC^(ROC))为0.766(95%CI:0.671~0.861),当cut-off值为9.97 fmol/L时,其敏感性为83.33%,特异性为64.58%:生物信息分析提示血清tRNA-Gly-GCC-1-1参与了PI3K-Akt等信号通路的调控。结论tRNA-Gly-GCC-1-1在SS患者血清样本中呈显著低表达,具有潜在辅助诊断SS的临床应用价值。 展开更多
关键词 干燥综合征 rna测序 trna来源的小rna 生物学标志物
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雷琼牛和陆丰牛半腱肌的lncRNA表达特征及其在骨骼肌发育和脂肪沉积中的ceRNA网络分析
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作者 陈琼 毛帅翔 +2 位作者 吴龙飞 杨闯 孙宝丽 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1203-1215,共13页
旨在了解长链非编码RNA(lncRNA)调控骨骼肌发育和脂肪沉积的遗传基础,以陆丰牛和雷琼牛的半腱肌作为样本进行转录组分析,挖掘影响骨骼肌发育和脂肪沉积的关键lncRNA。本研究选用年龄为4个月龄,饲养状况相同的雌性雷琼牛和陆丰牛各4头,... 旨在了解长链非编码RNA(lncRNA)调控骨骼肌发育和脂肪沉积的遗传基础,以陆丰牛和雷琼牛的半腱肌作为样本进行转录组分析,挖掘影响骨骼肌发育和脂肪沉积的关键lncRNA。本研究选用年龄为4个月龄,饲养状况相同的雌性雷琼牛和陆丰牛各4头,提取半腱肌的RNA后进行转录组测序,以Q<0.05为阈值筛选出差异基因,并进行GO和KEGG富集分析、lncRNA-miRNA-mRNA调控网络以及顺式靶向调控网络的构建。最后通过RT-qPCR检验差异基因的表达水平,验证测序结果的可靠性。结果显示,以雷琼牛作为对照组,差异表达的lncRNA有146个,其中71个下调,75个上调,差异表达的mRNA有355个,其中180个下调,175个上调,差异表达的miRNA有34个,其中29个下调,5个上调。对lncRNA进行GO富集分析,结果显示其主要富集在了钙激活的钾通道活性、肌动球蛋白收缩环、蛋白激酶A调节亚基结合、肌球蛋白II复合物等,KEGG富集分析结果显示,其主要富集在cGMP-PKG信号通路、RNA转运、Gap连接、胰岛素分泌等通路。根据lncRNA和mRNA的位置关系进行顺式靶向调控作用的预测,筛选到了8个mRNA被7个lncRNA靶向调控,其中DKL 1与肌肉发育相关。然后通过构建ceRNA调控网络,筛选出影响肌肉发育以及脂肪沉积的竞争性调控子网络,其中筛选到与肌肉发育相关的基因有ELN和FBOX 32,与脂肪沉积相关的基因有SLC 27A6和FABP 5。RT-qPCR结果显示,9个差异表达基因的表达水平和转录组测序的表达趋势一致,说明测序结果可靠。本研究发现,雷琼牛和陆丰牛半腱肌中差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA,并发现了一些差异lncRNA、mRNA和miRNA可能存在的调控关系,对于揭示肌肉发育以及肌内脂肪沉积的分子调控机制具有重要意义,也为提高华南黄牛的肉用性能提供理论基础。 展开更多
关键词 雷琼牛 陆丰牛 半腱肌 lncrna rna-SEQ 肉质
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综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型
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作者 刘洋 池晴佳 田菲菲 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期169-177,共9页
目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表... 目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 肝癌 单细胞测序(scrna-Seq) Bulk转录组测序(Bulk rna-Seq) CD8^(+)T细胞 预后模型
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