低温胁迫下烤烟幼苗叶片光合作用和抗氧化能力基因差异表达谱 被引量：16

1

作者 崔翠 王利鹃 +3 位作者 周清元 谭尊飞 曲存民 张正圣 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第21期6076-6089,共14页

对低温(5—7℃)胁迫下烤烟"K326"幼苗叶片光合指标、膜氧化水平及其抗氧化指标进行测定,并利用数字化基因表达谱技术进行基因差异表达分析。低温胁迫后烤烟幼苗叶绿素含量、光合能力显著下降,脯氨酸含量、丙二醛含量上升,超... 对低温(5—7℃)胁迫下烤烟"K326"幼苗叶片光合指标、膜氧化水平及其抗氧化指标进行测定,并利用数字化基因表达谱技术进行基因差异表达分析。低温胁迫后烤烟幼苗叶绿素含量、光合能力显著下降,脯氨酸含量、丙二醛含量上升,超氧化物歧化酶活性、过氧化氢酶活性、抗坏血酸含量和谷胱甘肽含量均显著上升。低温胁迫后有2357个基因发生了显著差异表达,其中1673个基因表达上调、684个基因表达下调,其分子功能、细胞位置和主要代谢过程均涉及光系统、膜氧化系统和抗氧化系统。对涉及到的代谢过程进行分析,结果表明:光合天线蛋白调控基因表达量均显著下降、光合作用的主要调控基因表达量多数表现为显著下调、而与氧化能力相关的谷胱甘肽代谢差异表达基因大多数显著上调。基因差异表达谱分析结果和低温胁迫后叶片光合能力、抗氧化能力生理生态指标测定结果基本一致,为进一步研究低温胁迫对作物的生态影响和研究基因克隆与功能提供基础。 展开更多

关键词 烤烟 低温胁迫 数字化基因表达谱 抗氧化能力

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高温胁迫下坛紫菜的数字基因表达谱研究 被引量：6

2

作者 赖晓娟 严小军 +2 位作者 杨锐 骆其君 陈海敏 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期104-111,共8页

坛紫菜是潮间带重要的经济藻种,对高温、渗透压等逆境具有独特的调控机制。本文采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术研究了坛紫菜在高温胁迫下的基因表达差异,并分析其相应的响应方式;利用实时定量PCR技术对DGE部分数据进行验... 坛紫菜是潮间带重要的经济藻种,对高温、渗透压等逆境具有独特的调控机制。本文采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术研究了坛紫菜在高温胁迫下的基因表达差异,并分析其相应的响应方式;利用实时定量PCR技术对DGE部分数据进行验证;检测了其中较有代表性的应答基因hsp70的差异表达。结果显示,高温胁迫下坛紫菜中有256个unigene上调表达,以HSP、核糖体蛋白L12、延伸因子EF-Tu及部分光合作用相关基因为代表,3 820个unigene下调表达,主要为核酸、蛋白以及糖类等合成代谢相关基因。Gene Ontology分析表明,差异表达基因主要定位于质体等有膜细胞器,参与繁殖和发育过程,行使催化和连接酶活性的功能。Pathway分析显示,这些基因分布于107条pathway中。其中,下调表达基因最显著富集于mRNA监督和RNA转运途径,而上调表达基因部分富集于内质网的蛋白加工、RNA降解及光合作用途径。验证表明此次DGE结果具有较高准确性,hsp70基因对高温响应积极。综上所述,DGE结果反应出,在高温胁迫时,坛紫菜出现基础代谢减慢、合成速度下降、能量合成受阻、碳同化降低等现象,但光合作用前期未受影响,同时补救途径启动。 展开更多

关键词 坛紫菜 高温胁迫 数字基因表达谱(dge) 差异表达基因 响应

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婚飞行为影响中华蜜蜂性成熟处女蜂王的基因表达 被引量：7

3

作者 吴小波 王子龙 +2 位作者 张飞 石元元 曾志将 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期486-493,共8页

婚飞是性成熟处女蜂王与雄蜂交配过程中的一个重要前奏,在该过程中蜂王体内伴随着一系列重要的生理变化。为了探究中华蜜蜂Apis cerana cerana处女蜂王婚飞过程中基因表达变化,本研究利用数字基因表达谱(digital gene expression,DGE)... 婚飞是性成熟处女蜂王与雄蜂交配过程中的一个重要前奏,在该过程中蜂王体内伴随着一系列重要的生理变化。为了探究中华蜜蜂Apis cerana cerana处女蜂王婚飞过程中基因表达变化,本研究利用数字基因表达谱(digital gene expression,DGE)技术分析了中华蜜蜂性成熟处女蜂王飞行与未飞行之间的基因表达差异。经DGE测序,分别从两个样品中获得5.98和6.01百万条Clean标签。通过分析检测到250个基因有差异表达,其中133个基因在飞行蜂王中上调表达,117个基因在飞行蜂王中下调表达。这些差异基因可以归类到348个功能性类别和142个生化途径。结果表明中华蜜蜂性成熟处女蜂王在婚飞过程中大量基因的表达发生了变化。这些结果为进一步研究中华蜜蜂蜂王婚飞过程中生理变化的分子机制提供了重要的基因表达信息。 展开更多

关键词 中华蜜蜂 蜂王 飞行行为 数字基因表达谱 基因表达 婚飞

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高温胁迫下甜玉米雌穗发育基因差异表达谱分析 被引量：12

4

作者 李余良 刘建华 +1 位作者 郑锦荣 胡建广 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期269-279,共11页

利用数字化基因表达谱技术,对高温胁迫下优良甜玉米杂交种粤甜13雌穗发育相关基因的表达谱进行分析。结果表明,在高温胁迫和适温下差异表达基因达949个,其中有上调表达基因705个,下调表达基因244个,上调表达10倍以上的基因108个,下调表... 利用数字化基因表达谱技术,对高温胁迫下优良甜玉米杂交种粤甜13雌穗发育相关基因的表达谱进行分析。结果表明,在高温胁迫和适温下差异表达基因达949个,其中有上调表达基因705个,下调表达基因244个,上调表达10倍以上的基因108个,下调表达10倍以上的基因40个。对差异表达基因功能注释分析表明,它们主要集中在细胞内组分和膜上,主要具催化活性、结合活性、水解酶活性、氧化还原酶活性等,参与代谢、细胞结构与功能、胁迫应答、物质运输和生物调节等生物学过程,推测对雌穗发育过程中籽粒和果穗的形成具有重要作用。这些基因中有一半以上的基因功能未知,下一步将对其开展克隆和功能方面的分析。 展开更多

关键词 甜玉米 高温胁迫 数字化基因表达谱 基因表达 实时定量RT-PCR

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基于数字基因表达谱筛选黄瓜中水杨酸诱导基因 被引量：7

5

作者 刘双 乔禹 +5 位作者 王芳 韩旭 金晓霞 池春玉 于丽杰 丁国华 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期874-884,共11页

本文通过筛选水杨酸诱导黄瓜叶片差异表达基因(DEGs),旨在揭示水杨酸提高黄瓜抗病性机制和信号转导过程。以抗霜霉病黄瓜东农649为试材,无菌培养幼苗至4叶期,喷施5 mmol·L-1的水杨酸,喷施前和喷施后3、12和24 h分别采取叶片,提取总... 本文通过筛选水杨酸诱导黄瓜叶片差异表达基因(DEGs),旨在揭示水杨酸提高黄瓜抗病性机制和信号转导过程。以抗霜霉病黄瓜东农649为试材,无菌培养幼苗至4叶期,喷施5 mmol·L-1的水杨酸,喷施前和喷施后3、12和24 h分别采取叶片,提取总RNA,制备c DNA文库,应用Illumina高通量测序技术对水杨酸处理前后的4个叶片c DNA文库进行差异基因数字表达谱分析。结果表明,SA诱导了多数与叶绿体和细胞壁相关基因的下调表达和多个与抗病相关基因的上调表达,对受体激酶、细胞色素P450、脂氧合酶和脂转运蛋白等信号转导相关基因的表达均有显著影响。本研究获取了丰富有效的数据,初步筛选的DGEs涉及到植物的PCD(程序性细胞死亡)、信号转导、系统获得性抗性(SAR)形成等过程,证实了SA与上述过程有密切关系,为最终揭示SA提高黄瓜抗病性机制奠定了基础。 展开更多

关键词 黄瓜 水杨酸 数字基因表达谱 高通量测序 差异表达基因 系统获得性抗性

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低温胁迫下鹅掌楸抗寒性相关基因的差异表达分析 被引量：8

6

作者 陆畅 李斌 郑勇奇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期25-31,共7页

对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense（Hemsl.）Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明：获得的总... 对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense（Hemsl.）Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明：获得的总RNA样品质量符合实验要求。数字基因表达谱分析结果表明：每个样品的质量控制后序列的总长度均在0.5 Gbp以上,碱基错误率为0.01%,Q20值超过99%,Q30值为96.99%~97.23%,GC含量为44.97%~47.06%,并且每个样品比对成功的序列条数占质量控制后序列总数的百分率均在90%以上。差异表达基因筛选结果显示：共发现9个与鹅掌楸抗寒性有关的差异表达基因,分别为HSP、MYB、NAC、AP2、Zinc finger、WRKY、FAD、Phospholipase和β-amylase基因。实时荧光定量PCR分析结果表明这9个基因共有3种表达模式,其中,HSP和FAD基因的相对表达量均随着温度的降低而减少,表现为基因下调表达;AP2、NAC和Zinc finger基因的相对表达量随着温度的降低而增多,表现为基因上调表达;而β-amylase、WRKY、Phospholipase和MYB基因的相对表达量则表现为4℃时增加、-30℃时减少。从基因的相对表达量来看,最大相对表达量超过5的基因有NAC和WRKY,介于2~5之间的基因有AP2、Zinc finger、β-amylase和MYB,低于2的基因有Phospholipase、HSP和FAD。结果显示NAC和WRKY基因可能在鹅掌楸的抗寒过程中起主要作用。 展开更多

关键词 鹅掌楸 低温胁迫 抗寒性相关基因 数字基因表达谱 差异表达基因 相对表达量

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雌蕊缺失茶树花3个发育期的数字基因表达谱分析 被引量：5

7

作者 李梅 陈林波 +4 位作者 田易萍 夏丽飞 宋维希 梁名志 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-107,共11页

以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因... 以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因和ABCDE类识别基因的A类、C类和E类可能与茶树花的雌蕊缺失和雄蕊发育密切相关,并且基因调控过程较复杂;WUS基因中WUS2和WUS8下调可能调控了C类和E类基因,从而导致雌蕊的缺失;KNOX家族中,未检测到KNOXⅡ的同源基因,KNOX I类同源基因下调表达和缺失可能减弱了茶树花雌蕊心皮的启动和雌蕊边缘组织的生长。可以看出,本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解了雌蕊缺失茶树花发育前后的网络途径,为后期对茶树花雌蕊缺失和雄蕊发育的研究,探明茶树花不育和性别决定基因的分子机制提供理论依据。 展开更多

关键词 茶树花 雌蕊缺失 数字基因表达谱 转录组 花器官调控

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萝卜根径发育候选基因的初步筛选 被引量：4

8

作者 杜雪玲 马媛媛 +3 位作者 程洋洋 何军 宋运贤 余如刚 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期567-577,共11页

为了鉴定调控不同萝卜品种间根大小性状差异的关键基因,利用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对2种根直径大小不同的圆球形萝卜‘扬州圆白’(直径大)和‘萨丁’(直径小)进行差异表达基因分析。测序共获得1 468个差异表达转录... 为了鉴定调控不同萝卜品种间根大小性状差异的关键基因,利用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对2种根直径大小不同的圆球形萝卜‘扬州圆白’(直径大)和‘萨丁’(直径小)进行差异表达基因分析。测序共获得1 468个差异表达转录本。基于基因功能注释分析,共鉴定到参与细胞壁代谢相关的转录本28个,参与蔗糖代谢相关的转录本2个,参与激素合成与信号转导相关的转录本29个。利用RT-qPCR分析对6个细胞壁代谢相关基因的表达模式进行验证,其结果与测序结果基本一致。研究发现参与植物激素合成与激素信号转导相关基因(TIFYs、DELLA、 ERF2和 CYCD3)、蔗糖代谢相关基因( ATBETAFRUCT4和 HK3)和细胞壁代谢相关基因(XTHs、EXPs和COBs)可能是调控‘扬州圆白’和‘萨丁’萝卜根大小品种间差异的关键基因。 展开更多

关键词 数字基因表达谱 萝卜 根 大小 基因

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温湿度变化对茶苗芽萌发基因表达的影响 被引量：2

9

作者 韦康 王丽鸳 +2 位作者 成浩 龚武云 吴立赟 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期109-115,共7页

利用数字基因表达谱技术研究了温湿度变化对秋插茶苗芽萌发基因表达的影响。通过保温棚处理日均温度提高约5.15℃,湿度提高5.10%,两者茶苗芽萌发具有明显差异。比较保温棚与对照芽的基因表达共筛选获得949个差异表达基因,其中503个基因... 利用数字基因表达谱技术研究了温湿度变化对秋插茶苗芽萌发基因表达的影响。通过保温棚处理日均温度提高约5.15℃,湿度提高5.10%,两者茶苗芽萌发具有明显差异。比较保温棚与对照芽的基因表达共筛选获得949个差异表达基因,其中503个基因受保温棚处理诱导上调表达,446个基因下调表达。对差异表达基因进行GO分类分析,在P值<0.01的情况下,有360个基因与14个GO分类匹配。其中7个GO分类与光合作用相关,P值最小的GO分类为光系统,其11个基因均表现为上调表达,说明高温高湿条件具有促进光合相关基因表达的作用。这些结果将为深入研究理解茶苗的生长机制及相关基因的克隆打下基础。 展开更多

关键词 数字表达谱 茶苗 差异表达基因 光合作用

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基于数字表达谱对茶树类黄酮合成、调控相关基因表达的研究 被引量：3

10

作者 韦康 王丽鸳 +2 位作者 成浩 张丽群 冯素花 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期195-203,共9页

利用数字基因表达谱技术研究了茶树类黄酮合成及调控相关基因在花瓣、花粉、休眠芽、萌发芽中的表达情况。结果发现花瓣、休眠芽、萌发芽中类黄酮合成基因大量表达,而花粉中类黄酮合成基因表达量极少,这与茶树中类黄酮物质的分布规律一... 利用数字基因表达谱技术研究了茶树类黄酮合成及调控相关基因在花瓣、花粉、休眠芽、萌发芽中的表达情况。结果发现花瓣、休眠芽、萌发芽中类黄酮合成基因大量表达,而花粉中类黄酮合成基因表达量极少,这与茶树中类黄酮物质的分布规律一致。同时本研究在类黄酮调控相关MYB、bHLH、MADS、GST、WD40、Homeodomain基因家族中找到12个基因可能与花瓣中类黄酮物质合成调控有关,9个基因可能与芽中类黄酮物质合成调控有关。这些研究结果将为深入解析茶树类黄酮合成、调控机理打下基础。 展开更多

关键词 数字表达谱 茶树 类黄酮合成 调控

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高温高湿胁迫下家蚕不同耐受性品种的中肠组织数字基因表达谱分析 被引量：3

11

作者 李庆荣 肖阳 +6 位作者 叶明强 李丽 邢东旭 罗国庆 郑茜 吴福泉 杨琼 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期620-628,共9页

家蚕属于变温动物,环境温度和湿度对其生长发育有很大影响。选择一对高温高湿耐受性差异显著的家蚕品种932和皓月作为试验材料,采用高通量测序的方法,鉴定2个品种5龄幼虫经高温高湿(35℃±0.5℃,RH 95%±2%)处理后中肠组织中转... 家蚕属于变温动物,环境温度和湿度对其生长发育有很大影响。选择一对高温高湿耐受性差异显著的家蚕品种932和皓月作为试验材料,采用高通量测序的方法,鉴定2个品种5龄幼虫经高温高湿(35℃±0.5℃,RH 95%±2%)处理后中肠组织中转录水平呈现差异的基因,初步分析这些差异基因参与的相关代谢途径,为探究家蚕品种耐高温高湿的分子机制积累基础信息。在正常环境条件下饲养,2个品种的5龄幼虫中肠组织中有552个表达差异显著的基因,这些差异表达基因共分布于44个GO功能注释小类中,与对高温高湿耐受性较差的皓月相比,对高温高湿耐受性较强的932幼虫,其中肠中与神经突触、抗氧化活性、电子载体活性和受体活性相关的基因高表达。与正常环境条件下饲养相比,在高温高湿环境胁迫下饲养,932与皓月的5龄幼虫中肠中分别有303和276个差异表达基因。通过KEGG Pathway显著性富集分析发现,932的差异表达基因在氧化磷酸化、蛋白质消化与吸收、氨基酸代谢及谷胱甘肽代谢等途径显著富集;皓月的差异表达基因在胰腺分泌、蛋白质消化与吸收、细菌与病毒侵染、m TOR信号等途径显著富集。鉴定的中肠差异表达基因可能与高温高湿胁迫下家蚕体内的生理生化反应及代谢变化等有关。 展开更多

关键词 家蚕 中肠 数字基因表达谱 高温高湿胁迫 差异表达基因 功能分类 实时荧光定量PCR

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核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)诱导的桑树差异表达基因及功能分析 被引量：3

12

作者 殷培峰 郑必平 +2 位作者 曾其伟 何宁佳 谈建中 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期898-904,共7页

桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代... 桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代谢途径。在感染和未感染核盘菌的桑树幼果样品之间检测到了显著差异表达基因1 226个(上调表达基因1 088个,下调表达基因138个),其中包含33类172个抗性相关基因,35类112个转录因子基因。生物信息学分析发现,显著差异表达基因显著富集于4个细胞组分(胞外区、细胞壁、外部封装结构、质外体)、6种分子功能(抗氧化活性、酶催化活性、酶调节活性、核酸结合转录因子活性、营养物质代谢、翻译调控活性等)和6个代谢通路(亚油酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、植物-病原互作、苯丙氨酸代谢、芳香族氨基酸生物合成、糖类次生代谢产物生物合成)。选取可能与桑树对核盘菌感染应答相关的Fbox等5个基因作为目的基因,进行实时荧光定量PCR检测验证,检测数据与RNA-seq表达谱的分析结果基本一致。研究结果为阐释桑树应答核盘菌侵染的分子机制积累了基础数据。 展开更多

关键词 桑树 桑椹菌核病 核盘菌 数字表达谱 基因差异表达 功能注释 KEGG信号通路 实时荧光定量PCR

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高温胁迫下油菜籽粒成熟期基因差异表达分析 被引量：3

13

作者 李超 荐红举 +1 位作者 刘列钊 李加纳 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期19-25,共7页

利用数字化基因表达谱技术,对花后不同时期及不同环境温度条件下差异表达基因进行统计分析.将3份甘蓝型油菜于开花后20d移入到40℃高温和低温2个环境,分别处理12d和25d后取角果种子提取RNA,对花后不同时期及不同环境温度条件下差异表达... 利用数字化基因表达谱技术,对花后不同时期及不同环境温度条件下差异表达基因进行统计分析.将3份甘蓝型油菜于开花后20d移入到40℃高温和低温2个环境,分别处理12d和25d后取角果种子提取RNA,对花后不同时期及不同环境温度条件下差异表达基因进行统计分析.结果再以低温条件为对照,在高温下花后32d共检测出968个差异表达基因,其中上调表达基因为501个,下调表达基因为467个;在花后45d检测到1064个差异表达基因,其中上调表达基因为274个,下调表达基因为790个.结果表明,随着角果成熟,绝大多数基因的表达量减少,少数表达量显著上升的基因值得关注,它们可能与角果储藏物质的合成和角果成熟有关;在籽粒充实的高峰期(花后32d),高温胁迫下上调表达的基因较多,其中可能有一部分基因与环境应答有关.本研究结果与前人的结果在一定程度相似,表明本研究所采用的研究方法是可行的,获得的与环境胁迫相关基因为后续研究奠定了基础. 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 高温胁迫 籽粒成熟期 数字化基因表达谱 基因差异表达

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脂多糖活化巨噬细胞的数字基因表达谱分析 被引量：2

14

作者 宣荣荣 陈海敏 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期971-977,共7页

目的研究巨噬细胞经脂多糖(LPS)处理后基因表达谱的变化。方法 LPS 0.01 mg·L-1作用RAW264.7细胞24 h,应用数字基因表达谱(DGE)技术筛选差异表达基因,分析差异基因富集的Gene ontology(GO)功能和Kyoto encyclopoedia of genes and ... 目的研究巨噬细胞经脂多糖(LPS)处理后基因表达谱的变化。方法 LPS 0.01 mg·L-1作用RAW264.7细胞24 h,应用数字基因表达谱(DGE)技术筛选差异表达基因,分析差异基因富集的Gene ontology(GO)功能和Kyoto encyclopoedia of genes and genomes(KEGG)信号通路,并通过定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 LPS处理后,共有1959个基因差异表达,其中上调974个,下调985个。GO分析显示,差异表达基因主要发挥蛋白结合和催化活性等分子功能,以及调节细胞过程、对环境刺激的反应和免疫系统等生物学功能。信号通路分析显示,显著富集的途径与炎症、免疫系统和癌症等疾病密切相关。结论 DGE技术验证了LPS介导炎症反应的NF-κB、丝裂原激活蛋白激酶和Jak-STAT 3条主要的信号转导途径,发现了细胞周期、细胞凋亡和细胞外识别等新的途径。 展开更多

关键词 脂多糖 巨噬细胞 数字基因表达谱 炎症

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杜仲叶片不同发育时期数字基因表达谱分析 被引量：1

15

作者 荆腾 王淋 +1 位作者 乌云塔娜 杜红岩 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期257-265,共9页

为在转录水平解析杜仲叶片发育过程中的基因表达模式,该研究通过数字基因表达谱技术对‘华仲6号’杜仲叶片从展叶(4月)到落叶(10月)不同发育时期的基因表达水平进行比较分析,共获得差异基因3 002个,其中1 764个表达量上调,1 238个下调,... 为在转录水平解析杜仲叶片发育过程中的基因表达模式,该研究通过数字基因表达谱技术对‘华仲6号’杜仲叶片从展叶(4月)到落叶(10月)不同发育时期的基因表达水平进行比较分析,共获得差异基因3 002个,其中1 764个表达量上调,1 238个下调,这些差异表达基因主要行使催化、氧化还原等功能,参与代谢过程和生物过程等;进一步Pathway富集分析发现,苯丙素类生物合成途径相关基因被富集,其中调控绿原酸合成的6个基因差异表达显著;对这些基因表达模式进行分析显示,4月中旬和9月中旬基因的表达量较高,暗示这两个时期对于绿原酸的合成具有重要作用。荧光定量RT-PCR检测6个绿原酸合成相关基因和12个随机选择的差异表达基因,验证结果显示表达谱测序结果可靠。该研究结果为揭示杜仲叶片在不同发育时期的分子调控机制奠定了基础,并为深入解析杜仲绿原酸合成机理,进而通过分子育种手段提高杜仲绿原酸含量提供新的路径。 展开更多

关键词 杜仲叶片 数字基因表达谱 差异基因 绿原酸

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利用数字基因表达谱对鸡卵泡发育相关基因的筛选 被引量：1

16

作者 朱桂玉 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2014年第10期117-122,共6页

为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的基因有1 ... 为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的基因有1 526个。基因表达差异倍数达到5倍以上的上调基因包括PTGS1、TEK、VEGF-A、MMP-3、CDK1等;下调基因包括β-catenin、ZO-1、Nectin-3、PTPX15、Gadd45等。对差异表达基因进行基因本体(GO)生物学分析和信号通路显著富集分析发现,差异表达的基因所编码的蛋白主要参与生物学催化反应、分子连接、转移酶活性、水解等生物学过程;主要与细胞黏合通路、p53信号通路、蛋白合成通路及细胞周期通路等信号通路有关。对卵泡发育过程中的基质金属蛋白酶家族(MMPs)的MMP-3与MMP-9基因表达变化进行测定发现,MMP-3基因表达量在卵泡发育过程中显著升高,排卵后的卵泡中显著下降;MMP-9基因表达量则持续显著升高,在排卵后第2天的卵泡中下降,但下降不明显。 展开更多

关键词 鸡 卵泡 数字基因表达谱 差异表达基因 基质金属蛋白酶

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公鸡弱精症相关候选基因的表达分析 被引量：5

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作者 富丽 孙研研 +5 位作者 薛夫光 刘冉冉 白皓 常国斌 陈国宏 陈继兰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期889-895,共7页

为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北... 为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北京油鸡公鸡,进行为期4周的精液品质检测,从中筛出弱精及正常个体各15只。采用RT-qPCR对这6个候选基因在两组个体的睾丸组织的表达量进行相对定量检测。结果发现,COX7B、PTGDS在弱精组个体睾丸的表达量显著高于正常个体(P<0.01),WNT2、hPGDS、CCNF在弱精组个体的表达量显著低于正常个体(P<0.05),SPAG6在两组睾丸中的表达量没有显著差异,该结果与DGE的结果相吻合。通过DGE筛选出与弱精症相关的6个候选基因的表达模式在本研究的群体中得到进一步验证,可作为公鸡弱精症的重要候选基因,进一步进行功能分析与验证,为揭示公鸡弱精症的发病机理提供依据。 展开更多

关键词 弱精症 候选基因 睾丸 数字基因表达谱 实时荧光定量PCR

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高通量基因表达谱的应用 被引量：4

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作者 胡红柳 侯晓明 +2 位作者 曲波 高学军 李庆章 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2012年第12期40-43,共4页

基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特... 基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特点,并对其在作物科学、动物科学和乳品科学中的应用做了简要列举。 展开更多

关键词 基因表达谱 高通量 基因芯片 数字基因表达谱

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大豆响应低磷胁迫的数字基因表达谱分析 被引量：5

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作者 姚敏磊 张璟曜 +5 位作者 周汐 韩少怀 谢凤斌 朱月林 盖钧镒 杨守萍 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期213-221,共9页

以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因... 以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因有12个。GO功能显著性富集分析表明,有25个差异表达基因在蛋白、核酸等生物大分子代谢、次生代谢和酶活性调节等过程中表现为富集。KEGG代谢通路分析表明仅有1个过氧化物酶超蛋白家族基因参与到苯丙合成、苯丙氨酸代谢和次生代谢产物合成等次生代谢途径中。综合分析表明:通过光合作用相关酶类活性的调节控制光合作用速率从而影响次生代谢途径可能是大豆适应低磷胁迫的主要途径。以上结果为大豆响应低磷胁迫相关分子机制的深入研究和功能基因的筛选奠定了基础。 展开更多

关键词 大豆 低磷胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因

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灰葡萄孢BcPDR1基因差异表达基因的筛选和鉴定 被引量：4

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作者 刘晓颖 吴艳丽 +5 位作者 李白 袁雪梅 曹宏哲 张康 邢继红 董金皋 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期69-75,共7页

灰葡萄孢BcPDR1基因在病菌生长发育和致病过程中发挥重要作用,但其具体的分子机制尚未明确。本研究利用数字基因表达谱技术(Digital Gene Expression Profiling, DGE),获得了933个受BcPDR1基因影响的差异表达基因,GO富集分析发现差异表... 灰葡萄孢BcPDR1基因在病菌生长发育和致病过程中发挥重要作用,但其具体的分子机制尚未明确。本研究利用数字基因表达谱技术(Digital Gene Expression Profiling, DGE),获得了933个受BcPDR1基因影响的差异表达基因,GO富集分析发现差异表达基因主要集中在细胞过程、新陈代谢过程、细胞组分和催化作用等方面。利用数字基因表达谱数据,获得了14个差异表达的胞壁降解酶基因;热图分析和Real-time PCR分析发现,14个胞壁降解酶基因在突变体BCt89和ΔBcPDR1中的表达水平被明显上调或下调,确定了BcPDR1基因对胞壁降解酶基因的正负调控作用。试验结果为进一步阐明BcPDR1调控灰葡萄孢致病力的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 灰葡萄孢 BcPDR1 数字基因表达谱 细胞壁降解酶 REAL-TIME PCR

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