分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR...分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。展开更多
海蜇(Rhopilema esculentum)是我国重要的海洋经济动物,具有独特的生活史,其中无性繁殖螅状体阶段持续时间最长,约占整个生活史周期的60%,是海蜇生长发育的关键阶段。本研究利用Illumina HiSeq测序技术对具有16条、20条和24条触手的螅...海蜇(Rhopilema esculentum)是我国重要的海洋经济动物,具有独特的生活史,其中无性繁殖螅状体阶段持续时间最长,约占整个生活史周期的60%,是海蜇生长发育的关键阶段。本研究利用Illumina HiSeq测序技术对具有16条、20条和24条触手的螅状体进行转录组测序,共获得789.23 M reads,拼接得到116501条unigenes,检测到超过1.1 M SNP位点、4858个SSR位点和2580个差异表达标签(DEGs)。差异表达基因KEGG富集结果表明,螅状体触手数目与蛋白质、葡萄糖、丙氨酸、甘氨酸和苏氨酸等多个氨基酸代谢通路相关,且触手数目越多的螅状体代谢水平越高。显著差异表达基因分析显示,表皮生长因子(egfr)、RNA结合基序蛋白、rbm46基因、蛋白磷酸酶2A(pp2a)、T-box基因、新生多态相关复合体α(naca)和hox基因随着触手数目的增加上调表达;细胞色素P450和超氧化物歧化酶1(sod1)基因下调表达。本实验结果可为螅状体触手数目分化个体的生长发育及差异形成相关基因的挖掘与功能研究提供基础信息,也为海蜇无性繁殖阶段人工选育提供重要参考。展开更多
【目的】绿原酸是杜仲叶片质量评价的指标性成分,具有抗菌消炎、抗氧化、抗肿瘤及抗肝炎等多种药用价值。本研究在鉴定和挖掘参与调控杜仲叶片绿原酸生物合成的代谢通路及关键基因,为进一步深入解析杜仲叶片绿原酸形成的分子机制提供参...【目的】绿原酸是杜仲叶片质量评价的指标性成分,具有抗菌消炎、抗氧化、抗肿瘤及抗肝炎等多种药用价值。本研究在鉴定和挖掘参与调控杜仲叶片绿原酸生物合成的代谢通路及关键基因,为进一步深入解析杜仲叶片绿原酸形成的分子机制提供参考。【方法】以内蒙古自治区包头市4月、7月和10月的杜仲叶片为材料,通过高效液相色谱法(HPLC)测定不同时期的杜仲叶片绿原酸含量,利用转录组测序的方法鉴定差异表达基因。【结果】杜仲叶片绿原酸含量从4月至7月再到10月,随着叶片发育呈现先上升后下降趋势。通过转录组测序共得到58.06 Gb Clean data,鉴定到11 689个基因,在T1 vs T2、T1 vs T3和T2 vs T3 3组比较中,下调表达基因数量均高于上调表达基因数量。KEGG富集分析和GO富集分析,均有绿原酸合成相关富集。Kmeans趋势表达将基因划分为10个模块,其中Class4、Class8和Class10中的基因表达量变化趋势与绿原酸含量变化趋势相一致,从Class4、Class8和Class10中鉴定出2个酶,9个基因与绿原酸生物合成相关,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果与RNA-seq结果一致。【结论】杜仲叶片中绿原酸含量随着叶片发育呈现先增加后降低趋势。展开更多
[目的]探究枸杞果实不同发育时期转录水平上的基因表达变化,筛选类胡萝卜素生物合成相关差异表达基因(DEGs),为揭示枸杞果实在不同发育阶段类胡萝卜素含量差异的分子机制及枸杞分子育种提供理论参考。[方法]通过Illumina NovaSeq 6000...[目的]探究枸杞果实不同发育时期转录水平上的基因表达变化,筛选类胡萝卜素生物合成相关差异表达基因(DEGs),为揭示枸杞果实在不同发育阶段类胡萝卜素含量差异的分子机制及枸杞分子育种提供理论参考。[方法]通过Illumina NovaSeq 6000高通量测序技术,分析青果期(YD)、转色期(ZD)和成熟期(XD)的杞鑫1号枸杞果实转录谱,以|log_(2)Fold Change|≥1,且错误发现率(FDR)<0.05为标准筛选DEGs,结合KEGG、GO、KOG、NR等数据库注释信息和PubMed数据库文献,筛选出与类胡萝卜素代谢合成相关的DEGs。测定不同发育期枸杞果实类胡萝卜素含量。采用实时荧光定量PCR验证8个DEGs转录组数据的可靠性。[结果]YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组中DEGs总数分别为6480、1497和7781个,其中分别有3946、827和2888个DEGs上调表达,2534、670和4893个下调表达。3个果实发育期共有234个DEGs。GO功能注释结果显示,在YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组,分别有1700、579和1657个DEGs被注释到生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三大功能类别。3个比较组的KEGG信号通路均主要集中在代谢途径和次生代谢物生物合成过程中。从YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组3个比较组中分别挖掘到50、18和68个与功效成分相关的DEGs,参与类胡萝卜素合成途径的DEGs有34个,其中在YD vs ZD组、YD vs XD和ZD vs XD组分别富集到12、5和17个。杞鑫1号枸杞3个发育时期的果实均含有类胡萝卜素,随杞鑫1号枸杞果实发育,类胡萝卜素含量整体呈先下降后增加的变化趋势,YD、ZD和XD果实中类胡萝卜素含量分别为0.35、0.25和1.20 mg/g。PSY、PDS、ZDS、CHYB和Z-ISO 5个类胡萝卜素合成途径关键酶基因在YD和XD的表达量均高于100。类胡萝卜素合成代谢的关键酶基因PSY、PDS、ZDS和CHYB高表达,而类胡萝卜素分解代谢相关酶基因ZEP和NCED低表达。8个DEGs在杞鑫1号果实中的相对表达量与转录组测序结果基本一致。[结论]在杞鑫1号枸杞青果期和成熟期,类胡萝卜代谢途径中类胡萝卜素合成途径的关键酶基因PSY、PDS、ZDS、CHYB高水平表达而类胡萝卜素分解代谢相关的基因ZEP、NCED表达量较低,这些基因协同促进杞鑫1号枸杞成熟期果实中玉米黄质、β-胡萝卜素等类胡萝卜素的大量合成。展开更多
【目的】鉴定筛选出与疣吻沙蚕性腺发育相关的候选基因及信号通路,揭示其性别分化及变态的分子调控机制,为疣吻沙蚕大规模人工繁育技术的突破提供理论依据。【方法】以成熟雄性(M)、成熟雌性(F)和未变态疣吻沙蚕(R)为研究对象,通过Illum...【目的】鉴定筛选出与疣吻沙蚕性腺发育相关的候选基因及信号通路,揭示其性别分化及变态的分子调控机制,为疣吻沙蚕大规模人工繁育技术的突破提供理论依据。【方法】以成熟雄性(M)、成熟雌性(F)和未变态疣吻沙蚕(R)为研究对象,通过Illumina NovaSeq 6000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据FoldChange≥2且错误发现率(FDR)<0.01的筛选标准,通过DESeq2筛选出差异表达基因(DEGs),然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并以实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】经转录组测序从9个疣吻沙蚕样品中获得46891条Unigenes,在COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、TrEMBL、eggNOG和Nr等9个主要功能数据库中有27878条Unigenes得到注释。依据筛选标准,共筛选出1798个DEGs,其中,M vs F组有349个DEGs,R vs F组有1090个DEGs,R vs M组有359个DEGs。GO功能注释分析发现,DEGs主要注释到细胞、细胞部分、结合、细胞过程、单生物过程等GO功能条目;KEGG信号通路富集分析结果表明,DEGs主要富集在氧化磷酸化、花生四烯酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸代谢等信号通路上。综合DEGs的KEGG信号通路富集分析及Nr数据库BLASTx比对分析,最终筛选出DMRT1、SOX7、HSP90、CALM等14个与疣吻沙蚕性腺发育相关的DEGs。实时荧光定量PCR检测的目的基因表达趋势与转录组测序分析结果基本一致,进一步证实转录组测序结果的准确性。【结论】疣吻沙蚕的性腺发育和成熟机制与多基因发挥功能及多个信号通路相关,包括雄性个体偏向MT-CYB、HSP60和DNAH5等基因,雌性个体偏向HSP90、SOX7和COL1A1等基因,以及氧化磷酸化、花生四烯酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸代谢等与性腺发育相关的信号通路。展开更多
文摘分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。
文摘海蜇(Rhopilema esculentum)是我国重要的海洋经济动物,具有独特的生活史,其中无性繁殖螅状体阶段持续时间最长,约占整个生活史周期的60%,是海蜇生长发育的关键阶段。本研究利用Illumina HiSeq测序技术对具有16条、20条和24条触手的螅状体进行转录组测序,共获得789.23 M reads,拼接得到116501条unigenes,检测到超过1.1 M SNP位点、4858个SSR位点和2580个差异表达标签(DEGs)。差异表达基因KEGG富集结果表明,螅状体触手数目与蛋白质、葡萄糖、丙氨酸、甘氨酸和苏氨酸等多个氨基酸代谢通路相关,且触手数目越多的螅状体代谢水平越高。显著差异表达基因分析显示,表皮生长因子(egfr)、RNA结合基序蛋白、rbm46基因、蛋白磷酸酶2A(pp2a)、T-box基因、新生多态相关复合体α(naca)和hox基因随着触手数目的增加上调表达;细胞色素P450和超氧化物歧化酶1(sod1)基因下调表达。本实验结果可为螅状体触手数目分化个体的生长发育及差异形成相关基因的挖掘与功能研究提供基础信息,也为海蜇无性繁殖阶段人工选育提供重要参考。
文摘【目的】绿原酸是杜仲叶片质量评价的指标性成分,具有抗菌消炎、抗氧化、抗肿瘤及抗肝炎等多种药用价值。本研究在鉴定和挖掘参与调控杜仲叶片绿原酸生物合成的代谢通路及关键基因,为进一步深入解析杜仲叶片绿原酸形成的分子机制提供参考。【方法】以内蒙古自治区包头市4月、7月和10月的杜仲叶片为材料,通过高效液相色谱法(HPLC)测定不同时期的杜仲叶片绿原酸含量,利用转录组测序的方法鉴定差异表达基因。【结果】杜仲叶片绿原酸含量从4月至7月再到10月,随着叶片发育呈现先上升后下降趋势。通过转录组测序共得到58.06 Gb Clean data,鉴定到11 689个基因,在T1 vs T2、T1 vs T3和T2 vs T3 3组比较中,下调表达基因数量均高于上调表达基因数量。KEGG富集分析和GO富集分析,均有绿原酸合成相关富集。Kmeans趋势表达将基因划分为10个模块,其中Class4、Class8和Class10中的基因表达量变化趋势与绿原酸含量变化趋势相一致,从Class4、Class8和Class10中鉴定出2个酶,9个基因与绿原酸生物合成相关,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果与RNA-seq结果一致。【结论】杜仲叶片中绿原酸含量随着叶片发育呈现先增加后降低趋势。
文摘[目的]探究枸杞果实不同发育时期转录水平上的基因表达变化,筛选类胡萝卜素生物合成相关差异表达基因(DEGs),为揭示枸杞果实在不同发育阶段类胡萝卜素含量差异的分子机制及枸杞分子育种提供理论参考。[方法]通过Illumina NovaSeq 6000高通量测序技术,分析青果期(YD)、转色期(ZD)和成熟期(XD)的杞鑫1号枸杞果实转录谱,以|log_(2)Fold Change|≥1,且错误发现率(FDR)<0.05为标准筛选DEGs,结合KEGG、GO、KOG、NR等数据库注释信息和PubMed数据库文献,筛选出与类胡萝卜素代谢合成相关的DEGs。测定不同发育期枸杞果实类胡萝卜素含量。采用实时荧光定量PCR验证8个DEGs转录组数据的可靠性。[结果]YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组中DEGs总数分别为6480、1497和7781个,其中分别有3946、827和2888个DEGs上调表达,2534、670和4893个下调表达。3个果实发育期共有234个DEGs。GO功能注释结果显示,在YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组,分别有1700、579和1657个DEGs被注释到生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三大功能类别。3个比较组的KEGG信号通路均主要集中在代谢途径和次生代谢物生物合成过程中。从YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组3个比较组中分别挖掘到50、18和68个与功效成分相关的DEGs,参与类胡萝卜素合成途径的DEGs有34个,其中在YD vs ZD组、YD vs XD和ZD vs XD组分别富集到12、5和17个。杞鑫1号枸杞3个发育时期的果实均含有类胡萝卜素,随杞鑫1号枸杞果实发育,类胡萝卜素含量整体呈先下降后增加的变化趋势,YD、ZD和XD果实中类胡萝卜素含量分别为0.35、0.25和1.20 mg/g。PSY、PDS、ZDS、CHYB和Z-ISO 5个类胡萝卜素合成途径关键酶基因在YD和XD的表达量均高于100。类胡萝卜素合成代谢的关键酶基因PSY、PDS、ZDS和CHYB高表达,而类胡萝卜素分解代谢相关酶基因ZEP和NCED低表达。8个DEGs在杞鑫1号果实中的相对表达量与转录组测序结果基本一致。[结论]在杞鑫1号枸杞青果期和成熟期,类胡萝卜代谢途径中类胡萝卜素合成途径的关键酶基因PSY、PDS、ZDS、CHYB高水平表达而类胡萝卜素分解代谢相关的基因ZEP、NCED表达量较低,这些基因协同促进杞鑫1号枸杞成熟期果实中玉米黄质、β-胡萝卜素等类胡萝卜素的大量合成。
文摘【目的】鉴定筛选出与疣吻沙蚕性腺发育相关的候选基因及信号通路,揭示其性别分化及变态的分子调控机制,为疣吻沙蚕大规模人工繁育技术的突破提供理论依据。【方法】以成熟雄性(M)、成熟雌性(F)和未变态疣吻沙蚕(R)为研究对象,通过Illumina NovaSeq 6000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据FoldChange≥2且错误发现率(FDR)<0.01的筛选标准,通过DESeq2筛选出差异表达基因(DEGs),然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并以实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】经转录组测序从9个疣吻沙蚕样品中获得46891条Unigenes,在COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、TrEMBL、eggNOG和Nr等9个主要功能数据库中有27878条Unigenes得到注释。依据筛选标准,共筛选出1798个DEGs,其中,M vs F组有349个DEGs,R vs F组有1090个DEGs,R vs M组有359个DEGs。GO功能注释分析发现,DEGs主要注释到细胞、细胞部分、结合、细胞过程、单生物过程等GO功能条目;KEGG信号通路富集分析结果表明,DEGs主要富集在氧化磷酸化、花生四烯酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸代谢等信号通路上。综合DEGs的KEGG信号通路富集分析及Nr数据库BLASTx比对分析,最终筛选出DMRT1、SOX7、HSP90、CALM等14个与疣吻沙蚕性腺发育相关的DEGs。实时荧光定量PCR检测的目的基因表达趋势与转录组测序分析结果基本一致,进一步证实转录组测序结果的准确性。【结论】疣吻沙蚕的性腺发育和成熟机制与多基因发挥功能及多个信号通路相关,包括雄性个体偏向MT-CYB、HSP60和DNAH5等基因,雌性个体偏向HSP90、SOX7和COL1A1等基因,以及氧化磷酸化、花生四烯酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸代谢等与性腺发育相关的信号通路。
