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卵巢癌差异表达基因2氨基端PID结构域相互作用蛋白的筛选
被引量：
1
1
作者
刘淑娟
辛晓燕
+1 位作者
吴元明
杨力军
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
2006年第5期353-357,共5页
目的筛选人卵巢癌差异表达基因2(differentiallyexpressedinovariancancer2,DOC-2)氨基端磷酸酪氨酸作用结构域PID(nDOC-2)的相互作用蛋白质,为研究DOC-2作用的信号通路提供线索。方法将含有人DOC-2氨基端PID结构域cDNA的片段插入酵母...
目的筛选人卵巢癌差异表达基因2(differentiallyexpressedinovariancancer2,DOC-2)氨基端磷酸酪氨酸作用结构域PID(nDOC-2)的相互作用蛋白质,为研究DOC-2作用的信号通路提供线索。方法将含有人DOC-2氨基端PID结构域cDNA的片段插入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母菌AH109并在其内表达,然后转化人胎脑cDNA文库,在营养缺陷培养基和X-α-半乳糖苷酶(X-α-gal)上进行双重筛选阳性克隆,PCR扩增出目的片段并测序,进行生物学分析,寻找与DOC-2氨基端PID结构域蛋白相互作用的蛋白质。结果经过扩增和筛选胎脑cDNA文库,排除假阳性克隆,得到21个侯选阳性克隆,其中3个克隆进行了序列分析,它们是Amyloidbeta(A4)precursor-likeprotein1(APLP1)、TGFβⅢ型受体的部分mRNA和protocadheringammasubfamilyC3(PCDHGC3)。结论获得的3个基因编码的蛋白可能参与了DOC-2的信号转导通路,为研究DOC-2在卵巢癌基因治疗中的作用提供了新的思路。
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关键词
人卵巢癌差异表达基因
2
磷酸酪氨酸作用结构域
酵母双杂交
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职称材料
COVID-19与SSc-ILD相关性研究
2
作者
周彦
江竞舟
《深圳大学学报（理工版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期171-178,共8页
与系统性硬化症相关间质性肺病(interstitial lung disease associated with systemic sclerosis,SScILD)类似,重症新型冠状肺炎疾病(corona virus disease 2019,COVID-19)患者可能会出现肺部纤维化的临床症状.为研究这2种疾病的病理标...
与系统性硬化症相关间质性肺病(interstitial lung disease associated with systemic sclerosis,SScILD)类似,重症新型冠状肺炎疾病(corona virus disease 2019,COVID-19)患者可能会出现肺部纤维化的临床症状.为研究这2种疾病的病理标志物,利用Beta-Poisson模型鉴定差异表达基因捕捉核糖核酸测序(ribonucleic acid sequencing,RNA-Seq)数据的双峰特征.通过引入Beta-Poisson模型,即用Beta分布替换Gamma-Poisson分布的Gamma分布,构建新的混合分布刻画RNA-Seq数据中双峰特征.分析肺上皮细胞数据集中的新型冠状病毒感染和SSc-ILD疾病的转录组,确定新型冠状病毒和SSc-ILD的共同差异表达基因,使用基因功能与信号通路富集分析和蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络为患有新冠肺炎感染的SSc-ILD疾病找到共同的途径和药物靶点.结果表明,COVID-19和SSc-ILD有50个共同的差异表达基因,这些基因功能主要富集在免疫系统应答和干扰素信号通路等相关信号通路,并且富集在细胞对病毒防御反应和干扰素调节等生物学过程.基于PPI网络检测出hub基因,预测STAT1、ISG15、IRF7、MX1、EIF2AK2、DDX58、OAS1、OAS2、IFIT1和IFIT3是涉及两种疾病的病理表型关键基因.基于关键基因又鉴别了转录因子(transcription factor,TF)、小分子核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNA)与常见差异表达基因的相互作用.研究结果揭示了COVID-19和SSc-ILD两种疾病的病理标志物,以及相关的疾病治疗分子调控机制,可为治疗两种疾病提供理论研究依据.
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关键词
生物信息学
多元统计
差异表达基因
新冠病毒
系统性硬化症相关间质性肺病
Beta-Poisson模型
富集分析
蛋白质-蛋白质相互作用
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职称材料
题名
卵巢癌差异表达基因2氨基端PID结构域相互作用蛋白的筛选
被引量：
1
1
作者
刘淑娟
辛晓燕
吴元明
杨力军
机构
第四军医大学西京医院妇产科
第四军医大学基础医学部病理生理学教研室
第四军医大学西京医院泌尿外科
出处
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
2006年第5期353-357,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.30500538)
文摘
目的筛选人卵巢癌差异表达基因2(differentiallyexpressedinovariancancer2,DOC-2)氨基端磷酸酪氨酸作用结构域PID(nDOC-2)的相互作用蛋白质,为研究DOC-2作用的信号通路提供线索。方法将含有人DOC-2氨基端PID结构域cDNA的片段插入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母菌AH109并在其内表达,然后转化人胎脑cDNA文库,在营养缺陷培养基和X-α-半乳糖苷酶(X-α-gal)上进行双重筛选阳性克隆,PCR扩增出目的片段并测序,进行生物学分析,寻找与DOC-2氨基端PID结构域蛋白相互作用的蛋白质。结果经过扩增和筛选胎脑cDNA文库,排除假阳性克隆,得到21个侯选阳性克隆,其中3个克隆进行了序列分析,它们是Amyloidbeta(A4)precursor-likeprotein1(APLP1)、TGFβⅢ型受体的部分mRNA和protocadheringammasubfamilyC3(PCDHGC3)。结论获得的3个基因编码的蛋白可能参与了DOC-2的信号转导通路,为研究DOC-2在卵巢癌基因治疗中的作用提供了新的思路。
关键词
人卵巢癌差异表达基因
2
磷酸酪氨酸作用结构域
酵母双杂交
Keywords
human
differentially
expressed
in
ovarian
cancer 2 gene （DOC-2）
phosphotyrosine
interact
ing domain （PID）
yeast two-hybrid system
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
COVID-19与SSc-ILD相关性研究
2
作者
周彦
江竞舟
机构
深圳大学数学与统计学院
南方科技大学理学院
出处
《深圳大学学报（理工版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期171-178,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(12071305,11871390,11871411)
广东省自然科学基金资助项目(2023A1515011399,2020B1515310008)。
文摘
与系统性硬化症相关间质性肺病(interstitial lung disease associated with systemic sclerosis,SScILD)类似,重症新型冠状肺炎疾病(corona virus disease 2019,COVID-19)患者可能会出现肺部纤维化的临床症状.为研究这2种疾病的病理标志物,利用Beta-Poisson模型鉴定差异表达基因捕捉核糖核酸测序(ribonucleic acid sequencing,RNA-Seq)数据的双峰特征.通过引入Beta-Poisson模型,即用Beta分布替换Gamma-Poisson分布的Gamma分布,构建新的混合分布刻画RNA-Seq数据中双峰特征.分析肺上皮细胞数据集中的新型冠状病毒感染和SSc-ILD疾病的转录组,确定新型冠状病毒和SSc-ILD的共同差异表达基因,使用基因功能与信号通路富集分析和蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络为患有新冠肺炎感染的SSc-ILD疾病找到共同的途径和药物靶点.结果表明,COVID-19和SSc-ILD有50个共同的差异表达基因,这些基因功能主要富集在免疫系统应答和干扰素信号通路等相关信号通路,并且富集在细胞对病毒防御反应和干扰素调节等生物学过程.基于PPI网络检测出hub基因,预测STAT1、ISG15、IRF7、MX1、EIF2AK2、DDX58、OAS1、OAS2、IFIT1和IFIT3是涉及两种疾病的病理表型关键基因.基于关键基因又鉴别了转录因子(transcription factor,TF)、小分子核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNA)与常见差异表达基因的相互作用.研究结果揭示了COVID-19和SSc-ILD两种疾病的病理标志物,以及相关的疾病治疗分子调控机制,可为治疗两种疾病提供理论研究依据.
关键词
生物信息学
多元统计
差异表达基因
新冠病毒
系统性硬化症相关间质性肺病
Beta-Poisson模型
富集分析
蛋白质-蛋白质相互作用
Keywords
bioinformatics
multivariate statistics
differentially
expressed
genes
severe acute respiratory syndrome coronavirus
2
(SARS-Co V-
2
)
interstitial lung disease associated with systemic sclerosis(SSc-ILD)
Beta-Poisson model
enrichment analysis
protein
-
protein
interaction
s(PPI)
分类号
O212.4 [理学—概率论与数理统计]
R181.23 [医药卫生—流行病学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
卵巢癌差异表达基因2氨基端PID结构域相互作用蛋白的筛选
刘淑娟
辛晓燕
吴元明
杨力军
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
2006
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
COVID-19与SSc-ILD相关性研究
周彦
江竞舟
《深圳大学学报（理工版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
在线阅读
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职称材料
已选择
0
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