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PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 被引量:84
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作者 罗海峰 齐鸿雁 +1 位作者 薛凯 张洪勋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期1570-1575,共6页
变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp... 变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp的 PCR产物经变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)进行分离后 ,得到不同数目且分离效果较好的电泳条带。结果说明 ,DGGE能够对土壤样品中的不同微生物的 1 6Sr RNA基因的 V3区的 DNA扩增片断进行分离 ,为这些 DNA片断的定性和鉴定提供了条件。与传统的平板培养方法相比 ,变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)技术能够更精确的反映出土壤微生物多样性 ,它是一种有效的微生物多样性研究技术。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 dgge 基因组DNA 16S RRNA 微生物多样性 农田土壤
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PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究 被引量:78
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作者 赵兴青 杨柳燕 +6 位作者 陈灿 肖琳 蒋丽娟 马喆 朱昊巍 于振洋 尹大强 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期3610-3616,共7页
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中... 采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20种优势菌群,且同一湖泊不同采样点DGGE图谱的差异性不大,细菌群落结构具有较高的相似性,而太湖样品DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,且不同采样点图谱的差异性较大。三湖泊除具有特征性的微生物种属外,还分布约5个相同的细菌种群,可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关。对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序,结果显示其优势菌群具有不同的序列组成,其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99%,2个序列的同源性为96%和93%,其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养。 展开更多
关键词 沉积物 微生物多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S RDNA 序列测定
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PCR-DGGE方法分析原油储层微生物群落结构及种群多样性 被引量:51
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作者 佘跃惠 张凡 +4 位作者 向廷生 刘彬彬 赵立平 周玲革 舒肤昌 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期237-242,共6页
使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进... 使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进行了比较并鉴定了部分群落成员。 DGGE图谱聚类分析表明注水井与两油井微生物群落的相似性分别为 30 %和 2 0 % ,而两油井间微生物群落结构的相似性为 5 4 %。DGGE图谱中优势条带序列分析表明注水井样品和油井样品中的优势菌群为未培养的环境微生物 ,它们与数据库中 α、γ、δ、ε变形杆菌 (Proteobacteria)和拟杆菌 (Bacteroidetes)有很近的亲缘关系。 DGGE与分子克隆相结合的分子生物学方法在研究微生物提高原油采收率 (MEOR)机理 ,以及指导 展开更多
关键词 注水井 油井 变性梯度凝胶电泳(dgge) 多样性 微生物提高原油采收率(MEOR)
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DG-DGGE分析产氢发酵系统微生物群落动态及种群多样性 被引量:32
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作者 邢德峰 任南琪 +3 位作者 宋业颖 李秋波 赵立华 徐香玲 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期1818-1823,共6页
应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2~V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16Sr... 应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2~V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16SrDNA指纹图谱。污泥接种到反应器后微生物群落中既有原始种群的消亡和增长,也有次级种群的强化和演变。反应器在运行初期群落演替迅速,15d时微生物群落结构变化最大。群落结构的相似性随着演替时间的增加而逐渐升高,种群动态变化后形成稳定的群落结构。29d时微生物多样性基本保持不变,微生物优势种属达到19个OTU。在细菌竞争和协同作用制约下,种群多样性降低后趋于稳定,形成顶级群落。有些种群在群落结构中一直存在,是群落建成的原始种群,原始种群与次级种群在代谢过程中具有协同作用,表现出群落的综合生态特征。 展开更多
关键词 群落动态 群落多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S rDNA 生物制氢
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DGGE污泥堆肥工艺微生物种群结构分析 被引量:19
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作者 傅以钢 王峰 +2 位作者 何培松 夏四清 赵建夫 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期98-101,共4页
用DGGE指纹图谱技术对污泥堆肥工艺中的细菌种群动态变化及多样性进行了研究.结果表明,生物法污泥堆肥周期小于8d.对污泥堆肥各工艺环节样品进行DGGE指纹图谱和相似性系数Cs值分析,发现随着反应的持续进行,微生态结构的Cs值越来越高,说... 用DGGE指纹图谱技术对污泥堆肥工艺中的细菌种群动态变化及多样性进行了研究.结果表明,生物法污泥堆肥周期小于8d.对污泥堆肥各工艺环节样品进行DGGE指纹图谱和相似性系数Cs值分析,发现随着反应的持续进行,微生态结构的Cs值越来越高,说明微生物种群结构愈趋稳定.证实污泥微生态能迅速进行优胜劣汰的筛选,调整内部细菌种群结构,从而达到适应环境的目的.在发酵过程中形成的优势细菌种群能长时间保持稳定. 展开更多
关键词 活性污泥 微生物种群结构 16S RDNA dgge 堆肥处理
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生物炭对农田土壤细菌群落多样性影响的PCR-DGGE分析 被引量:34
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作者 何莉莉 杨慧敏 +4 位作者 钟哲科 公丕涛 刘玉学 吕豪豪 杨生茂 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期4288-4294,共7页
为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20... 为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20条以上的电泳条带,说明水稻土土壤细菌群落较丰富。从泳道条带数量及光密度值方面对细菌群落多样性指标比较发现,施加生物炭的土壤(T2、T3、T4)细菌丰富度最高,细菌种群较多,其次为秸秆还田处理土壤(T1),而空白对照处理土壤(CK1)细菌群落丰富度最低,各处理之间的细菌种群均匀度指数差异不显著;对细菌群落的条带信息与土壤理化性质进行相关性分析得到,细菌群落的结构变化与各土壤理化性质的相关性大小依次为速效钾>总有机碳>有效磷>全氮>pH。 展开更多
关键词 细菌菌落 多样性 变性梯度凝胶电泳(PCR-dgge) 生物炭 秸秆还田
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基于DGGE分析的大鼠粪便及肠道细菌DNA提取方法研究 被引量:13
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作者 郑刚 陈己任 +2 位作者 胡博文 陈彦斌 赵国华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第17期215-218,共4页
为获得高质量肠道细菌总DNA用于研究膳食纤维对大鼠肠道菌群的影响,本实验以SD大鼠为实验动物,灌胃番茄皮膳食纤维,收集大鼠粪便及盲肠,-70℃冰箱保存。分别采用Tiangen细菌基因组试剂盒法、蛋白酶K-十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和溶... 为获得高质量肠道细菌总DNA用于研究膳食纤维对大鼠肠道菌群的影响,本实验以SD大鼠为实验动物,灌胃番茄皮膳食纤维,收集大鼠粪便及盲肠,-70℃冰箱保存。分别采用Tiangen细菌基因组试剂盒法、蛋白酶K-十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和溶菌酶法提取粪便和肠道中的细菌总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳、细菌通用引物PCR扩增和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对提取效果进行观察比较,发现将溶菌酶法进行改进后,可以获得满意效果。改进后的溶菌酶法与另外两种方法比较,具有成本低、时间短、DNA得率高和多样性好等特点;该方法获得的DNA样品适合于用DGGE技术分析大鼠粪便及肠道菌群。 展开更多
关键词 DNA提取 大鼠 粪便 肠道菌群 dgge电泳
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PCR-DGGE分析东北传统发酵酸菜中乳酸菌多样性 被引量:28
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作者 丛敏 李欣蔚 +1 位作者 武俊瑞 岳喜庆 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第7期78-82,共5页
以传统自然发酵的酸菜为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术监测酸菜发酵过程中细菌的动态变化,计算不同发酵时间细菌的多样性指数,并对图... 以传统自然发酵的酸菜为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术监测酸菜发酵过程中细菌的动态变化,计算不同发酵时间细菌的多样性指数,并对图谱特异性条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果表明:酸菜发酵第40天多样性指数达最高值,说明此时细菌种群多样性最高;发酵过程中含丰富的乳酸菌,主要的优势菌群为乳杆菌属,包括植物乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、短乳杆菌、干酪乳杆菌、棒状乳杆菌、戊糖乳杆菌、唾液乳杆菌以及Iwatensis乳杆菌。其中发酵前期的优势菌群为乳酸乳球菌和戊糖乳杆菌,而植物乳杆菌为发酵中后期的优势菌种。 展开更多
关键词 酸菜 变性梯度凝胶电泳 多样性指数 乳酸菌 系统发育树
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基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性 被引量:16
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作者 朱永清 李治华 +3 位作者 李华佳 王雪涛 董玲 黄巧莲 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期104-108,共5页
以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既... 以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。 展开更多
关键词 郫县豆瓣 真菌 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 多样性
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应用PCR-DGGE技术检测发酵食品和饲料中真菌菌群 被引量:14
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作者 许爱清 李宗军 +1 位作者 王远亮 文杰宇 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第7期317-322,共6页
PCR-DGGE技术是近年来新兴的一项开展微生物分子生态学研究的工具。本文介绍了PCR-DGGE技术的基本原理和技术背景,总结了应用PCR-DGGE研究发酵食品和饲料中真菌菌群时所设计或选择的PCR引物,图示了获得DGGE图谱中DNA条带序列信息的实验... PCR-DGGE技术是近年来新兴的一项开展微生物分子生态学研究的工具。本文介绍了PCR-DGGE技术的基本原理和技术背景,总结了应用PCR-DGGE研究发酵食品和饲料中真菌菌群时所设计或选择的PCR引物,图示了获得DGGE图谱中DNA条带序列信息的实验流程,并列举了DGGE技术的一些局限性和优化策略。综述结果有助于建立可行的PCR-DGGE技术方案用于发酵过程或产品中真菌群落结构和演替规律的检测分析。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 发酵食品 真菌菌群 PCR引物
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PCR-DGGE分析玉溪地区水果泡菜中细菌多样性 被引量:9
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作者 王蓓 李淑英 +2 位作者 张翠萍 卢国理 周元清 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第4期740-746,共7页
【目的】结合自然发酵生产泡菜的原理,分析云南传统水果泡菜的细菌群落组成和结构多样性,探索泡菜发酵过程中的微生物机制。【方法】采用PCR-DGGE和构建16S rRNA基因文库的方法,对从玉溪市场购买的萝卜、黄瓜、梨3种泡菜样品中细菌群落... 【目的】结合自然发酵生产泡菜的原理,分析云南传统水果泡菜的细菌群落组成和结构多样性,探索泡菜发酵过程中的微生物机制。【方法】采用PCR-DGGE和构建16S rRNA基因文库的方法,对从玉溪市场购买的萝卜、黄瓜、梨3种泡菜样品中细菌群落结构进行研究。【结果】玉溪地区自然发酵泡菜中的细菌种类比较丰富,由于不同水果泡菜的营养基质和附着在蔬菜表面及内在的细菌群落结构不同,导致细菌种类在不同泡水果中所占的相对丰度有较大差异。乳酸菌属(Lactobacillus sp.)在泡水果中并非优势种群,但丘状乳杆菌(Lactobacillus collinoides)在发酵中发挥着重要的作用。此外,在散称泡菜液中检测出部分致病菌,主要为肠球菌属(Enterococcus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)和不动杆菌属(Acinetobacter sp.),推测市场上散称泡菜容易滋生致病菌,可能存在一定安全风险。【结论】PCR-DGGE技术能够高效、精确地检测到水果泡菜的细菌多样性。泡菜微生物的组成是指示泡菜安全性的一个重要指标。 展开更多
关键词 水果泡菜 细菌多样性 16S RRNA基因 变性梯度凝胶电泳(dgge)
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应用DGGE技术研究玉米储藏过程中的霉菌群落时空分布特征 被引量:6
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作者 岳晓禹 张华 +3 位作者 陈威风 邹建 李欣 杨娜 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期307-311,共5页
研究储粮过程中霉菌污染的发生规律,旨在减少霉菌及真菌毒素的污染,提高我国粮食安全。利用变性梯度凝胶电泳研究粮库中不同储藏时间和空间的玉米样品中霉菌群落的特点。结果表明,本研究中储藏玉米的霉菌污染以青霉、曲霉和毛霉为主,其... 研究储粮过程中霉菌污染的发生规律,旨在减少霉菌及真菌毒素的污染,提高我国粮食安全。利用变性梯度凝胶电泳研究粮库中不同储藏时间和空间的玉米样品中霉菌群落的特点。结果表明,本研究中储藏玉米的霉菌污染以青霉、曲霉和毛霉为主,其霉菌群落的变化与储藏时间具有较强的相关性,而与其在粮库中的空间位置相关性较小。在储藏时间方面,储藏1 a和3 a的样品中霉菌群落具有较大的差异,而储藏2 a样品的霉菌群落处于过渡期状态。本实验探究储藏玉米中霉菌群落的时空分布特征,可以为建立准确可靠的霉菌群落模型提供理论支持和数据支持。 展开更多
关键词 玉米 霉菌 变性梯度凝胶电泳
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PCR-DGGE技术分析腌制麻竹笋中微生物多样性 被引量:9
13
作者 郑炯 夏雪娟 +2 位作者 叶秀娟 林茂 阚建全 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第21期170-174,共5页
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对盐质量浓度5 g/100 m L和19 g/100 m L腌制麻竹笋的微生物区系进行研究。结果表明,经DNA提取、巢式PCR、DGG... 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对盐质量浓度5 g/100 m L和19 g/100 m L腌制麻竹笋的微生物区系进行研究。结果表明,经DNA提取、巢式PCR、DGGE电泳和克隆测序后,从低盐质量浓度(5 g/100 m L)腌制笋中分离出4条明显的亮带,经鉴定分别为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、乳球菌属(Lactococcus sp.)、魏斯氏菌属(Weissella sp.)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis);从高盐质量浓度(19 g/100 m L)腌制笋中分离出5条明显的亮带,经鉴定分别为绿色气球菌(Aerococcus viridans)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、未得到培养的细菌(uncultured bacterium)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)和芽孢杆菌属(Bacillus sp.);低盐腌制笋的优势菌多为益生菌,而高盐腌制笋的优势菌则多为抗性较强的菌。基于16S r DNA的PCR-DGGE技术为分析腌制麻竹笋中微生物多样性提供了一条可靠、快速的有效途径。 展开更多
关键词 腌制麻竹笋 16S RDNA 聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳 多样性
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石油污染土壤鞘氨醇单胞菌遗传多样性16S rDNA-PCR-DGGE分析 被引量:16
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作者 周丽沙 李慧 +2 位作者 张颖 王亚菲 徐慧 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期804-812,共9页
鞘氨醇单胞菌是降解多环芳烃(PAHs)的重要功能微生物。然而,采用属特异引物直接从PAHs污染土壤中检测鞘氨醇单胞菌进而研究鞘氨醇单胞菌在污染土壤中的多样性、种群结构及其与PAHs污染的关系鲜有报道。本研究自行设计鞘氨醇单胞菌属特... 鞘氨醇单胞菌是降解多环芳烃(PAHs)的重要功能微生物。然而,采用属特异引物直接从PAHs污染土壤中检测鞘氨醇单胞菌进而研究鞘氨醇单胞菌在污染土壤中的多样性、种群结构及其与PAHs污染的关系鲜有报道。本研究自行设计鞘氨醇单胞菌属特异性引物,通过16S rDNA-PCR-DGGE技术对沈抚灌区石油污染土壤鞘氨醇单胞菌遗传多样性进行了研究。结果表明,自行设计的鞘氨醇单胞菌属引物732f-982r能够特异、灵敏的从环境样品中检出鞘氨醇单胞菌。当沈抚灌区原位污染土壤的PAHs浓度小于5 mg kg-1时,鞘氨醇单胞菌多样性随着PAHs浓度的增加而增加;而初始PAHs浓度高的实验室模拟实验土壤,其鞘氨醇单胞菌多样性较低。鞘氨醇单胞菌种群结构受污染土壤总石油烃(TPH)含量的影响,TPH含量接近的土壤,鞘氨醇单胞菌的群落结构较为相似。 展开更多
关键词 石油污染土壤 鞘氨醇单胞菌 遗传多样性 变性梯度凝胶电泳 总石油烃 多环芳烃
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2型糖尿病患者肠道拟类菌属和双歧杆菌属多样性的PCR-DGGE指纹图谱分析 被引量:7
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作者 吴晓康 徐纪茹 +5 位作者 张旭燕 马超锋 韩蕾 申艳星 NAWAZ M 王娟 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期475-480,共6页
目的分析2型糖尿病患者肠道拟类菌属和双歧杆菌属的多样性及其与健康个体的差异,探讨糖尿病与肠道优势菌属的相关性。方法收集2型糖尿病患者和健康志愿者粪样,提取样品中菌群总DNA,利用拟类菌和双歧杆菌16SrRNA种属特异性引物,进行PCR扩... 目的分析2型糖尿病患者肠道拟类菌属和双歧杆菌属的多样性及其与健康个体的差异,探讨糖尿病与肠道优势菌属的相关性。方法收集2型糖尿病患者和健康志愿者粪样,提取样品中菌群总DNA,利用拟类菌和双歧杆菌16SrRNA种属特异性引物,进行PCR扩增,将产物用变性梯度凝胶电泳分离,获得肠道菌群分子指纹图谱,进行多样性和相似性等特征分析。结果糖尿病组和健康人组样品DGGE图谱多样性指数范围分别是:拟类菌属0.89(0.75~0.95),0.95(0.89~0.97);双歧杆菌属:0.85(0.75~0.94),0.87(0.73~0.93)。组内成对相似性系数累积曲线分析,拟类菌属:小于0.5的Cs值在糖尿病组占到总Cs值个数的85.83%,而健康人组只占到35.71%;双歧杆菌属:小于0.4的Cs值在糖尿病组占到总Cs值个数的90%,健康人组占到总Cs值个数的60.7%。结论糖尿病患者和健康人肠道拟类菌属和双歧杆菌属指纹图呈现个体特异性,糖尿病患者两种菌属多样性与健康个体无显著差异,而糖尿病患者个体之间的相似性较健康个体之间低。 展开更多
关键词 2型糖尿病 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳 指纹图谱技术 多样性
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麦田土壤细菌群落16S rDNA V3片段PCR产物的DGGE分析 被引量:18
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作者 黄进勇 岳彩鹏 周伟 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期396-400,共5页
以郑州市郊冬小麦农田土壤为研究对象,利用改进的土壤DNA提取方法提取土壤微生物基因组,并采用降落式PCR和DGGE电泳技术对细菌16S rDNA V3区进行扩增和产物分离,分析了小麦4个生育时期3个土层深度的细菌群落变化.结果表明,麦田土壤细菌... 以郑州市郊冬小麦农田土壤为研究对象,利用改进的土壤DNA提取方法提取土壤微生物基因组,并采用降落式PCR和DGGE电泳技术对细菌16S rDNA V3区进行扩增和产物分离,分析了小麦4个生育时期3个土层深度的细菌群落变化.结果表明,麦田土壤细菌多样性极高,小麦整个生育期土壤中一直存在数种优势菌群.但各时期都有新的不同的细菌出现,整体表现为随着小麦的生长多样性逐渐增加,收获期减少.表层土壤各生育时期菌群数量变化较大,而深层土壤菌群数量变化较小. 展开更多
关键词 土壤 冬小麦 细菌群落 dgge
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基于DGGE技术的茯砖茶发花过程细菌群变化分析 被引量:13
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作者 刘石泉 胡治远 赵运林 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期3007-3015,共9页
变性梯度胶电泳是当前微生物生态学研究重要技术之一。为研究茯砖茶发花过程中细菌群落结构和种类,对发花过程中不同时段细菌16S rDNA的V3可变区扩增,经变性梯度胶电泳(DGGE)后、对细菌DGGE条带进行克隆、测序和比对。结果表明,在发花... 变性梯度胶电泳是当前微生物生态学研究重要技术之一。为研究茯砖茶发花过程中细菌群落结构和种类,对发花过程中不同时段细菌16S rDNA的V3可变区扩增,经变性梯度胶电泳(DGGE)后、对细菌DGGE条带进行克隆、测序和比对。结果表明,在发花过程的第0—4天、6—8天、10—14天茯砖茶发花存在3个差异较大的细菌优势种群结构的演变;从16SrDNA的V3可变区比对结果证明黑毛茶发花过程中有短波单胞菌属、诺卡氏菌属、新鞘脂菌属、突那梭菌属、韦龙氏假单胞菌属、乳杆菌属、克雷伯氏菌属以及不可培养ε-变形菌、腐败螺旋菌属、粘球菌属、根瘤菌属和6种未知分类地位的不可培养细菌,说明采用DGGE指纹图谱能更系统、更真实地反映茯砖茶发花发酵过程中细菌群落结构和多样性变化。 展开更多
关键词 茯砖茶 发花发酵 变性梯度凝胶电泳(dgge) 细菌群
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鲫鱼贮藏过程中微生物菌相PCR-DGGE分析及其防腐保鲜 被引量:11
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作者 李秀秀 曾维伟 +4 位作者 陆兆新 别小妹 赵海珍 张充 吕凤霞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第5期274-280,共7页
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 ... 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 359、2 239、1 820、1 157 IU/m L)抗菌脂肽溶液对鲫鱼进行浸泡处理,以未处理作为对照,分别测定其菌落总数、挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)、p H值和硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)等指标,评价抗菌脂肽对鲫鱼冷藏保鲜效果。结果表明:鲫鱼贮藏过程中的微生物具有多样性,PCRDGGE技术确定气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和热杀索丝菌属(Brochothrix thermosphacta)为鲫鱼鱼肉的主要腐败菌群,荧光假单胞菌是鲫鱼贮藏过程中的优势腐败菌。而棉子糖乳球菌属(Lactococcus raffinolactis)、从毛单胞菌属(Comamonas sp.)和气单胞菌属(Aeromonas sp.)为鲫鱼鱼鳃的主要腐败菌群,表明鱼肉和鱼鳃在贮藏过程中,导致腐败的主要腐败菌群有一定差异性。同时,不同浓度的抗菌脂肽对鲫鱼均有明显的防腐保鲜作用,有效抑制了鲫鱼菌落总数、TVB-N值和TBA值的增加以及p H值的升高。其中,高浓度抗菌脂肽(效价为67 608 IU/m L)在4℃贮藏条件下使鲫鱼的货架期延长了6 d,说明抗菌脂肽对鲫鱼具有良好的保鲜作用,能明显延缓鲫鱼的腐败变质。 展开更多
关键词 鲫鱼 腐败微生物 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术 抗菌脂肽 保鲜
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基于PCR-DGGE的重金属污染土壤微生物种群指纹分析 被引量:12
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作者 李晔 孙丽娜 +2 位作者 杨继松 杨晓波 曲亚军 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2010年第9期2204-2208,共5页
采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析方法,研究沈阳市细河沿岸重金属污染土壤中微生物结构多样性、种群丰富度及种群结构的动态变化规律。结果表明:直接从土壤中抽提总DNA,对16SrRNAV3可变区序列进行扩增,DGGE指纹图谱分析,微生物种群结构... 采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析方法,研究沈阳市细河沿岸重金属污染土壤中微生物结构多样性、种群丰富度及种群结构的动态变化规律。结果表明:直接从土壤中抽提总DNA,对16SrRNAV3可变区序列进行扩增,DGGE指纹图谱分析,微生物种群结构和变化规律明显,同时也表现为重金属污染程度越重,多样性指数越低;其中细河底泥重金属含量严重超标,多样性指数最低。经方差分析,重金属污染情况与Shannon-wiener多样性指数呈负相关,其中重金属污染对微生物的均匀度指数影响最显著,并且锌污染对其影响最大为-0.985。表明PCR-DGGE技术可以用于污染环境下微生物多样性研究,也为污染环境下土壤微生物多样性研究提供了新的实验方法与依据。 展开更多
关键词 细河 变性梯度凝胶电泳 微生物 多样性
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盐渍青菜的细菌菌群结构DGGE分析及产酸细菌分离鉴定 被引量:7
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作者 尹礼国 马双艳 +6 位作者 李华兰 杨婧 梁会朋 张其圣 陈功 吴正云 张文学 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期18-23,共6页
采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢... 采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)细菌。在腌渍初期,海源菌属(Idiomarina)与海洋杆菌属(Marinobacter)细菌较丰富,在腌渍后期明显减少。乳杆菌属细菌在腌渍14、26个月的青菜中含量丰富,在腌渍2个月的青菜中含量较少。通过分离培养技术从盐渍青菜中分离获得23株产酸细菌,通过16S rDNA序列分析初步确定戊糖乳杆菌(Pediococcus pentosaceus)8株,枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)各5株,解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)2株,溶血性葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、解淀粉芽孢杆菌植物亚种(Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)各1株。DGGE操作简便,能够较好地反映盐渍青菜的细菌菌群变化,在盐渍青菜的细菌菌群结构分析中具有独特的优势。分离获得的产酸细菌可为盐渍工艺改进提供菌种资源。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳(dgge) 盐渍青菜 产酸细菌 细菌群落结构
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