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酿酒酵母ARS304及其侧翼序列重组质粒的构建与鉴定
被引量：
1
1
作者
李珺
王馨
+1 位作者
张启声
蔡禄
《湖北农业科学》
北大核心
2012年第21期4891-4893,4898,共4页
采用PCR扩增酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)Ⅲ号染色体ARS304序列(S1)及以ARS304为核心上下游延伸1 kb的侧翼序列(S2),并将目的片段分别构建到酵母整合载体pRS405中,获得重组质粒pRS1和pRS2。质粒电转化试验发现重组质粒pRS2的转...
采用PCR扩增酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)Ⅲ号染色体ARS304序列(S1)及以ARS304为核心上下游延伸1 kb的侧翼序列(S2),并将目的片段分别构建到酵母整合载体pRS405中,获得重组质粒pRS1和pRS2。质粒电转化试验发现重组质粒pRS2的转化率大于pRS1,说明ARS304侧翼序列能显著提高ARS304在酿酒酵母中自主复制的能力。
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关键词
酿酒酵母(Sacch
ar
omyces
cerevisiae)
自主复制序列(
ars
)
重组质粒
复制起始活性
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职称材料
细胞内大片段DNA数据存储的多RS码交织编码
被引量：
4
2
作者
陈为刚
葛奇
+2 位作者
王盼盼
韩明哲
郭健
《合成生物学》
CSCD
2021年第3期428-443,共16页
合成DNA作为潜在的数字信息存储介质,存储密度高,可用时间久,有望成为未来数据存储的重要选项。然而,DNA的合成与测序读出往往造成碱基的多种错误,无法满足数据存储的可靠性要求,而保证可靠性的编码方案往往效率较低。针对该问题,提出...
合成DNA作为潜在的数字信息存储介质,存储密度高,可用时间久,有望成为未来数据存储的重要选项。然而,DNA的合成与测序读出往往造成碱基的多种错误,无法满足数据存储的可靠性要求,而保证可靠性的编码方案往往效率较低。针对该问题,提出了一种面向酿酒酵母内大片段DNA数据存储的高效率编码方法。数据编码通过多个极高码率的里德-所罗门(RS)码的码字交织构建数据DNA单元,将其与酵母的自主复制序列(ARS)交替镶嵌,构成酵母人工染色体序列;数据读出时,利用二代高通量测序,组合了读段从头(denovo)组装、ARS导引例,用20×二代测序数据可无错恢复原始数据。该编码方法不仅能实现数据可靠存储,实现的DNA数据部分逻辑密度为1.973 bit/bp,即使考虑生物单元开销,总体逻辑密度仍达到1.947 bit/bp。该设计流程可支持Kb到Mb不同长度的DNA的编码,为大片段DNA数据存储的“湿”实验提供灵活的实验前验证与评估。
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关键词
DNA数据存储
里德-所罗门(RS)码
交织
自主复制序列
重叠群
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职称材料
酿酒酵母高效自主复制区的筛选与鉴定
3
作者
沈方琳
黄双成
+2 位作者
侯朋晨
耿安丽
阮文权
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期20-25,共6页
在酵母表达过程中,传统的表达载体存在着拷贝数低以及稳定性差的缺点。因此,找到一个可用于构建复制整合型载体的高效酵母自动复制区(Autonomously Replicating Sequence,ARS)是解决问题的关键。研究中,从酿酒酵母基因组中扩增得到4种...
在酵母表达过程中,传统的表达载体存在着拷贝数低以及稳定性差的缺点。因此,找到一个可用于构建复制整合型载体的高效酵母自动复制区(Autonomously Replicating Sequence,ARS)是解决问题的关键。研究中,从酿酒酵母基因组中扩增得到4种不同的ARS(ARS304、ARS315、ARS735、ARS1512),然后连接到整合载体p NTS2K中,得到4种复制整合型载体(p NTS2K-ARS304、p NTS2K-ARS315、p NTS2K-ARS735、p NTS2KARS1512)。经电转化后,4种转化子(36a(p NTS2K-ARS304)、36a(p NTS2K-ARS315)、36a(p NTS2K-ARS735)、36a(p NTS2K-ARS1512))都能在含有300μg/m L G418的YPD平板上生长。然而,只有转化子36a(p NTS2KARS315)能在含有500μg/m L G418的YPD液体培养基里较快生长。经过G418耐受性检测后,36a(p NTS2KARS315)仍能在含有1 mg/m L G418的YPD培养基中很好地生长。此外,通过质粒p NTS2K-ARS315表达荧光蛋白,其表达效果高于普通商业质粒。实验结果证明,4种复制区都能在酿酒酵母中独立自主复制,其中ARS315复制能力最强。因此,ARS315可用于构建高拷贝且稳定的重组质粒,为构建高表达且稳定的工程酵母菌株奠定了基础。
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关键词
酿酒酵母
自动复制区
高拷贝复制整合型质粒
荧光蛋白
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职称材料
题名
酿酒酵母ARS304及其侧翼序列重组质粒的构建与鉴定
被引量：
1
1
作者
李珺
王馨
张启声
蔡禄
机构
内蒙古科技大学生物工程与技术研究所
出处
《湖北农业科学》
北大核心
2012年第21期4891-4893,4898,共4页
基金
国家自然科学基金(61072129)
内蒙古科技大学创新基金(2011NCL005)
文摘
采用PCR扩增酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)Ⅲ号染色体ARS304序列(S1)及以ARS304为核心上下游延伸1 kb的侧翼序列(S2),并将目的片段分别构建到酵母整合载体pRS405中,获得重组质粒pRS1和pRS2。质粒电转化试验发现重组质粒pRS2的转化率大于pRS1,说明ARS304侧翼序列能显著提高ARS304在酿酒酵母中自主复制的能力。
关键词
酿酒酵母(Sacch
ar
omyces
cerevisiae)
自主复制序列(
ars
)
重组质粒
复制起始活性
Keywords
Sacch
ar
omyces cerevisiae
autonomously replicating sequence（ars）
recombinant plasmids
replic
ation origins activity
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
细胞内大片段DNA数据存储的多RS码交织编码
被引量：
4
2
作者
陈为刚
葛奇
王盼盼
韩明哲
郭健
机构
天津大学微电子学院
教育部合成生物学前沿科学中心
天津大学化工学院
出处
《合成生物学》
CSCD
2021年第3期428-443,共16页
文摘
合成DNA作为潜在的数字信息存储介质,存储密度高,可用时间久,有望成为未来数据存储的重要选项。然而,DNA的合成与测序读出往往造成碱基的多种错误,无法满足数据存储的可靠性要求,而保证可靠性的编码方案往往效率较低。针对该问题,提出了一种面向酿酒酵母内大片段DNA数据存储的高效率编码方法。数据编码通过多个极高码率的里德-所罗门(RS)码的码字交织构建数据DNA单元,将其与酵母的自主复制序列(ARS)交替镶嵌,构成酵母人工染色体序列;数据读出时,利用二代高通量测序,组合了读段从头(denovo)组装、ARS导引例,用20×二代测序数据可无错恢复原始数据。该编码方法不仅能实现数据可靠存储,实现的DNA数据部分逻辑密度为1.973 bit/bp,即使考虑生物单元开销,总体逻辑密度仍达到1.947 bit/bp。该设计流程可支持Kb到Mb不同长度的DNA的编码,为大片段DNA数据存储的“湿”实验提供灵活的实验前验证与评估。
关键词
DNA数据存储
里德-所罗门(RS)码
交织
自主复制序列
重叠群
Keywords
DNA data storage
reed-solomon codes
interleaving
autonomously
replicating
sequence
contig
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
在线阅读
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职称材料
题名
酿酒酵母高效自主复制区的筛选与鉴定
3
作者
沈方琳
黄双成
侯朋晨
耿安丽
阮文权
机构
江南大学环境与土木工程学院
义安理工学院
江苏省厌氧生物技术重点实验室
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期20-25,共6页
基金
Science and Engineering Research Council of the Agency for Science,Technology and Research(A*STAR)(029 139 0035)
文摘
在酵母表达过程中,传统的表达载体存在着拷贝数低以及稳定性差的缺点。因此,找到一个可用于构建复制整合型载体的高效酵母自动复制区(Autonomously Replicating Sequence,ARS)是解决问题的关键。研究中,从酿酒酵母基因组中扩增得到4种不同的ARS(ARS304、ARS315、ARS735、ARS1512),然后连接到整合载体p NTS2K中,得到4种复制整合型载体(p NTS2K-ARS304、p NTS2K-ARS315、p NTS2K-ARS735、p NTS2KARS1512)。经电转化后,4种转化子(36a(p NTS2K-ARS304)、36a(p NTS2K-ARS315)、36a(p NTS2K-ARS735)、36a(p NTS2K-ARS1512))都能在含有300μg/m L G418的YPD平板上生长。然而,只有转化子36a(p NTS2KARS315)能在含有500μg/m L G418的YPD液体培养基里较快生长。经过G418耐受性检测后,36a(p NTS2KARS315)仍能在含有1 mg/m L G418的YPD培养基中很好地生长。此外,通过质粒p NTS2K-ARS315表达荧光蛋白,其表达效果高于普通商业质粒。实验结果证明,4种复制区都能在酿酒酵母中独立自主复制,其中ARS315复制能力最强。因此,ARS315可用于构建高拷贝且稳定的重组质粒,为构建高表达且稳定的工程酵母菌株奠定了基础。
关键词
酿酒酵母
自动复制区
高拷贝复制整合型质粒
荧光蛋白
Keywords
Sacch
ar
omyces cerevisiae
autonomously
replic
ative
sequence
high copy number
replic
ative/integrated plasmid
fluorescent protein
分类号
TS261.11 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
酿酒酵母ARS304及其侧翼序列重组质粒的构建与鉴定
李珺
王馨
张启声
蔡禄
《湖北农业科学》
北大核心
2012
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
细胞内大片段DNA数据存储的多RS码交织编码
陈为刚
葛奇
王盼盼
韩明哲
郭健
《合成生物学》
CSCD
2021
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
酿酒酵母高效自主复制区的筛选与鉴定
沈方琳
黄双成
侯朋晨
耿安丽
阮文权
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2017
0
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职称材料
已选择
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