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基于高通量测序的青花菜KASP标记开发与应用 被引量：1
1
作者 张振超 陶美奇 +4 位作者 潘永飞 孙国胜 王传友 安林海 戴忠良 《核农学报》 北大核心 2025年第3期513-521,I0003-I0005,共12页
为提高青花菜分子标记辅助育种水平,本研究基于高通量测序数据开发了70组KASP标记,并采用KASP检测平台对43份青花菜试验材料进行分型,根据分型结果筛选出分型效果好、多态性高的标记,用于指纹图谱构建、遗传关系确定和纯度鉴定。结果表... 为提高青花菜分子标记辅助育种水平,本研究基于高通量测序数据开发了70组KASP标记,并采用KASP检测平台对43份青花菜试验材料进行分型,根据分型结果筛选出分型效果好、多态性高的标记,用于指纹图谱构建、遗传关系确定和纯度鉴定。结果表明,70组KASP标记中,未分型成功有3个,未分型材料>5份有13个,多态性差的有6个,分型成功48个(成功率68.6%)。48个标记中,多态性信息含量(PIC)值≥0.30的标记有37个(占比77.08%),其中PIC值为0.37的标记数量最多,为11个,0.38的标记有3个。将48个标记的分型结果转化为二元编码数据,获得了43份青花菜育种材料的SNP-DNA指纹图谱。聚类分析结果发现,Br05与其他材料的遗传关系较远;Br12和Br19、Br33和Br34之间遗传系数均为100,Br14和Br32的遗传系数为99,表明两两间为同一株系的可能性大,这与在田间的表型观察结果基本一致。10组标记对30株Br19的一致性进行鉴定,发现纯度值区间为83.3%~96.7%,说明Br19株系间存在差异;采用10组标记对亲本Br19、Br35和杂交种F1(Br19×Br35)进行基因分型,结果有5个标记(SNP07、SNP09、SNP10、SNP11和SNP19)在三者间的分型结果不同,可用于杂交制种田F1(Br19×Br35)种子纯度鉴定。本研究结果对青花菜种质资源鉴定、分子标记辅助育种与新品种保护具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 高通量测序 竞争性等位基因特异性pcr 指纹图谱 纯度鉴定 分子标记
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灰葡萄孢菌对二甲酰亚胺类杀菌剂抗性的AS-PCR快速检测技术
2
作者 刘梦晴 屠紫娟 +5 位作者 余洋 杨宇衡 方安菲 田斌年 王静 毕朝位 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期101-112,共12页
灰霉病是一种由灰葡萄孢菌引起、果蔬上常见的真菌病害,其发生对农业生产造成巨大损失。由于二甲酰亚胺类杀菌剂(DCFs)的广泛使用,灰葡萄孢菌对其已经产生了抗药性,为快速检测灰葡萄孢菌对DCFs抗性,基于灰葡萄孢菌BOS1基因的点突变I365S... 灰霉病是一种由灰葡萄孢菌引起、果蔬上常见的真菌病害,其发生对农业生产造成巨大损失。由于二甲酰亚胺类杀菌剂(DCFs)的广泛使用,灰葡萄孢菌对其已经产生了抗药性,为快速检测灰葡萄孢菌对DCFs抗性,基于灰葡萄孢菌BOS1基因的点突变I365S和I365N,建立了一种灰葡萄孢菌对DCFs抗性的等位基因特异性PCR(AS-PCR)快速分子检测方法。首先,以BOS1基因为靶序列设计特异性引物,然后对PCR体系的退火温度、内参引物与特异性引物浓度配比进行优化,并对引物灵敏度和特异性进行评价,最后利用快速抽提法提取田间病原菌DNA进行抗药性检测。结果表明:正向特异性引物I365S-7F、I365S-8F和I365N-8F分别与引物I365-R结合组成的引物对可以检测出I365S和I365N抗性菌株,最适退火温度分别为57℃、58℃和58℃;内参引物与特异性引物浓度比例为1∶2,其灵敏度分别为7 ng/μL、70 ng/μL和70 ng/μL,并具有特异性;利用NaOH裂解法快速提取田间菌株DNA进行抗药性检测,其结果与测序结果一致。以上结果说明该AS-PCR技术具有特异性强、操作简单等优势,可为田间灰葡萄孢菌对DCFs类抗性菌株的快速检测提供一种较为可行的方法。 展开更多
关键词 灰葡萄孢菌 二甲酰亚胺类杀菌剂 等位基因特异性pcr 抗药性
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基于KASP标记的厚皮甜瓜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建
3
作者 孙国胜 张昌伟 +4 位作者 山溪 许丁帆 戴忠良 张振超 马志虎 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期2349-2355,共7页
本研究通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记对厚皮甜瓜核心种质资源进行多态性分析,以期筛选厚皮甜瓜种质资源的单核苷酸多态性(SNP)标记,应用于厚皮甜瓜种质资源及品种的纯度鉴定和指纹图谱构建。从公布的297份甜瓜重测序数据中挑... 本研究通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记对厚皮甜瓜核心种质资源进行多态性分析,以期筛选厚皮甜瓜种质资源的单核苷酸多态性(SNP)标记,应用于厚皮甜瓜种质资源及品种的纯度鉴定和指纹图谱构建。从公布的297份甜瓜重测序数据中挑选95份厚皮甜瓜重测序数据进行SNP标记开发,对课题组的20份核心厚皮甜瓜种质资源进行多态性分析。结果显示,共计开发50个SNP标记,分布在甜瓜12条染色体中。50个SNP标记中,有23个SNP标记能够将本研究中的19份核心厚皮甜瓜种质资源进行分型,其中Marker33、Marker38、Marker23、Marker36、Marker47、Marker426个标记能够完全区分19份甜瓜种质资源,本研究结果可以为后期厚皮甜瓜种质资源和品种纯度鉴定提供有利的支撑。 展开更多
关键词 厚皮甜瓜 单核苷酸多态性 竞争性等位基因特异性pcr 遗传多样性 指纹图谱
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恒河猴和食蟹猴ABO血型竞争性等位基因PCR(KASP)检测方法的建立 被引量：2
4
作者 杨玲焰 王立鹏 荣荣 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第8期31-36,共6页
目的人的ABO血型常规免疫学检测方法不适用于实验猴猕猴血型检测,而实验猴血型鉴定在器官移植等研究中必不可少。本研究目的是建立一个快速、可靠的恒河猴与食蟹猴ABO血型核酸鉴定方法。方法本室建立了一种新的ABO血型的分子学检测方法... 目的人的ABO血型常规免疫学检测方法不适用于实验猴猕猴血型检测,而实验猴血型鉴定在器官移植等研究中必不可少。本研究目的是建立一个快速、可靠的恒河猴与食蟹猴ABO血型核酸鉴定方法。方法本室建立了一种新的ABO血型的分子学检测方法,利用竞争性等位基因PCR(KASP)技术,通过识别与血型密切相关功能基因的2个SNP位点上的碱基,对恒河猴与食蟹猴血型进行分型,并通过设计2个SNP位点外围的普通PCR引物,对KASP方法鉴定出的血型样本进行Sanger测序鉴定。结果比对了15份用TaqmanPCR方法已确定血型的食蟹猴全血核酸样本,新建立的KASP分型结果与原血型结果完全一致,为了保证KASP方法鉴定结果的准确性,实验人员用新建立的普通PCR方法通过Sanger测序验证了KASP方法与测序结果完全一致。为了对新建的KASP方法重复性进行验证,选取了已知血型的6份实验猴全血,每份血样做5个重复,结果显示该方法有极好的重复性。进一步用新建的KASP方法检测了51份临床样本,其中食蟹猴样本38份,恒河猴样本13份,同一样本的2个位点的血型结果完全一致,其中A型血9份(17.6%),B型血19份(37.3%),AB型血23份(45.1%),未检出O型血。同时从A型、B型、AB型的临床样本中,各型分别选了5个样本,进行普通PCR扩增及测序分析,证明2个SNP位点上的序列与KASP分型结果一致。结论新建的KASP血型鉴定方法准确性高,可用于实验恒河猴与食蟹猴的ABO血型的快速检测。该方法相较于传统的血清学或测序方法,简单快捷,经济可靠,结果易于判读,同时对样本的要求比传统的血清学方法低,新鲜或存放较久的全血、唾液或核酸等都可以用于检测。 展开更多
关键词 食蟹猴 恒河猴 ABO血型 竞争性等位基因pcr
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基于新型高保真Taq酶的多重等位基因特异性PCR方法的建立与应用
5
作者 沈泽嘉 徐逸梦 +3 位作者 时景景 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期103-109,115,共8页
在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的... 在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的特异性研究表明:引物在未引入突变的前提下检测结果与测序结果保持一致;引物稀释实验说明浓度最低为0.003~0.006μmol/L,灵敏度的检测结果表示最低浓度检测限可达0.07 ng/μL以下。最后检测得到5种标准样本的基因型,其代表9个SNP的组合。成功验证并建立该新型高特异性Taq酶应用于多重等位基因特异性PCR实验的总体流程。提供一套具备高特异性、能够针对多个SNP位点进行检测的低成本方案,对多重等位基因特异性PCR技术的开发同样具有参考价值。 展开更多
关键词 等位基因特异性pcr 多重pcr 高保真Taq酶 基因分型 染色体替换系小鼠
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基于荧光定量PCR技术的ADH1B基因多态性分型教学实验设计
6
作者 赵焕英 张天乐 +3 位作者 张玉雪 张赛 董衡蓓 马延敏 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2024年第10期213-219,共7页
该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法,检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测... 该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法,检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测序结果一致。通过该实验,学生能够学习基因多态性的分子机制和相关检测技术,提高动手实操能力,还能学习利用软件和算法设计复杂PCR引物和探针方法及其在临床诊断中的应用。 展开更多
关键词 高分辨熔解曲线 等位基因特异性pcr TAQMAN探针 基因多态性 乙醇脱氢酶1B
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A1/A2β-酪蛋白基因型的鉴定及其消化性能的比较 被引量：1
7
作者 李师行 徐洪涛 +6 位作者 李笑 孙美玲 杨鑫焱 项鹏宇 杨智浩 满朝新 姜毓君 《食品工业科技》 北大核心 2025年第5期160-167,共8页
A1β-酪蛋白和A2β-酪蛋白由于一级结构上的差异,消化后产生的物质也不相同。为了更全面地探究其对人体可能产生的生物活性影响,通过分析和监测该蛋白质在消化过程中的变化情况,进一步实现对A1/A2β-酪蛋白生物功能的探索。在本研究中,... A1β-酪蛋白和A2β-酪蛋白由于一级结构上的差异,消化后产生的物质也不相同。为了更全面地探究其对人体可能产生的生物活性影响,通过分析和监测该蛋白质在消化过程中的变化情况,进一步实现对A1/A2β-酪蛋白生物功能的探索。在本研究中,对采自某一牧场不同奶牛的牛奶进行等位基因特异性PCR鉴别,并借助阴离子交换色谱和十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳法对牛奶分离出的β-酪蛋白进行纯化和鉴定,最后构建静态体外消化模型比较β-酪蛋白在消化性能上的差异。结果显示,分离纯化的A1和A2β-酪蛋白的浓度分别为0.62 mg/mL和0.66 mg/mL,纯度分别为95.28%和96.60%。两种β-酪蛋白的最终消化率均在90%左右,差异不显著。A2β-酪蛋白自肠消化阶段开始直至消化结束表现出了更高的水解度,为25.34%。随着胃肠消化时间的增加,两种β-酪蛋白的粒径不断减小,电位绝对值不断增大,并且A2β-酪蛋白在粒径和电位上的变化程度大于A1β-酪蛋白。综上所述,本研究揭示了A1和A2β-酪蛋白在静态体外消化过程中的理化特性差异,并在一定程度上表明A2β-酪蛋白可能具有比A1β-酪蛋白更好的消化性能,为进一步拓宽A2β-酪蛋白在乳制品中的应用提供一定科学依据。 展开更多
关键词 A1 Β-酪蛋白 A2 Β-酪蛋白 等位基因特异性pcr 体外模拟消化 消化性能
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兜唇石斛的位点特异性PCR鉴别 被引量：19
8
作者 丁小余 徐珞珊 +2 位作者 常俊 保曙琳 丁秉中 《南京师大学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2002年第4期71-76,共6页
　根据兜唇石斛及其它37种枫斗类和黄草类石斛的rDNAITS序列,设计了鉴别兜唇石斛的位点特异性PCR引物DC JB01S和DC JB01X,并对兜唇石斛成功地进行了位点特异性PCR鉴别.在进行位点特异性PCR鉴别之前,首先运用扩增ITS区的通用引物P1、P2... 　根据兜唇石斛及其它37种枫斗类和黄草类石斛的rDNAITS序列,设计了鉴别兜唇石斛的位点特异性PCR引物DC JB01S和DC JB01X,并对兜唇石斛成功地进行了位点特异性PCR鉴别.在进行位点特异性PCR鉴别之前,首先运用扩增ITS区的通用引物P1、P2对模板DNA进行扩增,以验证模板的可靠性和扩增的合适浓度.当退火温度上升为64℃,只有兜唇石斛的模板DNA能被扩增出来,而其它的37种石斛属植物均为阴性.该鉴别反应重复性好,已在鉴别我国兜唇石斛中发挥重要作用.与DNA测序鉴别方法相比,位点特异性PCR具有简单、省时、高效、准确等优点. 展开更多
关键词 兜唇石斛 位点特异性pcr 鉴别 药材
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基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法 被引量：19
9
作者 王瑞恒 刘利民 +3 位作者 赵金玲 孙学科 孙琳琳 周刚 《法医学杂志》 CAS CSCD 2008年第3期189-193,共5页
目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计... 目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3’末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3’末端第3或第4位碱基人为引入错配。在距离上游引物100～300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记。所有位点经过复合扩增后,PCR产物经ABIPrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型。结果每个SNP位点纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同的SNP位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致。结论荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法。 展开更多
关键词 法医生物学 单核苷酸多态性 等位基因特异性pcr 复合扩增
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四引物PCR扩增反应的单管SNP快速测定法 被引量：32
10
作者 卜莹 古卓良 +1 位作者 张晓丹 周国华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期252-256,共5页
建立一种在单管中进行单核苷酸多型性 (SNP)快速测定的高效廉价方法 .以人ABCA1基因中的I82 3M为研究对象 ,设计 4种引物进行PCR扩增 ,其中两种引物用于扩增一段含有SNP位点的DNA片段 ,另两种引物为SNP位点特异性引物 ,4种引物在单管中... 建立一种在单管中进行单核苷酸多型性 (SNP)快速测定的高效廉价方法 .以人ABCA1基因中的I82 3M为研究对象 ,设计 4种引物进行PCR扩增 ,其中两种引物用于扩增一段含有SNP位点的DNA片段 ,另两种引物为SNP位点特异性引物 ,4种引物在单管中同时进行PCR扩增反应 ,根据延伸产物的长度确定SNP的类型 .为提高SNP测定的特异性 ,在特异性引物的 3′端倒数第 3个碱基引入了一个人为错配碱基 ,使引物的错误延伸率显著降低 ,大大提高了SNP分析的准确性 .实验结果表明 ,所建立的方法简单 ,操作简便 ,可在单管中完成SNP的测定反应 . 展开更多
关键词 单核苷酸多型性 人类基因组 核苷酸序列 聚合酶链反应
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油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R等位基因特异PCR标记的开发与应用 被引量：13
11
作者 胡茂龙 龙卫华 +9 位作者 高建芹 付三雄 陈锋 周晓婴 彭琦 张维 浦惠明 戚存扣 张洁夫 陈松 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1711-1719,共9页
油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R是从抗性突变体M9中克隆获得,抗性基因BnALS1R与野生型基因BnALS1存在1处SNP,即乙酰乳酸合酶第638位丝氨酸残基被天冬酰胺酸替代。为获得油菜抗除草剂基因BnALS1R的分子标记,根据该处点突变,结合获得... 油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R是从抗性突变体M9中克隆获得,抗性基因BnALS1R与野生型基因BnALS1存在1处SNP,即乙酰乳酸合酶第638位丝氨酸残基被天冬酰胺酸替代。为获得油菜抗除草剂基因BnALS1R的分子标记,根据该处点突变,结合获得的BnALS3与BnALS1序列,开发30条等位基因特异PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)引物,采用筛选出的3条AS-PCR引物在F2、BC1和BC2群体中进行PCR扩增。结果表明,该标记有效检测出群体中存在的3种基因型,其分离比分别为1∶2∶1、1∶1、1∶1,均遵循单基因遗传规律。应用该标记对获得的抗性恢复系进行PCR扩增,结果发现所有抗性恢复系均能扩增出抗性基因BnALS1R目的条带,表明3条标记引物可应用于抗性基因的检测。AS-PCR标记的获得将促进以抗性基因进行油菜抗除草剂分子标记辅助选择育种。 展开更多
关键词 油菜 咪唑啉酮类除草剂 BnALS1R 乙酰乳酸合成酶 等位基因特异pcr
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水稻抽穗期调控基因Hd6功能标记的开发及应用
12
作者 陈智慧 陶亚军 +8 位作者 范方军 许扬 王芳权 李文奇 古丽娜尔·巴合提别克 蒋彦婕 朱建平 李霞 杨杰 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第1期47-54,共8页
【目的】探究Hd6等位基因型在江苏粳稻和籼稻中的分布,提高Hd6等位基因型在水稻抽穗期遗传改良中的应用价值和选择效率。【方法】根据籼稻品种Kasalath中有功能的等位基因Hd6与粳稻品种日本晴中无功能的等位基因hd6在功能区域存在的单... 【目的】探究Hd6等位基因型在江苏粳稻和籼稻中的分布,提高Hd6等位基因型在水稻抽穗期遗传改良中的应用价值和选择效率。【方法】根据籼稻品种Kasalath中有功能的等位基因Hd6与粳稻品种日本晴中无功能的等位基因hd6在功能区域存在的单核苷酸差异,设计和筛选出Hd6基因功能标记K-Hd6-21F/Hd6-1R和N-Hd6-22F/Hd6-1R,并测序分析验证;利用K-Hd6-21F/Hd6-1R和N-Hd6-22F/Hd6-1R对江苏省不同生态类型的粳稻品种和不同来源的籼稻品种的Hd6基因型进行检测。【结果】该功能标记可准确鉴定出Hd6的不同基因型;48份中熟中粳水稻品种中,携带Hd6的水稻品种占42%;30份迟熟中粳水稻品种中携带Hd6的占50%;48份早熟晚粳水稻品种中,携带Hd6的占77.5%。Hd6的2种等位基因型在江苏省3个不同生态区域粳稻品种中均有分布,但有功能的Hd6等位基因型在3个区域粳稻品种中的分布随着抽穗期变长,基因型频率增加;而Hd6基因在籼稻中表现出高度保守性,检测的62个籼稻品种均携带有功能的Hd6等位基因型。【结论】本研究为Hd6基因的育种利用和分子标记辅助选择奠定了基础,也为籼稻早熟品种的选育提供新依据和有效途径。 展开更多
关键词 水稻 抽穗期 Hd6 功能标记 等位基因特异性pcr
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小麦高分子量谷蛋白亚基1Dx5的AS-PCR分子鉴定 被引量：10
13
作者 孙宪印 吴科 +2 位作者 卫宪云 吕建华 李斯深 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期71-73,149,共4页
小麦高分子量谷蛋白亚基G lu-D 1位点上1Dx5-1D y10和1Dx2-1D y12分别紧密连锁,与小麦面包加工品质的优劣密切相关。为了加速小麦品质育种进程,利用1Dx5亚基特异PCR标记鉴定了67份小麦品种(系)的谷蛋白G lu-D 1位点,有22个品种扩增出478... 小麦高分子量谷蛋白亚基G lu-D 1位点上1Dx5-1D y10和1Dx2-1D y12分别紧密连锁,与小麦面包加工品质的优劣密切相关。为了加速小麦品质育种进程,利用1Dx5亚基特异PCR标记鉴定了67份小麦品种(系)的谷蛋白G lu-D 1位点,有22个品种扩增出478 bp特异片段,表明这些品种具有1Dx5亚基;45份品种未扩增出478 bp特异片段,表明其不具有1Dx5亚基,1Dx5亚基出现频率为32.8%。PCR标记的鉴定结果与SDS-PAGE电泳结果一致,通过比较,初步建立了鉴定1Dx5亚基的稳定扩增体系。 展开更多
关键词 小麦 高分子量谷蛋白亚基 等位基因特异性pcr
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扬麦系列品种(系)重要性状功能基因的KASP检测 被引量：22
14
作者 王君婵 吴旭江 +5 位作者 胡文静 张晓 张勇 高德荣 别同德 张伯桥 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1271-1283,共13页
为了解扬麦系列品种(系)重要性状功能基因组成,利用高通量KASP标记技术对30份扬麦系列品种(系)的株高、光周期、抗病虫、抗穗发芽、抗旱、籽粒及品质性状等相关功能基因进行检测。结果表明:76.7%的供试品种(系)含有矮秆基因Rht-B1b;所... 为了解扬麦系列品种(系)重要性状功能基因组成,利用高通量KASP标记技术对30份扬麦系列品种(系)的株高、光周期、抗病虫、抗穗发芽、抗旱、籽粒及品质性状等相关功能基因进行检测。结果表明:76.7%的供试品种(系)含有矮秆基因Rht-B1b;所有品种(系)携带光周期不敏感基因Ppd-A1a和Ppd-D1a,均聚合多个高千粒质量基因TaSus1-7A、TaSus2-2A、TaGS-D1和TaGW2-6B等;扬麦系列品种(系)主要含有TaPHS1、Vp-B1和TaSdr-B13个抗穗发芽基因,频率分别为73.3%、90.0%和73.3%;抗旱基因CWI-4A、CWI-5D、TaMoc-A1、TaSST-A2、TaSST-D1、Dreb-B1和1-feh-w3的频率分别为66.7%、100.0%、13.3%、100.0%、93.3%、20.0%和90.0%;抗赤霉病基因Fhb1在扬麦系列品种(系)中的比例不高,仅为16.7%;70%扬麦系列品种(系)含有抗叶锈病基因Lr14a;抗禾谷孢囊线虫病基因Cre8、抗眼斑病基因Pch1、抗秆锈病基因(Sr2和Sr36)、抗叶锈病基因(Lr21、Lr34、Lr47和Lr67)、抗褐斑病基因Tsn1在供试材料中均未发现,扬麦系列品种(系)多为弱筋小麦,50%的扬麦系列品种(系)Glu-A1位点为1,86.7%的Glu-D1位点为2+12,除扬麦3号外,供试品种Glu-B3位点都为c。本研究明确了扬麦系列品种(系)部分重要性状功能基因的组成,为扬麦系列品种(系)在生产和育种上应用提供了理论依据。 展开更多
关键词 小麦 基因 Kasp检测
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番红花及其混淆品的rDNA ITS序列与AS-PCR鉴别 被引量：9
15
作者 毛善国 罗玉明 +1 位作者 沈洁 丁小余 《南京师大学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期89-92,共4页
通过对番红花及其混淆品的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X、Mega 3.0等软件进行序列分析.结果表明番红花rDNA ITS区序列全长650 bp,GC百分比为60.3%,与其混淆品的rDNA ITS区序列存在着显著差异.另外,还设计出了鉴别... 通过对番红花及其混淆品的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X、Mega 3.0等软件进行序列分析.结果表明番红花rDNA ITS区序列全长650 bp,GC百分比为60.3%,与其混淆品的rDNA ITS区序列存在着显著差异.另外,还设计出了鉴别番红花的位点特异性PCR引物,无需测序即可对番红花及其混淆品进行准确的分子鉴别. 展开更多
关键词 番红花 rDNA ITS区 混淆品 位点特异性pcr 分子鉴别
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AS-PCR方法检测中国人群CYP2C19基因多态性 被引量：7
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作者 薛丽 叶玉兴 +1 位作者 易国辉 白玉杰 《海南医学院学报》 CAS 2010年第9期1101-1105,1110,共6页
目的:建立一种快速、灵敏的细胞色素氧化酶P4502C19基因多态性检测方法。方法:分离外周血淋巴细胞基因组DNA,分别用一对等位基因特异性(allele-specific,AS)的反向引物与共用正向引物进行PCR扩增,通过电泳分析对应的PCR产物来判断CYP2C1... 目的:建立一种快速、灵敏的细胞色素氧化酶P4502C19基因多态性检测方法。方法:分离外周血淋巴细胞基因组DNA,分别用一对等位基因特异性(allele-specific,AS)的反向引物与共用正向引物进行PCR扩增,通过电泳分析对应的PCR产物来判断CYP2C19基因型。在AS引物3′端倒数第三位或第二位引入错配碱基改进特异性。采用优化后方法对278例健康人进行CYP2C19基因型分析。结果:AS-PCR可检测CYP2C19基因多态性,引入第二个错配碱基可提高检测特异性。经直接测序验证结果完全一致。结论:建立和优化的AS-PCR方法适用于CYP2C19基因多态性快速检测。 展开更多
关键词 细胞色素氧化酶2C19 遗传多态性 基因型 等位基因特异性pcr
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中药材蛤蚧的特异性PCR鉴定 被引量：8
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作者 顾海丰 夏云 +4 位作者 徐永莉 谷颖乐 许尧 李力 曾晓茂 《四川动物》 CSCD 北大核心 2012年第2期226-231,共6页
以线粒体Cytb、COI、12SrRNA、16SrRNA基因序列为基础,探讨特异性PCR技术鉴定蛤蚧及伪品的可行性。本研究以所扩增的16条COI序列为引物设计依据序列设计了1对位点特异性引物COISF,COISR,同时从Gen-Bank上下载30条序列,设计了CytbSF,Cytb... 以线粒体Cytb、COI、12SrRNA、16SrRNA基因序列为基础,探讨特异性PCR技术鉴定蛤蚧及伪品的可行性。本研究以所扩增的16条COI序列为引物设计依据序列设计了1对位点特异性引物COISF,COISR,同时从Gen-Bank上下载30条序列,设计了CytbSF,CytbSR;16S rRNASF,16S rRNASR;12S rRNASF,12S rRNASR另外3对位点特异性引物,因此共用4对位点特异性引物分别扩增蛤蚧及伪品实验样本。结果表明在复性温度为65℃时,4对引物都出现了理想的结果,即蛤蚧正品出现了扩增条带,而伪品没有扩增条带。同时对市售的蛤蚧商品进行了检测,在所供的7号标本中,有4号为蛤蚧正品,其余3号为蛤蚧伪品。本研究所设计的位点特异性引物可快捷、准确的鉴定蛤蚧及伪品,且在药检工作中具有极大的应用前景。 展开更多
关键词 特异性引物 蛤蚧及伪品 分子鉴定
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片段长度差异等位基因特异性PCR—一种改良的SNP分型新方法 被引量：18
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作者 黄代新 杨庆恩 赵贵森 《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期11-14,共4页
目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末... 目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物。PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致。两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低。结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 片段长度差异等位基因特异性pcr 碱基错配 法医物证检验学
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小麦高分子量谷蛋白亚基1Ax2`的AS-PCR鉴定 被引量：5
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作者 孙宪印 吴科 +3 位作者 钱兆国 卫宪云 米勇 李斯深 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期75-77,共3页
为了从DNA水平上快速鉴定Glu-A1位点编码的1Ax2*优质亚基,建立了稳定的检测1Ax2*优质亚基基因的PCR扩增体系。通过该体系,1Ax2*优质亚基基因扩增出2652bp特异片段,而其他亚基基因则不能扩增出该片段。验证材料的PCR鉴定结果与SDS-PAGE... 为了从DNA水平上快速鉴定Glu-A1位点编码的1Ax2*优质亚基,建立了稳定的检测1Ax2*优质亚基基因的PCR扩增体系。通过该体系,1Ax2*优质亚基基因扩增出2652bp特异片段,而其他亚基基因则不能扩增出该片段。验证材料的PCR鉴定结果与SDS-PAGE电泳结果一致,表明利用该体系鉴定1Ax2*亚基是可行的。利用此体系鉴定了44份外引小麦品种(系)的谷蛋白Glu-A1位点,有24个品种(系)含有1Ax2*亚基,1Ax2*亚基出现频率为54.5%。 展开更多
关键词 小麦 1Ax2^＊ 等位基因特异性pcr
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等位基因差异特异性PCR检测HBVDNA的前C区1896突变位点及其临床意义 被引量：5
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作者 李文清 陈玉丽 +1 位作者 王承党 林经安 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2002年第1期23-24,共2页
为了探讨ＨＢＶ前Ｃ区 １８９６突变位点检测的临床意义，采用３－末瑞等位基因差异特异性ＰＣＲ方法对９５例乙型肝炎病毒感染者的ＨＢＶＤＮＡ１ ８９６位点进行基因型（野生株／突变株）的检测，结果显示：总突变率为６４．２％，总... 为了探讨ＨＢＶ前Ｃ区 １８９６突变位点检测的临床意义，采用３－末瑞等位基因差异特异性ＰＣＲ方法对９５例乙型肝炎病毒感染者的ＨＢＶＤＮＡ１ ８９６位点进行基因型（野生株／突变株）的检测，结果显示：总突变率为６４．２％，总野生率为５５．８％，纯野生型和纯突变型的检出率分别为２８．４％和２７．４％；不同临床类型的乙肝病毒感染者均可出现突变，其野生型、突变型和混合感染型的检出率之间的比较无显著性差异（Ｐ＞０．０５），急性乙肝与慢性乙肝、携带者、肝硬化和肝癌的总突变率存在差异（Ｐ＜０．０５）；血清不同ＨＢｅ系统均可发生突变．抗－ ＨＢｅ阳性组的突变率显著高于ＨＢｅＡｇ阳性和ＨＢｅ系统阴性组（Ｐ＜０．０５），提示：机体感染了ＨＢＶ后．变异主要是发生在慢性持续性感染过程中．突变株逐渐替代了野生株并成为优势株．使宿主得以持续感染ＨＢＶ。 展开更多
关键词 等位基因差异特异性pcr 1896突变位点 基因型 HBVDNA 慢性持续感染
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