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中国西部人群IRF6基因SNPs与非综合征型唇腭裂相关性的研究 被引量:8
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作者 黄永清 马敏 +7 位作者 马坚 李亚娣 李迎春 王珑 高军 张雷 乔光伟 石冰 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期227-231,共5页
目的:探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因rs2013162和rs2235375位点单核苷酸多态性(SNPs)与非综合征型唇腭裂的相关性。方法:收集病例组非综合征型唇腭裂患儿332例,患者父亲243例,患者母亲289例,完整的核心家庭206个。对照组收集正常新生儿... 目的:探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因rs2013162和rs2235375位点单核苷酸多态性(SNPs)与非综合征型唇腭裂的相关性。方法:收集病例组非综合征型唇腭裂患儿332例,患者父亲243例,患者母亲289例,完整的核心家庭206个。对照组收集正常新生儿174例。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测IRF6基因这2个多态位点基因型,进行病例对照和传递不平衡(TDT)分析。结果:在中国西部人群中,与正常对照组比较,唇腭裂组rs2235375位点的基因型和等位基因的频率存在统计学差异(均P<0.01)。运用传递不平衡研究发现IRF6基因rs2235375位点的G等位基因在唇腭裂患者中存在过传递(P<0.01)。有5种单倍型组合显示有传递不平衡。结论:在中国西部人群中IRF6基因多态性与非综合征型唇腭裂的发生存在强的相关性。 展开更多
关键词 非综合征型唇腭裂(NSCL/P) 干扰素调节因子6(IRF6) 单核苷酸多态性(snp)
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基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异 被引量:2
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作者 陈赢男 戴晓港 +2 位作者 马秋月 刘海琳 李淑娴 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期85-88,共4页
通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1 556 684条序列,平均读长446 bp,共计695.34 Mb数据,其中1 492 289条高质量序列经拼接后得到22 762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP/In Del分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的... 通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1 556 684条序列,平均读长446 bp,共计695.34 Mb数据,其中1 492 289条高质量序列经拼接后得到22 762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP/In Del分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9 836个SNP和1 550个In Del位点。在SNP位点中,转换占62.55%、颠换占37.45%,A/G的变异最为丰富,C/G的变异最少。在In Del位点中,有34.71%的位点为单核苷酸插入、缺失突变。 展开更多
关键词 碧桃 转录组测序 单核苷酸多态性 插入缺失长度多态性
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基于全基因组重测序策略对谷氨酸棒杆菌外源蛋白高产菌株相关基因的挖掘及初步验证
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作者 孟丽虹 刘秀霞 +1 位作者 杨艳坤 白仲虎 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第24期1-6,共6页
谷氨酸棒杆菌是食品安全级菌株,可作为生产高价值产物的优良底盘细胞用于工业生产。它具有良好的分泌系统,是表达重组蛋白的潜在宿主,有极大的研究价值。为优化底盘细胞提高其蛋白表达能力,挖掘并验证谷氨酸棒杆菌中与外源蛋白高表达相... 谷氨酸棒杆菌是食品安全级菌株,可作为生产高价值产物的优良底盘细胞用于工业生产。它具有良好的分泌系统,是表达重组蛋白的潜在宿主,有极大的研究价值。为优化底盘细胞提高其蛋白表达能力,挖掘并验证谷氨酸棒杆菌中与外源蛋白高表达相关的基因。在谷氨酸棒杆菌重测序的基础上,应用生物信息学对单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNP)基因进行挖掘,分析基因保守结构域。通过构建SNP基因过表达和敲除重组菌株,评估其生长情况以及增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescence protein,EGFP)和人重组特立帕肽(recombinant human teriparatide,rtPTH)的外源蛋白表达能力。分析并整理了高产量外源蛋白菌株的重测序数据,共有33个SNP突变位点,主要涉及5个基因。其中SNP重组菌株over-2370和ko-973-974的荧光值最高,并且发酵生产rtPTH,均比野生型(wild type,WT)提高了近1倍。该研究成功挖掘出与蛋白表达相关的基因GL002370和GL000974,这些发现将有助于获得优化的底盘细胞,并为深入研究增加蛋白产量的靶基因提供指导。 展开更多
关键词 谷氨酸棒杆菌 重测序 蛋白表达 单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms snp) 基因过表达和敲除
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