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差异表达基因鉴别的SAM和RVM的比较: 1; 作者贺宪民武建虎 +2 位作者贺佳 XIANG Zhaoying 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2005年第4期210-213,共4页; 目的探讨小样本量情况下基于两种不同理论对方差进行调整的SAM和RVM方法在差异表达基因鉴别中的性能。方法以真实实验数据作为参数估计的基础进行理论数据的模拟,并基于理论数据对SAM、基于permutation的SAM和RVM的性能进行了探讨。结... 展开更多; 关键词差异表达基因随机方差模型 sam 比较分析卫生统计; 在线阅读下载PDF 职称材料

小样本情况下差异表达基因鉴别的参数统计分析被引量：10: 2; 作者贺宪民武建虎 +1 位作者贺佳 XIANG Zhaoying 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2005年第3期141-145,共5页; 目的探索小样本情况下基于不同理论的统计方法在鉴别差异表达基因时的性能。方法以实验资料为基础,估计残差方差的分布参数、基因的平均表达及差异表达水平,按照一定差异比例模拟理论数据,用于分析倍数法、t检验、随机方差模型、SAM及... 展开更多; 关键词小样本差异表达基因鉴别参数统计分析对数后验比法 sam; 在线阅读下载PDF 职称材料

不相交主成分分析(PCA)和遗传算法(GA)用于差异表达基因的识别被引量：1: 3; 作者苏振强 HONG Hui—Xiao +3 位作者 TONG Wei-Da PERKINS Roger 邵学广蔡文生《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1640-1644,共5页; 建立了一种基于不相交主成分分析(Disjoint PCA)和遗传算法(GA)的特征变量选择方法,并用于从基因表达谱(Gene expression profiles)数据中识别差异表达的基因.在该方法中,用不相交主成分分析评估基因组在区分两类不同样品时的区分能力;... 展开更多; 关键词基因芯片主成分分析(PCA) 遗传算法(GA) 基因芯片显著性分析(sam) 偶然相关; 在线阅读下载PDF 职称材料

基因芯片显著性分析方法在伯基特淋巴瘤分期特征分析中的应用: 4; 作者高山张红尹京苑《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期106-110,共5页; 应用基因芯片显著性分析(SAM)方法,从1组伯基特(Burkitt)淋巴瘤的基因表达数据中,选取了与分期特征相关性比较显著的90个特征基因进行通路分析,发现在相关通路中频繁出现的9个特征基因同属于基因本体论(GO)中的信号转导子类,并且普遍具... 展开更多; 关键词基因表达谱芯片显著性分析肿瘤分期特征基因伯基特淋巴瘤; 在线阅读下载PDF 职称材料

1514例自然流产绒毛染色体微阵列检测分析被引量：7: 5; 作者顾崇娟温灿良 +2 位作者李玲李茹何耀娟《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期61-66,共6页; 目的:基于自然流产绒毛染色体微阵列(CMA)检测,探讨自然流产的遗传学原因以及染色体异常与孕妇年龄、流产孕周及流产次数的关系。方法:收集2016年5月1日至2021年4月30日在广州市妇女儿童医疗中心治疗自然流产的女性,留取流产绒毛或胚胎... 展开更多; 关键词自然流产染色体微阵列拷贝数变异不明意义的变异单亲二体; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名差异表达基因鉴别的SAM和RVM的比较: 1; 作者贺宪民武建虎贺佳 XIANG Zhaoying; 机构第二军医大学卫生统计学教研室; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2005年第4期210-213,共4页; 基金第二军医大学青年基金资助项目(2003SQ19); 文摘目的探讨小样本量情况下基于两种不同理论对方差进行调整的SAM和RVM方法在差异表达基因鉴别中的性能。方法以真实实验数据作为参数估计的基础进行理论数据的模拟,并基于理论数据对SAM、基于permutation的SAM和RVM的性能进行了探讨。结果基因的对数表达比的残差方差较好地符合反伽马分布,在设定的不同差异表达基因比例情况下,基于permutation的SAM法的鉴别性能最高,RVM次之,SAM最低。结论基因残差方差的分布可以用反伽马分布拟合,基于permutation的SAM和RVM具有较好的检测差异表达基因的性能,SAM在估计校正系数时应考虑差异表达基因的比例。; 关键词差异表达基因随机方差模型 sam 比较分析卫生统计; Keywords Differential expression gene Random variance model significance analysis of microarrays; 分类号 Q786 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名小样本情况下差异表达基因鉴别的参数统计分析被引量：10: 2; 作者贺宪民武建虎贺佳 XIANG Zhaoying; 机构第二军医大学卫生统计学教研室 Department of Microbiology & Immunology; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2005年第3期141-145,共5页; 基金第二军医大学青年基金资助项目(2003SQ19); 文摘目的探索小样本情况下基于不同理论的统计方法在鉴别差异表达基因时的性能。方法以实验资料为基础,估计残差方差的分布参数、基因的平均表达及差异表达水平,按照一定差异比例模拟理论数据,用于分析倍数法、t检验、随机方差模型、SAM及对数后验比法的性能及特征。结果随机方差模型、SAM及对数后验比法在鉴别差异表达基因的准确性上相近,均高于t检验和倍数法,t检验又稍高于倍数法。结论倍数法的性能受极端值的影响严重,t检验在基因特异性标准误较小情况下增加鉴别的假阳性率,而随机方差模型、SAM和对数后验比法由于统计量的计算建立在多基因的基础上,鉴别的准确性较高。; 关键词小样本差异表达基因鉴别参数统计分析对数后验比法 sam; Keywords Differential expression gene,Random variance model,significance analysis of microarrays, Empirical Bayes log posterior odds; 分类号 R195 [医药卫生—卫生统计学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名不相交主成分分析(PCA)和遗传算法(GA)用于差异表达基因的识别被引量：1: 3; 作者苏振强 HONG Hui—Xiao TONG Wei-Da PERKINS Roger 邵学广蔡文生; 机构中国科学技术大学化学系 Division of Bioinformatics Center for Toxicoinformatics 南开大学化学系; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1640-1644,共5页; 基金国家自然科学基金(批准号:20325517和20575031)资助.; 文摘建立了一种基于不相交主成分分析(Disjoint PCA)和遗传算法(GA)的特征变量选择方法,并用于从基因表达谱(Gene expression profiles)数据中识别差异表达的基因.在该方法中,用不相交主成分分析评估基因组在区分两类不同样品时的区分能力;用GA寻找区分能力最强的基因组;所识别基因的偶然相关性用统计方法评估.由于该方法考虑了基因间的协同作用更接近于基因的生物过程,从而使所识别的基因具有更好的差异表达能力.将该方法应用于肝细胞癌(HCC)样品的基因芯片数据分析,结果表明,所识别的基因具有较强的区分能力,优于常用的基因芯片显著性分析(Significance analysis of microarrays,SAM)方法.; 关键词基因芯片主成分分析(PCA) 遗传算法(GA) 基因芯片显著性分析(sam) 偶然相关; Keywords Microarray Principal component analysis（PCA） Genetic algorithm（GA） significance analysis of microarrays （sam） Chance correlation; 分类号 O652 [理学—分析化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基因芯片显著性分析方法在伯基特淋巴瘤分期特征分析中的应用: 4; 作者高山张红尹京苑; 机构上海大学生命科学学院; 出处《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期106-110,共5页; 基金上海大学系统生物所研究基金资助项目; 文摘应用基因芯片显著性分析(SAM)方法,从1组伯基特(Burkitt)淋巴瘤的基因表达数据中,选取了与分期特征相关性比较显著的90个特征基因进行通路分析,发现在相关通路中频繁出现的9个特征基因同属于基因本体论(GO)中的信号转导子类,并且普遍具有与肿瘤发生发展机制相关的信号转导、细胞凋亡、免疫应答等多项功能.其中,有2项功能与伯基特淋巴瘤恶化相关是首次报道.; 关键词基因表达谱芯片显著性分析肿瘤分期特征基因伯基特淋巴瘤; Keywords gene expression profile significance analysis of microarrays cancer staging feature gene Burkitt lyphoma; 分类号 Q7 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名1514例自然流产绒毛染色体微阵列检测分析被引量：7: 5; 作者顾崇娟温灿良李玲李茹何耀娟; 机构广州市妇女儿童医疗中心妇产科广州市妇女儿童医疗中心临床数据中心广州市妇女儿童医疗中心产前诊断中心; 出处《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期61-66,共6页; 基金广州市科技计划项目(编号:202102010311)。; 文摘目的:基于自然流产绒毛染色体微阵列(CMA)检测,探讨自然流产的遗传学原因以及染色体异常与孕妇年龄、流产孕周及流产次数的关系。方法:收集2016年5月1日至2021年4月30日在广州市妇女儿童医疗中心治疗自然流产的女性,留取流产绒毛或胚胎组织进行CMA结合荧光定量PCR(QF-PCR)检测。根据CMA结果分为染色体数目异常、致病性拷贝数变异(CNV)、意义不明的变异(VOUS)和染色体正常组,比较不同孕妇年龄、流产孕周以及不同自然流产次数CMA结果的差异;并对自然流产中CNV的特点进行分析。结果:(1)共1514例自然流产纳入本研究,其中绒毛染色体数目异常为58.06%,致病性CNV为4.82%,VOUS为7.46%。染色体数目异常中常染色体三体最多见,其中16-三体占18.54%,其次是22-三体占10.35%;性染色体异常主要为45,X,占11.95%。(2)染色体数目异常在年龄>35岁女性中的发生率显著高于≤35岁的女性(P<0.05),而致病性CNV和VOUS及染色体正常的发生率则显著低于≤35岁的女性(P<0.05);孕周≥14周的染色体数目异常发生率显著低于<14周(P<0.05),而VOUS和染色体正常的发生率则显著高于<14周(P<0.05);发生自然流产1次、2次、3次和≥4次的女性,其发生染色体数目异常、致病性CNV、VOUS和染色体正常的比率差异均无统计学意义(P>0.05)。(3)致病性CNV中片段重复占39.73%,片段缺失占60.27%;VOUS中片段重复占64.60%,片段缺失占23.89%。致病性CNV中片断长度>10 Mb占63.01%,3~10 Mb占31.51%,<3 Mb占5.48%。13例单亲二体(UPD)中6例为整条染色体UPD,7例为部分染色体UPD。结论:除染色体数目异常外,自然流产绒毛或胚胎组织CMA检测还可发现致病性CNV和VOUS。自然流产中高龄孕妇绒毛染色体数目异常率增加,但是低龄女性致病性CNV和VOUS的发生率更高;孕周<14周染色体数目异常比例增高,但是≥14周的VOUS发生率增高。而自然流产次数与胚胎染色体之间关联性不大。临床上无论年龄、流产孕周和是否发生复发性流产,均应关注自然流产的遗传学病因,包括染色体数目异常、致病性CNV和VOUS。; 关键词自然流产染色体微阵列拷贝数变异不明意义的变异单亲二体; Keywords Spontaneous abortion Chromosomal microarray analysis Copy number variation Variant of uncertain significance Uniparental disomy; 分类号 R714.21 [医药卫生—妇产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	差异表达基因鉴别的SAM和RVM的比较	贺宪民武建虎贺佳 XIANG Zhaoying	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2005	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	小样本情况下差异表达基因鉴别的参数统计分析	贺宪民武建虎贺佳 XIANG Zhaoying	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2005	10	在线阅读下载PDF 职称材料
3	不相交主成分分析(PCA)和遗传算法(GA)用于差异表达基因的识别	苏振强 HONG Hui—Xiao TONG Wei-Da PERKINS Roger 邵学广蔡文生	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2007	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基因芯片显著性分析方法在伯基特淋巴瘤分期特征分析中的应用	高山张红尹京苑	《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2008	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	1514例自然流产绒毛染色体微阵列检测分析	顾崇娟温灿良李玲李茹何耀娟	《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心	2023	7	在线阅读下载PDF 职称材料