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基于SSR标记的54个大蒜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建
1
作者 帅正彬 孙悦 +4 位作者 郭江洪 张怡 黄志 孙勃 柴丹 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期267-277,285,共12页
【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13... 【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13个,平均有效等位基因数(Ne)为1.4791;Shannon信息指数(I)在0.1453~0.6903之间,平均值为0.4359;基因多样性指数(H)变幅在0.0640~0.4971之间,平均值为0.2853,表明供试材料具有较为丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析结果表明,54份大蒜在遗传相似系数0.63处被分为3个类群,第一类群包含7份种质;第二亚类仅包含3份种质;第三亚类包含44份种质,在遗传相似系数0.828分成了10个亚类。聚类结果与PCoA分析结果基本一致。此外,利用筛选的SSR引物构建了54份大蒜种质的指纹图谱二维码。【结论】结果为大蒜种质资源的鉴定、保护与利用提供了有力支撑,为分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 大蒜 ssr标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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基于SSR标记的粗皮桉群体遗传多样性和群体结构分析
2
作者 邢梦月 王平 +4 位作者 赵海文 翁启杰 周长品 王非 李发根 《林业科学研究》 北大核心 2025年第2期106-115,共10页
[目的]利用SSR分子标记开展粗皮桉群体遗传多样性与遗传结构分析,为后期种质资源开发利用提供指导。[方法]以粗皮桉种源家系试验材料中来源于印度尼西亚、巴布亚新几内亚和澳大利亚的18个群体为研究对象,通过筛选出18对多态SSR引物,利... [目的]利用SSR分子标记开展粗皮桉群体遗传多样性与遗传结构分析,为后期种质资源开发利用提供指导。[方法]以粗皮桉种源家系试验材料中来源于印度尼西亚、巴布亚新几内亚和澳大利亚的18个群体为研究对象,通过筛选出18对多态SSR引物,利用分子方差分析(AMOVA)、聚类分析和贝叶斯聚类算法等方法,分析粗皮桉群体遗传多样性、遗传分化及群体结构特征。[结果]18对SSR引物共检测到187个等位基因(N_(a)),平均有效等位基因数(N_(e))、观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))、多态性信息含量(PIC)、Shannon's信息指数(Ⅰ)和Nei's遗传多样性指数(H)分别为5.039、0.712、0.660、0.753、1.338和0.777,18对SSR引物的多态性较高。粗皮桉群体内遗传分化指数(Fst)平均为0.106,基因流(Nm)平均为1.610。粗皮桉群体总体遗传多样性水平较高,其中澳大利亚的WH、WD、SC、NC、NI群体,巴布亚新几内亚的MW群体遗传多样性水平高于其他群体。AMOVA分子方差分析显示,群体多样性水平变异主要来自于群体内(90%),而群体之间的遗传变异仅为10%。群体结构分析结果表明,18个粗皮桉群体可分为两大类,其中印度尼西亚和巴布亚新几内亚的群体与澳大利亚群体分化明显,表现出一定程度的岛屿分化效应。[结论]粗皮桉群体遗传分化水平中等,遗传变异主要来自于群体内,群体遗传多样性较高。种质资源收集和管理应优先考虑多样性较高的群体。本研究也为进一步优化粗皮桉种质资源收集、核心种质构建、新品种创制及开发利用提供科学依据。 展开更多
关键词 粗皮桉 ssr 遗传多样性 遗传分化
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玉米大斑病菌基因组SSR位点分析及其多态性引物筛选
3
作者 强强 畅引东 +2 位作者 孙瑛健 贾仡伟 张作刚 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期438-446,共9页
【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行... 【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索;采用Primer 3.0设计SSR引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR多态性引物进行筛选和验证。【结果】在玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12046个SSR位点,SSR位点平均密度为276.9个·Mb^(-1)。其中:三核苷酸重复型SSR最多,占总SSR数量的31.38%;五核苷酸重复型SSR最少,占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型,其中,C/G重复类型最多,SSR位点数量为2299个,占比19.09%,AC/GT次之(1669个,占比13.86%)。SSR位点的重复次数主要集中在5~16次,占总SSR数量的91.38%;重复10次的SSR位点数量最多,占总SSR数量的18.40%;SSR长度范围为10~300 bp,其中,10~20 bp占比最多,占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点,具有开发多态性SSR引物的潜力;筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 基因组 简单重复序列 分子标记 多态性引物
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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析
4
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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基于SSR标记的197份谷子遗传多样性分析
5
作者 温蕊 赵雅杰 +2 位作者 贾祎明 金晓蕾 张永虎 《西北农业学报》 北大核心 2025年第6期980-990,共11页
通过分析197份谷子种质的遗传多样性,拓展谷子种质创新利用途径,加快育种进程。利用筛选出的12对引物对197份谷子种质进行分子标记试验,分析谷子种质资源遗传多样性、群体结构、遗传分化关系以及亲缘关系。结果表明:谷子种质中共检测到... 通过分析197份谷子种质的遗传多样性,拓展谷子种质创新利用途径,加快育种进程。利用筛选出的12对引物对197份谷子种质进行分子标记试验,分析谷子种质资源遗传多样性、群体结构、遗传分化关系以及亲缘关系。结果表明:谷子种质中共检测到173个等位基因(N_(a)),平均每对引物检测出14.417个;Shannon’s多样性指数(I)平均为1.621,其中7对引物达到1.5以上;PIC平均值为0.628,8对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。分子方差分析(AMOVA)结果表明197份谷子种质的群体间变异为12.0%,群体内变异达88.0%。群体间遗传分化指数为0.034~0.756,均值为0.141。PCoA分析将197份谷子种质分为四大类。第一主成分和第二主成分分别可以解释总变量的23.08%和20.33%。选用的12对引物能很好地反映谷子种质的遗传多样性(PIC>0.5);197份谷子种质群体间存在中等程度的遗传分化(F_(st)=0.141)和广泛的基因交流(N m=3.462)。 展开更多
关键词 谷子 ssr分子标记 遗传多样性 遗传分化 基因流
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脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
6
作者 黄秋岚 田程飘 +3 位作者 刘功德 毛立彦 邓小红 龙凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期583-591,共9页
【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转... 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序,高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后,使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索,并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp;经MISA搜索,鉴定出22447个SSR位点,分布在11119条Unigenes上,SSR发生频率为34.47%,平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中,以单核苷酸重复类型数量最多(14002个),占62.38%;其次是二核苷酸重复类型(3949个)和三核苷酸重复类型(3980个),分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类,且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势(合计占73.99%);A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元,占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元,占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元,占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布,以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多(10395个,占46.31%),其次是出现频次为10次的SSR重复基元(4997个,占22.26%)。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63 bp,以基序长度在12~20 bp的SSR位点数量最多(12692个,占56.54%),呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物,共有17118个SSR位点可设计出引物,成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大,基元类型丰富,呈中度以上多态性,可用于开发SSR分子标记,为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。 展开更多
关键词 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(ssr) 序列特征 重复基元
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基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建 被引量：3
7
作者 赵雨欣 张哲文 +5 位作者 考惠霞 孙永江 辛智鸣 赵喆 董树斌 程瑾 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期374-385,共12页
以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR... 以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。 展开更多
关键词 沙棘 表达序列标签微卫星 指纹图谱 遗传多样性
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基于SSR标记与农艺性状对三七集团选择群体的评价 被引量：2
8
作者 李满桥 王前 +6 位作者 李葵秀 俎峰 陈中坚 王勇 魏富刚 杨生超 刘冠泽 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1673-1684,共12页
三七为人参属多年生草本植物,生长和繁育周期长,群体间的遗传多样性低,但群体内单株间表型变异大,人参皂苷含量差异尤为明显。本研究根据三七中5种人参皂苷(三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Re、人参皂苷Rd)含量构建了1... 三七为人参属多年生草本植物,生长和繁育周期长,群体间的遗传多样性低,但群体内单株间表型变异大,人参皂苷含量差异尤为明显。本研究根据三七中5种人参皂苷(三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Re、人参皂苷Rd)含量构建了11份集团群体(SL1~SL11),对当代和第一代集团群体人参皂苷含量进行了比较分析。同时,基于三七基因组,使用MISA软件进行全基因组水平SSR标记开发,鉴定到255239个SSR标记,筛选出17对多态性SSR标记。使用SSR标记对第一代群体进行遗传多样性评价。结果表明,11份第一代集团群体观察杂合度Ho较高(0.4583~0.6042),遗传分化程度低(Fst=0.0447),且具有较高基因流(Nm=11.6189);第一代群体间总皂苷含量无显著性差异而三七皂苷R1变异系数高于总皂苷和其他单体皂苷,且群体SL8三七皂苷R1含量显著高于其他群体。综上,本研究以皂苷含量为目标性状构建了高皂苷含量的集团群体,并利用SSR标记评价了群体遗传多样性,构建的三七皂苷R1高含量群体可作为后续育种材料。 展开更多
关键词 三七 集团群体 ssr标记 人参皂苷
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水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量：1
9
作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页
水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多
关键词 水芹 简单重复序列(ssr)分子标记 聚类分析 遗传多样性
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SSR分子标记在玉米研究中的应用 被引量：1
10
作者 王若丁 钟鹏 +8 位作者 王建丽 高海娟 孙蕊 李伟 徐艳霞 杨曌 李莎莎 王晓龙 刘丽 《饲料博览》 CAS 2024年第1期76-80,共5页
SSR简单重复序列也称微卫星DNA,是由特异性的引物进行PCR扩增分析的一种分子标记技术。简要介绍了SSR分子标记的原理,分析了SSR分子标记在玉米的种质资源、品种纯度鉴定、真伪鉴定、遗传多样性、种质性状等方面的应用。通过研究表明:能... SSR简单重复序列也称微卫星DNA,是由特异性的引物进行PCR扩增分析的一种分子标记技术。简要介绍了SSR分子标记的原理,分析了SSR分子标记在玉米的种质资源、品种纯度鉴定、真伪鉴定、遗传多样性、种质性状等方面的应用。通过研究表明:能够利用SSR分子标记技术对玉米的品种纯度鉴定、真伪性鉴定、遗传结构、亲缘关系、优劣群体的划分、种质性状等方面进行分析,同时也能为以后研究玉米的遗传连锁图谱构建、分子标记辅助育种、基因定位和种质资源等方面提供参考。 展开更多
关键词 ssr 分子标记 玉米 遗传多样性
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基于SSR标记的MCID法鉴定新疆地方梨品种及其遗传多样性分析 被引量：1
11
作者 毕清芮 马新院 +3 位作者 薛玉冉 樊国全 王邵鹏 牛莹莹 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1933-1941,共9页
为深入探究新疆地方梨品种的遗传关系,本研究采用简单重复序列(SSR)标记技术对28个新疆地方梨品种进行遗传多样性分析。同时,利用人工绘制品种鉴别示意图(MCID)法建立品种鉴定图(CID)。结果表明,新疆地方梨品种间遗传差异较小,遗传分化... 为深入探究新疆地方梨品种的遗传关系,本研究采用简单重复序列(SSR)标记技术对28个新疆地方梨品种进行遗传多样性分析。同时,利用人工绘制品种鉴别示意图(MCID)法建立品种鉴定图(CID)。结果表明,新疆地方梨品种间遗传差异较小,遗传分化为中等程度。通过构建新疆地方梨品种的聚类树状图,发现28个新疆地方梨具有较高的遗传多样性,遗传相似性系数为0.52~0.98。群体结构分析结果表明,最佳群体群组数值(K)=3时新疆地方梨品种被划分为3个组,各品种之间存在普遍的基因交流。采用MCID法构建新疆地方梨品种的CID图谱,并验证了该方法的有效性。本研究结果可为今后梨种质资源评价和利用提供理论依据。 展开更多
关键词 梨 简单重复序列(ssr) 遗传多样性 品种鉴定
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Analysis of Genetic Polymorphic SSR Markers in Germplasm Resources of the Natural Colored Cotton
12
作者 WANG Ju-qin1,LI Fu-zhen1,QIU Xin-mian1,BAO Li-sheng1,LU Yan-ting2(1.Central of Crop Molecular Breeding,Institute of Crop and Nucleonic Technology Utilization,Zhejiang Academy of Agricultural Sciences,Hangzhou 310021,China 2.Technical Popularization Station of Economic Specialty,Jinhua,Zhe jiang 321017,China) 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第S1期96-,共1页
Short sequence repeats(microsatellite,SSR) and expressed sequence tags-SSR(EST-SSR) markers were employed to analyze the genetic diversity of natural colored cotton varieties.About
关键词 natural colored cotton GERMPLASM genetic diversity genetic evolution simple sequence repeat(microsatellite ssr)
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基于果形对草莓品种遗传多样性SSR分析
13
作者 魏姗姗 赵强 +1 位作者 杨旭伟 武海福 《耕作与栽培》 2024年第1期33-38,47,共7页
本研究利用SSR分子标记技术对国家果树种质北京草莓圃的173份草莓品种进行区分,根据果形利用PopGene软件对其做了聚类分析。结果显示,长圆锥形、短圆锥形、阔圆锥形、圆锥形/长楔形、圆锥形/平楔形、长楔形、近圆形、圆球形/卵圆形的观... 本研究利用SSR分子标记技术对国家果树种质北京草莓圃的173份草莓品种进行区分,根据果形利用PopGene软件对其做了聚类分析。结果显示,长圆锥形、短圆锥形、阔圆锥形、圆锥形/长楔形、圆锥形/平楔形、长楔形、近圆形、圆球形/卵圆形的观测纯合度都为0.846 2,扁球形、圆球形/半圆球形、短圆锥形/短楔形的观测纯合度都在0.923 1~0.948 7之间,但是短圆形纯合度最低,为0.692 3,由此发现与其他形状的亲缘关系较远,其余形状相互之间的亲缘关系较近。根据果形分析SSR扩增等位基因的多态性发现,173份草莓品种整体纯合体偏多,其中楔形/长圆锥形的无杂合体,而短圆形的纯合体最少,草莓品种整体亲缘关系较近。 展开更多
关键词 草莓 ssr 遗传多样性 果形
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中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异
14
作者 王其刚 曹世睿 +5 位作者 王慧纯 马长乐 晏慧君 邱显钦 景维坤 蹇洪英 《广西植物》 北大核心 2025年第1期15-30,共16页
中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40... 中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装注释和比较分析。结果表明:(1)中甸刺玫的基因组序列长157173~157261 bp,植株间仅相差88 bp,共编码132个功能基因,主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27155个密码子编码,以A-和U-为末端的密码子较常见。(2)中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36个重复序列和73个简单重复序列(SSRs),后者大部分为单核苷酸SSRs,主要位于大单拷贝(LSC)区的基因间隔区。(3)中甸刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027,核酸多态性(P_(i))为0.00012;位于LSC的pet N-trn D、psa A-ycf 3等基因间隔区,以及rps 16和ycf 1等基因的核酸多态性相对较高;不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。该研究结果表明,中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和结构等方面均高度保守,其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起。 展开更多
关键词 中甸刺玫 叶绿体基因组 比较基因组 简单重复序列 核酸多态性 密码子偏好
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三倍体葡萄柚实生后代多倍体的发掘与SSR遗传鉴定 被引量：16
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作者 梁武军 解凯东 +3 位作者 谢宗周 徐强 伊华林 郭文武 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期13-18,共6页
【目的】从三倍体葡萄柚自然授粉的实生后代中发掘多倍体,希望获得一批多倍体新种质,并为探索三倍体遗传规律奠定基础。【方法】秋季采摘三倍体葡萄柚成熟果实,剥取种子,MT+1 mg·L-1GA3培养基播种,待种子萌发后,用流式细胞仪快速... 【目的】从三倍体葡萄柚自然授粉的实生后代中发掘多倍体,希望获得一批多倍体新种质,并为探索三倍体遗传规律奠定基础。【方法】秋季采摘三倍体葡萄柚成熟果实,剥取种子,MT+1 mg·L-1GA3培养基播种,待种子萌发后,用流式细胞仪快速检测其倍性,并采用SSR(simple sequence repeat)分子标记鉴定其不同倍性后代植株的来源。【结果】获得了二倍体、三倍体、四倍体、五倍体、六倍体和疑似非整倍体等不同倍性的再生植株各172、52、7、1、1、18株。用13对多态性SSR引物鉴定其来源,结果表明,由二倍体可能三倍体母本所产生的1X配子与周边其他二倍体品种的花粉授粉而来,也可能由三倍体母本产生的重组型2X配子的无融合生殖而来;三倍体大部分由珠心细胞发育而来;四倍体为杂交起源的四倍体;五倍体和六倍体与母本(三倍体葡萄柚)的带型完全相同。【结论】上述活体材料的发掘为柑橘多倍体育种奠定了种质基础。 展开更多
关键词 柑橘 多倍体 ssr(simple sequence repeat)分子标记 三倍体
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SSR分子标记在作物遗传育种中的应用 被引量：32
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作者 李丽 王海岗 +1 位作者 张晓丽 彭锁堂 《山西农业科学》 2008年第3期15-18,共4页
SSR(Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。简要介绍了SSR标记技术的发现、原理和特点,并总结了该技术在作物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择等方面... SSR(Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。简要介绍了SSR标记技术的发现、原理和特点,并总结了该技术在作物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择等方面的应用。 展开更多
关键词 ssr(simple sequence repeat) 分子标记 作物 应用
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四川主栽小麦品种遗传多样性的SSR标记研究 被引量：50
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作者 张志清 郑有良 +4 位作者 魏育明 吴卫 周永红 刘登才 兰秀锦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 2002年第2期5-9,共5页
采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具... 采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具有多态性。这 4 6个位点共检测到 110个等位变异 ,每个 SSR位点能检测到 1～ 8个 ,平均为 2 .4个。聚类分析表明 ,SSR标记能将 4 0个品种相互区分开。品种间遗传相似系数 (GS)变幅为 0 .4 5 1～ 0 .76 7,平均 GS值为0 .6 0 1。据此认为 ,SSR标记揭示出四川主栽小麦品种具有较高的遗传多样性。各年代间 GS值变化趋势分析表明 ,2 0世纪 70年代后 。 展开更多
关键词 四川 品种 遗传多样性 小麦 ssr标记 遗传相似 聚类分析
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杨树EST-SSR标记的开发 被引量：37
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作者 张新叶 宋丛文 +2 位作者 张亚东 杨彦伶 黄敏仁 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期53-59,共7页
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列... 利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。 展开更多
关键词 杨树 表达序列标签(EST) 简单重复序列(ssr)
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根据SSR标记划分优质蛋白玉米自交系的杂种优势群 被引量：52
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作者 番兴明 张世煌 +2 位作者 谭静 李明顺 李新海 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期105-110,共6页
利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的... 利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的 SSR引物 ,在供试材料中检测到 134个等位基因变异 ,平均多态性信息量为 0 .5 5。根据扩增谱带建立 0、 1型数据 ,计算 2 2个自交系间的遗传相似值 ,然后做聚类分析。结果表明 ,供试的 18个 QPM自交系可划分为 5群 :第一群与旅大红骨种质的遗传距离较近 ,包括 CML 14 9、 CA339、 CML 15 4、长 6 31/o2、中系 0 96 /o2、CML 16 6和 CML 16 4。第二群接近四平头种质 ,包括 CML 14 0、 YML 2 3、 YML 2 9和 CML 194。第三群接近瑞得种质 ,包括忻 910 1/o2和齐 2 0 5。第四群与兰卡斯特种质的距离较近 ,包括 YML 12和 YML 10 2。第五群与四个主要杂种优势类群的距离都比较远 ,包括 CML 14 7、 CML 16 1和 CML 171。 SSR标记划群与田间产量配合力划分结果及系谱分析基本一致。 展开更多
关键词 ssr标记 蛋白玉米 自交系 杂种优势 遗传相似系数
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利用RFLP和SSR标记划分玉米自交系杂种优势群的研究 被引量：134
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作者 袁力行 傅骏骅 +5 位作者 张世煌 刘新芝 彭泽斌 李新海 Khairalla M 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期149-156,共8页
利用 RFL P和 SSR标记对 2 9个玉米自交系进行杂种优势群划分 ,筛选出 56个多态性 RFL P探针酶组合 ,6 6对多态性 SSR引物 ,分别在供试材料中检测到 187个和 2 32个等位基因变异。两种方法比较表明 ,SSR标记的平均多态性信息量 (PIC,0 .... 利用 RFL P和 SSR标记对 2 9个玉米自交系进行杂种优势群划分 ,筛选出 56个多态性 RFL P探针酶组合 ,6 6对多态性 SSR引物 ,分别在供试材料中检测到 187个和 2 32个等位基因变异。两种方法比较表明 ,SSR标记的平均多态性信息量 (PIC,0 .54)高于 RFLP(0 .4 2 ) ;但对供试材料的遗传多样性评价基本一致 ,平均遗传相似系数 (GS)分别为 0 .6 4和 0 .6 2。综合 RFL P和 SSR分析结果进行聚类分析 ,将供试材料划分为四平头 ,旅大红骨 ,L SC,BSSS和 PA五个类群 ,划分结果与系谱分析基本一致 ,并把系谱来源不清的种质划分到相应的杂种优势群。其中 PN群的确认 ,进一步完善了我国玉米种质杂种优势群的基本框架 ,为育种实践提供了有价值的信息。 展开更多
关键词 玉米 RFLP ssr 遗传相似系数 杂种优势群 自交系 划分
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