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81例产前超声诊断胎儿异常的基因检测分析及临床价值 被引量:1
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作者 王咏梅 吴云 +2 位作者 周婷 杨玲 张沁欣 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期35-40,共6页
目的:探讨在产前超声诊断胎儿异常(含结构畸形及软指标)但染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)未明确病因的情况下,行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)分析的价值。方法:收集2022年1月—2024年1月在南京... 目的:探讨在产前超声诊断胎儿异常(含结构畸形及软指标)但染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)未明确病因的情况下,行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)分析的价值。方法:收集2022年1月—2024年1月在南京医科大学附属妇产医院超声科检查发现胎儿异常,经遗传咨询后选择侵入性产前诊断,抽取绒毛或羊水行CMA检测,结果均为阴性的81例胎儿,对这些样本再行WES检测。基因变异位点的判定参照美国医学遗传学和基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行分类。将致病性和可能致病性变异列为阳性结果,将临床意义未明、良性、可能良性列为阴性结果。结果:81例超声异常者包含47例单系统异常(58.02%)和34例多系统异常(41.98%)。WES共检出14例(17.28%)阳性,其中单系统异常和多系统异常各7例,其余67例阴性(82.72%)。阳性胎儿最多见的超声异常为心血管系统异常和骨骼系统异常,均为5例(35.71%),其次为泌尿系统异常4例(28.57%),此外2例胎儿在早期合并颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚(14.29%),中孕期超声发现多系统异常。结论:超声异常胎儿尤其是合并心血管、骨骼、泌尿系统异常或多系统异常时,如CMA检测未能明确病因,建议行WES检测,有可能发现遗传学病因。 展开更多
关键词 产前超声 产前诊断 染色体微阵列分析 全外显子测序
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硬粒小麦-普通小麦杂交后代农艺与品质性状分析 被引量:1
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作者 马本兴 崔赫 +7 位作者 赵海波 王营 郑豫川 高翔 杨明明 赵万春 李晓燕 董剑 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第4期440-447,共8页
为给小麦遗传改良和新品种选育提供丰富材料,对161份硬粒小麦与普通小麦杂交后代F6株系的农艺性状、条锈病抗性和品质性状进行检测,并对主要性状进行相关分析和主成分分析,利用0.1K基因芯片对其进行功能基因检测。结果发现,161份株系的... 为给小麦遗传改良和新品种选育提供丰富材料,对161份硬粒小麦与普通小麦杂交后代F6株系的农艺性状、条锈病抗性和品质性状进行检测,并对主要性状进行相关分析和主成分分析,利用0.1K基因芯片对其进行功能基因检测。结果发现,161份株系的农艺和品质性状变异较大,遗传多样性较丰富,大多数被测性状出现超亲现象。对被测性状进行主成分分析,综合排名前三株系的编号分别为137、98和155。对被测性状进行Q型聚类分析,161份株系可划分为五个类群,其中第Ⅲ类群综合表现最好,包括60个株系,具有高抗条锈病、小穗排列紧密、蛋白质含量高且质量好等特性,10号株系表现最好。利用0.1K芯片分析群体功能基因的分布,结合性状表现分析发现,F6群体后代中含有TaCwi-A1、Qpht-2D、Yr17基因,分别对提高千粒重、降低株高、抗条锈病有正向效应。主成分分析排名前列和Q聚类分析第三类群性状较好的株系可用于陕西小麦农艺与品质性状的遗传改良。 展开更多
关键词 普通小麦 硬粒小麦 杂交株系 农艺性状 芯片分析
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抑制性消减杂交技术结合cDNA MICROARRAY技术在中国明对虾WSSV感染后差异表达基因研究上的应用 被引量:8
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作者 王兵 桂朗 +1 位作者 李富花 相建海 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期455-461,共7页
以中国明对虾WSSV感染6h的头胸部组织为实验材料,提取总RNA分别进行正反向抑制性PCRcDNA消减杂交,消减杂交后的PCR产物经纯化并克隆到T载体,进而转化成正反向消减文库。消减文库库容分别为:正向库,3.7×104;反向库,1.2×104。... 以中国明对虾WSSV感染6h的头胸部组织为实验材料,提取总RNA分别进行正反向抑制性PCRcDNA消减杂交,消减杂交后的PCR产物经纯化并克隆到T载体,进而转化成正反向消减文库。消减文库库容分别为:正向库,3.7×104;反向库,1.2×104。利用消减文库的克隆构建了cDNA表达谱芯片,共有1536个靶点,其中正、反向文库各768个。使用该cDNA芯片对WSSV感染后6h的对虾组织进行了表达谱分析,对其中80个出现明显表达调控变化的阳性克隆进行了测序。结果显示,在WSSV感染后6h,病毒基因开始大量表达,而宿主糖酵解,嘌呤、嘧啶代谢以及精氨酸代谢等代谢途径的关键基因出现明显下调。这表明病毒已在宿主体内大批量复制并开始抑制宿主代谢。病毒上调表达的WSV482可能与病毒毒力的增强有关,而宿主蛋白的管家基因如Actin,EFα的下调表达提示:在利用基因表达技术研究WSSV病毒的实验中,管家基因的选择要十分慎重。此外,根据作者已有的研究结果,TPI基因是比较好的候选管家基因。而WSV414、WSV215和WSV482是对WSSV进行RNA干涉实验较好的候选靶标基因。 展开更多
关键词 中国明对虾 消减文库 基因芯片
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超高速细胞分选平台结合cDNA microarray技术筛查宫颈癌细胞潜在分子标志物 被引量:1
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作者 陈红香 周自华 周艳宏 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期54-60,共7页
目的:通过超高速细胞分选平台结合cDNA microarray技术,筛查宫颈癌细胞可能潜在的分子标志物。方法:采用MoFlo XDP型超高速细胞分选平台纯化细胞膜表面表达CD38和不表达CD38的宫颈癌细胞,利用RNAlater技术得到cDNA microarray实验所需R... 目的:通过超高速细胞分选平台结合cDNA microarray技术,筛查宫颈癌细胞可能潜在的分子标志物。方法:采用MoFlo XDP型超高速细胞分选平台纯化细胞膜表面表达CD38和不表达CD38的宫颈癌细胞,利用RNAlater技术得到cDNA microarray实验所需RNA,然后进行基因芯片分析。结果:利用MoFlo XDP型超高速细胞分选平台可以获得纯度为99.0%以上的CD38阳性表达宫颈癌细胞。结论:cDNA microarray分析发现了RORA、PLIN4、AUTS2、IFITM1等宫颈癌细胞潜在分子标志物,为宫颈癌研究提供了新的技术方法。 展开更多
关键词 流式细胞术 cDNA microarray 宫颈癌 分子标志物
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联合应用SSH和cDNA Microarray筛选肺癌相关基因 被引量:4
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作者 范保星 张开泰 +3 位作者 笪冀平 谢玲 王升启 吴德昌 《中国肺癌杂志》 CAS 2003年第2期97-101,共5页
目的 利用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)和cDNAMicroarray筛选肺癌组织、肺癌旁组织和其它肿瘤组织中相互差异表达的基因。方法 将利用SSH构建的BEP2D细胞永生化阶段、恶性转化前阶段和恶性转化阶段三个c... 目的 利用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)和cDNAMicroarray筛选肺癌组织、肺癌旁组织和其它肿瘤组织中相互差异表达的基因。方法 将利用SSH构建的BEP2D细胞永生化阶段、恶性转化前阶段和恶性转化阶段三个cDNA文库中的克隆制作在一张芯片上 ,筛选了 15例肺癌组织、5例肺癌旁组织和其他癌组织 2 4例 (肝癌、胃癌、食管癌、乳腺癌、白血病、子宫内膜癌、脑神经胶质瘤和结肠癌各 3例 )中mRNA的表达差异。结果 获得肺癌组织高于肺癌旁组织表达的cDNA 2 6个 ,肺癌旁组织高于肺癌组织表达的 31个。二者高于其它 8种癌组织的分别为 :肺癌旁组织中 63个 ,肺癌组织中 87个。结论 联合应用SSH和cDNAMicroarray是筛选和鉴定不同样本中差异表达基因的快速和有效的方法 ;肺癌旁组织和肺癌组织中差异表达的基因 ,以及这二者与其它组织差异表达的基因 ,不仅可能是肺癌发生发展机制中的重要基因 。 展开更多
关键词 SSH 基因 肺癌 肿瘤 治疗 诊断 BEP2D细胞
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SERS@Au微阵列芯片快速检测细菌性结膜炎病原体
6
作者 刘文博 李含 +5 位作者 徐瑗聪 刘梦东 王惠琴 林太凤 郑大威 张萍 《光谱学与光谱分析》 北大核心 2025年第2期476-482,共7页
急性细菌性结膜炎是一种常见的眼科疾病,医治不及时会严重损害视力。目前针对细菌性结膜炎常规的诊断方法仍为微生物培养法,该方法灵敏度高,但耗时耗力,难以满足快速检测的需求。该研究开发了一种SERS@Au微阵列芯片,将其作为增强基底收... 急性细菌性结膜炎是一种常见的眼科疾病,医治不及时会严重损害视力。目前针对细菌性结膜炎常规的诊断方法仍为微生物培养法,该方法灵敏度高,但耗时耗力,难以满足快速检测的需求。该研究开发了一种SERS@Au微阵列芯片,将其作为增强基底收集细菌性结膜炎相关金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和表皮葡萄球菌的SERS图谱。结果表明,该芯片具有良好的增强效果、重现性和稳定性。选取400~1800 cm^(-1)波段,通过建立SVM模型和OPLS-DA模型对四种致病菌进行判别分析,区分准确率分别达到97%和90%。采用SERS@Au微阵列芯片对加标泪液进行检测,仅需短暂培养即可快速、准确、便捷、无损筛查致病菌,减少患者的痛苦。该研究开发的SERS@Au微阵列芯片与便携式拉曼光谱仪配套使用,具有准确、便携、快速、现场检测及微量样品检测的特点,适用于眼科细菌性感染疾病的快速筛查。该方法无需标记、无需鉴定培养基、对患者无损,实现了对复杂生物样本混合感染的快速检测,大大提高了检测效率,有望成为眼科疾病的新型辅助筛查手段。 展开更多
关键词 表面增强拉曼光谱 微阵列芯片 细菌性结膜炎 正交偏最小二乘判别分析 支持向量机 快速检测
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整合生物信息学和实验验证研究续苓健骨方抗骨质疏松作用机制 被引量:1
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作者 陈玄 黄景文 +8 位作者 谢丽华 陈娟 李生强 叶云金 黄小彬 何艳艳 薛立鹏 陈赛楠 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 北大核心 2025年第3期321-329,共9页
目的系统性预测续苓健骨方治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的作用机制并实验验证。方法利用整合生物信息学方法分析药物的化合物信息及抗OP靶点、前20(TOP20)关键靶点及相关作用机制和信号通路。基于去卵巢(ovariectomy,OVX)大鼠模型,... 目的系统性预测续苓健骨方治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的作用机制并实验验证。方法利用整合生物信息学方法分析药物的化合物信息及抗OP靶点、前20(TOP20)关键靶点及相关作用机制和信号通路。基于去卵巢(ovariectomy,OVX)大鼠模型,骨密度(bone mineral density,BMD)、生物力学、Micro CT、HE染色等指标验证疗效;转录组学及GO和KEGG分析初步验证机制和相关靶点;qRT-PCR和Western blot方法进一步验证关键靶点。结果药物的144个有效成分作用于242个靶点,主要参与血管发生;刺激应答;细胞增殖、分化、凋亡、迁移和黏附;骨重建和破骨分化;物质代谢等。其中TOP20关键靶点对应10种中药的55种化学成分,骨碎补和续断的活性成分居多。药物治疗可明显改善OVX大鼠骨组织的BMD、生物力学、Micro CT下骨质量参数及骨组织形态;转录组学检测获差异表达基因679个,GO和KEGG分析其机制与整合生物信息学结果基本相符,在代谢相关信号通路方面有明显富集,TOP20靶点的表达水平均发生相应改变;qRT-PCR和Western blot结果进一步证实了Gapdh、Tnf、Spp1、Mmp2、Mmp1、Mapk3、Hif1a、Esr1等基因表达水平在造模及药物治疗前后发生了相反变化。结论续苓健骨方药效与骨碎补和续断具有密切关系,Gapdh、Hif1a等代谢相关基因调控的代谢信号通路可能在其中发挥重要作用。 展开更多
关键词 骨质疏松 整合生物信息学 续苓健骨方 代谢 mRNA表达谱芯片 转录组学
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扩展型无创产前检测筛查胎儿染色体拷贝数变异的临床应用价值分析
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作者 张乐 魏洁 +3 位作者 张金花 王丽霞 李慧君 薛淑媛 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第6期514-519,共6页
目的:探讨扩展型无创产前检测(NIPT-plus)筛查胎儿染色体拷贝数变异(CNV)的临床应用价值。方法:选取2021年1月至2023年12月因NIPT-plus提示胎儿CNV高风险到乌鲁木齐市妇幼保健院产前诊断中心自愿接受羊膜腔穿刺的孕妇141例,采集孕妇羊... 目的:探讨扩展型无创产前检测(NIPT-plus)筛查胎儿染色体拷贝数变异(CNV)的临床应用价值。方法:选取2021年1月至2023年12月因NIPT-plus提示胎儿CNV高风险到乌鲁木齐市妇幼保健院产前诊断中心自愿接受羊膜腔穿刺的孕妇141例,采集孕妇羊水样本行胎儿染色体核型分析和染色体微阵列分析(CMA),所有病例均随访妊娠结局。结果:141例NIPT-plus筛查阳性孕妇,经染色体核型分析和CMA共检出41例真阳性病例,NIPT-plus筛查CNV的阳性预测值(PPV)为29.08%(41/141)。NIPT-plus检测CNV的PPV在不同年龄、指征、变异类型间差异无统计学意义(P>0.05),但对于CNV片断大小<10 Mb的PPV显著高于CNV片断大小≥10 Mb,差异有统计学意义(39.62%vs.22.73%,P<0.05)。在41例真阳性病例中,除CNV外,CMA还检出7例基因组纯合区域(ROH),占17.07%(7/41),其中2例涉及印记基因,分别发生在6、7号染色体上,经遗传咨询后均继续妊娠,新生儿出生后随访未见明显异常。结论:NIPT-plus筛查胎儿CNV具有一定的临床价值,尤其是片段大小<10 Mb的CNV,但准确性有待进一步提高;CMA作为分子诊断技术,在NIPT-plus提示CNV异常病例中可检出ROH,两种技术的联合应用也为产前印记疾病的筛查与诊断开辟了新的途径。 展开更多
关键词 扩展型无创产前检测 染色体拷贝数变异 染色体微阵列分析 基因组纯合区域
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自然妊娠、辅助生殖妊娠自然流产与流产组织染色体异常的关联
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作者 江旭 姚迪 +4 位作者 沈晔 郭凌岑 陶荷花 赵馨 杨岚 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期36-44,共9页
目的:染色体异常是发生自然流产(spontaneous abortion,SA)的最常见原因。本研究旨在分析SA与流产组织染色体异常的关联,并比较不同的妊娠方式和不同的流产次数对流产组织染色体异常的影响,以期为临床咨询提供参考。方法:选择2019年1月... 目的:染色体异常是发生自然流产(spontaneous abortion,SA)的最常见原因。本研究旨在分析SA与流产组织染色体异常的关联,并比较不同的妊娠方式和不同的流产次数对流产组织染色体异常的影响,以期为临床咨询提供参考。方法:选择2019年1月至2023年12月于江南大学附属妇产医院(无锡市妇幼保健院)就诊的SA患者共1345例。根据妊娠方式分2组:自然妊娠组(S组,n=1242)、辅助生殖妊娠组(ART组,n=103)。按流产次数将S组的1242例患者进一步分为自然妊娠偶发性流产组(S-1组,n=780)、自然妊娠复发性流产组(S-2组,n=462),将ART组的103例患者进一步分为辅助生殖妊娠偶发性流产组(ART-1组,n=68)、辅助生殖妊娠复发性流产组(ART-2组,n=35)。采用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术对流产组织进行染色体分析。结果:S-1组和S-2组染色体数目异常的发生率分别为56.79%(443/780)和52.38%(242/462),染色体结构异常的发生率分别为4.36%(34/780)和7.36%(34/462),染色体结构异常发生率组间差异有统计学意义(P<0.05)。在自然妊娠SA病例中,随着流产次数的增多,染色体数目异常的发生率逐渐降低,流产≥4次组的染色体数目异常发生率明显低于流产1次、2次组(均P<0.05);流产1、2、3、≥4次组的染色体结构异常发生率分别为3.46%、5.65%、5.88%、4.35%,组间比较差异均无统计学意义(均P>0.05);致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variants,pCNVs)+可能致病性拷贝数变异(likely pathogenic copy number variants,LP-CNVs)的发生率在流产次数1~3次组中逐渐升高,且1次组与2次组之间差异有统计学意义(P<0.05)。ART-1组和ART-2组染色体数目异常的发生率分别为47.06%(32/68)和37.14%(13/35),染色体结构异常发生率分别为2.94%(2/68)和11.43%(4/35),组间差异均无统计学意义(均P>0.05)。S-1与ART-1组、S-2与ART-2组之间染色体数目异常发生率、染色体结构异常发生率的差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论:染色体数目异常和染色体结构异常在自然妊娠、辅助生殖妊娠SA患者中均有较高的发生率。在遗传学查因中应重视复发性流产患者。 展开更多
关键词 自然流产 染色体异常 拷贝数变异 染色体微阵列分析 自然妊娠 辅助生殖妊娠
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Huberized Multiclass Support Vector Machine for Microarray Classification 被引量:7
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作者 LI Jun-Tao JIA Ying-Min 《自动化学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第3期399-405,共7页
关键词 基因 支持向量机 计算方法 路径系数
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Mechanisms of eriocalyxin B on antileukemia activity by human cDNA microarray
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作者 Zhi-yingWENG Hui-huiXIANG +2 位作者 Ying-liWU Ma-lingLI Han-dongSUN 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第S1期90-90,共1页
OBJECTIVE Eriocalyxin B(EriB)is a natural diterpenoid purified fromIsodoneriocalyxvar.laxiflora,traditional Chinese herbal medicines,possesses strong antileukemic activity with low toxicity.In murine t(8;21)leukemia m... OBJECTIVE Eriocalyxin B(EriB)is a natural diterpenoid purified fromIsodoneriocalyxvar.laxiflora,traditional Chinese herbal medicines,possesses strong antileukemic activity with low toxicity.In murine t(8;21)leukemia models,EriB remarkably prolong the survival time and decreased the xenograft tumor size by targeting AML1-ETO oncoprotein.In angiogenesis research by the highly vascularized chorioallantoic membrane(CAM)of the chicken embryo further confirm its antiangiogenic activity.Microarray offers a high efficient approach to study the gene expression profile treated by EriB,so as to provide systematic information about potential mechanisms of EriB curing AML.METHODS The t(8;21)AML cell line Kasumi-1 is most sensitive to EriB.Cells are treated with Eri-B(0.5μmol·L-1)and collected in 2,6,12 and 24h,respectively.Using human cDNA microarray,we investigate the changes of differential gene expression of Kasumi-1cells by time before and after Eri-B treatment.Meanwhile,the mRNA expression of TRAF2,DEDD2,BAG3,SAT1,IQGAP1,C-myc and GRB2 is detected by semi-quantitative RT-PCR and real-time quantitative PCR.RESULTS The genes regulated significantly are correlated with cell proliferation,apoptosis,cell circle,regulation of transcription,response to stimulies and metabolism.Regulation of TNFR mediated apoptotic signaling by EriB plays a key role to induce apoptosis and cell circle,involved NF-κB,Ras-MAPK,cAMP/PKA,PI3K/Akt,Cyt c/caspase and p53-Rb signal pathways.After detected by SqRT-PCR and real-time quantitative PCR,the mRNA expressions of BAG3,DEDD2,SAT1 and C-myc are significantly changed.CONCLUSION These findings describes the probable mechanisms involved and the value of EriB as a promising candidate targeting apoptosis cascade and cell circle in treatment of AML. 展开更多
关键词 eriocalyxin B AML CDNA microarrays TNFR
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高原肺水肿大鼠肺组织基因表达谱分析
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作者 徐刚 吴刚 +6 位作者 孙滨达 刘宝 高志奇 陈建 高钰琪 高文祥 陈德伟 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1235-1243,共9页
目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组... 目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组、脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)组、低压低氧(Hypoxia)组和低压低氧复合低剂量LPS(HL)组。LPS组和HL组按照每100 g体质量尾静脉注射0.1 mL浓度为0.05%的LPS溶液,NC组和Hypoxia组给予等量生理盐水;Hypoxia组和HL组进行模拟海拔5000 m低压低氧处理6 h,NC组和LPS组于舱外同时饲养。检测肺组织的湿/干质量比(wet/dry mass ratio,WDR)、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)蛋白含量,HE染色观察肺组织病理改变。提取肺组织总RNA,采用Affymetrix基因芯片检测mRNA表达谱,采用Metascape在线基因注释和分析系统(http://metascape.org)对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路聚类分析。结果HL组大鼠肺组织表现出明显的充血、水肿、肺泡间隔增宽。与NC组比较,HL组大鼠肺WDR显著增加(P<0.01),BALF蛋白含量显著升高(P<0.05)。基因表达检测发现,相对NC组,Hypoxia组有79个基因表达上调,59个基因表达下调,LPS组473个基因表达上调,695个基因表达下调,HL组669个基因表达上调,1253个基因表达下调。GO和KEGG信号通路聚类分析显示:HL组差异表达上调基因主要富集于细胞因子介导的信号通路、对IL-1的反应、炎症反应调节等生物学过程,以及细胞因子-细胞因子受体相互作用、TNF、NF-κB、IL-17、补体和凝血级联反应等信号通路;表达下调的基因主要富集到细胞外基质组织、内皮细胞迁移调控、细胞-基质黏附等生物学过程,以及黏着斑、Wnt、cGMP-PKG、PI3K-Akt、Rap1等信号通路。HL组大鼠肺组织中NF-κB、TNF-α、IL-1β以及IL-6的mRNA表达均显著上调(P<0.01)。结论低氧复合低剂量LPS可稳定复制大鼠HAPE模型,低氧可显著增强LPS诱导的炎症、免疫反应,显著增强炎症介质的表达,促进HAPE的发生发展。 展开更多
关键词 高原肺水肿 低氧 基因表达谱 基因芯片
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卵巢肿瘤组织中Wee1蛋白激酶的表达及意义
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作者 冯文龙 段震峰 +1 位作者 王静璐 史惠蓉 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2024年第5期655-658,共4页
目的:评估Wee1蛋白激酶在卵巢肿瘤组织中的表达水平及其临床意义。方法:采用免疫组化染色技术,对包含14例良性、9例交界性及36例恶性卵巢肿瘤组织的组织芯片中Wee1蛋白激酶表达水平进行检测。采用Kaplan-Meier法绘制Wee1蛋白激酶高、低... 目的:评估Wee1蛋白激酶在卵巢肿瘤组织中的表达水平及其临床意义。方法:采用免疫组化染色技术,对包含14例良性、9例交界性及36例恶性卵巢肿瘤组织的组织芯片中Wee1蛋白激酶表达水平进行检测。采用Kaplan-Meier法绘制Wee1蛋白激酶高、低表达卵巢恶性肿瘤患者的生存曲线,采用Cox回归分析Wee1蛋白激酶表达与卵巢恶性肿瘤预后的关联。结果:良性、交界性和恶性卵巢肿瘤组织中Wee1蛋白激酶表达水平分别为(1.29±0.47)、(2.22±0.83)和(2.03±1.00),3组比较,差异有统计学意义(P=0.017),恶性和交界性肿瘤组织中Wee1蛋白激酶表达水平高于良性肿瘤组织(P<0.05)。卵巢恶性肿瘤患者中15例Wee1蛋白激酶高表达,21例低表达;Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,高表达组生存状况差于低表达组(P<0.001);Cox回归分析结果显示,Wee1蛋白激酶高表达者预后差,HR(95%CI)为6.38(1.54~26.52)。结论:卵巢恶性肿瘤组织中Wee1蛋白激酶表达水平高于良性肿瘤组织,且与恶性肿瘤预后有关。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 组织芯片 Wee1蛋白激酶
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电流体喷印电磁功能微阵列结构
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作者 王大志 张结 +11 位作者 刘畅 欧阳景涛 付瀚卿 王俊瑶 刘茈涵 冯译文 赵祥露 锁刘佳 王铁胜 梁世文 孔令杰 唐彬 《光子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第9期104-115,共12页
提出一种基于电流体喷印技术的复合材料衬底电磁功能微阵列结构制造工艺方法。通过间距补偿工艺策略,降低复合材料衬底功能结构线宽尺寸误差的47.4%,有效提高了复合材料衬底喷印精度。系统分析了电流体喷印参数对功能结构质量的影响关系... 提出一种基于电流体喷印技术的复合材料衬底电磁功能微阵列结构制造工艺方法。通过间距补偿工艺策略,降低复合材料衬底功能结构线宽尺寸误差的47.4%,有效提高了复合材料衬底喷印精度。系统分析了电流体喷印参数对功能结构质量的影响关系,实现复合材料衬底上多尺寸、多类型电磁功能微阵列结构的按需制造。确定了电磁功能微阵列结构的最优固化条件,得到线宽60μm金属结构电阻率为9.18×10^(-8)Ω·m。所制造的带阻型电磁功能微阵列结构在中心频率23.64 GHz处能够将电磁波有效抑制,透射系数为-42.89 dB,有效验证了电流体喷印技术制造电磁功能结构的能力与实现效果。 展开更多
关键词 电流体喷印 电磁功能 微阵列结构 电阻率 透射系数 复合材料衬底
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106例胎儿颈项透明层增厚的超声与遗传学产前诊断结果对照分析
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作者 王咏梅 吴云 +1 位作者 吴丽君 张沁欣 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第8期1076-1081,共6页
目的:探讨产前超声提示胎儿颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚的临床价值,并对比遗传学产前诊断结果。方法:对106例胎儿NT增厚的超声与遗传学产前诊断结果进行对比分析(所有胎儿均行染色体微阵列分析,其中有4例进行了全外显子测... 目的:探讨产前超声提示胎儿颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚的临床价值,并对比遗传学产前诊断结果。方法:对106例胎儿NT增厚的超声与遗传学产前诊断结果进行对比分析(所有胎儿均行染色体微阵列分析,其中有4例进行了全外显子测序,1例行SMN1基因检测),并跟踪妊娠结局。结果:共发现44例(41.51%)遗传学异常,2例临床意义不明性拷贝数变异。遗传学异常中共包含39例染色体异常(34例非整倍体异常和5例为致病性拷贝数变异)及5例基因异常(均为致病性或可能致病性变异)。随着NT厚度的增加,遗传学异常的发生率明显升高。44例遗传学异常胎儿中有38例(86.36%)合并其他超声异常,其中鼻骨发育不良占比最高。结论:发现胎儿NT增厚应首先考虑染色体异常尤其是非整倍体异常。NT增厚还与拷贝数变异及某些单基因遗传病有关。对于染色体微阵列阴性的NT增厚胎儿,可结合超声及家族史等综合考虑行全外显子检测。 展开更多
关键词 颈项透明层 产前超声 染色体微阵列分析 全外显子组测序
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沙门菌血清分型方法的比较
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作者 张璐 徐锦涛 +1 位作者 赵琪 张纯萍 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第5期86-90,共5页
血清分型是沙门菌最基本和最重要的流行病学调查手段,不同血清型沙门菌引起的临床症状和造成的危害不同,快速准确地进行血清分型对于畜禽沙门菌病的防控和公共卫生安全意义重大。基于此,本试验选择我国1971—2020年分离的51株沙门菌(13... 血清分型是沙门菌最基本和最重要的流行病学调查手段,不同血清型沙门菌引起的临床症状和造成的危害不同,快速准确地进行血清分型对于畜禽沙门菌病的防控和公共卫生安全意义重大。基于此,本试验选择我国1971—2020年分离的51株沙门菌(13种血清型),分别用全基因组测序(WGS)分型方法和液相芯片分型方法进行血清分型,并与玻片凝集法进行比较,分析3种分型方法的优劣。结果显示,玻片凝集法测得51株沙门菌的血清分型结果与原始结果一致;WGS分型方法和液相芯片分型方法分别测得34株和23株沙门菌血清分型与玻片凝集法结果一致。3种分型方法相比,WGS分型方法可鉴定出玻片凝集法和液相芯片分型方法无法分型的菌株,在操作时间和成本上更具优势。本试验可为沙门菌的血清分型研究提供参考。 展开更多
关键词 沙门菌 血清分型 玻片凝集法 全基因组测序分型方法 液相芯片分型方法
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安农1687抗条锈病候选基因TraesCS2A01G070700鉴定与分析 被引量:2
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作者 李凯丽 耿明状 +4 位作者 王胜 郝维浩 卢杰 陈璨 司红起 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期150-155,共6页
为了探索安农1687对于条锈病抗性的遗传机理,加快安农1687小麦品种的推广,为小麦新品种的遗传改良提供参考,减少小麦条锈病对于我国小麦生产安全的危害。以安农1687(安农1687是由安农1106和西农822杂交选育的,对生理小种CYR32具有抗性... 为了探索安农1687对于条锈病抗性的遗传机理,加快安农1687小麦品种的推广,为小麦新品种的遗传改良提供参考,减少小麦条锈病对于我国小麦生产安全的危害。以安农1687(安农1687是由安农1106和西农822杂交选育的,对生理小种CYR32具有抗性的半冬性小麦品种)及其姊妹系和亲本为材料,利用小麦55K SNP芯片对安农1687及其双亲和姊妹系进行全基因组扫描,同时利用生理小种CYR32对安农1687及其姊妹系进行接种和鉴定,并在成株期统计其抗条锈病等级,综合接种及田间表型对小麦品系抗条锈病进行评价。鉴定结果显示,安农1687和5个姊妹系(系24、系26、系28、系30、系140)为中抗条锈病,2个姊妹系(系89和系105)为中感条锈病。利用安农1687及其姊妹系间的基因组差异信息,发现差异SNP位点富集在2A染色体短臂的31~37 Mb区间上,说明2A染色体可能存在某个或某些基因导致了这样的结果。为了排除其他抗条锈病基因的干扰,对亲本及2A染色体上携带的已知抗条锈病基因进行验证,结果表明,安农1687的2A染色体短臂的31~37 Mb区间可能存在一个新抗条锈病基因。通过试验和生物信息学分析发现,该区段内的TraesCS2A01G070700基因在抗感品系的NBS结构域上存在差异,感病品系中NBS结构域有3个错义突变,推测TraesCS2A01G070700为安农1687抗条锈病候选基因。 展开更多
关键词 小麦 条锈病 姊妹系 SNP
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基于微阵列分析DDX5影响头颈部鳞状细胞癌的初步探究 被引量:1
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作者 刘郭琦 刘春霞 +6 位作者 王静静 左金华 王芳 宋娇娇 于栋林 马向瑞 王文龙 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期810-816,共7页
目的:探讨DDX5解旋酶(DDX5)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达及作用。方法:组织微阵列芯片分析DDX5相关mRNA表达谱数据,并用R软件筛选差异mRNAs(DEGs)。使用GEPIA 2、TCGA数据库预测DDX5的表达水平。通过RT-qPCR、免疫组化、Western b... 目的:探讨DDX5解旋酶(DDX5)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达及作用。方法:组织微阵列芯片分析DDX5相关mRNA表达谱数据,并用R软件筛选差异mRNAs(DEGs)。使用GEPIA 2、TCGA数据库预测DDX5的表达水平。通过RT-qPCR、免疫组化、Western blot检测DDX5表达水平。基于高通量测序数据筛选差异circRNAs(DECs)、差异miRNAs(DEMIs)构建DDX5竞争内源性RNA网络(ceRNA)。Cytoscape软件可视化ceRNA网络图,进一步筛选出调控轴。结果:组织芯片筛选发现HNSCC中DDX5表达上调。免疫组化验证DDX5阳性染色更集中于鳞癌细胞核;qPCR结果提示DDX5 mRNA在组织和细胞中的表达有临床意义(P<0.05);Western blot结果示DDX5蛋白在组织中高表达。在ceRNA网络中确定了相关HNSCC轴circRNA-039626-miR-222-5p-DDX5。结论:DDX5在HNSCC中高表达,并且circRNA-039626-miR-222-5p-DDX5轴可能是HNSCC发生发展的潜在调控轴。 展开更多
关键词 DDX5解旋酶 头颈部鳞状细胞癌 ceRNA 微阵列分析
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基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析 被引量:2
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作者 梁一豪 赖颖君 +4 位作者 袁燕文 袁炜 张锡波 张拔山 卢志锋 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期605-616,共12页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络(PPI),根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱(TCGA)中胃腺癌(STAD)的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质(ECM)与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调(P<0.05);而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调(P<0.05)。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌患者的生存时间显著相关;ROC曲线显示,TIMP1、SPARC、THY1、THBS2对胃癌有较高的诊断价值;在胃癌患者的病理组织中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3的高表达得到验证;qRT-PCR检测发现,核心基因在不同的胃癌细胞株中不尽相同,但表达趋势基本符合。结论SPARC、TIMP1、THBS2等DEGs可能与胃癌的发生发展有关,可能作为潜在的候选分子标志物,用于胃癌的早期诊断和预后判断。 展开更多
关键词 胃癌 基因芯片 生物信息学分析 差异表达基因 分子标志物
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慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析
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作者 周明纱 范捷 +4 位作者 刘兴 谌丽娟 罗佳 李山 周莉 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1193-1200,共8页
目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、... 目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、通路及下游基因。方法:利用高通量芯片技术鉴定CHB患者和健康对照组中异常表达circRNA。随后对差异circRNA来源基因进行基因本体论和京都基因百科全书富集分析。基于竞争性内源RNA理论,利用多个数据库预测差异circRNA结合的微小RNA(microRNA,miRNA)和miRNA靶mRNA,并构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。最后利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)对芯片结果进行验证。结果:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在321个表达上调和549个表达下调的circRNAs。大多数差异表达circRNAs来源于外显子剪切,主要分布于1号和2号染色体。生物信息学分析表明差异circRNAs的来源基因主要参与免疫、炎症反应及疾病相关通路。circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括11个circRNAs、17个miRNAs和212个mRNAs。qRT-PCR结果显示circRNA表达趋势与芯片结果一致。与健康对照组比较,hsa_circ_0018744表达在CHB患者组中明显上调(F=4.382,P<0.01),hsa_circ_0085744表达明显下调(F=4.906,P<0.01)。结论:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs。进一步功能分析表明,这些差异表达circRNAs可以通过某些通路参与CHB发生发展。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 环状RNA 高通量芯片 实时荧光定量PCR
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