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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 三重实时荧光定量RT-pcr 应用
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Real-Time PCR探针法定量检测沙门菌方法的建立及应用 被引量:3
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作者 耿士忠 潘志明 +5 位作者 方强 丛秋霞 刘杰 刘志成 文志发 焦新安 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1004-1007,1027,共5页
目的建立快速、特异性好、灵敏度高的Real-Time PCR方法定量检测沙门菌。方法根据编码沙门菌肠毒素基因stn的核苷酸序列,设计荧光探针和一对引物,通过对荧光定量PCR反应体系和反应条件的摸索,建立定量检测沙门菌的方法。结果建立的Real-... 目的建立快速、特异性好、灵敏度高的Real-Time PCR方法定量检测沙门菌。方法根据编码沙门菌肠毒素基因stn的核苷酸序列,设计荧光探针和一对引物,通过对荧光定量PCR反应体系和反应条件的摸索,建立定量检测沙门菌的方法。结果建立的Real-Ti me PCR方法有很好的特异性与敏感性,所检测沙门菌结果均为阳性,而非沙门菌均为阴性;标准曲线相关系数为R2=0.993,其敏感性为5CFU。运用该方法对108份鸡粪便、50份鸡肉以及58份水样进行检测,阳性率分别为3.7%(6/108)、4%(2/50)和3.4%(2/58),与传统细菌分离检测结果相符。结论结果表明该方法具有简便、快速、特异性强、敏感性高等特点,此研究为环境及疾病诊断中沙门菌快速检测提供了新方法。 展开更多
关键词 沙门菌 real-time pcr 荧光定量 快速检测
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荧光Real-time PCR鉴定鸡胸骨总RNA质量 被引量:3
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作者 江莎 孟凡 +2 位作者 周振雷 邓益锋 侯加法 《生物学杂志》 CAS CSCD 2012年第5期92-95,共4页
为了更准确地鉴定提取鸡骨总RNA的质量,试验分别用核酸蛋白检测仪、1%琼脂糖凝胶电泳和荧光Real-time PCR检测评价3种不同的方法提取成年鸡胸骨总RNA的质量。结果显示,荧光Real-time PCR可更好地鉴定提取的骨总RNA的质量。用核酸蛋白检... 为了更准确地鉴定提取鸡骨总RNA的质量,试验分别用核酸蛋白检测仪、1%琼脂糖凝胶电泳和荧光Real-time PCR检测评价3种不同的方法提取成年鸡胸骨总RNA的质量。结果显示,荧光Real-time PCR可更好地鉴定提取的骨总RNA的质量。用核酸蛋白检测仪、1%琼脂糖凝胶电泳能粗略检测RNA的纯度和完整性,但不能反映提取过程中是否引起基因不均一的减少,所检测的纯度也不能精确反映RNA的反转录效率。 展开更多
关键词 胸骨 荧光realtime pcr RNA
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FHV-1和FCV双重TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立和应用 被引量:1
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作者 静争 金红岩 +4 位作者 王春艳 王文杰 沈佳宇 范志坚 侯绍华 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期58-64,共7页
为了快速、便捷、准确诊断猫疱疹病毒1型(FHV-1)和猫杯状病毒(FCV),本试验选取FHV-1的糖蛋白C(GC)基因(Gen Bank登录号:OR504662)和FCV的衣壳蛋白1(VP1)基因(Gen Bank登录号:OP904215)以及一段猫外源性内标序列设计并合成引物和探针,构... 为了快速、便捷、准确诊断猫疱疹病毒1型(FHV-1)和猫杯状病毒(FCV),本试验选取FHV-1的糖蛋白C(GC)基因(Gen Bank登录号:OR504662)和FCV的衣壳蛋白1(VP1)基因(Gen Bank登录号:OP904215)以及一段猫外源性内标序列设计并合成引物和探针,构建重组阳性质粒标准品p MD19-T-G、p MD19-T-P和p MD19-T-C,建立了双重Taq Man实时荧光定量PCR方法。以重组阳性质粒标准品绘制标准曲线,验证该方法的特异性、灵敏性和重复性,利用建立的方法检测33份临床样本评估该方法的可行性,并对泰州市292份流浪猫眼口鼻分泌物样本进行检测。结果显示,本试验建立的双重Taq Man实时荧光定量PCR方法具有良好的线性关系,对其他病原无交叉反应,对FHV-1和FCV的最低检测限均为1×10^(1)copies/μL,组内和组间的变异系数均小于2%;对33份临床样本的检测结果显示,FHV-1和FCV的阳性符合率为100%,FHV-1总符合率为93.9%,FCV总符合率为90.9%;292份流浪猫眼口鼻分泌物样本中,FHV-1阳性率为20.9%,FCV阳性率为46.2%,FHV-1和FCV混合阳性率为12.0%。结果表明,本试验建立的双重Taq Man实时荧光定量PCR,特异性强、灵敏度高、重复性好,为临床猫呼吸系统疾病病原鉴别诊断和宠物健康监测提供了技术支持。 展开更多
关键词 猫疱疹病毒1型(FHV-1) 猫杯状病毒(FCV) 实时荧光定量pcr
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3种猪繁殖障碍性病毒Real-time PCR快速检测方法的建立 被引量:3
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作者 赵绪永 马辉 +1 位作者 宁豫昌 赵丽 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2012年第12期27-33,共7页
【目的】建立可同时检测猪伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)和猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的多重实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank数据库中PRV、PPV和PCV2的核苷酸序列,设计3对特异性引物和探针,以10倍系列稀释的阳性质粒为模板,优... 【目的】建立可同时检测猪伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)和猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的多重实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank数据库中PRV、PPV和PCV2的核苷酸序列,设计3对特异性引物和探针,以10倍系列稀释的阳性质粒为模板,优化反应条件,建立检测PRV、PPV和PCV2的多重Real-time PCR方法,并对其敏感性、重复性和特异性进行检验;分别采用单项和多重Real-time PCR方法,对临床收集的42份疑似病料进行检测,比较2种方法的符合率。【结果】特异性和灵敏度试验表明,建立的多重Real-time PCR检测方法具有高度特异性,与其他病原无明显交叉反应;检测灵敏度高,可检出1.0×101拷贝/μL的阳性质粒或1TCID50/mL的病毒样品。用多重Real-time PCR对42份临床疑似病料进行检测,其检测结果与单重Real-time PCR结果完全一致,表明多重Real-time PCR方法是可行的。【结论】建立了可同时检测PRV、PPV和PCV2的多重Real-time PCR方法,该法具有快速、灵敏、特异和重复性好等优点。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病毒 猪细小病毒 猪圆环病毒Ⅱ型 多重实时荧光定量pcr
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应用real-time PCR定量检测土壤中小麦纹枯病菌方法的建立 被引量:4
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作者 徐娜娜 李鹏昌 于金凤 《山东农业科学》 2014年第3期106-109,共4页
根据小麦纹枯病菌Rhizoctonia cerealis AG-D融合群ITS区的DNA序列设计特异性引物对WKF-8/WKR-8,对引物的特异性和灵敏性进行检测,建立并优化基于 SYBR GreenⅠ荧光染料法的 real -time PCR反应体系,绘制标准曲线。检测范围在1.0... 根据小麦纹枯病菌Rhizoctonia cerealis AG-D融合群ITS区的DNA序列设计特异性引物对WKF-8/WKR-8,对引物的特异性和灵敏性进行检测,建立并优化基于 SYBR GreenⅠ荧光染料法的 real -time PCR反应体系,绘制标准曲线。检测范围在1.0×10-3~10 ng/μl之间有良好的线性关系,相关系数R2为0.995,扩增效率为99.7%,灵敏度比常规PCR方法高100倍。结果表明,该方法具有快速、特异性强、敏感度高等特点。 展开更多
关键词 小麦纹枯病菌 SYBR GreenⅠ荧光染色法
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基于Taqman-MGB多重实时荧光PCR快速鉴定抗除草剂转基因大豆品系
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作者 王凤军 王美蓉 +1 位作者 郑如福 陈锦辉 《中国粮油学报》 北大核心 2025年第1期211-219,共9页
通过NCBI比对DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、SOYA 305423转基因大豆的序列同源性,在种属特异性区域设计多重引物和特异性荧光探针,同时提取基因组DNA,对退火温度和引物探针浓度进行优化,确定最佳反应程序,建立同时检测4种转... 通过NCBI比对DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、SOYA 305423转基因大豆的序列同源性,在种属特异性区域设计多重引物和特异性荧光探针,同时提取基因组DNA,对退火温度和引物探针浓度进行优化,确定最佳反应程序,建立同时检测4种转基因大豆的多重实时荧光PCR方法。并对建立的实时荧光PCR反应进行特异性,重复性、灵敏性和适用性等方法学进行验证。结果表明DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、DP305423靶标序列的线性回归方程分别为y=-3.1524x+36.958,y=-3.1689x+38.828,y=-3.469x+37.933和y=-3.4839x+39.644;相关系数R 2分别为0.994、0.997、0.995和0.992;扩增效率分别为107%、106%、94.2%和93.7%,检出限可达9个拷贝,方法特异性强,重现性好,灵敏度高,是一种快速、经济、实用的检测方法,可对转基因大豆品系及其转化体成分进行大批量快速鉴定。 展开更多
关键词 转基因大豆 品系鉴定 多重 实时荧光pcr
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车前草花叶病毒外壳蛋白基因实时荧光RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 李鑫 李扬 +2 位作者 李辉 李可 王秀芬 《生物安全学报(中英文)》 北大核心 2025年第3期212-220,共9页
【目的】建立一套适用于百合车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,PlAMV)快筛的实时荧光RT-PCR检测方法。【方法】以PlAMV为检测目标,在NCBI网站上Blast检索数据库中的PlAMV以及相同寄主上常见的16种病毒的特异性基因外壳蛋... 【目的】建立一套适用于百合车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,PlAMV)快筛的实时荧光RT-PCR检测方法。【方法】以PlAMV为检测目标,在NCBI网站上Blast检索数据库中的PlAMV以及相同寄主上常见的16种病毒的特异性基因外壳蛋白(coat protein,CP)序列信息,根据序列碱基替换的饱和性分析、系统发育树分析以及遗传距离分析结果,确定PlAMV的特异性基因,以CP基因为靶标,设计特异性强的引物和探针,建立特异性实时荧光检测方法,验证引物特异性,测试反应的灵敏度,并对21份疑似感染PlAMV的百合样品测试检测效果。【结果】确定CP基因作为PlAMV检测的特异性基因,设计2组特异性引物和探针,利用疑似感染PlAMV的百合样品进行检测效果验证,建立了2套快筛的PlAMV实时荧光RT-PCR检测体系,检出限达到1 pg·μL^(-1),2组引物和探针均检测出21份阳性样品,检出率均为100%,2组引物和探针的扩增效率相近。【结论】建立的实时荧光RT-PCR反应体系可特异性定量检测PlAMV,并可应用于口岸样品进行快速、准确的筛查,为加强对PlAMV的分析与管控,制定全面系统的控制措施提供了技术支持。 展开更多
关键词 车前草花叶病毒 外壳蛋白 实时荧光 RT-pcr 生物信息学
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猪繁殖与呼吸综合征病毒NADC30毒株鉴别诊断荧光RT-PCR检测方法的建立
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作者 覃国喜 米树运 +3 位作者 孙竹筠 刘德清 罗婷婷 熊炜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期84-90,共7页
猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的危害生猪养殖业的重要传染病之一。NADC30毒株是PRRSV的一种新毒株,其Nsp2存在131个不连续氨基酸缺失。该毒株在临床流行中致病力不同,且常规PRRSV疫苗免疫无法有效预... 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的危害生猪养殖业的重要传染病之一。NADC30毒株是PRRSV的一种新毒株,其Nsp2存在131个不连续氨基酸缺失。该毒株在临床流行中致病力不同,且常规PRRSV疫苗免疫无法有效预防其感染,给养殖企业防控PRRSV带来困难。本研究基于TaqMan探针技术,针对经典型PRRSV保守基因序列及PRRSV NADC30缺失区域保守序列,设计不同荧光标记探针,建立双重实时荧光RT-PCR鉴别方法,可区分经典型PRRSV与PRRSV NADC30毒株。结果表明,该方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可快速区分经典型PRRSV毒株与PRRSV NADC30毒株,对PRRSV经典型疫苗毒株及临床NADC30毒株样本检测效果良好,适用于猪场临床样品中PRRSV NADC30毒株的快速鉴别诊断。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 NDAC30毒株 双重实时荧光RT-pcr
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Real-time PCR方法检测高脂饲喂小鼠肝脏CYP2A5的表达
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作者 齐悦 张秀英 +1 位作者 徐尚 李广亮 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2015年第12期3-5,9,共4页
为了建立非酒精性脂肪肝(NAFLD)模型小鼠肝组织中CYP2A5表达的实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)方法。高脂饮食诱导小鼠至8周,采用qRT-PCR方法检测小鼠肝脏中CYP2A5的表达水平,同时评价该方法的特异... 为了建立非酒精性脂肪肝(NAFLD)模型小鼠肝组织中CYP2A5表达的实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)方法。高脂饮食诱导小鼠至8周,采用qRT-PCR方法检测小鼠肝脏中CYP2A5的表达水平,同时评价该方法的特异性。建立了小鼠肝组织中CYP2A5的SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法,结果显示,该方法的溶解曲线为单峰,同时核酸电泳显示一条特异性条带。检测结果表明,高脂诱导的NAFLD小鼠肝组织中CYP2A5的表达水平极明显高于正常对照组(P<0.01)。表明该实时荧光定量PCR方法,特异性好、灵敏度强,为进一步研究小鼠CYP2A5的表达提供了试验基础。 展开更多
关键词 CYP2A5 实时荧光定量pcr NAFLD
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Real-time PCR检测大豆CONSTANS基因在不同光照条件下的表达
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作者 夏琳 赵琳 +1 位作者 李永光 李文滨 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期594-597,共4页
采用实时荧光定量PCR方法检测了不同感光大豆品种的CO(CONSTANS)基因在不同光照条件下的mRNA水平变化。结果表明:早熟品种东农49和晚熟品种东农42各自在短日照(8h/16h光/暗)下会比长日照(16 h/8 h光/暗)下表达有所增强,同时东农49中CO... 采用实时荧光定量PCR方法检测了不同感光大豆品种的CO(CONSTANS)基因在不同光照条件下的mRNA水平变化。结果表明:早熟品种东农49和晚熟品种东农42各自在短日照(8h/16h光/暗)下会比长日照(16 h/8 h光/暗)下表达有所增强,同时东农49中CO基因的表达要高于东农42,它们的表达峰值均出现在光暗交界处。东农42由长日照或短日照移入完全光或完全暗条件时,暗下CO基因的表达量剧增,并且大致维持之前长日照和短日照的表达规律。CO基因的表达有很强的昼夜节律性,暗下利于其表达,并且在不同感光品种中表达有所不同。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 大豆 CO基因 不同光照处理 差异表达
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半巢式RT-Realtime PCR方法检测藜草花叶病毒 被引量:2
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作者 贺丽娜 李金庆 +6 位作者 厉艳 粟智平 封立平 鲁闽 段效辉 王颖 刘宁 《安徽农业科学》 CAS 2019年第2期194-196,共3页
[目的]根据藜草花叶病毒(SoMV)全基因组中多聚蛋白质基因序列保守区,分别设计2套TaqMAN探针和引物,建立半巢式实时荧光PCR检测SoMV的新方法。[方法]提取病毒核酸进行反转录操作合成cDNA,依据设计好的2套TaqMAN探针和引物,分别进行实时荧... [目的]根据藜草花叶病毒(SoMV)全基因组中多聚蛋白质基因序列保守区,分别设计2套TaqMAN探针和引物,建立半巢式实时荧光PCR检测SoMV的新方法。[方法]提取病毒核酸进行反转录操作合成cDNA,依据设计好的2套TaqMAN探针和引物,分别进行实时荧光PCR特异性与灵敏度检测,并进行2套引物探针的扩增效率对比试验。[结果]方法特异性强,灵敏度高达0.4 fg/μL植物总RNA,2套引物探针的扩增效率试验对比结果显示扩增效率几乎完全一样。[结论]该方法适用于藜草花叶病毒的检疫鉴定。 展开更多
关键词 藜草花叶病毒 半巢式实时荧光pcr 检测
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火龙果中仙人掌X病毒实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用
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作者 柏自琴 罗会 +2 位作者 解璞 郑伟 刘涛 《植物保护》 北大核心 2025年第4期285-289,共5页
仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法... 仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。 展开更多
关键词 仙人掌X病毒 火龙果 实时荧光定量pcr 检测
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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量RT-pcr方法
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 王星月 杨志远 +5 位作者 林健 张紫萱 周雨婷 程慧敏 刘月焕 胡格 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期335-342,共8页
为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成... 为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成功建立了荧光定量PCR检测方法。此外,还对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行了全面评估。利用建立的荧光定量PCR方法对华北和西北部分地区147份临床样本进行检测,并对阳性代表样本的Cap全长序列进行遗传演化分析。结果表明,所建立的荧光定量PCR方法在1×10^(4)至1×10^(8)拷贝·μL^(-1)范围内显示出良好的线性关系,最低检测限达到1×10^(1)拷贝·μL^(-1),显著高于传统PCR方法。此方法具有良好的重复性,且不与其他常见鸽病病原产生交叉反应。采用本试验方法检测的147份华北和西北部分地区肉鸽和信鸽临床样本PiCV阳性率为85.0%,阳性样本的Cap全长序列分析及遗传演化分析结果显示,6株分离株相似性在89.8%~97.5%之间,与PiCV HeBeiTS2021株在同一个分支,亲缘关系较近。建立的PiCV荧光定量PCR方法具备灵敏、特异和稳定等优点,可用于PiCV的快速检测,同时流行病学调查结果表明,2022—2023年华北和西北部分地区PiCV感染率较高,为我国PiCV的防控研究提供数据支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 Cap基因 荧光定量pcr 分子流行病学 遗传演化分析
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基于ARMS-PCR技术检测SLC39A13基因核苷酸多态性方法的建立
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作者 郭冰茜 李萌钰 +3 位作者 王瑞 王树松 冯惠勇 李天明 《河北科技大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期497-507,共11页
为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性... 为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性对照质粒;最后,以基因分型精确度为指标,优化引物探针组合,以及检测试剂的PCR反应体系和反应条件。结果表明:野生型最优引物探针组合为WF1、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5,突变型最优引物探针组合为FMF3、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5;每个检测样品的最优反应体系为SLC39A13基因上下游引物探针各0.1μL,内标上下游引物探针各0.1μL,10μL PerfectStart^(■)ⅡProbe qPCR SuperMix UDG,5.4μL纯水,4μL样品基因组。重复性实验和70个样品的检测验证,确认了检测体系的可行性,为研发SLC39A13基因rs755555位点多态性检测试剂盒提供了技术基础。 展开更多
关键词 分子生物学 人SLC39A13基因 ARMS-pcr 核苷酸多态性检测 实时荧光定量pcr
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金黄色葡萄球菌血浆凝固酶基因实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 李雪婷 付晓佳 +4 位作者 王越 韩淋 徐莹 王羽 郭海勇 《动物医学进展》 北大核心 2025年第8期12-18,共7页
旨在建立一种高效、灵敏的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)毒力因子血浆凝固酶基因(coa)的实时荧光定量PCR检测方法,为血浆凝固酶阳性S.aureus的感染诊断、食品污染检测提供技术支持。根据S.aureus coa基因序列设计特异性引物,PC... 旨在建立一种高效、灵敏的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)毒力因子血浆凝固酶基因(coa)的实时荧光定量PCR检测方法,为血浆凝固酶阳性S.aureus的感染诊断、食品污染检测提供技术支持。根据S.aureus coa基因序列设计特异性引物,PCR扩增目的片段连接pMD-18T载体,转入大肠埃希氏菌DH5α感受态细胞构建阳性重组质粒,通过优化引物浓度、退火温度,建立S.aureus coa基因实时荧光定量PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性验证。结果表明,以重组质粒为标准品建立标准曲线y=-3.478 x+44.8,线性相关系数R^(2)=0.999,存在良好的线性关系。建立的荧光定量PCR检测方法的最佳引物终浓度为0.15μmol/L,最佳退火温度为54.3℃。该方法的最低可检测限为5.76×10^(3)copies/μL,敏感性比普通PCR高100倍,对表皮葡萄球菌、大肠埃希氏菌、枯草芽孢杆菌、豕链球菌和铜绿假单胞菌无扩增曲线,具有良好的特异性。组内和组间重复试验的变异系数均小于2%,具有较好的重复性。用建立的方法对临床分离的56株S.aureus进行检测,38株分离菌为血浆凝固酶阳性金黄色葡萄球菌,阳性率为67.86%(38/56),说明建立的方法可用于血浆凝固酶阳性S.aureus的检测和流行病学调查。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 血浆凝固酶基因 荧光定量pcr
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唇形后口虫SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用
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作者 郝文悦 王锦锦 +9 位作者 葛建龙 李彬 王印庚 廖梅杰 荣小军 赵宏晶 江敏棋 赵文广 牛立成 潘娇 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期183-193,共11页
后口虫病是近年来影响刺参(Apostichopus japonicus)养殖效益的重要病害种类之一。唇形后口虫(Boveria labialis)是刺参后口虫病的病原。由于缺乏针对该物种的快速、准确的检测方法,研究人员难以系统解析该病原体的传播途径。本研究以... 后口虫病是近年来影响刺参(Apostichopus japonicus)养殖效益的重要病害种类之一。唇形后口虫(Boveria labialis)是刺参后口虫病的病原。由于缺乏针对该物种的快速、准确的检测方法,研究人员难以系统解析该病原体的传播途径。本研究以测序获得的唇形后口虫部分线粒体基因组序列为基础,根据nad10基因序列设计唇形后口虫引物,建立其SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,并对刺参不同养殖区和不同养殖模式下养殖系统中唇形后口虫载量进行检测分析。结果显示,设计的唇形后口虫引物在质粒标准品4.05×10^(1)~4.05×10^(9) copies/μL范围内建立的标准曲线具有良好的线性关系,相关系数R^(2)=0.997,熔解曲线呈现单一峰,无引物二聚体或非特异性扩增;灵敏度实验最低检测限为40.5 copies/μL;所设计的引物仅对唇形后口虫出现特异性扩增,对海洋尾丝虫(Uronema marinum)、贪食纤口虫(Chaenea vorax)、僧帽肾形虫(Colpoda cucullus)和多小核草履虫(Paramecium multi-micronuleatum)无交叉反应;重复性实验中各浓度的批内和批间Ct值均一性较高,批内实验变异系数(CV)值为0.32%~0.82%,批间实验CV值为0.40%~0.88%,稳定性较好。利用本方法对4种刺参养殖模式不同养殖区的环境样品和饲料进行检测,结合镜检结果对比分析发现,海水中唇形后口虫DNA载量与刺参体内唇形后口虫量呈中度正相关(R=0.563),底泥、附着物样品中的唇形后口虫DNA载量与刺参体内唇形后口虫量呈高度正相关(R=0.931)。推测,鲜海泥是唇形后口虫传播的重要载体之一。本研究结果可为唇形后口虫的快速检测、传播途径解析和防控提供参考。 展开更多
关键词 刺参 寄生性疾病 唇形后口虫 实时荧光定量pcr检测 传播途径
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兔源支气管败血波氏杆菌荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 苏进博 王锦祥 殷光文 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2025年第1期110-116,共7页
【目的】建立兔源支气管败血波氏杆菌(Bb)的快速检测方法,用于兔波氏杆菌病的诊断。【方法】以Bb的fimX基因为靶基因,设计特异性引物并构建质粒标准品。在此基础上建立检测兔源Bb的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对该方法的特异性、敏感... 【目的】建立兔源支气管败血波氏杆菌(Bb)的快速检测方法,用于兔波氏杆菌病的诊断。【方法】以Bb的fimX基因为靶基因,设计特异性引物并构建质粒标准品。在此基础上建立检测兔源Bb的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价,并将该方法初步应用于临床样品的检测。【结果】荧光定量PCR方法仅对兔源Bb的检测结果呈阳性,对其他常见兔源病原菌的检测结果均呈阴性;对质粒标准品的最低检测限为13.8拷贝·μL^(-1),敏感性是普通PCR方法的10倍;批内重复性试验的变异系数小于2%,批间重复性试验的变异系数小于3%;对68份临床样品进行检测,阳性检出率为39.71%,比普通PCR方法的高2.95%。【结论】建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,且对临床样品的阳性检出率比普通PCR方法高,为兔源Bb的快速检测和防控提供了技术支持。 展开更多
关键词 兔波氏杆菌病 支气管败血波氏杆菌 荧光定量pcr方法 检出率
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不同浓度褪黑素缓解狗牙根铅胁迫实时荧光定量PCR内参基因的筛选
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作者 谢程程 马均 +1 位作者 李璟 李西 《草业科学》 北大核心 2025年第1期119-128,共10页
实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验... 实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验基础上,对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现,8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异,且单个内参基因反应循环数(Ct值)在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt算法、NormFinder、BestKeeper和geNorm程序对内参基因稳定性进行排序,并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明,CACS+PP2A为不同浓度褪黑素处理Pb胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础,进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。 展开更多
关键词 褪黑素 铅胁迫 实时荧光定量pcr 内参基因 稳定性分析 狗牙根
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