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基于IPA分析自噬对大鼠肝再生中树突状细胞的调节作用 被引量：4
1
作者 王棋文 靳伟 +1 位作者 常翠芳 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期276-282,共7页
为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活... 为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活动。结果表明,LC3、BECN1、ATG7和SQSTM1等关键基因在部分肝切除后不同恢复时间段有明显表达变化;芯片中对应的自噬相关基因为593个,其中210个基因发生了有意义的变化。比较分析自噬生理活动情况,发现自噬在再生早期和晚期阶段增强,增殖期减弱。与自噬相关的生理活动主要有RNA表达、RNA转录细胞分化和增殖,其中涉及的信号通路主要有PPARα/RXRα激活、急性期反应、TREM1信号通路、IL-6信号通路、IL-8信号通路和IL-1信号通路等,它们在肝再生阶段发生了不同程度的上调或下调。Cluster分析还发现,P53和AMPK信号参与调控DCs的自噬活动,在肝再生早期主要是AMPK信号,在肝再生末期P53和AMPK信号共同参与自噬的调节。以上研究结果说明DCs自噬可能在肝再生早期激活细胞免疫反应和后期清除DCs等方面发挥着重要作用。 展开更多
关键词 肝再生 自噬 树突状细胞 rat genome 230 2.0芯片 IPA
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大鼠再生肝8种细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的转录谱 被引量：2
2
作者 常翠芳 王改平 +4 位作者 朱秋实 王磊 张富春 马纪 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期829-838,共10页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠的8种再生肝细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片等检测它们中丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的表达变化,用Cluster和Tree... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠的8种再生肝细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片等检测它们中丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的表达变化,用Cluster和Treeview等软件分析上述基因在肝再生中表达模式,用生物信息学和系统生物学等方法分析上述细胞中丝氨酸族氨基酸代谢活动。结果表明,在27个发生有意义表达变化的基因中,肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、肝星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞、树突状细胞的基因数分别为13、16、11、14、13、11、12、14,相应细胞的上调、下调和上/下调的基因数分别为7、6和0,2、10和4,2、8和1,8、3和3,6、5和2,4、6和1,2、10和0,6、6和2。总的来看,肝再生中各细胞的表达下调基因占优势,但在肝再生启动阶段,肝星形细胞和窦内皮细胞的表达上调基因占优势。上述丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱预示丝氨酸族氨基酸的合成主要在肝再生启动阶段的肝细胞、肝星形细胞、窦内皮细胞和库普弗细胞中增强,它们的降解主要在肝再生进展阶段的肝细胞、胆管上皮细胞、陷窝细胞和树突状细胞中进行。 展开更多
关键词 肝再生 ratgenome 2302.0芯片 甘氨酸 丝氨酸 半胱氨酸
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CCl4诱导的大鼠急性肝[功能]衰竭与恢复过程中基因表达变化及作用分析 被引量：1
3
作者 郭学强 郗玲玲 +4 位作者 王亚豪 郭跃东 张照可 徐存拴 陈广文 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期986-995,共10页
急性肝[功能]衰竭(acute liver failure,ALF)是一种危害较大的肝疾病,因其诱发和影响因素众多,导致其发生和发展机制尚不完全清楚。本文构建了四氯化碳(CCl4)诱导的大鼠ALF模型,通过检测血清ALT和AST活性、肝系数及形态结构进行建模评估... 急性肝[功能]衰竭(acute liver failure,ALF)是一种危害较大的肝疾病,因其诱发和影响因素众多,导致其发生和发展机制尚不完全清楚。本文构建了四氯化碳(CCl4)诱导的大鼠ALF模型,通过检测血清ALT和AST活性、肝系数及形态结构进行建模评估,用大鼠基因组230 2. 0芯片和生物信息学方法检测和分析了相关基因表达变化,用qRT-PCR和Western印迹检测了其机制相关基因在mRNA和蛋白质水平的表达变化。结果表明,本研究成功建立了可靠的大鼠ALF模型。检测发现,6 681个基因发生了有意义的表达变化。其中,4 819个基因与ALF相关。在急性肝[功能]衰竭过程中,细胞存活、增殖和分化等生理活动及IL-1、IL-6和IL-8等信号通路的信号传导活性增强,而细胞凋亡以及p53、ATM和AMPK等信号通路减弱。基于本文结果推测,在ALF的损伤和进展阶段,炎症因子IL-1R1、TNFR1和TNFR2等通过IL-1α→IL-1R1→→MAPK8→FOS/JUN途径和/或TNF-α→TNFR1/B→→NF-κB→→Caspases途径促进细胞凋亡、炎症反应和免疫应答;抑癌基因TP53在进展和恢复阶段,通过p53途径调节细胞凋亡;TNF-α和IL-10在恢复阶段,通过NF-κB、JAK-STAT和MAPK等信号通路激活增殖相关基因表达,促进肝细胞增殖。本文推测,在CCl4诱导的急性肝[功能]衰竭中,IL-1R1、TNFR1、TNFR2、CASPASE3、TP53、PCNA和NF-κB等基因发挥重要作用。本文为了解急性肝[功能]衰竭的发生和发展机制提供了有用的信息。 展开更多
关键词 急性肝[功能]衰竭 四氯化碳 大鼠基因组230 2. 0芯片 细胞凋亡
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氧化磷酸化相关基因在大鼠肝再生中表达模式
4
作者 蔺芳 穆瑞瑞 +2 位作者 赵红艳 朱红霞 徐存拴 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1107-1112,共6页
为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生... 为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生相关。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调相近等5类,分别涉及9、1、15、4和2个基因,共表达上调42次、下调102次,表明肝再生中表达降低基因多于表达加强基因。它们表达的时间相关性分为12组,表明肝再生中细胞生理生化活动具有阶段性。根据芯片结果推测,肝再生早期和前期氧化磷酸化反应和ATP合成减少,中期和后期增强。其中,31个肝再生相关基因起重要作用。 展开更多
关键词 部分肝切除 rat genome 230 2.0芯片 氧化磷酸化 肝再生相关基因
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大鼠再生肝8种细胞的一碳代谢相关基因转录谱研究
5
作者 张春艳 于亚男 +2 位作者 宗慧 李静雯 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期181-184,共4页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸活动... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸活动在肝再生启动阶段增强.胆管上皮细胞的S-腺苷甲硫氨酸转化为S-腺苷高半胱氨酸、N5-甲基四氢叶酸将甲基转移给甲硫氨酸活动在进展阶段增强.肝细胞、陷窝细胞、树突状细胞的聚谷氨酸水解、四氢叶酸与N5-甲酰基四氢叶酸相互转化在肝再生3个阶段增强.结论:大鼠肝再生与一碳代谢相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 rat genome 230 2.0芯片 基因转录谱 一碳代谢
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氧及活性氧代谢相关基因在大鼠肝脏再生中的作用
6
作者 蔺芳 张家洋 +1 位作者 皮川真 徐存拴 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第10期32-37,共6页
为了在基因转录水平了解氧及活性氧代谢相关基因在大鼠肝脏再生(LR)中的作用,用Rat Genome 230 2.0芯片检测了上述在大鼠再生肝中表达变化,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中81个与肝再生相关。其中,肝再生... 为了在基因转录水平了解氧及活性氧代谢相关基因在大鼠肝脏再生(LR)中的作用,用Rat Genome 230 2.0芯片检测了上述在大鼠再生肝中表达变化,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中81个与肝再生相关。其中,肝再生启动、G0/G1过渡、细胞增殖、细胞分化和组织结构功能重建等四个阶段起始表达的基因数为42、9、35和2;基因的总表达次数为42、31、77和50。表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用。它们共上调317次,下调161次,分为6类表达方式,表明肝再生中这些基因的表达变化多样和复杂。芯片结果分析表明,肝再生早期和前期过氧化氢和超氧化物代谢增强;几乎在整个肝再生中氧化反应和谷胱甘肽结合反应增强。 展开更多
关键词 部分肝切除 rat genome2302.0芯片 氧及活性氧代谢 肝再生相关基因
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大鼠再生肝8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱预示的生理活动 被引量：4
7
作者 杨莹 张丽君 +1 位作者 刘焕之 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期176-180,共5页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱及其预示的生理活动,用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞和树突状细胞等... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱及其预示的生理活动,用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞和树突状细胞等8种细胞,用Rat Genome2302.0芯片等检测生物氧化相关基因在上述细胞中表达变化,用H-Cluster等软件及生物信息学和系统学生物等方法分析它们的表达模式及预示的生理活动.结果表明:38个生物氧化相关基因在大鼠肝再生中发生了有意义表达变化,相应细胞的基因数为6,32,0,2,3,1,3,2个.肝再生启动阶段和进展阶段的NAD+合成增强,从NADH到O2的电子传递及ATP合成增强.终止阶段的FADH2分解减弱,从FADH2到O2的电子传递减弱.结论:大鼠肝再生与生物氧化密切相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 rat genome 230 2.0芯片 基因转录谱 生物氧化
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细胞外基质相关基因在大鼠肝再生中表达模式分析 被引量：4
8
作者 李红蕾 陈晓光 +2 位作者 张富春 马纪 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期333-340,共8页
细胞外基质具有维持细胞极性、调节细胞粘附、增殖、组织器官形态、发生、分化等功能。为了进一步在基因转录水平了解细胞外基质在大鼠肝再生中变化和作用,用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得细胞外基质基因,用Rat Genome2302.0芯... 细胞外基质具有维持细胞极性、调节细胞粘附、增殖、组织器官形态、发生、分化等功能。为了进一步在基因转录水平了解细胞外基质在大鼠肝再生中变化和作用,用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得细胞外基质基因,用Rat Genome2302.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述97个基因与肝再生相关。其中,肝再生启动（部分肝切除（parital hepatectomy,PH）后0.5～4h）、G0/G1过渡（PH后4～6h）、细胞增殖（PH后6～66h）、细胞分化和组织结构功能重建（PH后72～168h）等4个阶段起始表达的基因数为49、19、73、5,基因总表达的次数为84、51、369、144,表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调相近等5类,涉及38、21、21、10和7个基因,共上调411次,下调186次,分为24种表达模式,表明肝再生中细胞生理生化活动具有阶段性、多样性和复杂性。根据细胞外基质相关基因在肝再生中表达变化推测,肝再生前期纤粘连蛋白形成相关基因表达增强,肝再生中期胶原形成相关基因表达增强。 展开更多
关键词 部分肝切除 rat genome2302.0芯片 细胞外基质 肝再生相关基因
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大鼠再生肝8种细胞的嘧啶核苷酸代谢相关基因转录谱预示的生理活动 被引量：1
9
作者 王撒 房连聪 +1 位作者 袁美玲 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期185-188,共4页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的嘧啶核苷酸代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的嘧啶核苷酸代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,50个嘧啶核苷酸代谢相关基因在大鼠... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的嘧啶核苷酸代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的嘧啶核苷酸代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,50个嘧啶核苷酸代谢相关基因在大鼠肝再生中发生了有意义表达变化,8种细胞的相应基因数为25、33、16、24、15、15、21和18.肝细胞、胆管上皮细胞、窦内皮细胞的通过嘧啶核苷酸前体合成嘧啶核苷酸活动增强,除树突状细胞外其他7种细胞的嘧啶核苷酸分解代谢减弱.结论:大鼠肝再生与嘧啶核苷酸代谢密切相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 肝脏细胞 rat genome2302.0芯片 基因转录谱 嘧啶核苷酸代谢
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新基因BM390716、BI274487和AA963863与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢
10
作者 王泽 文园园 +3 位作者 程振朝 郭学强 张新胜 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期378-388,共11页
为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Exce... 为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Excel、BLAST等软件分析基因的共表达关系、序列同源性及参与的代谢活动。结果表明,BM390716与pparα同源和共表达,BI274487与timp2同源和共表达,AA963863与csgalnact1同源和共表达。根据上述基因的同源性和共表达推测,新基因BM390716、BI274487和AA963863参与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢。 展开更多
关键词 大鼠肝再生 ratgenome 230 2.0芯片 基因的同源性和共表达 细胞外基质代谢
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