目的构建环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)竞争性内源RNA(ceRNA)网络,探讨其在刀豆蛋白A诱导的自身免疫性肝炎(AIH)小鼠模型中的潜在调控机制,并验证关键基因的表达与肝损伤的关系。方法使用高通量数据筛选差异表达的circ...目的构建环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)竞争性内源RNA(ceRNA)网络,探讨其在刀豆蛋白A诱导的自身免疫性肝炎(AIH)小鼠模型中的潜在调控机制,并验证关键基因的表达与肝损伤的关系。方法使用高通量数据筛选差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,基于Pearson相关分析和Miranda程序预测miRNA与mRNA及circRNA的配对关系,构建ceRNA网络。对网络中的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。选取SPF级雄性C57BL/6小鼠12只,采用随机数字表法分为对照组和模型组,每组6只,模型组通过尾静脉注射刀豆蛋白A构建AIH小鼠模型,对照组注射生理盐水。通过qRT-PCR和Western Blot方法验证circ_0001577、miR-7055-3p和Akt3的表达。测定血清转氨酶(ALT、AST)和肝组织中丙二醛(MDA)及一氧化氮(NO)含量,并分析其与基因表达的相关性。计量资料两组间比较采用成组t检验。使用Spearman相关分析法分析基因表达与肝损伤指标之间的相关性。结果构建了包含5795个circRNAmiRNA-mRNA配对的ceRNA网络,发现circ_0001577为中心基因。与对照组小鼠比较,模型组中的circ_0001577和Akt3表达上调,miR-7055-3p下调,差异均有统计学意义(P值均<0.05),且circ_0001577与Akt3呈正相关(r=0.861,P<0.001),miR-7055-3p与两者呈负相关(r值分别为−0.644、−0.855,P值均<0.05)。模型组小鼠肝脏Akt3蛋白表达显著高于对照组(1.04±0.10 vs 0.72±0.06,t=−6.49,P=0.001),并与circ_0001577呈正相关(r=0.579,P=0.048),与miR-7055-3p呈负相关(r=−0.891,P<0.001)。模型组小鼠血清ALT、AST和肝组织MDA、NO含量较对照组均显著增加(P值均<0.05),上述肝损伤指标与circ_0001577、Akt3呈正相关(r值分别为0.849、0.865、0.811、0.801;0.889、0.954、0.938、0.961,P值均<0.05),与miR-7055-3p呈负相关(r值分别为−0.687、−0.818、−0.833、−0.870,P值均<0.05),且与Akt蛋白表达呈正相关(r值分别为0.648、0.796、0.848、0.860,P值均<0.05)。结论circ_0001577通过竞争性吸附miR-7055-3p,导致Akt3抑制被解除,进而促进Akt3的表达,参与AIH的发生发展。circ_0001577及其相关通路可能成为AIH的潜在治疗靶点。展开更多
背景近年来,转录组测序技术(RNA-seq)在肝癌领域的大量应用为肝癌的基因组学和生物学研究提供了帮助,对近二十年RNA-seq应用于肝癌研究的文献进行总结分析,有助于研究者全面了解该领域的研究热点与最新进展,为后续研究提供参考。目的通...背景近年来,转录组测序技术(RNA-seq)在肝癌领域的大量应用为肝癌的基因组学和生物学研究提供了帮助,对近二十年RNA-seq应用于肝癌研究的文献进行总结分析,有助于研究者全面了解该领域的研究热点与最新进展,为后续研究提供参考。目的通过文献计量学分析对RNA-seq在肝癌治疗、诊断、发生机制等各方面研究的应用情况进行整体评价,以揭示全球RNA-seq应用于肝癌领域研究热点的分布情况,进而推测未来该领域的发展趋势。方法检索2001—2022年Web of Science数据库收录的RNA-seq应用于肝癌研究领域的英文文献,运用Microsoft Excel 2016软件对文献进行发文量分析,运用CiteSpace软件进行作者、国家、机构、关键词的可视化分析,使用发文量、中心性、聚类模块值和平均轮廓值等指标对可视化结果进行评价。结果在数据库中检索到RNA-seq应用于肝癌研究领域的文献共1397篇,分析结果显示,该领域的核心作者群已经形成;中国发文量最多,但研究深度略有欠缺,美国发文量仅次于中国,但中心性最高,为0.44;高发文量的机构大多分布在中国,影响力较大的机构大多分布在美国;关键词分析显示领域的研究热点为肝癌发生、发展相关的分子机制、基因表达及其分子标志物。结论肝癌发生发展的分子机制、疾病的生物标志物和治疗靶点是该领域目前的研究热点,临床精准医疗可能成为未来的重点研究方向。展开更多
文摘目的构建环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)竞争性内源RNA(ceRNA)网络,探讨其在刀豆蛋白A诱导的自身免疫性肝炎(AIH)小鼠模型中的潜在调控机制,并验证关键基因的表达与肝损伤的关系。方法使用高通量数据筛选差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,基于Pearson相关分析和Miranda程序预测miRNA与mRNA及circRNA的配对关系,构建ceRNA网络。对网络中的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。选取SPF级雄性C57BL/6小鼠12只,采用随机数字表法分为对照组和模型组,每组6只,模型组通过尾静脉注射刀豆蛋白A构建AIH小鼠模型,对照组注射生理盐水。通过qRT-PCR和Western Blot方法验证circ_0001577、miR-7055-3p和Akt3的表达。测定血清转氨酶(ALT、AST)和肝组织中丙二醛(MDA)及一氧化氮(NO)含量,并分析其与基因表达的相关性。计量资料两组间比较采用成组t检验。使用Spearman相关分析法分析基因表达与肝损伤指标之间的相关性。结果构建了包含5795个circRNAmiRNA-mRNA配对的ceRNA网络,发现circ_0001577为中心基因。与对照组小鼠比较,模型组中的circ_0001577和Akt3表达上调,miR-7055-3p下调,差异均有统计学意义(P值均<0.05),且circ_0001577与Akt3呈正相关(r=0.861,P<0.001),miR-7055-3p与两者呈负相关(r值分别为−0.644、−0.855,P值均<0.05)。模型组小鼠肝脏Akt3蛋白表达显著高于对照组(1.04±0.10 vs 0.72±0.06,t=−6.49,P=0.001),并与circ_0001577呈正相关(r=0.579,P=0.048),与miR-7055-3p呈负相关(r=−0.891,P<0.001)。模型组小鼠血清ALT、AST和肝组织MDA、NO含量较对照组均显著增加(P值均<0.05),上述肝损伤指标与circ_0001577、Akt3呈正相关(r值分别为0.849、0.865、0.811、0.801;0.889、0.954、0.938、0.961,P值均<0.05),与miR-7055-3p呈负相关(r值分别为−0.687、−0.818、−0.833、−0.870,P值均<0.05),且与Akt蛋白表达呈正相关(r值分别为0.648、0.796、0.848、0.860,P值均<0.05)。结论circ_0001577通过竞争性吸附miR-7055-3p,导致Akt3抑制被解除,进而促进Akt3的表达,参与AIH的发生发展。circ_0001577及其相关通路可能成为AIH的潜在治疗靶点。
文摘背景近年来,转录组测序技术(RNA-seq)在肝癌领域的大量应用为肝癌的基因组学和生物学研究提供了帮助,对近二十年RNA-seq应用于肝癌研究的文献进行总结分析,有助于研究者全面了解该领域的研究热点与最新进展,为后续研究提供参考。目的通过文献计量学分析对RNA-seq在肝癌治疗、诊断、发生机制等各方面研究的应用情况进行整体评价,以揭示全球RNA-seq应用于肝癌领域研究热点的分布情况,进而推测未来该领域的发展趋势。方法检索2001—2022年Web of Science数据库收录的RNA-seq应用于肝癌研究领域的英文文献,运用Microsoft Excel 2016软件对文献进行发文量分析,运用CiteSpace软件进行作者、国家、机构、关键词的可视化分析,使用发文量、中心性、聚类模块值和平均轮廓值等指标对可视化结果进行评价。结果在数据库中检索到RNA-seq应用于肝癌研究领域的文献共1397篇,分析结果显示,该领域的核心作者群已经形成;中国发文量最多,但研究深度略有欠缺,美国发文量仅次于中国,但中心性最高,为0.44;高发文量的机构大多分布在中国,影响力较大的机构大多分布在美国;关键词分析显示领域的研究热点为肝癌发生、发展相关的分子机制、基因表达及其分子标志物。结论肝癌发生发展的分子机制、疾病的生物标志物和治疗靶点是该领域目前的研究热点,临床精准医疗可能成为未来的重点研究方向。
