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Increased level of polymerase Ⅲ transcribed Alu RNA in hepatocellular carcinoma tissue
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作者 Tang RB Wang HY +4 位作者 Lu HY Xiong J Li HH Qiu XH Liu HQ 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期880-880,共1页
关键词 聚合酶 基因转录 rna 肝细胞癌 肿瘤组织
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T7 RNA聚合酶转录起始过程中嘌呤核苷酸结合机制
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作者 谢昀 岳慧慧 +1 位作者 安然 梁兴国 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第8期166-174,共9页
转录起始是生物转录过程中的关键和限速步骤。为了探究转录起始过程中三磷酸核苷酸(NTP)嘌呤依赖性的具体机制,本文通过改变转录模板上起始序列+1和+2位的碱基(共16种碱基组合),研究T7 RNA聚合酶(T7 RNAP)对起始序列的偏好性,并通过将... 转录起始是生物转录过程中的关键和限速步骤。为了探究转录起始过程中三磷酸核苷酸(NTP)嘌呤依赖性的具体机制,本文通过改变转录模板上起始序列+1和+2位的碱基(共16种碱基组合),研究T7 RNA聚合酶(T7 RNAP)对起始序列的偏好性,并通过将产物的5′端与另一已知序列RNA的3′端连接以明确起始序列。研究发现,T7 RNAP在转录起始时对+1位有嘌呤依赖性,且对鸟嘌呤(G)的依赖性大于腺嘌呤(A);对于+1位由A起始的产物,其+2位必须为G才能被成功制备。目标产物+1位为非嘌呤时,无法从此位转录,但在这种情况下,若+2位为G,可从+2位起始转录,即产生长度缺失1个核苷酸的RNA产物,这可能是T7 RNAP通过弯折模板链进行的。研究还发现,T7 RNAP也可以通过结合嘌呤单核苷酸(如GMP)起始转录。综上所述,本文阐释了转录起始的机制:T7 RNAP先结合两个游离的核苷酸单体,当模板与其完全配对(同模板结合)时才催化形成第一个磷酸二酯键,且要求起始结合位是G或A。本研究阐明的转录起始新机制对深入研究遗传信息的表达具有重要指导意义。 展开更多
关键词 T7 rna聚合酶 转录 启动子 序列偏好性 转录起始机制 核苷酸
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甘蔗DⅢ家族蔗糖磷酸合成酶基因SofSPSDⅢ克隆及其hpRNA载体构建 被引量:3
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作者 汪淼 李双喜 +5 位作者 桂意云 秦翠鲜 陈忠良 廖青 李杨瑞 黄东亮 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期532-539,共8页
【目的】克隆甘蔗DⅢ家族SofSPSDⅢ基因并构建其hpRNA表达载体,为研究该基因生物学功能奠定基础。【方法】通过同源克隆获得甘蔗SofSPSDⅢ基因部分序列,利用RACE技术获得其全长cDNA。扩增SofSPSDⅢ目的基因约500 bp序列,利用中间载体pHA... 【目的】克隆甘蔗DⅢ家族SofSPSDⅢ基因并构建其hpRNA表达载体,为研究该基因生物学功能奠定基础。【方法】通过同源克隆获得甘蔗SofSPSDⅢ基因部分序列,利用RACE技术获得其全长cDNA。扩增SofSPSDⅢ目的基因约500 bp序列,利用中间载体pHANNIBAL构建该片段的hpRNA结构,然后用Not Ⅰ将整个hpRNA结构切下,克隆到双元植物表达载体pART27上,构建该基因的hpRNA表达载体。【结果】通过同源克隆和RACE技术获得SofSPSDⅢ基因全长cDNA序列,该基因全长3252 bp,5′端UTR长度59 bp,3′端UTR长度292 bp,开放阅读框(ORF)长度2895 bp,带有真核生物典型的poly(A)尾巴(GenBank登录号:HQ117935)。该基因编码蛋白含有964个氨基酸,理论分子量108.03kDa,等电点pI=6.66;SofSPSDⅢ与SoSPS2、SbSPS和TaSPS9的氨基酸序列同源性分别为99.0%、98.9%和90.0%。构建获得SofSPSDⅢ基因的hpRNA载体pART-DⅢ-Ri。【结论】成功克隆甘蔗DⅢ家族SofSPSDⅢ基因并构建基hpRNA载体,可为下一步沉默该基因、进而解析该基因的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 甘蔗 蔗糖磷酸合成酶 SofSPSD 克隆 发夹rna 载体构建
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抗纤益心方对扩张型心肌病大鼠心肌Ⅰ、Ⅲ型胶原mRNA表达的影响 被引量:17
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作者 王振涛 韩丽华 +2 位作者 朱明军 柴松波 曹程浩 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1496-1500,共5页
目的:探讨抗纤益心方(党参、黄芪、茯苓、白术、丹参、川芎、红花、赤芍、泽兰、益母草)抑制扩张型心肌病(DCM)大鼠心室重构的机制。方法:采用自主饮用呋喃唑酮水溶液建立DCM大鼠模型,8周后,存活大鼠随机分成5组(每组14只)16周时,处死... 目的:探讨抗纤益心方(党参、黄芪、茯苓、白术、丹参、川芎、红花、赤芍、泽兰、益母草)抑制扩张型心肌病(DCM)大鼠心室重构的机制。方法:采用自主饮用呋喃唑酮水溶液建立DCM大鼠模型,8周后,存活大鼠随机分成5组(每组14只)16周时,处死动物。用免疫组化法(SP法)和逆转录-聚合酶链反应法(RT-PCR)检测心肌组织Ⅰ、Ⅲ型胶原的表达。结果:模型组心肌间质内Ⅰ、Ⅲ型胶原大量增生,与正常组比较有显著差异性(P<0.05);中西药联用组、大剂量组心肌内Ⅰ、Ⅲ型胶原较模型组明显减少(P<0.05);大剂量组与卡托普利组比较无差别(P>0.05),与小剂量组比较有统计学意义(P<0.05)。结论:DCM大鼠心肌呈明显纤维化,与Ⅰ、Ⅲ型胶原在心肌组织内较高的表达存在密切关系。抗纤益心方能够抑制心肌间质Ⅰ、Ⅲ型胶原蛋白的表达,从而起到抑制心室重构的作用。 展开更多
关键词 抗纤益心方 扩张型心肌病 心室重构 Ⅰ、型胶原 免疫组化法 逆转录-聚合酶链反应
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紫稻型水稻线粒体cox Ⅲ基因转录本的RNA编辑 被引量:2
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作者 魏磊 费震江 丁毅 《湖北农业科学》 北大核心 2009年第12期2913-2916,共4页
紫稻细胞质雄性不育系是本实验室构建的新型细胞质雄性不育系。使用PCR、RT-PCR、DNA测序等技术,得到了紫稻细胞质雄性不育水稻不育系(樱香A)及其保持系(樱香B)线粒体细胞色素C氧化酶亚基coxⅢ基因转录本cDNA序列。通过与水稻"93-1... 紫稻细胞质雄性不育系是本实验室构建的新型细胞质雄性不育系。使用PCR、RT-PCR、DNA测序等技术,得到了紫稻细胞质雄性不育水稻不育系(樱香A)及其保持系(樱香B)线粒体细胞色素C氧化酶亚基coxⅢ基因转录本cDNA序列。通过与水稻"93-11"线粒体基因组序列比对发现,樱香AcoxⅢ cDNA序列中,没有发生RNA编辑;而樱香BcoxⅢ cDNA序列中有13个编辑位点,11个为C-T编辑,2个为T-C编辑。在樱香B cDNA序列中的13个编辑位点位于13个密码子中,所编码的氨基酸有10个发生改变,这些氨基酸的改变大大增加了蛋白质的疏水性。研究表明,RNA编辑在合成具正常功能的COXⅢ多肽的过程中具有至关重要的作用,同时也说明RNA编辑可能与细胞质雄性不育相关。 展开更多
关键词 cox基因 rna编辑 细胞质雄性不育 线粒体 紫稻
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日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ-p15亚单位的分离和序列分析 被引量:5
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作者 包俊英 余新炳 吴忠道 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2002年第4期14-16,共3页
目的 分离和鉴定日本血吸虫 (Schistosomajaponisum ,Sj)新基因。 方法 应用表达序列标签 (Expressedse quencetags ,ESTs)法随机筛选SjcDNA文库 ,通过PCR直接序列测定技术和同源性比较对阳性插入片段进行鉴定。采用亚克隆技术和生物... 目的 分离和鉴定日本血吸虫 (Schistosomajaponisum ,Sj)新基因。 方法 应用表达序列标签 (Expressedse quencetags ,ESTs)法随机筛选SjcDNA文库 ,通过PCR直接序列测定技术和同源性比较对阳性插入片段进行鉴定。采用亚克隆技术和生物信息学分析对日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录延长因子SⅢ -p15亚单位进行结构和功能的鉴定。结果 我们从SjcDNA文库中随机筛选到一个cDNA克隆 ,它含有一个 371个碱基组成的阅读框 ,编码 118个氨基酸 ,与哺乳动物等的RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位具有较高的同源性 ,且具有该因子所特有的氨基酸序列 ,表明我们已经获得了日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位。 结论 获得了日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位的全长cDNA序列 。 展开更多
关键词 日本血吸虫 rna聚合酶Ⅱ 转录因子SⅡ-p15 序列分析 CDNA 表达序列档签法
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应用RNAⅢ抑制肽(RIP)抑制葡萄球菌毒素产生的实验研究 被引量:2
7
作者 邢庆昌 郝立波 王继芳 《科学技术与工程》 2011年第2期317-320,共4页
通过体外实验研究RNAⅢ抑制肽(RIP)抑制葡萄球菌产生肠毒素和溶血素的效果。将200μL浓度为2.5%的二甲基亚砜(DMSO,对照组)和1mg/mL的R IP分别加入到200μL浓度1×108/mL的TECRA菌液,培养3h后,定量检测两组菌液中SEB的含量。将分别... 通过体外实验研究RNAⅢ抑制肽(RIP)抑制葡萄球菌产生肠毒素和溶血素的效果。将200μL浓度为2.5%的二甲基亚砜(DMSO,对照组)和1mg/mL的R IP分别加入到200μL浓度1×108/mL的TECRA菌液,培养3h后,定量检测两组菌液中SEB的含量。将分别含有0.75% DMSO、100μg左氧氟沙星、40μg RIP和40μg RIP+100μg左氧氟沙星的菌液与50μL含有4%家兔红细胞的PBS液共同培养1h后,用酶标仪检测各组上清液中血红蛋白的含量。在ELLISA反应的5、10、30min三个时间点,RIP组菌液中SEB含量均明显低于DMSO组,两组数据具有极显著性差异(p<0.001);RIP组和左氧组菌液中的溶血素的含量明显低于空白组(p<0.05,p<0.01),联合用药组菌液中的溶血素含量明显低于空白组和RIP组,与左氧组相比差别不显著。说明RIP可以有效抑制金葡菌肠毒素和溶血素的产生,与抗生素联用有一定的协同功效。 展开更多
关键词 rna抑制肽 金葡菌 毒素
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应用RNAⅢ抑制肽防治大鼠皮下内植物葡萄球菌感染的实验研究
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作者 邢庆昌 郝立波 +2 位作者 王继芳 王岩 卢世璧 《科学技术与工程》 2009年第11期3044-3047,共4页
研究RIP防治内植物葡萄球菌感染的效果,将32只Wistar大鼠随机分为空白组、RIP组、左氧氟沙星组(左氧组)、左氧氟沙星+RIP组(联合组)。将在金葡菌菌液浸泡过的涤纶材料植入到大鼠皮下囊内,观察各组动物的生命体征和存活情况。7d后处死各... 研究RIP防治内植物葡萄球菌感染的效果,将32只Wistar大鼠随机分为空白组、RIP组、左氧氟沙星组(左氧组)、左氧氟沙星+RIP组(联合组)。将在金葡菌菌液浸泡过的涤纶材料植入到大鼠皮下囊内,观察各组动物的生命体征和存活情况。7d后处死各组存活动物,取出内植物,对其表面附着的细菌进行计数分析。术后7d,空白材料表面有大量细菌存活,并形成生物被膜;而RIP组和左氧组涤纶表面细菌明显低于对照组,结果有显著性差异(P<0.01);但RIP组和左氧组之间无差别;联合用药组只检测出极少量细菌,明显低于其余三组(P<0.001)。说明RIP与抗生素联用可有效降低模型动物的死亡率,抑制金葡菌引起的内植物感染。 展开更多
关键词 rna抑制肽 金葡菌 大鼠 内植物 实验研究
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金黄色葡萄球菌RNAⅢ敲除株对γ-溶血素表达调控的影响 被引量:1
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作者 谭利 王轶男 +4 位作者 陈江 姜北 喻胜鹏 黎庶 胡晓梅 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期45-49,共5页
目的利用同源重组技术构建金黄色葡萄球菌Newman RNAⅢ基因敲除株,探究RNAⅢ敲除对金葡菌γ-溶血素表达调控的影响。方法分别扩增RNAⅢ基因的上下游同源臂,根据同源重组原理,构建pBT2基因敲除载体,利用同源重组技术,构建RNAⅢ敲除株。... 目的利用同源重组技术构建金黄色葡萄球菌Newman RNAⅢ基因敲除株,探究RNAⅢ敲除对金葡菌γ-溶血素表达调控的影响。方法分别扩增RNAⅢ基因的上下游同源臂,根据同源重组原理,构建pBT2基因敲除载体,利用同源重组技术,构建RNAⅢ敲除株。并对野生株和敲除株γ-溶血素的转录水平和蛋白水平进行研究。结果实时荧光定量PCR结果显示RNAⅢ敲除株γ-溶血素A/B/C亚基的转录水平较野生株显著降低, Western blot检测结果也显示敲除株γ-溶血素蛋白表达水平较野生株明显减少。结论 RNAⅢ敲除可显著影响金葡菌γ-溶血素的表达。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 rna γ-溶血素 基因敲除
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LncRNA GAS5通过吸附miR-21促进ADAMTS-1介导的肺成纤维细胞Ⅰ、Ⅲ型胶原降解 被引量:2
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作者 刘理静 钱红 +3 位作者 王乐 贺兼斌 胡柯 田玉梅 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1449-1455,共7页
目的观察生长阻滞特异性转录本5(growth arrest-specific transcript 5,GAS5)对肺成纤维细胞Ⅰ型胶原(ColⅠ)和Ⅲ型胶原(ColⅢ)表达的影响,并探讨其机制。方法培养人胚肺成纤维细胞MRC-5,用GAS5慢病毒过表达载体(LV-GAS5)处理,荧光实时... 目的观察生长阻滞特异性转录本5(growth arrest-specific transcript 5,GAS5)对肺成纤维细胞Ⅰ型胶原(ColⅠ)和Ⅲ型胶原(ColⅢ)表达的影响,并探讨其机制。方法培养人胚肺成纤维细胞MRC-5,用GAS5慢病毒过表达载体(LV-GAS5)处理,荧光实时定量PCR(qRT-PCR)检测GAS5、miR-21水平,qRT-PCR和Western blot测定I型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶-1(ADAMTS-1)、ColⅠ、ColⅢ表达。生物信息学、双荧光素酶报告基因分析GAS5、ADAMTS-1 3′-非翻译区与miR-21的靶向结合情况。以miR-21模拟物(mimic)或ADAMTS-1 siRNA转染MRC-5细胞48 h,再用LV-GAS5处理细胞相同时间,qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS-1、ColⅠ、ColⅢ表达。结果过表达GAS5降低miR-21水平,抑制ColⅠ、ColⅢ蛋白表达,增加ADAMTS-1 mR NA与蛋白水平(P <0.01)。GAS5、miR-21、ADAMTS-1之间存在竞争性内源RNA (ceR NA)作用模式。miR-21 mimic或ADAMTS-1 siR NA预处理几乎完全逆转过表达GAS5对ColⅠ、ColⅢ降解的促进作用(P <0.01)。结论 GAS5作为ceR NA竞争性结合miR-21,上调ADAMTS-1表达,从而促进MRC-5细胞ColⅠ、ColⅢ降解。 展开更多
关键词 生长阻滞特异性转录本5 MIR-21 ADAMTS-1 竞争性内源rna Ⅰ型胶原 型胶原
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新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估
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作者 赵祉薇 陈茶 黄彬 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期1737-1743,共7页
目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase cha... 目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量。并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性。对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析。结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法。所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性。对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%。115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%)。gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的Ct值介于30~32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的Ct值介于32~35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性。结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 亚基因组rna 聚合酶链反应 逆转录
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RNA依赖性RNA聚合酶作为抗戊型肝炎病毒药物作用靶点的研究进展
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作者 何振文 刘丁语 +7 位作者 刘宝玲 张翩 王晓虎 王刚 黄元 陈晶 刘文俊 蔡汝健 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4568-4577,共10页
戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)是造成急性肝炎最常见的原因之一。HEV基因组由5′非编码区、3个开放阅读框(ORF1、ORF2、ORF3)和3′非编码区组成,仅在HEV-1中发现了ORF4,并与ORF1重叠。各种编码蛋白在HEV的复制和感染中发挥着不... 戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)是造成急性肝炎最常见的原因之一。HEV基因组由5′非编码区、3个开放阅读框(ORF1、ORF2、ORF3)和3′非编码区组成,仅在HEV-1中发现了ORF4,并与ORF1重叠。各种编码蛋白在HEV的复制和感染中发挥着不同的作用,而HEV的复制是由ORF1编码的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)所介导的。HEV RdRp是由多个蛋白亚基组成的复合酶,具有7个保守基序,这些保守基序在RNA合成过程中发挥核苷酸识别、合成、延伸、修饰和稳定等作用,保证了RdRp的功能,在HEV的复制和转录中起到关键作用。因此,以RdRp作为抗HEV药物作用靶点的治疗方案具有很好的应用前景,是目前药物开发的一种主流思路。目前,已发现利巴韦林、索非布韦、2′-C-甲基胞苷(2CMC)等核苷类RdRp抑制剂和锌、GPC-N114等非核苷类RdRp抑制剂对HEV有较强的抑制作用,可作为潜在的抗HEV药物进行深入研究。笔者对HEV编码蛋白和HEV RdRp的结构与功能进行阐述,总结目前发现的对HEV有抑制作用的RdRp抑制剂,以期为HEV的药物开发提供一种新的思路。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒(HEV) rna依赖性rna聚合酶(RdRp) 药物开发
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siRNA干预CTGF和TIMP-1对大鼠肝星状细胞胶原分泌的影响 被引量:3
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作者 黄加权 焦云桃 +6 位作者 李兰 徐蕾 陶然 范翔雪 马科 郭威 宁琴 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期22-26,共5页
目的研究小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)沉默结缔组织生长因子(connective tissue growthfactor,CTGF)和组织金属蛋白酶抑制剂-1(tissue inhibitor of matrix metalloproteinases,TIMP-1)对肝星状细胞(hepaticstellate cell,HS... 目的研究小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)沉默结缔组织生长因子(connective tissue growthfactor,CTGF)和组织金属蛋白酶抑制剂-1(tissue inhibitor of matrix metalloproteinases,TIMP-1)对肝星状细胞(hepaticstellate cell,HSC)CTGF和TIMP-1基因表达以及对Ⅰ、Ⅲ型胶原分泌的影响。方法根据已筛选出的对CTGF和TIMP-1基因最有效的RNA干扰靶位,将化学合成siRNA CTGF和siRNA TIMP-1以脂质体LipofectamineTM2000介导,瞬时转染HSC-T6细胞,分别设siRNA CTGF组、siRNA TIMP-1组、siRNA CTGF和siRNA TIMP-1联合组、脂质体组及非特异性(negative control,NC)siRNA组,抽提转染24、48h细胞mRNA和蛋白,并收集细胞上清液。应用RT-PCR鉴定CTGF和TIMP-1mRNA的表达;Western blot检测其蛋白表达;ELISA法检测Ⅰ、Ⅲ型胶原的分泌。结果各干预组转染24、48h后分别与脂质体组和NC siRNA组比较,HSC-T6细胞CTGF及TIMP-1mRNA和蛋白表达均明显下调(均P<0.05),且干预组HSC-T6培养上清液中Ⅰ、Ⅲ型胶原含量明显减少(均P<0.05)。siRNA联合组分别与siRNA CTGF组和siRNA TIMP-1组比较,于转染48hsiRNA联合组较siRNA TIMP-1组抑制率高,细胞上清液中Ⅰ、Ⅲ型胶原量比siRNA TIMP-1组少,且差异具有统计学意义(均P<0.05);而与siRNA CTGF组比较,其CTGF mR-NA和蛋白抑制率增高,细胞上清液中Ⅰ、Ⅲ型胶原量较siRNA联合组减少,但差异无统计学意义(均P>0.05)。结论针对HSC-T6CTGF mRNA基因全长943位点和TIMP-1mRNA 304位点化学合成的siRNA,对靶基因mRNA和蛋白表达有较好的抑制效果,CTGF和TIMP-1沉默可显著减少细胞上清液中Ⅰ、Ⅲ型胶原含量;CTGF和TIMP-1两种基因同时沉默,有增强抗肝纤维化效果的可能。 展开更多
关键词 小干扰rna 结缔组织生长因子 组织金属蛋白酶抑制剂-1 肝星状细胞 Ⅰ、型胶原
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水牛RNA聚合酶III启动子的克隆与鉴定 被引量:1
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作者 张晓溪 刘庆友 +3 位作者 邓彦飞 罗婵 崔奎青 石德顺 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期858-863,共6页
【目的】获得有效的水牛RNA聚合酶III启动子序列,为开展水牛源细胞的基因特异沉默研究奠定基础。【方法】通过启动子上、下游保守序列对水牛源启动子7SK、U6进行克隆和启动子关键顺式作用元件识别,利用一段针对EGFP的shRNA片段(shEGFP)... 【目的】获得有效的水牛RNA聚合酶III启动子序列,为开展水牛源细胞的基因特异沉默研究奠定基础。【方法】通过启动子上、下游保守序列对水牛源启动子7SK、U6进行克隆和启动子关键顺式作用元件识别,利用一段针对EGFP的shRNA片段(shEGFP)对水牛7SK、U6启动子进行功能性分析,然后分别在水牛源及鼠源细胞中与pEGFP-N1共转染,转染48h后用荧光显微镜检测EGFP的表达情况,并用流式细胞仪和荧光实时定量PCR检测EGFP沉默表达情况。【结果】克隆获得水牛7SK、U6启动子序列分别为430和357bp,其OCT-1(或CACCC盒)及TATA盒高度保守。连接shEGFP后与pEGFP-N1共转染细胞,通过荧光显微镜可观察到细胞发生了明显的荧光表达沉默现象;通过流式细胞分析,发现水牛7SK和U6启动子引导的shEGFP在水牛源细胞中沉默效率高达93.82%和87.45%;荧光实时定量PCR检测结果显示,在转染bu7SK-shEGFP和buU6-shEGFP的水牛源BFF细胞中,EGFP表达水平均显著低于其他物种启动子的细胞转染组(P<0.05),而在鼠源PT67细胞中,水牛启动子的启动效率与其他物种启动子差异不显著(P>0.05)。【结论】水牛7SK和U6启动子可高效启动shRNA表达,且具有一定的物种特异性。 展开更多
关键词 水牛 rna聚合酶启动子 7SK U6 克隆 鉴定 基因沉默
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金欣口服液含药血清及其有效单体白藜芦醇对RSV的RNA聚合酶转录活性的影响 被引量:19
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作者 李佳曦 汪受传 +1 位作者 徐建亚 徐珊 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期36-39,共4页
目的研究金欣口服液含药血清及其有效单体白藜芦醇对呼吸道合胞病毒(RSV)RNA聚合酶转录活性的作用。方法通过体外分离病毒核糖核蛋白复合体(RNP)进行体外转录,并在转录过程中应用放射性核苷酸标记,同位素检测RSV的mRNA全长转录本,从而... 目的研究金欣口服液含药血清及其有效单体白藜芦醇对呼吸道合胞病毒(RSV)RNA聚合酶转录活性的作用。方法通过体外分离病毒核糖核蛋白复合体(RNP)进行体外转录,并在转录过程中应用放射性核苷酸标记,同位素检测RSV的mRNA全长转录本,从而观察金欣口服液含药血清及其有效单体白藜芦醇对RSV的RNA依赖的RNA聚合酶活性的影响。结果正常细胞组与病毒感染细胞模型组放射性核苷酸辐射强度有显著差异(P<0.01),而白藜芦醇组转录掺入的放射性核苷酸明显低于病毒对照组(P<0.01),而各含药血清组差异不显著。结论金欣口服液有效单体白藜芦醇对RSV的RNA依赖的RNA聚合酶有较好的抑制作用,其可能是金欣口服液抗RSV的作用机制之一。 展开更多
关键词 金欣口服液 白藜芦醇 呼吸道合胞病毒 rna聚合酶
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大鼠心肌组织中microRNA和18S rRNA的降解与死亡时间的相关性 被引量:18
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作者 李文灿 马开军 +6 位作者 张萍 王慧君 沈忆文 周月琴 赵子琴 马端 陈龙 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期413-417,共5页
目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的... 目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的含量变化,结果用循环阈值(Ct值)表示,分析死亡时间与Ct值的关系,最终建立死亡时间推断的回归分析方程。结果大鼠死后120h内心肌组织中miR-1-2含量无明显变化,此后开始下降;而18S rRNA含量在96 h内逐渐增多,随后开始缓慢下降。大鼠死后不同时间18S rRNA的Ct值以及18S rRNA和miR-1-2的ΔCt值与PMI呈非线性相关,二次曲线拟合的R2值分别为0.9487、0.8072。结论 18S rRNA的Ct值和18S rRNA与miR-1-2的ΔCt值与PMI之间存在明显非线性关系,可以作为早期死亡时间推断的指标。 展开更多
关键词 法医病理学 rnaS rna 核糖体 18S 死亡时间 聚合酶链反应 大鼠
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2种实时荧光定量聚合酶链式反应法检测HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者血清HBV RNA的一致性分析 被引量:7
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作者 王扬 廖昊 +8 位作者 邓中平 卞丹丹 任艳 蒋莹莹 刘霜 陈煜 鲁凤民 段钟平 郑素军 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2022年第5期1035-1040,共6页
目的评价S(Shengxiang)公司、X(Xinbo)公司两种实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time PCR)方法定量检测HBV RNA结果的一致性。方法从2007年7月—2008年8月组建的108例慢性乙型肝炎(CHB)前瞻性随访患者队列中,选取HBeAg血清学转换患者2... 目的评价S(Shengxiang)公司、X(Xinbo)公司两种实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time PCR)方法定量检测HBV RNA结果的一致性。方法从2007年7月—2008年8月组建的108例慢性乙型肝炎(CHB)前瞻性随访患者队列中,选取HBeAg血清学转换患者20例进行1∶1倾向性评分匹配未转换患者20例,采用S公司和X公司两种real-time PCR定量检测方法,回顾性检测基线、12周、24周及48周血清样本HBV RNA。符合正态分布的计量资料组间比较采用配对t检验;不符合正态分布的计量资料组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料采用χ^(2)检验。通过Pearson相关系数、组内相关系数(ICC)和Bland-Altman法评价检测结果的一致性。结果S试剂检测132份血清样本,X试剂检测154份血清样本,两种试剂对送检样本中HBV RNA检出率均为100%。两种试剂共同检测血清样本131份,在基线、随访12周、24周及48周分别检测34、29、35及33份血清,X试剂检测HBV RNA定量数据分别为(5.75±1.64、5.43±1.73、5.13±1.54、4.76±1.55)log_(10)拷贝/mL,均高于S试剂(4.80±1.48、4.52±1.53、4.10±1.50、3.92±1.43)log_(10)拷贝/mL,差异均有统计学意义(t=8.348、t=5.341、Z=-5.086、Z=-4.762,P值均<0.001)。两种方法相关性分析中,r及ICC值分别为0.915(95%CI:0.836~0.957)与0.771(95%CI:-0.021~0.931)、0.849(95%CI:0.701~0.927)与0.733(95%CI:0.138~0.902)、0.951(95%CI:0.905~0.975)与0.776(95%CI:-0.058~0.942)、0.933(95%CI:0.867~0.967)与0.804(95%CI:-0.014~0.944)(P值均<0.05)。Bland-Altman分析表明,两种方法检测结果中96.18%(126/131)的样本差异位于平均差±1.96标准差之间。结论X试剂的HBV RNA定量结果高于S试剂定量结果,但两种real-time PCR定量检测HBeAg血清学转换和未转换CHB患者HBV RNA结果的一致性良好。 展开更多
关键词 乙型肝炎 慢性 rna 聚合酶链反应
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T7启动子介导体外构建Nucleostem in特异性短发夹状干扰RNA 被引量:4
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作者 岳保红 朱晓燕 +5 位作者 孙玲 赵小强 陈艳丽 王清霞 刘帅 张钦宪 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期731-735,共5页
目的体外构建合成针对Nuc leostem in(核干细胞因子,NS)基因的短发夹状干扰RNA(shRNA),用于进一步研究以该基因为靶目标、RNA干扰(RNA interference,RNA i)为手段的白血病基因治疗可行性。方法从Nuc leostem in基因的三个变异体cDNA共... 目的体外构建合成针对Nuc leostem in(核干细胞因子,NS)基因的短发夹状干扰RNA(shRNA),用于进一步研究以该基因为靶目标、RNA干扰(RNA interference,RNA i)为手段的白血病基因治疗可行性。方法从Nuc leostem in基因的三个变异体cDNA共同序列中筛选出2个3′端为AA的21个碱基片段作为shRNA合成的对应序列,9个碱基的5′-UCUCUUGAA-3′作为Loop环。以23个碱基的5-′GGATC-CTAATACGACTCACTATA-3′作为T7启动子(T7 Promoter)序列,构建shRNA的体外合成双链DNA模板,一条链5′端无AA,顺序为启动子、shRNA正义信息链、Loop环、shRNA反义信息链,共70个碱基;另一条是该链的互补链,5′端带有AA,共72个碱基。在T7 RNA聚合酶(T7 RNA polym erase)作用下合成shRNA,纯化后通过凝胶电泳比较灰度值确定shRNA浓度;shRNA作用于HL-60细胞,通过观察细胞形态变化和NS-mRNA抑制率验证干扰效果。结果体外合成的两条shRNA电泳无降解和弥散现象,浓度分别为5.24μmol.L-1和3.35μmol.L-1;干扰HL-60细胞48 h后,细胞密度和聚集程度下降,细胞之间大小相差悬殊,经shRNA-NS-2作用的HL-60细胞一部分由圆形变成了梭形并有明显的伪足;与对照组相比NS-mRNA抑制率分别达到37.82%和71.88%。结论体外成功构建和合成了两条针对Nu-c leostem in基因的shRNA,且抑制该基因表达的作用明显,shRNA-NS-2使HL-60细胞形态发生了改变。所合成的shR-NA-NS-2可作为进一步研究该基因和探索白血病的基因治疗的工具。 展开更多
关键词 T7启动子 核干细胞因子 体外构建 DNA模板 短发夹状干扰rna
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T7 RNA聚合酶的克隆及其介导基因转录功能的鉴定 被引量:7
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作者 虞结梅 杨兵 +2 位作者 谢灿 陆燕燕 何金生 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2007年第3期272-275,共4页
目的构建含T7RNA聚合酶(T7RNA Polymerase,T7RNP)的真核表达载体,同时构建含T7启动子、增强型绿色荧光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein,EGFP)和T7RNP转录终止信号的载体,并通过观察EGFP的表达推测T7RNP表达和T7表达系统介导基... 目的构建含T7RNA聚合酶(T7RNA Polymerase,T7RNP)的真核表达载体,同时构建含T7启动子、增强型绿色荧光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein,EGFP)和T7RNP转录终止信号的载体,并通过观察EGFP的表达推测T7RNP表达和T7表达系统介导基因转录的功能。方法根据编码T7RNP的基因序列,应用PCR技术从含有T7RNP基因的E.coli BL21(DE3)基因组中扩增编码T7RNP的基因片段,克隆至载体pcDNA3·1(+)。同时从px8δt载体和pGEM-Teasy/EGFP上切下T7RNP识别的终止信号(terminator,TER)和编码EGFP的基因,克隆至载体pcD-NAII。将获得的两个重组质粒共转染BHK细胞。48h后,通过观察EGFP基因在真核细胞内的表达情况,推测T7RNP基因的表达及表达后识别T7启动子介导基因转录功能。结果成功构建了含T7RNP编码基因的真核表达载体pcDNA3·1(+)/T7RNP和原核表达载体pcDNAII/EG-FP/TER,共转染BHK细胞后,可观察到EGFP表达的绿色荧光。结论T7RNP能顺利在真核细胞内表达,并通过与T7启动子和TER的相互作用,成功实现了EGFP基因的转录和表达。 展开更多
关键词 细菌噬菌体T7/遗传学 转录 遗传
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STUB1基因RNA干扰慢病毒载体的构建与鉴定 被引量:3
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作者 赵虹 张惊宇 +2 位作者 徐万海 杨子超 赵庆杰 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期623-627,共5页
目的:构建人STUB1基因RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒表达载体并进行鉴定。方法:针对筛选确定的人STUB1基因RNAi有效靶点序列,合成靶序列的Oligo DNA,退火形成双链DNA,与经AgeI和EcoRI酶切后的pMagic 4.0载体连接,产生短发卡RNA... 目的:构建人STUB1基因RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒表达载体并进行鉴定。方法:针对筛选确定的人STUB1基因RNAi有效靶点序列,合成靶序列的Oligo DNA,退火形成双链DNA,与经AgeI和EcoRI酶切后的pMagic 4.0载体连接,产生短发卡RNA慢病毒载体。PCR筛选阳性克隆,测序鉴定,并包装成慢病毒颗粒。结果:PCR鉴定与DNA测序证实,合成的含STUB1 shRNA慢病毒载体寡核苷酸链插入正确。STUB1 shRNA慢病毒载体在293T细胞中成功包装成慢病毒颗粒。结论:成功构建人STUB1基因RNAi慢病毒载体以及包装成功慢病毒颗粒,为研究STUB1在胶质瘤发生发展过程中相关信号通路的作用,提供了稳定感染细胞的载体。 展开更多
关键词 基因 rna干扰 慢病毒载体 构建与鉴定 rna interference LENTIVIRAL vector 慢病毒颗粒 慢病毒表达载体 构建人 包装 rnai 胶质瘤发生 寡核苷酸链 shrna DNA测序 载体连接 阳性克隆 信号通路 筛选确定 合成
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