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RLM-RACE法扩增獐茅液泡膜Na^+/H^+逆向转运蛋白基因5′-cDNA末端序列 被引量：3
1
作者 王景艳 张高华 +2 位作者 苏乔 安利佳 刘兆普 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期903-907,共5页
根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3... 根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3′cDNA ends)法获得了其5-′cDNA末端序列,并找出了转录起始位点。该片段长816 bp,与芦苇液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白基因序列同源性最高达91%,与拟南芥、盐角草、水稻、大麦、小麦的同源性分别为81%、82%、86%、87%和81%,为该基因全长的克隆及启动子的研究奠定了基础。与其它测定基因转录起始位点的方法相比,RLM-RACE方法更快捷、简便、准确。 展开更多
关键词 獐茅 NA^+/H^+逆向转运蛋白 RLM-race 5-′cDNA末端 转录起始位点
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利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子相互作用肽cDNA5′末端快速扩增及序列分析 被引量：2
2
作者 邓建川 刘杞 +3 位作者 陈曜 孙航 唐琳 王娜 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2006年第4期463-465,共3页
目的:利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子(hALR)相互作用肽cDNA5′末端快速扩增并进行序列分析。方法:按照5′-RACE试剂盒(Takara)操作流程进行hALR相互作用肽cDNA5′末端快速扩增,用BLAST技术对扩增序列进行生物信息学分析。结果:... 目的:利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子(hALR)相互作用肽cDNA5′末端快速扩增并进行序列分析。方法:按照5′-RACE试剂盒(Takara)操作流程进行hALR相互作用肽cDNA5′末端快速扩增,用BLAST技术对扩增序列进行生物信息学分析。结果:成功获取487bp的5′-RACE反应产物,其中5′端延伸了275bp,同源序列分析表明与人Citron激酶mRNA高度同源。结论:5′-RACE技术可以用于快速有效扩增已知部分cDNA序列的5′末端,Citron激酶可能是与hALR具有相互作用的蛋白。 展开更多
关键词 5′-race 人肝再生增强因子 相互作用肽 CDNA
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葡萄microRNA156b和microRNA172c及其靶基因在冬芽二次成花过程中的表达特性研究 被引量：4
3
作者 王晨 张演义 +3 位作者 房经贵 宋长年 刘洪 王西成 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期59-64,共6页
利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用R... 利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用RLM-5'-RACE验证了miRNAs作用其靶基因的方式。结果表明:仅5月28日摘心处理的冬芽能够进行花芽分化并形成花序,而其他处理及对照未能花芽分化。2种RT-PCR检测结果基本一致,5月28日摘心处理的2条miRNAs表达水平明显下降,且花序中有最低表达。相应的靶基因在冬芽二次成花过程中的表达水平呈现出与其miRNAs相反的变化趋势。RLM-5'-RACE结果显示,2条miRNAs介导靶基因裂解,裂解位点均在miRNAs 5'端的第10和11位碱基之间。表明microRNA156b和microRNA172c通过介导相应靶基因的裂解调控其靶基因的表达,从而影响葡萄冬芽的二次成花。 展开更多
关键词 葡萄 microRNAs 靶基因 冬芽 实时荧光定量RT-PCR rlm-5'-race
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棉花单脱氢抗坏血酸还原酶基因的克隆及原核表达 被引量：6
4
作者 钱雯婕 王斐 +2 位作者 石峰 葛娟 李鸿彬 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期118-122,共5页
以棉花纤维组织为材料,根据NCBI棉花EST数据库中MDAR基因序列的已知信息,利用5′-RACE获得GhMDAR基因全长。结果显示,该基因开放读码框为1 305bp,编码包含435个氨基酸的蛋白质,分子质量约为52ku。构建原核表达载体pET28a-GhMDAR并转化... 以棉花纤维组织为材料,根据NCBI棉花EST数据库中MDAR基因序列的已知信息,利用5′-RACE获得GhMDAR基因全长。结果显示,该基因开放读码框为1 305bp,编码包含435个氨基酸的蛋白质,分子质量约为52ku。构建原核表达载体pET28a-GhMDAR并转化大肠杆菌,经过测序和酶切鉴定后,成功构建重组体pET28a-GhMDAR;将重组体导入大肠杆菌BL21诱导表达,经过SDS-PAGE分析,显示成功获得分子质量为52ku左右的诱导表达蛋白GhMDAR。 展开更多
关键词 棉花纤维 单脱氢抗坏血酸还原酶基因 5′-race克隆 原核表达
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野生大豆盐胁迫响应基因GsPIP的克隆及其序列分析 被引量：3
5
作者 王希 李勇 +3 位作者 柏锡 才华 纪巍 朱延明 《草业学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期131-139,共9页
盐胁迫是影响植物生长、发育以至产量的重要因素,野生大豆是优良的非生物胁迫抗性材料,是天然的优质抗性基因库。本研究以耐盐东北野生大豆为试材,利用东北农业大学植物生物工程研究室已获得的基因芯片杂交结果,对植物生物工程研究室构... 盐胁迫是影响植物生长、发育以至产量的重要因素,野生大豆是优良的非生物胁迫抗性材料,是天然的优质抗性基因库。本研究以耐盐东北野生大豆为试材,利用东北农业大学植物生物工程研究室已获得的基因芯片杂交结果,对植物生物工程研究室构建的野生大豆盐胁迫EST数据库中各EST在胁迫下的表达情况进行了分析,从中选出了1个在高盐、低温、干旱胁迫早期均上调表达的3′-EST,序列分析表明该EST编码质膜结合蛋白(plasmamembrane intrinsic protein,PIP),属于主嵌入蛋白(major intrinsic protein,MIP)家族;通过电子克隆和改进的5′-RACE获得了基因完整的编码区;其翻译产物与含羞草质膜结合蛋白的相似性为90%,将该基因命名为GsPIP。GsPIP基因的翻译产物具有主嵌入蛋白家族特征性的跨膜结构域,无信号肽,与已发现的植物PIP蛋白一致。本研究获得的基因具有自主知识产权,通过进一步的功能分析,可为耐渗透胁迫基因工程研究提供基因资源,并为植物耐渗透胁迫机理研究提供依据。 展开更多
关键词 野生大豆 盐胁迫 主嵌入蛋白(MIP) GsPIP 5′-race
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microRNA靶基因检测技术研究进展 被引量：3
6
作者 郭晓琴 孙红正 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第4期11-13,18,共4页
microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA... microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA复合体等特征进行检测。基于此,从以上三方面对验证microRNA靶基因的技术进行了综述。 展开更多
关键词 MICRORNA 5’RLM—RACE target—mimic 靶基因 降解组 免疫共沉淀
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杨树miR393对FBL基因家族成员调控作用的鉴定 被引量：3
7
作者 唐芳 楚立威 +2 位作者 贺学娇 舒文波 卢孟柱 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期146-153,共8页
【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的... 【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的基因结构进行比较;最后通过ptc-miR393与杨树FBL基因家族成员的序列比对、ptc-miR393及FBL基因家族成员在杨树不同发育时期及不同组织中的表达模式以及5′-RACE检测等方面对杨树miR393与FBL基因家族成员的调控作用进行鉴定。【结果】杨树FBL基因家族共有8个不同成员,两两成员之间的同源性较高,通过基因结构和功能域分析,表明它们之间可能存在冗余的功能;PtFBL1-PtFBL4之间具有较高的同源性,位于一个进化分支上,而PtFBL5、PtFBL6和PtFBL7、PtFBL8分别位于不同的分支且与PtFBL1-PtFBL4的同源关系较远。杨树FBL基因的结构和结构域出现一定的变化,预示着它们之间可能出现了分化,在时空调控上的作用有所改变。ptc-miR393与PtFBL1-PtFBL4的互补配对率较高,而与PtFBL5-PtFBL8之间有5~7个碱基的差异,在杨树不同发育时期及不同组织中,PtFBL1-PtFBL4的表达与ptc-miR393呈相反的趋势,而PtFBL5-PtFBL8的表达不受ptc-miR393的影响,5′-RACE实验也检测出PtFBL1-PtFBL4受ptc-miR393的剪切,而PtFBL5-PtFBL8不受ptc-miR393的剪切。【结论】PtFBL1、PtFBL2、PtFBL3和PtFBL4是ptc-miR393的靶基因,而PtFBL5、PtFBL6、PtFBL7和PtFBL8不受ptc-miR393的剪切调控,这为进一步揭示ptc-miR393对杨树FBL基因的调控功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 杨树 miR393 FBL基因 靶基因 5′-race 表达模式
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梅PmmiR319a与靶基因PmTCP2的验证与表达分析 被引量：1
8
作者 王万许 侍婷 +2 位作者 高志红 倪照君 蔡斌华 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1908-1916,共9页
为验证PmmiR319a与PmTCP2基因的靶标关系,并研究PmmiR319a在梅花芽发育过程中的作用,本研究以梅品种‘大嵌蒂’为试验材料,克隆梅PmmiR319a前体序列及其靶基因PmTCP2,采用5'RACE技术对两者之间的靶标关系进行验证,并进一步分析在花... 为验证PmmiR319a与PmTCP2基因的靶标关系,并研究PmmiR319a在梅花芽发育过程中的作用,本研究以梅品种‘大嵌蒂’为试验材料,克隆梅PmmiR319a前体序列及其靶基因PmTCP2,采用5'RACE技术对两者之间的靶标关系进行验证,并进一步分析在花芽发育过程中的表达模式。结果表明,梅PmmiR319a前体序列含有茎环结构,通过序列比对和系统发育分析发现,不同物种的miR319a前体序列的茎环发卡结构和成熟体区域表现出较高的保守性。梅PmTCP2基因全长1 500 bp,编码499个氨基酸。荧光定量PCR分析结果表明,PmmiR319a在梅花发育的前期表达量高,而PmTCP2在梅花发育的中期和后期表达量较高,PmmiR319a与预测靶基因PmTCP2的表达模式呈负相关,表明二者存在负调控的关系,与预测的靶标关系一致。RLM-5'RACE技术验证结果表明,PmmiR319a对其靶基因PmTCP2的mRNA进行了切割,切割位点位于第10和第11个碱基之间。由此可知,PmmiR319a通过调控靶基因PmTCP2影响花的发育。本研究结果为阐明梅花中miR319a的功能提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 梅 miR319a TCP2 荧光定量PCR rlm-5'RACE
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RACE法扩增梅花鹿β-防御素-1(siBD-1)全长cDNA
9
作者 唐娟 金鑫 +6 位作者 张曼 侯永跃 李军燕 田巧珍 刘骄 王云鹤 杨银凤 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第3期635-643,共9页
为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将... 为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析。结果表明,成功克隆出长度约为172和299bp的siBD-1cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418bp的siBD-1cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89bp 5′-非翻译区(UTR)、192bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′-UTR和Poly(A)16。同源性比对结果显示,siBD-1cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%。siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基。 展开更多
关键词 梅花鹿 5′-race 3′-race β-防御素-1
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赤桉eca-miRn33及其靶基因EcaICE1的鉴定与表达分析
10
作者 刘艳 张紫阳 +2 位作者 谭芷茵 周茜 林元震 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第6期800-805,共6页
以赤桉组培苗为材料,通过PCR扩增eca-miRn33前体基因序列,结合5′RLM-RACE和烟草瞬时表达分析其对靶基因EcaICE1的剪切特征,并利用实时荧光定量PCR分析叶片和茎干中eca-miRn33与靶基因EcaICE1在低温胁迫下的表达模式。结果显示:赤桉eca-... 以赤桉组培苗为材料,通过PCR扩增eca-miRn33前体基因序列,结合5′RLM-RACE和烟草瞬时表达分析其对靶基因EcaICE1的剪切特征,并利用实时荧光定量PCR分析叶片和茎干中eca-miRn33与靶基因EcaICE1在低温胁迫下的表达模式。结果显示:赤桉eca-miRn33前体基因序列全长60 bp,可形成典型的发卡结构,eca-miRn33成熟序列位于其前体的5′端;5′RLM-RACE和农杆菌介导的烟草瞬时表达试验结果表明eca-miRn33可靶向剪切EcaICE1;eca-miRn33表达量与EcaICE1表达量之间呈显著负相关。 展开更多
关键词 赤桉 miRn33 ICE1 低温胁迫 5′RLM-race
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