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On quantitative structure-activity relationships between hydrazine derivatives and β irradiation
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作者 Ling-Yu Wang Yan Wang +4 位作者 Da-Qing Cui Song-Tao Xiao Xiao-Dong Liu Ying-Gen OuYang Cong Huang 《Nuclear Science and Techniques》 SCIE CAS CSCD 2018年第5期36-43,共8页
In this study, solutions of hydrazine and its derivatives were irradiated using a pulsed electron beam to determine the half-reaction time of radiolysis. 3 D structures of the hydrazine derivatives were optimized, and... In this study, solutions of hydrazine and its derivatives were irradiated using a pulsed electron beam to determine the half-reaction time of radiolysis. 3 D structures of the hydrazine derivatives were optimized, and their energies were calculated using density functional theory with the B3 LYP method and 6-311 +(3 d, 3 p) basis set.For the first time, the 3 D quantitative structure-activity relationship(QSAR) equation describing the relationship between the hydrazine derivative structures and rate of radiolysis has been established using SPSS software.Pearson correlation analysis revealed a close correlation between the total energies of the molecules and half-reaction times. In the QSAR equation, Y =-7583.464 +54.687 X_1+94333.586 X_2,Y,X_1,and X_2 are the half-reaction time, total energy of the molecule, and orbital transition energy, respectively. The significance levels of the regression coefficients were 0.006 and 0.031, i.e., both less than 0.05. Thus, this model fully explains the relationship between hydrazine derivatives and β radiolysis stability.The results show that the total energy of the molecule and orbital transition energy are the main factors that influence the β radiolysis stability of these hydrazine derivatives. 展开更多
关键词 HYDRAZINE DERIVATIVES βIrradiation RADIOLYSIS stability quantitative structure–activity relationshipS
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基于真实世界数据与定量构效关系的儿童药源性免疫性血小板减少症研究
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作者 聂晓璐 赵厚宇 +5 位作者 霍东辉 阎爱侠 孙凤 彭晓霞 倪鑫 詹思延 《中国药物警戒》 2025年第1期16-22,共7页
目的利用医院电子病历数据和药物的构效关系开展儿童药源性免疫性血小板(DIIT)风险信号挖掘及毒性评价研究。方法使用北京儿童医院2009年1月1日至2020年12月31日电子病历数据开展真实世界研究,利用改良的实验室极端异常比例失衡法挖掘儿... 目的利用医院电子病历数据和药物的构效关系开展儿童药源性免疫性血小板(DIIT)风险信号挖掘及毒性评价研究。方法使用北京儿童医院2009年1月1日至2020年12月31日电子病历数据开展真实世界研究,利用改良的实验室极端异常比例失衡法挖掘儿童DIIT潜在信号;基于多来源信息构建DIIT基准数据库,并利用3种机器学习算法支持向量机、随机森林和XGBoost算法和药物分子描述符(ECFP4和CORINA),构建定量构效关系(QSAR)模型,基于药物理化性质和分子指纹开展DIIT的毒性评价研究。结果基于电子病历数据挖掘18个儿童DITP阳性信号药物。其中制霉菌素和拉氧头孢钠是儿童和成人的2个新的DITP阳性信号(DITP风险分别为OR:1.75,95%CI:1.37~2.22和OR:1.61,95%CI:1.38~1.88),另发现6个儿童尚未报告的新的阳性信号药物:亚胺培南、替考拉宁、夫西地酸、头孢唑肟钠、头孢他啶和头孢吡肟。基于1319种化合物所构建的9个不同的QSAR模型中效果最优的前3个模型分别为SVM-ECFP4+CORINA模型、RF-ECFP4+CORINA模型及XGBoost-ECFP4模型,其外部验证集上曲线下面积依次为0.747、0.732及0.712。经3个最优模型所组成的共识模型可准确预测出在第一步中发现的7种潜在阳性信号。结论真实世界信号挖掘方法与QSAR模型相结合可进一步完善我国药品上市后安全性评价的方法学体系。 展开更多
关键词 药源性血小板减少症 儿童 药品不良反应 安全性评价 信号挖掘 定量构效关系 真实世界数据 制霉菌素 拉氧头孢钠
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机器学习预测有机水污染物光催化降解速率 被引量:1
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作者 朱炜 王嘉伟 +3 位作者 张梦源 杨旭东 宋振阳 李庆 《纺织高校基础科学学报》 CAS 2024年第1期26-33,共8页
为了预测有机污染物的光催化降解速率,探究污染物分子结构与其降解速率之间的构效关系,设计了一种基于分子指纹的机器学习模型。该模型使用81种有机污染物的523条记录作为模型数据,将污染物MACCS分子指纹与5种实验条件(辐照度、温度、... 为了预测有机污染物的光催化降解速率,探究污染物分子结构与其降解速率之间的构效关系,设计了一种基于分子指纹的机器学习模型。该模型使用81种有机污染物的523条记录作为模型数据,将污染物MACCS分子指纹与5种实验条件(辐照度、温度、催化剂用量、污染物初始浓度和pH值)作为输入特征,采用10种机器学习算法进行建模。结果显示LightGBM算法性能最佳(R~2=0.909 4)。利用沙普利加法解释(Shapley additive explanations, SHAP)框架评估了各输入特征对光催化降解速率的贡献程度,探讨了各输入特征影响光催化降解速率的具体原因。分析表明,在光催化降解中污染物本身结构特征是影响光催化降解速率的主要原因。而且结构中含有卤素原子、N原子和不饱和碳的污染物分子降解速率最快,而结构中含有醚键或羰基的污染物分子降解速率最慢。 展开更多
关键词 有机污染物 光催化 分子指纹 构效关系 机器学习 轻量级梯度提升
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基于CoMFA方法对氟喹啉-4-酮衍生物的分子建模与设计
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作者 冯长君 《徐州工程学院学报(自然科学版)》 CAS 2024年第2期45-49,共5页
基于比较分子力场分析法(CoMFA),建立了16个已知活性的氟喹啉-4-酮衍生物抗肝癌活性(K_(S))的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并研究该类结构与生物活性之间的关系.CoMFA模型的交叉验证系数(Q^(2))为0.338,拟合验证系数(R^(2))是0.987.... 基于比较分子力场分析法(CoMFA),建立了16个已知活性的氟喹啉-4-酮衍生物抗肝癌活性(K_(S))的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并研究该类结构与生物活性之间的关系.CoMFA模型的交叉验证系数(Q^(2))为0.338,拟合验证系数(R^(2))是0.987.此3D-QSAR模型的预测值与实验值基本一致,表明该模型具有显著的统计学可靠性和预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为41.9%、58.1%.根据3D-QSAR模型分析结果进行分子设计并完成活性预测,预测结果印证了分析的合理性,为该系列化合物的结构优化提供了合理建议. 展开更多
关键词 氟喹啉-4-酮衍生物 抗肝癌活性 比较分子力场分析 三维定量构效关系
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三种描述符对食源性血管紧张素转化酶抑制二肽定量构效关系研究
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作者 郭星晨 李华鑫 +4 位作者 张钰璇 马金璞 杨具田 李贞子 高丹丹 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期290-297,I0011-I0014,共12页
为探究血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制肽结构与功能的关系,阐明食源性ACE抑制肽作用机理,该文收集最近报道的血管紧张素转化酶抑制二肽的氨基酸序列及其IC_(50)值,用Z-scales、VHSE和SVHEHS三种氨基酸描述符... 为探究血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制肽结构与功能的关系,阐明食源性ACE抑制肽作用机理,该文收集最近报道的血管紧张素转化酶抑制二肽的氨基酸序列及其IC_(50)值,用Z-scales、VHSE和SVHEHS三种氨基酸描述符对ACE抑制二肽的结构进行表征,以氨基酸的疏水性质、立体性质以及电性性质参数作为自变量,ACE抑制二肽的lg(IC_(50))作为因变量,建立ACE抑制二肽的定量构效模型。结果显示基于Z-scales描述符建立的二肽定量构效模型R^(2)为0.8477,Q^(2)为0.8284,模型预测二肽Phe-Phe有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为1.0499μmol/L,实测IC_(50)为(1.0414±0.0041)μmol/L,预测值与实测值误差为0.0085μmol/L。基于VHSE描述符构建的模型R^(2)为0.8568,Q^(2)为0.8052,模型预测二肽Asp-Trp有较高的ACE抑制能力,预测IC_(50)为1.2160μmol/L,实测IC_(50)为(1.1100±0.0053)μmol/L,误差为0.1060μmol/L。基于SVHEHS描述符构建的定量构效模型R^(2)为0.8581,Q^(2)为0.7453μmol/L,模型预测二肽Ala-Trp有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为1.0323μmol/L,实测IC_(50)为(1.1290±0.0082)μmol/L,误差为0.0967μmol/L。3种氨基酸描述符均能较为合适地对ACE抑制二肽进行定量构分析。通过模型分析发现ACE抑制肽C端氨基酸残基疏水特性和立体特征与其活性关系更为密切,其氨基酸残基的疏水特征和立体特征越强,ACE抑制肽的活性越强。通过3种ACE抑制二肽与ACE蛋白(2X8 J)进行分子对接发现,3种ACE抑制肽均可与ACE蛋白进行结合。表明通过偏最小二乘法对Z-scales、VHSE、SVHEHS三种描述符对ACE抑制二肽构建定量构效关系模型是可行的。这将对ACE抑制肽的检测、预测和筛选具有积极的意义。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶 定量构效 氨基酸描述符 偏最小二乘法 半抑制浓度
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基于氨基酸描述符对血管紧张素转化酶抑制五肽定量构效关系分析
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作者 郭星晨 李玉豪 +5 位作者 马金璞 张钰璇 李华鑫 杨具田 樊佩如 高丹丹 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第13期38-48,共11页
本研究收集近些年报道的血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))),建立ACE抑制五肽肽库,并将其氨基酸残基用Z-scales、VHSE和... 本研究收集近些年报道的血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))),建立ACE抑制五肽肽库,并将其氨基酸残基用Z-scales、VHSE和SVHEHS氨基酸描述符分别进行表述,以氨基酸残基的疏水性、立体性以及电性参数作为自变量,ACE抑制五肽的lg IC_(50)作为因变量,利用Matlab软件用偏最小二乘法建立ACE抑制肽定量构效关系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型,结果发现基于Z-scales描述符构建的ACE抑制五肽QSAR模型R2为0.6411,Q^(2)为0.5369,模型预测五肽Gln-Arg-Pro-Asn-Met具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0517μmol/L,实测IC_(50)为(0.0400±0.0083)μmol/L,预测值与实测值误差为0.0117μmol/L;基于VHSE描述符构建的QSAR模型R2为0.7636,Q^(2)为0.5081,模型预测五肽Leu-Arg-Ala-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0438μmol/L,实测值为(0.0273±0.0053)μmol/L,误差为0.0165μmol/L;基于SVHEHS描述符构建的QSAR模型R2为0.8405,Q^(2)为0.4005μmol/L,模型预测五肽Tyr-Phe-Pro-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测值为0.0055μmol/L,实测值为(0.0312±0.0042)μmol/L,误差为0.0257μmol/L。3种建模方法对比发现,基于SVHEHS描述符构建的模型拟合能力最强,但是其预测能力较弱,而Z-scales和VHSE描述符所建模型能很好地对五肽进行QSAR分析,通过模型分析发现ACE抑制肽活性与其氨基酸的疏水特征呈负相关,与立体特征呈正相关。将3种ACE抑制肽与ACE蛋白(2X8J)进行分子对接,结果表明3种ACE抑制肽均可与ACE蛋白进行结合。本研究可为开发ACE抑制肽药物提供新手段,为开发和利用食源性ACE抑制肽提供理论基础。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶 偏最小二乘 定量构效关系 氨基酸描述符
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植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
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作者 郭锐 焦龙 +3 位作者 胡祖彪 王清臣 钟汉斌 景明利 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期380-386,共7页
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系... 气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当碎片大小(fragment size)、碎片特征(fragment distinction)和全息长度(hologram length)模型参数分别设置为“1~4”、“C,Ch”和199时,可以建立最优HQSAR模型。利用外部测试集验证和留一交叉验证对模型进行检验,经外部测试集验证的预测均方根误差(RMSEP)、预测决定系数(Q_(F3)^(2))、一致性相关系数(CCC)和平均相对误差(MRE)分别为40.45、0.984、0.968和2.20%;经留一交叉验证的交叉验证均方根误差(RMSECV)和MRE分别为72.56和4.17%。此外,HQSAR模型的分子贡献图表明,芳香族化合物的烷基链在连接了羟基基团后,其RI值会增大;脂肪族化合物中存在的长链烷基也会导致RI值增大。研究结果表明,所建立的HQSAR模型能够用于预测植物精油成分的RI值,并为其他精油成分RI值的预测提供可靠依据。 展开更多
关键词 全息定量构效关系 气相色谱保留指数 植物精油 分子贡献图
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基于CoMFA对氟喹诺酮酰胺衍生物的分子建模与设计
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作者 冯惠 冯长君 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2024年第12期2857-2862,共6页
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法研究25种氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。21个化合物组成训练集用于建立预测模型,余下9个化合物(含13号模板分子和新设计4个分子)组建测试集作为模型验证... 基于比较分子力场分析(CoMFA)方法研究25种氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。21个化合物组成训练集用于建立预测模型,余下9个化合物(含13号模板分子和新设计4个分子)组建测试集作为模型验证。所建训练集CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2)),对于K_(S)分别为0.333、0.883,对于K_(H)分别为0.363、0.887,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场的贡献率,对于K_(S)依次为60.3%、39.7%,对于K_(H)依次为60.8%、39.2%,表明影响抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的主要因素是取代基的疏水性和空间位阻,其次是取代基的库仑力、氢键及配位作用。基于此研究结果,设计了4个具有较高预测活性的新化合物。这些发现不仅为理解氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤机理提供了理论基础,也为设计抗肿瘤活性更高的化合物提供了有用信息。 展开更多
关键词 氟喹诺酮C-3酰胺衍生物 抗肝癌活性(K_(S)) 抗白血病活性(K_(H)) 比较分子力场分析 三维构效关系
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考虑构网型储能的新能源电力系统频率特征量化分析 被引量:2
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作者 杨文海 梁佳斌 +2 位作者 武建鑫 郝赛 王艳阳 《能源与环保》 2024年第11期198-204,共7页
构网型储能能够替代同步发电机实现对电网的主动支撑,在未来新能源电力系统建设中具有广阔的应用前景,提出了一种考虑规模化构网型储能并网的新能源电力系统频率特征量化分析方法。首先,分析构网型储能参与调频下的有功—频率耦合关系,... 构网型储能能够替代同步发电机实现对电网的主动支撑,在未来新能源电力系统建设中具有广阔的应用前景,提出了一种考虑规模化构网型储能并网的新能源电力系统频率特征量化分析方法。首先,分析构网型储能参与调频下的有功—频率耦合关系,建立含构网型储能频率响应的新能源电力系统频率响应模型;然后,基于系统频率响应模型,对系统稳态频率误差、初始频率变化率和最大频率偏差这些频率特征进行求解和量化分析;最后,采用IEEE39节点系统进行仿真,验证所提方法可有效定量分析规模化构网型储能并网下的电力系统频率特征。研究为新能源电力系统背景下的频率安全稳定运行与控制提供指导依据。 展开更多
关键词 构网型储能 有功—频率耦合 频率响应模型 频率特征量化分析
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陕西茯茶抗氧化成分的提取及其定量构效关系(QSAR)研究
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作者 周彩华 梁艳 +3 位作者 王冉 王晨祥 曹博文 孙越赟 《中国食品添加剂》 CAS 2024年第7期23-32,共10页
以陕西茯砖黑毛茶为原料,基于溶剂萃取法的单因素实验对有效成分进行提取,通过正交实验测定陕西茯茶提取物对DPPH和ABTS+自由基的清除率来反映其有效成分的抗氧化能力。研究结果表明利用乙醇-水溶液萃取法获得的提取物具有较强的抗氧化... 以陕西茯砖黑毛茶为原料,基于溶剂萃取法的单因素实验对有效成分进行提取,通过正交实验测定陕西茯茶提取物对DPPH和ABTS+自由基的清除率来反映其有效成分的抗氧化能力。研究结果表明利用乙醇-水溶液萃取法获得的提取物具有较强的抗氧化成分,抗氧化成分提取的最佳条件为:40%的乙醇溶液,提取温度45℃、提取时间45 min、料液比为1∶60。研究发现该有效成分对DPPH的清除率高达85%,高于对ABTS+自由基的清除率(约67%)。对茯茶素分子的化学物理属性与抗氧化的关联性进行了定量构效关系的研究,揭示出含有酚羟基的茯茶素分子的抗氧化性与分子中氢键给体的数量存在线性关系。总之,本文对陕西茯茶中多酚的提取工艺以及抗氧化性能的定量构效关系(QSAR)的研究可以为陕西茯茶抗氧化产品的开发提供理论依据。 展开更多
关键词 溶剂萃取 抗氧化性 茯砖茶 定量构效关系
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一个新的分子拓扑指数 被引量:18
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作者 蒋玉仁 刘志国 +2 位作者 刘景亚 胡岳华 王淀佐 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第3期198-202,共5页
通过将键参数和量子数引入原子点价,重新定义原子点价δYi,认为分子中某一原子的δYi与该原子的杨氏电负性力标、价电子数、成键电子数及最外层主量子数有关.由此提出新的分子拓扑指数mXY.并用一级指数1XY与饱和烷烃的沸点、液体热容、... 通过将键参数和量子数引入原子点价,重新定义原子点价δYi,认为分子中某一原子的δYi与该原子的杨氏电负性力标、价电子数、成键电子数及最外层主量子数有关.由此提出新的分子拓扑指数mXY.并用一级指数1XY与饱和烷烃的沸点、液体热容、气体热容、蒸发热、临界温度、临界压力,卤代苯的辛醇/水分配系数,烷氧氯硅烷的气相色谱保留指数、含氮杂环化合物的毒性,碱金属卤化物的晶格焓与F心能带,卤化锡的119SnMossbauer等性质/活性进行相关关系的研究.结果表明,1XY与有机物和无机物的性质/活性间具有广泛良好的相关性. 展开更多
关键词 分子拓扑指数 结构-性能关系 结构-活性关系 有机化合物 无机化合物
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人工神经网络输入层节点筛选规则的确定 被引量:16
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作者 高大文 王鹏 +1 位作者 孙丽欣 郑彤 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第6期65-68,共4页
针对目前应用人工神经网络构建定量构效关系模型中输入层节点筛选存在的问题 ,提出了采用人工神经网络对网络输入层节点进行筛选 ,归纳出筛选规则。利用此规则可简便、快速地对多氯酚生物毒性预测人工神经网络模型的输入层节点进行筛选 ... 针对目前应用人工神经网络构建定量构效关系模型中输入层节点筛选存在的问题 ,提出了采用人工神经网络对网络输入层节点进行筛选 ,归纳出筛选规则。利用此规则可简便、快速地对多氯酚生物毒性预测人工神经网络模型的输入层节点进行筛选 ,输入层节点由最初的 2 4个筛选到最后的 3个。对筛选过程中不同输入层节点构建的网络模型质量和预测能力进行比较 ,得出含有较少输入层节点的人工神经网络模型的预测能力较高 ,运算速度较快。该规则的建立有利于进一步开展有机化学品生物毒理学的研究 。 展开更多
关键词 筛选规则 生物毒性 人工神经网络 定量构效关系 生物毒理学 有机化学品
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应用PM3算法对部分有机锡化合物的QSPR和QSAR研究 被引量:6
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作者 陈景文 王帅杰 +3 位作者 全燮 陈硕 薛大明 赵雅芝 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第3期305-308,共4页
应用量子化学 PM3算法计算得到的量子化学参数 ,进行了部分有机锡化合物的定量结构 -性质关系和定量结构 -活性关系研究 .结果表明 ,有机锡化合物的正辛醇 /水分配系数( log Kow)随着其平均分子极化率 (α)、分子总的芯排斥能 ( CCR)、... 应用量子化学 PM3算法计算得到的量子化学参数 ,进行了部分有机锡化合物的定量结构 -性质关系和定量结构 -活性关系研究 .结果表明 ,有机锡化合物的正辛醇 /水分配系数( log Kow)随着其平均分子极化率 (α)、分子总的芯排斥能 ( CCR)、相对分子质量 ( Mr)和分子最高占据轨道能 ( Ehomo)的增大而增大 ,随着分子电子能 ( EE)和分子总能量 ( TE)的增大而减小 .这些有机锡化合物对大型蚤 ( Daphnia magna)和两种绿藻 ( Scenedesmusobliqunus和 Platymonassp.)的毒性随着 CCR、Mr、α、分子最低未占据轨道能 ( Elumo)和 Ehomo的增大而增大 ,随 EE和 TE的增大而减小 . 展开更多
关键词 有机锡化合物 PM3算法 QSPR QSAR
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抗癌性吲哚喹唑啉衍生物的定量构效关系 被引量:34
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作者 吴文娟 赖瑢 +1 位作者 郑康成 云逢存 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第1期28-32,共5页
用量子化学密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM+)及回归分析方法,对一系列抗癌性吲哚喹唑啉衍生物进行了定量构效关系(QSAR)的研究.通过回归分析,筛选了影响抗癌活性的主要因素,建立了定量构效关系方程.结果表明,化合物的最低未占据... 用量子化学密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM+)及回归分析方法,对一系列抗癌性吲哚喹唑啉衍生物进行了定量构效关系(QSAR)的研究.通过回归分析,筛选了影响抗癌活性的主要因素,建立了定量构效关系方程.结果表明,化合物的最低未占据分子轨道(LUMO)与最高占据分子轨道(HOMO)之间的能量差(Δ_(εL-H))、分子的疏水性(IgP)以及环 D 上的总电荷(∑Q_D)和环 D 上 R_1 取代基的第一个原子的净电荷(Q_(FR1))是影响化合物抗癌活性的主要因素.所得模型对化合物抗癌活性有较好的预测效果.同时,与Δε_(L-H)密切相关的 LUMO 轨道能量及共轭平面面积对药物的 DNA-结合及其活性起着十分重要的作用,可通过选取具有较强的拉电子性质同时又能与本系列化合物的骨架形成更大共轭体系的取代基 R_1,设计抗癌活性较高的化合物. 展开更多
关键词 吲哚喹唑啉 抗癌活性 量子化学 密度泛函理论(DFF) 定量构效关系(QSAR)
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QSAR及其在农药设计中的应用和进展 被引量:19
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作者 钟国华 胡美英 《农药学学报》 CAS CSCD 2001年第2期1-11,共11页
在介绍定量结构 -活性关系 (QSAR)的基本原理后 ,重点评述了 QSAR各种方法的主要原理、优缺点及其在农药设计中的研究应用进展 ,包括取代基多参数法 (Hansch法 )、Free- Wilson法、分子轨道法 (MO)、距离比较法 (DISCO)、比较分子力场... 在介绍定量结构 -活性关系 (QSAR)的基本原理后 ,重点评述了 QSAR各种方法的主要原理、优缺点及其在农药设计中的研究应用进展 ,包括取代基多参数法 (Hansch法 )、Free- Wilson法、分子轨道法 (MO)、距离比较法 (DISCO)、比较分子力场分析法 (Co MFA)、分子模拟法 (MS)、分子对接法 (MD)、人工神经网络法 (ANN)以及 展开更多
关键词 定量结构-活性关系 QSAR 农药 设计 取代基多参数法 分子轨道法
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基于地统计学与支持向量回归的QSAR建模 被引量:13
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作者 陈渊 袁哲明 +1 位作者 周玮 熊兴耀 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1587-1592,共6页
基于主成分分析(PCA)、地统计学(GS)和支持向量回归(SVR),提出了一种新的定量构效关系(QSAR)个体化预测方法——Weight-PCA-GS-SVR.其基本思路是:先以PCA降维并消除自变量间的信息冗余,继以SVR经非线性主成分筛选去除与因变量无关的主成... 基于主成分分析(PCA)、地统计学(GS)和支持向量回归(SVR),提出了一种新的定量构效关系(QSAR)个体化预测方法——Weight-PCA-GS-SVR.其基本思路是:先以PCA降维并消除自变量间的信息冗余,继以SVR经非线性主成分筛选去除与因变量无关的主成分,再以保留主成分计算样本间的加权距离,然后以高维GS确定公用变程;每一个待测样本都以自身为中心从训练集中找出加权距离小于公用变程的私有k个近邻,以SVR训练建模完成个体化预测.Weight-PCA-GS-SVR从行、列两个方向对模型进行了优化,为自变量提供了一种新的加权方法,为解决最优k近邻选择难题提供了新的思路,并具有SVR原来的优点.经3个化合物活性实例数据集验证,新方法在所有参比模型中预测精度最高,且明显优于文献报道结果,Weight-PCA-GS-SVR在QSAR等回归预测领域有较广泛的应用前景. 展开更多
关键词 定量构效关系 地统计学 支持向量回归 主成分分析 个体化预测
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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性 被引量:10
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作者 刘海春 卢帅 +6 位作者 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对... B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导. 展开更多
关键词 B-RAF Ⅱ型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量构效关系模型
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后叶催产素的定量构效关系研究 被引量:4
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作者 梅虎 杨力 +2 位作者 舒茂 刘丽 李志良 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第5期964-967,共4页
基于氨基酸物化性质的描述子矢量VHSE,对21个后叶催产素类似物进行结构表征.经逐步回归与偏最小二乘相结合的变量筛选技术,根据模型的外部预测结果,筛选得到一个最优的9变量组合.应用该变量组合对21个后叶催产素类似物的促宫缩活性进行... 基于氨基酸物化性质的描述子矢量VHSE,对21个后叶催产素类似物进行结构表征.经逐步回归与偏最小二乘相结合的变量筛选技术,根据模型的外部预测结果,筛选得到一个最优的9变量组合.应用该变量组合对21个后叶催产素类似物的促宫缩活性进行偏最小二乘建模,模型复相关系数R2为92.6%,留一法和留组法交互验证Q2分别为78.3%和79.4%.结果表明,后叶催产素的促宫缩活性主要与第3号氨基酸残基的疏水性、立体结构和电性性质以及第8号氨基酸残基的电性特征密切相关. 展开更多
关键词 VHSE 后叶催产素 定量构效关系 偏最小二乘
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一种新的氨基酸描述子及其在肽QSAR中的应用 被引量:25
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作者 梅虎 周原 +1 位作者 孙立力 李志良 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期821-825,共5页
从天然氨基酸的25个结构与拓扑变量中经主成分分析得到一种新的氨基酸描述子———VSTV(principalcomponentscoresvectorofstructuralandtopologicalvariables).应用该描述子对以下3个体系,即血管紧张素转化酶抑制剂(2肽)、抗菌18肽和... 从天然氨基酸的25个结构与拓扑变量中经主成分分析得到一种新的氨基酸描述子———VSTV(principalcomponentscoresvectorofstructuralandtopologicalvariables).应用该描述子对以下3个体系,即血管紧张素转化酶抑制剂(2肽)、抗菌18肽和促凝血酶原激酶抑制剂(6~12肽)进行分子结构参数化表达,并在此基础上通过偏最小二乘回归(PLSR)建立定量构效关系(QSAR)模型,取得了优于文献的结果.模型的复相关系数(R2)和交互检验复相关系数(Q2)分别为0.789,0.767;0.996,0.879;0.981,0.480. 展开更多
关键词 氨基酸 多肽 拓扑 VSTV 定量构效关系 偏最小二乘回归
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定量结构-性质/活性关系在分析和环境化学中的进展及应用 被引量:10
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作者 李鹏霞 陈晶 +1 位作者 周喜斌 卢小泉 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期241-245,共5页
定量结构-性质/活性关系(QSPR/QSAR)是目前国际上一个比较活跃的研究领域。该方法将理论计算方法和各种统计分析工具相结合,研究系列化合物的结构与其生物活性和各种物理化学性质之间的定量函数关系。QSPR/QSAR不仅可以建立预测化合物... 定量结构-性质/活性关系(QSPR/QSAR)是目前国际上一个比较活跃的研究领域。该方法将理论计算方法和各种统计分析工具相结合,研究系列化合物的结构与其生物活性和各种物理化学性质之间的定量函数关系。QSPR/QSAR不仅可以建立预测化合物的各种理化性质以及生物活性的理论模型,而且可以发现和确定对化合物的各种性质起决定作用的结构因素,从而在分子水平上了解物质的微观结构对各种宏观性质的影响,该研究方法已在很多领域得到了广泛应用。本文简要介绍了定量构效关系的发展历史及其在分析化学和环境化学中的应用研究。 展开更多
关键词 定量结构-性质/活性关系 分析化学 环境化学
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