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On quantitative structure-activity relationships between hydrazine derivatives and β irradiation
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作者 Ling-Yu Wang Yan Wang +4 位作者 Da-Qing Cui Song-Tao Xiao Xiao-Dong Liu Ying-Gen OuYang Cong Huang 《Nuclear Science and Techniques》 SCIE CAS CSCD 2018年第5期36-43,共8页
In this study, solutions of hydrazine and its derivatives were irradiated using a pulsed electron beam to determine the half-reaction time of radiolysis. 3 D structures of the hydrazine derivatives were optimized, and... In this study, solutions of hydrazine and its derivatives were irradiated using a pulsed electron beam to determine the half-reaction time of radiolysis. 3 D structures of the hydrazine derivatives were optimized, and their energies were calculated using density functional theory with the B3 LYP method and 6-311 +(3 d, 3 p) basis set.For the first time, the 3 D quantitative structure-activity relationship(QSAR) equation describing the relationship between the hydrazine derivative structures and rate of radiolysis has been established using SPSS software.Pearson correlation analysis revealed a close correlation between the total energies of the molecules and half-reaction times. In the QSAR equation, Y =-7583.464 +54.687 X_1+94333.586 X_2,Y,X_1,and X_2 are the half-reaction time, total energy of the molecule, and orbital transition energy, respectively. The significance levels of the regression coefficients were 0.006 and 0.031, i.e., both less than 0.05. Thus, this model fully explains the relationship between hydrazine derivatives and β radiolysis stability.The results show that the total energy of the molecule and orbital transition energy are the main factors that influence the β radiolysis stability of these hydrazine derivatives. 展开更多
关键词 HYDRAZINE DERIVATIVES βIrradiation RADIOLYSIS stability quantitative structureactivity relationshipS
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陕西茯茶抗氧化成分的提取及其定量构效关系(QSAR)研究
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作者 周彩华 梁艳 +3 位作者 王冉 王晨祥 曹博文 孙越赟 《中国食品添加剂》 CAS 2024年第7期23-32,共10页
以陕西茯砖黑毛茶为原料,基于溶剂萃取法的单因素实验对有效成分进行提取,通过正交实验测定陕西茯茶提取物对DPPH和ABTS+自由基的清除率来反映其有效成分的抗氧化能力。研究结果表明利用乙醇-水溶液萃取法获得的提取物具有较强的抗氧化... 以陕西茯砖黑毛茶为原料,基于溶剂萃取法的单因素实验对有效成分进行提取,通过正交实验测定陕西茯茶提取物对DPPH和ABTS+自由基的清除率来反映其有效成分的抗氧化能力。研究结果表明利用乙醇-水溶液萃取法获得的提取物具有较强的抗氧化成分,抗氧化成分提取的最佳条件为:40%的乙醇溶液,提取温度45℃、提取时间45 min、料液比为1∶60。研究发现该有效成分对DPPH的清除率高达85%,高于对ABTS+自由基的清除率(约67%)。对茯茶素分子的化学物理属性与抗氧化的关联性进行了定量构效关系的研究,揭示出含有酚羟基的茯茶素分子的抗氧化性与分子中氢键给体的数量存在线性关系。总之,本文对陕西茯茶中多酚的提取工艺以及抗氧化性能的定量构效关系(QSAR)的研究可以为陕西茯茶抗氧化产品的开发提供理论依据。 展开更多
关键词 溶剂萃取 抗氧化性 茯砖茶 定量构效关系
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基于真实世界数据与定量构效关系的儿童药源性免疫性血小板减少症研究
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作者 聂晓璐 赵厚宇 +5 位作者 霍东辉 阎爱侠 孙凤 彭晓霞 倪鑫 詹思延 《中国药物警戒》 2025年第1期16-22,共7页
目的利用医院电子病历数据和药物的构效关系开展儿童药源性免疫性血小板(DIIT)风险信号挖掘及毒性评价研究。方法使用北京儿童医院2009年1月1日至2020年12月31日电子病历数据开展真实世界研究,利用改良的实验室极端异常比例失衡法挖掘儿... 目的利用医院电子病历数据和药物的构效关系开展儿童药源性免疫性血小板(DIIT)风险信号挖掘及毒性评价研究。方法使用北京儿童医院2009年1月1日至2020年12月31日电子病历数据开展真实世界研究,利用改良的实验室极端异常比例失衡法挖掘儿童DIIT潜在信号;基于多来源信息构建DIIT基准数据库,并利用3种机器学习算法支持向量机、随机森林和XGBoost算法和药物分子描述符(ECFP4和CORINA),构建定量构效关系(QSAR)模型,基于药物理化性质和分子指纹开展DIIT的毒性评价研究。结果基于电子病历数据挖掘18个儿童DITP阳性信号药物。其中制霉菌素和拉氧头孢钠是儿童和成人的2个新的DITP阳性信号(DITP风险分别为OR:1.75,95%CI:1.37~2.22和OR:1.61,95%CI:1.38~1.88),另发现6个儿童尚未报告的新的阳性信号药物:亚胺培南、替考拉宁、夫西地酸、头孢唑肟钠、头孢他啶和头孢吡肟。基于1319种化合物所构建的9个不同的QSAR模型中效果最优的前3个模型分别为SVM-ECFP4+CORINA模型、RF-ECFP4+CORINA模型及XGBoost-ECFP4模型,其外部验证集上曲线下面积依次为0.747、0.732及0.712。经3个最优模型所组成的共识模型可准确预测出在第一步中发现的7种潜在阳性信号。结论真实世界信号挖掘方法与QSAR模型相结合可进一步完善我国药品上市后安全性评价的方法学体系。 展开更多
关键词 药源性血小板减少症 儿童 药品不良反应 安全性评价 信号挖掘 定量构效关系 真实世界数据 制霉菌素 拉氧头孢钠
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QSAR及其在农药设计中的应用和进展 被引量:19
4
作者 钟国华 胡美英 《农药学学报》 CAS CSCD 2001年第2期1-11,共11页
在介绍定量结构 -活性关系 (QSAR)的基本原理后 ,重点评述了 QSAR各种方法的主要原理、优缺点及其在农药设计中的研究应用进展 ,包括取代基多参数法 (Hansch法 )、Free- Wilson法、分子轨道法 (MO)、距离比较法 (DISCO)、比较分子力场... 在介绍定量结构 -活性关系 (QSAR)的基本原理后 ,重点评述了 QSAR各种方法的主要原理、优缺点及其在农药设计中的研究应用进展 ,包括取代基多参数法 (Hansch法 )、Free- Wilson法、分子轨道法 (MO)、距离比较法 (DISCO)、比较分子力场分析法 (Co MFA)、分子模拟法 (MS)、分子对接法 (MD)、人工神经网络法 (ANN)以及 展开更多
关键词 定量结构-活性关系 qsar 农药 设计 取代基多参数法 分子轨道法
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Multi-KNN-SVR组合预测在含氟化合物QSAR研究中的应用 被引量:20
5
作者 谭显胜 袁哲明 +2 位作者 周铁军 王春娟 熊洁仪 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第1期95-99,共5页
为深入认识含氟农药生物活性与其结构之间的关系,建立了理想的QSAR模型,从化合物油水分配系数等7个分子结构描述符出发,基于支持向量回归(SVR)和MSE最小原则,经自动寻找最优核函数和非线性筛选描述符,构建了多个K-最近邻(KNN)预测子模型... 为深入认识含氟农药生物活性与其结构之间的关系,建立了理想的QSAR模型,从化合物油水分配系数等7个分子结构描述符出发,基于支持向量回归(SVR)和MSE最小原则,经自动寻找最优核函数和非线性筛选描述符,构建了多个K-最近邻(KNN)预测子模型.再经非线性筛选获得保留子模型,以保留子模型实施组合预测(Multi-KNN-SVR).33种含氟化合物对5种不同病害生物活性的留一法组合预测结果表明,采用非线性筛选描述符和KNN子模型能有效地提高预测精度,基于多个KNN子模型的非线性组合能进一步提高预测性能.Multi-KNN-SVR组合预测在QSAR以及其它相关预测研究中具有广泛应用前景. 展开更多
关键词 含氟化合物 支持向量回归 定量构效关系 K-最近邻 组合预测
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新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析 被引量:13
6
作者 王宝雷 马宁 +3 位作者 王建国 马翼 李正名 李永红 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期577-581,共5页
用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合... 用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用. 展开更多
关键词 磺酰脲 三维定量构效关系(3D-qsar) 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)
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QSAR结合人工神经网络预测取代氯苯酚生物毒性 被引量:6
7
作者 肖方竹 邓健 +2 位作者 彭国文 周亮 许金生 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期888-890,共3页
Based on molecular topological chemical theory,as well as the structural characteristic and the valence connection bonding atom i,we introduced structure information index mE(m=0,1).Combing with electronic structure p... Based on molecular topological chemical theory,as well as the structural characteristic and the valence connection bonding atom i,we introduced structure information index mE(m=0,1).Combing with electronic structure parameter of chlorophenols,the new method with ANN analysis was used to predict the biology-toxicity parameters of chlorophenols.The prediction result was more satisfied than others analysis. 展开更多
关键词 人工神经网络 取代氯苯酚 生物毒性 定量构效关系
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咪唑衍生物类抗艾滋病药物3D-QSAR研究 被引量:14
8
作者 仝建波 王平 +2 位作者 李云飞 刘淑玲 孟元亮 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期41-46,共6页
采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对42个咪唑衍生物类抗艾滋病药物进行定量构效关系(QSAR)研究.运用偏最小二乘回归(PLS)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.PLS建模的复相关系数、留一... 采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对42个咪唑衍生物类抗艾滋病药物进行定量构效关系(QSAR)研究.运用偏最小二乘回归(PLS)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.PLS建模的复相关系数、留一法交互校验复相关系数和外部样本校验复相关系数分别为0.912、0.847、0.931.结果表明,3D-HoVAIF能较好表征咪唑衍生物类抗艾滋病药物分子结构信息,所建QSAR模型具有良好稳定性和预测能力,为抗艾滋病药物的研发提供一定的理论基础. 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量 抗艾滋病药物 定量构效关系
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三维全息原子场作用矢量用于吡咯类抗艾滋病药物QSAR研究 被引量:11
9
作者 仝建波 刘淑玲 +3 位作者 刘玉婷 李仲谨 韩玉英 王先锋 《分析科学学报》 CAS CSCD 2008年第3期275-279,共5页
采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对32个吡咯类抗艾滋病药物进行结构参数化表征,并与其活性建立定量构效关系。分别采用多元线性回归(MLR)和偏最小二乘(PLS)进行建模,建模的复相关系数(R2cum)、交互校验复相关系数(Q2cum)和模型... 采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对32个吡咯类抗艾滋病药物进行结构参数化表征,并与其活性建立定量构效关系。分别采用多元线性回归(MLR)和偏最小二乘(PLS)进行建模,建模的复相关系数(R2cum)、交互校验复相关系数(Q2cum)和模型的标准偏差(SD)分别为R2cum=0.914、Q2cum=0.812、SD=0.236(MLR);R2cum=0.836、Q2cum=0.719、SD=0.314(PLS),结果均优于文献值(R2cum=0.667,Q2cum=0.581,SD=0.420)。所建模型具有良好的稳定性和预测能力,表明3D-HoVAIF能够较好地表征该类分子的结构,值得进一步推广应用。 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量 吡咯衍生物 抗艾滋病药物 定量构效关系
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应用PM3算法对部分有机锡化合物的QSPR和QSAR研究 被引量:6
10
作者 陈景文 王帅杰 +3 位作者 全燮 陈硕 薛大明 赵雅芝 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第3期305-308,共4页
应用量子化学 PM3算法计算得到的量子化学参数 ,进行了部分有机锡化合物的定量结构 -性质关系和定量结构 -活性关系研究 .结果表明 ,有机锡化合物的正辛醇 /水分配系数( log Kow)随着其平均分子极化率 (α)、分子总的芯排斥能 ( CCR)、... 应用量子化学 PM3算法计算得到的量子化学参数 ,进行了部分有机锡化合物的定量结构 -性质关系和定量结构 -活性关系研究 .结果表明 ,有机锡化合物的正辛醇 /水分配系数( log Kow)随着其平均分子极化率 (α)、分子总的芯排斥能 ( CCR)、相对分子质量 ( Mr)和分子最高占据轨道能 ( Ehomo)的增大而增大 ,随着分子电子能 ( EE)和分子总能量 ( TE)的增大而减小 .这些有机锡化合物对大型蚤 ( Daphnia magna)和两种绿藻 ( Scenedesmusobliqunus和 Platymonassp.)的毒性随着 CCR、Mr、α、分子最低未占据轨道能 ( Elumo)和 Ehomo的增大而增大 ,随 EE和 TE的增大而减小 . 展开更多
关键词 有机锡化合物 PM3算法 QSPR qsar
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新型含噻唑和三唑环的亚胺类杀菌剂的QSAR研究 被引量:5
11
作者 李祖光 陈可先 +2 位作者 谢海英 曹慧 沈德隆 《农药学学报》 CAS CSCD 2008年第3期268-274,共7页
应用Cerius2软件中的主成分分析法(PCA)和Var.Jarvis-Patrick聚类方法对新型含噻唑和三唑环的亚胺类杂环化合物进行分类,再用遗传函数算法(GFA)和分子力场分析方法(MFA)分别进行了二维/三维定量构效关系研究(QSAR),所建模型都通过了显... 应用Cerius2软件中的主成分分析法(PCA)和Var.Jarvis-Patrick聚类方法对新型含噻唑和三唑环的亚胺类杂环化合物进行分类,再用遗传函数算法(GFA)和分子力场分析方法(MFA)分别进行了二维/三维定量构效关系研究(QSAR),所建模型都通过了显著性检验,CV-r2均大于0.910,表明模型都具有良好的预测可靠性。计算研究表明:分子的热力学性质(各种原子类型A logP描述符)、空间结构状态(Jurs参数和Shadow参数)和电拓扑状态指数(S_aaCH)是影响活性的主要二维因素。三维研究结果表明,分子的静电作用强弱对活性影响较大。最后根据药物分子设计理论设计了一系列亚胺类化合物,并用所建最优二维/三维QSAR模型进行活性预测与相互验证,筛选出活性可能较高的6个化合物。该研究可为高效亚胺类杀菌剂的研制提供理论指导。 展开更多
关键词 亚胺类杀菌剂 遗传函数算法 分子力场分析 定量构效关系 分子设计
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三维全息原子场作用矢量用于HEPT类抗艾滋病药物的QSAR研究 被引量:11
12
作者 仝建波 周鹏 +4 位作者 张生万 梁桂兆 田菲菲 李美萍 李声时 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第6期721-725,共5页
采用本实验室新近提出的三维全息原子场作用矢量表征34个1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类抗艾滋病药物结构并与其活性建立定量构效关系模型.采用逐步回归对变量进行筛选后,运用多元线性回归(multiplelinearregression,MLR... 采用本实验室新近提出的三维全息原子场作用矢量表征34个1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类抗艾滋病药物结构并与其活性建立定量构效关系模型.采用逐步回归对变量进行筛选后,运用多元线性回归(multiplelinearregression,MLR)建模的复相关系数(Rcu2m)、交互校验的复相关系数(Qcu2m)和模型的标准偏差(SD)分别为Rcu2m=0.928、Qcu2m=0.883与SD=0.43,均优于Hancsh报道的值(Rcu2m=0.911、Qcu2m=0.863与SD=0.45).模型具有良好的稳定性和预测能力,表明三维全息原子场作用矢量能较好表征该类分子结构信息,值得进一步推广应用. 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量 1-[(2-羟乙氧基)甲基]-6-(苯巯基)胸腺嘧啶 定量构效关系 抗艾滋病药物
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基于地统计学与支持向量回归的QSAR建模 被引量:13
13
作者 陈渊 袁哲明 +1 位作者 周玮 熊兴耀 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1587-1592,共6页
基于主成分分析(PCA)、地统计学(GS)和支持向量回归(SVR),提出了一种新的定量构效关系(QSAR)个体化预测方法——Weight-PCA-GS-SVR.其基本思路是:先以PCA降维并消除自变量间的信息冗余,继以SVR经非线性主成分筛选去除与因变量无关的主成... 基于主成分分析(PCA)、地统计学(GS)和支持向量回归(SVR),提出了一种新的定量构效关系(QSAR)个体化预测方法——Weight-PCA-GS-SVR.其基本思路是:先以PCA降维并消除自变量间的信息冗余,继以SVR经非线性主成分筛选去除与因变量无关的主成分,再以保留主成分计算样本间的加权距离,然后以高维GS确定公用变程;每一个待测样本都以自身为中心从训练集中找出加权距离小于公用变程的私有k个近邻,以SVR训练建模完成个体化预测.Weight-PCA-GS-SVR从行、列两个方向对模型进行了优化,为自变量提供了一种新的加权方法,为解决最优k近邻选择难题提供了新的思路,并具有SVR原来的优点.经3个化合物活性实例数据集验证,新方法在所有参比模型中预测精度最高,且明显优于文献报道结果,Weight-PCA-GS-SVR在QSAR等回归预测领域有较广泛的应用前景. 展开更多
关键词 定量构效关系 地统计学 支持向量回归 主成分分析 个体化预测
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7,10-位取代喜树碱衍生物的QSAR研究 被引量:6
14
作者 范英芳 张桂蓉 郑艳莉 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1339-1342,共4页
利用密度泛函理论(DFT)在杂化泛函B3LYP和基组6-311G(d,p)水平下对7,10-位双取代喜树碱衍生物(CPTs)进行了构型优化,计算出分子的电子结构描述符,利用Chemoffice 8.0软件计算出几个相关的物化描述符;采用逐步多元回归法对该组化合物的... 利用密度泛函理论(DFT)在杂化泛函B3LYP和基组6-311G(d,p)水平下对7,10-位双取代喜树碱衍生物(CPTs)进行了构型优化,计算出分子的电子结构描述符,利用Chemoffice 8.0软件计算出几个相关的物化描述符;采用逐步多元回归法对该组化合物的抗癌活性与分子描述符之间建立了定量结构-活性关系(QSAR)模型。所建最佳三参数QSAR模型的复相关系数R=0.951;用留一法(leave-one-out,LOO)进行交互检验,得到交互检验系数RCV2=0.778。结果表明,所得QSAR模型具有良好的预测能力,而且影响药物活性的主要因素有化合物分子的结构、最高占据和最低空分子轨道能量差及13-位碳原子的净电荷。 展开更多
关键词 喜树碱衍生物 抗癌活性 定量构效关系 密度泛函理论
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6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素衍生物的2D/3D-QSAR研究 被引量:5
15
作者 李国栋 彭发 +2 位作者 陈兰美 陈锦灿 郑康成 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期113-121,共9页
本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进... 本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进行三维(3D)QSAR研究。所建最优2D-QSAR方程的留一法交叉验证系数(q2)和拟合相关系数(R2)分别为0.833和0.900;Co MSIA(SEHA)模型的q2和非交叉验证系数(r2)分别为0.624和0.999,预测相关系数R2pred为0.838,表明所建立的2D/3D-QSAR模型都具有良好的统计学意义及合理、可信的预报能力,可以预测未知化合物的活性。研究结果为理解该类化合物的作用机理和设计合成更高活性的新化合物提供理论参考。 展开更多
关键词 紫草素衍生物 5 8-O-二甲基-1 4-萘醌 抗肿瘤活性 定量构效关系 比较分子相似性指数分析法
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一种新的氨基酸描述子及其在肽QSAR中的应用 被引量:25
16
作者 梅虎 周原 +1 位作者 孙立力 李志良 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期821-825,共5页
从天然氨基酸的25个结构与拓扑变量中经主成分分析得到一种新的氨基酸描述子———VSTV(principalcomponentscoresvectorofstructuralandtopologicalvariables).应用该描述子对以下3个体系,即血管紧张素转化酶抑制剂(2肽)、抗菌18肽和... 从天然氨基酸的25个结构与拓扑变量中经主成分分析得到一种新的氨基酸描述子———VSTV(principalcomponentscoresvectorofstructuralandtopologicalvariables).应用该描述子对以下3个体系,即血管紧张素转化酶抑制剂(2肽)、抗菌18肽和促凝血酶原激酶抑制剂(6~12肽)进行分子结构参数化表达,并在此基础上通过偏最小二乘回归(PLSR)建立定量构效关系(QSAR)模型,取得了优于文献的结果.模型的复相关系数(R2)和交互检验复相关系数(Q2)分别为0.789,0.767;0.996,0.879;0.981,0.480. 展开更多
关键词 氨基酸 多肽 拓扑 VSTV 定量构效关系 偏最小二乘回归
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苯并咪唑类缓蚀剂的HQSAR研究及分子设计 被引量:4
17
作者 孙磉礅 米思奇 +3 位作者 游靖 余吉良 胡松青 刘新泳 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1192-1200,共9页
采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,构建苯并咪唑衍生物在酸性环境中的缓蚀性能与结构之间的定量构效关系模型,研究不同碎片区分参数及碎片大小对模型质量的影响,寻找最优HQSAR模型,并对其稳定性及预测能力进行评价.结果显示:选取碎... 采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,构建苯并咪唑衍生物在酸性环境中的缓蚀性能与结构之间的定量构效关系模型,研究不同碎片区分参数及碎片大小对模型质量的影响,寻找最优HQSAR模型,并对其稳定性及预测能力进行评价.结果显示:选取碎片区分参数为原子类型(A)、化学键类型(B)、连接性(C)、氢原子(H)、手性(Ch)、氢键给体和受体(D&A),碎片大小为1-3建模时,得到的HQSAR模型(r2(非交叉验证系数)=0.996,q2(交叉验证系数)=0.960,SEcv(交叉验证标准误差)=3.709)具有良好的统计学稳定性及预测能力.根据最优HQSAR模型图设计出的38种苯并咪唑类化合物理论上均具有较好的缓蚀性能.本研究为油气田新型高效缓蚀剂研发提供可靠的理论依据. 展开更多
关键词 苯并咪唑 缓蚀剂 全息定量构效关系 分子设计
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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性 被引量:10
18
作者 刘海春 卢帅 +6 位作者 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对... B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导. 展开更多
关键词 B-RAF Ⅱ型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量构效关系模型
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一种新三维氨基酸描述子SVTD及在肽QSAR的应用 被引量:3
19
作者 仝建波 刘淑玲 +2 位作者 来水利 杜经武 尤艳雪 《分析科学学报》 CAS CSCD 2008年第5期522-526,共5页
以20种天然氨基酸的721个3D结构信息描述子经主成分分析,得出一种新的氨基酸描述子——SVTD(Scores Vector of Three Dimension Descriptors),将其应用于血管紧张素转化酶抑制剂与促凝血酶原酶抑制剂的结构表征,并应用偏最小二乘建模方... 以20种天然氨基酸的721个3D结构信息描述子经主成分分析,得出一种新的氨基酸描述子——SVTD(Scores Vector of Three Dimension Descriptors),将其应用于血管紧张素转化酶抑制剂与促凝血酶原酶抑制剂的结构表征,并应用偏最小二乘建模方法建立定量构效关系模型,建模复相关系数R2cum、交互检验复相关系数Q2cum分别为0.880、0.778和0.998、0.804。结果表明:SVTD描述子能够系统地表征与生物活性相关的结构信息,该描述子有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表达方法。 展开更多
关键词 氨基酸 定量构效关系 SVTD描述子
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新型三维原子场全息相互作用矢量用于几类典型药物体系的QSAR研究 被引量:9
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作者 周鹏 梅虎 +1 位作者 田菲菲 李志良 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1027-1030,共4页
将有机化合物中常见原子按元素周期表的族和杂化状态进行分类,基于药物与受体相互作用的3类非键效应,从分子空间立体结构出发得到了一种新型三维原子场全息作用矢量(3D-HoVAIF).利用该矢量对几类典型药物体系进行了系统的QSAR研究,结果... 将有机化合物中常见原子按元素周期表的族和杂化状态进行分类,基于药物与受体相互作用的3类非键效应,从分子空间立体结构出发得到了一种新型三维原子场全息作用矢量(3D-HoVAIF).利用该矢量对几类典型药物体系进行了系统的QSAR研究,结果表明,3D-HoVAIF能够有效地提取药物分子的立体结构信息并与其生物活性呈良好线性关联. 展开更多
关键词 三维原子场全息作用矢量 分子结构表征 定量构效关系 偏最小二乘回归
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