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基于BLAST的数据清洗与质量控制方案
被引量：
1
1
作者
刘奇
孟珍
+5 位作者
刘勇
董慧
林小光
杲艳平
周园春
黎建辉
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第4期73-75,共3页
研究基本局部比对搜索工具(BLAST)在陆地植物系统发育平台中的应用。数据清洗方面结合基于基因注释的数据抽提与基于BLAST的相似性比对抽提,提取过滤相关的序列信息,控制序列质量,并剔除原始基因注释错误的序列。自测序列质量控制方面...
研究基本局部比对搜索工具(BLAST)在陆地植物系统发育平台中的应用。数据清洗方面结合基于基因注释的数据抽提与基于BLAST的相似性比对抽提,提取过滤相关的序列信息,控制序列质量,并剔除原始基因注释错误的序列。自测序列质量控制方面结合基于blastn的打分比对和基于blastp的模板比对,报告序列整体质量,控制污染序列和假基因的入库。
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关键词
序列比对
数据清洗
基本局部比对搜索工具
陆地植物系统发育平台
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职称材料
题名
基于BLAST的数据清洗与质量控制方案
被引量：
1
1
作者
刘奇
孟珍
刘勇
董慧
林小光
杲艳平
周园春
黎建辉
机构
中国科学院计算机网络信息中心科学数据中心
中国科学院深圳仙湖植物园
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第4期73-75,共3页
基金
中国科学院"十一五"重大专项基金资助项目"数据应用环境建设与服务"(O846061372
O846061108
O846061208)
文摘
研究基本局部比对搜索工具(BLAST)在陆地植物系统发育平台中的应用。数据清洗方面结合基于基因注释的数据抽提与基于BLAST的相似性比对抽提,提取过滤相关的序列信息,控制序列质量,并剔除原始基因注释错误的序列。自测序列质量控制方面结合基于blastn的打分比对和基于blastp的模板比对,报告序列整体质量,控制污染序列和假基因的入库。
关键词
序列比对
数据清洗
基本局部比对搜索工具
陆地植物系统发育平台
Keywords
sequence alignment
data cleaning
Basic Local Alignment Search Tool（BLAST）
phylogenetic analysis of land plant platform （palpp）
分类号
TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于BLAST的数据清洗与质量控制方案
刘奇
孟珍
刘勇
董慧
林小光
杲艳平
周园春
黎建辉
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
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