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α-丙氨酸限域在扶椅型SWBNNT(9,9)与水复合环境下的手性转变机制 被引量:9
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作者 梅泽民 佟华 +3 位作者 夏立利 吕洋 杨晓翠 王佐成 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期85-92,共8页
用量子化学ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)∥ONIOM(B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究α-Ala在SWBNNT(9,9)与水复合环境的手性转变。分子结构计算表明:反应物S型α-Ala和中间体INT1在SWBNNT(9,9)与水复合环境,与单体相比,氢转移断的... 用量子化学ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)∥ONIOM(B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究α-Ala在SWBNNT(9,9)与水复合环境的手性转变。分子结构计算表明:反应物S型α-Ala和中间体INT1在SWBNNT(9,9)与水复合环境,与单体相比,氢转移断的O-H和C-H键都略长,H与其要转移到的目标原子O的距离均短很多。反应通道研究发现:在SWBNNT(9,9)与水复合环境下,α-Ala手性转变有4条路径,每条路径上氢转移都能以1个或2个水分子为媒介实现。势能面计算发现:手性转变反应的最高能垒来自H从手性C向羰基O转移的过渡态;在氨基先异构接着羧基H转移和H从手性C向羰基O转移顺次实现的路径,并以2H2O为氢转移媒介时最高能垒被降到最小值153.8 k J·mol-1。比只在SWBNNT(9,9)内的302.7 k J·mol-1明显降低,比只在水环境的167.8 k J·mol-1也有所降低。结果表明:SWBNNT(9,9)与水复合环境,对α-Ala手性转变有较好的催化作用。 展开更多
关键词 氮化硼纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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水与扶手椅型SWCNT复合环境下α-Ala分子的手性转变机理 被引量:3
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作者 孙大春 闫红彦 +2 位作者 王佐成 梅泽民 佟华 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期892-901,共10页
采用组合量子化学ONIOM方法,基于氨基作为氢迁移桥梁,考察单壁碳纳米管(SWCNT)与水复合环境下α-丙氨酸分子(α-Ala)的手性转变机理.结果表明:基于氨基作为氢迁移桥梁的手性转变反应有a和b两个通道,其中通道a最具优势;水与扶手椅型SWCN... 采用组合量子化学ONIOM方法,基于氨基作为氢迁移桥梁,考察单壁碳纳米管(SWCNT)与水复合环境下α-丙氨酸分子(α-Ala)的手性转变机理.结果表明:基于氨基作为氢迁移桥梁的手性转变反应有a和b两个通道,其中通道a最具优势;水与扶手椅型SWCNT复合环境对氢迁移反应具有较好的催化作用;在SWCNT(8,8)的限域环境下,3个水分子构成的链使主反应通道的决速步骤能垒从裸反应的266.1kJ/mol降至117.8kJ/mol.表明SWCNT(8,8)与水构成的复合环境可作为实现α-Ala手性转变的理想纳米反应器,生命体内α-Ala分子可在类似的纳米环境实现旋光异构. 展开更多
关键词 手性转变 Α-丙氨酸 碳纳米管 oniom方法 密度泛函理论 过渡态 微扰理论
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MOR分子筛对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化 被引量:11
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作者 闫红彦 赵晓波 +3 位作者 高峰 佟华 梅泽民 王佐成 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1437-1444,共8页
采用组合的量子化学ONIOM方法,研究MOR分子筛12元环孔道对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化.结果表明:限域在MOR分子筛12元环孔道的客体与裸环境下的构象不同,过渡态a_TS2@MOR的1C—5N键长缩短,中间体SINT1@MOR的12H与9O,11H与9O以及12... 采用组合的量子化学ONIOM方法,研究MOR分子筛12元环孔道对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化.结果表明:限域在MOR分子筛12元环孔道的客体与裸环境下的构象不同,过渡态a_TS2@MOR的1C—5N键长缩短,中间体SINT1@MOR的12H与9O,11H与9O以及12H与10O间的距离缩短;手性转变反应有a,b,c 3个通道;通道a为手性转变反应的主反应通道,决速步骤的Gibbs自由能垒为229.7kJ/mol,比裸反应决速步骤的Gibbs自由能垒252.6kJ/mol明显降低,即MOR分子筛对赖氨酸分子的手性转变反应有一定的限域催化作用. 展开更多
关键词 MOR分子筛 赖氨酸 手性转变 过渡态 oniom方法 密度泛函理论 微扰
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磷在P-ZSM-5沸石中存在的形态 被引量:6
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作者 杨静 孙迎新 +1 位作者 赵立峰 孙淮 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1823-1830,共8页
用密度泛函理论和ONIOM(our own N-layer integrated molecular orbital molecular mechanics)方法研究磷改性的ZSM-5沸石中含磷基团的可能存在形态.计算的反应焓和自由能数据表明P-ZSM-5沸石中以磷进入骨架和在骨架外的形成磷酸根离子... 用密度泛函理论和ONIOM(our own N-layer integrated molecular orbital molecular mechanics)方法研究磷改性的ZSM-5沸石中含磷基团的可能存在形态.计算的反应焓和自由能数据表明P-ZSM-5沸石中以磷进入骨架和在骨架外的形成磷酸根离子对是合理的稳定结构.而且,计算结果表明离子对模型F和G更适合在室温下存在,磷进入骨架的酸性结构C?在高温下更稳定,而磷进入骨架的结构C对温度变化不敏感.计算得到的27Al,31P,29Si化学位移、酸性的变化趋势和结构参数与相关实验数据吻合. 展开更多
关键词 H-ZSM-5沸石 磷改性 oniom方法 密度泛函理论
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单壁碳纳米管尺寸和手性对α-丙氨酸分子手性转变限域的影响 被引量:9
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作者 王佐成 梅泽民 +1 位作者 闫红彦 邹晓威 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期791-801,共11页
用量子化学ONIOM(B3LYP/6-31++g*:UFF)方法,考察扶椅型单壁碳纳米管SWCNT(5,5),(6,6),(7,7)、锯齿型SWCNT(9,0),(10,0),(11,0)和螺旋型SWCNT(8,2),(8,3),(8,4),(9,1),(9,2),(9,3)中的α-Ala分子结构和手性转变机制.结果表明:与单体相比... 用量子化学ONIOM(B3LYP/6-31++g*:UFF)方法,考察扶椅型单壁碳纳米管SWCNT(5,5),(6,6),(7,7)、锯齿型SWCNT(9,0),(10,0),(11,0)和螺旋型SWCNT(8,2),(8,3),(8,4),(9,1),(9,2),(9,3)中的α-Ala分子结构和手性转变机制.结果表明:与单体相比,当α-Ala分子限域在直径小的SWCNT中时,其C—C—C键角、C—C—N—C二面角和H—N—H键角增加较大,其他结构参数值略有增减;只存在H先在羧基内转移,手性碳上的H再以羰基11O为桥梁转移的反应通道;当α-Ala分子限域在SWCNT(5,5),(9,0),(8,2),(9,1)中时,羧基内H转移和H从手性碳转移到羰基的能垒较低;α-Ala分子限域在SWCNT中的H转移反应能垒随管径的减小而降低;不同手性的SWCNT对H转移反应能垒影响较小. 展开更多
关键词 单壁碳纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 密度泛函理论 过渡态 oniom方法
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水环境下限域在MOR分子筛内的α-丙氨酸在羟自由基作用下的旋光异构及损伤 被引量:11
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作者 董丽荣 高峰 +3 位作者 佟华 杨晓翠 丛建民 王佐成 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期78-89,共12页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场(SCRF)理论的SMD模型方法,对标题反应进行理论研究。研究发现:标题反应有a和b两个反应通道,a通道是羟自由基水分子簇等与α-H和氨基氮通过氢键作用形成底物,b通道是羟自由基水分子... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场(SCRF)理论的SMD模型方法,对标题反应进行理论研究。研究发现:标题反应有a和b两个反应通道,a通道是羟自由基水分子簇等与α-H和氨基氮通过氢键作用形成底物,b通道是羟自由基水分子簇与α-H和羰基氧通过氢键作用形成底物。势能面计算表明:羟自由基水分子簇组合作质子转移媒介,水分子拔α-H使α-Ala旋光异构,水汽相环境下,a通道具有优势,决速步能垒是136.1 kJ/mol;水液相环境下,优势反应通道是b,过渡态产生的内禀能垒是78.1 kJ/mol。水分子辅助羟自由基抽α-H致α-Ala损伤的优势通道是a,决速步能垒是25.3 kJ/mol,水溶剂效应使该能垒降到22.1 kJ/mol。结果表明:水环境下羟自由基的存在可使MOR分子筛内的α-Ala旋光异构与损伤同时发生,在竞争中损伤过程具有明显的优势;MOR分子筛的限域改变了α-Ala的异构机理并起到了较好助催化作用。 展开更多
关键词 Α-丙氨酸 旋光异构 损伤 MOR分子筛 oniom方法 密度泛函 过渡态 微扰理论 自洽反应场
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α-丙氨酸分子在扶手椅型SWBNNT(9,9)内的手性转变机制 被引量:8
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作者 王佐成 梅泽民 吕洋 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期206-216,共11页
采用组合的量子化学ONIOM(our own n-layered integrated molecule orbit and molecule mechanics)(B3LYP/6-31++G(d,p):UFF)方法,研究了限域在SWBNNT(9,9)内α-丙氨酸的分子结构和手性转变通道.为得到高水平的能量,在ONIOM(B3LYP/6-311... 采用组合的量子化学ONIOM(our own n-layered integrated molecule orbit and molecule mechanics)(B3LYP/6-31++G(d,p):UFF)方法,研究了限域在SWBNNT(9,9)内α-丙氨酸的分子结构和手性转变通道.为得到高水平的能量,在ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)水平,计算了各个包结物的单点能.分子结构分析表明:与单体α-丙氨酸相比,受限在SWBNNT(9,9)内时,骨架碳氮原子间的键长不同程度地缩短,骨架碳原子的键角及骨架碳氮原子的二面角略有增大.反应路径研究发现:α-丙氨酸分子在SWBNNT(9,9)内的手性转变有两条同单体情况大致相同的反应通道,不存在单体情况的含有羰基H和甲基H协同转移过程的反应通道.手性转变反应过程的势能面计算发现:与单体α-丙氨酸手性转变反应过程的主要能垒相比较,在纸外面的氢从手性碳直接到羰基氧的过渡态产生的能垒,从326.5kJ·mol-1降到319.7kJ·mol-1;氢首先在羧基内转移,而后手性碳的氢在纸面外转移到羰基,这两个过程的能垒从198.0kJ·mol-1和320.3kJ·mol-1降到135.5kJ·mol-1和302.7kJ·mol-1.结果表明:限域在SWBNNT(9,9)内的α-丙氨酸,其手性转变过程中不同的氢转移反应能垒被不同程度地降低. 展开更多
关键词 氮化硼纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 密度泛函理论 过渡态 oniom方法
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限域在扶手椅型SWBNNT内Lys分子手性转变的反应机理和动力学
8
作者 董丽荣 刘逸轩 +2 位作者 高峰 闫红彦 王佐成 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期435-443,共9页
采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究限域在扶手椅型单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内赖氨酸(Lys)分子手性转变的反应机理.采用原子中心密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,研究Lys分子在SWBNNT(5,5)内手性转变反应通道入口与出口势... 采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究限域在扶手椅型单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内赖氨酸(Lys)分子手性转变的反应机理.采用原子中心密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,研究Lys分子在SWBNNT(5,5)内手性转变反应通道入口与出口势能面上的动态反应路径,给出中间体和产物的微观动态反应图像.结果表明:随着纳米管管径的减小,限域其中的Lys分子骨架C原子间的键角明显增大;手性C上的H与氨基N的距离逐渐变小;在SWBNNT(5,5)内,通过2个基元反应Lys分子实现了手性转变;在SWBNNT(6,6)和SWBNNT(7,7)内,通过3个和4个基元反应Lys分子实现了手性转变;在SWBNNT(5,5)内,Lys分子手性转变反应决速步骤自由能垒降为最低值190.1kJ/mol.在SWBNNT(7,7)内,决速步骤能垒与裸反应基本相同. 展开更多
关键词 纳米管 赖氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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扶手椅型单壁氮化硼纳米管的尺寸对缬氨酸旋光异构的限域影响
9
作者 姜春旭 杨晓翠 +3 位作者 绳绍旭 白杰 丛建民 王佐成 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期110-119,共10页
采用QM与MM组合的ONIOM方法,对标题反应进行了研究。结构分析表明:SWBNNT (硼氮纳米管)(5,5)的限制致缬氨酸分子骨架明显形变,同时SWBNNT (5,5)也发生了形变。计算表明:以氨基氮为质子转移桥梁的旋光异构是优势反应通道。缬氨酸限域在SW... 采用QM与MM组合的ONIOM方法,对标题反应进行了研究。结构分析表明:SWBNNT (硼氮纳米管)(5,5)的限制致缬氨酸分子骨架明显形变,同时SWBNNT (5,5)也发生了形变。计算表明:以氨基氮为质子转移桥梁的旋光异构是优势反应通道。缬氨酸限域在SWBNNT (5,5)时,旋光异构决速步的内禀能垒是318.41 kJ·mol^(-1);缬氨酸限域在SWBNNT (6,6)时,质子迁移与羟基旋转同步与分步进行的旋光异构决速步的内禀能垒分别是306.42和306.93 kJ·mol^(-1)。均比裸反应优势通道的决速步能垒268.93 kJ·mol^(-1)显著升高。缬氨酸限制在SWBNNT (7,7)时,旋光异构决速步的内禀能垒是262.81 kJ·mol^(-1),与裸反应相差无几。结果表明:SWBNNT (5,5)和SWBNNT (6,6)的限域对缬氨酸旋光异构具有明显的负催化作用。 展开更多
关键词 缬氨酸 旋光异构 单壁氮化硼纳米管 oniom方法 密度泛函理论 过渡态 微扰论
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螺旋手性SWCNT尺寸对布洛芬分子旋光异构限域的影响 被引量:2
10
作者 王艳 王佐成 +1 位作者 杨晓翠 佟华 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期724-731,共8页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,考察布洛芬(Ibu)分子限域在螺旋手性单壁碳纳米管(SWCNT)内的手性转变机理.结果表明:螺旋手性单壁碳纳米管的直径越小,限域在其孔道内的布洛芬分子形变越明显;布洛芬分子在SWCNT(6,4)和SWCNT(7,4)... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,考察布洛芬(Ibu)分子限域在螺旋手性单壁碳纳米管(SWCNT)内的手性转变机理.结果表明:螺旋手性单壁碳纳米管的直径越小,限域在其孔道内的布洛芬分子形变越明显;布洛芬分子在SWCNT(6,4)和SWCNT(7,4)内的旋光异构只有一个反应通道,在SWCNT(8,5)内的旋光异构有两个反应通道;布洛芬分子限域在SWCNT(6,4),SWCNT(7,4)和SWCNT(8,5)内时,旋光异构反应决速步骤的内禀能垒分别为247.95,273.83,292.24 kJ/mol,总包能垒分别为278.96,291.91,325.88kJ/mol.可见S-Ibu的旋光异构易在较小孔径的螺旋手性SWCNT内实现,SWCNT(6,4)可以作为布洛芬分子旋光异构的纳米反应器. 展开更多
关键词 螺旋手性 布洛芬 oniom方法 密度泛函理论 过渡态 微扰理论 Gibbs自由能
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螺旋手性SWBNNT尺寸对Lys分子手性转变反应限域的影响
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作者 刘戎 佟华 +3 位作者 王佐成 佟海霞 张雪婷 张金猛 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期432-439,共8页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究两种构象的赖氨酸(Lys)分子限域在螺旋手性单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内的手性转变机理.结果表明:限域在小管径螺旋手性SWBNNT的Lys分子骨架形变明显;当两种构象的Lys分子限域在SWBNNT(6,4)时,... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究两种构象的赖氨酸(Lys)分子限域在螺旋手性单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内的手性转变机理.结果表明:限域在小管径螺旋手性SWBNNT的Lys分子骨架形变明显;当两种构象的Lys分子限域在SWBNNT(6,4)时,旋光异构反应的表观能垒分别为175.90,230.44kJ/mol,旋光异构反应决速步骤的内禀能垒分别为211.40,230.44kJ/mol,来源于质子从手性C向氨基N迁移的过渡态,比裸反应的决速步骤能垒(252.60kJ/mol)低.即螺旋手性SWBNNT的管径越小,限域催化作用越明显,限域在SWCNT(6,4)内具有氨基与羧基间单氢键的Lys分子先旋光异构. 展开更多
关键词 螺旋手性 纳米管 赖氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 微扰理论 过渡态
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