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桑树NBS-LRR类基因家族的全基因组鉴定及其调控microRNAs分析 被引量:6
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作者 刘潮 褚洪龙 +3 位作者 韩利红 杨云锦 高永 唐利洲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期544-553,共10页
利用生物信息学方法,全面分析了桑树NBS-LRR类基因家族组成、结构、进化、组织表达,并对该家族基因的调控microRNA(miRNA)进行了预测。共筛选到112个桑树NBS-LRR类基因,根据功能域主要分为NBS、CC-NBS、CC-NBS-LRR、NBS-LRR 4种类型。... 利用生物信息学方法,全面分析了桑树NBS-LRR类基因家族组成、结构、进化、组织表达,并对该家族基因的调控microRNA(miRNA)进行了预测。共筛选到112个桑树NBS-LRR类基因,根据功能域主要分为NBS、CC-NBS、CC-NBS-LRR、NBS-LRR 4种类型。内含子数和相位分析结果显示,基因结构类型多样。聚类分析结果显示不同聚类组间存在较多的类型交叉现象。该家族基因存在组织表达特异性。大部分桑树NBS-LRR类基因均具有被miRNAs调控的可能性,miR472b和miR482b在调控该家族基因表达中可能发挥了主要作用。桑树NBS-LRR家族基因结构和进化的复杂性决定了其功能的多样性,miRNA在控制该家族基因表达的适应性成本中发挥作用。 展开更多
关键词 桑树 nbs-lrr 生物信息学 MIRNA
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辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量:5
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作者 赵敬 万红建 +1 位作者 杨悦俭 侯喜林 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第3期611-616,共6页
为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01~CaR... 为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01~CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ~CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。 展开更多
关键词 nbs-lrr 抗病基因同源序列 辣椒 克隆
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菠菜NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量:4
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作者 折红兵 范桂彦 +4 位作者 张合龙 王晓武 武剑 钱伟 徐兆生 《中国蔬菜》 北大核心 2017年第5期26-33,共8页
依据已知NBS-LRR类抗病基因的P-loop和GLPL两个保守结构域设计简并引物,对抗菠菜霜霉病商业杂交种RZ51-147、自交系12S3和12S4的基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,共获得23条具有完整开放阅读框且含有NBS结构的抗病基因同源序列(re... 依据已知NBS-LRR类抗病基因的P-loop和GLPL两个保守结构域设计简并引物,对抗菠菜霜霉病商业杂交种RZ51-147、自交系12S3和12S4的基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,共获得23条具有完整开放阅读框且含有NBS结构的抗病基因同源序列(resistancegeneanalogs,RGAs),编号为SP1~SP17、SP19~SP24,其在NCBI中的登录号为KX914865~KX914887。核苷酸比较分析结果表明,这23条RGAs大多与甜菜中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有较高的同源性,其中SP1、SP2、SP5、SP6、SP10、SP11、SP12、SP13等8条序列均与甜菜RF45类抗病蛋白有着86%以上的同源性;SP3、SP4、SP8、SP9、SP24等5条序列与甜菜RPP13类抗病蛋白的同源性在85%以上,与向日葵抗霜霉病基因PI8相应区域的氨基酸序列相似性为32.20%~33.52%,且在进化树上聚为一类,推测其可能与抗霜霉病相关。同源进化分析结果表明,除SP7外,其余序列均为non-TIR-NBS-LRR类抗病基因,并与推导的氨基酸序列多重比较结果一致。 展开更多
关键词 菠菜 抗病基因同源序列 nbs-lrr 菠菜霜霉病
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三浅裂野牵牛NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析(英文) 被引量:3
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作者 陈观水 潘大仁 +1 位作者 周以飞 高丽华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1728-1734,共7页
NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列,共获得6条相关序... NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列,共获得6条相关序列,核苷酸序列的相似性为48%~97%,推测氨基酸序列的相似性在25.2%~95.1%之间。系统进化分析表明,6条三浅裂野牵牛RGA序列可分为2个不同的类群:TIR-NBS和non-TIR-NBS。三浅裂野牵牛RGA序列与源自甘薯的RGA序列有很高的相似性,这在一定程度上反映了三浅裂野牵牛与甘薯之间的亲缘关系。分离的6条RGA序列分别命名为ItRGA1~ItRGA6,GenBank登录号分别为DQ849027-DQ849032。 展开更多
关键词 三浅裂野牵牛 核苷酸结合位点(nbs) 亮氨酸重复 抗病基因同源序列(RGA)
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东乡野生稻NBS类抗病基因同源片段的克隆及序列分析 被引量:5
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作者 却志群 沈春修 卢其能 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期78-82,共5页
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基... 根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。 展开更多
关键词 东乡野生稻 抗病基因 RT-PCR nbs-lrr同源序列
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巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:4
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作者 张影波 庞玉新 +3 位作者 莫廷辉 董美超 解辉 蔡秀清 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第24期11453-11455,共3页
[目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病... [目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病基因同源序列进行Blastn、氨基酸同源性分析、序列比较和系统进化分析。[结果]从巴西橡胶高抗炭疽病无性系R042基因组DNA中分离获得1个NBS类抗病基因同源序列,经Blastn比对后发现,该抗病基因同源序列与毛果杨中的一个CC-NBS-LRR抗病蛋白的mRNA的序列同源性为66%,Blastn的E值为2e-24,推测氨基酸序列与已知抗病基因的相似性在26.9%~43.2%。[结论]序列比对与系统进化分析表明,该抗病基因同源序列具有NBS类抗病基因的所有保守序列,且与Xa1的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 巴西橡胶 核苷酸结合位点(nbs) 亮氨酸重复(lrr) 抗病基因同源序列(RGA)
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番茄SlNBRP1基因的克隆及抗病性的研究 被引量:1
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作者 黄曼 于淑坤 +2 位作者 张琳 刘永胜 苗敏 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第8期1131-1135,共5页
作物病害是农业生产的主要限制因子之一,利用植物抗病基因(R基因)培育抗性品种是防治植物病害最环保、有效、直接的手段。植物体内绝大多数R基因编码含有卷曲螺旋结构、核苷酸结合位点和富含亮氨酸重复序列(coiled-coil nucleotide-bind... 作物病害是农业生产的主要限制因子之一,利用植物抗病基因(R基因)培育抗性品种是防治植物病害最环保、有效、直接的手段。植物体内绝大多数R基因编码含有卷曲螺旋结构、核苷酸结合位点和富含亮氨酸重复序列(coiled-coil nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat,CC-NBS-LRR)结构域的蛋白质。文章通过酵母双杂筛选鉴定得SlNBRP1基因,利用植物基因工程技术,构建植物过表达载体pBI121-35S::SlNBRP1;通过农杆菌介导法,将SlNBRP1基因导入野生型番茄基因组中,得到转基因植株。通过生物信息学分析SlNBRP1蛋白序列,发现含有高度保守的CC结构域和NBS结构域。采用Real-time聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析转基因植株中SlNBRP1 mRNA的表达情况,结果显示SlNBRP1的表达量显著下调,表现出共抑制(co-suppression,CoR),即基因间相互作用引起的失活现象。番茄病原菌丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae pv.Tomato DC3000,Pst DC3000)侵染野生型和共抑制转基因植株发现,共抑制转基因植株抗病性下降且叶片菌量增加,表明SlNBRP1基因正调控植物对病原菌的免疫反应。该文为遗传育种改良作物抗病性增加了新的分子靶标。 展开更多
关键词 番茄 CC-nbs-lrr结构域 共抑制 Pst DC3000 抗病性
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植物抗病基因结构特征及其类似序列的研究进展 被引量:37
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作者 秦跟基 李万隆 陈佩度 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期102-107,共6页
植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性, 在一些区段高度保守, 如 N B S、 L R R、激酶、 L Z等。这些保守序列, 不仅有助于对抗病基因的分类及其作... 植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性, 在一些区段高度保守, 如 N B S、 L R R、激酶、 L Z等。这些保守序列, 不仅有助于对抗病基因的分类及其作用机理的理解, 而且为抗病基因克隆提供了一条新途径。根据这些保守序列合成 P C R 引物, 在许多植物中已扩增出大量的抗病基因类似序列 ( R G A)。遗传作图表明 R G A 与抗病性密切相关。对 R G A 与 R 基因的关系及 R G A 的基因组分布一并进行了讨论。 展开更多
关键词 抗病基因 核苷酸 结合位点 类似序列
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