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Kv1.2钾通道闭合的靶向分子动力学模拟
1
作者
钟文宇
郭万林
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期466-470,共5页
钾离子通道是一种能开放或闭合孔道而控制钾离子跨膜流动的膜蛋白。Kv1.2结构是一种开式构型的钾通道结构,也是迄今获得的唯一一种来自真核细胞的钾通道结构。尽管导致Kv1.2结构内螺旋弯曲的PVP序列在KcsA等原核细胞钾通道中不存在,Kcs...
钾离子通道是一种能开放或闭合孔道而控制钾离子跨膜流动的膜蛋白。Kv1.2结构是一种开式构型的钾通道结构,也是迄今获得的唯一一种来自真核细胞的钾通道结构。尽管导致Kv1.2结构内螺旋弯曲的PVP序列在KcsA等原核细胞钾通道中不存在,KcsA结构的直式内螺旋闭合构型仍常被作为Kv1.2等真核细胞钾通道的闭式模版。本文在靶向分子动力学模拟中迫使Kv1.2钾通道闭合为KcsA构型,我们发现Kv1.2无法适应KcsA的闭合构型,松弛后内螺旋恢复PVP铰链弯曲,在孔道的腔-门区域形成上下大中间小的沙漏状闭合构型。此构型使开闭构型转换效率更高,可能是钾通道从原核细胞的甘氨酸铰链进化到真核细胞的PXP铰链的原因所在。
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关键词
钾通道
门控
蛋白质
分子动力学模拟
kv1
.
2
KCSA
在线阅读
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职称材料
KcsA钾通道的多级开放过程:靶向分子动力学模拟
2
作者
钟文宇
郭万林
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期471-476,共6页
钾通道晶体结构的获得为从结构和计算两方面去探索其原子层次的结构-功能关系提供了机会。钾通道门控过程的构型变化是这些正在探索的领域之一。但是发生在微秒层次的钾通道构型动态变化仍不清楚。本文对嵌入在水和磷脂双分子层中的Kcs...
钾通道晶体结构的获得为从结构和计算两方面去探索其原子层次的结构-功能关系提供了机会。钾通道门控过程的构型变化是这些正在探索的领域之一。但是发生在微秒层次的钾通道构型动态变化仍不清楚。本文对嵌入在水和磷脂双分子层中的KcsA钾通道进行了以Kv1.2钾通道开式结构为靶子的靶向分子动力学研究来探索其开放的动态细节。模拟中外加的开放驱动能量被降到了实验水平同一量级,模拟时间达到了150纳秒。发现通道以多级阶梯的方式开放。共观察到两级阶梯,每级包括一个扩张态和一个准稳定态。可以推断,在生理过程更长的时间历程中,会有更多级的阶梯出现。
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关键词
钾通道
门控
蛋白质
分子动力学模拟
KCSA
kv1
.
2
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职称材料
题名
Kv1.2钾通道闭合的靶向分子动力学模拟
1
作者
钟文宇
郭万林
机构
南京航空航天大学纳米科学研究所
出处
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期466-470,共5页
基金
国家自然科学基金(10802037
10372044)
+3 种基金
教育部创新团队(IRT0534)
江苏省科技项目前期预研(BK2005217)
江苏省自然科学基金创新学者攀登(BK2008042)
江苏省博士后资助计划(0802015C)资助项目
文摘
钾离子通道是一种能开放或闭合孔道而控制钾离子跨膜流动的膜蛋白。Kv1.2结构是一种开式构型的钾通道结构,也是迄今获得的唯一一种来自真核细胞的钾通道结构。尽管导致Kv1.2结构内螺旋弯曲的PVP序列在KcsA等原核细胞钾通道中不存在,KcsA结构的直式内螺旋闭合构型仍常被作为Kv1.2等真核细胞钾通道的闭式模版。本文在靶向分子动力学模拟中迫使Kv1.2钾通道闭合为KcsA构型,我们发现Kv1.2无法适应KcsA的闭合构型,松弛后内螺旋恢复PVP铰链弯曲,在孔道的腔-门区域形成上下大中间小的沙漏状闭合构型。此构型使开闭构型转换效率更高,可能是钾通道从原核细胞的甘氨酸铰链进化到真核细胞的PXP铰链的原因所在。
关键词
钾通道
门控
蛋白质
分子动力学模拟
kv1
.
2
KCSA
Keywords
potassium channel
gating
protein
molecular dynamics simulation
kv1. 2
KcsA
分类号
Q66 [生物学—生物物理学]
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
KcsA钾通道的多级开放过程:靶向分子动力学模拟
2
作者
钟文宇
郭万林
机构
南京航空航天大学纳米科学研究所
出处
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期471-476,共6页
基金
国家自然科学基金(10802037
10372044)
+3 种基金
教育部创新团队(IRT0534)
江苏省科技项目前期预研(BK2005217)
江苏省自然科学基金创新学者攀登(BK2008042)
江苏省博士后资助计划(0802015C)资助项目
文摘
钾通道晶体结构的获得为从结构和计算两方面去探索其原子层次的结构-功能关系提供了机会。钾通道门控过程的构型变化是这些正在探索的领域之一。但是发生在微秒层次的钾通道构型动态变化仍不清楚。本文对嵌入在水和磷脂双分子层中的KcsA钾通道进行了以Kv1.2钾通道开式结构为靶子的靶向分子动力学研究来探索其开放的动态细节。模拟中外加的开放驱动能量被降到了实验水平同一量级,模拟时间达到了150纳秒。发现通道以多级阶梯的方式开放。共观察到两级阶梯,每级包括一个扩张态和一个准稳定态。可以推断,在生理过程更长的时间历程中,会有更多级的阶梯出现。
关键词
钾通道
门控
蛋白质
分子动力学模拟
KCSA
kv1
.
2
Keywords
potassium channel
gating
protein
molecular dynamics simulation
KcsA
kv1. 2
分类号
Q66 [生物学—生物物理学]
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
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1
Kv1.2钾通道闭合的靶向分子动力学模拟
钟文宇
郭万林
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
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职称材料
2
KcsA钾通道的多级开放过程:靶向分子动力学模拟
钟文宇
郭万林
《计算力学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
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职称材料
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