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辣椒抗烟草花叶病毒L^(3)基因的KASP标记转化及应用 被引量：1
1
作者 陈灵芝 王兰兰 +1 位作者 高彦萍 余海涛 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第4期66-71,共6页
辣椒中存在抗烟草花叶病毒属的基因位点L,本研究将与抗烟草花叶病毒L^(3)基因紧密连锁的SCAR标记PMFR11转化为KASP标记LJK,利用BC_(1)P_(1)群体进行有效性验证,基因型和抗、感病表型之间的一致率为92.4%。对标记LJK和与抗烟草花叶病毒L^... 辣椒中存在抗烟草花叶病毒属的基因位点L,本研究将与抗烟草花叶病毒L^(3)基因紧密连锁的SCAR标记PMFR11转化为KASP标记LJK,利用BC_(1)P_(1)群体进行有效性验证,基因型和抗、感病表型之间的一致率为92.4%。对标记LJK和与抗烟草花叶病毒L^(3)基因紧密连锁的SCAR标记PMFR21检测结果进行比较,LJK与PMFR21 PCR分型结果完全一致。研究表明LJK可以快捷、高效应用于辣椒抗烟草花叶病毒L^(3)基因的分子标记辅助选择。实际育种过程中,在辣椒苗期利用LJK淘汰纯合感病基因型单株,保留杂合抗性基因型单株继续进行L^(3)基因的回交转育,创制出了含有纯合L^(3)基因的抗性种质。 展开更多
关键词 辣椒 抗烟草花叶病毒 L^(3)基因 kasp标记LJK
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广谱抗稻瘟病基因PigmR的KASP标记开发及应用
2
作者 李文奇 许扬 +7 位作者 王芳权 朱建平 陶亚军 李霞 范方军 蒋彦婕 陈智慧 杨杰 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第3期365-372,共8页
【目的】广谱抗稻瘟病基因PigmR对水稻抗稻瘟病遗传改良具有重要育种价值。根据其编码区变异位点开发竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific,PCR KASP)标记,有利于提升PigmR育种利用的效率。【方法】通过序列比对明确Pi... 【目的】广谱抗稻瘟病基因PigmR对水稻抗稻瘟病遗传改良具有重要育种价值。根据其编码区变异位点开发竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific,PCR KASP)标记,有利于提升PigmR育种利用的效率。【方法】通过序列比对明确PigmR基因编码区存在单核苷酸变异,开发KASP分子标记PigmR-K,通过对水稻品种和F_(2)分离群体进行基因型分析,结合稻瘟病表型鉴定,并开展分子标记辅助选择育种,对标记的精准性和高效性进行验证。【结果】根据PigmR基因编码区序列第2503位存在特异性单核苷酸A>C变异,建立基于KASP的PigmR精准高效基因分型技术体系,通过对159份水稻品种、270份F_(2)群体单株以及247份BC_(1)F_(3)群体单株进行基因型检测,PigmR-K能够高效区分供试水稻材料的纯合抗病、纯合感病和杂合基因型,并与人工接种穗颈瘟症状一致。【结论】利用PigmR基因编码区变异位点开发的KASP标记PigmR-K具有精准高效等优势,有利于稻瘟病抗性遗传改良。 展开更多
关键词 水稻 广谱抗性 稻瘟病 PigmR基因 kasp 育种效率
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西瓜专用瓠瓜砧木苏砧1号种子纯度的KASP鉴定
3
作者 刘广 刘金秋 +3 位作者 羊杏平 张曼 姚协丰 徐锦华 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第1期39-43,共5页
为准确、高效地鉴定西瓜专用瓠瓜砧木苏砧1号杂交种子纯度,以苏砧1号及其亲本为试验材料,结合简化重测序和KASP技术,筛选并获得2个稳定多态性KASP标记(SNP1101和SNP1102)。利用2对KASP标记进行苏砧1号的537株单株基因型检测,并结合田间... 为准确、高效地鉴定西瓜专用瓠瓜砧木苏砧1号杂交种子纯度,以苏砧1号及其亲本为试验材料,结合简化重测序和KASP技术,筛选并获得2个稳定多态性KASP标记(SNP1101和SNP1102)。利用2对KASP标记进行苏砧1号的537株单株基因型检测,并结合田间表型验证标记准确性。结果表明,该批苏砧1号葫芦类型砧木种子纯度为99.44%,2对KASP标记鉴定结果与田间表型鉴定结果一致;并且可将苏砧1号与其他葫芦类型砧木品种区分开。以上结果可为高效、准确地鉴定瓠瓜类型砧木品种及种子纯度提供便捷的方法。 展开更多
关键词 西瓜 砧木 苏砧1号 kasp标记 纯度鉴定
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黄淮南部小麦重要性状功能基因的KASP标记检测与分析
4
作者 董海滨 王永霞 +4 位作者 方宇辉 赵明忠 高崇 齐学礼 彭超军 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第17期34-42,共9页
为明确黄淮南部麦区小麦重要性状功能基因的优异等位变异分布,选取了240份近年来审定的品种和选育的高代品系为材料,利用46个重要性状相关基因的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分子标记,对产量、品质、抗病性和抗穗发芽特性进行分子标... 为明确黄淮南部麦区小麦重要性状功能基因的优异等位变异分布,选取了240份近年来审定的品种和选育的高代品系为材料,利用46个重要性状相关基因的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分子标记,对产量、品质、抗病性和抗穗发芽特性进行分子标记检测和基因型分析。结果表明,KASP标记在目标基因分型上具有较高的准确性;在产量相关基因中,Ta GS-D1、Ta Cwi-5D、Ta TGW6-3A、Ta GASR-A1、Ta Cwi-4A、Ta Dreb-B1和1BL:1RS易位系的优异等位变异占比均超过1/2,其中20份材料聚合了8个以上产量相关优异等位变异;品质相关基因Pinb-D1b、Ta Ppo-D1a、Ta Psy-B1a、Ta Psy-D1a、Ta Lcy-B1b和Ta Pod-A1b的优异等位变异分布频率较高,21份材料携带6个以上品质相关优异等位变异;抗病性相关基因Lr14a、Lr68、Yr15、苏麦3号Fhb1和UMN10型Fhb1的分布频率分别为77.92%、2.92%、5.83%、0.83%和4.17%;抗穗发芽基因Ta PHS1分布频率为82.08%,其余4个基因分布频率较低,8份材料聚合了4个抗穗发芽相关优异等位变异。综上所述,本研究明确了黄淮南部小麦品种(系)在产量、品质、抗病性和抗穗发芽方面的优异等位基因分布,筛选出一批聚合优异等位基因的种质材料。 展开更多
关键词 小麦 功能基因 优异等位变异 分子标记 kasp
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基于全基因组重测序的不结球白菜KASP分子标记开发与应用
5
作者 张艳 沈卓 +3 位作者 杨易 周轩 吴增祥 黎庭耀 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期613-621,共9页
【目的】基于全基因组重测序数据开发不结球白菜KASP分子标记,以期丰富该物种的遗传信息,为不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】对2份不结球白菜高代自交系C40和JY70进行全基因组及DNA重测序及... 【目的】基于全基因组重测序数据开发不结球白菜KASP分子标记,以期丰富该物种的遗传信息,为不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】对2份不结球白菜高代自交系C40和JY70进行全基因组及DNA重测序及比对分析,挑选出差异SNP位点用于KASP分子标记开发,并对55份不结球白菜种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建。【结果】C40和JY70之间基因型不一致、测序深度大于10X且等位基因纯合的SNP位点有460849个。每条染色体上选择分布相对均匀的15个SNP位点设计成KASP引物,利用150对KASP引物对C40和JY70进行基因型分型检测,发现有86对引物成功分型,基于其对55份不结球白菜种质资源的基因型分型结果,筛选获得41个在不结球白菜中扩增质量高的KASP分子标记。41个KASP分子标记对55份不结球白菜种质资源的遗传多样性分析结果显示,其主要等位基因频率为0.5000~0.9273,平均为0.6643;基因多样性指数为0.1349~0.5000,平均为0.4257;多态性信息含量(PIC)为0.1258~0.3750,平均为0.3322,PIC>0.2500的位点占所有位点的94.5%,多态性较高。55份不结球白菜种质资源分为三大类群,相同类型的种质资源聚类在一起,其中地理来源相同的资源又聚类在一起,有效地反映了种质间的亲缘关系。利用PIC最高的15个KASP分子标记构建了55份不结球白菜种质资源的DNA指纹图谱。【结论】开发获得41个不结球白菜KASP分子标记,可用于不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 不结球白菜 kasp分子标记 遗传多样性分析 DNA指纹图谱
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KASP标记在松散型花椰菜杂交种纯度鉴定中的应用 被引量：3
6
作者 林凡 沈钰森 +7 位作者 虞慧芳 盛小光 王建升 宋蒙飞 乔舒婷 杜斯凡 何勇 顾宏辉 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第1期55-60,共6页
我国不仅是花椰菜的主要生产国,也是花椰菜种子的重要生产大国,培育和生产的花椰菜种子不仅在国内大范围种植,而且大量出口到海外市场。为了确保品种的真实性和种子纯度,以松散型花椰菜杂交种浙农松花50天、浙农松花88天及其亲本为试材... 我国不仅是花椰菜的主要生产国,也是花椰菜种子的重要生产大国,培育和生产的花椰菜种子不仅在国内大范围种植,而且大量出口到海外市场。为了确保品种的真实性和种子纯度,以松散型花椰菜杂交种浙农松花50天、浙农松花88天及其亲本为试材,基于23份甘蓝变种材料的基因组重测序数据,选取双亲特异性的SNP位点设计KASP引物,通过基因分型方法对杂交种及其亲本进行鉴定。结果表明,开发的KASP标记和基因分型方法能够准确鉴别浙农松花50天和浙农松花88天杂交种的纯度,采用2个父本特异性引物和1个母本特异性引物进行鉴定,准确率为100%。 展开更多
关键词 松散型花椰菜 杂交种 kasp标记 纯度鉴定
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基于KASP技术的SNP标记用于3个松花菜新品种种子纯度检测
7
作者 刘莉莉 江汉民 +3 位作者 张伟 单晓政 文正华 张小丽 《天津农业科学》 2025年第6期1-6,共6页
为了应对种业市场激烈竞争,实现松散型花椰菜(松花菜)新品种准确高效的品种鉴定和纯度检测,保障花椰菜种业健康发展,采用基因分型技术检测单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),选用松散型花椰菜作为试验材料,运用竞... 为了应对种业市场激烈竞争,实现松散型花椰菜(松花菜)新品种准确高效的品种鉴定和纯度检测,保障花椰菜种业健康发展,采用基因分型技术检测单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),选用松散型花椰菜作为试验材料,运用竞争性等位基因特异性KASP PCR技术(Kompetitive Allele Specific PCR),开展高通量测序工作,通过生物信息学分析手段,成功筛选出能够用于松花菜品种鉴定的SNP位点。在此基础上,利用筛选出的SNP位点,配合KASP基因分型检测技术,对松花菜新品种津松75、津松90、津松105进行纯度检测。结果表明,该检测结果与田间种植纯度鉴定结果高度一致(r≈0.904)。综上,本研究建立的基于SNP标记的品种鉴定和纯度检测方法,能有效降低因假杂种导致的经济损失,减少潜在纠纷,极大地提升了鉴定效率与准确性,为品种保护提供有力证据,在松花菜杂交种鉴定及品种保护领域具备极高的应用价值。 展开更多
关键词 松花菜 kasp SNP 纯度检测
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基于KASP标记的芥菜种质资源分子身份证构建 被引量：1
8
作者 朱海峰 王天鹏 +6 位作者 全瀚仪 陈海旭 蔡旭 梁建丽 武剑 李梅兰 王晓武 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第3期34-45,共12页
利用由588份芥菜材料重测序分析获得9000个SNP的数据集,开发了覆盖芥菜全基因组的111个KASP标记。在对187份不同类型芥菜种质资源分子标记和表型分析的基础上,剔除了21份基因型重复,表型高度相似的材料。基于“用最少标记区分最多品种... 利用由588份芥菜材料重测序分析获得9000个SNP的数据集,开发了覆盖芥菜全基因组的111个KASP标记。在对187份不同类型芥菜种质资源分子标记和表型分析的基础上,剔除了21份基因型重复,表型高度相似的材料。基于“用最少标记区分最多品种”的原则,筛选出61个能够用于芥菜材料鉴定的KASP标记,利用这些标记的分型数据,构建了芥菜的基因型数字编码——指纹码;同时,对芥菜生产上重要的形态学性状(叶色、叶形、叶缘缺刻、包心情况、株高和膨大部位)进行调查,结合芥菜类型信息,构建了芥菜的表型数字编码——性状码。综合指纹码和性状码,构建166份芥菜材料的分子身份证二维码,为芥菜种质资源和品种的数字化管理奠定了重要基础。 展开更多
关键词 芥菜 种质资源 kasp标记 指纹图谱 分子身份证
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晋东南小麦品种(系)品质相关基因的KASP标记检测 被引量：1
9
作者 闫金龙 李翊娟 +3 位作者 邬志远 冯丽云 张东旭 张俊灵 《中国粮油学报》 北大核心 2025年第2期49-57,共9页
为揭示晋东南小麦品质的遗传学基础,采用与3个品质性状相关的共7个主效基因(Glu-A1、Glu-D1、Ppo-D1、Pod-A1、Zds-A1、Pina-D1、Pinb-D1)的KASP标记对85份小麦品种(系)进行分析。结果显示,高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)基因Glu-D1与Glu-A... 为揭示晋东南小麦品质的遗传学基础,采用与3个品质性状相关的共7个主效基因(Glu-A1、Glu-D1、Ppo-D1、Pod-A1、Zds-A1、Pina-D1、Pinb-D1)的KASP标记对85份小麦品种(系)进行分析。结果显示,高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)基因Glu-D1与Glu-A1的优异等位变异频率分别为1.2%与23.5%,只有17-9143的麦谷蛋白具有1/2*亚基与5+10亚基。在与籽粒硬度相关的Pina-D1位点,只有长6990、21-9195和21-5725携带优异等位基因Pina-D1b,占实验材料的3.5%;在Pinb-D1位点,优异等位基因Pinb-D1b占比43.5%;Pina-D1与Pinb-D1均含有优异等位变异的材料只有长6990。在色泽相关酶类方面,低活性多酚氧化酶(polyphenol oxidase,PPO)基因Ppo-D1a的频率为89.4%,高活性过氧化物酶(Peroxidase,POD)基因Pod-A1b的频率为40%,高活性ζ-胡萝卜素脱氢酶(zeta-carotenedesaturase,ZDS)基因Zds-A1b的频率为70.6%。20份小麦材料同时携带Ppo-D1a、Pod-A1b与Zds-A1b等位基因,占实验材料的23.5%;只携带2个优异等位基因(Ppo-D1a/Pod-A1b、Pod-A1b/Zds-A1b或Ppo-D1a/Zds-A1b)的材料共45份,占实验材料的52.9%。因此,晋东南小麦种质资源的高分子量谷蛋白亚基及籽粒硬度性状仍需进行遗传改良,而籽粒色泽性状却具有广泛的遗传多样性,可应用于育种实践。 展开更多
关键词 晋东南 小麦 品质 kasp
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西瓜KASP标记的开发及指纹图谱的构建
10
作者 张跃星 张瑞青 +7 位作者 肖玉珍 代雪 张勇 王中元 于蓉 侯尹婕 张显 魏春华 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第8期54-64,共11页
开发适用于西瓜种质基因分型的KASP(kompetitive allele specific PCR)标记,并构建种质指纹图谱,对促进西瓜种质资源的保护、品种鉴定和遗传改良具有重要的科学意义。根据西瓜重测序数据分析鉴定的高质量核苷酸多态性(single nucleotide... 开发适用于西瓜种质基因分型的KASP(kompetitive allele specific PCR)标记,并构建种质指纹图谱,对促进西瓜种质资源的保护、品种鉴定和遗传改良具有重要的科学意义。根据西瓜重测序数据分析鉴定的高质量核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,共设计50个KASP标记,并在43份西瓜材料中进行基因分型,进一步通过聚类分析和指纹图谱构建,评估其遗传多样性。结果表明:KASP标记设计的成功率为40.0%,但不同染色体上KASP标记成功率有所差异,其中1号和7号染色体的成功率最高,达到75.0%;挑选16个最优KASP标记,根据其在43份西瓜材料中的基因分型结果构建指纹图谱,将其转化为二维码,便于快速识别和查询西瓜材料遗传信息;对43份材料进行聚类分析,发现饲用西瓜大都形成了一个独立的分支,且遗传距离相近,而黏籽西瓜和栽培西瓜则在多个分支中分布,遗传距离相对较远,充分显示出它们之间遗传的多样性和复杂性。试验成功开发并应用西瓜KASP标记技术,为西瓜遗传研究与种质资源评价提供了新的工具和方法,也为西瓜的品种鉴定和种质资源管理提供了科学依据。 展开更多
关键词 西瓜 kasp 指纹图谱 分子标记
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适于甘蓝型油菜品种鉴定的核心KASP标记开发及其应用
11
作者 洪美艳 高界 +5 位作者 袁荣 任雪贞 景琦 罗莉霞 郭瑞星 曾新华 《中国油料作物学报》 北大核心 2025年第3期565-574,共10页
开发低成本、高效、准确鉴别甘蓝型油菜品种的KASP标记,可为我国油菜品种的研发、保护、生产和管理提供强有力的技术支持。本研究基于前人筛选的203个高多态性SNP位点,利用KASP技术对94份甘蓝型油菜自交系和181份2019-2020年度国家冬油... 开发低成本、高效、准确鉴别甘蓝型油菜品种的KASP标记,可为我国油菜品种的研发、保护、生产和管理提供强有力的技术支持。本研究基于前人筛选的203个高多态性SNP位点,利用KASP技术对94份甘蓝型油菜自交系和181份2019-2020年度国家冬油菜参试品种进行基因分型。结果获得了90个高质量的KASP标记,其位点的MAF、PIC、杂合度分别平均为0.20、0.24、0.26。聚类分析和群体结构分析可将181份参试品种分为2个大类群,细分为6个小类群,每个类群含有不同区组的品种。其中25个KASP标记可区分参试的174个非同名品种。本研究开发的一套包含90个位点的KASP标记组合,可用于甘蓝型油菜遗传多样性分析和品种鉴定。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 品种鉴定 kasp标记 指纹图谱 遗传多样性分析
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基于高通量芯片的小麦抗赤霉病基因高效KASP标记开发和育种应用
12
作者 邓清燕 罗江陶 +1 位作者 郑建敏 蒲宗君 《华北农学报》 北大核心 2025年第4期175-184,共10页
小麦赤霉病是严重威胁小麦安全生产的真菌性病害,利用分子标记辅助选择聚合抗病基因已成为当前抗赤霉病育种的快速有效策略。为建立小麦抗赤霉病基因的高通量筛选体系、创制抗赤霉病新种质并提升四川小麦赤霉病抗性,利用100K SNP芯片对1... 小麦赤霉病是严重威胁小麦安全生产的真菌性病害,利用分子标记辅助选择聚合抗病基因已成为当前抗赤霉病育种的快速有效策略。为建立小麦抗赤霉病基因的高通量筛选体系、创制抗赤霉病新种质并提升四川小麦赤霉病抗性,利用100K SNP芯片对14个四川小麦品种(系)和3个抗赤霉病种质进行全基因组基因型分析。基于已报道的主效抗赤霉病基因Fhb2、Fhb4、Fhb5的遗传连锁区间,筛选获得与目标基因连锁(Fhb2、Fhb4)或共分离(Fhb5)的SNP位点,并据此开发特异性KASP标记。结果显示,基于100K SNP芯片,17份小麦品种(系)按遗传相似性可以划分为两大类:含有北方小麦遗传背景的抗病种质NMAS070和NMAS069独立成簇,与四川小麦品种(系)间亲缘关系较远;其余15份品种(系)聚为一类并进一步分为2个亚类。功能基因检测揭示抗病亲本携带赤霉病抗性位点,而农艺亲本则富集产量与品质相关优异等位变异。通过SNP位点筛选,在Fhb2、Fhb4连锁区间及Fhb5共分离区间内共鉴定出8个关键SNP位点,据此成功开发4对Fhb2、2对Fhb4和2对Fhb5的特异性KASP标记。验证试验表明,所有KASP标记均能实现精准分型,并已有效应用于赤霉病抗病分子育种实践。开发的小麦抗赤霉病基因Fhb2、Fhb4、Fhb5高效KASP标记体系为小麦赤霉病抗性改良提供了重要技术支撑,对提升西南麦区小麦品种赤霉病抗性具有重要应用价值。 展开更多
关键词 小麦 小麦赤霉病 kasp标记 分子标记选择 抗赤霉病育种
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大豆荫蔽胁迫响应基因GmYUC2的克隆、自然变异分析及KASP分子标记开发 被引量：1
13
作者 陈东亮 谭玉荣 +4 位作者 张焦平 孙祖东 杨守臻 唐向民 曾维英 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1205-1215,共11页
YUC2是生长素生物合成中的限速酶之一,参与植物对荫蔽胁迫的响应。该研究以大豆极耐荫品种‘贡豆7号’为材料进行GmYUC2基因克隆,基于394份中国南方大豆自然变异群体的重测序数据及3个环境下的耐荫指数(STI)表型鉴定数据,对大豆荫蔽胁... YUC2是生长素生物合成中的限速酶之一,参与植物对荫蔽胁迫的响应。该研究以大豆极耐荫品种‘贡豆7号’为材料进行GmYUC2基因克隆,基于394份中国南方大豆自然变异群体的重测序数据及3个环境下的耐荫指数(STI)表型鉴定数据,对大豆荫蔽胁迫响应基因GmYUC2序列进行自然变异分析及开发KASP分子标记。结果表明:(1)从‘贡豆7号’中克隆到GmYUC2基因,其CDS序列长1148 bp,编码382个氨基酸,编码蛋白均含有FMO-like、Pyr-redox-2和Pyr-redox-3结构域。(2)GmYUC2基因存在4个SNP变异位点,其中3个SNP变异位于内含子中,1个SNP变异位于5_prime_UTR区,SNP2与SNP3之间连锁程度最高(r^(2)=0.9888),其次为SNP1与SNP4(r^(2)=0.921934),SNP1与SNP2之间连锁程度最低(r^(2)=0.475691)。(3)基于这4个SNP变异位点在394份群体中鉴定出4种单倍型,其中Hap1单倍型与参考基因组Wm82一致,Hap2、Hap3和Hap4均由Hap1经过一步突变而来,Hap2所对应种质的STI极显著小于Hap1,说明携有Hap2单位型大豆种质耐荫性比携有Hap1的强。(4)在荫蔽条件下,极耐荫种质和不耐荫种质中的GmYUC2基因表达量均上调,并且强耐荫种质中该基因的表达量显著高于极不耐荫种质。(5)利用GmYUC2基因的3个SNP变异位点开发的KASP分子标记对18份大豆材料进行验证,基因型和表型的鉴定结果具有88.89%的高度一致性。该研究成功克隆了GmYUC 2基因,并发现其在大豆响应荫蔽胁迫过程中具有重要作用,开发出的KASP分子标记可用于大豆资源苗期耐荫性鉴定。该研究为进一步深入解析大豆GmYUC2基因的主要功能和表达调控机制提供了参考,为高效准确地进行大豆耐荫性的分子标记辅助育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 大豆 GmYUC2 基因 耐荫性 自然变异 kasp分子标记
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美洲黑杨全基因组KASP标记开发及品种指纹图谱构建
14
作者 孙永莲 陆正佳 +1 位作者 严泓杰 戴晓港 《种子》 北大核心 2025年第8期47-53,共7页
杨树是重要的人工林树种,然而很难从形态上准确区分杨树品种。为准确鉴定美洲黑杨良种,以95个美洲黑杨自然群体重测序数据,开发了美洲黑杨全基因组的KASP引物。经比对分析,在美洲黑杨全基因组共获得1948815个SNPs,筛选出相邻SNP距离不小... 杨树是重要的人工林树种,然而很难从形态上准确区分杨树品种。为准确鉴定美洲黑杨良种,以95个美洲黑杨自然群体重测序数据,开发了美洲黑杨全基因组的KASP引物。经比对分析,在美洲黑杨全基因组共获得1948815个SNPs,筛选出相邻SNP距离不小于10 kb的位点48125个,并成功为其中的25478个位点设计了KASP引物。从每条染色体上随机选取10组KASP标记,比对到小叶杨参考基因组,获得44个在小叶杨中通用的KASP标记。利用10个美洲黑杨良种,对上述44组KASP标记进行筛选,最终筛选出18组分型清晰且多态性高的KASP标记,次等位基因频率平均为0.34、平均观测杂合度为0.45、平均多态信息含量为0.44,基因分型缺失样本数≤1。利用筛选的18组KASP标记对36份美洲黑杨进行基因型分型,成功构建了36个杨树的DNA指纹图谱。在34份美洲黑杨品种中,平均每两份种质有10.83个SNP位点差异,最终筛选出8个核心KASP标记,能准确区分34份美洲黑杨。 展开更多
关键词 美洲黑杨 kasp标记 指纹图谱 种质鉴定
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黄淮麦区部分强筋小麦品质相关基因的KASP检测
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作者 倪雪峰 谢红梅 +6 位作者 孟自力 朱倩 闫向泉 王祁 吕侠雷 刘金栋 朱伟 《种子》 北大核心 2025年第6期10-16,31,共8页
为了探究黄淮麦区现有部分强筋小麦品种品质相关功能基因的组成,采用KASP标记技术,对26个黄淮麦区具有代表性的强筋小麦品种的高分子量麦谷蛋白基因、籽粒硬度基因、1BL/1RS易位、黄色素含量基因、多酚氧化酶基因、过氧化物酶基因、脂... 为了探究黄淮麦区现有部分强筋小麦品种品质相关功能基因的组成,采用KASP标记技术,对26个黄淮麦区具有代表性的强筋小麦品种的高分子量麦谷蛋白基因、籽粒硬度基因、1BL/1RS易位、黄色素含量基因、多酚氧化酶基因、过氧化物酶基因、脂肪氧化酶基因等13个品质相关性状的功能基因进行分子检测。结果表明,在高分子量麦谷蛋白Glu-A1、Glu-B1和Glu-D1的检测中,3个基因优异等位变异的分布频率分别为88.5%、92.3%和57.7%;郑麦369等14个品种在3个位点均为优质亚基,占53.8%。对于籽粒硬度基因Pinb-D1和1BL/1RS易位,中麦578等21个品种不携带该易位基因且为Pinb-D1b硬质型,分布频率为80.8%。对于4个黄色素含量基因Psy-B1、Psy-D1、Zds-A1和Pds-B1,新麦26和周麦36同时携带4个低黄色素含量基因(Psy-B1/Psy-D1/Zds-A1/Pds-B1),占总数的7.7%。对于多酚氧化酶基因(Ppo-A1和Ppo-D1)和过氧化物酶基因Pod-A1,师栾02-1等11个品种同时聚合2个低多酚氧化酶基因和1个高过氧化物酶基因(Ppo-A1b/Ppo-D1a/Pod-A1b),占42.3%。所有供试材料均未检测出高脂肪氧化酶活性的优异等位基因Lox-B1a。 展开更多
关键词 黄淮麦区 强筋小麦 品质基因 kasp检测
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商麦品种(系)抗病抗逆基因KASP检测与分析
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作者 倪雪峰 朱倩 +4 位作者 孟自力 王祁 闫向泉 刘金栋 朱伟 《种子》 北大核心 2025年第4期171-176,共6页
利用KASP标记对4个商麦品种(系)的抗病(包括抗白粉病、抗赤霉病、抗锈病)和抗逆(包括抗旱、抗倒伏、抗穗发芽)等相关性状的功能基因组成进行分子检测。结果表明,4个商麦品种(系)都含有抗锈病基因Lr46、抗旱微效基因Hap-4A-C和抗穗发芽基... 利用KASP标记对4个商麦品种(系)的抗病(包括抗白粉病、抗赤霉病、抗锈病)和抗逆(包括抗旱、抗倒伏、抗穗发芽)等相关性状的功能基因组成进行分子检测。结果表明,4个商麦品种(系)都含有抗锈病基因Lr46、抗旱微效基因Hap-4A-C和抗穗发芽基因Vp1B1c;抗锈病基因Lr16、木质素含量高基因COMT-3Ba和抗穗发芽基因TaSdr-B1a在4个商麦品种(系)中的利用程度较高,抗旱主效基因DREB-B1a的利用程度较低;4个商麦品种(系)中均未检测出抗白粉病基因Pm21、抗赤霉病基因Fhb1、抗锈病基因Lr48、Lr37/Yr17/Sr38、Lr34和Lr68。SQ12036同时聚合7个抗病、抗逆基因,可作为小麦育种的优异亲本材料。 展开更多
关键词 小麦 抗病基因 抗逆基因 kasp检测
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小麦TaSOD-B1基因克隆及KASP标记开发与验证
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作者 侯培珂 程宇坤 +3 位作者 王继庆 孙玲 王建鹏 耿洪伟 《华北农学报》 北大核心 2025年第3期1-8,共8页
克隆小麦籽粒超氧化物歧化酶(SOD)基因,开发与SOD活性相关的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记,对选育高SOD活性小麦品种具有重要意义。根据基因ID,设计特异性引物克隆得到TaSOD-B1基因gDNA序列;在小麦基因组遗传变异及Ensembl Plants... 克隆小麦籽粒超氧化物歧化酶(SOD)基因,开发与SOD活性相关的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记,对选育高SOD活性小麦品种具有重要意义。根据基因ID,设计特异性引物克隆得到TaSOD-B1基因gDNA序列;在小麦基因组遗传变异及Ensembl Plants数据库比对得到单核苷酸多态性(SNP)位点,开发与小麦SOD活性密切相关的KASP标记,并通过287份来自国内外冬小麦品种(系)SOD活性与基因型间的相关性分析进行标记的实用性验证。利用6对特异性引物扩增中国春品种TaSOD-B1基因片段,拼接得到5B染色体上的TaSOD-B1基因,基因全长为6491 bp,包含1650 bp的开放阅读框(ORF),共编码549个氨基酸,预测分子质量为60.80 ku,由12个外显子及11个内含子构成,内含子符合典型的GT-AG结构。基于TaSOD-B1基因第1外显子的第44碱基处经测序验证确实存在的差异位点开发KASP标记,检测结果表明,等位变异类型为TaSOD-B1a的基因型为AA,与高SOD活性相关,用荧光基因FAM(显示为蓝色)标记;等位变异类型为TaSOD-B1b的基因型为GG,与低SOD活性相关,用荧光基因HEX标记(显示为红色)。对287份国内外冬小麦品种(系)进行检测发现,不同基因型的SOD活性差异达到显著水平。基于TaSOD-B1序列成功开发出1组与SOD活性相关,并可用于SOD活性遗传改良的KASP标记。 展开更多
关键词 普通小麦 超氧化物歧化酶 基因克隆 kasp标记
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基于KASP标记的285份辣椒种质资源多样性分析
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作者 宋拉拉 朱文超 +4 位作者 白立伟 苏丹 彭泽 廖芳芳 胡明文 《贵州农业科学》 2025年第8期19-30,共12页
【目的】探明辣椒种质资源遗传多样性,为筛选优良的辣椒核心种质资源和辣椒品种选育提供理论依据。【方法】以285份辣椒种质为材料,选用89对KASP-SNP分子标记,用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记对辣椒种质资源进行多态性分析。【结... 【目的】探明辣椒种质资源遗传多样性,为筛选优良的辣椒核心种质资源和辣椒品种选育提供理论依据。【方法】以285份辣椒种质为材料,选用89对KASP-SNP分子标记,用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记对辣椒种质资源进行多态性分析。【结果】用89对KASP-SNP分子标记筛选出64个多态性较高的单核苷酸多态性标记(SNP),共检测到128个等位基因,主要等位基因频率为0.5018~0.9701,平均值0.7296;多态性信息值(PIC)为0.0563~0.3749,平均值0.2815,表明285份辣椒种质具有中等遗传多样性。通过UPGMA聚类分析可将285份辣椒种质分为3个类群,各类群在果实形态、颜色和植株特性上差异明显,聚类结果与表型特征一致。群体结构分析表明,74.04%的材料遗传背景简单(Q≥0.60),适合稳定育种;25.96%的材料遗传背景复杂,具有较大潜力用于杂交育种,以扩展遗传基础。【结论】285份辣椒种质具有丰富的遗传多样性,采用KASP技术可有效鉴定辣椒种质资源在基因组水平的遗传关系和结构特征,有助于提高亲本选择利用率和育种进程。 展开更多
关键词 辣椒 kasp-SNP标记 种质资源 等位基因 遗传多样性 多态性
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国审小麦品种漯麦40重要功能基因的KASP标记检测与分析 被引量：1
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作者 曹燕燕 李天奇 +7 位作者 葛昌斌 黄杰 刘光 张璐 李雷雷 张振永 刘丽雅 廖平安 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第11期39-44,共6页
为深入了解漯麦40重要功能基因的组成,利用40个功能基因KASP标记对包括适应性、籽粒性状、品质和抗逆抗病性相关基因进行检测。结果表明,漯麦40含有2个矮秆基因型Rht-D1b+Rht8、1个光周期迟钝等位基因型Ppd-D1a;含有2个高粒重微效等位基... 为深入了解漯麦40重要功能基因的组成,利用40个功能基因KASP标记对包括适应性、籽粒性状、品质和抗逆抗病性相关基因进行检测。结果表明,漯麦40含有2个矮秆基因型Rht-D1b+Rht8、1个光周期迟钝等位基因型Ppd-D1a;含有2个高粒重微效等位基因TaGS5-Ala和Hap-7A-3,有效增加了漯麦40的粒重和粒数;在品质方面,含1个硬质基因Pinb-D1b,同时含有Ax1/Ax2*和5+10优质亚基,含高黄色素含量的基因Psy-D1g、Zds-A1a和TaPds-B1a,营养价值更加突出,含高活性脂肪氧化酶基因Lox-B1a,可以提高面粉及其制品的白度;聚合抗旱性和穗发芽抗性相关4个优异等位基因(TaDreb-B1a/Westonia type/Rio Blanco type/TaSdr-B1a)、1个抗条锈病基因Yr78。本研究明确了漯麦40重要功能的分子机制,为下一步挖掘基因指明了方向。 展开更多
关键词 小麦 漯麦40 适应性 籽粒性状 品质 抗逆抗病性 kasp标记
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鉴别番茄植株生长类型KASP分子标记的开发
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作者 康嘉宇 张艺琳 +3 位作者 鲁继永 赵敏汐 张海英 闫昆芳 《长江蔬菜》 2025年第12期28-33,共6页
番茄种植在我国蔬菜生产中占有重要地位,在幼苗期及时鉴别番茄植株生长类型,关系到能否高效实施田间管理,从而提高育种效率。在番茄6号染色体上有一SNP位点与分枝结构紧密关联,该位点位于番茄SP(SELF-PRUNING)基因内。基于该SNP位点设... 番茄种植在我国蔬菜生产中占有重要地位,在幼苗期及时鉴别番茄植株生长类型,关系到能否高效实施田间管理,从而提高育种效率。在番茄6号染色体上有一SNP位点与分枝结构紧密关联,该位点位于番茄SP(SELF-PRUNING)基因内。基于该SNP位点设计两对KASP分子标记,并利用一个番茄F2分离群体中的129份材料对这两对标记的分型效率进行检测。结果显示,SPK1这组标记可较高效和准确地鉴别出番茄植株的生长类型,该标记的KASP基因型分型结果与表型的一致性可达到88%。将该标记应用于生产或育种,可在幼苗期确定番茄植株生长类型,为后续种植提供可靠信息。 展开更多
关键词 番茄 有限生长 无限生长 SP基因 kasp标记
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