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植物IPP基因的生物信息学分析
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作者 喻心怡 冀慧玥 +2 位作者 路萍萍 周嘉裕 廖海 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期774-782,共9页
异戊烯基焦磷酸异构酶(IPP)催化异戊烯焦磷酸与二甲基丙烯基焦磷酸(DMAPP)的可逆异构化反应,对下游萜类产物的合成发挥重要作用。该研究利用生物信息学方法,从稻(Oryza sativa)与拟南芥(Arabidopsis thaliana)等单、双子叶植物基因组中... 异戊烯基焦磷酸异构酶(IPP)催化异戊烯焦磷酸与二甲基丙烯基焦磷酸(DMAPP)的可逆异构化反应,对下游萜类产物的合成发挥重要作用。该研究利用生物信息学方法,从稻(Oryza sativa)与拟南芥(Arabidopsis thaliana)等单、双子叶植物基因组中鉴定获得31条IPP基因。系统进化树将IPP分为3簇,其中单子叶植物单独形成一簇,同簇的IPP成员具有相似的结构域,可能执行相似的生物学功能;以稻与拟南芥IPP基因为代表,顺式调控元件分析显示它们含有干旱等响应元件;定量PCR结果显示,稻与拟南芥IPP转录水平的表达模式较为多样化。研究结果为系统认识IPP基因的生物学作用及可能的应用研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 异戊烯基焦磷酸异构酶 生物信息学 干旱胁迫 脱落酸 表达模式
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不同磷酸化合物扩增外周血γδ T细胞的效率及条件优化 被引量:13
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作者 习燕 苗天雨 +4 位作者 万浬科 王元虎 冯婷 巩天祥 李明远 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期868-871,共4页
目的研究异戊烯焦磷酸(IPP)与帕米磷酸钠(PAM)体外扩增成人外周血γδT细胞的效率及条件优化。方法梯度离心法分离人外周血单个核细胞(PBMC),分别加入(1.0、5.0、10.0、15.0)μg/mL IPP或(2.0、5.0、8.0、12.0)μg/mL PAM及(100.0、200.... 目的研究异戊烯焦磷酸(IPP)与帕米磷酸钠(PAM)体外扩增成人外周血γδT细胞的效率及条件优化。方法梯度离心法分离人外周血单个核细胞(PBMC),分别加入(1.0、5.0、10.0、15.0)μg/mL IPP或(2.0、5.0、8.0、12.0)μg/mL PAM及(100.0、200.0、500.0)IU/mL IL-2,置于100 mL/L小牛血清的RPMI1640培养体系培养,观察并收集细胞,采用流式细胞仪检测刺激后CD3+TCRδ2+的γδT细胞数量以及比例,并计算其扩增效率。结果经过14 d扩增培养后,IPP组的γδT细胞数量在淋巴细胞中比例可上升为81.3%,PAM组的γδT细胞数量在淋巴细胞中比例上升为78.5%,表明IPP和PAM均能有效刺激扩增γδT细胞,2组的扩增效率无统计学差异(P>0.05)。结论 PAM具有与IPP相似的体外扩增γδT细胞的能力,PAM扩增法可能成为扩增γδT细胞更为经济实用的选择。 展开更多
关键词 ΓΔT细胞 异戊烯焦磷酸 帕米磷酸钠 体外扩增
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唑来膦酸抗肿瘤作用的研究进展 被引量:10
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作者 刘俊彦 王哲海 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期874-876,共3页
唑来膦酸作为第三代双膦酸盐药物已广泛用于恶性实体瘤骨转移相关事件的防治。进一步研究发现,唑来膦酸可通过抑制甲羟戊酸途径中焦磷酸合酶的活性,使异戊烯焦磷酸大量蓄积,同时异戊烯焦磷酸与细胞内一磷酸腺苷结合形成三磷酸腺苷分解... 唑来膦酸作为第三代双膦酸盐药物已广泛用于恶性实体瘤骨转移相关事件的防治。进一步研究发现,唑来膦酸可通过抑制甲羟戊酸途径中焦磷酸合酶的活性,使异戊烯焦磷酸大量蓄积,同时异戊烯焦磷酸与细胞内一磷酸腺苷结合形成三磷酸腺苷分解类似物蓄积于细胞中,从而改变细胞周期蛋白和凋亡蛋白水平,抑制肿瘤细胞生长并促进其凋亡,具有一定的直接和/或间接抗肿瘤作用。有关肺癌、乳腺癌、前列腺癌及肝癌等前期临床试验提示唑来膦酸与细胞毒药物、内分泌药物及靶向药物联合具有一定程度的协同抗肿瘤作用,并且在抗肿瘤药物之后序贯应用效果更好。一些相关的临床试验正在进行中。 展开更多
关键词 唑来膦酸 抗肿瘤 联合治疗 异戊烯焦磷酸 骨转移
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异戊烯焦磷酸刺激γδT细胞增殖及体外抗HBV作用 被引量:6
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作者 桂万羊 马勇 +1 位作者 陈复兴 贺潇 《临床肝胆病杂志》 CAS 2008年第5期334-337,共4页
目的采用异戊烯焦磷酸(isopentenyl pyrophosphate,IPP)刺激人外周血单个核细胞(peripheral bloodmononuclear cells,PBMCs)中γδT细胞特异性增殖,观察其体外对HBV复制和表达的抑制作用。方法体外用IPP和rhIL-2刺激人PBMCs培养10天,流... 目的采用异戊烯焦磷酸(isopentenyl pyrophosphate,IPP)刺激人外周血单个核细胞(peripheral bloodmononuclear cells,PBMCs)中γδT细胞特异性增殖,观察其体外对HBV复制和表达的抑制作用。方法体外用IPP和rhIL-2刺激人PBMCs培养10天,流式细胞术检测培养前后γδT细胞含量;将γδT细胞与HepG2.2.15细胞按一定比例共孵育培养后,ELISA法测定上清中HBsAg,HBeAg的表达,荧光定量PCR检测HBVDNA的含量。结果采用IPP和rhIL-2刺激人PBMCs,可以使人外周血γδT细胞选择性激活和扩增,由4.34%±1.79%。增加至55.65%±6.88%。所扩增的γδT细胞,能够部分抑制HepG2.2.15细胞中HBVDNA复制和HBeAg的表达,对HB-sAg的表达没有明显抑制作用。结论采用IPP刺激PBMCs,能使γδT细胞选择性增殖,增殖的细胞能够降低HepG2.2.15细胞中HBV的复制和HBeAg表达,在乙型肝炎的过继性免疫治疗中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 异戊烯焦磷酸单酯 乙型肝炎 ΓΔT细胞 HEPG2.2.15细胞
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三七与其它植物FPS序列的比较分析 被引量:1
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作者 吴耀生 陈莉 +2 位作者 蓝秀万 朱华 赵瑞强 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1563-1570,共8页
三萜皂甙是中药三七(Panax notoginseng)的主要有效成分,为阐明三七三萜皂甙合成途径中法呢基焦磷酸合酶(FPS)的结构特征,采用RT-PCR及3-'RACE和5′-末端分析法,对三七FPS进行克隆,获得三七FPS cDNA全长,已提交GenBank,登录号为DQ05... 三萜皂甙是中药三七(Panax notoginseng)的主要有效成分,为阐明三七三萜皂甙合成途径中法呢基焦磷酸合酶(FPS)的结构特征,采用RT-PCR及3-'RACE和5′-末端分析法,对三七FPS进行克隆,获得三七FPS cDNA全长,已提交GenBank,登录号为DQ059550;结合生物信息数据库及相关分析软件,对三七根FPS进行性质预测,并与GenBank中记载的植物FPS进行比对分析,构建了植物FPS系统进化树,进行聚类关系分析,根据FPS聚类关系将这些植物异戊二烯类物质合成途径的产物分组.结果表明,植物FPS有2个保守核心区,分别为DDIMD和QVQDDYLD;比对分析及构建的系统进化树表明,三七与人参、积雪草的FPS序列一致性分别为99%、95%,其三萜物质结构也相似. 展开更多
关键词 法呢基焦磷酸合酶 三七 异戊二烯 三萜 系统进化树
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2-氯腺苷和异戊烯焦磷酸的细胞内抗氧化作用
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作者 郑杰 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第12期1627-1630,共4页
目的 :分析腺苷受体的兴奋剂 2 -氯腺苷 (2 -CA)和非肽类磷酸抗原异戊烯焦磷酸 (IPP)在信号传导水平上对细胞内活性氧类 (ROS)的调节作用。方法 :SV4 0转化的人着色性干皮病成纤维细胞经 2 -CA和IPP处理 30min后 ,用流式细胞仪和荧光计... 目的 :分析腺苷受体的兴奋剂 2 -氯腺苷 (2 -CA)和非肽类磷酸抗原异戊烯焦磷酸 (IPP)在信号传导水平上对细胞内活性氧类 (ROS)的调节作用。方法 :SV4 0转化的人着色性干皮病成纤维细胞经 2 -CA和IPP处理 30min后 ,用流式细胞仪和荧光计测定细胞内ROS水平。结果 :在适当的控制条件下 ,IPP可降低细胞内 2 0 % - 30 %左右的ROS ,2 -CA对细胞内ROS调节类似IPP。结论 :2 -CA和IPP具有抑制细胞内ROS形成的作用 。 展开更多
关键词 2-氯腺苷 异戊烯焦磷酸 活性氧 抗氧化剂
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滇龙胆异戊烯基焦磷酸异构酶基因的克隆与表达分析 被引量:5
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作者 张玲 李彩霞 +3 位作者 张海晨 马娜 杨娇 张晓东 《广东农业科学》 CAS 2015年第17期139-146,共8页
根据药用植物滇龙胆转录组异戊烯基焦磷酸异构酶基因(Gr IDI)序列,应用RT-PCR技术从滇龙胆幼叶克隆该基因开放阅读框(ORF),获得Gr IDI1和Gr IDI2两条序列,其Gen Bank登录号分别为KM879183和KM879184。生物信息学分析表明Gr IDI1基因ORF... 根据药用植物滇龙胆转录组异戊烯基焦磷酸异构酶基因(Gr IDI)序列,应用RT-PCR技术从滇龙胆幼叶克隆该基因开放阅读框(ORF),获得Gr IDI1和Gr IDI2两条序列,其Gen Bank登录号分别为KM879183和KM879184。生物信息学分析表明Gr IDI1基因ORF长708 bp,编码235氨基酸;Gr IDI1蛋白相对分子质量为27.10 ku,理论p I为5.01。该蛋白属于I型异戊烯基焦磷酸异构酶家族成员,可能定位于细胞质。该蛋白无信号肽,为亲水稳定蛋白,主要由α-螺旋(45.53%)和无规则卷曲(39.57%)构成。该蛋白具有其他IDI蛋白的活性位点、金属结合位点和保守结构域(NUDIX羟化酶结构域)。Gr IDI1蛋白与黄龙胆Gl IDI蛋白亲缘关系最近。原核表达结果表明,Gr IDI1基因在大肠杆菌中表达的重组蛋白相对分子质量约为53.11ku,与预期大小一致。组织特异性表达分析结果表明Gr IDI1基因主要在叶中表达。 展开更多
关键词 滇龙胆 异戊烯基焦磷酸异构酶 基因克隆 生物信息学分析 表达分析
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基于异戊烯基焦磷酸异构酶的改造及表达优化提高异戊二烯产量
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作者 孙瓅 刘春立 +3 位作者 刘秀霞 李业 杨艳坤 白仲虎 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第21期1-8,共8页
异戊二烯是最简单的萜烯类化合物,是橡胶、食品、医药和化妆品工业的重要原料。在微生物中构建甲羟戊酸(mevalonate,MVA)代谢途径是目前生产异戊二烯及其衍生萜烯的有效途径,但关键酶的活性和表达水平会限制异戊二烯的合成。针对关键酶... 异戊二烯是最简单的萜烯类化合物,是橡胶、食品、医药和化妆品工业的重要原料。在微生物中构建甲羟戊酸(mevalonate,MVA)代谢途径是目前生产异戊二烯及其衍生萜烯的有效途径,但关键酶的活性和表达水平会限制异戊二烯的合成。针对关键酶-异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)的活性低等问题,该研究从酶工程、启动子工程和核糖体结合位点(ribosome binding site,RBS)工程3个方面对IDI的表达进行了优化。首先在大肠杆菌中建立了异戊二烯生产体系,挑选肺炎链球菌来源的IDI进行蛋白质建模和结构分析,计算得到了活性热点Met146并对其进行点突变。经过改造得到1株突变体Met146His,其将异戊二烯的产量提升至820.46 mg/L。接着针对该突变株进行启动子优化和RBS优化,最终得到的优化菌株将异戊二烯的产量提升至862.79 mg/L,是出发菌株的2.58倍。结果证明,对于IDI进行酶分子改造和表达优化以提高酶活性并调控表达水平,是提高异戊二烯产量的有效策略。IDI的优化也可以应用于异戊二烯的下游产物,如倍半萜和二萜等的生物合成。 展开更多
关键词 异戊烯基焦磷酸异构酶 理性设计 启动子优化 核糖体结合位点优化 异戊二烯
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镁、锰对烤烟质体途径中间产物及腺毛密度与石油醚浸提物含量的影响
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作者 刘京 廖恒 +3 位作者 孟源 陆引罡 张之矾 韩小斌 《湖南农业科学》 2018年第11期29-32,共4页
烤烟IPP质体途径中间产物直接影响烤烟萜类前体物的生成。通过不同化学调控措施(施用Mn2+、Mg2+作为基肥)研究烤烟(云烟87)关键中间产物1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸、异戊烯焦磷酸(IPP)的变化,及其对烤烟腺毛密度与石油醚浸提物含量的影响... 烤烟IPP质体途径中间产物直接影响烤烟萜类前体物的生成。通过不同化学调控措施(施用Mn2+、Mg2+作为基肥)研究烤烟(云烟87)关键中间产物1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸、异戊烯焦磷酸(IPP)的变化,及其对烤烟腺毛密度与石油醚浸提物含量的影响。结果表明:施用Mn2+、Mg2+可显著提高IPP质体途径中间产物的相对含量、腺毛密度及石油醚浸提物含量,施Mn2+更有利于烤烟IPP质体途径关键中间产物生成和腺毛生长,可促进烤烟油分及香气物质生成,提高烟叶品质。 展开更多
关键词 异戊烯焦磷酸 质体途径
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