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鸡Visfatin基因9 bp indel杂合突变异源双链DNA的鉴定 被引量:1
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作者 韩瑞丽 康相涛 +3 位作者 魏杨 李国喜 蓝贤勇 陈宏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期756-761,共6页
内脂素(Visfatin)是脂肪细胞因子家族的新成员,主要由内脏脂肪组织产生.研究表明内脂素具有类胰岛素样作用.在检测固始鸡-安卡鸡资源群体3代(亲本,F1,F2)964只鸡Visfatin基因9bp插入/缺失(9 bp 'TAACCTGTG' insertion-deletion... 内脂素(Visfatin)是脂肪细胞因子家族的新成员,主要由内脏脂肪组织产生.研究表明内脂素具有类胰岛素样作用.在检测固始鸡-安卡鸡资源群体3代(亲本,F1,F2)964只鸡Visfatin基因9bp插入/缺失(9 bp 'TAACCTGTG' insertion-deletion)多态的过程中,发现其杂合子的变性和非变性聚丙烯酰胺胶上除2条同源双链DNA(282bp和273bp)外有2条未知条带(命名为A和B).A,B条带经回收、二次PCR、再次聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA测序表明:Visfatin基因第10内含子中9bp insertion-deletion突变杂合子的PCR产物中,本身包含2种同源双链DNA片段和2种异源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理,其PCR产物可以直接进行突变检测,在229个杂合突变中异源双链DNA的检出率为100%.因此,通过异源双链DNA这一标示物作为基因分型时的依照或者参考,建立适当的异源双链DNA分析法可进行基因中几个核苷酸插入/缺失多态的检测. 展开更多
关键词 Visfatin基因 9bp插入/缺失 杂合子突变 异源双链DNA
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利用比较基因组学开发山羊草属InDel分子标记 被引量:14
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作者 吴磊 王丹 +2 位作者 苏文悦 郭长虹 束永俊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1334-1338,共5页
为开发和利用小麦野生近缘种的优异基因,采用比较基因组学方法,通过拟斯卑尔脱山羊草EST(expressed sequencetag)与小麦UniGene序列的比对分析,发现山羊草插入/缺失(InDel)位点137个,在这些位点两端序列设计引物24对,通过在15个小麦野... 为开发和利用小麦野生近缘种的优异基因,采用比较基因组学方法,通过拟斯卑尔脱山羊草EST(expressed sequencetag)与小麦UniGene序列的比对分析,发现山羊草插入/缺失(InDel)位点137个,在这些位点两端序列设计引物24对,通过在15个小麦野生近缘属种基因组DNA的扩增分析,发现11对引物具多态性,可以作为InDel标记。这些包含突变位点的基因涉及亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等过程。 展开更多
关键词 比较基因组学 插入/缺失突变 小麦 拟斯卑尔脱山羊草 功能分子标记
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大白菜光周期调控因子CCA1的差异分析及功能标记开发 被引量:3
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作者 张志刚 刘栓桃 +7 位作者 李巧云 王晓 王立华 赵智中 王淑芬 徐文玲 刘贤娴 刘辰 《山东农业科学》 2016年第6期1-6,181,共6页
本研究利用春季和秋季条件下光周期的变化趋势,对两个大白菜自交系06-247与He102的光周期敏感性进行了鉴定,结果是06-247对长日照敏感,而He102对长日照不敏感。采用同源克隆技术,比较分析两材料光周期响应关键调控因子CCA1的全长c DNA序... 本研究利用春季和秋季条件下光周期的变化趋势,对两个大白菜自交系06-247与He102的光周期敏感性进行了鉴定,结果是06-247对长日照敏感,而He102对长日照不敏感。采用同源克隆技术,比较分析两材料光周期响应关键调控因子CCA1的全长c DNA序列,发现二者编码区存在两处6 bp插入/缺失和14处非同义SNPs差异;二者编码产物分别包含552、556个氨基酸残基;其非同义SNPs造成不同氨基酸的替换;二者间氨基酸序列差异主要位于CCA1蛋白中间区域的蛋白-蛋白相互作用结构域和C端的磷酸化修饰结构域。本研究开发出区分两处6 bp插入/缺失的共显性分子标记。该结果为深入研究CCA1在大白菜光周期响应调节过程中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 大白菜 依赖/不依赖长日照开花型 BraCCA1 插入/缺失突变 功能标记
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抗体基因点突变、插入和缺失体外检测方法的建立及应用
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作者 罗思敏 叶菱秀 郝茜 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期518-527,共10页
目的·建立由激活诱导胞苷脱氨酶(activation-induced cytidine deaminase,AID)引起的体细胞高频突变过程中,快速检测抗体基因可变(variable,V)、多样(diversity,D)、连接(joining,J)区发生突变(包括点突变、插入和缺失事件)的体外... 目的·建立由激活诱导胞苷脱氨酶(activation-induced cytidine deaminase,AID)引起的体细胞高频突变过程中,快速检测抗体基因可变(variable,V)、多样(diversity,D)、连接(joining,J)区发生突变(包括点突变、插入和缺失事件)的体外方法。应用该方法检测经2种DNA聚合酶β(polymeraseβ,Polβ)抑制剂处理的细胞中抗体基因VDJ片段的突变情况。方法·用慢病毒感染法处理CH12F3细胞(即处理组),感染前的CH12F3细胞为对照组。采用蛋白质印迹法(Western blotting)检测2组细胞中AID的表达水平。构建高通量测序文库,应用生物信息学的方法分析处理组和对照组细胞中抗体基因VDJ片段的点突变、插入及缺失频率。采用不同浓度的Polβ抑制剂[扎西他滨(2’,3’-dideoxycytidine,DDC)、5-甲氧基黄铜(5-methoxyflavone,5-MF)]处理CH12F3细胞,并采用台盼蓝拒染法测定该2种抑制剂对细胞增殖的影响。分别以筛选得到的DDC浓度、5-MF浓度处理CH12F3细胞(即实验组),以0.9%NaCl处理的细胞及DMSO处理的细胞依次记为上述实验组的对照组,使用上述已建立的方法进行处理,最终行高通量测序,分析该2种抑制剂对抗体基因VDJ片段中点突变、插入及缺失频率的影响。结果·Western blotting结果显示,和CH12F3细胞对照组相比,CH12F3细胞处理组中AID表达较高;且高通量测序结果显示,该组在抗体基因VDJ片段上存在大量的点突变,且插入和缺失的频率均较高(均P=0.000)。台盼蓝拒染法检测显示,处理CH12F3细胞最适宜的DDC浓度为100μmol/L、5-MF浓度为25μmol/L。最终的高通量测序结果显示,和0.9%NaCl对照组相比,经100μmol/L DDC处理的细胞在抗体基因VDJ片段的点突变频率较低(P=0.000),长度为1 bp的缺失频率亦较低(P=0.009);和DMSO对照组相比,经25μmol/L 5-MF处理的细胞在抗体基因VDJ片段的点突变频率较低(P=0.000),长度大于1 bp的插入和缺失频率亦有所下降(均P=0.000)。结论·该研究建立的体外检测方法可用于分析AID引起的抗体基因VDJ片段的突变事件。Polβ抑制剂DDC和5-MF对由AID引起的抗体基因VDJ片段的突变事件具有抑制作用。 展开更多
关键词 激活诱导胞苷脱氨酶 点突变 插入 缺失
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