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基于分子对接技术及CoMSIA/HQSAR辅助的二羟基多氯联苯衍生物分子修饰
被引量：
5
1
作者
辛美玲
褚振华
李鱼
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期299-309,共11页
利用类二噁英类多氯联苯(PCBs)大气氧化降解产物二羟基多氯联苯与2,3-二羟基联苯双加氧酶(Bphc,PDB ID:1KW6)进行分子对接,构建以分子结构参数为自变量,对接打分函数(K_d,代表对接活性)为因变量的分子相似性指数分析(Co MSIA)与分子全...
利用类二噁英类多氯联苯(PCBs)大气氧化降解产物二羟基多氯联苯与2,3-二羟基联苯双加氧酶(Bphc,PDB ID:1KW6)进行分子对接,构建以分子结构参数为自变量,对接打分函数(K_d,代表对接活性)为因变量的分子相似性指数分析(Co MSIA)与分子全息定量结构-活性相关关系(HQSAR)模型,并对二羟基多氯联苯进行分子修饰,研究结果表明,Bphc酶对二羟基多氯联苯均有不同程度的降解能力,影响Bphc酶对接活性的氨基酸残基为His145,Val147,Ile174,His194,His208,His209,His240,Asn242,Tyr249及Thr280,且二羟基多氯联苯与氨基酸残基对接形成的氢键越多对接活性越高.建立了CoMSIA和HQSAR模型耦合的二羟基多氯联苯分子取代活性精确定位方法,以打分函数较低的二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60为目标分子,设计出8种打分函数显著提升的新型分子,其对接活性提高65%~185%,分子毒性(IC_(50))下降10%~83%,生物富集性(BCF)下降4%~27%,迁移性(K_(OA))与半衰期(t_(1/2))增降幅基本不变.所设计新型分子反应路径的推断可以验证二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60在环境中与活性自由基或与活性分子反应生成所设计的新型5,6-2OH-CB60分子,即类二噁英类PCBs可通过大气氧化降解最终生成酶降解性显著提高的新型二羟基多氯联苯,达到进一步控制类二噁英类PCBs环境行为的目的.
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关键词
类二噁英类多氯联苯
二羟基多氯联苯
Bphc酶
分子对接
分子相似性指数分数
分子全息定量结构-活性相关关系
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职称材料
植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
2
作者
郭锐
焦龙
+3 位作者
胡祖彪
王清臣
钟汉斌
景明利
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期380-386,共7页
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系...
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当碎片大小(fragment size)、碎片特征(fragment distinction)和全息长度(hologram length)模型参数分别设置为“1~4”、“C,Ch”和199时,可以建立最优HQSAR模型。利用外部测试集验证和留一交叉验证对模型进行检验,经外部测试集验证的预测均方根误差(RMSEP)、预测决定系数(Q_(F3)^(2))、一致性相关系数(CCC)和平均相对误差(MRE)分别为40.45、0.984、0.968和2.20%;经留一交叉验证的交叉验证均方根误差(RMSECV)和MRE分别为72.56和4.17%。此外,HQSAR模型的分子贡献图表明,芳香族化合物的烷基链在连接了羟基基团后,其RI值会增大;脂肪族化合物中存在的长链烷基也会导致RI值增大。研究结果表明,所建立的HQSAR模型能够用于预测植物精油成分的RI值,并为其他精油成分RI值的预测提供可靠依据。
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关键词
全息定量构效关系
气相色谱保留指数
植物精油
分子贡献图
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职称材料
有机氟化合物急性毒性全息定量构效关系
被引量：
1
3
作者
李媛媚
周彦伊
+1 位作者
王志
开振鹏
《上海应用技术学院学报（自然科学版）》
2015年第3期212-220,241,共10页
运用分子全息定量构效关系（HQsAR）方法研究有机氟化合物对大鼠和小鼠的急性毒性．选择对小鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、化学键类型、氢原子、氢键给体和受体时，得到最佳模型（r^2=0．978，q^2=0．82...
运用分子全息定量构效关系（HQsAR）方法研究有机氟化合物对大鼠和小鼠的急性毒性．选择对小鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、化学键类型、氢原子、氢键给体和受体时，得到最佳模型（r^2=0．978，q^2=0．821）．选择对大鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、连接性、氢原子和手性时，得到最佳模型（r^2=0．908，q^2=0．605）．研究结果表明，所建模型具有良好的拟合效果和较高的预测能力．
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关键词
有机氟化合物
全息定量构效关系
毒性预测
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职称材料
题名
基于分子对接技术及CoMSIA/HQSAR辅助的二羟基多氯联苯衍生物分子修饰
被引量：
5
1
作者
辛美玲
褚振华
李鱼
机构
华北电力大学环境科学与工程学院
华北电力大学资源环境系统优化教育部重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期299-309,共11页
基金
国家"十一五"科技支撑项目(批准号:2008BAC43B01)
中央高校基金项目(批准号:JB2013146)资助~~
文摘
利用类二噁英类多氯联苯(PCBs)大气氧化降解产物二羟基多氯联苯与2,3-二羟基联苯双加氧酶(Bphc,PDB ID:1KW6)进行分子对接,构建以分子结构参数为自变量,对接打分函数(K_d,代表对接活性)为因变量的分子相似性指数分析(Co MSIA)与分子全息定量结构-活性相关关系(HQSAR)模型,并对二羟基多氯联苯进行分子修饰,研究结果表明,Bphc酶对二羟基多氯联苯均有不同程度的降解能力,影响Bphc酶对接活性的氨基酸残基为His145,Val147,Ile174,His194,His208,His209,His240,Asn242,Tyr249及Thr280,且二羟基多氯联苯与氨基酸残基对接形成的氢键越多对接活性越高.建立了CoMSIA和HQSAR模型耦合的二羟基多氯联苯分子取代活性精确定位方法,以打分函数较低的二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60为目标分子,设计出8种打分函数显著提升的新型分子,其对接活性提高65%~185%,分子毒性(IC_(50))下降10%~83%,生物富集性(BCF)下降4%~27%,迁移性(K_(OA))与半衰期(t_(1/2))增降幅基本不变.所设计新型分子反应路径的推断可以验证二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60在环境中与活性自由基或与活性分子反应生成所设计的新型5,6-2OH-CB60分子,即类二噁英类PCBs可通过大气氧化降解最终生成酶降解性显著提高的新型二羟基多氯联苯,达到进一步控制类二噁英类PCBs环境行为的目的.
关键词
类二噁英类多氯联苯
二羟基多氯联苯
Bphc酶
分子对接
分子相似性指数分数
分子全息定量结构-活性相关关系
Keywords
Dioxin-like polychlorinated biphenyl （PCB）
Dihydroxy polychlorinated biphenyl
Bphc
Molecular docking
Comparative molecular similarity indices analysis （CoMSIA）
hologram quantitativestructureactivity relationship （hqsar）
分类号
O641 [理学—物理化学]
O631 [理学—高分子化学]
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职称材料
题名
植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
2
作者
郭锐
焦龙
胡祖彪
王清臣
钟汉斌
景明利
机构
西安石油大学化学化工学院
中国石油川庆钻探工程有限公司长庆钻井总公司
西安石油大学电子工程学院
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期380-386,共7页
基金
国家自然科学基金项目(21807068,21775118,22177066)
陕西省自然科学基金项目(2020KJXX-030,2021KJXX-51)
+4 种基金
陕西省教育厅青年创新团队建设科研计划项目(21JP097)
陕西省教育厅科研计划资助项目(2023-JC-QN-0169)
陕西省自然科学基础研究计划资助项目(22JP064)
全国大学生创新创业培训计划项目(S202010705040)
西安石油大学研究生创新与实践能力培养项目(YCS23111002,YCS23113052,YCS23113053).
文摘
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当碎片大小(fragment size)、碎片特征(fragment distinction)和全息长度(hologram length)模型参数分别设置为“1~4”、“C,Ch”和199时,可以建立最优HQSAR模型。利用外部测试集验证和留一交叉验证对模型进行检验,经外部测试集验证的预测均方根误差(RMSEP)、预测决定系数(Q_(F3)^(2))、一致性相关系数(CCC)和平均相对误差(MRE)分别为40.45、0.984、0.968和2.20%;经留一交叉验证的交叉验证均方根误差(RMSECV)和MRE分别为72.56和4.17%。此外,HQSAR模型的分子贡献图表明,芳香族化合物的烷基链在连接了羟基基团后,其RI值会增大;脂肪族化合物中存在的长链烷基也会导致RI值增大。研究结果表明,所建立的HQSAR模型能够用于预测植物精油成分的RI值,并为其他精油成分RI值的预测提供可靠依据。
关键词
全息定量构效关系
气相色谱保留指数
植物精油
分子贡献图
Keywords
hologram
quantitative structure-activity
relationship
(
hqsar
)
gas chromatographic retention index
plant essential oil
molecular contribution map
分类号
O658 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
有机氟化合物急性毒性全息定量构效关系
被引量：
1
3
作者
李媛媚
周彦伊
王志
开振鹏
机构
上海应用技术学院化学与环境工程学院
出处
《上海应用技术学院学报（自然科学版）》
2015年第3期212-220,241,共10页
基金
国家自然科学基金青年基金资助项目(21402122)
上海应用技术学院引进人才基金资助项目(YJ2013-52)
文摘
运用分子全息定量构效关系（HQsAR）方法研究有机氟化合物对大鼠和小鼠的急性毒性．选择对小鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、化学键类型、氢原子、氢键给体和受体时，得到最佳模型（r^2=0．978，q^2=0．821）．选择对大鼠毒性为研究对象，碎片长度为4～7，碎片区分参数为原子类型、连接性、氢原子和手性时，得到最佳模型（r^2=0．908，q^2=0．605）．研究结果表明，所建模型具有良好的拟合效果和较高的预测能力．
关键词
有机氟化合物
全息定量构效关系
毒性预测
Keywords
organic fluorine compounds
hologram
quantitative structure activity
relationship
（hqsar
） ~toxicity prediction
分类号
TQ460.1 [化学工程—制药化工]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于分子对接技术及CoMSIA/HQSAR辅助的二羟基多氯联苯衍生物分子修饰
辛美玲
褚振华
李鱼
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
在线阅读
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职称材料
2
植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
郭锐
焦龙
胡祖彪
王清臣
钟汉斌
景明利
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
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职称材料
3
有机氟化合物急性毒性全息定量构效关系
李媛媚
周彦伊
王志
开振鹏
《上海应用技术学院学报（自然科学版）》
2015
1
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职称材料
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