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HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究 被引量：8
1
作者 齐珺 王天菊 +3 位作者 陈利萍 王满妮 武君华 杜丹 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-41,共10页
目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,... 目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,DRB1高分辨分型,运用Arleguin 3.5.2软件计算基因频率及单体型频率,病例对照研究计算疾病比值比(ocld ratio,OR);用Swiss-Model对差异HLA分子进行同源建模,Swiss-Pdb Viewer v4.1软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:经χ~2检验、连续校正显示,AML组(n=189)的A*02:07(8.47%vs 5.28%,P=0.013)、A*29:01(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*07:02(5.29%vs 3.10%,P=0.029)、B*07:05:01G(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*35:02(1.06%vs 0.20%,P=0.023)的基因频率高于对照组,而AML组的A*02:03频率则低于对照组(0.79%vs 3.10%,P=0.011)。CML组(n=70)的B*46:01频率低于对照组(2.86%vs 7.82%,P=0.031),但上述等位基因经Bonferroni校正后,均显示无统计学差异。经Fisher精确概率检验和Bonferroni校正,DRB1*11:28及其单体型A*24:02-B*15:01-DRB1*11:28频率在陕西籍CML患者中显著升高(1.43%vs 0.00%,Pc'=0.015;1.43%vs 0.00%,P=0.003)。Swiss-Pdb Viewer v 4.1软件计算DRB1*11:28和DRB1*11:01分子肽结合区主链间均方根偏差(RMSD)为0.09 nm。经Bonferroni校正单体型A*03:01-B*50:01-DRB1*07:01和A*11:01-B*40:06-DRB1*09:01分别在AML和CML患者中频率显著升高(1.06%vs 0.00%,Pc=0.000;2.86%vs 0.07%,Pc=0.000),与白血病呈正相关(OR=59.66,95%CI=3.21-1110.39;OR=42.91,95%CI=7.07-260.32)。结论:北方汉族AML和CML患者携带有特定的易感单体型,DRB1*11:28与CML发病呈正相关,可能不能有效结合并提呈bcr-abl肽段给CD4^+T细胞,是北方汉族尤其陕西籍发生CML的易感基因(OR=89.62,95%CI=4.28-1875.87),并与其特定单体型关联。 展开更多
关键词 髓系白血病 人类白细胞抗原 北方汉族 单体型 基因频率 比值比 hla分子三维结构模拟
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中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15组基因多态性的PCR-SBT分型研究 被引量：7
2
作者 齐珺 刘孟黎 +2 位作者 张艳 刘晟 沈春梅 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2008年第2期429-434,共6页
为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例... 为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例HLA-B*15阳性样本和另外附加17例样本进行HLA-B位点DNA测序分析,并应用同源模建分子模拟技术对所有结果模拟出三维结构,用计算机软件Swiss-PdbViewer比较模拟结构间的差异大小。结果表明:随机抽取的815例样本HLA-A、B、DRB1基因分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,HLA-B*15基因频率为0.1379,总共检出16种HLA-B*15等位基因,分属7种血清学特异性,以B*1501、B*1511、B*1502和B*1518为主,频率分别为0.0485、0.0215、0.0178和0.0160,累计频率构成比占全部B*15的75.11%,其余12种B*15等位基因频率均<0.0100。19例HLA-B*15,-测序分析表明,其中10例中低分辨水平上的纯合子中仅4例为真正意义上的B*15xx,-纯合子,且均由各自优势基因构成。三维结构模拟分析发现同一血清型中既存在结构差异微小的等位基因,如B*1501、1505、1507、1525、1527、1532(RMSD≤0.02nm),也存在差异较大的等位基因,如B*1502、1511、1521之间以及B*1503、1546之间(RMSD均为0.29nm),而一些分属不同血清型的等位基因之间结构却近似(RMSD值≤0.02nm)。结论:本研究应用PCR-SBT,首次取得了中国北方汉族样本量最大的高分辨水平HLA-B*15基因多态性分布特征,这将有助于临床患者寻找合适供者,并为移植免疫及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据,且对于临床选择最适供者,像HLA-B*15这样血清学特异性及基因亚型高度多态性的家族进行准确的高分辨分型是必要的。 展开更多
关键词 hla—B＊15基因 中国北方汉族 骨髓供者 PCR—SBT 基因频率 基因多态性 hla分子三维结构模拟
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从HLA对象到关系数据——HLA仿真中的通用数据库交互 被引量：5
3
作者 张新宇 韩超 +1 位作者 邱晓刚 黄柯棣 《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第12期2740-2745,共6页
针对传统HLA仿真数据库在设计、实现和应用方面通用性的不足,基于关系数据库,提出了一种适于HLA仿真应用的通用数据库交互方法,研究了HLA对象模型与关系数据模型之间的一一映射和相互转换问题,设计并实现了通用HLA仿真数据库的结构模型... 针对传统HLA仿真数据库在设计、实现和应用方面通用性的不足,基于关系数据库,提出了一种适于HLA仿真应用的通用数据库交互方法,研究了HLA对象模型与关系数据模型之间的一一映射和相互转换问题,设计并实现了通用HLA仿真数据库的结构模型及其数据访问模式。该方法能够适用于多种平台、程序设计语言和数据库管理系统,实现了通用性。最后介绍了该通用数据库交互方法的应用情况。 展开更多
关键词 hla 对象模型 关系数据模型 仿真数据库 通用数据库结构模型 数据访问模式
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HLA-RTI的可配置半集中式结构模型研究 被引量：1
4
作者 桑景瑞 柏彦奇 +1 位作者 陈致明 于洪敏 《系统仿真学报》 CAS CSCD 2004年第12期2721-2724,共4页
结构模型的研究是RTI设计与实现的重点,对RTI的运行效率起到了至关重要的作用。本文对RTI的逻辑结构与体系结构进行了较为详细的分析,并在此基础上提出了HLA\RTI的可配置半集中式结构模型,分析了该结构模型的特点和优势,研究了可配置半... 结构模型的研究是RTI设计与实现的重点,对RTI的运行效率起到了至关重要的作用。本文对RTI的逻辑结构与体系结构进行了较为详细的分析,并在此基础上提出了HLA\RTI的可配置半集中式结构模型,分析了该结构模型的特点和优势,研究了可配置半集中式RTI在设计和实现中需要特别考虑的问题,为RTI的易控性、可扩缩性和健壮性设计奠定基础。 展开更多
关键词 运行支撑框架 高层体系结构 先进分布式仿真 结构模型
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造血干细胞移植中供受体配型选择新标准──HLA分子模拟三维结构匹配 被引量：3
5
作者 韩红星 孔繁华 +4 位作者 奚永志 金荔 刘楠 屠敏 郭斯启 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2001年第4期354-355,共2页
为了确定人类白细胞抗原 (HLA)三维结构配型的标准 ,总结出主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因 ,我们采用分子模拟技术模拟了HLA分子的三维结构 ,用计算机软件比较模拟结构间的差异大小。结果表明 ,HLA分子模拟结构间的差异不同 ,... 为了确定人类白细胞抗原 (HLA)三维结构配型的标准 ,总结出主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因 ,我们采用分子模拟技术模拟了HLA分子的三维结构 ,用计算机软件比较模拟结构间的差异大小。结果表明 ,HLA分子模拟结构间的差异不同 ,在大量统计分析基础上可以认为 ,HLA A和 B分子整体相对均方差 (relativemeansquaredeviation ,RMSD ,单位nm)大于 0 .0 4nm为差异显著 ,小于 0 .0 2nm为差异不显著 ;DRB1位点间RMSD大于 0 .0 2nm为差异显著 ,小于 0 .0 1nm为差异不显著 ,据此进一步总结了主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因情况。本研究提示 ,HLA三维结构配型是移植配型领域的新观点 ,值得进一步深入研究。 展开更多
关键词 造血干细胞移植 供-受体选择 人类白细胞抗原 hla分子模拟 三维结构
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HLA-DQB1*02:106鉴定和相关单体型分析及蛋白三级结构分析 被引量：1
6
作者 王天菊 齐珺 +2 位作者 李恒新 王满妮 王小芳 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第19期2385-2390,2395,共7页
目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探... 目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)对1例急性髓细胞白血病患者进行异基因造血干细胞移植前HLA-A/B/C/DQB1/DRB1高分辨确认分型时发现DQB1位点存在模棱两可,应用下一代测序技术(NGS)确定HLA-DQB1分型;分析其与同源性最高的HLA-DQB1等位基因氨基酸差异和位置,用Swiss-Model分析差异氨基酸位置,Phyre2软件进行同源建模后FATCAT在线软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:该个体HLA-DQB1位点的结果为HLA-DQB1*02:106;与同源性最高的HLADQB1*02:01:01:01相比,在第3外显子619位置G突变为A,并导致相应的175位密码子由GTG变为ATG,编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸。该突变位置为β2链β片层,DQB1*02:106和DQB1*02:01分子β1和β2链均方根偏差(RMSD)为1.65。经家系分析,DQB1*02:106相关的单体型为A*31:01-B*15:18-C*04:01-DRB1*03:01-DQB1*02:106。结论:确认并分析了1个能够稳定遗传的HLA-DQB1罕见等位基因及家系单体型,经同源建模显示罕见等位基因HLA-DQB1*02:106与常见基因型存在氨基酸三维结构差异,提示移植医生应予以关注。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 单体型 hla分子三维结构模拟分析
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HLA新等位基因B＊ 13：92的确认及蛋白质三级结构的初步分析 被引量：1
7
作者 裴永峰 黄惠妮 +1 位作者 李恒聪 吴国光 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1558-1562,共5页
目的：人类白细胞抗原（HLA）新等位基因B＊13：92的确认及蛋白质空间结构的分析。方法：应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术（polymerase chain reaction sequencing based typing,PCR-SBT）进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结... 目的：人类白细胞抗原（HLA）新等位基因B＊13：92的确认及蛋白质空间结构的分析。方法：应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术（polymerase chain reaction sequencing based typing,PCR-SBT）进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B＊13：01：01,B＊58：01：01在189位有1个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对B＊13、B＊58的组特异性测序引物（GSSP）,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异,使用SWISS-MODEL方法建立该新基因的空间模型并进行分析。结果：测序结果证实,该等位基因与其同源性最高的等位基因是B＊13：01：01,两者的差异是在第2外显子189位的C〉A,密码子39由GAC变为GAA,编码的氨基酸由天冬氨酸（D）转变为谷氨酸（E）。空间结构分析表明替代氨基酸位于抗原肽结合区α螺旋上。结论：该等位基因是在中国广西壮族人群发现的一个新HLA-B位点等位基因,世界卫生组织（WHO）HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B＊13：92。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因B＊13 蛋白质三级结构
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在骨髓移植中人类白细胞抗原三维结构的差异引发移植物抗宿主病的研究
8
作者 孔繁华 孙玉英 +6 位作者 任素萍 奚永志 金荔 陈兴国 屠敏 刘楠 郭斯启 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第5期344-347,共4页
为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因... 为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因分型采用ＰＣＲ－ＳＳＰ方法，对基因亚型进行ＤＮＡ测序，再进行ＨＬＡ三维结构模拟。结果：①供－受体间ＨＬＡ－Ｉ、ＩＩ类血清学相合，组基因相合，基因亚型不同，但ＨＬＡ 三维结构模拟两者差别不明显，骨髓移植后仅发生了ＩＩ度ＧＶＨＤ； ②供－受体间ＨＬＡ－ＤＲ分子只差１ 个氨基酸，但基因亚型不同，供－受体间抗原三维结构差别明显，导致骨髓移植后发生ＩＶ度ＧＶＨＤ；③受体为ＨＬＡ－Ａ０２０１，供体为Ａ６８０１，二者血清学呈强交叉反应，其它位点均相合，移植后发生ＩＶ 度ＧＶＨＤ，后经ＨＬＡ三维结构模拟，两者差别明显。结论：当异基因骨髓移植供－受体间ＨＬＡ 基因亚型不同时，移植后ＧＶＨＤ的发生程度与ＨＬＡ分子三维结构差别大小有密切关系；三维结构的差别又与差异氨基酸所处的位置有关； 展开更多
关键词 hla GVHD 三维结构模拟 骨髓移植
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