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植物法呢基焦磷酸合成酶的生物信息学分析
被引量：
14
1
作者
李嵘
王喆之
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期126-134,共9页
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷...
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷酸合成酶的核苷酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该酶基因的全长包括5’、3’非翻译区和一个开放阅读框;其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、不具转运肽的亲水性蛋白,包括5个保守的结构motif,其中两个是富含天冬氨酸(Asp)的motif,α-螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间布局上是由α-螺旋围绕形成的中间具一个“大空穴”的立体结构,“大空穴”的表面藏有五个功能保守motif,其中两个Asp-motif位于“空穴”的内壁。
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关键词
植物萜类合成
法呢基焦磷酸合成酶
生物信息学
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题名
植物法呢基焦磷酸合成酶的生物信息学分析
被引量：
14
1
作者
李嵘
王喆之
机构
陕西师范大学生命科学学院
出处
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期126-134,共9页
基金
国家"十五"科技攻关项目(2004BA721A35)资助
文摘
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷酸合成酶的核苷酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该酶基因的全长包括5’、3’非翻译区和一个开放阅读框;其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、不具转运肽的亲水性蛋白,包括5个保守的结构motif,其中两个是富含天冬氨酸(Asp)的motif,α-螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间布局上是由α-螺旋围绕形成的中间具一个“大空穴”的立体结构,“大空穴”的表面藏有五个功能保守motif,其中两个Asp-motif位于“空穴”的内壁。
关键词
植物萜类合成
法呢基焦磷酸合成酶
生物信息学
Keywords
Plant isoprenoid biosynthesis
famesyl diphosphate synthase （fpps）
Bioinformatics
分类号
Q946 [生物学—植物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
植物法呢基焦磷酸合成酶的生物信息学分析
李嵘
王喆之
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
14
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